pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-454 |
Genomic Coordinates | chr17: 59137758 - 59137872 |
Synonyms | MIRN454, hsa-mir-454, MIR454 |
Description | Homo sapiens miR-454 stem-loop |
Comment | The mature miRNA sequences were named miR-454-5p and miR-454-3p in . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-454-3p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 64| UAGUGCAAUAUUGCUUAUAGGGU |86 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SMAD4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DPC4, JIP, MADH4, MYHRS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | SMAD family member 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_005359 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SMAD4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SMAD4 (miRNA target sites are highlighted) |
>SMAD4|NM_005359|3'UTR 1 GGTCTTTTACCGTTGGGGCCCTTAACCTTATCAGGATGGTGGACTACAAAATACAATCCTGTTTATAATCTGAAGATATA 81 TTTCACTTTTGTTCTGCTTTATCTTTTCATAAAGGGTTGAAAATGTGTTTGCTGCCTTGCTCCTAGCAGACAGAAACTGG 161 ATTAAAACAATTTTTTTTTTCCTCTTCAGAACTTGTCAGGCATGGCTCAGAGCTTGAAGATTAGGAGAAACACATTCTTA 241 TTAATTCTTCACCTGTTATGTATGAAGGAATCATTCCAGTGCTAGAAAATTTAGCCCTTTAAAACGTCTTAGAGCCTTTT 321 ATCTGCAGAACATCGATATGTATATCATTCTACAGAATAATCCAGTATTGCTGATTTTAAAGGCAGAGAAGTTCTCAAAG 401 TTAATTCACCTATGTTATTTTGTGTACAAGTTGTTATTGTTGAACATACTTCAAAAATAATGTGCCATGTGGGTGAGTTA 481 ATTTTACCAAGAGTAACTTTACTCTGTGTTTAAAAAGTAAGTTAATAATGTATTGTAATCTTTCATCCAAAATATTTTTT 561 GCAAGTTATATTAGTGAAGATGGTTTCAATTCAGATTGTCTTGCAACTTCAGTTTTATTTTTGCCAAGGCAAAAAACTCT 641 TAATCTGTGTGTATATTGAGAATCCCTTAAAATTACCAGACAAAAAAATTTAAAATTACGTTTGTTATTCCTAGTGGATG 721 ACTGTTGATGAAGTATACTTTTCCCCTGTTAAACAGTAGTTGTATTCTTCTGTATTTCTAGGCACAAGGTTGGTTGCTAA 801 GAAGCCTATAAGAGGAATTTCTTTTCCTTCATTCATAGGGAAAGGTTTTGTATTTTTTAAAACACTAAAAGCAGCGTCAC 881 TCTACCTAATGTCTCACTGTTCTGCAAAGGTGGCAATGCTTAAACTAAATAATGAATAAACTGAATATTTTGGAAACTGC 961 TAAATTCTATGTTAAATACTGTGCAGAATAATGGAAACATTACAGTTCATAATAGGTAGTTTGGATATTTTTGTACTTGA 1041 TTTGATGTGACTTTTTTTGGTATAATGTTTAAATCATGTATGTTATGATATTGTTTAAAATTCAGTTTTTGTATCTTGGG 1121 GCAAGACTGCAAACTTTTTTATATCTTTTGGTTATTCTAAGCCCTTTGCCATCAATGATCATATCAATTGGCAGTGACTT 1201 TGTATAGAGAATTTAAGTAGAAAAGTTGCAGATGTATTGACTGTACCACAGACACAATATGTATGCTTTTTACCTAGCTG 1281 GTAGCATAAATAAAACTGAATCTCAACATACAAAGTTGAATTCTAGGTTTGATTTTTAAGATTTTTTTTTTCTTTTGCAC 1361 TTTTGAGTCCAATCTCAGTGATGAGGTACCTTCTACTAAATGACAGGCAACAGCCAGTTCTATTGGGCAGCTTTGTTTTT 1441 TTCCCTCACACTCTACCGGGACTTCCCCATGGACATTGTGTATCATGTGTAGAGTTGGTTTTTTTTTTTTTTAATTTTTA 1521 TTTTACTATAGCAGAAATAGACCTGATTATCTACAAGATGATAAATAGATTGTCTACAGGATAAATAGTATGAAATAAAA 1601 TCAAGGATTATCTTTCAGATGTGTTTACTTTTGCCTGGAGAACTTTTAGCTATAGAAACACTTGTGTGATGATAGTCCTC 1681 CTTATATCACCTGGAATGAACACAGCTTCTACTGCCTTGCTCAGAAGGTCTTTTAAATAGACCATCCTAGAAACCACTGA 1761 GTTTGCTTATTTCTGTGATTTAAACATAGATCTTGATCCAAGCTACATGACTTTTGTCTTTAAATAACTTATCTACCACC 1841 TCATTTGTACTCTTGATTACTTACAAATTCTTTCAGTAAACACCTAATTTTCTTCTGTAAAAGTTTGGTGATTTAAGTTT 1921 TATTGGCAGTTTTATAAAAAGACATCTTCTCTAGAAATTGCTAACTTTAGGTCCATTTTACTGTGAATGAGGAATAGGAG 2001 TGAGTTTTAGAATAACAGATTTTTAAAAATCCAGATGATTTGATTAAAACCTTAATCATACATTGACATAATTCATTGCT 2081 TCTTTTTTTTGAGATATGGAGTCTTGCTGTGTTGCCCAGGCAGGAGTGCAGTGGTATGATCTCAGCTCACTGCAACCTCT 2161 GCCTCCCGGGTTCAACTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCTGGTAGCTAGGATTACAGGTGCCCGCCACCATGCCTGGCTA 2241 ACTTTTGTAGTTTTAGTAGAGACGGGGTTTTGCCTGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGTGATCCATCC 2321 ACCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACGGGCGTGAGCCACTGTCCCTGGCCTCATTGTTCCCTTTTCTACTTTAAGGA 2401 AAGTTTTCATGTTTAATCATCTGGGGAAAGTATGTGAAAAATATTTGTTAAGAAGTATCTCTTTGGAGCCAAGCCACCTG 2481 TCTTGGTTTCTTTCTACTAAGAGCCATAAAGTATAGAAATACTTCTAGTTGTTAAGTGCTTATATTTGTACCTAGATTTA 2561 GTCACACGCTTTTGAGAAAACATCTAGTATGTTATGATCAGCTATTCCTGAGAGCTTGGTTGTTAATCTATATTTCTATT 2641 TCTTAGTGGTAGTCATCTTTGATGAATAAGACTAAAGATTCTCACAGGTTTAAAATTTTATGTCTACTTTAAGGGTAAAA 2721 TTATGAGGTTATGGTTCTGGGTGGGTTTTCTCTAGCTAATTCATATCTCAAAGAGTCTCAAAATGTTGAATTTCAGTGCA 2801 AGCTGAATGAGAGATGAGCCATGTACACCCACCGTAAGACCTCATTCCATGTTTGTCCAGTGCCTTTCAGTGCATTATCA 2881 AAGGGAATCCTTCATGGTGTTGCCTTTATTTTCCGGGGAGTAGATCGTGGGATATAGTCTATCTCATTTTTAATAGTTTA 2961 CCGCCCCTGGTATACAAAGATAATGACAATAAATCACTGCCATATAACCTTGCTTTTTCCAGAAACATGGCTGTTTTGTA 3041 TTGCTGTAACCACTAAATAGGTTGCCTATACCATTCCTCCTGTGAACAGTGCAGATTTACAGGTTGCATGGTCTGGCTTA 3121 AGGAGAGCCATACTTGAGACATGTGAGTAAACTGAACTCATATTAGCTGTGCTGCATTTCAGACTTAAAATCCATTTTTG 3201 TGGGGCAGGGTGTGGTGTGTAAAGGGGGGTGTTTGTAATACAAGTTGAAGGCAAAATAAAATGTCCTGTCTCCCAGATGA 3281 TATACATCTTATTATTTTTAAAGTTTATTGCTAATTGTAGGAAGGTGAGTTGCAGGTATCTTTGACTATGGTCATCTGGG 3361 GAAGGAAAATTTTACATTTTACTATTAATGCTCCTTAAGTGTCTATGGAGGTTAAAGAATAAAATGGTAAATGTTTCTGT 3441 GCCTGGTTTGATGGTAACTGGTTAATAGTTACTCACCATTTTATGCAGAGTCACATTAGTTCACACCCTTTCTGAGAGCC 3521 TTTTGGGAGAAGCAGTTTTATTCTCTGAGTGGAACAGAGTTCTTTTTGTTGATAATTTCTAGTTTGCTCCCTTCGTTATT 3601 GCCAACTTTACTGGCATTTTATTTAATGATAGCAGATTGGGAAAATGGCAAATTTAGGTTACGGAGGTAAATGAGTATAT 3681 GAAAGCAATTACCTCTAAAGCCAGTTAACAATTATTTTGTAGGTGGGGTACACTCAGCTTAAAGTAATGCATTTTTTTTT 3761 CCCGTAAAGGCAGAATCCATCTTGTTGCAGATAGCTATCTAAATAATCTCATATCCTCTTTTGCAAAGACTACAGAGAAT 3841 AGGCTATGACAATCTTGTTCAAGCCTTTCCATTTTTTTCCCTGATAACTAAGTAATTTCTTTGAACATACCAAGAAGTAT 3921 GTAAAAAGTCCATGGCCTTATTCATCCACAAAGTGGCATCCTAGGCCCAGCCTTATCCCTAGCAGTTGTCCCAGTGCTGC 4001 TAGGTTGCTTATCTTGTTTATCTGGAATCACTGTGGAGTGAAATTTTCCACATCATCCAGAATTGCCTTATTTAAGAAGT 4081 AAAACGTTTTAATTTTTAGCCTTTTTTTGGTGGAGTTATTTAATATGTATATCAGAGGATATACTAGATGGTAACATTTC 4161 TTTCTGTGCTTGGCTATCTTTGTGGACTTCAGGGGCTTCTAAAACAGACAGGACTGTGTTGCCTTTACTAAATGGTCTGA 4241 GACAGCTATGGTTTTGAATTTTTAGTTTTTTTTTTTTAACCCACTTCCCCTCCTGGTCTCTTCCCTCTCTGATAATTACC 4321 ATTCATATGTGAGTGTTAGTGTGCCTCCTTTTAGCATTTTCTTCTTCTCTTTCTGATTCTTCATTTCTGACTGCCTAGGC 4401 AAGGAAACCAGATAACCAAACTTACTAGAACGTTCTTTAAAACACAAGTACAAACTCTGGGACAGGACCCAAGACACTTT 4481 CCTGTGAAGTGCTGAAAAAGACCTCATTGTATTGGCATTTGATATCAGTTTGATGTAGCTTAGAGTGCTTCCTGATTCTT 4561 GCTGAGTTTCAGGTAGTTGAGATAGAGAGAAGTGAGTCATATTCATATTTTCCCCCTTAGAATAATATTTTGAAAGGTTT 4641 CATTGCTTCCACTTGAATGCTGCTCTTACAAAAACTGGGGTTACAAGGGTTACTAAATTAGCATCAGTAGCCAGAGGCAA 4721 TACCGTTGTCTGGAGGACACCAGCAAACAACACACAACAAAGCAAAACAAACCTTGGGAAACTAAGGCCATTTGTTTTGT 4801 TTTGGTGTCCCCTTTGAAGCCCTGCCTTCTGGCCTTACTCCTGTACAGATATTTTTGACCTATAGGTGCCTTTATGAGAA 4881 TTGAGGGTCTGACATCCTGCCCCAAGGAGTAGCTAAAGTAATTGCTAGTGTTTTCAGGGATTTTAACATCAGACTGGAAT 4961 GAATGAATGAAACTTTTTGTCCTTTTTTTTTCTGTTTTTTTTTTTCTAATGTAGTAAGGACTAAGGAAAACCTTTGGTGA 5041 AGACAATCATTTCTCTCTGTTGATGTGGATACTTTTCACACCGTTTATTTAAATGCTTTCTCAATAGGTCCAGAGCCAGT 5121 GTTCTTGTTCAACCTGAAAGTAATGGCTCTGGGTTGGGCCAGACAGTTGCACTCTCTAGTTTGCCCTCTGCCACAAATTT 5201 GATGTGTGACCTTTGGGCAAGTCATTTATCTTCTCTGGGCCTTAGTTGCCTCATCTGTAAAATGAGGGAGTTGGAGTAGA 5281 TTAATTATTCCAGCTCTGAAATTCTAAGTGACCTTGGCTACCTTGCAGCAGTTTTGGATTTCTTCCTTATCTTTGTTCTG 5361 CTGTTTGAGGGGGCTTTTTACTTATTTCCATGTTATTCAAAGGAGACTAGGCTTGATATTTTATTACTGTTCTTTTATGG 5441 ACAAAAGGTTACATAGTATGCCCTTAAGACTTAATTTTAACCAAAGGCCTAGCACCACCTTAGGGGCTGCAATAAACACT 5521 TAACGCGCGTGCGCACGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACACACACACACAGGTCAGAGTTTAAGGCTTTCGAG 5601 TCATGACATTCTAGCTTTTGAATTGCGTGCACACACACACGCACGCACACACTCTGGTCAGAGTTTATTAAGGCTTTCGA 5681 GTCATGACATTATAGCTTTTGAGTTGGTGTGTGTGACACCACCCTCCTAAGTGGTGTGTGCTTGTAATTTTTTTTTTCAG 5761 TGAAAATGGATTGAAAACCTGTTGTTAATGCTTAGTGATATTATGCTCAAAACAAGGAAATTCCCTTGAACCGTGTCAAT 5841 TAAACTGGTTTATATGACTCAAGAAAACAATACCAGTAGATGATTATTAACTTTATTCTTGGCTCTTTTTAGGTCCATTT 5921 TGATTAAGTGACTTTTGGCTGGATCATTCAGAGCTCTCTTCTAGCCTACCCTTGGATGAGTACAATTAATGAAATTCATA 6001 TTTTCAAGGACCTGGGAGCCTTCCTTGGGGCTGGGTTGAGGGTGGGGGGTTGGGGAGTCCTGGTAGAGGCCAGCTTTGTG 6081 GTAGCTGGAGAGGAAGGGATGAAACCAGCTGCTGTTGCAAAGGCTGCTTGTCATTGATAGAAGGACTCACGGGCTTGGAT 6161 TGATTAAGACTAAACATGGAGTTGGCAAACTTTCTTCAAGTATTGAGTTCTGTTCAATGCATTGGACATGTGATTTAAGG 6241 GAAAAGTGTGAATGCTTATAGATGATGAAAACCTGGTGGGCTGCAGAGCCCAGTTTAGAAGAAGTGAGTTGGGGGTTGGG 6321 GACAGATTTGGTGGTGGTATTTCCCAACTGTTTCCTCCCCTAAATTCAGAGGAATGCAGCTATGCCAGAAGCCAGAGAAG 6401 AGCCACTCGTAGCTTCTGCTTTGGGGACAACTGGTCAGTTGAAAGTCCCAGGAGTTCCTTTGTGGCTTTCTGTATACTTT 6481 TGCCTGGTTAAAGTCTGTGGCTAAAAAATAGTCGAACCTTTCTTGAGAACTCTGTAACAAAGTATGTTTTTGATTAAAAG 6561 AGAAAGCCAACTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545214. RNA binding protein: AGO3. Condition:Control
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 4089.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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