pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-744 |
Genomic Coordinates | chr17: 12081899 - 12081996 |
Synonyms | MIRN744, hsa-mir-744, MIR744 |
Description | Homo sapiens miR-744 stem-loop |
Comment | This sequence was identified as a miRNA candidate by Berezikov et al. using RAKE and MPSS techniques . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-744-5p | |||||||||||||||
Sequence | 11| UGCGGGGCUAGGGCUAACAGCA |32 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PDXK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C21orf124, C21orf97, HEL-S-1a, PKH, PNK, PRED79 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pyridoxal kinase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_003681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PDXK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PDXK (miRNA target sites are highlighted) |
>PDXK|NM_003681|3'UTR 1 GGGCCCCGCCGCTTGCCCGTGACACGCAGCGCGTTGGTGTCTCCGTGTTTGTCCCTGTGAAAACATGTAACGTCTGCCTT 81 AGAGCCATGACCGAAACTTGATATTTTTTTCTTTCATGAGTGTCCGGCATCTGCTGGTCTTCATTGTGAAACGTGCCAGT 161 CGTGCTTTGTGAAAAATAACAAAGTGGTCACAGAAATTTGTGATCTGAAAACCCGGCTCCCTTCCCCACAAGGCTCCTGG 241 GCCTCCGGGAAGACGGGCCCCTGTTTGCCATCTCGGGGGTGTTCCCTGTGGGAGGGTGAGTGGGTGAGGCCGAGCCTGCT 321 GCGTGTGGAGCCTCGAGTGGGCCCTGGCTGCCACTACCGTACAGAGGCCGTGTCGCGCTGGGCTGGGCCTGGGTGGCCTC 401 TGTCTTTGCATCTCTGAGAAGGAGTCGGGTGGTAACGGTTGGGGTCAGGAAGAATTCTGCCAAGTATCTTTACTGTCATT 481 CTGACCATAGCCTCTTTGTTCCCGCATTCGAACTTTTGGTTCTTACTTTGCTGCTCGTTTAGTCCCTGGGGATTTCAGAT 561 CTTAGGCTGTTGTTTCACCGTATGGGAGGGTTGATGTGAGCTTGCTTGGAGACACACGGTGCAGCATCAGGGACCTTCCC 641 AGGCCCCAGCAAATTCAAGTCGGTCTGCAGACCTCTCAGCTACCCGCGGGACCTCTTGTAACCCATCGGCATCTTCCAGG 721 AATCCGCCGAGTGACTTGAGGAAGATGCTAACGCAGTAAGGTCTGTGCTGGGCCAAGAGCAGCTTTGAAGCTCCAGAGAA 801 CCACCCCGTCAGGTTCCTTGTGGAAGCTCCCCTCATCCGTGGTGCAGCAGGCTGAGCACTGCGCGTTTGCCACGTGCTGC 881 CCGTGACAGCACATTGAGCCACAGCATTTGTAGACAGGACAGAGGGGTGCCTGCCCCCTGCCCCTGCTGGCACATTTAAC 961 CCTTGTCCCCTGACCTCAGTTCTGTGCCCCACCAAATGCCCAGGGGCAAGAGGCCACCCTGGAAGCTGCCAATCTTCCAA 1041 GGTGGGTGTGGGGCACGGTGGGGGCGGGCAGCTCCCAGGCCCTTGGGCAGGCTGGGGTGACGGCAGAGGCCACAGCACCA 1121 GCTCTGACAAGTCCTATCATCCTCTGCTCAGCAGTGACCTCCCTGGCCCCACTTTGCCCAGAGTTTGGGGTCCCCCCAGG 1201 TATAGCTATAGGCGGCAGTGCCTGTCCCTGGCCTGCCTTGATTTCAGCCACACCCCTGCAGCCCTGCATCCCAGCTCTGG 1281 GGTGTGCAGAGGTTTGTGTCTCCAGGGAACCCACGGCTGGAGAGAAATAGGGAGATGCAGGAAGTGGGGGCCCATGGGGC 1361 CCCCAAGAAGCGGACTCTCCAAGGGGTACCCCCACCCCGCTACCTTCCCCACGGACGGGCCCCTCCTGGAGCCCATACCC 1441 TCCTGTGAGGCCATTCCAGTGTCTTCTAGAAAGACTCGCTTGCCAGGAGTGCGTTCTTTGTTGAAAAATGCCCTGAAGCG 1521 AAAAGATGCAGGTTTATATGGAACCCCCACCCCCTCCCCCACTCTCCCACTCTGTTCGTTCTGAATGTCTTCACGAGCGT 1601 GCATCAGGGCGCCTGGCTCCCCCACCTCAGCCAGTGAGTCAGACACGGGTTTCGCAGCCATGTTTCCTGGCTCCGAGGAC 1681 ACGGGTGGCAGGCCCGTTGCAGCCCAGAGCCACTGGTCCCTACAGGGCGCCGCCACACCAGCAGGAAGGAGGATGGCTGT 1761 GTCCGGAGCCTGGCGGGGAGGCGGCCTCCCCAGTATGTGAGTGCAGGGATCTGCCAGAACCACCTGGCCCTCTGTAGGGC 1841 GTTTAACTGGAAATACCCTCACTGCCAAGTGGAGACTGGGGCGTGTGCCACATTGCCAGCCACCAGGAAAGCTTTTCTTT 1921 TTCTTTTTTTTTTTTTTTTAAACACCAAGAGCACGTATAGCATGGGGGAAAGAACCTAAATGTCTCTCTGTCCTGTGAGC 2001 TGGTGAAAAACCCAGCATGAGAACGCAGTGTCAGGTGTGGGACTCCTTCTGCCCCTGCAGTGGGTGTTACGGGCGGTGTG 2081 CCCTGGCGAGCAAGCTTTGATTCTTGGTTCTTTGAGCTCGTTTCAGAGGCTGAGTCCCCACATCAGCTTTAGTTCTTGGA 2161 CTTCCCTGTATTAAGCAAGAATTAGGAGAATGGCTGTCCCTGCAGGCGCCTCCCGTAAATCCTGAGCTCTCTGGCGCAAT 2241 CTGAAACTTCTCTTCTGTTTTCTTTGGCTGTATCAGCCGAACCAGGAGAGGCCTGGGCTGCGACTAAGGAGAAAGAAATC 2321 GGGGGTTTCTGAGAGCAGATGGTGCCTTTGTGGGTGCAGGGCTTTTGTGGAAATTGTCAGCCTCTACGGGCAGAGTCCGG 2401 CATCCCCTCCCCAGACTGCCTGCTGTCAAACCACGGAGCAGCTGGAGCCTGCCCTGTCCACGGCCCGTTTCCACCCGGGC 2481 ATGTTCGTCTCTCATGACTTCGGCAGAGGCCCCTGGTGGCCTTCAGTTTCAGTTTCTCATCCAGGAAGGTAACCTTGGGC 2561 ATTGGCAGTGGGTTTCCCTATGGCTTGGATCCAGATTAGAATTGATCTTTGTTTTCACTTTCCATAGTTAATAACATGCA 2641 AAATAATGAGAAGAATTTATTTTAAGGTGACAGCTATACTGGTCCAACATCGCCTGCTTATTGTCAGGGTACAGAAGTTT 2721 AATACTTTCTTAATCCAGTTTTTCAAACTTCTCCCTGTAGACCGTAAGGATGAATTCCACAATAGGATCCTTTTTAAAAT 2801 CGATTTTAAATTGTTGCCTAGTCCTGCCAAGGTTATTATGTGCATCTGTTATTTTTCCAATACATGTAAACAGTTGCAGC 2881 ATGATGCTTTGTTTAATGTCCTGTTCTTAAGCTCGTTAGAGCCAGTTTTGAAACGTTTGGTCTTACCGTGAACGGAGGCT 2961 GGCTTGGCTTAGCCACGCTGATGAGTAAGTGAGGGATGTCTCCATCTTGAGATCACCAGGCAAGAGAGTTGCCTGCACCA 3041 GGTAAGAGGCCAAAGCCCCTGGGGTAACAGTCCCCACCGCTACCCGAGGTAAAACAATAAAAGCTATGTGGTTGAGCTCA 3121 GGCCTCTCGTGCCTGGTGTCAGAGAAGGCAGAGCCCACAGTAGGTGCACGGTGCAAGGCCCTGGGAGGGCACTGGCCAGG 3201 GAAGGTGGTATAGATGGCCCTCAGATTGCGGGGCCCCGAGCAGCTCCCCACTCTGCCCGTCCACCTTCCCTGGCTCCAGC 3281 CTCATTCTCTCTTTAGTTTAACTATGCAAAGAGAGGAGGTTGAGAGTGTTCTGGCAGCTGGAGCTCTTTTCCTTGTCCTT 3361 CCTGCCCTCCGATGGGGCCACCTGTGTCGGGGCAGCAGTGTCCATGTTTATGGAGATCAGAGGTGTCCCCACTGTGTGGC 3441 TGGACTGTACTCTGCTGCCCGGGTAGCCAGGAGTCTCTCCCTCTCTCCCCTGCCGCCTGCCTGGTCTCATGGGCCTCCTT 3521 CACACACCCCTCCCTGTGGATCGCCTGCCTGGGCCCAGAGCAGGGGAACTGGAGTTTGTGAGTGAGCAGAGCAGGTTATG 3601 TGCAGACAGGGAAACGAGAACTTTGGACCTGGCTTTCTGAGTCCAGGTGAGAGCTGTGTGGCCCCCCGATGCCACTCTGC 3681 CCGCCGGAGGGATGTGCCTGCTGAGCCTTTTCCTTCCACGCCGCCTCTCACTGCCAGGCCAGCGGCTTCCGCTGAGACTC 3761 GCTGGAGAGGCGGCTCCCGTGTCCGTCCACCGAGCACTCAGATGGATGCTGATCACCAGGGCCGAGGGGGCTCCCAGAAG 3841 GACCCCAGGCCCTGGGGAGGGTGGCTGTGGGAGGCCAAGTCCACTGCCCGGAAGTCTTGTCAGCCCTAAGCCAGGGAAGC 3921 CTGGAGCGTGGCCTGGCGGGTCTGGGTGGACACCGTCCCCACTCCGGACTCCCAGCACAGGGGAGGATACCTGAGCCTGT 4001 ATGGCCCTGTAGCCCTGGGCAGAGCTGGGCCTGTCGTGTGTTCCTGCCTGGCAGGTGCAGGTGCTGGCCATCTGCAGGTG 4081 GAAGGAGGTGGGAATCTTGGATTTTTTGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTGAGATGAAGTCTCGCTCTGACACCCAGGC 4161 TGGCGTGCAGTGGTGTGATCTCGGCTCACTGCAAACTCCGCTTCCTGGGTTCAAGTGGTTCTCCTGCCCCAGCCTCCCAA 4241 GTAGCTGGGATTACAGGCATGCGCCACCACGCTCAGCTGATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGG 4321 CCAAGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCC 4401 AGTGCACCCGGCGGAATCTTGGAATTTTTATAGACAGCACCTCAGTTTCTGACTCCAGCCGCACACCTCCTGCCTCTGCC 4481 AGCAGGGGTTGCCGCCAGACCAGAGCCAGGGCCAGGTCCCTGCGTCCATCCCCCCCGGTAGGATGGACGTGAGCCATCCT 4561 TCTAGGGGACTTTTTTCAGTGTGCGACTCGTCTCTGTTAGGTGGTAGGAGCCAGTTTGTGTGGCCTGTGCCACGCTCCAC 4641 AGTGCGTGGCTGGGCTCTGTGTGTGGCCTGTGTCCCCTGTCCCTGCAGGACCCAGCAGGCATCGTGGCGTGACAGCTGTG 4721 TCCAAGCCACTGCCCGGGCATCCCATCACCCACCAGGGTGCACGGTCTCTCCTGCTGGGGGCTTTCTGTCGCATGTGTGT 4801 CTCCTGTCGACTCTGCAGTTTGTTCTCAGAGCAGAATGTTTCCTGTTCTCAGTGCACAAAGACACTGGTTTTCAATCGGC 4881 GTCTAAAACCACGTTCCTGCCTTTCATTGCAACACGGTGTGTTCATTTGTTTAAAACAGTTTAATGAGTAAGTTTAGATG 4961 ACTGGTCAATATCTTAAAAATGTATATTAGTAAGAAGTTCTTCCTGGAATTTTTCTTTCGATTCTGGCAGAATAAACAGG 5041 TGTTTTTAGTTTTCCCACTGTCTGAGCCAAGCAGGACCCTGTCCCAGAGCAAGAGATGTCCCCTTCCATCTCTGACCCTT 5121 GCCTGGGACAAGCTTTGATGGGGGGCCCCAGCTTCAAGGCTGTGGTGGGAACAGCACCCCCAAATGCCAGCCTCTCCTTT 5201 CTTCCCATCCACCAGTATACTGCGGGGCCATTTCTGGTCTTTGTCCAACAGGAAACCCATTTCTGGTGGGATATGCCTTC 5281 CAGTGCCACAGGGCCACTCACCCCATGCATCTCTGTCCTGCCCGTCAGTGCTGGGACGGACAGCAAGGGCAAGCCCAGTG 5361 TCTGGCGGATAGGTGGGTGGGAACAGAGAGGGGAGAATGCCGTCCTAAGCTTCTGCTTGGGGATCCCCCACACGACCTGG 5441 GTACTGCCTGGGAAACCTGTCCTAAGTAAAACTATGGACCTCGCCTCGCCCACCGGCCTGCGAAGCCAGCATCTCCGTGA 5521 AGGTGGATGGAAGCGCCTTTGTCCTCATTTTGAGCTGCAAGCTGGGTCAGCGGCTCTGAAGCCCTCGAGTGACTTTCTAA 5601 CCCAAGACCCAGCCCCTGGCAGGAGGAGGGTGGGTGCAGGGCTGGTGGGACAAAAAGAGGCCTCAGCAGGCCTGGAAGAC 5681 CCTTCCAGTACATCCCACAGCGTGTCGAGCAGCTGGGAGAACCTGTGTCAAGCTCGAGCCGTCATAGGTCCCCATGAGGT 5761 GTCTGAAGCCCCTTCTTGGTGATGGGAGGCAGAGGTGCTGACGTTCTGGAGCATGGACGTGAGTCCTCAGCTGGCTCCGC 5841 GTGGGCCCTTGGAGGGTGCCAGGTGTGTGGTGACCTTCTGGATGCCTTTAACTTCATGGCTGCGTCATTCCTGATTTAGA 5921 ACTTTAACCGGAGCTTCATCTAGTGATTGCAAAACTGGACCAATGGGAGGACGGCGGCGCAGCCCGCTCCCTCCGTGGAA 6001 TGGAGCTCAGCTCTTCGGAGGCATCAAAGCACCTGTCGCCTCCGTGGTCCCCCTGCTGAGGGAGTGCGGCCTCTGCAAGG 6081 TTCGGGGGTGGCTTCGTTTGCCTGGAGTGGCCGGCCCTGCTTGTGCCATGTGGATGTTTGTGAGCCTCGGTCCTACAGCA 6161 CTGTGTAGGCTGCATCTGTTTCGTGCTGGTCCTGTTGACTTGTATGATATCCACAAATAAATATTTTCATGGCGGTCGTG 6241 TTGAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | Flp-In T-REx 293-hAGO1 cells | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
Validation of interactions identified by CLASH suppports their reliability.
... - Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D, 2013, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D - Cell, 2013
MicroRNAs (miRNAs) play key roles in gene regulation, but reliable bioinformatic or experimental identification of their targets remains difficult. To provide an unbiased view of human miRNA targets, we developed a technique for ligation and sequencing of miRNA-target RNA duplexes associated with human AGO1. Here, we report data sets of more than 18,000 high-confidence miRNA-mRNA interactions. The binding of most miRNAs includes the 5' seed region, but around 60% of seed interactions are noncanonical, containing bulged or mismatched nucleotides. Moreover, seed interactions are generally accompanied by specific, nonseed base pairing. 18% of miRNA-mRNA interactions involve the miRNA 3' end, with little evidence for 5' contacts, and some of these were functionally validated. Analyses of miRNA:mRNA base pairing showed that miRNA species systematically differ in their target RNA interactions, and strongly overrepresented motifs were found in the interaction sites of several miRNAs. We speculate that these affect the response of RISC to miRNA-target binding.
LinkOut: [PMID: 23622248]
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MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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412 hsa-miR-744-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT016085 | ARL15 | ADP ribosylation factor like GTPase 15 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT016086 | AGPAT3 | 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 3 | ![]() |
1 | 2 | |||||||
MIRT016087 | PPTC7 | PTC7 protein phosphatase homolog | ![]() |
![]() |
2 | 3 | ||||||
MIRT016088 | RASSF1 | Ras association domain family member 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT016089 | IER5 | immediate early response 5 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037383 | UFC1 | ubiquitin-fold modifier conjugating enzyme 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037384 | STAM2 | signal transducing adaptor molecule 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037385 | SRRM2 | serine/arginine repetitive matrix 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037386 | DCXR | dicarbonyl and L-xylulose reductase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037387 | TSPAN17 | tetraspanin 17 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037388 | ACTB | actin beta | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037389 | HIST1H2BC | histone cluster 1 H2B family member c | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037390 | ATP5B | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, beta polypeptide | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037391 | VDAC1 | voltage dependent anion channel 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037392 | RNASEK | ribonuclease K | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037393 | CDK16 | cyclin dependent kinase 16 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037394 | ZCCHC24 | zinc finger CCHC-type containing 24 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037395 | ARRDC2 | arrestin domain containing 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037396 | SGMS1 | sphingomyelin synthase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037397 | HSPD1 | heat shock protein family D (Hsp60) member 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037398 | MRPL46 | mitochondrial ribosomal protein L46 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037399 | RHEB | Ras homolog, mTORC1 binding | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037400 | ND1 | NADH dehydrogenase, subunit 1 (complex I) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037401 | TP53I13 | tumor protein p53 inducible protein 13 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037402 | CD44 | CD44 molecule (Indian blood group) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037403 | USP12 | ubiquitin specific peptidase 12 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037404 | AP2B1 | adaptor related protein complex 2 beta 1 subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037405 | RPL18A | ribosomal protein L18a | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037406 | PPP1CA | protein phosphatase 1 catalytic subunit alpha | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037407 | TNRC6B | trinucleotide repeat containing 6B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037408 | PXK | PX domain containing serine/threonine kinase like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037409 | TDRKH | tudor and KH domain containing | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037410 | PRRC2A | proline rich coiled-coil 2A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037411 | ATP11A | ATPase phospholipid transporting 11A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037412 | NDE1 | nudE neurodevelopment protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037413 | STK16 | serine/threonine kinase 16 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037414 | PSMB2 | proteasome subunit beta 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037415 | EPN1 | epsin 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037416 | EN2 | engrailed homeobox 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037417 | LARP1 | La ribonucleoprotein domain family member 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037418 | SRCAP | Snf2 related CREBBP activator protein | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037419 | SMARCD1 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily d, member 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037420 | AP2A2 | adaptor related protein complex 2 alpha 2 subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037421 | ACTG1 | actin gamma 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037422 | PIKFYVE | phosphoinositide kinase, FYVE-type zinc finger containing | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037423 | UBE2O | ubiquitin conjugating enzyme E2 O | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037424 | KLHL15 | kelch like family member 15 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037425 | SECISBP2 | SECIS binding protein 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037426 | KIAA0922 | transmembrane 131 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037427 | PTMA | prothymosin, alpha | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037428 | WDR45B | WD repeat domain 45B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037429 | ZNF282 | zinc finger protein 282 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT037430 | GART | phosphoribosylglycinamide formyltransferase, phosphoribosylglycinamide synthetase, phosphoribosylaminoimidazole synthetase | ![]() |
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MIRT037431 | TNKS | tankyrase | ![]() |
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MIRT037432 | NOP2 | NOP2 nucleolar protein | ![]() |
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MIRT037433 | GAK | cyclin G associated kinase | ![]() |
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MIRT037434 | ATP6 | ATP synthase F0 subunit 6 | ![]() |
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MIRT037435 | DIDO1 | death inducer-obliterator 1 | ![]() |
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MIRT037436 | RPL3 | ribosomal protein L3 | ![]() |
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MIRT037437 | AIMP2 | aminoacyl tRNA synthetase complex interacting multifunctional protein 2 | ![]() |
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MIRT037438 | PIGC | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class C | ![]() |
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MIRT037439 | ARHGEF2 | Rho/Rac guanine nucleotide exchange factor 2 | ![]() |
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MIRT037440 | USP21 | ubiquitin specific peptidase 21 | ![]() |
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MIRT037441 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | ![]() |
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MIRT037442 | RPS6 | ribosomal protein S6 | ![]() |
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MIRT037443 | ILKAP | ILK associated serine/threonine phosphatase | ![]() |
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MIRT037444 | COX1 | cytochrome c oxidase subunit I | ![]() |
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MIRT037445 | VPS37C | VPS37C, ESCRT-I subunit | ![]() |
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MIRT037446 | CDK12 | cyclin dependent kinase 12 | ![]() |
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MIRT037447 | RBM8A | RNA binding motif protein 8A | ![]() |
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MIRT037448 | CKB | creatine kinase B | ![]() |
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MIRT037449 | DHX57 | DExH-box helicase 57 | ![]() |
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MIRT037450 | DDX23 | DEAD-box helicase 23 | ![]() |
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MIRT037451 | ABI3 | ABI family member 3 | ![]() |
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MIRT037452 | GATAD2B | GATA zinc finger domain containing 2B | ![]() |
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MIRT037453 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | ![]() |
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MIRT037454 | C17orf70 | Fanconi anemia core complex associated protein 100 | ![]() |
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MIRT037455 | SKI | SKI proto-oncogene | ![]() |
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MIRT037456 | KCTD11 | potassium channel tetramerization domain containing 11 | ![]() |
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MIRT037457 | GNB2L1 | receptor for activated C kinase 1 | ![]() |
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MIRT037458 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | ![]() |
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MIRT037459 |