pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-let-7g |
Genomic Coordinates | chr3: 52268278 - 52268361 |
Synonyms | LET7G, MIRNLET7G, hsa-let-7g, MIRLET7G |
Description | Homo sapiens let-7g stem-loop |
Comment | let-7g-3p cloned in has a 1 nt 3' extension (U), which is incompatible with the genome sequence. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-let-7g-5p | ||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 5| UGAGGUAGUAGUUUGUACAGUU |26 | ||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
DRVs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | IGF2BP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CRD-BP, CRDBP, IMP-1, IMP1, VICKZ1, ZBP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001160423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_006546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IGF2BP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IGF2BP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>IGF2BP1|NM_001160423|3'UTR 1 CCAGCCCCTCCCTGTCCCTTCGAGTCCAGGACAACAACGGGCAGAAATCGAGAGTGTGCTCTCCCCGGCAGGCCTGAGAA 81 TGAGTGGGAATCCGGGACACCTGGGCCGGGCTGTAGATCAGGTTTGCCCACTTGATTGAGAAAGATGTTCCAGTGAGGAA 161 CCCTGATCTCTCAGCCCCAAACACCCACCCAATTGGCCCAACACTGTCTGCCCCTCGGGGTGTCAGAAATTCTAGCGCAA 241 GGCACTTTTAAACGTGGATTGTTTAAAGAAGCTCTCCAGGCCCCACCAAGAGGGTGGATCACACCTCAGTGGGAAGAAAA 321 ATAAAATTTCCTTCAGGTTTTAAAAACATGCAGAGAGGTGTTTTAATCAGCCTTAAAGGATGGTTCATTTCTTGACCTTA 401 ATGTTTTTCCAATCTTCTTCCCCCTACTTGGGTAATTGATTAAAATACCTCCATTTACGGCCTCTTTCTATATTTACACT 481 AATTTTTTTATCTTTATTGCTACCAGAAAAAAATGCGAACGAATGCATTGCTTTGCTTACAGTATTGACTCAAGGGAAAA 561 GAACTGTCAGTATCTGTAGATTAATTCCAATCACTCCCTAACCAATAGGTACAATACGGAATGAAGAAGAGGGGAAAATG 641 GGGAGAAAGATGGTTAAAATACATAATAATCCACGTTTAAAAGGAGCGCACTTGTGGCTGATCTATGCCAGATCACCATC 721 TTCAAATTGGCACAACTGAAATTTCCCCACTCTGTTGGGGCTTCCCCACCACATTCATGTCCCTCTCCCGTGTAGGTTTC 801 ACATTATGTCCAGGTGCACATAGGTGGTATTGAATGCTCAGCAGGGTAGGGGCTGACCACTGTCCCTGATTCCCATCGTT 881 CTCAGGCGGATTTTATATTTTTTTAAAGTCTATTTTAATGATTGGATATGAGCACTGGGAAGGGGACGCTAACTCCCCTT 961 GATAAAGTCTCGGTTCCATGGAGGACTTGAGTGGCCCCAAAGGCTGCCACGGTGCCCTCACCCCAGCCCATGTGCTCCCA 1041 TAAGGGCTGGTTCCTAGAGGCAGGGGTTGTGGGGCACTCCCAGCCACGGCACTGTTACCTTGGTGGTGGGACTTGGAACC 1121 CAACCCTGAGCTCCCGATAAAGCTAAAGTCCATCATCTGGCAAATTCAGTAAATTGGAGAGTACTTGCTTCTGTTTGTAT 1201 CTGAGAGGAATTTTTAACTGACGGCTTCTGTCTCCATGAATCATTATCAGCATGATGAAAGGTGTGTCTAAAAAACAATT 1281 CAGAATACCAGCAGCATTGTACAGCAAGGGGTAAATAAGCTTAATTTATTAATTTACCAGGCTTAATTAAGATCCCATGG 1361 AGTGTTTAGCCCTTGTGGGAGACAGAAGCCATCAGTTAAATGAGGTTAGGCCTCTCCTCCTAATATACTGATTGACAATG 1441 CATATTAGCCAGGTAATGCACTTTAGCTACCCTGGACAATGCTATCAAGTGTGCTGGGAAGGGAGGAAGGCCTCTCTACA 1521 TATGGAAAAGCCCATGCGTGGAGTTCCCCTCCTTTCAACATTGCAACAACAGTAACAACAAGACAACCGCAACATGTGGG 1601 CGTAGTCAGGCAATGCTGTGTGCGAAGTAAACTACCTCAAGGTATGAAGTTACCTCAGCAATTATTTTCCTTTTTGTTCC 1681 CCCCAACCCCATTAAAAAAATTTTTTTTTGATTTTTGTTTTTTTGCAGCTTGCTGATATTTTATATAAAAAAGAAAAGCA 1761 AAGCAAAAGAGAAGCTGATAGTCTTGAATATTTTATTTTTTTAATGAAAAGAAAAAACAAGAAAGTTATGTTTCATAATT 1841 TCTTACAACATGAGCCAGTAACCCTTTAGGAACTCTCTATGGAGAACAGGCCTGGTGGGAAAGGCTTTGGGGGCTGCCCC 1921 CTTAGGAGGAGGCTAGTGCTAAGAGGGAAGGCCCAGGTTTGAGAGAGCCCAGAGGGGCAGAGCCCAGAGCCTTGTTTGGC 2001 CCTGATCTCTGACTTCTAGAGCCCCAGCTGCTGGCGGCTGCTGGAATATCCTACCTGATAGGATTAAAAGGCCTAGTGGA 2081 GCTGGGGGCTCTCAGTGGTTAAACAATGCCCAACAACCAACCAGCTGGCCCTTGGTCTCCTCTCTTTCCTCCTTTGGTTA 2161 AAGAGCATCTCAGCCAGCTTTTCCCACCAGTGGTGCTGTTGAGATATTTTAAAATATTGCCTCCGTTTTATCGAGGAGAG 2241 AAATAATAACTAAAAAATATACCCTTTAAAAAAACCTATATTTCTCTGTCTAAAAATATGGGAGCTGAGATTCCGTTCGT 2321 GGAAAAAAGACAAGGCCACCCTCTCGCCCTCAGAGAGGTCCACCTGGTTTGTCATTGCAATGCTTTTCATTTTTTTTTTT 2401 TGTTATTGTTTCATTTCAGTTCCGTCTTGCTATTCTTCCTAATCTATATCCATAGATCTAAGGGGCAAACAGATACTAGT 2481 TAACTGCCCCCACCTCTGTCTCCCTGTCTTCTTTAGATCGGTCTGATTGATTTTAAAAGTGGACCCAAACTTAGGGAATT 2561 CTTGATTTAGGGTGGCTGGTGGCAAGGAGGGGCAGGGGATATGGGGACGTGACTGGGACAGGTTCCTGCCTTATCATTTT 2641 CTCCCTAGGACATTCCCTTGTAGCCCCCAGAATTGTCTGGCCCAAATTGAATAGAAGCAGAAAAACATTTAGGGATAACA 2721 TCAGGCCAGTAGAATTAAGCCTCTCCACCTGTCCCAACCATAAAAAGGGTCTCCCAGCTTTCCATCTCTGGCTCTATATG 2801 CTTTATCCCAAAACAAAGCAGATAACGTTCAGACGTCGGCCATTTAGTAATTTAAAGCGAATTTCCAGCAGCAAGCATGC 2881 TTTGATATCTGGTTCAGACTATCATCAGGAAGAAAAAAAAATCCCACAGTACCTGAAATGTGATTGTTGCAGTGTTCAGT 2961 TTCCTTGGGGGCCTGCTCCCTTCACACCTTGAGCCCAAGTCCTTTTCCGTTGGCTGATTCAGCTCCCAGAAGAGACGAGG 3041 AAGTGTGTGGCAAGGGACTGGAAAACTTCACTTGCTTGGATTAGGCAAGGCTCCACTCATTGTTGATATTTGCCCAGCAG 3121 GAAAATCATGTAAGTTATACCACCAGAAAGCAAAAGGAGCATGGTTTGGTGGTTAAGGTTTAGTGGGATGAAGGACCTGT 3201 CTTGGTGGGCCGGGCCCTCTTGTGCCCCGTAGGCTAGGTCTTAGGGCAACTCCTTGCCCTCCTGCTCAGCACCTCCATTT 3281 CCCCATCCTTGGTGAGATAACAAGCTATCGCGAAAAGCACTTGGGAGATTTGGATGATTTGAGAAGAGTGACTTAAAAAA 3361 AATGCTTCTGTGCTCTAAGATATATATGTGTGTGTGTGTGCTACATATATATTTTTAAGAAAGGACCATCTCTTTAGGAT 3441 ATATTTTTAAATTCTTTGAAACACATAACCAAAATGGTTTGATTCACTGACTGACTTTGAAGCTGCATCTGCCAGTTACA 3521 CCCCAAATGGCTTTAATCCCCTCTCGGGTCTGGTTGCCTTTTGCAGTTTGGGTTGTGGACTCAGCTCCTGTGAGGGGTCT 3601 GGTTAGGAGAGAGCCATTTTTAAGGACAGGGAGTTTTATAGCCCTTTTCTACTTTCCTCCCCTCCTCCCAGTCCTTATCA 3681 ATCTTTTTTCCTTTTTCCTGACCCCCTCCTTCTGGAGGCAGTTGGGAGCTATCCTTGTTTATGCCTCACTATTGGCAGAA 3761 AAGACCCCATTTAAAACCCAGAGAACACTGGAGGGGGATGCTCTAGTTGGTTCTGTGTCCATTTTCCTCTGTGCCAAAGA 3841 CAGACAGACAGAGGCTGAGAGAGGCTGTTCCTGAATCAAAGCAATAGCCAGCTTTCGACACATACCTGGCTGTCTGAGGA 3921 GGAAGGCCTCCTGGAAACTGGGAGCTAAGGGCGAGGCCCTTCCCTTCAGAGGCTCCTGGGGGATTAGGGTGTGGTGTTTG 4001 CCAAGCCAAGGGGTAGGGAGCCGAGAAATTGGTCTGTCGGCTCCTGGTTGCACTTTGGGGAAGGAGAGGAAGTTTGGGGC 4081 TCCAGGTAGCTCCCTGTTGTGGGACTGCTCTGTCCCCTGCCCCTACTGCAGAGATAGCACTGCCGAGTTCCCTTCAGGCC 4161 TGGCAGACGGGCAGTGAGGAGGGGCCTCAGTTAGCTCTCAAGGGTGCCTTCCCCTCCTCCCAACCCAGACATACCCTCTG 4241 CCAAACTGGGAACCAGCAGTGCTAGTAACTACCTCACAGAGCCCCAGAGGGCCTGCTTGAGCCTTCTTGCTCCACAGGAG 4321 AAGCTGGTGCCTCTAGGCAACCCCTTCCTCCCACCTCTCATCAGGGGTGGGGGTTCTCCTTTCTTTCCCCTGAAGTGTTT 4401 ATGGGGAGATCCTAGTGGCTTTGCCATTCAAACCACTCGACTGTTTGCCTGTTTCTTGAAAACCAGTAGAAGGGAAACAG 4481 CACAGCCTGTCACAGTAATTGCAGGAAGATTGAAGAAAAATCCTCATCAATGCCAGGGGACATAAAAGCCATTTCCCTTC 4561 CAAATACTCGACAATTTAGATGCAGAACATTTCTCTGTATTCAGACTTAGAGTAACACCAGCTGAAAACTGCAGTTTCTT 4641 TCCTTTGGATACATAAGGCTTCTCTATCGGGGTACGGGACAGGGAGGAGGCCTCATGTCTGAAGGGGGATTTAGGGGCGA 4721 GAGCCCCAGCCCTGACCCTCGGTCCTGTGCACCGCTTTGGGGCACAGTCTGATGGCGCCTTTGCTGGCGCCTTAGTATGG 4801 TTGACTCCGGATGGACAAAAGAAAAAAAATTTTTTTTCTTGAATGAAATAGCAGGAAGCTCCTCGGGAGCATGTGTTTTG 4881 ATTAACCGCAGGTGATGGATGCTACGAGTATAAATGGATTAACTACCTCAATCCTTACAGTAAGATTGGAACTAAGGGCA 4961 GGGACTCATGCATAAGGGTATGAATCCCAGCCAGGACAAGTGAGTTGAGGCTTGTGCCACAAAAGGTTTGTCCTTGGGGA 5041 ACAGGCAGGCCTGCCAGGATCCCCCCCATATCGATTGGGCTGGGAGGGCTGGCCATGAGGTCCCCACTTTCTGCTTTCCT 5121 TGCCCATGTGTCACCCCTTTGGCCTCCAGCTTGTCCCTCTCTCACTTTCTATAGCTTTGTTGGACCAGATGGTGAGGAAA 5201 GGAATGGCCTCTTCCCTTCTAGAGGGGGCTGGCTGGAGTGAGACCTGGGGCTTGGCCTGGAACCCACCACACAGCCCCAA 5281 AGTCAGGAAGCCTGGGGAAACCAGAGCTGAGACCTCTTCAACAGGGTTTCTTTGAGATCCTACACCTCCATTGGGCCCTT 5361 TTTCAGTCTTCAATGGGGGCCCAGTTGGCTCTAGAAGGAGAAGAGGTGAAGCAGGATCCTTTGCCCTGGGGGAGTCTGAG 5441 GGCGCGGTCCTTGGACTCATTCAGGCCGTCTTTGTAGTTGGGGGAGTTCCACTGGGCGATCCCAGCCCCTCCCCACCCAC 5521 CCTCTAATGGACCTCCTCATAGAAGCCCCATTTCACTTTTGTTTTATCTACCTCTTAGCAAAACAATAGATAAATTAGGT 5601 AGTGGCAGCTCCACTTGCTTAGGTTAGGGGGGGAAAAAGATTTCTTTTTCCAAAGGAAAAAAATATTACCTTGAGAATAC 5681 TTTCCAAAAAATAAAATTAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAAAAGGGAGACATTTTCCAGTGACCAC 5761 TGGATTGTTTTAATTTCCCAAGCTTTTTTTTCCCCCATAAATAAGTTTCACTCTTTGGCGATTTTCTTCACTTGTTTAAG 5841 ATAACGTGCTAGCTATTCCAACAGGTAACAGCTTTCACAGTCTGCCCCTGGCCTGTCTCACCCCATCCCCCACCCTATTC 5921 CTGCCAGTGAGTCCTTCCTGTGCTTCTCTCCCTTCTCCCCTCCCAGCCAGCTGACTTCAGTCACCCCTGTCCCCCCTCCC 6001 CTGCCAATAAGCTCCCCCAGGAATAAAGGCTTTGTTTTGGGGATGCTTAAATCTTGACTGGCACTTCCCGGCTGTGGGGG 6081 CTGGGGAGCCACTTGTAACATTTCTGTGCAGATTTTATGTTAGCCACTGCTATGTAAAAGCACGTTCAAAATGAATTTCA 6161 GCAGATTATGTGTTACCATAATGAATAAACGTCCTCTATCACCATTTGGAGTCTCCCTTTTCTCCAGGATCTTGATCCTG 6241 GTCCCCAAAACCAGAGTGAATCAAAAGAGCTTCCTCCCCTGAGGCAAAGTGGATTTGTAAGCAGTTCTGAAACATCACTT 6321 ACTCAGAAGAGGGAACGATGTATTTTGATGAGTGCAAATTGGGAAGAGCTGGAGGCCTACTGCTTGGGACAGTTTTTTTT 6401 TTTTTTTTTTTTTTAAATATGAGTGCTAGCTTATTCTGTAATTGCGGCAACTTTGAAAATTGTATTTTACTGGAAATCTG 6481 CCAGCCATCACCACCCGATTTTGATTGTATCCTTCCTCCCATCCTTTAATCTGTTCATTGCTTTGGGGGAGGTGGGGCAG 6561 CTGGCTCACACGTTGGAGTTTGTTCTTTGATGGATGAACGAACACTCCAGTTTTCTTTCCCGTGAAGGTTGTTTCAGCCA 6641 CAAACCACTTCATTTTGCTGTTTCAATTTCAAAATAAAAGGAAACTTATATTGAAAGACAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | A549 , HepG2 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetRank , TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"IMP-1 is a direct target of let-7.//IMP-1 carries six putative let-7 complementary (seed match) sequences (LCS) in its 3'-UTR
... - Boyerinas B; Park SM; Shomron N; Hedegaard et al., 2008, Cancer research. |
Article |
- Boyerinas B; Park SM; Shomron N; Hedegaard et al. - Cancer research, 2008
MicroRNAs (miRNA) are small RNA molecules of approximately 20 to 22 nucleotides that reduce expression of proteins through mRNA degradation and/or translational silencing. Each known miRNA has a large number of predicted targets. Members of the let-7/miR-98 family of miRNAs are up-regulated at the end of embryonic development. Let-7 is often down-regulated early during cancer development, suggesting that let-7-regulated oncofetal genes (LOG) may become reexpressed in cancer cells. Using comparative bioinformatics, we have identified 12 conserved LOGs that include HMGA2 and IMP-1/CRD-BP. IMP-1 has growth-promoting activities through stabilization of c-myc mRNA. We experimentally confirmed that IMP-1 is a direct let-7 target that promotes cell growth and motility of tumor cells, and we confirmed by proteomics analysis that IMP-1 and HMGA2 are major miRNA targets. Our data suggest that a substantial part of the growth inhibitory activities of let-7 comes from suppressing the expression of IMP-1. LOGs could be novel therapeutic targets and potential biomarkers for cancer treatment.
LinkOut: [PMID: 18413726]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HEK293 |
Disease | 10642.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Article |
- Boyerinas B; Park SM; Murmann AE; Gwin K; et al. - International journal of cancer, 2012
Ovarian cancer patients frequently develop resistance to chemotherapy regiments using Taxol and carboplatin. One of the resistance factors that protects cancer cells from Taxol-based therapy is multidrug resistance 1 (MDR1). micro(mi)RNAs are small noncoding RNAs that negatively regulate protein expression. Members of the let-7 family of miRNAs are downregulated in many human cancers, and low let-7 expression has been correlated with resistance to microtubule targeting drugs (Taxanes), although little is known that would explain this activity. We now provide evidence that, although let-7 is not a universal sensitizer of cancer cells to Taxanes, it affects acquired resistance of cells to this class of drugs by targeting IMP-1, resulting in destabilization of the mRNA of MDR1. Introducing let-7g into ADR-RES cells expressing both IMP-1 and MDR1 reduced expression of both proteins rendering the cells more sensitive to treatment with either Taxol or vinblastine without affecting the sensitivity of the cells to carboplatin, a non-MDR1 substrate. This effect could be reversed by reintroducing IMP-1 into let-7g high/MDR1 low cells causing MDR1 to again become stabilized. Consistently, many relapsed ovarian cancer patients tested before and after chemotherapy were found to downregulate let-7 and to co-upregulate IMP-1 and MDR1, and the increase in the expression levels of both proteins after chemotherapy negatively correlated with disease-free time before recurrence. Our data point at IMP-1 and MDR1 as indicators for response to therapy, and at IMP-1 as a novel therapeutic target for overcoming multidrug resistance of ovarian cancer.
LinkOut: [PMID: 21618519]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714645 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000290341.3 | 3UTR | UUUUAUCUACCUCUUAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
310 hsa-let-7g-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT000396 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT000397 | CDC25A | cell division cycle 25A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT000399 | KRAS | KRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT000472 | COL1A2 | collagen type I alpha 2 chain | 4 | 1 | ||||||||
MIRT000475 | MYC | MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor | 4 | 3 | ||||||||
MIRT002097 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | 6 | 8 | ||||||||
MIRT003831 | IGF2BP1 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 | 6 | 4 | ||||||||
MIRT004489 | CDKN2A | cyclin dependent kinase inhibitor 2A | 4 | 1 | ||||||||
MIRT004490 | BCL2L1 | BCL2 like 1 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT006161 | GAB2 | GRB2 associated binding protein 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT006162 | FN1 | fibronectin 1 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT006399 | IL13 | interleukin 13 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT024117 | DAD1 | defender against cell death 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT024118 | EIF4G2 | eukaryotic translation initiation factor 4 gamma 2 | 3 | 5 | ||||||||
MIRT024119 | TBC1D9 | TBC1 domain family member 9 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT024120 | BMI1 | BMI1 proto-oncogene, polycomb ring finger | 2 | 1 | ||||||||
MIRT046555 | DCAF8 | DDB1 and CUL4 associated factor 8 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046556 | EEF1A1 | eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046557 | UBE3C | ubiquitin protein ligase E3C | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046558 | RPL12 | ribosomal protein L12 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046559 | SFT2D1 | SFT2 domain containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046560 | MAP3K1 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046561 | BRD1 | bromodomain containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046562 | AGO1 | argonaute 1, RISC catalytic component | 4 | 2 | ||||||||
MIRT046563 | RAB21 | RAB21, member RAS oncogene family | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046564 | HMGB1 | high mobility group box 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046565 | RRM2 | ribonucleotide reductase regulatory subunit M2 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT046566 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046567 | RANBP2 | RAN binding protein 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT046568 | SART3 | squamous cell carcinoma antigen recognized by T-cells 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT054642 | CASP3 | caspase 3 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT054662 | THBS1 | thrombospondin 1 | 5 | 4 | ||||||||
MIRT054663 | TGFBR1 | transforming growth factor beta receptor 1 |