pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-19b-2 |
Genomic Coordinates | chrX: 134169671 - 134169766 |
Synonyms | MIRN19B2, miR-19b-2, MIR19B2 |
Description | Homo sapiens miR-19b-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-19b-2-5p | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 19| AGUUUUGCAGGUUUGCAUUUCA |40 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | IGF2BP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CRD-BP, CRDBP, IMP-1, IMP1, VICKZ1, ZBP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001160423 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_006546 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on IGF2BP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of IGF2BP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>IGF2BP1|NM_001160423|3'UTR 1 CCAGCCCCTCCCTGTCCCTTCGAGTCCAGGACAACAACGGGCAGAAATCGAGAGTGTGCTCTCCCCGGCAGGCCTGAGAA 81 TGAGTGGGAATCCGGGACACCTGGGCCGGGCTGTAGATCAGGTTTGCCCACTTGATTGAGAAAGATGTTCCAGTGAGGAA 161 CCCTGATCTCTCAGCCCCAAACACCCACCCAATTGGCCCAACACTGTCTGCCCCTCGGGGTGTCAGAAATTCTAGCGCAA 241 GGCACTTTTAAACGTGGATTGTTTAAAGAAGCTCTCCAGGCCCCACCAAGAGGGTGGATCACACCTCAGTGGGAAGAAAA 321 ATAAAATTTCCTTCAGGTTTTAAAAACATGCAGAGAGGTGTTTTAATCAGCCTTAAAGGATGGTTCATTTCTTGACCTTA 401 ATGTTTTTCCAATCTTCTTCCCCCTACTTGGGTAATTGATTAAAATACCTCCATTTACGGCCTCTTTCTATATTTACACT 481 AATTTTTTTATCTTTATTGCTACCAGAAAAAAATGCGAACGAATGCATTGCTTTGCTTACAGTATTGACTCAAGGGAAAA 561 GAACTGTCAGTATCTGTAGATTAATTCCAATCACTCCCTAACCAATAGGTACAATACGGAATGAAGAAGAGGGGAAAATG 641 GGGAGAAAGATGGTTAAAATACATAATAATCCACGTTTAAAAGGAGCGCACTTGTGGCTGATCTATGCCAGATCACCATC 721 TTCAAATTGGCACAACTGAAATTTCCCCACTCTGTTGGGGCTTCCCCACCACATTCATGTCCCTCTCCCGTGTAGGTTTC 801 ACATTATGTCCAGGTGCACATAGGTGGTATTGAATGCTCAGCAGGGTAGGGGCTGACCACTGTCCCTGATTCCCATCGTT 881 CTCAGGCGGATTTTATATTTTTTTAAAGTCTATTTTAATGATTGGATATGAGCACTGGGAAGGGGACGCTAACTCCCCTT 961 GATAAAGTCTCGGTTCCATGGAGGACTTGAGTGGCCCCAAAGGCTGCCACGGTGCCCTCACCCCAGCCCATGTGCTCCCA 1041 TAAGGGCTGGTTCCTAGAGGCAGGGGTTGTGGGGCACTCCCAGCCACGGCACTGTTACCTTGGTGGTGGGACTTGGAACC 1121 CAACCCTGAGCTCCCGATAAAGCTAAAGTCCATCATCTGGCAAATTCAGTAAATTGGAGAGTACTTGCTTCTGTTTGTAT 1201 CTGAGAGGAATTTTTAACTGACGGCTTCTGTCTCCATGAATCATTATCAGCATGATGAAAGGTGTGTCTAAAAAACAATT 1281 CAGAATACCAGCAGCATTGTACAGCAAGGGGTAAATAAGCTTAATTTATTAATTTACCAGGCTTAATTAAGATCCCATGG 1361 AGTGTTTAGCCCTTGTGGGAGACAGAAGCCATCAGTTAAATGAGGTTAGGCCTCTCCTCCTAATATACTGATTGACAATG 1441 CATATTAGCCAGGTAATGCACTTTAGCTACCCTGGACAATGCTATCAAGTGTGCTGGGAAGGGAGGAAGGCCTCTCTACA 1521 TATGGAAAAGCCCATGCGTGGAGTTCCCCTCCTTTCAACATTGCAACAACAGTAACAACAAGACAACCGCAACATGTGGG 1601 CGTAGTCAGGCAATGCTGTGTGCGAAGTAAACTACCTCAAGGTATGAAGTTACCTCAGCAATTATTTTCCTTTTTGTTCC 1681 CCCCAACCCCATTAAAAAAATTTTTTTTTGATTTTTGTTTTTTTGCAGCTTGCTGATATTTTATATAAAAAAGAAAAGCA 1761 AAGCAAAAGAGAAGCTGATAGTCTTGAATATTTTATTTTTTTAATGAAAAGAAAAAACAAGAAAGTTATGTTTCATAATT 1841 TCTTACAACATGAGCCAGTAACCCTTTAGGAACTCTCTATGGAGAACAGGCCTGGTGGGAAAGGCTTTGGGGGCTGCCCC 1921 CTTAGGAGGAGGCTAGTGCTAAGAGGGAAGGCCCAGGTTTGAGAGAGCCCAGAGGGGCAGAGCCCAGAGCCTTGTTTGGC 2001 CCTGATCTCTGACTTCTAGAGCCCCAGCTGCTGGCGGCTGCTGGAATATCCTACCTGATAGGATTAAAAGGCCTAGTGGA 2081 GCTGGGGGCTCTCAGTGGTTAAACAATGCCCAACAACCAACCAGCTGGCCCTTGGTCTCCTCTCTTTCCTCCTTTGGTTA 2161 AAGAGCATCTCAGCCAGCTTTTCCCACCAGTGGTGCTGTTGAGATATTTTAAAATATTGCCTCCGTTTTATCGAGGAGAG 2241 AAATAATAACTAAAAAATATACCCTTTAAAAAAACCTATATTTCTCTGTCTAAAAATATGGGAGCTGAGATTCCGTTCGT 2321 GGAAAAAAGACAAGGCCACCCTCTCGCCCTCAGAGAGGTCCACCTGGTTTGTCATTGCAATGCTTTTCATTTTTTTTTTT 2401 TGTTATTGTTTCATTTCAGTTCCGTCTTGCTATTCTTCCTAATCTATATCCATAGATCTAAGGGGCAAACAGATACTAGT 2481 TAACTGCCCCCACCTCTGTCTCCCTGTCTTCTTTAGATCGGTCTGATTGATTTTAAAAGTGGACCCAAACTTAGGGAATT 2561 CTTGATTTAGGGTGGCTGGTGGCAAGGAGGGGCAGGGGATATGGGGACGTGACTGGGACAGGTTCCTGCCTTATCATTTT 2641 CTCCCTAGGACATTCCCTTGTAGCCCCCAGAATTGTCTGGCCCAAATTGAATAGAAGCAGAAAAACATTTAGGGATAACA 2721 TCAGGCCAGTAGAATTAAGCCTCTCCACCTGTCCCAACCATAAAAAGGGTCTCCCAGCTTTCCATCTCTGGCTCTATATG 2801 CTTTATCCCAAAACAAAGCAGATAACGTTCAGACGTCGGCCATTTAGTAATTTAAAGCGAATTTCCAGCAGCAAGCATGC 2881 TTTGATATCTGGTTCAGACTATCATCAGGAAGAAAAAAAAATCCCACAGTACCTGAAATGTGATTGTTGCAGTGTTCAGT 2961 TTCCTTGGGGGCCTGCTCCCTTCACACCTTGAGCCCAAGTCCTTTTCCGTTGGCTGATTCAGCTCCCAGAAGAGACGAGG 3041 AAGTGTGTGGCAAGGGACTGGAAAACTTCACTTGCTTGGATTAGGCAAGGCTCCACTCATTGTTGATATTTGCCCAGCAG 3121 GAAAATCATGTAAGTTATACCACCAGAAAGCAAAAGGAGCATGGTTTGGTGGTTAAGGTTTAGTGGGATGAAGGACCTGT 3201 CTTGGTGGGCCGGGCCCTCTTGTGCCCCGTAGGCTAGGTCTTAGGGCAACTCCTTGCCCTCCTGCTCAGCACCTCCATTT 3281 CCCCATCCTTGGTGAGATAACAAGCTATCGCGAAAAGCACTTGGGAGATTTGGATGATTTGAGAAGAGTGACTTAAAAAA 3361 AATGCTTCTGTGCTCTAAGATATATATGTGTGTGTGTGTGCTACATATATATTTTTAAGAAAGGACCATCTCTTTAGGAT 3441 ATATTTTTAAATTCTTTGAAACACATAACCAAAATGGTTTGATTCACTGACTGACTTTGAAGCTGCATCTGCCAGTTACA 3521 CCCCAAATGGCTTTAATCCCCTCTCGGGTCTGGTTGCCTTTTGCAGTTTGGGTTGTGGACTCAGCTCCTGTGAGGGGTCT 3601 GGTTAGGAGAGAGCCATTTTTAAGGACAGGGAGTTTTATAGCCCTTTTCTACTTTCCTCCCCTCCTCCCAGTCCTTATCA 3681 ATCTTTTTTCCTTTTTCCTGACCCCCTCCTTCTGGAGGCAGTTGGGAGCTATCCTTGTTTATGCCTCACTATTGGCAGAA 3761 AAGACCCCATTTAAAACCCAGAGAACACTGGAGGGGGATGCTCTAGTTGGTTCTGTGTCCATTTTCCTCTGTGCCAAAGA 3841 CAGACAGACAGAGGCTGAGAGAGGCTGTTCCTGAATCAAAGCAATAGCCAGCTTTCGACACATACCTGGCTGTCTGAGGA 3921 GGAAGGCCTCCTGGAAACTGGGAGCTAAGGGCGAGGCCCTTCCCTTCAGAGGCTCCTGGGGGATTAGGGTGTGGTGTTTG 4001 CCAAGCCAAGGGGTAGGGAGCCGAGAAATTGGTCTGTCGGCTCCTGGTTGCACTTTGGGGAAGGAGAGGAAGTTTGGGGC 4081 TCCAGGTAGCTCCCTGTTGTGGGACTGCTCTGTCCCCTGCCCCTACTGCAGAGATAGCACTGCCGAGTTCCCTTCAGGCC 4161 TGGCAGACGGGCAGTGAGGAGGGGCCTCAGTTAGCTCTCAAGGGTGCCTTCCCCTCCTCCCAACCCAGACATACCCTCTG 4241 CCAAACTGGGAACCAGCAGTGCTAGTAACTACCTCACAGAGCCCCAGAGGGCCTGCTTGAGCCTTCTTGCTCCACAGGAG 4321 AAGCTGGTGCCTCTAGGCAACCCCTTCCTCCCACCTCTCATCAGGGGTGGGGGTTCTCCTTTCTTTCCCCTGAAGTGTTT 4401 ATGGGGAGATCCTAGTGGCTTTGCCATTCAAACCACTCGACTGTTTGCCTGTTTCTTGAAAACCAGTAGAAGGGAAACAG 4481 CACAGCCTGTCACAGTAATTGCAGGAAGATTGAAGAAAAATCCTCATCAATGCCAGGGGACATAAAAGCCATTTCCCTTC 4561 CAAATACTCGACAATTTAGATGCAGAACATTTCTCTGTATTCAGACTTAGAGTAACACCAGCTGAAAACTGCAGTTTCTT 4641 TCCTTTGGATACATAAGGCTTCTCTATCGGGGTACGGGACAGGGAGGAGGCCTCATGTCTGAAGGGGGATTTAGGGGCGA 4721 GAGCCCCAGCCCTGACCCTCGGTCCTGTGCACCGCTTTGGGGCACAGTCTGATGGCGCCTTTGCTGGCGCCTTAGTATGG 4801 TTGACTCCGGATGGACAAAAGAAAAAAAATTTTTTTTCTTGAATGAAATAGCAGGAAGCTCCTCGGGAGCATGTGTTTTG 4881 ATTAACCGCAGGTGATGGATGCTACGAGTATAAATGGATTAACTACCTCAATCCTTACAGTAAGATTGGAACTAAGGGCA 4961 GGGACTCATGCATAAGGGTATGAATCCCAGCCAGGACAAGTGAGTTGAGGCTTGTGCCACAAAAGGTTTGTCCTTGGGGA 5041 ACAGGCAGGCCTGCCAGGATCCCCCCCATATCGATTGGGCTGGGAGGGCTGGCCATGAGGTCCCCACTTTCTGCTTTCCT 5121 TGCCCATGTGTCACCCCTTTGGCCTCCAGCTTGTCCCTCTCTCACTTTCTATAGCTTTGTTGGACCAGATGGTGAGGAAA 5201 GGAATGGCCTCTTCCCTTCTAGAGGGGGCTGGCTGGAGTGAGACCTGGGGCTTGGCCTGGAACCCACCACACAGCCCCAA 5281 AGTCAGGAAGCCTGGGGAAACCAGAGCTGAGACCTCTTCAACAGGGTTTCTTTGAGATCCTACACCTCCATTGGGCCCTT 5361 TTTCAGTCTTCAATGGGGGCCCAGTTGGCTCTAGAAGGAGAAGAGGTGAAGCAGGATCCTTTGCCCTGGGGGAGTCTGAG 5441 GGCGCGGTCCTTGGACTCATTCAGGCCGTCTTTGTAGTTGGGGGAGTTCCACTGGGCGATCCCAGCCCCTCCCCACCCAC 5521 CCTCTAATGGACCTCCTCATAGAAGCCCCATTTCACTTTTGTTTTATCTACCTCTTAGCAAAACAATAGATAAATTAGGT 5601 AGTGGCAGCTCCACTTGCTTAGGTTAGGGGGGGAAAAAGATTTCTTTTTCCAAAGGAAAAAAATATTACCTTGAGAATAC 5681 TTTCCAAAAAATAAAATTAAAAAAAAAAAAACCAAAAAAAAAAATTTTTTTTTAAAAGGGAGACATTTTCCAGTGACCAC 5761 TGGATTGTTTTAATTTCCCAAGCTTTTTTTTCCCCCATAAATAAGTTTCACTCTTTGGCGATTTTCTTCACTTGTTTAAG 5841 ATAACGTGCTAGCTATTCCAACAGGTAACAGCTTTCACAGTCTGCCCCTGGCCTGTCTCACCCCATCCCCCACCCTATTC 5921 CTGCCAGTGAGTCCTTCCTGTGCTTCTCTCCCTTCTCCCCTCCCAGCCAGCTGACTTCAGTCACCCCTGTCCCCCCTCCC 6001 CTGCCAATAAGCTCCCCCAGGAATAAAGGCTTTGTTTTGGGGATGCTTAAATCTTGACTGGCACTTCCCGGCTGTGGGGG 6081 CTGGGGAGCCACTTGTAACATTTCTGTGCAGATTTTATGTTAGCCACTGCTATGTAAAAGCACGTTCAAAATGAATTTCA 6161 GCAGATTATGTGTTACCATAATGAATAAACGTCCTCTATCACCATTTGGAGTCTCCCTTTTCTCCAGGATCTTGATCCTG 6241 GTCCCCAAAACCAGAGTGAATCAAAAGAGCTTCCTCCCCTGAGGCAAAGTGGATTTGTAAGCAGTTCTGAAACATCACTT 6321 ACTCAGAAGAGGGAACGATGTATTTTGATGAGTGCAAATTGGGAAGAGCTGGAGGCCTACTGCTTGGGACAGTTTTTTTT 6401 TTTTTTTTTTTTTTAAATATGAGTGCTAGCTTATTCTGTAATTGCGGCAACTTTGAAAATTGTATTTTACTGGAAATCTG 6481 CCAGCCATCACCACCCGATTTTGATTGTATCCTTCCTCCCATCCTTTAATCTGTTCATTGCTTTGGGGGAGGTGGGGCAG 6561 CTGGCTCACACGTTGGAGTTTGTTCTTTGATGGATGAACGAACACTCCAGTTTTCTTTCCCGTGAAGGTTGTTTCAGCCA 6641 CAAACCACTTCATTTTGCTGTTTCAATTTCAAAATAAAAGGAAACTTATATTGAAAGACAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 10642.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000290341.3 | 3UTR | UUUUAUCUACCUCUUAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||
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93 hsa-miR-19b-2-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT063866 | RASSF8 | Ras association domain family member 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT077658 | IGF2BP1 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT078463 | MAP3K3 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT095250 | FAM13B | family with sequence similarity 13 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT109492 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT155380 | CCNT2 | cyclin T2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT163210 | EDEM1 | ER degradation enhancing alpha-mannosidase like protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188328 | ARID1A | AT-rich interaction domain 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT204725 | BZW1 | basic leucine zipper and W2 domains 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT236401 | HMGXB4 | HMG-box containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT237116 | P2RY1 | purinergic receptor P2Y1 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT286944 | SOCS7 | suppressor of cytokine signaling 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT438799 | MYC | MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor | 1 | 1 | ||||||||
MIRT442521 | MOB3B | MOB kinase activator 3B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452256 | RPL30 | ribosomal protein L30 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473426 | MDM4 | MDM4, p53 regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476781 | FOS | Fos proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476940 | FAM83G | family with sequence similarity 83 member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT480182 | CALM2 | calmodulin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT489618 | ZNF384 | zinc finger protein 384 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492244 | SLC39A9 | solute carrier family 39 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492420 | RGL2 | ral guanine nucleotide dissociation stimulator like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494858 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496999 | SNAP25 | synaptosome associated protein 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501971 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504915 | CD38 | CD38 molecule | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507017 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT510818 | SBNO1 | strawberry notch homolog 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514164 | PGPEP1 | pyroglutamyl-peptidase I | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514326 | PSMG2 | proteasome assembly chaperone 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514427 | SLC38A7 | solute carrier family 38 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514534 | ESR2 | estrogen receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516115 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517757 | ZNF366 | zinc finger protein 366 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518493 | FAM161B | family with sequence similarity 161 member B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518510 | CASP10 | caspase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518559 | GDPD1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518639 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518727 | ABCG8 | ATP binding cassette subfamily G member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523562 | GGCX | gamma-glutamyl carboxylase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526521 | YIPF6 | Yip1 domain family member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530252 | ZNF620 | zinc finger protein 620 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531656 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532697 | TCN2 | transcobalamin 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534017 | STXBP4 | syntaxin binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535746 | MYO10 | myosin X | 2 | 4 | ||||||||
MIRT544507 | GTF2E2 | general transcription factor IIE subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546756 | RLIM | ring finger protein, LIM domain interacting | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547927 | HNRNPR | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein R | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550128 | ZNF138 | zinc finger protein 138 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551761 | MED21 | mediator complex subunit 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557725 | FYCO1 | FYVE and coiled-coil domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558922 | CBX1 | chromobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562464 | CORO1C | coronin 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562757 | ZNF846 | zinc finger protein 846 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563059 | ZNF28 | zinc finger protein 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563334 | RPLP0 | ribosomal protein lateral stalk subunit P0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569168 | DMD | dystrophin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573253 | TNFAIP6 | TNF alpha induced protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575055 | P2ry1 | purinergic receptor P2Y, G-protein coupled 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT575358 | Zxda | zinc finger, X-linked, duplicated A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613231 | CCDC39 | coiled-coil domain containing 39 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613345 | ADRBK2 | G protein-coupled receptor kinase 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT613950 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615486 | EDN1 | endothelin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618708 | ESD | esterase D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630607 | ARHGAP1 | Rho GTPase activating protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630617 | CXCR6 | C-X-C motif chemokine receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630629 | IMPAD1 | inositol monophosphatase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630672 | KLF7 | Kruppel like factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630744 | COG6 | component of oligomeric golgi complex 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636851 | ZSCAN2 | zinc finger and SCAN domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638640 | GPATCH8 | G-patch domain containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639104 | MMAB | methylmalonic aciduria (cobalamin deficiency) cblB type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639420 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640185 | ABCC12 | ATP binding cassette subfamily C member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641755 | SF3A1 | splicing factor 3a subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666575 | RHOBTB3 | Rho related BTB domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672164 | FANCF | Fanconi anemia complementation group F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688343 | ETS1 | ETS proto-oncogene 1, transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690118 | ZFAND1 | zinc finger AN1-type containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696937 | CERK | ceramide kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701359 | NR4A3 | nuclear receptor subfamily 4 group A member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703286 | GID4 | GID complex subunit 4 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709144 | ZNF799 | zinc finger protein 799 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710846 | FAM210A | family with sequence similarity 210 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712619 | GTF2H5 | general transcription factor IIH subunit 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714589 | CMBL | carboxymethylenebutenolidase homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716907 | CACNB2 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721163 | FAM200B | family with sequence similarity 200 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722401 | BCAS2 | BCAS2, pre-mRNA processing factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722515 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724597 | AP3B1 | adaptor related protein complex 3 beta 1 subunit | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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