-->
pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
|||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
---|
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ERC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Cast2, ELKS, ERC-1, RAB6IP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ELKS/RAB6-interacting/CAST family member 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_178039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_178040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ERC1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ERC1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ERC1|NM_178039|3'UTR 1 CCCTGCTTTATGGGGAAGCCTGAGGTAGTCAACCCAGGAGCCAAGAAAAGAGAACTACGAGGAACAGGTGCCCGGAACCT 81 TCTTGGCACCAAACACTACAAACTTCATCCCAACTTGCTCACTTGAAGAAGTGTGATTCCAGCACCGTTTCTACATCTGC 161 CATCTTACTCTGCCTTTCTGCTTTGGATGTGGTCTCTACACTAACCTTCTTGATGTCCAGGGTAGATAAAGGGTCGAATC 241 TCTCTGAAGAACTGCCACCTGGTCATCAGCAGTGGAGAACTGTGGGAGCTGGTGGCTCTGCCCTGACAGAGAGCCATGGA 321 GCAGAGGAGCCTCTCACCTCCTGTCCTCTGACATGAGAATGAAACCAGGAATGGACTTGGAGTTCAACAGGCTGAGAGGA 401 TGCCTCCAATGGACCAGAGAGCTGAGTGTTCTAATATCACAATAGGTGCTTTCTCCTAAAAGGGCAAAAAACAATCTCAA 481 AAAGATTAGAAAAAGAGAAGGGGGGAAGGGAAGAGAAAATCGACTCTTCTTTTTACTGTCTCTTCTGCTTACTTTCCACA 561 TGAGATGCTTTGTACCGGGGAGCTGTGAGCAGGCCTCACGATGGCTTGGGAGCACTCGTTCTCCCAAGGTCTGAGTCTTC 641 ATCCAGCCCTGCCTGTCTGTCGCAGCCTTCCTCACTCTGTTCCTCGGCCAGTTAACAAGAAGATGGTGTGAGGTGTTCTC 721 CACCAGTCTCTCCTGTTTGAGACTGTTGACGTTATCATACTGAGGTGTTAGATCAAATATCTCTAATTGAAGAACATGTG 801 AGGTTGAAAGAGCACCAGCCAGGGCAACATAGCGTGACCCTGTCTCTACAAAAAATTAAAAAGAGAACATACAAAGTTGA 881 CATATGAGACCCTGTTGTCCCCGCCTGCAGCTTTGCCCCAGTAACAGATGCCCGTTGCTCTTGGGCTGGTTTCCCCTGAA 961 CACCTCCAAGAGGCTGCCTGCCTTGCCAGCACCCGTGTCCTGAGCTCCTGCAGCCCAGTGGCTGCTGAAGTTGTGATCCC 1041 TCACTCACCCTGCTAGCTTTGCCCTTGACTCGTCTTCTCTGAACCTCAGCCTCGTGCATTGCCTGGAACCTTCTTCTAGC 1121 ATAAATGAAGGTTTTTCCTCCTACACACATTCCTTCCTCGGTTATTTCATTCAGAGAATATTTATGAAATGCCTACTGTG 1201 TGCAAGTCATCCATCCTTGAAAAGGCCACTTCTCAGTGAGGGAGAGATGTAGTGGATTCTGTGAGACATACCTGCTGGAG 1281 TTGAAGCAGTAAATAGCATGTCCTTCCCCTCCCCGATCTTAAGGTGTGTTTTCTAGAAAAGTTCCCTAATGGAATTCATG 1361 AGTTTGGGGGTCTCAGTCACCCGCTTGCCTGTAGGATTCCATTTGATGATTCTGGATTTTTGCTGTTTGTTATTGCCCTT 1441 AGAGGGGCTCTGAGTATCTACTTGTGGGTGGCCATTTCCTGACATCTGCATGTACCTCGTGGAATTCAGCCAGCTTCATG 1521 TTGCAAATCAGAAAGCTGACCCCAAGACTGCAAATCAATGAAGGTATTGGCATTGTTAAGGACGTAGCGTAGACAACAGC 1601 AGTCATAAATAATTAGGCAGGAACTTAACCCAAATCTAGTTCTTTGACCACCTCTACCACCAGAACCCAGCAGACACTCA 1681 CATCTCCTGATAAGAGTTGCTGGACTCGATGTTTTTGTTTTGCATTTTCTCCTCTCCTTCCCCACTTACTCAGAGAATTT 1761 AAAGTCTGTAGAGTCAGCACAGCCCCATCAGTCCAGGAACTTCCCACCACCAGCCCTTGACTGTCCCATTAACTGACATG 1841 GTCAGATTTCCAGCTCCCCCTACTCCCTGCTGTGAAACAATCCCTCTCCCTGTGAGAGGAAACTGTGGAGCGTTTCTTAT 1921 CGAAGGTTAAATGGACTCTGCTCATAAACCTCTTACTGAGATGCTTCCTGATAGCCAGGCTGGCCAGAGAGGGGTGCAGG 2001 GGTTAGATAGTAAGTGGTGGTCGTTTGTGGTCAGTTACCTCAATTCTGTTCATTGCAGTGCCCGTAAACCATGTAGAAAG 2081 CTCCCAGCACTGAAAGGCAGGAGTGTTAGCATCTCGCTTTATCCACCATAACGTAAAGAACTGCGGTGTGATAACAGCCT 2161 TCACGGGGCCACGGTGGAACCAAGACAGCAGGCGAGGCCATGCCTAAACAAGTGGTCTGGCACGGGCACTGGCCAGCTGC 2241 TCTCTCCAAGCAGGTGGCCCAGATCCCACCCACGTGGACTTTCTCATCAGGTGCAGCGCCTGCCACTCTCAGCCACTGGG 2321 TGTGTCACTCTCCTCTTCATCTCAGCATTCTCCATCACTTCCCCTCCAGAAAAACGGATGGAAGGAAGCCCTCTGTGACA 2401 CTGCTTCTGAGAAGAAGCATTTCCGGGACCGATATCATCTGTCTGGTCTCTGTGAACAGCAAGGAATCTTCTTGACCGTT 2481 CTTGGGCACTGGAGGCTGGCTAGGAGTTCAGTAATAAACGTGGCCTTCGTGCTGTAGGGCAGAGTGGATGCAGTTTGTAG 2561 CTTTCAGAGTGTCTCATTGAGTCTAGATCATTGAACCAACACTTAACCAAATGTCCCACTCCCATCACACTAGGACTTGT 2641 CATTCCATGCCCCTCTCCTAGTGGTCATGGTTTCATATGGGCATACAACTGCTACTGAAGTTATATAGCCTTGAAAACTC 2721 AGTGCAGGTTGCCCTTAATTTTCCCCAAACCCCTCCATCGGCAAGTCTAGTTGCCCTTTAGCACCTAAAGATCTGCACCC 2801 CAAACCAATGTCACCATAAAGAGGGCACGAAGAAGAGTGGGTGTGATCCCAACGGGGTTTTGTAACTGAAGAAGCCCAGT 2881 GTGAGCTTCTCATCTTTTCATATACCTCTAACCCCCGGTACTCATTGAATCATTGATGAGGTATCTCAATTGAGATTTGC 2961 AAGGACTTTGATACCATTTGAAATGGAAAAATTTTGAACGGGCTTTAACATGTTTAAGAAATATGGATGGGGCCGGCCAC 3041 AGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGAACTCTGGAAGGCTGAGGCAGGCGGATCACCTGAGATCAGGAGTTCGAGGCCAGCC 3121 TGGCCAAGATGGCAAAAACCCCGACTCTACTAAAAATACAAAATTAGCCAGGCGTGGTGGCGTACGCCTGTAATCCCAGC 3201 TACTCAGGAGGCAGGAGAATCGCTTGAGCCTGGGAGGCAGAGGCTGCGGTGAGCCGAGATCGTGTCACTGCACTCCAGCC 3281 TGGGTGACAGAGACTCCATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATGGATGGGAATCA 3361 CCAAATTCATCTCAGCTCTAACCTTTTAACCTTTGTCCTTGCACTTTACAATCTAAAGATCTACCTGTGGCTCTCAGACT 3441 TCCTCACACTTGGGTTTTAGAAATAACTTGTAAAGCAGACTGGACCCAAGGCCGCCTTCAGTGTCAAGAAGGGCATTGTG 3521 ACTTGCCCCTCAATTTCTGTCCATTGAAGTCTGGTTTTCCATGAGGAACTTGCGGGCTCACCCACCCCCAGAGTGAGAGA 3601 AGAGGAAGGCGAAGTCATCACAGACACGGTCTTAGCCACCTGCTGAACTAATCCCTCCGCTATTGAGGGTCAGGGTTGTG 3681 AGGCAACCATCATGTGTCACCCCAAAATATAAATGTTTCTGAGCCGCCCATCCACTGGCATTTGGATTTGCTGCCAGAGT 3761 CCTGTTCCTCCCAGAACCATCCCGCCCTCCTGTTGACCATGTTACTTGAGTGTAGGCCCGGTGTCAAGACCCTCAGAGTC 3841 TTTGAGGAAAGAGCCAAGCAGAGAAGACCGCTGCGTGGAGTGTGACACCACATGGCATTTCTCAAGCCCAGCGGACCCTG 3921 TGTCAGCAAATACCAGTAATTTAACATCTGCTCCTGGCCTCCTCTTCACCTGCCTGGGTTCGGAACTGAGGAGGAAGGAT 4001 GAGAAGAGACTGCAATGCAGCAGGCACCCTCTGCAGAGTGAGGCCGCCCGTCCATCACTGCCAGCCCTGGGCTGCTCAGG 4081 AGGGGACGTGAACCACTCAAAGGAATGTCTTAAAGAGGATCTGGAGTTTCCCCCATGCAAATTAGGGAAGAATTAGGCAA 4161 GAAAAGACATACATTACAGGGAAATCCTTCTGAACAAAATGGCTGTCTTCACCTACTCTTCTTGCAAGAAAAGACATACA 4241 TTACAGGGAAATCCTTCTGAACAAAATGGCTATCTTCACCTACTCTTCAGCAAAAACCGTCTCCAGACTTTTTAGTGTCA 4321 AAAATGTAACCAACTGTCTCCTGATTTTTTCCAATGTGTTTGGCAAGTGCTGTGGCCCTGTTGTAGGTACTTCTCCTGAC 4401 TCTTGGGGGAGAAGTGGTTTTAGGGATTGATTTGGGGGAGCGGGTTTTTGTCCCATCCCACCTCCTCTCTTCTTTCTCTG 4481 CTTGTCGATATTGTCTGTGTGATTCAGAGAATTGGGGCAGTTACATTGTGTCTGTTGTTGAGATTATTAAAAGATTAAAA 4561 CGTAGTTGTAGAAATGAAAAATTAAACAGCTGTGTTTTAAAAATGCAAACCAATATCTTGTTAATAAAGGAATTCAAGCT 4641 ATGGGGCAGCCACACTCCCCTCCTCCCAGGCTGGCATAGGTGGCCCTGGGCTGGCGGCTTAGGAAGCATGGAGCACACTT 4721 AGGGTAGTGCCTGCCTGGGCAAGAGACACCTGCCGAGCAAAAGGAACGAGAATCTGGGGCTCAGAGCCTCGCAGTTGTGC 4801 CAGGATTTTCCTATACATGTTCAGGACCTCTGGGTAGAGGTTTCACAGTTTGTGACCCCATAACCACCCTCACCCGACGT 4881 GGGTTCTAGCTCAGTGTGCCTAATACTGCATGGTAACCTGGGCTTGACCCTGAAGCCCCTGCCTGGCAGGCCACAGGACC 4961 TCTCCTGCCCACTTGGTGCTATCTCTTCCAGTGACCACCCAGCACGGGTGAGCACTGGCCAGCCTGGAGCCTGCAATCCA 5041 GGTGGAACAGACTGTCCTCCATGTCAGTTCCTTCTGGCTTCAGGCCCTCAATTATTTCCCTTTGAGCTTTTTTAGACCCT 5121 AGATCTCCTAGGCCCAGGCTCTCTCTTGACCCCAGAGAAGCCACTGTCAGGAAAGGAAGTGAACCCTACTGAAGCCAGAG 5201 AATTCACCCCGGCCAAAGCAGGCCCTCTGGGTCCAGCCCCTCATTCCACACCACGCCAGTATTGCATCCATCTACTGCAG 5281 CTACACATCCTGAGGGCAGCACCACCCACTCTGGCCTGCTGGCCCATCGCAGGACTAGCCCAGGCACCTGCCGGGCATTG 5361 CAGGATATCCAGTGGGGCCTGTGACTGCTCCCTGATGCGTCAGAAGAGAAGTGTTGCACTTTAGTGGAGGAGCTGAGGAG 5441 CACCTGCCCCCTTGTAGCTTGAGTTCCTTTTGGTAACAGTAGCAGCCTCCATGGTGGTGTCTGGGATGCACGTGCACCCG 5521 CTGCCTTCAGCTGTATGTGTGTGTTCCTGCTGGAGTTGTGTTACTGACAGGATAATGACATTACAAAGAAATTGTGTTAT 5601 ATTCAACTTTGCCTTGATAATTATTGTAAACACTTTGTTCATTTTTTCTTTTTTATTCACAAACTAAATCCACCAGGAAA 5681 TTATAAAGTTATTTAAAAACCGTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 23085.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714646. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714646 | |
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
---|---|
Cell line / Condition | HEK293 / mildMNase, repA |
Location of target site | ENST00000355446.5 | 3UTR | AUCGUGUCACUGCACUCCAGCCUGGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|