pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-19b-1 |
Genomic Coordinates | chr13: 91351192 - 91351278 |
Synonyms | MIRN19B1, miR-19b-1, miRNA19B1, MIR19B1 |
Description | Homo sapiens miR-19b-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-19b-2 |
Genomic Coordinates | chrX: 134169671 - 134169766 |
Synonyms | MIRN19B2, miR-19b-2, MIR19B2 |
Description | Homo sapiens miR-19b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-19b-3p | ||||||||||||||||||
Sequence | 54| UGUGCAAAUCCAUGCAAAACUGA |76 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ATXN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATX1, D6S504E, SCA1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ataxin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000332 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001128164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ATXN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ATXN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ATXN1|NM_000332|3'UTR 1 AGGCAGCGTGGGGGAAAGGAAACGTGGCTCTCCCTTATCATTTGTATCCAGATTACTGTACTGTAGGCTAAAATAACACA 81 GTATTTACATGTTATCTTCTTAATTTTAGGTTTCTGTTCTAACCTTGTCATTAGAGTTACAGCAGGTGTGTCGCAGGAGA 161 CTGGTGCATATGCTTTTTCCACGAGTGTCTGTCAGTGAGCGGGCGGGAGGAAGGGCACAGCAGGAGCGGTCAGGGCTCCA 241 GGCATCCCCGGGGAAGAAAGGAACGGGGCTTCACAGTGCCTGCCTTCTCTAGCGGCACAGAAGCAGCCGGGGGCGCTGAC 321 TCCCGCTAGTGTCAGGAGAAAAGTCCCGTGGGAAGGGTCCTGCAGGGGTGCAGGGTTGCACGCATGTGGGGGTGCACAGG 401 CGCTGTGGCGGCGAGTGAGGGTCTCTTTTTCTCTGCCTCCCTCTGCCTCACTCTCTTGCTATCGGCATGGGCCGGGGGGG 481 TTCAGAGCAGTGTCCTCCTGGGGTTCCCACGTGCAAAATCAACATCAGGAACCCAGCTTCAGGGCATCGCGGAGACGCGT 561 CAGATGGCAGATTTGGAAAGTTAACCATTTAAAAGAACATTTTTCTCTCCAACATATTTTACAATAAAAGCAACTTTTAA 641 TTGTATAGATATATATTTCCCCCTATGGGGCCTGACTGCACTGATATATATTTTTTTTAAAGAGCAACTGCCACATGCGG 721 GATTTCATTTCTGCTTTTTACTAGTGCAGCGATGTCACCAGGGTGTTGTGGTGGACAGGGAAGCCCCTGCTGTCATGGCC 801 CCACATGGGGTAAGGGGGGTTGGGGGTGGGGGAGAGGGAGAGAGCGAACACCCACGCTGGTTTCTGTGCAGTGTTAGGAA 881 AACCAATCAGGTTATTGCATTGACTTCACTCCCAAGAGGTAGATGCAAACTGCCCTTCAGTGAGAGCAACAGAAGCTCTT 961 CACGTTGAGTTTGCGAAATCTTTTTGTCTTTGAACTCTAGTACTGTTTATAGTTCATGACTATGGACAACTCGGGTGCCA 1041 CTTTTTTTTTTTTTCAGATTCCAGTGTGACATGAGGAATTAGATTTTGAAGATGAGCATATATTACTATCTTTAAGCATT 1121 TAAAAATACTGTTCACACTTTATTACCAAGCATCTTGGTCTCTCATTCAACAAGTACTGTATCTCACTTTAAACTCTTTG 1201 GGGAAAAAACAAAAACAAAAAAAACTAAGTTGCTTTCTTTTTTTCAACACTGTAACTACATTTCAGCTCTGCAGAATTGC 1281 TGAAGAGCAAGATATTGAAAGTTTCAATGTGGTTTAAAGGGATGAATGTGAATTATGAACTAGTATGTGACAATAAATGA 1361 CCACCAAGTACTACCTGACGGGAGGCACTTTTCACTTTGATGTCTGAGAATCAGTTCAAGGCATATGCAGAGTTGGCAGA 1441 GAAACTGAGAGAAAAGGGATGGAGAAGAGAATACTCATTTTTGTCCAGTGTTTTTCTTTTTAAGATGAACTTTTAAAGAA 1521 CCTTGCGATTTGCACATATTGAGTTTATAACTTGTGTGATATTCCTGCAGTTTTTATCCAATAACATTGTGGGAAAGGTT 1601 TGGGGGACTGAACGAGCATAAATAAATGTAGCAAAATTTCTTTCTAACCTGCCTAAACTCTAGGCCATTTTATAAGGTTA 1681 TGTTCCTTTGAAAATTCATTTTGGTCTTTTTACCACATCTGTCACAAAAAGCCAGGTCTTAGCGGGCTCTTAGAAACTCT 1761 GAGAATTTTCTTCAGATTCATTGAGAGAGTTTTCCATAAAGACATTTATATATGTGAGCAAGATTTTTTTTAAACAATTA 1841 CTTTATTATTGTTGTTATTAATGTTATTTTCAGAATGGCTTTTTTTTTTCTATTCAAAATCAAATCGAGATTTAATGTTT 1921 GGTACAAACCCAGAAAGGGTATTTCATAGTTTTTAAACCTTTCATTCCCAGAGATCCGAAATATCATTTGTGGGTTTTGA 2001 ATGCATCTTTAAAGTGCTTTAAAAAAAAGTTTTATAAGTAGGGAGAAATTTTTAAATATTCTTACTTGGATGGCTGCAAC 2081 TAAACTGAACAAATACCTGACTTTTCTTTTACCCCATTGAAAATAGTACTTTCTTCGTTTCACAAATTAAAAAAAAAATC 2161 TGGTATCAACCCACATTTTGGCTGTCTAGTATTCATTTACATTTAGGGTTCACCAGGACTAATGATTTTTATAAACCGTT 2241 TTCTGGGGTGTACCAAAAACATTTGAATAGGTTTAGAATAGCTAGAATAGTTCCTTGACTTTCCTCGAATTTCATTACCC 2321 TCTCAGCATGCTTGCAGAGAGCTGGGTGGGCTCATTCTTGCAGTCATACTGCTTATTTAGTGCTGTATTTTTTAAACGTT 2401 TCTGTTCAGAGAACTTGCTTAATCTTCCATATATTCTGCTCAGGGCACTTGCAATTATTAGGTTTTGTTTTTCTTTTTGT 2481 TTTTTAGCCTTTGATGGTAAGAGGAATACGGGCTGCCACATAGACTTTGTTCTCATTAATATCACTATTTACAACTCATG 2561 TGGACTCAGAAAAACACACACCACCTTTTGGCTTACTTCGAGTATTGAATTGACTGGATCCACTAAACCAACACTAAGAT 2641 GGGAAAACACACATGGTTTGGAGCAATAGGAACATCATCATAATTTTTGTGGTTCTATTTCAGGTATAGGAATTATAAAA 2721 TAATTGGTTCTTTCTAAACACTTGTCCCATTTCATTCTCTTGCTTTTTTAGCATGTGCAATACTTTCTGTGCCAATAGAG 2801 TCTGACCAGTGTGCTATATAGTTAAAGCTCATTCCCTTTTGGCTTTTTCCTTGTTTGGTTGATCTTCCCCATTCTGGCCA 2881 GAGCAGGGCTGGAGGGAAGGAGCCAGGAGGGAGAGAGCCTCCCACCTTTCCCCTGCTGCGGATGCTGAGTGCTGGGGCGG 2961 GGAGCCTTCAGGAGCCCCGTGCGTCTGCCGCCACGTTGCAGAAAGAGCCAGCCAAGGAGACCCGGGGGAGGAACCGCAGT 3041 GTCCCCTGTCACCACACGGAATAGTGAATGTGGAGTGTGGAGAGGAAGGAGGCAGATTCATTTCTAAGACGCACTCTGGA 3121 GCCATGTAGCCTGGAGTCAACCCATTTTCCACGGTCTTTTCTGCAAGTGGGCAGGCCCCTCCTCGGGGTCTGTGTCCTTG 3201 AGACTTGGAGCCCTGCCTCTGAGCCTGGACGGGAAGTGTGGCCTGTTGTGTGTGTGCGTTCTGAGCGTGTTGGCCAGTGG 3281 CTGTGGAGGGGACCACCTGCCACCCACGGTCACCACTCCCTTGTGGCAGCTTTCTCTTCAAATAGGAAGAACGCACAGAG 3361 GGCAGGAGCCTCCTGTTTGCAGACGTTGGCGGGCCCCGAGGCTCCCAGAGCAGCCTCTGTCACCGCTTCTGTGTAGCAAA 3441 CATTAACGATGACAGGGGTAGAAATTCTTCGGTGCCGTTCAGCTTACAAGGATCAGCCATGTGCCTCTGTACTATGTCCA 3521 CTTTGCAATATTTACCGACAGCCGTCTTTTGTTCTTTCTTTCCTGTTTTCCATTTTTAAACTAGTAACAGCAGGCCTTTT 3601 GCGTTTACAATGGAACACAATCACCAAGAAATTAGTCAGGGCGAAAAGAAAAAAATAATACTATTAATAAGAAACCAACA 3681 AACAAGAACCTCTCTTTCTAGGGATTTCTAAATATATAAAATGACTGTTCCTTAGAATGTTTAACTTAAGAATTATTTCA 3761 GTTTGTCTGGGCCACACTGGGGCAGAGGGGGGAGGGAGGGATACAGAGATGGATGCCACTTACCTCAGATCTTTTAAAGT 3841 GGAAATCCAAATTGAATTTTCATTTGGACTTTCAGGATAATTTTCTATGTTGGTCAACTTTTCGTTTTCCCTAACTCACC 3921 CAGTTTAGTTTGGGATGATTTGATTTCTGTTGTTGTTGATCCCATTTCTAACTTGGAATTGTGAGCCTCTATGTTTTCTG 4001 TTAGGTGAGTGTGTTGGGTTTTTTCCCCCCACCAGGAAGTGGCAGCATCCCTCCTTCTCCCCTAAAGGGACTCTGCGGAA 4081 CCTTTCACACCTCTTTCTCAGGGACGGGGCAGGTGTGTGTGTGGTACACTGACGTGTCCAGAAGCAGCACTTTGACTGCT 4161 CTGGAGTAGGGTTGTACAATTTCAAGGAATGTTTGGATTTCCTGCATCTTGTGGATTACTCCTTAGATACCGCATAGATT 4241 GCAATATAATGCTGCATGTTCAAGATGAACAGTAGCTCCTAGTAATCATAAAATCCACTCTTTGCACAGTTTGATCTTTA 4321 CTGAAATATGTTGCCAAAATTTATTTTTGTTGTTGTAGCTCTGGATTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAAGGAAACGATTGA 4401 CAATACCCTTTAACATCTGTGACTACTAAGGAAACCTATTTCTTTCATAGAGAGAAAAATCTCCAATGCTTTTGAAGACA 4481 CTAATACCGTGCTATTTCAGATATGGGTGAGGAAGCAGAGCTCTCGGTACCGAAGGCCGGGCTTCTTGAGCTGTGTTGGT 4561 TGTCATGGCTACTGTTTCATGAACCACAAGCAGCTCAACAGACTGGTCTGTTGCCTTCTGAAACCCTTTGCACTTCAATT 4641 TGCACCAGGTGAAAACAGGGCCAGCAGACTCCATGGCCCAATTCGGTTTCTTCGGTGGTGATGTGAAAGGAGAGAATTAC 4721 ACTTTTTTTTTTTTTAAGTGGCGTGGAGGCCTTTGCTTCCACATTTGTTTTTAACCCAGAATTTCTGAAATAGAGAATTT 4801 AAGAACACATCAAGTAATAAATATACAGAGAATATACTTTTTTATAAAGCACATGCATCTGCTATTGTGTTGGGTTGGTT 4881 TCCTCTCTTTTCCACGGACAGTGTTGTGTTTCTGGCATAGGGAAACTCCAAACAACTTGCACACCTCTACTCCGGAGCTG 4961 AGATTTCTTTTACATAGATGACCTCGCTTCAAATACGTTACCTTACTGATGATAGGATCTTTTCTTGTAGCACTATACCT 5041 TGTGGGAATTTTTTTTTAAATGTACACCTGATTTGAGAAGCTGAAGAAAACAAAATTTTGAAGCACTCACTTTGAGGAGT 5121 ACAGGTAATGTTTTAAAAAATTGCACAAAAGAAAAATGAATGTCGAAATGATTCATTCAGTGTTTGAAAGATATGGCTCT 5201 GTTGAAACAATGAGTTTCATACTTTGTTTGTAAAAAAAAAAAAGCAGAGAAGGGTTGAAAGTTACATGTTTTTTTGTATA 5281 TAGAAATTTGTCATGTCTAAATGATCAGATTTGTATGGTTATGGCCTGGAAGAATTACTACGTAAAAGGCTCTTAAACTA 5361 TACCTATGCTTATTGTTATTTTTGTTACATATAGCCCTCGTCTGAGGGAGGGGAACTCGGTATTCTGCGATTTGAGAATA 5441 CTGTTCATTCCTATGCTGAAAGTACTTCTCTGAGCTCCCTTCTTAGTCTAAACTCTTAAGCCATTGCAACTTCTTTTTCT 5521 TCAGAGATGATGTTTGACATTTTCAGCACTTCCTGTTCCTATAAACCCAAAGAATATAATCTTGAACACGAAGTGTTTGT 5601 AACAAGGGATCCAGGCTACCAATCAAACAGGACTCATTATGGGGACAAAAAAAAAAATTATTTCACCTTCTTTCCCCCCA 5681 CACCTCATTTAAATGGGGGGAGTAAAAACATGATTTCAATGTAAATGCCTCATTTTATTTTAGTTTTATTTTGATTTTTA 5761 TTTAATATAAAGAGGCCAGAATAAATACGGAGCATCTTCTCAGAATAGTATTCCTGTCCAAAAATCAAGCCGGACAGTGG 5841 AAACTGGACAGCTGTGGGGATATTAAGCACCCCCACTTACAATTCTTAAATTCAGAATCTCGTCCCCTCCCTTCTCGTTG 5921 AAGGCAACTGTTCTGGTAGCTAACTTTCTCCTGTGTAATGGCGGGAGGGAACACCGGCTTCAGTTTTTCATGTCCCCATG 6001 ACTTGCATACAAATGGTTCAACTGTATTAAAATTAAGTGCATTTGGCCAATAGGTAGTATCTATACAATAACAACAATCT 6081 CTAAGAATTTCCATAACTTTTCTTATCTGAAAGGACTCAAGTCTTCCACTGCAGATACATTGGAGGCTTCACCCACGTTT 6161 TCTTTCCCTTTAGTTTGTTTGCTGTCTGGATGGCCAATGAGCCTGTCTCCTTTTCTGTGGCCAATCTGAAGGCCTTCGTT 6241 GGAAGTGTTGTTTACAGTAATCCTTACCAAGATAACATACTGTCCTCCAGAATACCAAGTATTAGGTGACACTAGCTCAA 6321 GCTGTTGTCTTCAGAGCAGTTACCAAGAAGCTCGGTGCACAGGTTTTCTCTGGTTCTTACAGGAACCACCTACTCTTTCA 6401 GTTTTCTGGCCCAGGAGTGGGGTAAATCCTTTAGTTAGTGCATTTGAACTTGATACCTGTGCATTCAGTTCTGTGAATAC 6481 TGCCCTTTTTGGCGGGGTTTCCTCATCTCCCCAGCCTGAACTGCTCAACTCTAAACCCAAATTAGTGTCAGCCGAAAGGA 6561 GGTTTCAAGATAGTCCTGTCAGTATTTGTGGTGACCTTCAGATTAGACAGTCTTCATTTCCAGCCAGTGGAGTCCTGGCT 6641 CCAGAGCCATCTCTGAGACTCGTACTACTGGATGTTTTAATATCAGATCATTACCCACCATATGCCTCCCACAGGCCAAG 6721 GGAAAACAGACACCAGAACTTGGGTTGAGGGCACTACCAGACTGACATGGCCAGTACAGAGGAGAACTAGGGAAGGAATG 6801 ATGTTTTGCACCTTATTGAAAAGAAAATTTTAAGTGCATACATAATAGTTAAGAGCTTTTATTGTGACAGGAGAACTTTT 6881 TTCCATATGCGTGCATACTCTCTGTAATTCCAGTGTAAAATATTGTACTTGCACTAGCTTTTTTAAACAAATATTAAAAA 6961 ATGGAAGAATTCATATTCTATTTTCTAATCGTGGTGTGTCTATTTGTAGGATACACTCGAGTCTGTTTATTGAATTTTAT 7041 GGTCCCTTTCTTTGATGGTGCTTGCAGGTTTTCTAGGTAGAAATTATTTCATTATTATAATAAAACAATGTTTGATTCAA 7121 AATTTGAACAAAATTGTTTTAAATAAATTGTCTGTATACCAGTACAAGTTTATTGTTTCAGTATACTCGTACTAATAAAA 7201 TAACAGTGCCAATTGCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HeLa , MCF7 , HEK293T |
Location of target site | 3'UTR |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"miR-19a
... - Lee Y; Samaco RC; Gatchel JR; Thaller C; et al., 2008, Nature neuroscience. |
Article |
- Lee Y; Samaco RC; Gatchel JR; Thaller C; et al. - Nature neuroscience, 2008
Spinocerebellar ataxia type 1 is caused by expansion of a translated CAG repeat in ataxin1 (ATXN1). The level of the polyglutamine-expanded protein is one of the factors that contributes to disease severity. Here we found that miR-19, miR-101 and miR-130 co-regulate ataxin1 levels and that their inhibition enhanced the cytotoxicity of polyglutamine-expanded ATXN1 in human cells. We provide a new candidate mechanism for modulating the pathogenesis of neurodegenerative diseases sensitive to protein dosage.
LinkOut: [PMID: 18758459]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
|
Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | Jiyoye |
Tools used in this research | TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Supplenentary. RNA binding protein: AGO2.
... - Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al., 2012, The EMBO journal. |
Article |
- Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al. - The EMBO journal, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) controls gene expression to transform human B cells and maintain viral latency. High-throughput sequencing and crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) identified mRNA targets of 44 EBV and 310 human microRNAs (miRNAs) in Jijoye (Latency III) EBV-transformed B cells. While 25% of total cellular miRNAs are viral, only three viral mRNAs, all latent transcripts, are targeted. Thus, miRNAs do not control the latent/lytic switch by targeting EBV lytic genes. Unexpectedly, 90% of the 1664 human 3'-untranslated regions targeted by the 12 most abundant EBV miRNAs are also targeted by human miRNAs via distinct binding sites. Half of these are targets of the oncogenic miR-17 approximately 92 miRNA cluster and associated families, including mRNAs that regulate transcription, apoptosis, Wnt signalling, and the cell cycle. Reporter assays confirmed the functionality of several EBV and miR-17 family miRNA-binding sites in EBV latent membrane protein 1 (LMP1), EBV BHRF1, and host CAPRIN2 mRNAs. Our extensive list of EBV and human miRNA targets implicates miRNAs in the control of EBV latency and illuminates viral miRNA function in general.
LinkOut: [PMID: 22473208]
|
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|