pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-93 |
Genomic Coordinates | chr7: 100093768 - 100093847 |
Synonyms | MIRN9, MIRN93, hsa-mir-93, miR-93, MIR93 |
Description | Homo sapiens miR-93 stem-loop |
Comment | Mourelatos et al. identified two copies of this sequence mapping to chromosome 7, and assigned the names mir-93-7.1 and mir-93-7.2 . The 5' end of the miRNA may be offset with respect to previous annotations. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-93-5p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 11| CAAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG |33 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PTEN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 10q23del, BZS, CWS1, DEC, GLM2, MHAM, MMAC1, PTEN1, PTENbeta, TEP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | phosphatase and tensin homolog | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_000314 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PTEN | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PTEN (miRNA target sites are highlighted) |
>PTEN|NM_000314|3'UTR 1 ATTTTTTTTTATCAAGAGGGATAAAACACCATGAAAATAAACTTGAATAAACTGAAAATGGACCTTTTTTTTTTTAATGG 81 CAATAGGACATTGTGTCAGATTACCAGTTATAGGAACAATTCTCTTTTCCTGACCAATCTTGTTTTACCCTATACATCCA 161 CAGGGTTTTGACACTTGTTGTCCAGTTGAAAAAAGGTTGTGTAGCTGTGTCATGTATATACCTTTTTGTGTCAAAAGGAC 241 ATTTAAAATTCAATTAGGATTAATAAAGATGGCACTTTCCCGTTTTATTCCAGTTTTATAAAAAGTGGAGACAGACTGAT 321 GTGTATACGTAGGAATTTTTTCCTTTTGTGTTCTGTCACCAACTGAAGTGGCTAAAGAGCTTTGTGATATACTGGTTCAC 401 ATCCTACCCCTTTGCACTTGTGGCAACAGATAAGTTTGCAGTTGGCTAAGAGAGGTTTCCGAAGGGTTTTGCTACATTCT 481 AATGCATGTATTCGGGTTAGGGGAATGGAGGGAATGCTCAGAAAGGAAATAATTTTATGCTGGACTCTGGACCATATACC 561 ATCTCCAGCTATTTACACACACCTTTCTTTAGCATGCTACAGTTATTAATCTGGACATTCGAGGAATTGGCCGCTGTCAC 641 TGCTTGTTGTTTGCGCATTTTTTTTTAAAGCATATTGGTGCTAGAAAAGGCAGCTAAAGGAAGTGAATCTGTATTGGGGT 721 ACAGGAATGAACCTTCTGCAACATCTTAAGATCCACAAATGAAGGGATATAAAAATAATGTCATAGGTAAGAAACACAGC 801 AACAATGACTTAACCATATAAATGTGGAGGCTATCAACAAAGAATGGGCTTGAAACATTATAAAAATTGACAATGATTTA 881 TTAAATATGTTTTCTCAATTGTAACGACTTCTCCATCTCCTGTGTAATCAAGGCCAGTGCTAAAATTCAGATGCTGTTAG 961 TACCTACATCAGTCAACAACTTACACTTATTTTACTAGTTTTCAATCATAATACCTGCTGTGGATGCTTCATGTGCTGCC 1041 TGCAAGCTTCTTTTTTCTCATTAAATATAAAATATTTTGTAATGCTGCACAGAAATTTTCAATTTGAGATTCTACAGTAA 1121 GCGTTTTTTTTCTTTGAAGATTTATGATGCACTTATTCAATAGCTGTCAGCCGTTCCACCCTTTTGACCTTACACATTCT 1201 ATTACAATGAATTTTGCAGTTTTGCACATTTTTTAAATGTCATTAACTGTTAGGGAATTTTACTTGAATACTGAATACAT 1281 ATAATGTTTATATTAAAAAGGACATTTGTGTTAAAAAGGAAATTAGAGTTGCAGTAAACTTTCAATGCTGCACACAAAAA 1361 AAAGACATTTGATTTTTCAGTAGAAATTGTCCTACATGTGCTTTATTGATTTGCTATTGAAAGAATAGGGTTTTTTTTTT 1441 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGTGCAGTGTTGAATCATTTCTTCATAGTGCTCCCCCGAGTTGGGACTAGGGCTTCAA 1521 TTTCACTTCTTAAAAAAAATCATCATATATTTGATATGCCCAGACTGCATACGATTTTAAGCGGAGTACAACTACTATTG 1601 TAAAGCTAATGTGAAGATATTATTAAAAAGGTTTTTTTTTCCAGAAATTTGGTGTCTTCAAATTATACCTTCACCTTGAC 1681 ATTTGAATATCCAGCCATTTTGTTTCTTAATGGTATAAAATTCCATTTTCAATAACTTATTGGTGCTGAAATTGTTCACT 1761 AGCTGTGGTCTGACCTAGTTAATTTACAAATACAGATTGAATAGGACCTACTAGAGCAGCATTTATAGAGTTTGATGGCA 1841 AATAGATTAGGCAGAACTTCATCTAAAATATTCTTAGTAAATAATGTTGACACGTTTTCCATACCTTGTCAGTTTCATTC 1921 AACAATTTTTAAATTTTTAACAAAGCTCTTAGGATTTACACATTTATATTTAAACATTGATATATAGAGTATTGATTGAT 2001 TGCTCATAAGTTAAATTGGTAAAGTTAGAGACAACTATTCTAACACCTCACCATTGAAATTTATATGCCACCTTGTCTTT 2081 CATAAAAGCTGAAAATTGTTACCTAAAATGAAAATCAACTTCATGTTTTGAAGATAGTTATAAATATTGTTCTTTGTTAC 2161 AATTTCGGGCACCGCATATTAAAACGTAACTTTATTGTTCCAATATGTAACATGGAGGGCCAGGTCATAAATAATGACAT 2241 TATAATGGGCTTTTGCACTGTTATTATTTTTCCTTTGGAATGTGAAGGTCTGAATGAGGGTTTTGATTTTGAATGTTTCA 2321 ATGTTTTTGAGAAGCCTTGCTTACATTTTATGGTGTAGTCATTGGAAATGGAAAAATGGCATTATATATATTATATATAT 2401 AAATATATATTATACATACTCTCCTTACTTTATTTCAGTTACCATCCCCATAGAATTTGACAAGAATTGCTATGACTGAA 2481 AGGTTTTCGAGTCCTAATTAAAACTTTATTTATGGCAGTATTCATAATTAGCCTGAAATGCATTCTGTAGGTAATCTCTG 2561 AGTTTCTGGAATATTTTCTTAGACTTTTTGGATGTGCAGCAGCTTACATGTCTGAAGTTACTTGAAGGCATCACTTTTAA 2641 GAAAGCTTACAGTTGGGCCCTGTACCATCCCAAGTCCTTTGTAGCTCCTCTTGAACATGTTTGCCATACTTTTAAAAGGG 2721 TAGTTGAATAAATAGCATCACCATTCTTTGCTGTGGCACAGGTTATAAACTTAAGTGGAGTTTACCGGCAGCATCAAATG 2801 TTTCAGCTTTAAAAAATAAAAGTAGGGTACAAGTTTAATGTTTAGTTCTAGAAATTTTGTGCAATATGTTCATAACGATG 2881 GCTGTGGTTGCCACAAAGTGCCTCGTTTACCTTTAAATACTGTTAATGTGTCATGCATGCAGATGGAAGGGGTGGAACTG 2961 TGCACTAAAGTGGGGGCTTTAACTGTAGTATTTGGCAGAGTTGCCTTCTACCTGCCAGTTCAAAAGTTCAACCTGTTTTC 3041 ATATAGAATATATATACTAAAAAATTTCAGTCTGTTAAACAGCCTTACTCTGATTCAGCCTCTTCAGATACTCTTGTGCT 3121 GTGCAGCAGTGGCTCTGTGTGTAAATGCTATGCACTGAGGATACACAAAAATACCAATATGATGTGTACAGGATAATGCC 3201 TCATCCCAATCAGATGTCCATTTGTTATTGTGTTTGTTAACAACCCTTTATCTCTTAGTGTTATAAACTCCACTTAAAAC 3281 TGATTAAAGTCTCATTCTTGTCATTGTGTGGGTGTTTTATTAAATGAGAGTTTATAATTCAAATTGCTTAAGTCCATTGA 3361 AGTTTTAATTAATGGGCAGCCAAATGTGAATACAAAGTTTTCAGTTTTTTTTTTTCCTGCTGTCCTTCAAAGCCTACTGT 3441 TTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATGGCCTGAGAGTAGAGTATCTGTCTACTCATGTTTAATTAAGGAAAAACACTTAT 3521 TTTTAGGGCTTTAGTCATCACTTCATAAATTGTATAAGCACATTAAATAGCGTTCTAGTCCTGAAAAAGTCCAAGATTCT 3601 TAGAAAATTGTGCATATTTTTATTATGACAGATGTTTGAAGATAATTCCCCAGAATGGATTTGATACTTTAGATTTCAAT 3681 TTTGTGGCTTTTGTCTATTATTCTGTACTCTGCCATCAGCATATGGAAAGCTTCATTTACTCATCATGACTTGTGCCATA 3761 TAAAAATTGATATTTCGGAATAGTCTAAAGGACTTTTTGTACTTGAATTTAATCATGTTGTTTCTAATATTCTTAAAAGC 3841 TTGAAGACTAAAGCATATCCTTTCAACAAAGCATAGTAAGGTAATAAGAAAGTGTAGTTTGTACAAGTGTTAAAAAAATA 3921 AAGTAGACAATGTTACAGTGGGACTTATTATTTCAAGTTTACATTTTCTCCATGTAATTTTTTAAAAAGTAAATGAAAAA 4001 ATGTGCAATAATGTAAAATATGAAGTGTATGTGTACACACATTTTATTTTTCGGTATCTTGGGTATACGTATGGTTGAAA 4081 ACTATACTGGAGTCTAAAAGTATTCTAATTTATAAGAAGACATTTTGGTGATGTTTGAAAAATAGAAATGTGCTAGTTTT 4161 GTTTTTATATCATGTCCTTTGTACGTTGTAATATGAGCTGGCTTGGTTCAGTAAATGCCATCACCATTTCCATTGAGAAT 4241 TTAAAACTCACCAGTGTTTAATATGCAGGCTTCCAAAGGCTTATGAAAAAAATCAAGACCCTTAAATCTAGTTAATTTGC 4321 TGCTAACATGAAACTCTTTGGTTCTTTTATTTTTGCCAGATAATTAGACACACATCTAAAGCTTAGTCTTAAATGGCTTA 4401 AGTGTAGCTATTGATTAGTGCTGTTGCTAGTTCAGAAAGAAATGTTTGTGAATGGAAACAAGAATATTCAGTCCAAACTG 4481 TTGTAAGGACAGTACCTGAAAACCAGGAAACAGGATAATGGAAAAAGTCTTTTAAAGATGAAATGTTGGAGCCAACTTTC 4561 TTATAGAATTAATTGTATGTGGCTATAGAAAGCCTAATGATTGTTGCTTATTTTTGAGAGCATATTATTCTTTTATGACC 4641 ATAATCTTGCTGTTTTTCCATCTTCCAAAAGATCTTCCTTCTAATATGTATATCAGAATGTGGGTAGCCAGTCAGACAAA 4721 TTCATATTGGTTGGTAGCTTTAAAAAGTTTGTAATGTGAAGACAGGAAAGGACAAAATAGTTTGCTTTGGTGGTAGTACT 4801 CTGGTTGTTAAGCTAGGTATTTTGAGACTACTTCCCCATCACAACAACAATAAAATAATCACTCATAATCCTATCACCTG 4881 GAGACATAGCCATCGTTAATATGTTAGTGACTATACAATCATGTTTTCTTCTGTATATCCATGTATATTCTTTAAAAATG 4961 AAATTTATACTGTACCTGATCTCAAAGCTTTTTAGCTTAGTATATCTGTCATGAATTTGTAGGATGTTCCATTGCATCAG 5041 AAAACGGACAGTGATTTGATTACTTTCTAATGCCACAGATGCAGATTACATGTAGTTATTGAGAATCCTTTCGAATTCAG 5121 TGGCTTAATCATGAATGTCTAAATATTGTTGACATTAGGATGATACATGTAAATTAAAGTTACATTTGTTTAGCATAGAC 5201 AAGCTTAACATTGTAGATGTTTCTCTTCAAAAATCATCTTAAACATTTGCATTTGGAATTGTGTTAAATAGAATGTGTGA 5281 AACACTGTATTAGTAAACTTCATCACCTTTCTACTTCCTTATAGTTTGAACTTTTCAGTTTTTGTAGTTCCCAAACAGTT 5361 GCTCAATTTAGAGCAAATTAATTTAACACCTGCCAAAAAAAGGCTGCTGTTGGCTTATCAGTTGTCTTTAAATTCAAATG 5441 CTCATGTGACTTTTATCACATCAAAAAATATTTCATTAATGATTCACCTTTAGCTCTGAAAATTACCGCGTTTAGTAATT 5521 ATAGTGGGCTTATAAAAACATGCAACTCTTTTTGATAGTTATTTGAGAATTTTGGTGAAAAATATTTAGCTGAGGGCAGT 5601 ATAGAACTTATAAACCAATATATTGATATTTTTAAAACATTTTTACATATAAGTAAACTGCCATCTTTGAGCATAACTAC 5681 ATTTAAAAATAAAGCTGCATATTTTTAAATCAAGTGTTTAACAAGAATTTATATTTTTTATTTTTTAAAATTAAAAATAA 5761 TTTATATTTCCTCTGTTGCATGAGGATTCTCATCTGTGCTTATAATGGTTAGAGATTTTATTTGTGTGGAATGAAGTGAG 5841 GCTTGTAGTCATGGTTCTAGTGTTTCAGTTTGCCAAGTCTGTTTACTGCAGTGAAATTCATCAAATGTTTCAGTGTGGTT 5921 TTCTGTAGCCTATCATTTACTGGCTATTTTTTTATGTACACCTTTAGGATTTTCTGCCTACTCTATCCAGTTGTCCAAAT 6001 GATATCCTACATTTTACAAATGCCCTTTCAGTTTCTATTTTCTTTTTCCATTAAATTGCCCTCATGTCCTAATGTGCAGT 6081 TTGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGAATTTGATTTTCAAGAGTGCTAGACTTCCAATTTGAGAGATTAAA 6161 TAATTTAATTCAGGCAAACATTTTTCATTGGAATTTCACAGTTCATTGTAATGAAAATGTTAATCCTGGATGACCTTTGA 6241 CATACAGTAATGAATCTTGGATATTAATGAATTTGTTAGTAGCATCTTGATGTGTGTTTTAATGAGTTATTTTCAAAGTT 6321 GTGCATTAAACCAAAGTTGGCATACTGGAAGTGTTTATATCAAGTTCCATTTGGCTACTGATGGACAAAAAATAGAAATG 6401 CCTTCCTATGGAGAGTATTTTTCCTTTAAAAAATTAAAAAGGTTAATTATTTTGACTAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | OVCAR3 , SKOV3 |
Disease | 5728.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | PicTar , TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"MiR-93 directly targets PTEN 3' UTR and negatively regulates its expression.//miR-93 plays a critical role in regulating CDDP chemosensitivity through suppression of PTEN expression
... - Fu X; Tian J; Zhang L; Chen Y; Hao Q, 2012, FEBS letters. |
Article |
- Fu X; Tian J; Zhang L; Chen Y; Hao Q - FEBS letters, 2012
The mechanisms underlying ovarian cancer cell resistance to cisplatin (CDDP) are not fully understood. MicroRNAs (miRNAs) play important roles in tumorigenesis and drug resistance. In this paper, we utilized microRNA array and real-time PCR to show that miR-93 is significantly up-regulated in cisplatin-resistant ovarian cancer cells. In vitro assays show that over-expression and knock-down of miR-93 regulate apoptotic activity, and thereby cisplatin chemosensitivity, in ovarian cells. Furthermore, we found that miR-93 can directly target PTEN, and participates in the regulation of the AKT signaling pathway. MiR-93 inversely correlates with PTEN expression in CDDP-resistant and sensitive human ovarian cancer tissues. These results may have implications for therapeutic strategies aiming to overcome ovarian cancer cell resistance to cisplatin.
LinkOut: [PMID: 22465665]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Jiyoye |
Tools used in this research | TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in Supplenentary. RNA binding protein: AGO2.
... - Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al., 2012, The EMBO journal. |
Article |
- Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al. - The EMBO journal, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) controls gene expression to transform human B cells and maintain viral latency. High-throughput sequencing and crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) identified mRNA targets of 44 EBV and 310 human microRNAs (miRNAs) in Jijoye (Latency III) EBV-transformed B cells. While 25% of total cellular miRNAs are viral, only three viral mRNAs, all latent transcripts, are targeted. Thus, miRNAs do not control the latent/lytic switch by targeting EBV lytic genes. Unexpectedly, 90% of the 1664 human 3'-untranslated regions targeted by the 12 most abundant EBV miRNAs are also targeted by human miRNAs via distinct binding sites. Half of these are targets of the oncogenic miR-17 approximately 92 miRNA cluster and associated families, including mRNAs that regulate transcription, apoptosis, Wnt signalling, and the cell cycle. Reporter assays confirmed the functionality of several EBV and miR-17 family miRNA-binding sites in EBV latent membrane protein 1 (LMP1), EBV BHRF1, and host CAPRIN2 mRNAs. Our extensive list of EBV and human miRNA targets implicates miRNAs in the control of EBV latency and illuminates viral miRNA function in general.
LinkOut: [PMID: 22473208]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | U251MG , A172 , LN229 , SF767 , U118MG , U87MG , Hs683 , LN18 , SHG44 |
Disease | 5728.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"miR-93 activated PI3K/Akt signaling through downregulating PTEN
... - Jiang L; Wang C; Lei F; Zhang L; Zhang X; et al., 2015, Oncotarget. |
Article |
- Jiang L; Wang C; Lei F; Zhang L; Zhang X; et al. - Oncotarget, 2015
The PI3K/Akt signaling pathway is frequently activated in various human cancer types and plays essential roles in development and progression of cancers. Multiple regulators, such as phosphatase and tensin homolog (PTEN) and PH domain leucine rich repeat protein phosphatases (PHLPP), have also found to be involved in suppression of the PI3K/Akt signaling pathway. However, how suppressive effects mediated by these regulators are concomitantly disrupted in cancers, which display constitutively activated PI3K/Akt signaling, remains puzzling. In the present study, we reported that the expression of miR-93 was markedly upregulated in glioma cell lines and clinical glioma tissues. Statistical analysis revealed that miR-93 levels significantly correlated with clinicopathologic grade and overall survival in gliomas. Furthermore, we found that overexpressing miR-93 promoted, but inhibition of miR-93 reduced, glioma cell proliferation and cell-cycle progression. We demonstrated that miR-93 activated PI3K/Akt signaling through directly suppressing PTEN, PHLPP2 and FOXO3 expression via targeting their 3'UTRs. Therefore, our results suggest that miR-93 might play an important role in glioma progression and uncover a novel mechanism for constitutive PI3K/Akt activation in gliomas.
LinkOut: [PMID: 25823655]
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Experimental Support 4 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | A2780/DDP cell |
Disease | 5728.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"Furthermore
... - Chen Q; Qin R; Fang Y; Li H, 2015, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology. |
Article |
- Chen Q; Qin R; Fang Y; Li H - Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology, 2015
BACKGROUND: Berberine, a well-known component of the Chinese herbal medicine Huanglian, has wide range of biochemical and pharmacological effects, including antineoplastic effect, but the exact mechanisms remain unclear. The aim of the present study was to evaluate the potential chemo-sensitization effect of berberine in ovarian cancer cell line A2780. METHODS: The expression of miR-93 was measure by RT-PCR. The target of miR-93 was confirmed by luciferase activity assay. Hoechst 33258 staining, Annexin V and PI double staining were used for apoptosis analysis. RESULTS: In this study, we found A2780/DDP cells that were incubated with berberine combined with cisplatin had a significantly lower survival than the control group. Berberine enhanced cisplatin induced apoptosis and induced G0/G1 cell cycle arrest in A2780 cells. Next, we observed that the miR-93 levels in cisplatin resistant cell lines were higher than that in cisplatin sensitive cell lines. Furthermore, our study found berberine could inhibit miR-93 expression and function in ovarian cancer, as shown by an increase of its target PTEN, an important tumor suppressor in ovarian cancer. A2780 cells that were treated with PTEN siRNA had increased survival compared to NC group and this could be partly alleviated by the AKT inhibitor Triciribine. More importantly, A2780 cells that were treated with PTEN siRNA had a survival pattern that is similar to cells with miR-93 overexpression. CONCLUSION: The results suggested that berberine modulated the sensitivity of cisplatin through miR-93/PTEN/AKT signaling pathway in the ovarian cancer cells.
LinkOut: [PMID: 26087719]
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Experimental Support 5 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | 293T |
Disease | ischemia-reperfusion |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | miRanda |
Original Description (Extracted from the article) |
...
Phosphatase and tensin homolog (PTEN) was identified as the target gene of miR-93.
... - Ke ZP; Xu P; Shi Y; Gao AM, 2016, Oncotarget. |
Article |
- Ke ZP; Xu P; Shi Y; Gao AM - Oncotarget, 2016
MicroRNAs have been implicated in some biological and pathological processes, including the myocardial ischemia/reperfusion (I/R) injury. Recent findings demonstrated that miR-93 might provide a potential cardioprotective effect on ischemic heart disease. This study was to investigate the role of miR-93 in I/R-induced cardiomyocyte injury and the potential mechanism. In this study, we found that hypoxia/reoxygenation (H/R) dramatically increased LDH release, MDA contents, ROS generation, and endoplasmic reticulum stress (ERS)-mediated cardiomyocyte apoptosis, which were attenuated by co-transfection with miR-93 mimic. Phosphatase and tensin homolog (PTEN) was identified as the target gene of miR-93. Furthermore, miR-93 mimic significantly increased p-Akt levels under H/R, which was partially released by LY294002. In addtion, Ad-miR-93 also attenuated myocardial I/R injury in vivo, manifested by reduced LDH and CK levels, infarct area and cell apoptosis. Taken together, our findings indicates that miR-93 could protect against I/R-induced cardiomyocyte apoptosis by inhibiting PI3K/AKT/PTEN signaling.
LinkOut: [PMID: 27119510]
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MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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1196 hsa-miR-93-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT000021 | TP53INP1 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 | 5 | 3 | ||||||||
MIRT000577 | CDKN1A | cyclin dependent kinase inhibitor 1A | 6 | 5 | ||||||||
MIRT002471 | TCEAL1 | transcription elongation factor A like 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT002472 | E2F1 | E2F transcription factor 1 | 5 | 5 | ||||||||
MIRT003240 | MAPK9 | mitogen-activated protein kinase 9 | 2 | 1 | ||||||||
MIRT004055 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | 2 | 1 | ||||||||
MIRT004104 | ITGB8 | integrin subunit beta 8 | 4 | 1 | ||||||||
MIRT004332 | KAT2B | lysine acetyltransferase 2B | 3 | 1 | ||||||||
MIRT004410 | TUSC2 | tumor suppressor candidate 2 | 4 | 3 | ||||||||
MIRT004572 | BCL2L11 | BCL2 like 11 | 2 | 9 | ||||||||
MIRT006216 | PTEN | phosphatase and tensin homolog | 4 | 3 | ||||||||
MIRT007003 | PURA | purine rich element binding protein A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT007185 | LATS2 | large tumor suppressor kinase 2 | 3 | 1 | ||||||||
MIRT027939 | TAF6L | TATA-box binding protein associated factor 6 like | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027940 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 9 | ||||||||
MIRT027941 | PDZD11 | PDZ domain containing 11 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT027942 | ZNF813 | zinc finger protein 813 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027943 | ARSJ | arylsulfatase family member J | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027944 | TMEM100 | transmembrane protein 100 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027945 | ADARB1 | adenosine deaminase, RNA specific B1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027946 | LIMA1 | LIM domain and actin binding 1 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT027947 | LUZP1 | leucine zipper protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027948 | AP1G1 | adaptor related protein complex 1 gamma 1 subunit | 1 | 2 | ||||||||
MIRT027949 | TMEM127 | transmembrane protein 127 | 2 | 9 | ||||||||
MIRT027950 | ZIC5 | Zic family member 5 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027951 | ZNF202 | zinc finger protein 202 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT027952 | TSN | translin | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027953 | TMX3 | thioredoxin related transmembrane protein 3 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT027954 | SUCO | SUN domain containing ossification factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT027955 | ACIN1 | apoptotic chromatin condensation inducer 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027956 | RND3 | Rho family GTPase 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027957 | RYBP | RING1 and YY1 binding protein | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027958 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT027959 | EPHA4 | EPH receptor A4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT027960 | TMEM168 | transmembrane protein 168 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027961 | DCTN6 | dynactin subunit 6 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027962 | SPTBN1 | spectrin beta, non-erythrocytic 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027963 | NUPL1 | nucleoporin 58 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027964 | HAUS8 | HAUS augmin like complex subunit 8 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027965 | GRB2 | growth factor receptor bound protein 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027966 | CCNG2 | cyclin G2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027967 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT027968 | CAPRIN2 | caprin family member 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT027969 | FAM129A | family with sequence similarity 129 member A | 2 | 7 | ||||||||
MIRT027970 | GNB4 | G protein subunit beta 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027971 | C5orf22 | chromosome 5 open reading frame 22 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027972 | DMKN | dermokine | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027973 | SPOPL | speckle type BTB/POZ protein like | 1 | 2 | ||||||||
MIRT027974 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | 6 | 8 | ||||||||
MIRT027975 | RPA2 | replication protein A2 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT027976 | ATP5SL | distal membrane arm assembly complex 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027977 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | 2 | 9 | ||||||||
MIRT027978 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | 2 | 12 | ||||||||
MIRT027979 | COQ2 | coenzyme Q2, polyprenyltransferase | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027980 | GPR137C | G protein-coupled receptor 137C | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027981 | NIN | ninein | 2 | 5 | ||||||||
MIRT027982 | BMPR2 | bone morphogenetic protein receptor type 2 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT027983 | LIX1L | limb and CNS expressed 1 like | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027984 | ARHGAP12 | Rho GTPase activating protein 12 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT027985 | ZFP91 | ZFP91 zinc finger protein | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027986 | PRKACB | protein kinase cAMP-activated catalytic subunit beta | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027987 | NACC2 | NACC family member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT027988 | ATP6V1G2-DDX39B | ATP6V1G2-DDX39B readthrough (NMD candidate) | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027989 | YTHDC1 | YTH domain containing 1 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027990 | NDEL1 | nudE neurodevelopment protein 1 like 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027991 | NR2C2AP | nuclear receptor 2C2 associated protein | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027992 | HCCS | holocytochrome c synthase | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027993 | ZNF417 | zinc finger protein 417 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT027994 | IRF1 | interferon regulatory factor 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027995 | SERTAD2 | SERTA domain containing 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027996 | BNIP2 | BCL2 interacting protein 2 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT027997 | FMNL2 | formin like 2 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT027998 | PHC3 | polyhomeotic homolog 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT027999 | SYBU | syntabulin | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028000 | PPP1R15B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 15B | 2 | 10 | ||||||||
MIRT028001 | WDR33 | WD repeat domain 33 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028002 | CCND1 | cyclin D1 | 2 | 12 | ||||||||
MIRT028003 | PBXIP1 | PBX homeobox interacting protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028004 | SMAD4 | SMAD family member 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT028005 | ZNF805 | zinc finger protein 805 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT028006 | CRY2 | cryptochrome circadian clock 2 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT028007 | PBX3 | PBX homeobox 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028008 | ZADH2 | zinc binding alcohol dehydrogenase domain containing 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028009 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT028010 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028011 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT028012 | RUNX3 | runt related transcription factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT028013 | NUP107 | nucleoporin 107 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028014 | SNAPIN | SNAP associated protein | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028015 | ACTR2 | ARP2 actin related protein 2 homolog | 2 | 6 | ||||||||
MIRT028016 | SRPK1 | SRSF protein kinase 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028017 | PBRM1 | polybromo 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028018 | CD46 | CD46 molecule | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028019 | SFXN5 | sideroflexin 5 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028020 | USP21 | ubiquitin specific peptidase 21 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028021 | ATXN1 | ataxin 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT028022 | ZMIZ1 | zinc finger MIZ-type containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028023 | RNF34 | ring finger protein 34 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT028024 | ZC3H12C | zinc finger CCCH-type containing 12C | 2 | 8 | ||||||||
MIRT028025 | GRAMD1A | GRAM domain containing 1A | 1 | 2 | ||||||||
MIRT028026 | EGLN3 | egl-9 family hypoxia inducible factor 3 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT028027 | ZNF180 | zinc finger protein 180 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT028028 | DDX46 | DEAD-box helicase 46 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028029 | KDM3B | lysine demethylase 3B | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028030 | ARIH2 | ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028031 | RMDN3 | regulator of microtubule dynamics 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028032 | HOOK1 | hook microtubule tethering protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028033 | RB1 | RB transcriptional corepressor 1 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT028034 | NAA30 | N(alpha)-acetyltransferase 30, NatC catalytic subunit | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028035 | FIGNL1 | fidgetin like 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028036 | LYST | lysosomal trafficking regulator | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028037 | TNFRSF21 | TNF receptor superfamily member 21 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT028038 | PDRG1 | p53 and DNA damage regulated 1 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT028039 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT028040 | DUSP8 | dual specificity phosphatase 8 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028041 | STC2 | stanniocalcin 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028042 | UBXN2A | UBX domain protein 2A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT028043 | ANKFY1 | ankyrin repeat and FYVE domain containing 1 | 1 | 2 | ||||||||
MIRT028044 | TOLLIP | toll interacting protein | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028045 | PPP6R2 | protein phosphatase 6 regulatory subunit 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028046 | MAP7 | microtubule associated protein 7 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT028047 | ZBTB21 | zinc finger and BTB domain containing 21 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028048 | TNKS1BP1 | tankyrase 1 binding protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028049 | CSNK1G1 | casein kinase 1 gamma 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT028050 | ARID4B | AT-rich interaction domain 4B | < |