pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-423 |
Genomic Coordinates | chr17: 30117079 - 30117172 |
Synonyms | MIRN423, hsa-mir-423, MIR423 |
Description | Homo sapiens miR-423 stem-loop |
Comment | miR-423 (renamed miR-423-3p here) is expressed in human promyelocytic leukemia (HL-60) cells . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-423-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 17| UGAGGGGCAGAGAGCGAGACUUU |39 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | RC3H1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | RNF198, ROQUIN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ring finger and CCCH-type domains 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_172071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on RC3H1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of RC3H1 (miRNA target sites are highlighted) |
>RC3H1|NM_172071|3'UTR 1 AATATGAGGAGTCCTACTTTTATCTTCTGCTCCTAATCAGTTTGTCGGGCATAGGGGTAGGAGAACGCATAACTTCTAAA 81 CTTTTTCTCTTAAGAGCGGTCAGAGAAATCCAGGAAATTCACCAGAGGCAATGTGCACAAACACCACTACTAAAAACAAA 161 CCCTGCACATAGTTCACATTAATGCATTTTTTTAATTTAAAGAAAAAGAAAATTAGCAGTATCTGCAAGCAATTCAGATT 241 AAATTTGTTTTTGTTCTGTGAATGAACTTTATTTTAATAACTTTGGACGCCTTGGATCCAGGGCTTTAAAAAAAAAAGAT 321 ATTATATATACACTCTGTTTGATTAATTGTATGATCTTAATGAAGTAGGTTTTCTTGTATTTTGGTATTACATACCCAGT 401 GTATAATTTGTATAATTCCTCACCCCCAATCCTTATCAATTCTCACCACCCCATAAACTTAAAACAGACCAAAAATGTCA 481 GCTTTCAGAGAATTCTGTGGTGCTTGAGAAACAGACAGTACTAGACTGAGTTATTAGAAAATGTGCAGCAAACCAACTTT 561 TCCCAGAGCTGTTATTTGGAATTCTTTATCCCTTTCTAGATCACTAGCTTCATTGGATACGTATATTTTTCTTGACATTG 641 AAGCTTTTTGTTTGTTTGGGAGGGTTTTATTTCTTGTTTTTATTTTCAACTTTTCAAATAGAATTACCAATTTTGAAGTC 721 CTCATTTTCATATTAAGGATCATTTGCATTCTCTTAATATAATCAGAAAGCTGATTCAGTGTTTAATTAGATTTAAATGT 801 TGATCAAGAATTAACTGTAACTTACTAGCACTGAAAATACATGTTTGGTGTTTCGCCTGCGTTCAGCTCATGGTTGGAAA 881 TTTGAAGCAGTGCTTTTCAAATTAAACTTTTGCTGACATCATAGGATGCTAAAAAACAAGGACAATCAACTATGTTTTAA 961 AACTGCAACATTTGATTTGAACTTAAAATGAATAGAGCCACATTATTTTAATGGATGTTTTGTTTTACTTGTGAACTGAT 1041 TGAGTCTTAAGGATAGTTTATGAATTGATCACTTGTTGCTCAGAATCATTAGTATAAGTAGGTAGGAAATAGTTTGAAGT 1121 CATTTTTCATAGACTTAACTGTCCAATGTTGCAAATGTTTCTTCATGAAAATATTGAAAAGAGTAAGGTTTTTTTTTTTT 1201 TTAATTCTGCTGCACATATTCTGATGCCATGTGTCTGTGCTTAATTAACTAAGACCCTATAAAACGTGTTTAGTGGGGAC 1281 TGTTTGATATAGTTGCCCTCTCCATTCCTCTATTTGCCTGATTTTTTTCAGTTTCCCTTTCTGTATTTTACTACTAAATT 1361 AGAAAGCACTGGTTATGTAATAAGTTACTACATTGCTTTGGTTGAGTAAAAACAAGAGTTTATATTTTTCTTGTTTCTTA 1441 TTTTCTTAACCCTTAACTCCTGCTGAGGTCATAACAACCTCAGTCTAAGCTCTGTGTCCATCATACTGTTAACTTAAACA 1521 AATGGGTGGTGGGGGTGGGAAGGGTAATACAGTCCTGCCATTGCCTACCAGTAGGAGAGTCCAAACAGAACACTCTTTTG 1601 AGTAGCAATTATTTAATTTGCCCAGTCAAGGCACCGTGTTTATATACTATTTCACATTGAATTTGATTATGCCCTACAGA 1681 CCTGGCTGGTCAAGGATTTGATATACACATATTGGCTTGGGATTCGAGCTTTCTTTTTTATTTAAATAAAAATTTATATA 1761 TATATTATATATATACATATATACATAGCTATATCTGTATATATATTGGGTATGTTTTAAGGATTTTTTCGCATGAGCGC 1841 AGCTGTTGCGATAAATTGACCGATTGGGAGGTGGTAGAAGCACTGAATGAAGGTGAGGCTTTTTTTTTTTCCAGTTTTCT 1921 TATACATTTGTCTTCTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAATATATATATATATATATATATATATATATATGTATGCTTTT 2001 TCTTTTTTTTTTGGCTTTTGTTTGCTTTTTGACTTTTACTTAAAACCCTTTTACATTTCCACTTTAAATGCCTATTGTTT 2081 ATTGGGAGAAGGAAAGAAACTTTTGTATGTCTGACAGAGTCCCAAGATTTTTCATTTCTCTGCATAACAGTAAAAGGCAA 2161 CATTATTGGCCTCCAACCTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGAGAGGGAGTCTGCTTCTGTTGCCCAGGCTGGA 2241 GTGCAGTGGGTTGATCTCGGCTCGCTACAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAG 2321 CTGGGACTACAGGCACGCGCCACCACGTCCAGCTAATTTTTGTACTACAACCTTCTTATAAGCAGATTTGGACTGATCTT 2401 CTCCTTTGGGTATGTCAGATCATCCTAAATTTTAGAAGCAGTTGATTCACTTTGGAATTCAGAATGATTCTTGTATTAGA 2481 AGATAATTTGTGGGTATTAATTTTTGTTTAAGTTTAAAATAAAAGTAAAGATTCATTTTGGATATCAGTTGAAACCCCTT 2561 AGTAACTCAGTTTCTGTTATTCTTGTTCTCATTTCCTTTAAATACACTTGTTCTTGGCTTTTGCCATTTTGATTCTGTGA 2641 AGTAGGCAGGAGCAGGGATTAATTTATACAGTATTCCTGTTCTGAACAAAACCAGAAAAGTCACTGTATAAACTTGACTT 2721 AAAATAGTATCTTTCTCTTTTCATGTATTTTCATTTGGGGGAAAAAAAATCTCTTTAATTGTAACCTGAATTCAAGCTGT 2801 ACCCCTCCATGGTCCTACACTCTAGAGCTAATCTGGTTGGGCAGAAAGGCAGAAGGATGGTATATTGTCCCATTGTGCCT 2881 ATAATGTATTTTAAATTGGTCATTCCACCTTACCTAATGGAAATTCTTGCAGCTTTCCTAGTGCTCATCAGCGGTTTTAG 2961 GAATTCACTAACACCCCCAAAATTTGTTTTTTGTTTTTTGCTTTTTTTCCTTTTCCTTTTCTCTGTGATATCATGAGCCT 3041 GTAAGGACAAATGGCATATTTGGGCATAACTGCTTGACTCTGTAACTACTTTTTTAAAATCAAAATTGAAAAGGTATTAA 3121 TTGCTTCTGGCTTTTTAATTTTTTTTTTTAGAGACAAAGATGAAACCAGATAGGAAATACAGTTTTTATGTTTTCTACTT 3201 ACTAAAATATTAGTTTCTTCTAAATATTACTTTATTTGTATTTCACTAAATTCCAAAGCAAAAATCAGATATCTGAGATG 3281 AACAATTTTGAATGGGTTAAGGTAGGAGTAATAAGCATTGTGTTCACTCATACATAGGTGAGGGAATTTTATTTATAGCG 3361 AGAAATATAAAAGTATTTTGACTTACTCTTTTTTCAAGGAGTCGCTAGGAAAGGGTAGAAGAACTGAGAATAAGACATCT 3441 AGATTCCATTTCTGGTTTATATGTAGCTCTTTTGCCTAATTTATATATAATTTTGTCATAAGATAAGTCCAGTAACTGTC 3521 CTGTCTTAGATAACGTACAGAGGCTGAAGTGACCAAAGATCCATTCCTTATTACTTTTCTAATTAAAAGAAGAGTTAGCT 3601 AGATTTCTAGTAGTAGTATTCTAGATATTGATAAGACATTATTCCTAATGCCAACTACAAATATTCAACTACTCAGAATG 3681 TATTTAAAAAATTGTTTGGTACAGCATTAATGTTGGTGATTCCTTTCTCCCATCTTATTTCCCTTCCCTTCTATTCTTTC 3761 CCATGTATTTCTTTTGCCTAAAAGAATATTGGTATGATTCTCATTTGCTACTTTGAGTATATAACTCCATCAGACTTTCC 3841 AGAGTTCTTCAGGGATGGAGCTCAAAGTTTACATTTTTCCATATATGTCTTTTTTTTTCTTGACCTTTTTCCACCCTGTA 3921 ATTTCCCCTTGACTTACCCACTGCCCTCCCCAATCTGCAACAGTGACAGTTTGCTGCCTCAAAACAGAGCATTCAAATGA 4001 ATTCGCTTAGCCAATAACTTCTGTGAAGTTGCCTTTTCTAATGGTGTTATTACTCAGTGATGCACAAATGTGGTATTTGC 4081 CCTACTGGTAGGCAAACAAAGGTCTGGTTAAGAATGGTAACCTGCTGTTTTCTTTAAAGGAGAGCCAAAGACTTGTGCTT 4161 TACTCTGTTTTGGTTTTGGGGGAAGTAGTAGCCATTTTGATCATGAAACCTTTTAGTATTTGTGAGTTGATTGTACTGTG 4241 TAAGTAGATTTATCTAAAGTTAACTGTTAAAGTTAGCTAGCCTTATAAAATGTAAAAGTAATGAAAATTCATCAGTTTCT 4321 CTAAGCCAGTGAATGTCGTCTTTTGTAATATTGTGTATAAGCATTTGTGCCCACCCCAGCTTCTGCTATCACTGTGGTCA 4401 AGTCATGGGTCTGAGTAAAAGAATTCTTGAGTATGTGACTGGTGAGAAATAACTAACTATAGTCAGTACATGTACAGATT 4481 GTTAAAATTCAAGACAAAATACTTTCACTAAAAAAAAGGATTCGTCTCAGTAAAGAAGTATTCAGTTGCTGTCACTTACA 4561 TACAAATGGTGGTGGGTAGCAGTCTCACCATTTTTCTACTCTCTTTTTGCTCGTTTTAAATAATTGAGTAAAGGTTTTAT 4641 TTGTAAAATCTATCTGTAAAAAGCACCTGTAACGATTTATATGTCATTGAAAGGAATGGCCCAGTTACTTTTTAGGAGAG 4721 ATTAATAACCTACCTGGAAATTAACTGCAGTGTTTACTTAGATTTTTTCCCCCTAATAAGAGTCTAAGTGTGTTAAATTT 4801 TTAACTGATGATATGGTTACAGTGTTGCAAGGTGATCTCTTCCCCTGAAAAATCTGCCTATCCTTTTAAGAAAAATTAGA 4881 CCTACTAAACTAAAGCAAATTTTACTTTCATCATTAGCACCTAAACAAGCAAGCAGTCTACTACTGTCATCATTTTACCT 4961 GAGTGCCCATTTTGCTGATCCACATTCATACCTTTCTACCTTGGACAGCTATGATTTTTATATTTATTTGTTGCTTCAGC 5041 TCAGGTTTATGAAATTTTCCTGCTGAAATGACTTATTGGGAGTTGTAGGTTGATTATAGTTACTATTAAACATTTTCTCA 5121 ATTTAGCTTTTCTGAGCCACTTCAAGAAGAAAGCTGTTTTTGTCAAAAGGTACTATTAATTGTAGCAAGTAAATCTTAAG 5201 ATTTGAATTTTTAAGATTTTATTTCTGTGTTCACTAAAGATCTTTCCACAAGTAATAGATTATAATTGATAAGTAATACT 5281 AGCTATAGTGTTAATAAAGAGTAAGACTATCACCACCAGGAATAAGTAACACCTTTTAATAATAAATCTATTCCTAATAG 5361 GTATGTTTTCAATACTGCACTGAACAAAGTGGGTAAAGAGCCCTTTGAAATCTTATTGTAATAAAGGGACTTACCTCACC 5441 ACTGGAATCCTTGTTTTCAGAGCCTCTGGATTTTCAGCCAAACACTGAATTTCTCCTAAACTTTATCCCTGAAACATCCC 5521 TAGAGAACGAACTTTATTTTCACAAGAAAATAAGGCACAATAAGGGGGAAGAACTTAAACCTCAACATAATATCGTGTCC 5601 AAAAATGTGTATTTAGAAAAATAAAATCCTGTGGAGTTTGTTATCCTAATGTTTATTTTATACTAGATAAGGTGACTTGT 5681 TTTCTTGTATTGAGGTCTTACTGTTTCAGATTTGTTTTTGTTTCTGTTCTAACTCTAAGCAGACAGAGCTCACAAGTCTT 5761 TGGCATCCATTTTAGGTTGTACACTCAGAGTCATCTTATAACTGGAAACTGTCAGGTGGTCCCCCACCCCAGTGAGTGTA 5841 TGAAAGAGTCAAGAAAAAGATTGGAAACAAACTATTGGGTGAATAATTGGTTGCTCTATTATTATTATTATTATTATTTG 5921 CCTTTTTTTAATCACCATTTATTTGTGTAATCTTTCTCCATTGATTGGCTGTCATTCTTATAATATCTGAACTACCCCAT 6001 AAAATAATTCTCTGACTTAAAGGCATTTAGCTTTTGCTTATCGTTTTTACATCCTCTATTCAACTAAGACACTGTCTTGA 6081 GAGTTATTTTTTCCAGATGGATCGTTGGCCTAAATTTTCACACTTCTCCCCTGTTCATCCTTTTTCCTCTTCCCTGCTTC 6161 CTGGGAATAAAAGGAACTTTTTTAAAAAAATTAATTAGTCCACAGGTCTCATTATCTTTCTTTATGATTAATCTATGACT 6241 TTTTGGTACAAGAACAATGGAAAAAGTGAATTAAGGTAATGAACAAAACCTTTCACCCACTTAAACATTTTCCAGTTTTG 6321 AGATTCCTCTTCGTGTTTGTGGTGTCTTCCCCTTGTTACCCCTTCTGCCCTTTTTCTCTGACTATGGTAATTTGGTCTTT 6401 AGGCTCATATCAGTCTCCCCGAGACATTCTGCAGTCATTATCACCTTTTTGGGTGGATTTTATTTTGTTTTATTTTGTTT 6481 TTTTTAAAAAAATAACTTTTTAACATTGGTGCATATTTGCTTGGGATAGAGCTTGTGTAATTTACCAATCGTATTGATTG 6561 TAAGTGATTGTGCCCTGCAGAGGTATATTTAACAAGACAAAAATAATCTTGGTTAATAAAGGAGCCCATGAGATTTGAGT 6641 CAGGTTGTAAGTGAAATCACTTACACTTTTGGATAGAATTTATACTCCTGCTCTTATAAATCAGTGGTAGACTTACCATT 6721 TTTTAAAGTTTTCTTGCATTTTTTTGTTTTTTTATTGCCACAGCTCCCTATTCTTTCTTGCCTGCCTCCACCCCCCTGTT 6801 CAGGAAAAAAAAAAATTGAGCCTTAAAGTGACAGCTGATTTTTTAATTGCTGAATTTTGTGAAATTTTACTTTTTCCAAG 6881 TGTTTCCAACTTTAAAAAGAGAAGTGAAGACAAATAGGTTGGAATGGTGAAGACAAATGGATTGGAATTTCACAGGCTGT 6961 GAATAATTCCTTAGGATCTGGCAAACCGTGAAGTCTTATTTGAAGACCTTATCTCCTGAGAGTTCTTTTGGAGTAGGAAA 7041 AAGAACCCTATTTGAAATAGACCGTTTTTCTCTTGTTTTTAATCTGTTTAATATTTCTGATTTTTAAGCAGCTTTCAAAA 7121 CAAGTGTGGTGGAAAAAAAGAAATAGTAGTAGGAAGATGTTTAGGGCAGCAGAACTCTGGGTCTAAATAAGTACATGTTC 7201 CCACTTGTTGCCGATTTTTGAGAGTACTAGGGCCATCTTTCTCAATTTTGTATTATTTGTGTGCATGTTTATATCAAAGA 7281 TGCCCATTTTGTTAAAATGCTATTTCCTTTATTACCTTGGAAACTGACTCAGCCTCATGTTGCTCCTAATTAGTGTTTAA 7361 GGCTCCCATGAGTTGCAGATAAAATGATTTATTTTAACAAGTAGAAGGAGGTGATTCACCTTTTGGATTGTAAATATATG 7441 AAAATGTCTACAAGGTCTTTATCTGCTTTCTGTCAGCATTTATATTAAATGATAAATTAATGAGGAACGTGTGTATTTTG 7521 TAAATGAGTGTGTGCCATCTTATTCTAATCTTGAGATTACTTTCTTACACGTTTTTAATGGAGGGGGCTTTTTTAGGTGA 7601 AAAATAAAGAAATGGCTAATCTGCATGAGCAAACACA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | ||||||||||
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miRNA:Target | ---- | |||||||||
Validation Method |
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Conditions | Flp-In T-REx 293-hAGO1 cells | |||||||||
Location of target site | CDS | |||||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
Validation of interactions identified by CLASH suppports their reliability.
... - Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D, 2013, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D - Cell, 2013
MicroRNAs (miRNAs) play key roles in gene regulation, but reliable bioinformatic or experimental identification of their targets remains difficult. To provide an unbiased view of human miRNA targets, we developed a technique for ligation and sequencing of miRNA-target RNA duplexes associated with human AGO1. Here, we report data sets of more than 18,000 high-confidence miRNA-mRNA interactions. The binding of most miRNAs includes the 5' seed region, but around 60% of seed interactions are noncanonical, containing bulged or mismatched nucleotides. Moreover, seed interactions are generally accompanied by specific, nonseed base pairing. 18% of miRNA-mRNA interactions involve the miRNA 3' end, with little evidence for 5' contacts, and some of these were functionally validated. Analyses of miRNA:mRNA base pairing showed that miRNA species systematically differ in their target RNA interactions, and strongly overrepresented motifs were found in the interaction sites of several miRNAs. We speculate that these affect the response of RISC to miRNA-target binding.
LinkOut: [PMID: 23622248]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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300 hsa-miR-423-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT038011 | RABAC1 | Rab acceptor 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038012 | NMD3 | NMD3 ribosome export adaptor | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038013 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038014 | RGPD2 | RANBP2-like and GRIP domain containing 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038015 | TSPYL6 | TSPY like 6 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038016 | HIST2H2BE | histone cluster 2 H2B family member e | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038017 | USP6 | ubiquitin specific peptidase 6 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038018 | PGAM4 | phosphoglycerate mutase family member 4 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT038019 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038020 | NOS1AP | nitric oxide synthase 1 adaptor protein | 2 | 3 | ||||||||
MIRT038021 | IGDCC4 | immunoglobulin superfamily DCC subclass member 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038022 | RC3H1 | ring finger and CCCH-type domains 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038023 | KIF1A | kinesin family member 1A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038024 | SRSF11 | serine and arginine rich splicing factor 11 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038025 | BCLAF1 | BCL2 associated transcription factor 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038026 | RPS15A | ribosomal protein S15a | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038027 | CCNI | cyclin I | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038028 | GDF11 | growth differentiation factor 11 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038029 | FAM127A | retrotransposon Gag like 8C | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038030 | NME2 | NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038031 | COX1 | cytochrome c oxidase subunit I | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038032 | ARPC1A | actin related protein 2/3 complex subunit 1A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038033 | MYBL2 | MYB proto-oncogene like 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038034 | ND5 | NADH dehydrogenase, subunit 5 (complex I) | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038035 | NDE1 | nudE neurodevelopment protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038036 | CDKN2A | cyclin dependent kinase inhibitor 2A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038037 | TDRKH | tudor and KH domain containing | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038038 | AKAP13 | A-kinase anchoring protein 13 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038039 | RPS10 | ribosomal protein S10 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038040 | PRPF38B | pre-mRNA processing factor 38B | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038041 | PPIAL4G | peptidylprolyl isomerase A like 4G | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038042 | MRPL34 | mitochondrial ribosomal protein L34 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038043 | NDRG1 | N-myc downstream regulated 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038044 | ZBTB34 | zinc finger and BTB domain containing 34 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038045 | ATP6 | ATP synthase F0 subunit 6 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038046 | ZFP36L1 | ZFP36 ring finger protein like 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038047 | COQ6 | coenzyme Q6, monooxygenase | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038048 | EPM2AIP1 | EPM2A interacting protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038049 | REPS1 | RALBP1 associated Eps domain containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038050 | AAR2 | AAR2 splicing factor homolog | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038051 | PPIA | peptidylprolyl isomerase A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038052 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | 2 | 7 | ||||||||
MIRT038053 | DDX21 | DExD-box helicase 21 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038054 | SLC6A6 | solute carrier family 6 member 6 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038055 | RPS2 | ribosomal protein S2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038056 | CSTB | cystatin B | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038057 | ABCC5 | ATP binding cassette subfamily C member 5 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT038058 | PAK1 | p21 (RAC1) activated kinase 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038059 | ERRFI1 | ERBB receptor feedback inhibitor 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038060 | CEACAM6 | carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 6 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038061 | FHOD1 | formin homology 2 domain containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038062 | LMNB2 | lamin B2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038063 | NECAP1 | NECAP endocytosis associated 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038064 | NPLOC4 | NPL4 homolog, ubiquitin recognition factor | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038065 | PMPCA | peptidase, mitochondrial processing alpha subunit | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038066 | C12orf10 | chromosome 12 open reading frame 10 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038067 | DDX54 | DEAD-box helicase 54 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038068 | VAC14 | Vac14, PIKFYVE complex component | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038069 | RUNX1 | runt related transcription factor 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038070 | FAM98A | family with sequence similarity 98 member A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038071 | EPN1 | epsin 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038072 | TMUB1 | transmembrane and ubiquitin like domain containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038073 | UBE2L3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 L3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038074 | FAM110B | family with sequence similarity 110 member B | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038075 | MICALL1 | MICAL like 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038076 | PNRC1 | proline rich nuclear receptor coactivator 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038077 | DLX5 | distal-less homeobox 5 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038078 | ZNF655 | zinc finger protein 655 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038079 | FAAH | fatty acid amide hydrolase | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038080 | ATN1 | atrophin 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038081 | ATP6V1E1 | ATPase H+ transporting V1 subunit E1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038082 | SLC9A3R1 | SLC9A3 regulator 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038083 | NOLC1 | nucleolar and coiled-body phosphoprotein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038084 | PLCB1 | phospholipase C beta 1 | 5 | 1 | ||||||||
MIRT038085 | SQSTM1 | sequestosome 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038086 | CLSTN1 | calsyntenin 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038087 | ULK1 | unc-51 like autophagy activating kinase 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038088 | ATP2B4 | ATPase plasma membrane Ca2+ transporting 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038089 | EPB41 | erythrocyte membrane protein band 4.1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038090 | HIST1H1C | histone cluster 1 H1 family member c | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038091 | AGPAT6 | glycerol-3-phosphate acyltransferase 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038092 | TPGS2 | tubulin polyglutamylase complex subunit 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038093 | FKBP4 | FK506 binding protein 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038094 | GNG12 | G protein subunit gamma 12 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038095 | RPS9 | ribosomal protein S9 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038096 | RPL18A | ribosomal protein L18a | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038097 | CCND2 | cyclin D2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038098 | PCBP1 | poly(rC) binding protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038099 | AP3M1 | adaptor related protein complex 3 mu 1 subunit | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038100 | PDPK1 | 3-phosphoinositide dependent protein kinase 1 | 4 | 2 | ||||||||
MIRT038101 | WBP2 | WW domain binding protein 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038102 | CLSPN | claspin | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038103 | PTTG1 | pituitary tumor-transforming 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038104 | GGA3 | golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038105 | GAPDH | glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038106 | ARHGDIA | Rho GDP dissociation inhibitor alpha | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038107 | KCTD2 | potassium channel tetramerization domain containing 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038108 | RNF139 | ring finger protein 139 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038109 | ARHGAP32 | Rho GTPase activating protein 32 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038110 | HIST1H2BK | histone cluster 1 H2B family member k | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038111 | SAR1B | secretion associated Ras related GTPase 1B | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038112 | PA2G4 | proliferation-associated 2G4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038113 | UBE2D3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038114 | GTPBP1 | GTP binding protein 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038115 | HIST2H2BF | histone cluster 2 H2B family member f | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038116 | NUTM1 | NUT midline carcinoma family member 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038117 | COPS7A | COP9 signalosome subunit 7A | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038118 | POLR3H | RNA polymerase III subunit H | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038119 | HIST1H1E | histone cluster 1 H1 family member e | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038120 | NFKB2 | nuclear factor kappa B subunit 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038121 | SLC7A2 | solute carrier family 7 member 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038122 | TIMP3 | TIMP metallopeptidase inhibitor 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038123 | PTMA | prothymosin, alpha | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038124 | CSDE1 | cold shock domain containing E1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038125 | CD81 | CD81 molecule | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038126 | CCNF | cyclin F | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038127 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038128 | RCE1 | Ras converting CAAX endopeptidase 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038129 | FAM83H | family with sequence similarity 83 member H | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038130 | HES4 | hes family bHLH transcription factor 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038131 | FAM189B | family with sequence similarity 189 member B | 2 | 3 | ||||||||
MIRT038132 | SLC48A1 | solute carrier family 48 member 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038133 | SNX8 | sorting nexin 8 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038134 | ZYX | zyxin | 1 | 1 | ||||||||
MIRT038135 |