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pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PLEKHM3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DAPR, PLEKHM1L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pleckstrin homology domain containing M3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001080475 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PLEKHM3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PLEKHM3 (miRNA target sites are highlighted) |
>PLEKHM3|NM_001080475|3'UTR 1 CTCCAGCCGACCCGAAGGCCAGGGATTCACCAATCAACAATCCATCAGCCCCAGAGCGGCCTCCTAACTAGCCAGTTAGA 81 CCCCTTTGGAAGAAGAGTATGTATCCTCTTCAACTAGATATAGATATATATATTTATTTATATATACGCAAATACCTATA 161 CGTCCTGTACGTATGCTCTGTGTACATCATTGTCCAGACGATCCACAGAACCTCTGTGGCTCGAGAAACTACCAATAGCT 241 GGATTACACTTAGCCAAGAATTTCAGCTGCTTGCTCCCAGACAAAACGTGGTATACACAATGCTTTATAGTTCAGACTTT 321 TTTTTTCTCTCTGTCTCTCGGTACATTTTATTACCCAAGACACAAAAGGAAGCATTTCCTGCACAAAACAGTGCTTTAGG 401 TTATTTTTGTGTTATTTATTTTTAGCCTTCACAGAGGCTGAGGTAACTGAGGCAGGCACCCATCATCATCTGTTTCATAA 481 GAAAACCTTCAAAACACAAGAGACTGCTGGGTCCTTCCAGGACCTGGTGTCCGTGGCGCTCCCGCCTCAGTTCCTCCTGT 561 GGAGGCGGGGAATCACGTAAGCAGAGCCGATGGCTGGAAACAGGAGCCAAGCCCCCTCTGACAGAAAGCATACACCCCTC 641 ATTTATGAGGAGGGCTGGTTCTGGTTTTGAAGTTAATCTCAGAAGTTTTTTTCCTGAGAAGAGAAGAAACCTCTGCGACC 721 AATAACTGCGTGTTGTCGGTCTGTTTTTCGGTACTAATCCCATCACCCACCTAATGATGTGACGCTCCACCGTGTTTTCC 801 AGGCTGTACACATGGCTTTCTTAACAGTTTTCAACGGGTGCCCATGGTTGATATTTATGATTTTTTTCATGATGCTGGCC 881 GGAGGAAATGTCCTGGGGTGGTTGTTAAAGACATCGTCGTGTAGACTGGTAGATAAGGCTATCTAGTAAGTATATTCCCA 961 AAGAGGGTCGTTTTAGTTTCTTTTCTCAGAATCCTGTGGAGGCAGTTCCTACCTATTCATTTTAAGTGCTTTATTTCTCG 1041 TTGTTCTTCCTGCACTTTCATTTCGACCTTTGTCAATGTGACCATTCTTGCTTTCTCATTTTTTTGTTTAAAAAATCAGA 1121 GTAATGTGGAACTTCAAAATACCAACTTTGGACTATTAAGAAAATACAAACTTACAAGTATAATTAATGAATTAGATCTA 1201 ATATTATTTAAATAAATATATATATATACACACACATATATAATTGCCACCTTGAAGTAAAACAAAGAGTGCTAAAATAA 1281 ATAATAGGAGTAAGAAAGAGATCTGCTTTGCTATTTGGCAGGTAGTGTTCTCCAGCTGCAGTGCCCTTGGAAGAGCACGT 1361 GGCAGTCACTGTGACCAAAACGGCAGGTAGGACAGCCCTGGGACCCTGACAGCTCCCATTCCTTCCCCTTAACTCTCCCT 1441 AGAGCAAGAAAAATATGTTTATAATGGAACAGTTCTCAGTAGACTTTATGAGAAGATTCTGTAGCTTTCGCGCTGAGCAG 1521 ATGCCTTCTATGTCTTCATGGTTTAGTAGTTTTGCTGCTATTAGGATCAGTGGCTCACAACATACTTGGTACATTCAACC 1601 CCATTGCTCCTTTCCCCCACACGCCGCTTCCCCAAGACCCCAACTCATGATACTTCCATCCATCTAGAGATGTGACATTT 1681 CAGACTGACTTTTGTGCAGTTAGATGTAAGCATTTTACCTCTCAACCCACACCAGTTCCTTTGGCCCCAGGCCACACATT 1761 TCACCTTAATAGCTCAACACCATACATGCATTTATTTTCTGACTATACAGTAGCCGCAACCAAGGCTTGAAAACTTGTTA 1841 AAAGGCCAGGGCCCTATTCATGAGACGCCTGACGGTGCCTTTTACCCTTAGAAAAGCAGGTTGACTTTTCCCCCACTCTA 1921 GTTAAAGAGAATGTTGCACACAAAAGAAAAAGGGTGGAAAATCTCAAACACTTGGCAACAGGCAAACAAATTTGATCATC 2001 TCCTTTCCTCCTCCTCTTGGTAAAATACAGTATTTATATTTTCCAGCCTCAGAGAAGATAGCAGAACATGATCTTTCACA 2081 AGAGAATTATAGACCTGCTTATTATAAAACAGATGTGCTCCCATGGCAAAGTGCCTTCTCCCTCCGCCCCCAGCTCCCTG 2161 TCACTGTAGCTTACTTTTGCCTTCGCTGTAATTAATGTATCCGTGATTCCAACTGTCAGCGAGGCCATTCCTAGCACACT 2241 GCATTTGGAGACCTGAAGTGCAGTGCCATCTCCTCCCCTTGTAACATGTTTGCCCTGCATACAGAATTTCCTCTCCTAGC 2321 TCACAGGCACCCAGGGTCATACCTGCCGAGAGTCAAGGGCGAAATTCTGGATCCCCGTTCAAAACATCTTTGTTTTCACC 2401 AGTCCCCATTTAGAGGGCCCTGCTAAATACGAGCAGTCCCTGTGAACTCCTAAGGAGGACTTTCCACCCACATCATTTTC 2481 TGCTTATTTTCAAAAGGGAAACAAAAAATCGATGTGTTATCACCATCAGCTACCCAGAGCTGGGTCCATGTCCAGCACTC 2561 CTGTTTCCTCTCCTTTTCGTACCACCCTGACAGCTTGGTCGGTGCCAGCCACAGGCCTATGACATTCTCTGCCACCACCA 2641 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TTCTAATTTCATTGGATTCAAAAATCTCTGACTCAAGGGTCTTTCCTTAGTGCGTTTTAATGGGTGCATGGCTGAGGGAA 4481 AATCCAAGTCATTGTTAAACTCTAGGTAAAAGACAAGAGTATGGGATACCCTCCTAACCATACCGGTAGTTGTCAGTTTT 4561 ATTTAAAGTGGGTTCCACTTGGCCAGGATTGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCCCTTTGGGAGGCCAAGGCAGGCAGA 4641 TCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCGGGCCAAAAATGGTGAAATCAGGTCTATACTAAAAATAAAAAAATTAGGC 4721 TGAACGTAGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAACACTTTGAAGGCCGAGGTGGGTGAATCACTTGAGGTCAGGAGTTTGAGG 4801 CCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCCCTCTTTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGAGTGTTTTGGTGGATGCCTATAA 4881 TCCCAGCTACTTGGGAGACTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCAGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCA 4961 CTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGTAAGTTCCAAATGATCATGTTTTG 5041 TGGCACTGTCTTCGTAAAGTGGCCGCTGGTGTGATGGAAAGCATTGCTAAACTCAAGTGAGACAACTGCTGTTTTGCTTT 5121 GGATTTTCCCTGTGAAAAGAGAAGCCACTGCCTGTTCGTCTTGTTAGAAAGACAAGACTTTGAATGAAGTTCCAGACTTT 5201 GAATGAAGTTCCAGACTTTGAATGAAGCTGGTTGTTGCCCAGAGTAGAAGATTCAGGCACCTACAGCAACTCACAGCAAC 5281 TCCTAACTCTTAGGAGGGCTCCCTCCTATTGGCCGTGAAGCTGCAAACCAGCCTCTCTCTTTTCCCTGGATCTTCCTTGC 5361 CCCTAGTTCTGAGCCCCAGCCCAGAGGCAGGCCTCATGGCTAATAAACCAGCTAGAGGACAGCTGGGGCCTGTGGCTCCT 5441 TCTCCATGTTGGCCTTCCCTTGTGTCTCTTGTCCCTGTAGGAGTGCCTTATAGTACTGTCTCGTGCTTCTAGTCTAGTCT 5521 GAACCACTTGAAGCCTGCAGGACCCTTCAACTAAATCTGGATCCCTTTGCTTCTTCCCTGCTGGCTACTCTTCATATAGA 5601 TGCTCTTGGAGCCTGTGCATTCCATGATGCATGTCAGAACTCTCACCTTGTTCAGCCTGGTGTGCCTTAACCTCAGGAGT 5681 AAAGGGAATCATGTCGGAAACACGTCGTTAAAGTAGAATGGTACAAACATTGGCTTCTTAGTGCCATTAGCACTTTTACC 5761 AGGAAATGCAAAAGATGCAACCACATAATGTTTTCACTTTGTTTTATGCTGTTCTTCAATCGCTCTTTTTGTTTATTTGT 5841 TTGTTTGCTTTCATTAACCAAACTCAGGGGAATGTCATGATGTCACCAAGGCCAATGGGTAGAGAAATAAAAACCAGCCA 5921 TCCATAATTGAATCTGTAAAGTCAGTGAACTTAGCCTTTTCAGGTTCAAAATTACACAAACACAAGGATTTTCTTATCTT 6001 TCACCTTTCAAAGGTTTTCTTTTTATTTTGCCACCTGTTTTCCAAATAAGAAGTGGGAAGCCTCTTAGATAAATTGTGAT 6081 AAAAATGTCTCTTTGTTTGGCGTGAGCTATCAAATTAGCTTTGTGTGTCCACTGAGCCATCAAATTAGGCTTTGGCTGCT 6161 GGAGGCCTAGGTTCTAGCTTTGGTCACCTATCAGAATCTTACTGTTACGCTGGGCATGGTGGCATGTGCCTACAGTCCCA 6241 GCTATTTGGGAGGCTGAAGTGGGTAGATTGCTTGAGCCCAGGAGCCTGTGCAATATGGTGAGACCCATCTCAAAAAACAA 6321 ACAAAAAAAGAAGTAGAATCTTACTGTGAATAGCTACTAGCCTACCCTAGAAGATATATATTTTAAATCTGTTTCTTAGG 6401 AATAGTAGCTAAAAGAAGGAATGGCCAAAGGAGGGAAAGTGGTTGGCCGCAGCGGCTCACACCTGTAATCCCAGCTCTTT 6481 GGGAGGCTGGGGTGGGAGGATCACTGGAGCCCAGGAGTTCAAGACAAGTCTGGGCAAGATAGCGAGACCCTCATCTCTTT 6561 GAAAAATATATATATATACTTTTTTTTTTAAAGGAGAGAAAATGCTTAGGTTGCAAATGGAGAGTATTGAACGTGGTGAT 6641 GTAAAAAACTTCTGCAAAACTTGTTCTGTAGCTCCTGGGTCAGGTCTATGCCATTTTTTCTTATATCTGCTCACACAGTA 6721 CAGAAATGACTAAAATTTTGGGTCTGGGCTGTTATATCACTTTGTGTTAAGTTATTTGTAGTAGCTAATGTGCTAACTTA 6801 TATATGTGTTCTTTCTGTTTTTTGGATTTTACCTTTTGTTTTGGCATAACTTATCTATATTTTTGTTTACATTATTTTAA 6881 AAATATCAGTAACTGTAATAATATAAAATTGAAGTTGTATTGTTGACAATACCTCTAGTTTTTAAGGTCATCTGTCACAT 6961 AATTTAAGTGCACCAGTTCCTAATGTATAAAGTTCTCTCTCTCTCTCTCTCAATAAACAATGCAGAAAATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084043. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_arsenite_rep2
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084043 | |
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
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Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_arsenite_rep2 |
Location of target site |