pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-133a-1 |
Genomic Coordinates | chr18: 21825698 - 21825785 |
Synonyms | MIRN133A1, MIR133A1 |
Description | Homo sapiens miR-133a-1 stem-loop |
Comment | This miRNA sequence is predicted based on homology to a verified miRNA from mouse . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-133a-2 |
Genomic Coordinates | chr20: 62564912 - 62565013 |
Synonyms | MIRN133A2, MIR133A2 |
Description | Homo sapiens miR-133a-2 stem-loop |
Comment | This miRNA sequence is predicted based on homology to a verified miRNA from mouse . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-133a-3p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 53| UUUGGUCCCCUUCAACCAGCUG |74 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CACNA1C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CACH2, CACN2, CACNL1A1, CCHL1A1, CaV1.2, LQT8, TS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | calcium voltage-gated channel subunit alpha1 C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000719 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001129827 , NM_001129829 , NM_001129830 , NM_001129831 , NM_001129832 , NM_001129833 , NM_001129834 , NM_001129835 , NM_001129836 , NM_001129837 , NM_001129838 , NM_001129839 , NM_001129840 , NM_001129841 , NM_001129842 , NM_001129843 , NM_001129844 , NM_001129846 , NM_001167623 , NM_001167624 , NM_001167625 , NM_199460 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CACNA1C | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CACNA1C (miRNA target sites are highlighted) |
>CACNA1C|NM_000719|3'UTR 1 TGGGCGCTGCCAGATGCGGGCTTTTTTTTATTTGTTTCAATGTTCCTAATGGGTTCGTTTCAGAAGTGCCTCACTGTTCT 81 CGTGACCTGGAGTTAACCGGAACAGCGTCTTCATTCATTTCTGTTGGGACCAGACGCGGAGCCTGGGTGCGCGAGCCGCC 161 CTCCGGGAGGAAGGCGCCCGGCTGCGTCTGCAGAGGCGGGGAGAGGAGGCGGCGAGGGTCCCGGGGCGCGAGGAAGGCGC 241 CTGCCCTCTCCCAGCTCGCAGGCCCCGGGCCCGGCCGCGCCTCCGCGGGGAGAGCACCCCGGCTTCCCGCGCGCCCTCAC 321 CAAAAGGACCCTACAGCAAACGGGTGTCTTTCGACTCTGCTTGTAGAAACCATTTGCACATATTCTGTACGAGCCTCGCT 401 GTCTCCCTAGAGCCAGGGCCCTGCGGATTTGGAGAAGGGAGCGGGGCAGGACTTCCAGGAGGACCCCAACCCGGCCCGGA 481 GAGGGAGGAGGAGGCCTCCAGGGGCGCGGAGCTCTGGGGATGGGCGTCGGGCCGGCAGTGGTGCGGCTCACTCCGTCCCT 561 GCCCACCTGCGACGGGATCCCCCGACCGGCACGGGCCACGCCGAGCTCCCGGCCAGCCGCCGGCCCGCAGGCAGCGCGAG 641 GGAGGAGCTGCGCCGCCGGCTCCGCCCAACCAGGTGGTGCTGAGCTTCCGCTGAGCGCTCTTTTGTTTTGTGGTTTGACA 721 CTTTTCTTGACAGCATGTTGCAGTTTCTTTTCGGTTTTGGTTTTTTTTAAATGTTTTATTTTGCTTTCCCAGCGGGAGGG 801 GAGGAAGAAGAGTGTTTACAAAGTCCTGTAGCCCCCTCACCTTTCTGTTTTCACTTTTGCCAATGTACATCGGGTTTGGT 881 TTTCTTGTATTATTTAAACGGTTGTGGTTTCCTTTTTCCACGGAGGTTCAATAGAAGCCGCTGCAGGAGAGTTTTACCAA 961 CCATTGTGTATGCCCAATAATTTGTTATCATTTCCTTAGGTAGTAACCTATTTTTGTTCTGGTTTGGTTCGGTTATCTAA 1041 TGGAAAGGTAACTGGCAATGCACTTGATGTGGTCTTGCACATGTGGGTGATAGAGTTGGGTTCCTTTTTATGCTGGGTGT 1121 ACAGGTGGGTTTGGGAGAGAGGAGCATGCGCGAGAGAGTCTCCGAGTGTGTGCGACGCGTGTGTGTGTGGTGGGTTGTCT 1201 GTGTGCATATGTCCTGCCCGTGTATATGCACCCACACCATGTGCCCGTGCACACCAGTGACTACGCAGTCCCCCCTTTCT 1281 GGTTTAGCTGTGGGAAGATCTGAATCTGGGGCCGTTTGAAAGCAAAAACAAACCACTGTCTCTGCTTCTGAAACGGGAAT 1361 CAGTAACTCTTTGCATTTTCTGTCCCACAAGATATGCAAAAACAATGCAATAATATTCATTTAAAAATACAATTGTGAGT 1441 TGTGTTGGCATTAAAACTGTATTTTAAAAAAAGACAGAAATTTAAGGGAAAAACACAAGAAGGCATTTTGCTTCAATATA 1521 TTCCGTGTAATGTTTTATTGCATTGATAATGTTTCTGTTGAAGAAACCGTTATACTTGAATTCAGGTCAGTTTCAGTATT 1601 TTTCAAATATTTTTTTAAAACTGAATTGCAATTGTGCCAAGCGAATATAATGAATTGAATTAAGTTGGTTTTCGGATTCA 1681 CTTCTTGTATATTTTGCTGCATGTAAAGTAAATCATTTTGTATTTGGAGTGTGACAAGCTTTACCTTTGAACTCAAGTGC 1761 TTTTCTATATGTGGTTGGGGGAAAGGGAACAAGTTTTCTTTAGTTTGCACAATGAGCAAAGGTATCACCAGTGTAGTCAT 1841 TATTCTGCTCTCCACAAACAGGTTTGGACATTACTGTTTTGCATATCTTGTGTTTGCTTACATTTCCCTCAATTTTTCCA 1921 AAATCGTTTGCTGGGTATGTTTGTACCGCCTCTTGCTGTGAGAGACCAGGACCTATTTTATTCCAGTCTTCACTCTGTCC 2001 ACTCTGCTCTGGTCATCTGATTTGGTACTTCTCCAAGAACAGCCCTTCACTGTGAGGTGCAGGGAGGCGTTCTGATGAGC 2081 CCTCAGTCACTGGGCCGTCATCCGCATCCCCCATGGAAGAGGTAGCTGGCTTTCCCTTCCCTTCCACCACACGGAATTTT 2161 CTCTTTGGCTTCCTTAGGAAAGTGTACACTAACCGGGAGGATAAAATTAAAGTCAGGCTGCTTGGAGGGAGGGGCATCCT 2241 CACTTCCGGATTCTTGTTGCTCTACCCAACAAGGACAGCAGGGGCTCGAGAAAGGAACTGGTGAAACCCTGATCCATCTG 2321 AAAGTCAACTCTGCGTGCTCCTTTCTCCATCCCTTCCTCACTCTGGAGCAGCCTTTCCTTCAGGCTTGCCCTAATGTTTG 2401 GGCTGCCGGGGAGGGGGCCAGGACAAGGGAAGAGGCATCCGGAGCTCACAGTGGGGGTGGGAACAGATTTTTGTGGGGGC 2481 ATCTCTAATGCTCACTTATATCTCCCTAGAACATCACTCTTTTGGTGCTGTGTCCTTCAAATGTATGTCAACAGTGGTGG 2561 CTGAAAAGGGACTGCTTTGGGGAAAACAGGACCCAACCATTCACCCAGAATTGACCCATTAAATCTCTTCCAGTCCTAGT 2641 GTTCCCTGAGCCCCTCTTGGCACATATATAAGTAAGCTAGAAATTACAATAAGGGACAGTCCATTCCTCTATGACAGCTT 2721 GCTGGACTGATTCATGACAAAGTGGAGAAATGTACTCAATACTCCCCGGTTAACACAGTCTAGAAACAGAGTTTCTTTAT 2801 GGATATCCACACCCAAGTCATCCAAACTTTCTTGATTCCTTTTCACTGCCATCAAGGTCCTCTAGAAATTGAGTTTAGGT 2881 ATCATCCTTTGAAAAGTTCCCAAGATTTCTACCAGGAGGTACACACAGGCGTTCCCTGTCTAGGGCAGGAGGACTATCCT 2961 AGCTTGACCTTCTGATCCACTAGAATAAGACTGGCGTATGATGCCTGTCATCAGAACAGACTGGCACAAGTAGTGACATC 3041 AATGAACCACAGCACAATCTTCCAAGTGATGTCTACTCTCCACCTAAAATGGAATTTTCCCCATGACCTTGTAAAACATA 3121 ATTGTCACATCTTCCATACCCCTCCTGACAGCCCCCAAGTGTCAGGAGAAAACAGTCAGGGGCTAAGGGCCCAAGGGACT 3201 TGAAGAAACAACAGTTTAAGGTCTGCAGTTTGGTCAACTTAATTCTTGTCCTCCGACCAGCCCTGCCTCTTTCATTTCCA 3281 GACCTTGGAGAATTTTTCCCAGCTTTGATTCAGAAGGTACTAGTTATAACCCCTTTCCTTCTTCTTAATCCAATAGGCCT 3361 CACTCTCACTGGGAAATCCACTCAAAGGAACAAGGCAATGTCTCTCATTCTATTTCCCAGTTCCAAATTCCAGGTGCTTG 3441 TCTGGAGTGAAGCTACCCGTTACTTTCTCCCAGCTTTTCTCCACCCAGCATGTCTCCTGCCCATGCAGCTGAAGACAGTG 3521 GGGCAACCTCAGGAGAAGCAGACCTTTCCATGCCCAAGTTCATCTCCTGAGCAACAGTGACACCTAGAAAATGAGGACTT 3601 TGGAAGTCACCCAAAAGATGGTGGCTACTTTATGGAGTCCTGAAGATACACAGCCACCACTCCTAAAGGCAAAGAAAGAA 3681 AACACGAATGTAGGTCAGGGATAGAGTGGAACCCTGGTCATCGGGGTTTTTAGCCTCATCGTGGGAAAGGTGGTAAAGGA 3761 GGATGATGGCATCTCCATCCCTAGAGGCCAAGAATTGAAATATCATTGTCAAGGATTAGAAACAATTCAGCAAAGAGGCC 3841 ACAAAAAGGGCCTGCTGACTCCCAGAAGACCTCTTTAAACCCCAGGGGAGGCAAATACTTGCTGATGGAGTCTGGGCCGT 3921 TTCCATATTTTAAAGAAGACCTGCCTCTGGGGCAAATGTCAGCACAGAGAGGACTGGGAGGAGAATGGAGGCAAGAAAAG 4001 GGCATATTTTGACTCCCTCTGTGCCTCTTCCCAGTTCATGGAAGGATGTGTTCAGCTTACCCACCCACAGTGACCAGTGT 4081 GGTGGAGCCGCTGACATCTCAAGGATCTATTTGGGAAGGTGAGAAGAGTACTCATTCCATCTGGGGGTGTTGTTCCAGCC 4161 ACATCAGCCTACCTGGTGGGATGTGGGGGTGTCTGCCACCCTGTCCCCCCTCTGCTGATGTCCCTCCCCTCAGGCTGTCC 4241 AGGTGCCACCTGACACAGGCTGCTGTGCAAAGACAGGCGGGGAAGCCCAAACCTCACTCCCAGGGAGGCCCTCAGCCGCC 4321 AGAGTCCAGGTTCTCCAGAGGCTACGATTTGAGGAGGTTGAGGGGGAAGACAGGAGGGAAAGAAAAGTCCTACAACTGTC 4401 AGGAATGGGGCACCTTTCCCTGTCCCTAAGCAAAGCTCCCTCTTCCCACTGCCCTCCCCAGCCCCAGCTCCCTGTCCTCC 4481 CCAACACCTAGTGAGAAAGACGGTGCGTGGAAGGGAGTCCCATGGGCAGATGCTTACACGACCTCTTTGTGAAGCCTCTT 4561 CTGGGTTTAACTTCATTCATCAATTTATTCTTATGTCAAAGCAATGAAACTTTTCTTTCTGGAGCCAGATACCAATACAA 4641 CAGGTGAACGGGTTTCTGCCACATCTCTACATTGACGGGGGATGCTTGAACAACCCCCCTCACTACACAGACACACACCG 4721 TTAAGGCACAAGGGCTGGGGTTGAGCTCTAGATGAGGGACTTTCCTGCTCCTGCAAGGGTGAGCACTGTATACACAGACA 4801 AGGAGGGTGCAGTAGAGTGACTCCCTTGGATGGAAGTAGTACCATCAGAACCTACTATTATTATGACATAAATTCTATTT 4881 ACATACATTGAGAGAATACTACAATCAACACTTTTTCCTGGGATGACTTTAAGAGGTTTGAGCCACAGCACCTGAAGTGG 4961 CAAAGATCCATGGTCTTTGTAGGGTATTAGAGAACTCTTCCAGTCACCTCTGAAAGCACTCTAGATCTTGCAGCTGAGTG 5041 GATGAAGTGTAACAAATCTGTTGCACGCTGAGAGGAGTCAGAATTAGCATTTTTCATGAAAGTTCCCCACGTCTCTACTA 5121 AGAATGAGGAAGAAAAGACTAAGACTAGGTAATTACACAGAGGCTTGAAATGTTACATCACCAGAGCCAAGTCCTCTCCC 5201 TTCAGATCAGTTACTGGCTGCTACACAGGGACACCCCCACCTTTTCAGGGCATCCCATGCACTCCACTTCTCAGGATCTA 5281 AGGAATTTGACTTTGTAGGGATCCCAGAAAGGGCACTGTGCCACTTCCCCTGGTGTGAATCAGACATACATTGTACATTC 5361 ATTTCTAAAATTCACTCATGCACCTCAAACCAAGGTCATTATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTCTGGGTGGAAGAGTTT 5441 GTAAGTTTTAAGAGAGGGTCATTTCTATGTGAGGAAATGCAGAAATGGACAGAATGATTCTTATTCACTGTTTGGGTCTG 5521 GAGAATTCCCATTGTGGAAATCTTAGAGATCTCAAGTTTATTACCAAGGGAATAAGGAAAAAAAGGTGAGCAGGCACCAG 5601 GCCAAGCAGTGGCTCCCTTGCCAAGGAACCTGAGGCTGCAGGTTTCAGGGACCCCCTTGAAGAAACCTCTCCTGGCCATT 5681 GGCCAGGAGAAAAGAGAAGTCTCTCCTGTAGAGTCACAAGAGAAGCAAAAGAGGGTGGGTCACTGGGTCCTGGACATAGC 5761 CCCCAACCCCAAGACTTCCCAATATGGAGAAACTACACCAATGTTTAAAAGGGGAAAAGGAAAGAACTTGTACATCAAGG 5841 GAAGATGATTTGTAAACACACAGTCCTGTGCAGAAAGATCCCCTTCAGGAGGTGTCTCCAGCATCCCAAAGCTGTGCGCA 5921 CCTTCTCTTTTCCTGCCTCAGGCCACCTATGCATCCAGCTGCAGCCCATACCCACACCTGAAATCCATCTCTTGAATCCC 6001 AGCCAGGTTATATACCACCCCATTGCCATGTCCTGTCCTGGCCAGAATGCATGCTGTTCCCCCAAGCCTCGTGGGAGTGA 6081 GGCCATGGGAAACAGAGATGAGCATGTCTGGACAAGTCTGTGATGGTAGTGGATGAGAATAACCCATGGCAAAACACGCA 6161 CATTCATTAAGAAATAGGGCGACAGATTCCCCGTTGGTGAAGCACTGAAAGGTCTATTACTCTCATAATATTGCTGTTTT 6241 ATTTTAATCCACCAGAGCTACCATGCAAAACTTTCCTCCTGTGAAACGCTCCAGATAAAGCTCCTCTAATCTCCCCTTCC 6321 CTCATGTCCTCCAGCTCAAACCCACCTTCATCCCCCAAACCAATCTGTATCATGCCTGTTATCAGAGAGGCACAGAAAGA 6401 TGGGCAGTGCCTCCGTTGTCACCATTCCCCACACCCCTACACACCCCCACACCCTCCCCTCCAGGCTCCACGACTTCACA 6481 GTCTTACTGTTGTAAATATCATTGTACAGTTTGTAATCCTCAAATAATCCCATTGTCAGAGGCCTCGCCTGATGGGCCTT 6561 CTCACCCTCGAGAAAGGCCAGGGAATCTAGAAGGGGCAACCCTTCAAGGAGAGCTTCAGGGTCATCTCTGTGTGAGACAC 6641 TATTGTATATTCCTGTAAGATTGCATTTTTATCTAAGGAATGATGTTATTTAAAAAACAAACAAAAAACACAAAAAATAA 6721 GAATTGCAAATAAATTTCTTAACAATGTCT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | miRBase Target Database |
Original Description (Extracted from the article) |
...
fusing with Luciferase"
... - Lu Y; Xiao J; Lin H; Bai Y; Luo X; Wang Z; Yang B, 2009, Nucleic acids research. |
Article |
- Lu Y; Xiao J; Lin H; Bai Y; Luo X; Wang Z; Yang B - Nucleic acids research, 2009
Anti-miRNA antisense inhibitors (AMOs) have demonstrated their utility in miRNA research and potential in miRNA therapy. Here we report a modified AMO approach in which multiple antisense units are engineered into a single unit that is able to simultaneously silence multiple-target miRNAs, the multiple-target AMO or MTg-AMO. We validated the technique with two separate MTg-AMOs: anti-miR-21/anti-miR-155/anti-miR-17-5p and anti-miR-1/anti-miR-133. We first verified the ability of the MTg-AMOs to antagonize the repressive actions of their target miRNAs using luciferase reporter activity assays and to specifically knock down the levels of their target miRNAs using real-time RT-PCR methods. We then used the MTg-AMO approach to identify several tumor suppressors-TGFBI, APC and BCL2L11 as the target genes for oncogenic miR-21, miR-155 and miR-17-5p, respectively, and two cardiac ion channel genes HCN2 (encoding a subunit of cardiac pacemaker channel) and CACNA1C (encoding the alpha-subunit of cardiac L-type Ca(2+) channel) for the muscle-specific miR-1 and miR-133. We further demonstrated that the MTg-AMO targeting miR-21, miR-155 and miR-17-5p produced a greater inhibitory effect on cancer cell growth, compared with the regular single-target AMOs. Moreover, while using the regular single-target AMOs excluded HCN2 as a target gene for either miR-1 or miR-133, the MTg-AMO approach is able to reveal HCN2 as the target for both miR-1 and miR-133. Our findings suggest the MTg-AMO as an improved approach for miRNA target finding and for studying function of miRNAs. This approach may find its broad application for exploring biological processes involving multiple miRNAs and multiple genes.
LinkOut: [PMID: 19136465]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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122 hsa-miR-133a-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT000325 | RHOA | ras homolog family member A | 1 | 2 | ||||||||
MIRT000327 | CDC42 | cell division cycle 42 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT000328 | ERG | ERG, ETS transcription factor | 1 | 1 | ||||||||
MIRT000329 | HCN4 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 4 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT000330 | UCP2 | uncoupling protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT000331 | KRT7 | keratin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT001203 | CACNA1C | calcium voltage-gated channel subunit alpha1 C | 3 | 1 | ||||||||
MIRT001204 | HCN2 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium and sodium channel 2 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT001816 | PKM | pyruvate kinase, muscle | 1 | 1 | ||||||||
MIRT001986 | CASP9 | caspase 9 | 3 | 3 | ||||||||
MIRT002925 | KCNQ1 | potassium voltage-gated channel subfamily Q member 1 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT003542 | FSCN1 | fascin actin-bundling protein 1 | 5 | 4 | ||||||||
MIRT004831 | KCNH2 | potassium voltage-gated channel subfamily H member 2 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT005604 | TAGLN2 | transgelin 2 | 5 | 4 | ||||||||
MIRT005813 | LASP1 | LIM and SH3 protein 1 | 3 | 2 | ||||||||
MIRT006571 | PNP | purine nucleoside phosphorylase | 4 | 2 | ||||||||
MIRT006680 | MSN | moesin | 2 | 1 | ||||||||
MIRT007032 | EGFR | epidermal growth factor receptor | 3 | 5 | ||||||||
MIRT007088 | VKORC1 | vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT007383 | PRDM16 | PR/SET domain 16 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT021693 | TPM1 | tropomyosin 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021695 | FBN1 | fibrillin 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021696 | FAM120C | family with sequence similarity 120C | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021697 | BCAN | brevican | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021698 | TCTEX1D2 | Tctex1 domain containing 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021699 | ARL6IP1 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021700 | RFT1 | RFT1 homolog | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021701 | SENP1 | SUMO1/sentrin specific peptidase 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021702 | SMIM14 | small integral membrane protein 14 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021703 | PRELID1 | PRELI domain containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021704 | CNN2 | calponin 2 | 3 | 3 | ||||||||
MIRT021705 | ARPC5 | actin related protein 2/3 complex subunit 5 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT021706 | FTL | ferritin light chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT021707 | CERS2 | ceramide synthase 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021708 | SEC61B | Sec61 translocon beta subunit | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021709 | PLEKHA3 | pleckstrin homology domain containing A3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021710 | EGFL7 | EGF like domain multiple 7 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021711 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021712 | PIK3R2 | phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021713 | RGS3 | regulator of G protein signaling 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT021714 | COL1A1 | collagen type I alpha 1 chain | 4 | 1 | ||||||||
MIRT021715 | GSTP1 | glutathione S-transferase pi 1 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT035537 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT035579 | KLF15 | Kruppel like factor 15 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT045837 | NR4A2 | nuclear receptor subfamily 4 group A member 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT052647 | BCL2L1 | BCL2 like 1 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT052648 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | 4 | 2 | ||||||||
MIRT053333 | RFFL | ring finger and FYVE like domain containing E3 ubiquitin protein ligase | 4 | 1 | ||||||||
MIRT054310 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | 3 | 2 | ||||||||
MIRT055599 | FAM160B1 | family with sequence similarity 160 member B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT081957 | UBA2 | ubiquitin like modifier activating enzyme 2 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT437400 | MMP14 | matrix metallopeptidase 14 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT437953 | ANXA2 | annexin A2 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT437954 | SNX30 | sorting nexin family member 30 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT437955 | SGMS2 | sphingomyelin synthase 2 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT438719 | PDLIM5 | PDZ and LIM domain 5 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT452802 | PACS2 | phosphofurin acidic cluster sorting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462823 | BCL3 | B-cell CLL/lymphoma 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468494 | SESN2 | sestrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477714 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483852 | EMID1 | EMI domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490039 | PRRT2 | proline rich transmembrane protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491349 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504443 | MC2R | melanocortin 2 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT505701 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513521 | RHOQ | ras homolog family member Q | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517423 | HIST2H2AC | histone cluster 2 H2A family member c | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526599 | DCAKD | dephospho-CoA kinase domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528904 | THBS2 | thrombospondin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533060 | ZBTB37 | zinc finger and BTB domain containing 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534126 | SNX33 | sorting nexin 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534700 | RNF103-CHMP3 | RNF103-CHMP3 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT535732 | MYPN | myopalladin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538529 | CHMP3 | charged multivesicular body protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT550878 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551260 | PSMG1 | proteasome assembly chaperone 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551981 | UGT2B10 | UDP glucuronosyltransferase family 2 member B10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553866 | SYAP1 | synapse associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558810 | CDK5R1 | cyclin dependent kinase 5 regulatory subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559367 | ATP13A3 | ATPase 13A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560941 | ZFP28 | ZFP28 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565461 | SUPT16H | SPT16 homolog, facilitates chromatin remodeling subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566234 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568217 | C11orf24 | chromosome 11 open reading frame 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608912 | NCDN | neurochondrin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT613229 | CCDC39 | coiled-coil domain containing 39 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623563 | ITPKB | inositol-trisphosphate 3-kinase B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637224 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641669 | CCNI | cyclin I | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644440 | ALDOC | aldolase, fructose-bisphosphate C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644755 | TXNRD3NB | thioredoxin reductase 3 neighbor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646711 | PDE1A | phosphodiesterase 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647577 | RBMXL1 | RNA binding motif protein, X-linked like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647760 | RNF168 | ring finger protein 168 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649267 | C17orf64 | chromosome 17 open reading frame 64 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651238 | ZMAT4 | zinc finger matrin-type 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652146 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657168 | IP6K1 | inositol hexakisphosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668302 | FOSL2 | FOS like 2, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687546 | MLEC | malectin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690857 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697060 | PSMC4 | proteasome 26S subunit, ATPase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699725 | SERPINH1 | serpin family H member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700858 | PER2 | period circadian clock 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705068 | C4orf29 | abhydrolase domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709496 | ANGPT4 | angiopoietin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713925 | PIGR | polymeric immunoglobulin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716058 | SFTPB | surfactant protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716724 | APOL6 | apolipoprotein L6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721677 | CMTM4 | CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723379 | NFAM1 | NFAT activating protein with ITAM motif 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT731340 | IGF1 | insulin like growth factor 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT731591 | ZEB1 | zinc finger E-box binding homeobox 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT732526 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | 2 | 0 | ||||||||
MIRT732527 | KDM5C | lysine demethylase 5C | 2 | 0 | ||||||||
MIRT732589 | BCL2 | BCL2, apoptosis regulator | 2 | 0 | ||||||||
MIRT732590 | CASP3 | caspase 3 | 2 | 0 | ||||||||
MIRT733594 | PPP2CA | protein phosphatase 2 catalytic subunit alpha | 3 | 0 | ||||||||
MIRT735355 | MB | myoglobin | 1 | 0 | ||||||||
MIRT735744 | CDCA8 | cell division cycle associated 8 | 3 | 0 | ||||||||
MIRT736984 | SET | SET nuclear proto-oncogene | 1 | 0 | ||||||||
MIRT737550 | TGFB1 | transforming growth factor beta 1 | 4 | 0 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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