pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-let-7e |
Genomic Coordinates | chr19: 51692786 - 51692864 |
Synonyms | MIRNLET7E, hsa-let-7e, let-7e, MIRLET7E |
Description | Homo sapiens let-7e stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-let-7e-5p | ||||||
Sequence | 8| UGAGGUAGGAGGUUGUAUAGUU |29 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Cloned | ||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | GLUL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | GLNS, GS, PIG43, PIG59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | glutamate-ammonia ligase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001033044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001033056 , NM_002065 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GLUL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GLUL (miRNA target sites are highlighted) |
>GLUL|NM_001033044|3'UTR 1 GTGGACTAGACCTCCAGCTGTTGAGCCCCTCCTAGTTCTTCATCCCACTCCAACTCTTCCCCCTCTCCCAGTTGTCCCGA 81 TTGTAACTCAAAGGGTGGAATATCAAGGTCGTTTTTTTCATTCCATGTGCCCAGTTAATCTTGCTTTCTTTGTTTGGCTG 161 GGATAGAGGGGTCAAGTTATTAATTTCTTCACACCTACCCTCCTTTTTTTCCCTATCACTGAAGCTTTTTAGTGCATTAG 241 TGGGGAGGAGGGTGGGGAGACATAACCACTGCTTCCATTTAATGGGGTGCACCTGTCCAATAGGCGTAGCTATCCGGACA 321 GAGCACGTTTGCAGAAGGGGGTCTCTTCTTCCAGGTAGCTGAAAGGGGAAGACCTGACGTACTCTGGTTAGGTTAGGACT 401 TGCCCTCGTGGTGGAAACTTTTCTTAAAAAGTTATAACCAACTTTTCTATTAAAAGTGGGAATTAGGAGAGAAGGTAGGG 481 GTTGGGAATCAGAGAGAATGGCTTTGGTCTCTTGCTTGTGGGACTAGCCTGGCTTGGGACTAAATGCCCTGCTCTGAACA 561 CGAAGCTTAGTATAAACTGATGGATATCCCTACCTTGAAAGAAGAAAAGGTTCTTACTGCTTGGTCCTTGATTTATCACA 641 CAAAGCAGAATAGTATTTTTATATTTAAATGTAAAGACAAAAAACTATATGTATGGTTTTGTGGATTATGTGTGTTTTGC 721 TAAAGGAAAAAACCATCCAGGTCACGGGGCACCAAATTTGAGACAAATAGTCGGATTAGAAATAAAGCATCTCATTTTGA 801 GTAGAGAGCAAGGGAAGTGGTTCTTAGATGGTGATCTGGGATTAGGCCCTCAAGACCCTTTTGGGTTTCTGCCCTGCCCA 881 CCCTCTGGAGAAGGTGGGCACTGGATTAGTTAACAGACAACACGTTACTAGCAGTCACTTGATCTCCGTGGCTTTGGTTT 961 AAAAGACACACTTGTCCACATAGGTTTAGAGATAAGAGTTGGCTGGTCAACTTGAGCATGTTACTGACAGAGGGGGTATT 1041 GGGGTTATTTTCTGGTAGGAATAGCATGTCACTAAAGCAGGCCTTTTGATATTAAATTTTTTAAAAAGCAAAATTATAGA 1121 AGTTTAGATTTTAATCAAATTTGTAGGGTTTCTAGGTAATTTTTACAGAATTGCTTGTTTGCTTCAACTGTCTCCTACCT 1201 CTGCTCTTGGAGGAGATGGGGACAGGGCTGGAGTCAAAACACTTGTAATTTTGTATCTTGATGTCTTTGTTAAGACTGCT 1281 GAAGAATTATTTTTTTTCTTTTATAATAAGGAATAAACCCCACCTTTATTCCTTCATTTCATCTACCATTTTCTGGTTCT 1361 TGTGTTGGCTGTGGCAGGCCAGCTGTGGTTTTCTTTTGCCATGACAACTTCTAATTGCCATGTACAGTATGTTCAAAGTC 1441 AAATAACTCCTCATTGTAAACAAACTGTGTAACTGCCCAAAGCAGCACTTATAAATCAGCCTAACATAAGATCTCTCTGA 1521 TGTGTTTGTGATTCTTTCAAATCCCTATGTGCCATTATATTTCTTTATTTCCTAAAACAGGCAAAATAAGCTCAAGTTTA 1601 TGTACTCTGAGTTTTTAAAACACTGGAGTGATGTTGCTGACCAGCCGTTTCCTGTACCTCTCTAAGTTGGGTATTTGGGA 1681 CTTAAGGGATTAAGTTTTTCACCTAGACTTAGTTACACACAATCTTGGCATTTCCTAGCCTAGAGGTTTGTAGCAGGGTA 1761 CAAGCCCCACTCCTCCCCCTTCCTTTGCTCCCCTGAGTTTGGTTTTGGCTTACCATAACATTGTTTTGACCATTCCTAGC 1841 CTAATACAATAGCCTAACATAATGTAAGATTAACTGGCTTTACGATTTCTATTCTCTGCTCTCAGTGATAAGAAACAAAT 1921 ATTAGCTACCCTGCTACCCTGGTTGAAGCCTTCCAAGGCTGGCTATGCCCTAGGCATGGGCTCATCCTTGGGTGTATCTT 2001 GCCTTGCAGGAAGACCAGTGGACCGATTGTGATTCTCAAAAGCTCTGTGTTGTCACCTGTGCCCTTGCCCCTTGCTCTTA 2081 TCTTGGTCCGTGTATCTGGGAGTTCTTCCACCTTATCTTGGCCAATTCCTACCTTCGTTCATTCCTCATGAGGTTGGGTA 2161 AAAGCTCCCTCCGGCTCCCATGATGCTGTGCATATACCTAGCAAAAAGCAATTATTGGACACATTGGAGTGCAATATTAT 2241 TAATAGCATTAATACTACTAATAATGTGGGCAATAGTGATTGTTTTTAAAAGGCAGTATACTCTTACCAGTGCGAGGTAG 2321 CTGGGGCCTGTGATAGTTTTTAGAGATAAGTTCTTCAGGCAACTGTGTATTTTACACTAGTCAAGTAATCCTAGATATCC 2401 GTGGTTTTTCTTAAGAAAGTTGGCTCGTAATATGATTTAATATTCAAAGTAGAGTCATCTACCTATTAGCTTGCTGGCGT 2481 GGTCCTAGTTTATGCCTGTTTCAGCATGATTGTTGAGTACCCTGTTTCATCCTTAGCATTTTCTTGATTTTGTTGTTAAA 2561 TGATGTATACCCTTATTTCCATTGAATCTGTGCTTCCACCCCCCCAACTGAAGTTGTCTTCCCTTTGCTTGGCCACCCTT 2641 ACAGCCTCTTGGATGGTGTATCCTACAGTGTAAGCACTAAACTGAAGAGGCAGTGACCTGAGCACTTTGGATTTTGTTCA 2721 TTGTAATCAATTCCATGACAAAATGATTGCATGAGAAGGAATTTTAAATTCATAGGATCAGAATTTAGGTGAAAACAACC 2801 AGCATATTTGTTTCTTCACCCTCTCACCTAGAATTAGCTTTGACCTACAGGTCACAGTGCAATCCCCTTGTATTTCTAAG 2881 GTGTTTTTTATAGTTCATTTGCAGACAATGGGTTATGTGATAACTTTTATCAGTGATAGATTAAACAGAATAATGACCAA 2961 GCTTTCAACCTTAAGGAGTCAGGCCAGTATTTACAAAAGGAGGTCTCCATGAACTCCTTAAATATGAGTTCCCCTAATAT 3041 CATCTTGCCAGGTACTAAATAACAACTGATAGCACAAGCTATAGGGAATTTGAAAGAATTCCATGGATGGGTGTTGTCTA 3121 GGGCCTTTTGTTGTTTTTGAGACGGGGTCTGACTCTCACCCAGGCTGGAGTATAGTGTGGCGCAATCTTGGCTCACTGCA 3201 ACTTCTGCCTCCCAGATTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGAGACTACAGGTGTGCACCACCATGCT 3281 CAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGATCTCCCAAAG 3361 TGAGGTCTTGAACTGGTCTTGAACTCCTCCACCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACTGCACCCGGCCTAG 3441 GGCCATGTAAAAAGCCAGATCTGTGCTGCTGTCTGTGTAGAAGGGTAGACAAGTGGATGAGAAGTTCCTGAACTATTCTT 3521 GGCCCTTTTACCACTAAGTGAAAGTAACTTGCTGCCCCAAAGAAAGATGTCTCATCATTCGACAGGACTTTCTAGTTGAA 3601 CTTCATGAAAGCAAGAGATCCTGTTTTTCTTGCTCACCACTGTATCTTGAGACCTGTTGTAGTGCCTGCAATACTTATTT 3681 AATAAGTTATTTTTAAGTATCAGTTTTGTGAGCTTTAACTCTATGAGGTCTTTGTTGTTTGACTGTATTTTAACTCTGGC 3761 CATGACAGCAAGACAAAGTTCCATTTTTATTGAGCTTAAAAAGAATCAAGGCCAGGTGAAGTGGCTTACGCCTGTGATCC 3841 CAACACTTTGTGAGGCTGCAGCAGGAGGATCTCTTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCGTTCTAGGCAATGTAGTGAGGTCCA 3921 GACTCCACAAAATAATTTTTTTTTAAATTGCACGCCTGTAGTCTCAGCTATCAGGAGGCTGAGATGGGAGGATGACTTGA 4001 GCCCAGGAAATTGAAGCTGCAGTGAATTGTGATTGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGATCAAGACCTTGCCTAA 4081 ACAAAACAAAACAAACAAAACCCCAAAAAACAAATTGAAAATGTTGATTCTTTTTACTACAAACATTATGGCAGCACTAA 4161 AAACTTCGTGGGAGTGTACTGTGGAAAATAGTGTACTTAATTAATTCTCATTGTAATCAGGCTACCAAGAGCCTTGTGTT 4241 GCTTTAAGAGTTATAACTGCCAGGCACAGTGGCTCATGCCTATAATCCCAGCACCTTGAGAGGCCGAGGCAGGTGGATCA 4321 CCTGAGATCGGGAGTTTGAGACCAGCCGGGCCAATATGGTGAAACAAGCTGTGTCTCTACTAAATACAAAAAATTAGCCG 4401 GGCGTGGTGGCACATGCCTGTAATCCCAGCTGCTTGGGAGACTGAGACAGGAGAATTGCTTGAACCTGGAAGGCGGAGGT 4481 TGCAGTGAGCTGAGATTGCAACATTGTACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGGGAAACTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAGT 4561 TGTAACTGAGGCTGGGCATGGTGGCTCATACCTGTAATCCCAGCACTTTGAAAAGCCGAGGCAGGTAGATCACTTGAGCT 4641 CAGAAGTTCGAGACTAGCCTGGGCAACATGACAAAACCCCATCTCTACAAAAAATACGAAAAATTAGCTGGGCGTGGTGG 4721 CATGCACCTGTAGTCCTAGCTACCTGGGAGGCTGAGGTGGGAAGATTACTTGAAGCTGCAGTGAGCCATGGTTGTGCCAC 4801 TGCCCTCCAGTCTGGGCAACAAAGTGAGACCCTGTCTCAAAAAAACAAAAAAAAATTATAACTGATGTAAACTGGCAGTT 4881 TAGGCTGGGTGTGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAGGCAGGTGGATCACCTGAGTTCAGGAGT 4961 TCGAGACCAGCGTGGCCAACATGGTGAAACCTTGTCTCTATTAAAAATACCAAAATTAGCAAGATGTGGTGGTGGGTGCC 5041 TATAATTCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCGCTGGAGCCAGGGAGGCAGAGGTTACAGTAAGCAAAGATCA 5121 CTCCACTTCACTCCAGCCTGGGCAAAAGAGTGAGACATATCAAAAAATAAACAAATAAATAAATAAATAAGTGGCAGTTC 5201 ATCATTTAACTCCAAAGACTTTGCGTACATTTCTACTGAAAACAATCTGAGCTGATTAGAACCCTGCCATTTTATAGCCT 5281 TTAGCTCGATCTCCGACCGTTCATTTAAAAAAATTCTACTTCAGGCCGGGCATGGTGGCTCAAGCCTGTAATCCCATCAC 5361 TGTAGGAGGCCAAAGTGGGCAGATCACTTAAGGTCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCACCATGGTGAAACCCCATCTCT 5441 ACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCTTGGTGGTGAGCACCTGTAATCCCACCCTGCCGAGTGGCAGGCTGAGGCAGGAG 5521 AATCGCTTGAGCCCAAGAGCCGGAGGTTGCAGTGAGCCAAGCTTGCACCATTGCACTCCAGCCTAGGCAACAGAGTGTGA 5601 CTCCATCTCAAGAAAAAAAAAATTCTATTTCATTTTACAATATGCAGATATATGTCCATACACATGCATAATATAAATGT 5681 ATACCATATTTGTGAGAATATGCATATATGTACACATTAGATACACAATACAAGCACAATACATATGTCTTTTGCCCAAG 5761 ATACAGCATTTTGTAAAGGAGACAGGAATTTAGTAATATATGTTCCAGAAACAGTACACAAGAGAATTCGCCGAGATGAG 5841 AAAGTTGTCACTAGGAATGGGGAGTGGTAAGATGTAGAAGGTATAATTGTTCTTAAAGTTCTACTGCCAACTCTTTCCAA 5921 TTAATTACCCACTCTGCCATGCTTTATGGACAGGAGGTTGTCGGACACTGTCAATTAATAAATATTTGAGCATGATACAC 6001 TGCTTGGAGCTCCTCTAATATAGGAGAGTGATATCCTAGTGCATGTTACAGAGGGAGTGTCCACACAGTTCCTATTGTCA 6081 TTTGATGAGTTACTTTTCAGGGGCCTTGTACCTGAGCAAGTTGTCCTCTTTTTGATGGATTTCAGATTGAGTTACCTGCA 6161 TTGTCTTGAGATTGCAGCGTGTTTCCTCCACTGTACGGCGTAGTCAGCAGATCTATTAGTTAAACTCCAGTGGGCCCTCA 6241 GTCACTAAATCTATCCTCTGTGTTGAAGGCTTTCTGCATTTGCCTTTCAATAAAGGTTTAGAATAACTCCTTAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | Flp-In T-REx 293-hAGO1 cells |
Location of target site | 5'UTR |
Original Description (Extracted from the article) |
...
Validation of interactions identified by CLASH suppports their reliability.
... - Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D, 2013, Cell. |
Article |
- Helwak A; Kudla G; Dudnakova T; Tollervey D - Cell, 2013
MicroRNAs (miRNAs) play key roles in gene regulation, but reliable bioinformatic or experimental identification of their targets remains difficult. To provide an unbiased view of human miRNA targets, we developed a technique for ligation and sequencing of miRNA-target RNA duplexes associated with human AGO1. Here, we report data sets of more than 18,000 high-confidence miRNA-mRNA interactions. The binding of most miRNAs includes the 5' seed region, but around 60% of seed interactions are noncanonical, containing bulged or mismatched nucleotides. Moreover, seed interactions are generally accompanied by specific, nonseed base pairing. 18% of miRNA-mRNA interactions involve the miRNA 3' end, with little evidence for 5' contacts, and some of these were functionally validated. Analyses of miRNA:mRNA base pairing showed that miRNA species systematically differ in their target RNA interactions, and strongly overrepresented motifs were found in the interaction sites of several miRNAs. We speculate that these affect the response of RISC to miRNA-target binding.
LinkOut: [PMID: 23622248]
|
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
581 hsa-let-7e-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT002081 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 5 | |||
MIRT003932 | EIF3J | eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT004469 | SMC1A | structural maintenance of chromosomes 1A | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 7 | ||||
MIRT005718 | WNT1 | Wnt family member 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT006122 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 4 | |||
MIRT006404 | MPL | MPL proto-oncogene, thrombopoietin receptor | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT032098 | RABGAP1L | RAB GTPase activating protein 1 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT032099 | DAD1 | defender against cell death 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT032100 | MYCN | MYCN proto-oncogene, bHLH transcription factor | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT051413 | WDR67 | TBC1 domain family member 31 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051414 | FAM219B | family with sequence similarity 219 member B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051415 | C11orf91 | chromosome 11 open reading frame 91 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051416 | CENPP | centromere protein P | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051417 | TMEM107 | transmembrane protein 107 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051418 | SREBF1 | sterol regulatory element binding transcription factor 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051419 | DAAM1 | dishevelled associated activator of morphogenesis 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051420 | DGCR8 | DGCR8, microprocessor complex subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051421 | RAP1A | RAP1A, member of RAS oncogene family | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051422 | RPA1 | replication protein A1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051423 | SKIV2L | Ski2 like RNA helicase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051424 | AGO1 | argonaute 1, RISC catalytic component | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT051425 | RPS27 | ribosomal protein S27 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051426 | ARNT2 | aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051427 | GPM6B | glycoprotein M6B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051428 | TTLL12 | tubulin tyrosine ligase like 12 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051429 | HIST2H2BF | histone cluster 2 H2B family member f | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051430 | CELF2 | CUGBP Elav-like family member 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051431 | AGO2 | argonaute 2, RISC catalytic component | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051432 | VPS13D | vacuolar protein sorting 13 homolog D | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051433 | RPL10 | ribosomal protein L10 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051434 | SPCS2 | signal peptidase complex subunit 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051435 | DCAF8 | DDB1 and CUL4 associated factor 8 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051436 | CTC1 | CST telomere replication complex component 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051437 | NAA60 | N(alpha)-acetyltransferase 60, NatF catalytic subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051438 | PHF3 | PHD finger protein 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051439 | TUBA1B | tubulin alpha 1b | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051440 | SHANK1 | SH3 and multiple ankyrin repeat domains 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051441 | SKA2 | spindle and kinetochore associated complex subunit 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051442 | SPTBN1 | spectrin beta, non-erythrocytic 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051443 | ND2 | MTND2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051444 | MED13L | mediator complex subunit 13 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051445 | RCOR3 | REST corepressor 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051446 | MACF1 | microtubule-actin crosslinking factor 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051447 | RDX | radixin | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT051448 | PCBP2 | poly(rC) binding protein 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051449 | UBAP2L | ubiquitin associated protein 2 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051450 | CDCA3 | cell division cycle associated 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051451 | CABLES1 | Cdk5 and Abl enzyme substrate 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051452 | BTRC | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051453 | C12orf49 | chromosome 12 open reading frame 49 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051454 | TIMP3 | TIMP metallopeptidase inhibitor 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051455 | WBSCR16 | RCC1 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051456 | SLC2A11 | solute carrier family 2 member 11 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051457 | NF1 | neurofibromin 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051458 | LRRC8A | leucine rich repeat containing 8 VRAC subunit A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051459 | RUNX1T1 | RUNX1 translocation partner 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051460 | DTNB | dystrobrevin beta | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051461 | SCMH1 | Scm polycomb group protein homolog 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051462 | YWHAG | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein gamma | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051463 | RHBDD2 | rhomboid domain containing 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051464 | ND5 | NADH dehydrogenase, subunit 5 (complex I) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051465 | NDST1 | N-deacetylase and N-sulfotransferase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051466 | IGF2BP3 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 3 | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT051467 | EIF4A1 | eukaryotic translation initiation factor 4A1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051468 | BAHCC1 | BAH domain and coiled-coil containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051469 | CARM1 | coactivator associated arginine methyltransferase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051470 | DYRK2 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051471 | ND3 | NADH dehydrogenase, subunit 3 (complex I) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051472 | PIGS | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class S | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051473 | ALG13 | ALG13, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051474 | RPN2 | ribophorin II | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051475 | RPL12 | ribosomal protein L12 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051476 | NME4 | NME/NM23 nucleoside diphosphate kinase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051477 | IVD | isovaleryl-CoA dehydrogenase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051478 | JAZF1 | JAZF zinc finger 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051479 | ND4 | NADH dehydrogenase, subunit 4 (complex I) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051480 | VARS | valyl-tRNA synthetase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051481 | RNF26 | ring finger protein 26 | ![]() |
1 | 1 |