pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-216a |
Genomic Coordinates | chr2: 55988950 - 55989059 |
Description | Homo sapiens miR-216a stem-loop |
Comment | This human miRNA was predicted by computational methods using conservation with mouse and Fugu rubripes sequences . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-216a-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 19| UAAUCUCAGCUGGCAACUGUGA |40 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PTEN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 10q23del, BZS, CWS1, DEC, GLM2, MHAM, MMAC1, PTEN1, PTENbeta, TEP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | phosphatase and tensin homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000314 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PTEN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PTEN (miRNA target sites are highlighted) |
>PTEN|NM_000314|3'UTR 1 ATTTTTTTTTATCAAGAGGGATAAAACACCATGAAAATAAACTTGAATAAACTGAAAATGGACCTTTTTTTTTTTAATGG 81 CAATAGGACATTGTGTCAGATTACCAGTTATAGGAACAATTCTCTTTTCCTGACCAATCTTGTTTTACCCTATACATCCA 161 CAGGGTTTTGACACTTGTTGTCCAGTTGAAAAAAGGTTGTGTAGCTGTGTCATGTATATACCTTTTTGTGTCAAAAGGAC 241 ATTTAAAATTCAATTAGGATTAATAAAGATGGCACTTTCCCGTTTTATTCCAGTTTTATAAAAAGTGGAGACAGACTGAT 321 GTGTATACGTAGGAATTTTTTCCTTTTGTGTTCTGTCACCAACTGAAGTGGCTAAAGAGCTTTGTGATATACTGGTTCAC 401 ATCCTACCCCTTTGCACTTGTGGCAACAGATAAGTTTGCAGTTGGCTAAGAGAGGTTTCCGAAGGGTTTTGCTACATTCT 481 AATGCATGTATTCGGGTTAGGGGAATGGAGGGAATGCTCAGAAAGGAAATAATTTTATGCTGGACTCTGGACCATATACC 561 ATCTCCAGCTATTTACACACACCTTTCTTTAGCATGCTACAGTTATTAATCTGGACATTCGAGGAATTGGCCGCTGTCAC 641 TGCTTGTTGTTTGCGCATTTTTTTTTAAAGCATATTGGTGCTAGAAAAGGCAGCTAAAGGAAGTGAATCTGTATTGGGGT 721 ACAGGAATGAACCTTCTGCAACATCTTAAGATCCACAAATGAAGGGATATAAAAATAATGTCATAGGTAAGAAACACAGC 801 AACAATGACTTAACCATATAAATGTGGAGGCTATCAACAAAGAATGGGCTTGAAACATTATAAAAATTGACAATGATTTA 881 TTAAATATGTTTTCTCAATTGTAACGACTTCTCCATCTCCTGTGTAATCAAGGCCAGTGCTAAAATTCAGATGCTGTTAG 961 TACCTACATCAGTCAACAACTTACACTTATTTTACTAGTTTTCAATCATAATACCTGCTGTGGATGCTTCATGTGCTGCC 1041 TGCAAGCTTCTTTTTTCTCATTAAATATAAAATATTTTGTAATGCTGCACAGAAATTTTCAATTTGAGATTCTACAGTAA 1121 GCGTTTTTTTTCTTTGAAGATTTATGATGCACTTATTCAATAGCTGTCAGCCGTTCCACCCTTTTGACCTTACACATTCT 1201 ATTACAATGAATTTTGCAGTTTTGCACATTTTTTAAATGTCATTAACTGTTAGGGAATTTTACTTGAATACTGAATACAT 1281 ATAATGTTTATATTAAAAAGGACATTTGTGTTAAAAAGGAAATTAGAGTTGCAGTAAACTTTCAATGCTGCACACAAAAA 1361 AAAGACATTTGATTTTTCAGTAGAAATTGTCCTACATGTGCTTTATTGATTTGCTATTGAAAGAATAGGGTTTTTTTTTT 1441 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGTGCAGTGTTGAATCATTTCTTCATAGTGCTCCCCCGAGTTGGGACTAGGGCTTCAA 1521 TTTCACTTCTTAAAAAAAATCATCATATATTTGATATGCCCAGACTGCATACGATTTTAAGCGGAGTACAACTACTATTG 1601 TAAAGCTAATGTGAAGATATTATTAAAAAGGTTTTTTTTTCCAGAAATTTGGTGTCTTCAAATTATACCTTCACCTTGAC 1681 ATTTGAATATCCAGCCATTTTGTTTCTTAATGGTATAAAATTCCATTTTCAATAACTTATTGGTGCTGAAATTGTTCACT 1761 AGCTGTGGTCTGACCTAGTTAATTTACAAATACAGATTGAATAGGACCTACTAGAGCAGCATTTATAGAGTTTGATGGCA 1841 AATAGATTAGGCAGAACTTCATCTAAAATATTCTTAGTAAATAATGTTGACACGTTTTCCATACCTTGTCAGTTTCATTC 1921 AACAATTTTTAAATTTTTAACAAAGCTCTTAGGATTTACACATTTATATTTAAACATTGATATATAGAGTATTGATTGAT 2001 TGCTCATAAGTTAAATTGGTAAAGTTAGAGACAACTATTCTAACACCTCACCATTGAAATTTATATGCCACCTTGTCTTT 2081 CATAAAAGCTGAAAATTGTTACCTAAAATGAAAATCAACTTCATGTTTTGAAGATAGTTATAAATATTGTTCTTTGTTAC 2161 AATTTCGGGCACCGCATATTAAAACGTAACTTTATTGTTCCAATATGTAACATGGAGGGCCAGGTCATAAATAATGACAT 2241 TATAATGGGCTTTTGCACTGTTATTATTTTTCCTTTGGAATGTGAAGGTCTGAATGAGGGTTTTGATTTTGAATGTTTCA 2321 ATGTTTTTGAGAAGCCTTGCTTACATTTTATGGTGTAGTCATTGGAAATGGAAAAATGGCATTATATATATTATATATAT 2401 AAATATATATTATACATACTCTCCTTACTTTATTTCAGTTACCATCCCCATAGAATTTGACAAGAATTGCTATGACTGAA 2481 AGGTTTTCGAGTCCTAATTAAAACTTTATTTATGGCAGTATTCATAATTAGCCTGAAATGCATTCTGTAGGTAATCTCTG 2561 AGTTTCTGGAATATTTTCTTAGACTTTTTGGATGTGCAGCAGCTTACATGTCTGAAGTTACTTGAAGGCATCACTTTTAA 2641 GAAAGCTTACAGTTGGGCCCTGTACCATCCCAAGTCCTTTGTAGCTCCTCTTGAACATGTTTGCCATACTTTTAAAAGGG 2721 TAGTTGAATAAATAGCATCACCATTCTTTGCTGTGGCACAGGTTATAAACTTAAGTGGAGTTTACCGGCAGCATCAAATG 2801 TTTCAGCTTTAAAAAATAAAAGTAGGGTACAAGTTTAATGTTTAGTTCTAGAAATTTTGTGCAATATGTTCATAACGATG 2881 GCTGTGGTTGCCACAAAGTGCCTCGTTTACCTTTAAATACTGTTAATGTGTCATGCATGCAGATGGAAGGGGTGGAACTG 2961 TGCACTAAAGTGGGGGCTTTAACTGTAGTATTTGGCAGAGTTGCCTTCTACCTGCCAGTTCAAAAGTTCAACCTGTTTTC 3041 ATATAGAATATATATACTAAAAAATTTCAGTCTGTTAAACAGCCTTACTCTGATTCAGCCTCTTCAGATACTCTTGTGCT 3121 GTGCAGCAGTGGCTCTGTGTGTAAATGCTATGCACTGAGGATACACAAAAATACCAATATGATGTGTACAGGATAATGCC 3201 TCATCCCAATCAGATGTCCATTTGTTATTGTGTTTGTTAACAACCCTTTATCTCTTAGTGTTATAAACTCCACTTAAAAC 3281 TGATTAAAGTCTCATTCTTGTCATTGTGTGGGTGTTTTATTAAATGAGAGTTTATAATTCAAATTGCTTAAGTCCATTGA 3361 AGTTTTAATTAATGGGCAGCCAAATGTGAATACAAAGTTTTCAGTTTTTTTTTTTCCTGCTGTCCTTCAAAGCCTACTGT 3441 TTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGGCCTGAGAGTAGAGTATCTGTCTACTCATGTTTAATTAAGGAAAAACACTTAT 3521 TTTTAGGGCTTTAGTCATCACTTCATAAATTGTATAAGCACATTAAATAGCGTTCTAGTCCTGAAAAAGTCCAAGATTCT 3601 TAGAAAATTGTGCATATTTTTATTATGACAGATGTTTGAAGATAATTCCCCAGAATGGATTTGATACTTTAGATTTCAAT 3681 TTTGTGGCTTTTGTCTATTATTCTGTACTCTGCCATCAGCATATGGAAAGCTTCATTTACTCATCATGACTTGTGCCATA 3761 TAAAAATTGATATTTCGGAATAGTCTAAAGGACTTTTTGTACTTGAATTTAATCATGTTGTTTCTAATATTCTTAAAAGC 3841 TTGAAGACTAAAGCATATCCTTTCAACAAAGCATAGTAAGGTAATAAGAAAGTGTAGTTTGTACAAGTGTTAAAAAAATA 3921 AAGTAGACAATGTTACAGTGGGACTTATTATTTCAAGTTTACATTTTCTCCATGTAATTTTTTAAAAAGTAAATGAAAAA 4001 ATGTGCAATAATGTAAAATATGAAGTGTATGTGTACACACATTTTATTTTTCGGTATCTTGGGTATACGTATGGTTGAAA 4081 ACTATACTGGAGTCTAAAAGTATTCTAATTTATAAGAAGACATTTTGGTGATGTTTGAAAAATAGAAATGTGCTAGTTTT 4161 GTTTTTATATCATGTCCTTTGTACGTTGTAATATGAGCTGGCTTGGTTCAGTAAATGCCATCACCATTTCCATTGAGAAT 4241 TTAAAACTCACCAGTGTTTAATATGCAGGCTTCCAAAGGCTTATGAAAAAAATCAAGACCCTTAAATCTAGTTAATTTGC 4321 TGCTAACATGAAACTCTTTGGTTCTTTTATTTTTGCCAGATAATTAGACACACATCTAAAGCTTAGTCTTAAATGGCTTA 4401 AGTGTAGCTATTGATTAGTGCTGTTGCTAGTTCAGAAAGAAATGTTTGTGAATGGAAACAAGAATATTCAGTCCAAACTG 4481 TTGTAAGGACAGTACCTGAAAACCAGGAAACAGGATAATGGAAAAAGTCTTTTAAAGATGAAATGTTGGAGCCAACTTTC 4561 TTATAGAATTAATTGTATGTGGCTATAGAAAGCCTAATGATTGTTGCTTATTTTTGAGAGCATATTATTCTTTTATGACC 4641 ATAATCTTGCTGTTTTTCCATCTTCCAAAAGATCTTCCTTCTAATATGTATATCAGAATGTGGGTAGCCAGTCAGACAAA 4721 TTCATATTGGTTGGTAGCTTTAAAAAGTTTGTAATGTGAAGACAGGAAAGGACAAAATAGTTTGCTTTGGTGGTAGTACT 4801 CTGGTTGTTAAGCTAGGTATTTTGAGACTACTTCCCCATCACAACAACAATAAAATAATCACTCATAATCCTATCACCTG 4881 GAGACATAGCCATCGTTAATATGTTAGTGACTATACAATCATGTTTTCTTCTGTATATCCATGTATATTCTTTAAAAATG 4961 AAATTTATACTGTACCTGATCTCAAAGCTTTTTAGCTTAGTATATCTGTCATGAATTTGTAGGATGTTCCATTGCATCAG 5041 AAAACGGACAGTGATTTGATTACTTTCTAATGCCACAGATGCAGATTACATGTAGTTATTGAGAATCCTTTCGAATTCAG 5121 TGGCTTAATCATGAATGTCTAAATATTGTTGACATTAGGATGATACATGTAAATTAAAGTTACATTTGTTTAGCATAGAC 5201 AAGCTTAACATTGTAGATGTTTCTCTTCAAAAATCATCTTAAACATTTGCATTTGGAATTGTGTTAAATAGAATGTGTGA 5281 AACACTGTATTAGTAAACTTCATCACCTTTCTACTTCCTTATAGTTTGAACTTTTCAGTTTTTGTAGTTCCCAAACAGTT 5361 GCTCAATTTAGAGCAAATTAATTTAACACCTGCCAAAAAAAGGCTGCTGTTGGCTTATCAGTTGTCTTTAAATTCAAATG 5441 CTCATGTGACTTTTATCACATCAAAAAATATTTCATTAATGATTCACCTTTAGCTCTGAAAATTACCGCGTTTAGTAATT 5521 ATAGTGGGCTTATAAAAACATGCAACTCTTTTTGATAGTTATTTGAGAATTTTGGTGAAAAATATTTAGCTGAGGGCAGT 5601 ATAGAACTTATAAACCAATATATTGATATTTTTAAAACATTTTTACATATAAGTAAACTGCCATCTTTGAGCATAACTAC 5681 ATTTAAAAATAAAGCTGCATATTTTTAAATCAAGTGTTTAACAAGAATTTATATTTTTTATTTTTTAAAATTAAAAATAA 5761 TTTATATTTCCTCTGTTGCATGAGGATTCTCATCTGTGCTTATAATGGTTAGAGATTTTATTTGTGTGGAATGAAGTGAG 5841 GCTTGTAGTCATGGTTCTAGTGTTTCAGTTTGCCAAGTCTGTTTACTGCAGTGAAATTCATCAAATGTTTCAGTGTGGTT 5921 TTCTGTAGCCTATCATTTACTGGCTATTTTTTTATGTACACCTTTAGGATTTTCTGCCTACTCTATCCAGTTGTCCAAAT 6001 GATATCCTACATTTTACAAATGCCCTTTCAGTTTCTATTTTCTTTTTCCATTAAATTGCCCTCATGTCCTAATGTGCAGT 6081 TTGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGAATTTGATTTTCAAGAGTGCTAGACTTCCAATTTGAGAGATTAAA 6161 TAATTTAATTCAGGCAAACATTTTTCATTGGAATTTCACAGTTCATTGTAATGAAAATGTTAATCCTGGATGACCTTTGA 6241 CATACAGTAATGAATCTTGGATATTAATGAATTTGTTAGTAGCATCTTGATGTGTGTTTTAATGAGTTATTTTCAAAGTT 6321 GTGCATTAAACCAAAGTTGGCATACTGGAAGTGTTTATATCAAGTTCCATTTGGCTACTGATGGACAAAAAATAGAAATG 6401 CCTTCCTATGGAGAGTATTTTTCCTTTAAAAAATTAAAAAGGTTAATTATTTTGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Article |
- Kato M; Putta S; Wang M; Yuan H; Lanting L; et al. - Nature cell biology, 2009
Akt kinase is activated by transforming growth factor-beta1 (TGF-beta) in diabetic kidneys, and has important roles in fibrosis, hypertrophy and cell survival in glomerular mesangial cells. However, the mechanisms of Akt activation by TGF-beta are not fully understood. Here we show that TGF-beta activates Akt in glomerular mesangial cells by inducing the microRNAs (miRNAs) miR-216a and miR-217, both of which target PTEN (phosphatase and tensin homologue), an inhibitor of Akt activation. These miRNAs are located within the second intron of a non-coding RNA (RP23-298H6.1-001). The RP23 promoter was activated by TGF-beta and miR-192 through E-box-regulated mechanisms, as shown previously. Akt activation by these miRs led to glomerular mesangial cell survival and hypertrophy, which were similar to the effects of activation by TGF-beta. These studies reveal a mechanism of Akt activation through PTEN downregulation by two miRs, which are regulated by upstream miR-192 and TGF-beta. Due to the diversity of PTEN function, this miR-amplifying circuit may have key roles, not only in kidney disorders, but also in other diseases.
LinkOut: [PMID: 19543271]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Location of target site | 3'UTR |
Article |
- Inui M; Martello G; Piccolo S - Nature reviews. Molecular cell biology, 2010
MicroRNAs (miRNAs) are integral elements in the post-transcriptional control of gene expression. After the identification of hundreds of miRNAs, the challenge is now to understand their specific biological function. Signalling pathways are ideal candidates for miRNA-mediated regulation owing to the sharp dose-sensitive nature of their effects. Indeed, emerging evidence suggests that miRNAs affect the responsiveness of cells to signalling molecules such as transforming growth factor-beta, WNT, Notch and epidermal growth factor. As such, miRNAs serve as nodes of signalling networks that ensure homeostasis and regulate cancer, metastasis, fibrosis and stem cell biology.
LinkOut: [PMID: 20216554]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | PLC/PRF/5 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | miRecord | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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SMAD7 and PTEN are identified as two functional downstream targets of miR-216a /217
... - Xia H; Ooi LL; Hui KM, 2013, Hepatology (Baltimore, Md.). |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Xia H; Ooi LL; Hui KM - Hepatology (Baltimore, Md.), 2013
UNLABELLED: Tumor recurrence and metastases are the major obstacles to improving the prognosis of patients with hepatocellular carcinoma (HCC). To identify novel risk factors associated with HCC recurrence and metastases, we have established a panel of recurrence-associated microRNAs (miRNAs) by comparing miRNA expression in recurrent and nonrecurrent human HCC tissue samples using microarrays (recurrence is defined as recurrent disease occurring within a 2-year time point of the original treatment). Among the panel, expression of the miR-216a/217 cluster was consistently and significantly up-regulated in HCC tissue samples and cell lines associated with early tumor recurrence, poor disease-free survival, and an epithelial-mesenchymal transition (EMT) phenotype. Stable overexpression of miR-216a/217-induced EMT increased the stem-like cell population, migration, and metastatic ability of epithelial HCC cells. Phosphatase and tensin homolog (PTEN) and mothers against decapentaplegic homolog 7 (SMAD7) were subsequently identified as two functional targets of miR-216a/217, and both PTEN and SMAD7 were down-regulated in HCC. Ectopic expression of PTEN or SMAD7 partially rescued miR-216a/217-mediated EMT, cell migration, and stem-like properties of HCC cells. Previously, SMAD7 was shown to be a transforming growth factor beta (TGF-beta) type 1 receptor antagonist. Here, we further demonstrated that overexpression of miR-216a/217 acted as a positive feedback regulator for the TGF-beta pathway and the canonical pathway involved in the activation of phosphoinositide 3-kinase/protein kinase K (PI3K/Akt) signaling in HCC cells. Additionally, activation of the TGF-beta- and PI3K/Akt-signaling pathways in HCC cells resulted in an acquired resistance to sorafenib, whereas blocking activation of the TGF-beta pathway overcame miR-216a/217-induced sorafenib resistance and prevented tumor metastases in HCC. CONCLUSION: Overexpression of miR-216a/217 activates the PI3K/Akt and TGF-beta pathways by targeting PTEN and SMAD7, contributing to hepatocarcinogenesis and tumor recurrence in HCC.
LinkOut: [PMID: 23471579]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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148 hsa-miR-216a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT000534 | PTEN | phosphatase and tensin homolog | 4 | 3 | ||||||||
MIRT005018 | SIRT1 | sirtuin 1 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT005964 | CDC42 | cell division cycle 42 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT005969 | CD44 | CD44 molecule (Indian blood group) | 2 | 1 | ||||||||
MIRT007154 | SMAD7 | SMAD family member 7 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT054887 | BECN1 | beclin 1 | 5 | 3 | ||||||||
MIRT067588 | METAP2 | methionyl aminopeptidase 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT099144 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | 2 | 12 | ||||||||
MIRT162313 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT230668 | DFFA | DNA fragmentation factor subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT256274 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | 2 | 2 | ||||||||
MIRT386817 | RAD51L3-RFFL | RAD51L3-RFFL readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT386825 | RFFL | ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT438816 | HNF4A | hepatocyte nuclear factor 4 alpha | 1 | 1 | ||||||||
MIRT464699 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465962 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466046 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466482 | TECPR2 | tectonin beta-propeller repeat containing 2 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT472209 | NGFRAP1 | brain expressed X-linked 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT472562 | NACC1 | nucleus accumbens associated 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT478921 | CPS1 | carbamoyl-phosphate synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480121 | CALR | calreticulin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497754 | OXGR1 | oxoglutarate receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497967 | TWISTNB | TWIST neighbor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502882 | CDK4 | cyclin dependent kinase 4 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT510191 | MON1B | MON1 homolog B, secretory trafficking associated | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512407 | CD84 | CD84 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513739 | PSD3 | pleckstrin and Sec7 domain containing 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526257 | DROSHA | drosha ribonuclease III | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528968 | FAM19A3 | family with sequence similarity 19 member A3, C-C motif chemokine like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529599 | C6orf132 | chromosome 6 open reading frame 132 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529776 | ZNF486 | zinc finger protein 486 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530110 | PSAPL1 | prosaposin like 1 (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530504 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531437 | PAK1 | p21 (RAC1) activated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534445 | SDR16C5 | short chain dehydrogenase/reductase family 16C member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537286 | GABPB1 | GA binding protein transcription factor beta subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538451 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543085 | ACTB | actin beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550982 | ZNF254 | zinc finger protein 254 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556259 | MAPRE2 | microtubule associated protein RP/EB family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556639 | LAMC1 | laminin subunit gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559127 | C11orf57 | chromosome 11 open reading frame 57 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561405 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569677 | SEC23B | Sec23 homolog B, coat complex II component | 2 | 4 | ||||||||
MIRT574660 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575030 | Tecpr2 | tectonin beta-propeller repeat containing 2 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT617683 | JRKL | JRK like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618540 | SEMA5A | semaphorin 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620805 | C1orf27 | chromosome 1 open reading frame 27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621569 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622133 | SP4 | Sp4 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624913 | CTCFL | CCCTC-binding factor like |