pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-10a |
Genomic Coordinates | chr17: 48579838 - 48579947 |
Synonyms | MIRN10A, hsa-mir-10a, miRNA10A, mir-10a, MIR10A |
Description | Homo sapiens miR-10a stem-loop |
Comment | This human miRNA was predicted by computational methods using conservation with mouse and Fugu rubripes sequences . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-10a-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 22| UACCCUGUAGAUCCGAAUUUGUG |44 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZBTB10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | RINZF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger and BTB domain containing 10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001105539 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_023929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZBTB10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZBTB10 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZBTB10|NM_001105539|3'UTR 1 CTGACCTACTATACTCCTCAAGGATGCTGCATTTGGACCTAATATGAATCGACAATTTGGATTGTTGAACTTGAAGGCTT 81 GCAAAATATGGTACATGCTGGATAGTAGTTATGTTGCTGTGAAAACTGTAGGGTCAAAGCCTTATAGCAAAAAAAATTTT 161 TTTTTATATTTGCACAGGACTATACAGCAAACAACCATGTGGTTGGATTACATGGAGTCCCCACATACTCAGTCAGTTAT 241 CAAAGTAAAATATTTTTTATTTATAGGATATACAGTAACTATTTGGGTCCTATGAAAATAGTCCTTAAAGAGCTTACATT 321 CATGTGCTACTTTAACATGAATGGAGAAAATCCGTTTATGGAAGTACAGTGACAATTGACCCAATCACTCTGTCCATCAA 401 ACCACTCAGGCTAGTTTGTACTAGTAGAGTTTTGTTTCTATTTTTATTTTTATTAATTTTATTTTTTTTAATACAGATTT 481 TCAGTGAGGGGCTTTTTCAACCCCATTGGTTCTATTTTCTTGTATTTTTCCATTTAATTTGCTTCATAACTTAAACCAAG 561 TCTCTTCTAGTCTTAGGTATTATTTCTCGATTTTGTGCTGATGGGCATGTTTATAAGAACTGGAGAGGTAATTTATTGGA 641 ATGAACTAACTGACTTCCTCCATTCCCCTCTTCCTTTTTGACATGAATTTTACTACTTCACAAATGAAGAATGATGTTAT 721 GAAGTTACCGTGGCGAAGTTGACAAATACCACTAAAATGATTATGATTTAGAAGTAACTTTCTTCTGCTGCTCTAATCTG 801 ATAAATGGTTACTATATGATATTTTCTGACATGGTATTTGGTTTTGGGTATCTGTTACTTTGGCACTATTCTTGTTTGCC 881 TCTTTATTTTTGCCAGTGTACTATACCTCAGTCCTATTTGAAAGACCTAATTGAAAGAAAAATCATAGAAATAAGTAAAA 961 TGATTTGTTTTATAATTTATCCACCATGTCCAGTTTGGTTAGCTTGTTATGCAATATAAGTGAAATATCAGGTTTTTACC 1041 CGTGTCCCTTTTATCATGAAAATTAACACAAAATGTGCATTCTCTTTTGTTTCATACTTAGCGGGATATTGATTGTTTTG 1121 AAATTATGATCAATACTTAATTTATTTTTTTCTGTCCTTGAAGTCACTACACCTTGATACAGTCTTTCTAGTAGTCACCA 1201 TGATTCAACAGTCTCAAAAATCTTACAAATAAAATTCTGAGAAGCTTTATTATTCTATAAATTCTTCAGGGTACAAAGGG 1281 TGACATATTGAGGTGAAATTGTCAGATTTACTTAGCCTGGTGACATGAATTAGCTGATTGTGGAACTCTCAGCAGCATTT 1361 CACGTATTGTTAACATGTATGGCATTTATTAGCATATTGTATATTATATAAGATTGAGGGATGTCATATTTTCAGCTTTC 1441 TTTTAAATAAAAATTGAGTATATTTTCCTATTTTATATCAGGTAACTAAATTATGCTAGTTATGTGGAAAAAATTGCAAA 1521 GATGCTTTGACAGATATAATCCCTTTGGTGCTCCATCTGATCAAAGTTGAAAAGTTGATGTTTTTTAAGAGACAAGCTTT 1601 ATCATTGTCTCTGATTTCAGTAGAATAATGGTTTATTGTTAGACAATGATGTTTCTGCTTGGATAAATCAAAGATAAATT 1681 ACAGTTACATGGTTAGATGCATCTTTTGTCATCTATATTGTAGTTTCTACATAACTGTAAACCTGACAGATAAGAATAGT 1761 TTCGGTTTGATTTTTGTTTAAAACAGATGAGTACTTCTTAATGTTCTAGACAAATGAGTAAAATGTATTTCTGGTAGAAA 1841 TTAGTTGGGCAAAGATACTATGAATGAAAAAGTATTTTAAACGTAAAATGTTCTTTGTGAATATGTAAGTATAGTATAAA 1921 GATTTCTTTCATCCCATTTATCCCCTTCCTTTAAATAAACTAGTTTACAATTGGTAGATCTGTCTATATATAAATATATA 2001 TTAAAGAACAAAGATATATATCTAAAAATCACCTAAATCTGCTTTATTAGACTACAGTTCACTTATTGCATAGAAACTGG 2081 ACTTGGCTTTACATTCTTAATGTACTTTTACTTTTCCTCAAGATATGAACTTACTCTCTTGAAGCTGAATTTTCTTTTAC 2161 TACTTAAATCATTTATGTATATCTGGTAAATTATGACCAAATTTTTGTTAGATTGCATACAGTAAATTGAAATACACACT 2241 TGGTACACTACGGGATTGTTGTGCTTTTGTTTGGTTTTAGTTGGAAATAAGGTTTGATGTAGATGGCTTGTTACTGTTAA 2321 TTTAAAATATTCTATAATTGTCCATTACTTTATGTTGTGTTGTGACAGATTTGGCTATATTTTTAGTCAATTGAAATATG 2401 ATACTTTAAAAGTTTGTTTTTAGGTAATCCAAAGGAAAAGTGTTTATACTCTTGAATATATTAGCCTCAGCCTATATAAA 2481 AATTTCTTTGAAGTAAACATTTTACCGGAAACAGAATTGACAGATTTTTCTACTTGCTGACTGCCTAACTTATTTTGTTT 2561 CATGATCTCGAGGGACTGCCTTTTCCCATCTAGATCTTTTAAAAAAATAGTTTTAGTACTAAGGTATACTACTGGACATT 2641 TCTATTTTTTTAAGTGTATTCTTTTTCTGACTTACAGTAAAATTTCAGGAAGTTGATAGATACTAAGAACTTATGATTGG 2721 TCTCAGAGGTAACAATGAAATACTCATAATTTTGTCTGTGGAACTCTGGCAGAATTATGTTACACATTTGGCGAAGTTGT 2801 CTCTTGTAATTTATATTTTAAATGAAAAAGTATTTTAGAGCTTTTAATGAAGGGGAAGAGTATAAACTTTCTTTCATATT 2881 CACTCTGTAGTTACAGACCGTCTCATAAATCAAGATTGTGCATTATTAGAGTTCTCAGAGACAGATACTTCCATATGGAC 2961 CCCTGTTCATTTTTCTTATTTACTAGATATTTTGCTAAATTTAGCACACTAGCAATTAAGAGTTTAAAAAAGAAGAAACG 3041 TTATAGGAAAGGGAAACTGAACAGTAATGAGTAGCTTTGAAATTGGGGAAAACACACTAGCTGGGTTAGGTACAGCTATC 3121 CTAATGGAGAAGAGTGAGCTAAATGCGTTAATTCATGTAAAGTGCTTAGAACACTGGTACATAATAGGTGCATAACACAT 3201 CTTAAAGTTGTTTAATAATAGATAAGAACCAAGAGGAAAAAGAAATAAGAAAAGATGGGGGAAAGGAAGGAGAAAATAGG 3281 AAATGAAAGGATTAGGACTTGGGCATTTATATTAATACAAAATGGTGTAAACGGCCTGAATATCACTGTAGTAGTATCAT 3361 ACGGGGGAAAGTGTGATGGAAAATAGGTTTAAAAATCTTAATTTTTAAAACTTTAGTAAGCTTTATTTATATTTTTTAGG 3441 ATTTTCTGAACATAGCATGAAGGGTTTAGATTCATTTTTCTGAAAAACGATTAAAAAAACTACCAATTTTTTTTTTGAGT 3521 GCCCACACTTGCCGTTGTGCTGTATACATGATTTTACCTTAATCCTCTATAAGGTAGGTGCTAATTGTCTCCATTTTATA 3601 GATGAGGAAAGGCTCAGAGAAATTCAGAAACTTGGCTAATTTAACACAGCTGTGACAGAGCTCGAATTTGACCACGTCTG 3681 ATTCTGAAGCCCATACTCTTTCAGGGAGGCTCTATTGCTGCCTCATTAAACAACTCTTGTAGAATTTCAGCTCTTAATGG 3761 AGTCTATGGATTATATTTTTCCTATAAGACAGCTGTGTTTAGAATTTTGAGTGTCTTTCCTCCCCCCAATAAATTTCCTT 3841 ACTACTCTTTCTTCATAAAGCAGTTGTTTTGTCACTTTGACTATATTAAGACACATCAGTGTAGCACATGCTCTTAACTG 3921 GCTGTGGCATTTTAATTTTATAAAAGAATGGTTTTTATCTGAAGAACTAGATAGAAACCCCAGTTTTTGTGCCGTTCAGT 4001 CACCCAGATCCTTAAACTTAACTATGGTACATAATATCCACACTTAGAACTAACAGGTGTTTAGTCACTTTAGGACTTAA 4081 AATGGAAAGTTTTTTTTTTTTTCCTGCTGTATCTCTGCTTTCAACTGAAGTTAAAGAATTCTAGATAGTTTAAAATGTGT 4161 TAGGGATAAGCACACTTCAAAAGATGTTTTCTAGCCCTAAATTTTATGACATTGGGTACTTAAATTTGGAGTACACTAGC 4241 TATTGAGAACAATATTTTGGGTTGAGGAGAGATGGTTGAGGCCATTATTTAGTGGGAGCATTGGCATTTTGAACACTGTA 4321 AACAAAAGAACACTTCCGCCTGCTGTTTGTAAAAGCTCTTTGGGAAGATCTTTTACGAAGACCAACTTTTTAAAATGTAA 4401 ATTACCTACCTAATATAAGTGTCCTAAGACATGTATGTAAACTTCCGGAACTGTTTTGTCTGTGTATTTAGAAAATACAC 4481 AAGAATCTTTATTCAAACCTAAAAATATAAACTTGTGAGCACTAAACTGCTTCTGGCTTTGTGAATTTTATTGACTGACA 4561 TTTAATTCAGATTTCTTTGCAAGTGTACTAATTTAGACTAATTGGGGTAAGGGGAACACCTTAATGAACTTTGACTTATG 4641 TATAATTCAGATATCTTTGTACTTAAGGCTTACAAGTTTGAATTATGGAATACTATAAGGGTTTTTTGTTTATTTGTATG 4721 TTTTTATATGAAAGTACATAAATGACAGACTACCTCCAAGTAATCCTGCTTTAATTAATAGCAGTGATTTGTAATCAGTG 4801 TATCTTTTAAGATTCTCTACAGGTTTTAGAAAATATTAAAAATTCCCTGTAATTTACATTTGTGCATAATCTTGGAAATG 4881 GGTTGAAAAGCAAAGGTAAACTGCTTCATCCCATGTTGTATATTTGTGGACTGATTGACTACAAGTGATGTGATGTTATA 4961 AATTTGAAGTCTTTGAAACTTTATTAATGTAGAGAAAACATAACTAGCTTTTTAGGTTATTTCAAAGTTAGTAATAGAGC 5041 AAAGGAAATCAGAACTGGCCAGATATTCAGACTTGACTTAGAAAAACAGGAGTTTGTTGATTTTGTTTGGAGAAGGGCAC 5121 AATAAAGGGGAGCCCACATAGCATTATAATGCCTAGTATCTTTAAACATGTAAAGAGCTATCATGAGGCAGAAGAATTAA 5201 GAAACTTTATATGTTTCTAAGGGGTCATGATTGGGACCATTGGCTCAAGATTGAAAATCGGTTTTTAATTATCCAAAGAT 5281 GAAATGGGGCTGCTTCAGAAAAAGGTCTACCACTGGAGATAACGCTATGAAAAGTGAAAGAGATTACTTAATCATTTTGA 5361 CAAAGGCAGTATTGACCAGACATTTCTATTTCAGAGTTGGATTTGTGCTTAGTTTTTTTTAGGTGTTGGGACCCTTGTAG 5441 TTGCTTTTTATTTTGCTTAGTCAACAAACACTAAAATGATAAAATTTGGTATGTATAAGTACTGGACGAAGGATGTTTTG 5521 ACACTAAAAAGGACATAATTTAGGAAATTAAGAATTTAGACACCAAGTTTGGCTTAATAGAAAAAGTCACTATCTGAACT 5601 TCTTTCTTTTTCACCACAAATCACCGCAGACCAGTGTTTGGGAGCAGGTGTAGGAAATTGAATTATTGGATCTATGTTTA 5681 GGTAAGAAAACTAAAGGTACTTCAGAATTTAGGCTATGACATAACTGTCTTTCTGAAGTTTAAAGAAAGAAAGTGAACTA 5761 TAGAAATCTATTCAGCTAATTAAAGTGAATGAAAAATATTACAGATTCCATAACTGCATGGCGCCTTACCTGCTATTAAT 5841 ACTGCCGCCTTACTGTCAGCCAGATGATTTTTTCCCACCACGGCCAGTCTTAAATTTGGCAATAAGAAAAAGCTAATCTT 5921 CCAAGTGTAAGTAGGTATGTGTTAGAATCTTGGTGAAAGATAAACACAAGACAGTCTTCTTGGCGCAGGTCCTAACAGTT 6001 GGTGAGATAATACATAAGATGGTTTCAGGATTATTGTAGAATTATTTAGGTTGAAAGAGACTGTAAGAGACTAATGAAGC 6081 ATACCCAGAGAGGTTGCTACAGTGACTCCAGTCAGTTTTAGGACCCAGGACTCCTGAACTTCAATTTCAGTATTATTTTT 6161 CTGTACCAAACTCATTCAATAAATACTTGAGATTAGGGATAAGTTTGAAGTTAGAAGATTCCAGAGTACACTCAAATAGT 6241 ATTTGGCACATAGCTTGTTGATCAAAAGTATTTACTAAGTGAGTGACAAAAGGCACTAGCAACTTTAAGGATTTTGCCTA 6321 TTAGTATCATATGGCATGTAGCTATCAAGCCAGTTTCGTTTAGTTATTTTGTGTTGCCAAGCATATGATACGTGGTGTCA 6401 CACTGAGCCTTTGGGATCCTTTCCCTGGATACATAACCCTAGTAGATAATGTTACTGCAAGATGTAATGACCAAATCCAA 6481 CCTACTGCAAATGTTACTATGGAAATCTCAATGCAAAAGTAGCCTTTGTGATTTTTTTTTTAAACCGTCTCCATAACAGA 6561 ACACTTAGAATTATTAGCCATTTGCTGCAAAGTATTTGTTTTAAAATGTCTGGCATATACACCACTAACATTTAAATGCC 6641 CAACATTCGGTCTATACGTGAAAAAACTAGAAGAAAAGCCCTGTTGGAGTTTTGATGTAGAGTGCAATAATACATCAATA 6721 AAGGTATTTTAAAATGAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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