pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-744 |
Genomic Coordinates | chr17: 12081899 - 12081996 |
Synonyms | MIRN744, hsa-mir-744, MIR744 |
Description | Homo sapiens miR-744 stem-loop |
Comment | This sequence was identified as a miRNA candidate by Berezikov et al. using RAKE and MPSS techniques . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-744-5p | |||||||||||||||
Sequence | 11| UGCGGGGCUAGGGCUAACAGCA |32 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | NUFIP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 182-FIP, 82-FIP, FIP-82, PIG1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020772 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on NUFIP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of NUFIP2 (miRNA target sites are highlighted) |
>NUFIP2|NM_020772|3'UTR 1 AGGACCAGACTGCCTATTCGTAACCTTTCTGCAGCATTAGAGCCATCGTTCATGGGGGACACAAGGCTTTTATGCTCCTA 81 GATCTTCAACGCAGCAGAGGAACCATAAGTAGAATCACAGGATAATATATACAAATATATATATATACATATATATATAT 161 ATAGTTATTTAAAAAAGGCAACTGAAAGTAATTAGACTTCTTAAGGAATCAAATTTATTTCAAGAGACTACACATGGTTA 241 TTTAATCTCCGGTACTGAATAGGTTTTTTTTCTTCTGTTAGTTTTTGTTTTTAAGTGTGAATGCAAGTGATTAATGAATA 321 CAGACTTAACAAGTGTGGTTCTAAAGTTCCTGCTGTCATCAACTTGGGCAACAAATGACCCACTGGAAAGGCAAATCCAC 401 TTAAAAGATCTCTGTATCTTGTTCTGTGACTGAAGTGATACACTAATCACGGGGAACCCAGAATGATTCAACATTTTCCC 481 CCCACTCCTCCCTTGATCTTTTTGGTTTTACTTTAATTAAGCCCTGCGAGAATGCTGGATAAATGCCTTGAAGTTAGCAG 561 GGTGTATTTTTTTAGCGAATATGATTTGCATGTCTTGCCAGGAGTTAAGCGGCCTCTGGGGTGTTGGGGAAATACTTTAT 641 TTCTTTCCATTTATTTTTTGTGGGGCGGGGATAGGGGAGGGCATTGAAGTTCTACAATTCTGGAATAGTTAGTTGATGGT 721 ACATAGTTAACTTGGCTTCGGTTACATATTGGACTTTAACAACTGAAGAATCTATGCGTGTCATTTAAAGAAAAGTTGCA 801 GAACAAGCAATTGGCTTAGATATACAATCTGGAAAAATATTCCTGTGCCCATATTTTAATGTAATTGTATAACTGGGAGC 881 AAAAATATATTCTGCTTTTCAACTGTAGGTGCTCCAGACTTGCTCTCCGTCACTAACACTAAATGTGCTGTTTTCCTTGT 961 TTTTCATCAAACATTTAAGACAAACTTAGACCTTTCTGTAAATTATCTTTTAATTTCTCAGCAAAATCTAAAAGGGGAAG 1041 AAAAAAGTCCATGAAAACTAAAACTTTTCATGTTTTTAGCCAGTGAGAAGATAATAAACCCTGACTGTAGAAGGTGTGTT 1121 TTCATGCAAACTATACTTCTGAGCTTGTTAGCTTCTAATTATATCTTAATAAATATATTTTATTACTAGAGCAAGATGGG 1201 TTTTTAAGGAAAATAATGTGAAATTCTGGAAATTTTCTTTGGGGCAGAGAAGAGCATTAGCCCTGTCTTATCATTACATT 1281 GCCATCCTGTTGCACTGCAGCTTGTGTATAGCATGCTAAAATAAATTTTTGTGTGTGTGTGCAGAAATTAAGGGTCCAAT 1361 TGAGATTGGGTGATGTTAGTAACATAATAACAAGTTGTCTGGCCTGACACAGCATCACATCACACACACAGAAATTAGTA 1441 TATCCATGTATGTCAAATACAGGTTAAAATATCAGGGCATTTATATAAAGAGTTGTAGTCTTCTGATAAAAGTAGACTGG 1521 ATCCCCTGGGGTATTTGGGGAGAAAGTAACTACTTTGGCTCTACCCCTAGAAATGTCCAGTTTTGAGTGACTGTAGTATG 1601 GATGGGTTTTCTTGTTTTGTTGATTATTTGAGGCTTTTAAAACAAGTAGTTCATGAAAGAAGCTGTTGGACTCAACATAG 1681 AGTAGAGTAACTATCTTTTTAGTCTGGATTTCTGCCCTGCTTAGATTTTAAAAGTATAAGCATGGATTGCCAATTCCACT 1761 TGATGTAAACAAAACTTTTTTTTATACATAATATATATATATATATATAAAATAACTTATTGTATCAGTCCAGGTTCAGA 1841 AACTTGTGGTAGGCCAGTTCCAGATAGTTTCATTTCACCTGTAAACTGTATCACTTTGACTGATATTGTAATTTTCAAAT 1921 GTATAATATGTTTACAGATGTGCCCTGCATTTAGTCTGCCTTGTTCCTATTTTGATTTTTGTTGAGTCTCCTGCCTGCTT 2001 GCCAAAAGCTAGGATGCTTCAGGCCCATGTACAATTGAAAGCAGAGGCATCCTTGAGCTTTAAAGCATTGAACAAACTGG 2081 AAAATGCAACATACCACATAACTGAAGTGAAAAAAGTCTGTGTTTTTGTGTTTTTTTAAATAAAAATTTTCAAAAAGTTA 2161 AAAAAAAAGACATATAAGGTTGATTAAAGGGAAAAAAGGCTCCAGTTTGTTTTACAGGTTTTAAAGTTCTGCTGTGTGTT 2241 CAATTGCCTTGTGTAACCACTTGTCGCCTTAGGGCCAGATTCCCCTCTCTAGTCCCCTTTTTTAAATGTCCATTTTGCTT 2321 GCCTGGAATTTTAAAGTTCTTCCGTCTCACAACTCACAAGAAACTTTCTGGGTTTGTGACATACAGAGGTTGAATTGAGT 2401 ATATATTTGAAAAGGAAAAAACAAAAAACAAACCCAGACCCCACCTGAATTGGGCTTTTTAACTTAGAAGCAACACTTGA 2481 TTAAACATCTTTAGAAAGCTATTGCTTTTCTAATTTCCTTCCATATCCCTCAGGCCTCAGTGTTCAGAGAAGCCAAAAAG 2561 AATGTATCACTTCTCTGTCTGTCCAAAGGTTTTTGAGAGTCTCACTTCTAAATGAAACAATGCAACATTTCACTTTGATT 2641 TCTCCACTGAAATTTCCTTGATTATATGGTTAGAGGTATGTAGTTAGGAATGTCTGTTAACTTTCTGAGAACCCTAGTGC 2721 CCCATCATATTAACTGTCAGTATTTTGGGGGCATTAGGTTAATAGACTTAATTGCCTAGGTACAAGCAGGACTTTGGGAC 2801 AAATCTCTTTGTGCTGTTTGGTAACACTTAACTCTATTTGTTGCAATCTTTCTCCTTAGGTCCTCACACAATTCCTTACA 2881 GAGCACTTATTAAAAAAAAATCTTAAGAGTTGATCTGTTTTCTGATTATTTTGTGTAAGCTTCTAAACAAACTTCAGCTG 2961 TGATTAATTTAGCACATTTAAATAACGTGTTATTGTTTGGTATAAAGAATTTTCCTTCAACTCAGAGTATTAGTACTGTA 3041 GCATAAACCAAATACAGTCTAGAGGGGATTTTTAACATCCCTCCATTATAAAGACTGAAAAAGGGGTGTGTGTGTGTGTG 3121 TGTGTTTATGTATGTATGTATGTGTGTGTGAGGAAAAGATGGAGATATTAAAAATTAGTAAATGAATGTGTATAAGACAT 3201 TAGTATTCAGAGAATGAACTTGTATTTATTTTGTGCCATTTGTTTTCATTACACAGAAAAAAGTCAGGTGGTTTAAATCC 3281 TTAAAAGGGTAGTATTGAAAAATGGCACTAAGAATGAAATTATGACCTATTTTTTTAATAGCTATGAAGATACTAATTAT 3361 GGGTGAAGATTTCTTTTTAAATCTGTTTTGATTATTGTAGGCTTCTGTGTCACATACCACTCTTGTAGGTGTCCTCAATA 3441 ATCCCCTTTTCCCACAAAATACACAGGGTGTATTATCTTTCTCTTTATTCACCCCCACTTTGCTGAACTGAAGTTAATTA 3521 CATAGCCTTTCTTCTAACCTCCTTAGTAATGAACCTTCACATAAAGTGTATTTACAGCGTCTGTGGTAGCCAGCCCTTCC 3601 TCCTCTACTTTCTAGGAGGGGATAGCCAATAACTAGGAATTTAATGACAGATTTTTTTTTCTTTGAAATAAATGGCCAGA 3681 GTTTCTCCATTTTAGAATTTTGTTGTCCTCCTTAATCATCTGCTTACCTAGTCATTACTCAATCTGCAGAAACTTCATAA 3761 AGGAAAAGTGCTGCATTGTTTTTACAAATAACAGTTTGTAGGGAAAATATGACAAACCTCAACTATGGGAGTTGTCCACA 3841 ATACAAAATTTTGAAAAAACATTACATAGTGATAATATCATACTTGGTTGTTAGGCTTGTTGCTTCCCCACATCAGAGGC 3921 ATCTAATGATTTATCTTTTGTAATTGCTGTGAACTTTTTTAAATAAGCCATTTAGTGTGAAATTGTCATGTATCAAATGG 4001 CTATTGGAAATGGACTTTACTCAATTTTAATTCCACTGTAAATAAGGACGGAGTCATTCCTACAAGGCTCTCTTCAGAGA 4081 AATAGATTAAAAGTCCAATTTCCAGGTATTATTAGTATAGTTATGCCGCTGGGCCACATCCTCAACAACAGCTGATCCCT 4161 CTTGTATAAATATGTTAACTGTGCAGAACAGTTATGTTATGGGACAAATATAATGGTCATTATGGTCAGATTGGTTGATG 4241 CCACACCAGTCAAGGTAGAGTCTGATAGGGCAGTATCTTAATAACCCTACCCATGACTTAACTGTTGGATTTGAAAGGAA 4321 AACGTAGGATTTGCTCTTGTCCCCTTACCCGCCACAAAATTTTGATAATTTGTTTAAAAGGGAGAGGCAGAGGAAAAGAC 4401 TAGAAGCATAAATAGCTGCTTTAGGTTTGCCAGAGGCACATAGCTTAACATTAGTTCTTAATATCGATGTTATTTTTACT 4481 AATGTAATTAATCAACAGAGCACCAAGATTCTTTCATGGTGAAAAGGGTGGGCTTCTGTTTTGGTATCTTAAAATGTTTC 4561 TTTTAAAATATACATCACCTGTGTGAGAACCAGGACCACCTGGGAGAGTGATGAATCATTGGCTCCACTCAAAAGCATTG 4641 CTTTACTGAGTTTTAAATTTCACACTGTTTTGCCGCTCAAGAAAGGTCTTAAAGTAGTTAAAGGATGCCAGCAATAGTGC 4721 GAATAGAATTTTCGGTTGTCTGCATAATAAAAACACCCATTGCAGCATGATTGGTATGTTGCTCTTGCATTATTGGGAAT 4801 GGTAAATCAGTTATGGGCTAGAAACTATGGAATGGCCGTCCTCATATGTGATGGGATTGCTGATTCAGACTTCCCTATTT 4881 TCCATACAATTTTGTTATGTGCAGAGTTCTAAAGCCATTTTATAATACTGCAGTATCCCCCCCCCCCCCACCTTTTTTTT 4961 TTTGAGACGGACTGTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTACAGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCTGGTTC 5041 AAGCAATTCCCCTGCCTCAGCCTCCCATGTAGCTGGGATTACGGGCGCACACCACCACACCTGGCTAATTTGTATTCTTA 5121 GTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGACCAGACTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGCAATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCA 5201 AAGTGCTGGAATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCCGGCCAAGTATCTCTTTTCTACAGCCTTATTAAACTAACTACAAAC 5281 ATTTATTTTCCAATTTAGTTTTACTTTCAGTGCATATCAAAGTTGTTGTACTCTTCAGACCAACAAATTAACTTGAGGGC 5361 AAATTACATAGCTTTCCATGTACCCTTTTTTCCTCAGGTGCTAATCAAAGGCTCTGAAAATGGATACTGCTTTAGTGATG 5441 TCTGCTTTATTCTTAAAATGCTTATTTCTTTTGCTAGATGTAAAGATTTGGTGTTAACAAAAGTGGTTTTAATATGTAAA 5521 TATGAATGAATGCCTTTAGTTTACCCTGTTTGTCTATTATTAATCTGTTTTCATTTATCCTTCATAGAGGAGGATCCTTT 5601 CATGATCTTGAATACATTTCATTAGATATTGTTGCATTTTAAGAATGAAAATACAACTGTTTTCTGTCTTAGATTAATCC 5681 TGCTGCTATGAGAAACTGAAAATCAAGAATGTGATGCACTTTTTACATTACTATATACCATACATATACCATAGGTTGCT 5761 TTGATACCTTTCCTGTAGCACAGCCACTAACAAGAGTGAATGAATTATAAAATTCTTTTTGGGAGGGAATCAATACAAGT 5841 AACTAATTCTTAGCTGATATTGTCCTATGAAGGACAATAACTTAGGAATATAAGAATTCTGTTAATAGTACACTTTTTGG 5921 CCTTAAATGTCTTCTACTACTGAAAATAGTTTAAATCTTAGCTTTGTTTCTATTATTCCCTCTCTCTGCCTCAGAAAGAG 6001 GAATTGGGAAGAATGGCTTAAAGGACGTGGTGTCATTGATTTGTTGCTGATCTTTTAGAAAACATTTGTCTATGTAAGCT 6081 GGGGACTTATTTTTTGTTTGTATATAGAGGGGAAATAGTGCTGCCCTGAACCAATCAGATTTAGTTTAAATCAAATCAAT 6161 CAAAACTCCAGCTGTTTCTCTTGTCTTTTTACTTAGCAAAGGAAAACTTTAGTGAATGCTACTTGACAAGAAGAAAAGTC 6241 ATTTCTCAAGCACATACCCAAACTTGAAGGTGATTGAACCCAAAATAATGGGTGGGAAACACCAAATGAGGTGGAGGAAT 6321 GAGAAAGATGTGTGGGCCAAAGCTATCTGGTTATATTTTGATGTTGCCAATATCGCAAAGCCAAAATTTTAATTTGCTTA 6401 TTTAATATATTTGTTGGCCAGAGATCTATTTTTATATCAATGTGCCTTGCATGTATATTAAAAAAAAAAAATTGGAAACG 6481 CCATGTAGTAATGCCTGAGATAGTCGATGGTTCTTACCACCTCACTAATTTTTATGCAGTATGAAATGCTCATTCTATTG 6561 CCCAACTGGTGCTCTCTGTTTAAAGTTACAGATCTTGCGAAACTGGAACTATTTTATAAGCTGGGGAAGTGATTTACTTT 6641 TTTTGTTGTATCTTTTTTGTTCTTAGTCTGTTAGTGGCTGTCCTGTAGTGGGAAATAGTAAAAGGATTCTTCACTCCCTT 6721 CTCCCCTCAGCACCTTCTTCAAGTAAACATTTCTTGTGTGCTTTGAAAAAAGTTTCAGCTTGCTGTCTCTTTTAGTGTTT 6801 TAAAGAAGTGTTATACAAAGCATTGTTTGCAAAATATAGGGAGATAATGGAGTCCACTTTAATTTGGAATTCTGTGTGAG 6881 CTATGATCCAAGTTATCAGCTCTTTCCAACTTTAAAAATTTTGTTAAAAGCACCTTGCTTAGAAAATTTTAAATATTTAT 6961 GTCTGCAACAATTGTCTCAAAATAATAAACTGTGCAATTCTTGTCATTAAAAAAAAAAAAGATCTGAATTTTCCCTAATG 7041 TGACTTGTTAGTTTCTCTCTGTATTTCCTGCCAGTGTAAATGTGAAAGCTTTGCTTGCATTACGTTTTAGAAATGCATTT 7121 TGCACACTCGAATTTTGCCGAAGCTCCGTGAAAAGGTTAGATCTAAGTAGATGAATAAAGCTATGCACATGTTTTGAAAG 7201 TTTAATTTGTGTGTCATTACCAAAAGTGACCGATTTGTCCTTACTACTTTGCTGTTGTTAGCTTTACCATCTTTGGAAAC 7281 TTGGCTCAAAGTTACATAGTTCTGGGCTAGCTCATCAGTGGAACTAGGAGAGAGGAAAACTGGCACCTATTTTAATAAAG 7361 TTCAATTTAAACGAGAGCTTGACTTGTATCTATTAAAGAGCTTTTCTTGAAACAGGGCAGTTTTATCAGCTTTACAAATC 7441 ATTGGATGCTCTTCCTTAGTAATATTTTGGTTTATTTGATCAAATAGAAATGGAAAGTAATTCAAACTGAAAGACCCTTT 7521 TTTGTCATATGGAACTTGGTGACGATTTTTTGTCTTAAAGCTGGTTTAAAGGTAGGATAGGCTTTTACCTTTATTGCTTT 7601 AGCATAAATTTGGTTTACTGAATTGACTGGCTTGAGATTAGAATTATTCAGTTGTTTGTAAGATCAAAGCACTGGTTGTT 7681 TTAAAGATAACGTGTATCTTTTAAAAAATTGCCCAAGCTGATTAGAACAAGTTTAGGAGTTGGGTACATTTGGTTCAAGT 7761 GCTGCAATCTGTATGTACTAAATAGCTTTACTTTGTGTATGTGTACTTATAATGTGTAGATGTACTACTACCCAGGTTTT 7841 GTCAAATCATCTTTTTTAAAGTTTTTTTTTTTTTAATTGGTTCAGGACCTTTGTAGGAGAGGCTAATATGTTTAAGTAGA 7921 AGATATTACTGATAGCATTTTCCCCATGCTCCTACATAAAAAATAAATATTTCCATTTTATAGCTTTTTCAATATACAGA 8001 AGAGGGTTACTTCTTCATCAAGTATATTGTTGCCTTTGAGGACACAGCAAAACCCTTCTATATGTATCTTCATTGATAGT 8081 GGCAGTTAAAAACTAAGTTATCCAGTTAAGACTTAAAAGGTGACCCATATTAATTGCATGGCCTTAAAAGGCAGAAATGC 8161 AGGAGTGTAGCAAGCATCATTTTAGATGGCTATGGTTCCTCTTCCGCATCTGTCAGTAGTTCACTTATGTTCAGTCTTAG 8241 AACCTACTGGAGGAGTGAAGTAATTTCTCTGTCTCGTGCAGAGGCACTAAGGAGCTGAGTTACCTCTTAATCTGGGGGAA 8321 TGGATAATAAGTGGAGTACAGTTATGTTAAAGGATGTTCCCCCCGCTCAAAAAAAAGTTTCAATGTTTGTTTTGCCCAGT 8401 CAAAAATATAGGTCTTTTCTACATATAAGAACAGTCACCAGAAATTTTCCCTTTTGCTAAATGCTTAGGTATTTGCTATA 8481 GCTGTTTCTGATGTCATGGATTCTGAGGAAGTGTCATTTACGTGATGATCTTCCTTTATTGATGTCTTCATCATGTTCAG 8561 TGTTTTAAAAATATAAATTACAAACACTCTACAACCATACCCAGATTTACTTATTTTATCAGAAAAAAAACTTGAGAAAT 8641 TTGTAGATCAAATTGAGAGACAATAAGTGTACATTGTTGAATAAAAAATTTTAAAGTTTCTGAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Flp-In T-REx 293-hAGO1 cells |
Location of target site | 3'UTR |
Original Description (Extracted from the article) |
...
Validation of interactions identified by CLASH suppports their reliability.
... - Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D, 2013, Cell. |
Article |
- Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D - Cell, 2013
MicroRNAs (miRNAs) play key roles in gene regulation, but reliable bioinformatic or experimental identification of their targets remains difficult. To provide an unbiased view of human miRNA targets, we developed a technique for ligation and sequencing of miRNA-target RNA duplexes associated with human AGO1. Here, we report data sets of more than 18,000 high-confidence miRNA-mRNA interactions. The binding of most miRNAs includes the 5' seed region, but around 60% of seed interactions are noncanonical, containing bulged or mismatched nucleotides. Moreover, seed interactions are generally accompanied by specific, nonseed base pairing. 18% of miRNA-mRNA interactions involve the miRNA 3' end, with little evidence for 5' contacts, and some of these were functionally validated. Analyses of miRNA:mRNA base pairing showed that miRNA species systematically differ in their target RNA interactions, and strongly overrepresented motifs were found in the interaction sites of several miRNAs. We speculate that these affect the response of RISC to miRNA-target binding.
LinkOut: [PMID: 23622248]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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