pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2681 |
Genomic Coordinates | chr13: 101967642 - 101967746 |
Description | Homo sapiens miR-2681 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2681-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 22| GUUUUACCACCUCCAGGAGACU |43 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ULK2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ATG1B, Unc51.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | unc-51 like autophagy activating kinase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014683 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001142610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ULK2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ULK2 (miRNA target sites are highlighted) |
>ULK2|NM_014683|3'UTR 1 GCAGCAGGCTCATCCCGTGGACCGGTGGTGGGAACGTGAGGTGATGCCTTTGGGATTACAGCTTGAGTTCTGTCACCCCA 81 TCCCCAGGAAACTGTAGCTTCTTAACTGGTGACTACCAAAGAACAAGCAGTGATTTGAAAAAGGAAAAACAATCCAAAAA 161 CTACATATTTGTAGGAAATCTGCCTTATTGGAGAAAATCACCCTTTCCCTTTTTCTTTGTAGAAGCAGGAGCAAGAGTGT 241 TTGGCTCCCAGTTTGGACTTGGTGAATAAATGTACCTTAGAACTAGGATAATCGGTACAGTTATTCTTAAAGATAATTAA 321 AAATGAAACAAAGTGAGTGCTCGTCACTGGGTTCATCAGAGCAGTGTGTGAAATTCCATGTGTTTGCTGAGGTGTAAAGG 401 TAAATGTATTCACCCCTCATCCAGGCAGTTTGATATTTGGAGTAAGTTTGTTTAAATCTGAGCATGCATCTTTAAACAGC 481 TCAGGAAGAAATAGCTTAAGAAGAAGTGAAACATGGATCTTGGAAGAAATTTTGAAATCTTCAATTTGATCCTAATATGG 561 ATACATGTTAATCTTCCAAAATCTTTCATATTGCACTAATTTATTAAAACAACTGTGTATTGGATTTTGTAATTTAACTA 641 AGGCACAATGGACTTGTTTAAAATATTTTACTTGATTGTATACATAGACCCTTTCCAGAATTCACATGTAATCTCCAGTG 721 AACTTTTAAGTGGTTAAAACTTGTATTCATGTGAACCTTTGCACATTTTTTTTTTTTACTTCTTTATCTACACCTACAGA 801 TTTTCTCAGTAATGTTTTTGTTAGCTTTTGGTTCCATTTTTTATTGTGCATGCAGAATGTACATTGATGCCTGTGACCTT 881 AGGTTTATTAAAGGCTAGGTTTATTTGGGCAGTATTAGAAACAAAATCATGGATCAAGAGATACTCTTGATAATTTGAAT 961 AGGGCCAAAACAAAGTTGGTGACCTAAAGGCTTGTTAGTGATGTGGAGTTCCTACATGCAGTGAGTGGAAAATGAAGTTC 1041 GTTTTCTCTTAGGAAAATGGGCAGCTGTCTTCTGCCTAATGTGTATTTTTCATGTTAATTCTGACAGTTCACCAAATAGC 1121 TAGTCATGGAGAATGCAGGCAGTTAACTTAATATCCCTCCAGGAATGGTTCCTACGTTGTGTATTACTTGGTTTCTTTTA 1201 CTTACCTGCTTGAATACTTGAATAAACCATTCACCAATTTTAATCCTTTTATTTTAATCCTTTTACATAAAATAATCTGA 1281 ACTCTTTGACAAATTGCACAGAGCTCTTTGGCATTAATCTAATTTTAATGTACTGATAAAAACAAACATGGTTTTCCTTT 1361 ACTTTGACAAAGTAATGTAATTTTTACCTTATTTATCTGTATGAAATTCCAGTAGTTAATTTGAACATTTATTTATATGA 1441 CGTTTGTATTTTTAGGTCTTTAATACAGTGTTTCTACCTCTCATTTGTAACTGCATGCATTATTCTTGAAACTAGGTAAA 1521 ACTCACTGAATTGTTGTGTAATAGCCTTTTTATTATTGCCTGTACAAATGTATATTAAGGTAAAATAAAACTGACAAAGT 1601 GTTTCTAGGGTGTAGCTGGGTACATATTAAGTGGCTTGTTGAGCCAGGTACTTCCTTAGTGAGTTTAGAGACTTGGCCAT 1681 GAATATCCTTTGTCCTGCCCCAGGATTTAGATCTTGGCTACTGTCATGCAGGCTTCCAGGAACATAGACTGTTTTACCTC 1761 CACAACCCTATTTGTTATTAGTGATACTTTATTTTATATAATATTTTTTATTCACAGTGAAATTTCATTCATGTTCTTTC 1841 AGTTATCACCTGTGTTATCTCAGTTGTAGGTTTATTCTATCCTCTCCTCTTCCTCTCCCATTTCTTTTTTAAGACAGGAT 1921 GAAACAGGTTCAGAGAGGGGAAGTGATTGGCCTAAAGTCAGGAACTAGGCAAGTGGTCAAGCCATGCTTTGTGACTTTCA 2001 AGTTAATTCTTCTTGTTCTTGTATATTAAAGGTCTTGGGGTAGATGGTGTGTGTGAAACAGTGAAGTCTCAACAGCAGAA 2081 AAGAACAAAATGTAAATTCATGAATAATGGTTCTGGTTATACTTCCATTATCAAGGCTAATTAAGAGATTTTGCCTTGAG 2161 TATAGCAATAATAAACAAATGCTTTATGTTTCCCTGAGTATTTTTAAATTTCATATCGTGTTTCATAGAGTGGAAATGTA 2241 CCAGTTCATACATTCATGGGTTGACACCTGTATTCAAGCCATAACCTGGAAAATTGCTGACCAGCTATTCCTGCTCTAAG 2321 GGTTTGCTTTAACTATACCCTCCACTGGACTATATATAGAGAGAGAGCCTATGCTGTATATAGTTGGTTTCCCACAGTCC 2401 CTGTCCCCTCCTTCCATTGAGAGAAGTAACTAGAGCAACAGTTGTTCTCCCTCGCTGGAGTGGTGAATAGGAGCCGGGAG 2481 GAGGGGACTGTTAGGGTCGGGCTGCCTCAGTCTCCACAGTAATTAAGAGGAAATTGAGTTGGATACAGCGGACATGAGGC 2561 CTGGAATGGGTACCCCAAACCCATGCATCTTAAGTGTCTGGGTCCCCACGCCCCCTTCTGCCTGCCAGGAGTACTCTGTG 2641 CAGCCATCCTGTAACTGCTTCAGTCCAGAGAAGGATAGCATCCATCCCTCCCTCCAGCTCGCCTCTCTGCTGAGGCTTTC 2721 TCCTCTCCACTCAGCATTTGCAACAGCTTCTCTCCTGGCACTTGTCTGGGAATATCAAGTTAAAAATTACAACACCCAAT 2801 TTTGATAACTTTAGTTGAGAGAAACAACCTCTAGTGAAGACTGATAAGTAACTTATTGCCCGTAGTCCCATGTTCCTTTG 2881 TCTCCACCAAGAGGAATTACCAGCCCAGCAGTTCTGCCCTCACTAGAGTCCCGTCCAGGAGCTTGAGAGGAGAGGATTTT 2961 TAGGGCTGGATTGCCTCAGTCTGCACAGTAATAAGTTGAGTTAGACACAGTGGACATGAGGACCTGGACTCAGATATCTG 3041 AAGAATCCTTATTATTTTTTTGTTGGCTTGTTTTGAGACAGAGTCACCCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCATTGGCGCAAT 3121 CTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCCAGGTTCAAGTGATTCTTCTTCCTCAGCCTCCCAGGTAGCTAGGATTACAGACA 3201 TGCGCCACCACGCTCAGCTATTTTTCGTATTTTTAGTGGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGTCAGGCTGGTCTTGAACAC 3281 CAGCCTCAGCCTCCCCAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCGTGCCCGGCCAAAATCCTTAATGTTTTTGTTTTTT 3361 GGTTTTTTTTTTTGAGACAGTCTTGCTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCACAATCTTGGCTCACTGCAAGCTCCG 3441 CCTCCGGGGTTCATGCCATTCTCCCGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGCGCCTGCCACCACGCCCGGCTGA 3521 TTTTTTGTATTTTTTAGTAGAGGCAGGGTTTCACCGTGTTAGGATGGTCTCGATCTCCTGACCTCGTGATCCGCCCGCCT 3601 CGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGCGCCCGGGCTATCCTTAATGTTGATATTAGTGGTTAGCAC 3681 ATGTTTTGGAGGAGGACTTCACACTTTTTAAACTATGCTCCCTCGTATTTTCTATAAGCAGTCTTAAATTCTTTCTGGAA 3761 TAAAGCAAGATTGATCAGTATTTCTCAAGGAGGATTATTTGGCAGGCAGTAGCTACTGCTCAGAGAACTTGGTATTGTTA 3841 CATGCATCCTGGAAGTATCTGTGCCTATTTCTAGACGGCCTCAGACCACTTTTTTCTGAGTCCTGGACCCTTGAATCTGC 3921 AGCCAAGCAAGCTCTTGGGTCCCTCCCAAGTCTCATGTTTAGTAAAGCCCTGTGAGAATAATTTTATTGGTGGAGGAGTC 4001 AAGATGATACTTCCCTCACCTGCATCAGAGGAAACCACATCAGAAACAATCCACCTAGAAAAACACTGCATACGGGAAAG 4081 CTGACAACTTGCCCTGAGAAATCACAGCTTTGGTGCAAGAGGTGAAGCCGAACTGGTAAAAGATCAAAGTGAATTCAGAG 4161 ATCAAACTGTACTAGGGAAAGGAGCAGAGGCTGAGATCTTGCTGCCAGCGTGACCTCTCACAGAGTGGCCCAGCAGAGGC 4241 TGTGCAGAGATGGCCAGAGCCAGGACCCAGCCCTGTGGAGCCCCTGGGCACATGTGGTCCCGAGTGAAGCCGTGCCTGTT 4321 GCTCTGAACAGGTGGGATCAATCTGTAGGTTTTTCCACTTTTCACAGAGTGTGGCTCTCTTTAGGTCTGCACTCCCTCTC 4401 TGCGCAGGGCGGACCTCCCTGGGCTCTGCAGCATGATCTCCTGTCCCAAGACAGTCGTGCTCTTGGACAGTTAGCTTCTG 4481 TCATTAGGAAGTGCCCACATGAGCTCTTGTTTATTGGAAACCGTGTTCTATGCCTCCTTTGGGGTTTCTGCAACTCAATT 4561 TGGCAGGTAGCTTAGTGGTCCACTTGGTCTCAAATTCCAGCTCCACCATGTGCAGTTGTGTGTTCTTTGGCAAGTTCCTC 4641 CCCTCCTCCGAATCTGTCAGTGGGGGAAGAGTGCATGTCTCACAGAGTTGAGGTGAGAAATAAGTTAATGAATATGAAAT 4721 TCTTTGCCCAGCCCCTGGCACGTGGAAGGGCTCAGCAATCCTGTATCCGTTGTAGTGGTCATCACTCTGTGGCTCTTCAC 4801 TGCTTTTGTTTTGTTTTGGGAGGGGGTGGAGAACAATTTGTTCTGTGTTTGTGTGGGGCAAGGCCTGTCTTCAGGGCTCT 4881 CTCCAACCACGTACGCTCTGGCTGGAGCTTCTGAAAGGACACAGTTCTTGCATAGAAGTTGCTTTCTCCAGCTTGCCCAC 4961 CAGGCAGTCTGGCTTCAGACATCTATGTTGCCCTTTTAAGTCAATTTGGCTGTTTAAGTGGAATGTTTGTGTCAGTCTGA 5041 TAATTGTTAATTCATTTGATCCTCATACCAACCCTTACTTGCCTCCTTTTACAGATGGAAAAATCAAACTTGGACAGTAA 5121 TTTCCACAAGGAAAAGCCCCACAGCTGGAAAGCGGTGGGAGCAGGAGGCCACACTGGGTACAGGAGTACCCATCTCCCCA 5201 CAGGAGCCCCACACTGTCTCACCCTTAGGAAGCCCAAATGCTCACTCCTTGAGTTTCTAATGCATTCTTTCTGATGTACA 5281 GGAAGAGGGGAAGGAAGGAAGAGCTTTTCCATTTGGTGCTCCAATGTCTCCTGCTGGACCCATCTGCCTAGTGGAAGGCA 5361 GCAAAATTTCAAGAAACAGGTGAGGTTGAGCAGCTTGGTGCAACCCCATGGGGCCTGGAGTTGGAGCTCAACAGCAATGG 5441 ATTTCAGAGACCACCCTGAAACTCCCAGTAAAAAAGACTTGGGAGACATGTTAATAAACTCAAGCATTTGATCGACCCAA 5521 AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293S |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084064. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
HITS-CLIP data was present in GSM1084066. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SantaCruzAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084064 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000395544.4 | 3UTR | AAAAGACUUGGGAGAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000395544.4 | 3UTR | AAAAGACUUGGGAGACA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1084066 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SantaCruzAb |
Location of target site | ENST00000395544.4 | 3UTR | AAAAGACUUGGGAGAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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115 hsa-miR-2681-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT058831 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT076301 | ULK2 | unc-51 like autophagy activating kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT095503 | PURA | purine rich element binding protein A | 2 | 12 | ||||||||
MIRT097763 | ARSK | arylsulfatase family member K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT170870 | TAX1BP1 | Tax1 binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT179045 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT189057 | CLEC2D | C-type lectin domain family 2 member D | 2 | 8 | ||||||||
MIRT241949 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT261860 | ZRANB1 | zinc finger RANBP2-type containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT309357 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT340568 | SMIM12 | small integral membrane protein 12 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT351983 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | 2 | 8 | ||||||||
MIRT351986 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT353140 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT387104 | VEZF1 | vascular endothelial zinc finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441833 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443778 | MTHFD1 | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, cyclohydrolase and formyltetrahydrofolate synthetase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT448135 | CMTM6 | CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450638 | ZMYM2 | zinc finger MYM-type containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494763 | AP1G1 | adaptor related protein complex 1 gamma 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498299 | DCAF8 | DDB1 and CUL4 associated factor 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT505104 | YTHDC1 | YTH domain containing 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507179 | G3BP2 | G3BP stress granule assembly factor 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT516638 | ZNF318 | zinc finger protein 318 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520011 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526877 | GJD3 | gap junction protein delta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529374 | SKP1 | S-phase kinase associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530090 | SHISA2 | shisa family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536514 | KCTD10 | potassium channel tetramerization domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536559 | JMJD1C | jumonji domain containing 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536624 | IPO7 | importin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544378 | ZNF266 | zinc finger protein 266 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547590 | LIN28B | lin-28 homolog B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548736 | CREBBP | CREB binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551485 | TMEM192 | transmembrane protein 192 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT552322 | ZNF791 | zinc finger protein 791 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT553193 | UBE2A | ubiquitin conjugating enzyme E2 A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553719 | TBX18 | T-box 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554573 | RRAS2 | RAS related 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557038 | HOXB3 | homeobox B3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559566 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560134 | INO80D | INO80 complex subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560406 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561712 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562688 | ABI2 | abl interactor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563214 | FXN | frataxin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566288 | PROX1 | prospero homeobox 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT567369 | GTPBP3 | GTP binding protein 3, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571380 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574743 | GOLGA4 | golgin A4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576816 | Tgfbr3 | transforming growth factor, beta receptor III | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609984 | ZHX1 | zinc fingers and homeoboxes 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT610518 | HIAT1 | major facilitator superfamily domain containing 14A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612203 | NKTR | natural killer cell triggering receptor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612224 | DHX33 | DEAH-box helicase 33 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT612889 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613639 | DUSP18 | dual specificity phosphatase 18 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT614161 | PHF8 | PHD finger protein 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614630 | WDR13 | WD repeat domain 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615001 | FXR1 | FMR1 autosomal homolog 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615665 | TSC22D2 | TSC22 domain family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615976 | KAT6A | lysine acetyltransferase 6A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616328 | ADARB2 | adenosine deaminase, RNA specific B2 (inactive) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616495 | AIPL1 | aryl hydrocarbon receptor interacting protein like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616585 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616870 | ARPC1B | actin related protein 2/3 complex subunit 1B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT617631 | RXRA | retinoid X receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620339 | TLN1 | talin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621658 | UBE4B | ubiquitination factor E4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621824 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622134 | SOX4 | SRY-box 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622154 | SNTG1 | syntrophin gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622298 | SGK3 | serum/glucocorticoid regulated kinase family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622531 | RAB9B | RAB9B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622596 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623328 | MAK16 | MAK16 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624499 | C8orf44-SGK3 | C8orf44-SGK3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624720 | AP1S2 | adaptor related protein complex 1 sigma 2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625990 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626143 | MPRIP | myosin phosphatase Rho interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626499 | ARHGAP9 | Rho GTPase activating protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627023 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635710 | HFM1 | HFM1, ATP dependent DNA helicase homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635725 | CCDC58 | coiled-coil domain containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637121 | MKX | mohawk homeobox | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639969 | POU5F1B | POU class 5 homeobox 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640962 | GPRASP1 | G protein-coupled receptor associated sorting protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641067 | HHIPL1 | HHIP like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644800 | NKX3-2 | NK3 homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644958 | STEAP4 | STEAP4 metalloreductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649152 | LRTM1 | leucine rich repeats and transmembrane domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651887 | UFD1L | ubiquitin recognition factor in ER associated degradation 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652165 | TRIM66 | tripartite motif containing 66 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652565 | TLR6 | toll like receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653127 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655622 | ONECUT1 | one cut homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656245 | MEX3A | mex-3 RNA binding family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656837 | KLF7 | Kruppel like factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656990 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660337 | BCL10 | B-cell CLL/lymphoma 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660393 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660940 | ACER3 | alkaline ceramidase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661509 | C8orf82 | chromosome 8 open reading frame 82 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665000 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665106 | TNFSF8 | TNF superfamily member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665547 | UCHL5 | ubiquitin C-terminal hydrolase L5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687376 | NT5DC3 | 5'-nucleotidase domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711828 | SIGLEC9 | sialic acid binding Ig like lectin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713313 | VLDLR | very low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715654 | PPM1K | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715735 | CD226 | CD226 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717255 | SLC44A1 | solute carrier family 44 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717950 | MIA3 | MIA family member 3, ER export factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719709 | CD101 | CD101 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723893 | NUDT21 | nudix hydrolase 21 | 2 | 2 |