pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-5691 |
Genomic Coordinates | chr11: 9090312 - 9090379 |
Description | Homo sapiens miR-5691 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-5691 | |||||||||||||||
Sequence | 9| UUGCUCUGAGCUCCGAGAAAGC |30 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TBL1XR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C21, DC42, IRA1, MRD41, TBLR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_024665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TBL1XR1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TBL1XR1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TBL1XR1|NM_024665|3'UTR 1 CGCTACTAGTTGGAAGCCATGGACCGACTATGAATGTGTACATAGCCAAAATGACTGTCCCTGACCCATGTACTGCTATA 81 GTCCCACTTGAACCATGGCCAGTCCACTACAGCCAAATCTAAAAGAAATATATACATACAGTGTATATAAACAAAATTGC 161 ACCCTGAAGATGACAGAGTTTTGTCACAGCTTGTGAATTCTGTTCACCAAGTGCTGGAATCTAATCTGCTGTGCCCCTAA 241 AATAGCATTTAGAAGTTTTGGATATGAAAAACAGAAGAGAGAAAAATATACATTATAAAAGCAGAACATACATGTACCAG 321 TTTTTGGATACTAAATGACAGCCTTGTTTCTCCCCTTTGAATCAGCAGACACCATGGATTATATTCTTTTTTTCCCTTCA 401 GTAGTGAGCAGTTTGTATGTACAGAGAAAATGGACTTACAAAAACTTGCAGCAGTAGTTTGTTCTTGCTTTAAAATTTCG 481 TTTTTGGTTTAGATTATGGATGCATGAAGTAAGGGAGTGAATCAGTTTCTTGTTTATATTTTTTTCACCTTTTAAACAAA 561 AAATTCTTTAAAATATTTTAATGCATTCTTTTGAAGAGGTAGATGTTTGGTACATTTTATGGCTCCCAGAGCATATATTC 641 AGTTGGTGCATGTTGTGGAAGGGGGAATTGGAAATTAAATGAAAACCTATGACTTTGGTCATGTCAATCTGTAAGACACA 721 TCAGTAAAAGGGTATTATGCTCTGTTGGTTTTGTTTTTTTGTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGTTTTTTGG 801 TGATGTGGCTTAAATGCAATAGTTTCTTTTTTGGGACATATTTCTGCCAATTAAAGACTAGAAGGGCACAACTTTTTTTT 881 TAATTACCATAGAGAAGATACATTAAAAAAAATCTTCTGATGTTTTGTAGCCATAACTAAATTATGGTAAAAATGTGCAC 961 TATTGTGAAAAGGAGCAACGTAGTTTTGGGTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTGCTTTGTTTTTTAAGAGATTAAAATGTT 1041 TCTGGATAAGGATTAGCTTCTCGAAGTGTCCATCATTCTGTGTAGAAGCTTAAATATGTAATGTAACCAAACTCCAGTAT 1121 TAAAAATCTCTCATGTTGTTTTCTTTATACAAAGCAAGATAACGGCATATAACACTGCCATTACATGGCAAAATGTTTGC 1201 TACCTTAGTTTAAAAAACAATCTCAAACAAAAGACTTGCTTCAAGGTGTTTTTAAATAGCAGTGATTCAGAATTTTTTTT 1281 AATGAAAGTATAATTGCACTAACCTTCTTCCTGCTGCTCTGATTCTGCATTTGTGGTACTTGTGACTACGTTTTTTCAAA 1361 TATAGATAGATTTAAGCTGCTAATTTTTTTTTTTTTAGTAATCACTACTATATCATGTCTTTTACTCTGTTTATAATATC 1441 AAGTATTTTCTTAAAGATATAGATATTAAACCTTGTGCTCATGCAACTTAGAGTAACATATACAGACAAATGATTGCATG 1521 AGGCCATGTTTATATGTGTGACTAATAAGGCTTGTCATGATTAACATAATCCAGGTATGTCATTTCTGAAGAGAATAGTC 1601 ATCAAATTTATATCTCGAAGATTTTAATTAAGGAATTGCTTATTGTTGAGCTTAGCAAATTAATAACACTATTTCTGTCA 1681 CTAATTATTTTGAGGCCTTTTAGTACTAAAATTTTAACCTGTGTTCTAAGTAGAAACTGATTTAACCCAAGTAATGCAGC 1761 TTTGATTGATTTCAGCATTCGTTGCTTTGCTATTTTTACAAAACAGCATTGATTGAAGCAAGTCTTGGTTTTACTAAGGT 1841 AGGGTAGCATTTGCTATTGGTAAAGAGAATAAATACACTTAATTTCACAATACATTGTTATATGTACCCCAGTTGTTGTT 1921 AGTGGGGACTATGATACTGTAATAATATTTTTAAAAATTTACATCAAGAGAGGCAGTCATTCACGATGGTTTTGTGCCAG 2001 CTCTTTTTAGGGTTTTGGATCACATTAGAGATATTTAGAACATATTACCCTGTGACTTACGTAGGAAACCTAATATGCTG 2081 AGTATCTGGCACTTGAATTCCTGCTTTTATTGCTGGAGGTCCACATCTGTGGTTGACCTCTGTTATTGTTTAAAAAAAAT 2161 AAATAAAAATTAAAAAAATCTGTGCAATAATTTTAAAATGTGCTCCCAGGAATAGACACAAATGTTTTGAGTATCTTTTA 2241 AGCTGCATTTTCCTTTAGTGATGCATTTGTCAATTGCACTGAATTTAAATCTGAAAGTCAGAGGTGATTATTGATAGTAC 2321 TTTTGTATTTTGATATGGACAGTTTATTCATTTGCATACAGTTATTGACTTTTTCCCAGCTGATTAAAAGATAGTCAAGA 2401 AATTCTGCAATATAGCTGCCAAAATAGACAGCTACATTTTTATGATATTGTCATCTTTTCTGTTTTTTTTTTCTTTTTTT 2481 TCTTTAGCTATTTTACTTAAGCATAATAGCCACAATAGGACATATAAAAGATTATAAATACAGAGCTTTATTATCCTGAC 2561 GTCTTGGGTCTTTTAAGTATATACTTTTCTGAAAGGTATCCATTTTGTAGGCTTGGGTTCTTCATGAGCATACGATTGTT 2641 TATTTTTGCTGCTGTTCTCAACATCATCATTGCCTGCTGATGTGCCACGATGCTGCTCCAATAGACAGCAATAAGATTGT 2721 CTCTAATTTGAGCAGTAACATGATTGCAAGAGACCAAGTTTCACAGCTTGTAAAGTTCTGTATTTGGGATTCTTGCTTAT 2801 TTTTCCGCCTGTGTTTTTCTGAGAACTTATTCCTGATGATCAATTGAATCCAGTAGTTTTTCTATGCTATTTGTTGTTGT 2881 ATAAGCTACTGTAAGAAACTTATCATAAGGAAAAATAGAAAGGAAAACTTGAATCAATACTCATTGATTAAAATGGAATA 2961 AAGAAAGAGCAGCTGCCACTTTTAAACAACATAAAGGAATATCTTTTTTTGTCTCCGTGTAGGAAATCCCATAAGTTCTT 3041 ATATTTGTTCCAGTTCCCATTTCCTGCCATTGACCAGATAACATCATTGACTTTCAAATGACTTTTAGAAGTGATAACTC 3121 TTAATTTCCTAATAGATACTAGATTGTATTGAATTCTGTTTTAATTATTCTCTAGGTAAGTATGTTTTAGGATTAAATAC 3201 CTTTTACAGATACTGAAAGTGCCTCCTTTTGTGGTGTAAAAAACAAATTATGGTGCAAAAAGTAATCACTAGATTGAAAT 3281 ACATGAAGGTTTTTTGCTTTTTGACATACGAAAATGTCAAGAGAAAGGCCAAAGATTTGTACTTTTTCACTTACAAAGCA 3361 CTCCTTTTTCCCTTAAACTTCTTTCTGTCAAATTAGATTTAATGAGAGAGTACTATTTTTAAGGAGCTATCTGTTTATGT 3441 AGAATGATTTTGTTAAGAGTAATGTAAACTATTATTGAGTAGAGGCCTAAAGAGGACTGTGCATTTTTGCTATTTAAAGG 3521 AATCACAAATGATCATACTTAAGTGAGCAAAAATGACAAGTTTTACTAGCTAAGTAGAGAAATAAATCTCAAATGCAGCG 3601 CTACAATTTTCATTATCTTAAGTACATTGTACATTTCTACAGAACCTGTGATTATTCTCGCATGATAAGGATGGTACTTG 3681 CATATGGTGAATTACTACTGTTGACAGTTTCCGCAGAAATCCTATTTCAGTGGACCAACATTGTGGCATGGCAGCAAATG 3761 CCAACATTTTGTGGAATAGCAGCAAATCTACAAGAGACCCTGGTTGGTTTTTCGTTTTGTTTTCTTTGTTTTTTCCCCCT 3841 TCTCCTGAATCAGCAGGGATGGAAGGAGGGTAGGGAAGTTATGAATTACTCCTTCCAGTAGTAGCTCTGAAGTGTCACAT 3921 TTAATATCAGTTTTTTTTAAACATGATTCTAGTTAAATGTAGAAGAGAGAAGAAAGAGGAAGTGTTCACTTTTTTAATAC 4001 ACTGATTTAGAAATTTGATGTCTTATATCAGTAGTTCTGAGGTATTGATAGCTTGCTTTATTTCTGCCTTTACGTTGACA 4081 GTGTTGAAGCAGGGTGAATAACTAGGGCATATATTTTTTTTTTTTTTGTAAGCTGTTTCATGATGTTTTCTTTGGAATTT 4161 CCGGATAAGTTCAGGAAAACATTCTGCATGTTGTATCTAGTCTGATGTACTTATCCATCTCATTACAAACAAAAACACAC 4241 AGACTGCATTTGTAGCTCTGTAATCCTTGAATACGGAAGTAAATTTTCTTCTTTCCTGACTTTGACATTGTAGCTATACT 4321 GTTTCCATTTTTGTTTTTACAAATCCTTTGGGTCTAATTCTGTGAGCCTACCTATAGCACTGGATTAAAATGTCTGCATC 4401 ATTTCTTTAGTTATCCAGTTAACTTTAAAACTGTTGTAAAAGTGTAAACCAGCCCATGACAGGTTTTTGTACATGTTAAA 4481 GAACTTCATTGTTCAGTTTTCATGATTATTGTGTAAGGAAGACTGATGTAGATGTTCTGTGCTGTCCTGGACCATGTTAA 4561 TTACACTTACGACGTATTTTAGTTCCACATCACAATGATTTGTCCCCAGTGACCCTTTTATCCTTTCTAGGCACATTTCT 4641 TGTTGTTGTTGTTGTTGCAGTTCCCCTTTGCATTGTATTGCTTTGACAACTGTAATTTGAATCAGATCTGAAAGAGGTCC 4721 AGAATAAAATATATTTTGATATTATGTTGGCTGTGTACATATATAAAACCTTTGATGTCTATGTAGTTTATATAGACTAT 4801 TTACTAGTCAGGTAAAGAGAGAGGGATGGTATTTCTTGTTTACAGTTTGTTTACATTTTAATTGCTTTTACTTCTCCAGT 4881 GTTCTATTGTAGAATAAACCTTTTTTTCCAAGTTAGCCTTCATAACCTATAACACATTCATTCTCTCCCATACTGGTGTT 4961 ACTGATTAATAACTGCCATCAGAACCCAAACCACTGTTTTTCATAAACGTATTGTTTCCCAAGATATATACTTTAAGCCC 5041 ATAATAAAATTACAAATTTTACTATTTTTATTACTTCTTGCAGGAGATAAGATTTTTTTAAATGAAGGGGTTATTTACTA 5121 TTTTTATTAAAGTATAATAGAGCATCTAATCAGCTAAGGGATTGTAATTTTTAATTCTTTTGAAAAATAAATATTGTATT 5201 TAAAAGACGTTATTTCACAGAAGCTGAAAAAGAGACCTTAGATAACATTTGTTTGGTTAGCCACACGGTTGAGCACAAAA 5281 CAATGTGTAGATGTGTTGAAGATTAGGGCAGGAGGCTCAACTTCTCGGTGACCTTTTTTTGCTTCACAACAAGCCAATTA 5361 TAGTTGAATCATTTTCTCTCTTAGCTAGTTGTTACTACAAACTTTATAAGAAAAACAACTAGACACCTTCTAGTTTTAAT 5441 TAATACCAACTCCTTTAGAGTTAGAGACTTTTTAAAAAGAATCATTGAGCATATTTTCTTTTTTTTTTTTTTAAGAATTT 5521 ACACTCTCTAGGTCTTCTATTTTTCCTGTTTATTTCCTTAAACAGAAATAAATTCAAGCATAGTTTTATGTTTTATTAGA 5601 AATAAGCCACTGCAGTTGCTAGAACTGACATGCTTTCATTTTCAAGGGGTTAACTTTTATTGCATGGCATAGATTATTAG 5681 TAATATCCTGCATTGTATACTTTTCCAAAAAGGGTTGGACTCCTAAGGATTAGAATCCTTATAAGCTTGAGGGAAAGCTG 5761 AAACTAATTTGAACAGTAATAGAAGGGATTATTTTTAATTTCATAGTTAACACTTTACAATGGATTAGATTTATTACCTA 5841 GTATAATCCGTAGCAGATCAGATCAAAGTTTACTGTTTTACCAATATATTCATTTGAAAAAATACAGTGGAGGAAAAGAC 5921 ACTTTAGATGGTAGTTTTATGGTGCTTTTCTCTGCTGTACCAAAGTGCTTTGTCATCAATGAAATGTTAACCCTATGCTA 6001 CTTTTTCTGCATGCTTCTTAAATGTCATCTTAATGCTTAATTGTCCTAACTTGTAATATTTTTGTATTAAATTTTTTTAG 6081 GAGTTCCTTGTAATTTCTTTACAATTTAAAATATATTAAACACAAAGTGTTTAGTAAAGTACAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000430069.1 | 3UTR | CUCCCAGAGCAUAUAUUCAGUUGGUGCAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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91 hsa-miR-5691 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT091162 | TBL1XR1 | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT242227 | TTC9 | tetratricopeptide repeat domain 9 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT246192 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT251553 | DCAF7 | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT387267 | SOX9 | SRY-box 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463486 | ZC3H11A | zinc finger CCCH-type containing 11A | 2 | 12 | ||||||||
MIRT494446 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496478 | ADAMTS17 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501825 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT503072 | C6orf120 | chromosome 6 open reading frame 120 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504755 | TEP1 | telomerase associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505971 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511868 | GOLGA7 | golgin A7 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512900 | UBL4A | ubiquitin like 4A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513048 | LYPD6 | LY6/PLAUR domain containing 6 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT523772 | FAM83D | family with sequence similarity 83 member D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525126 | RPS11 | ribosomal protein S11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525816 | VIMP | selenoprotein S | 2 | 10 | ||||||||
MIRT531222 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531729 | SLC2A9 | solute carrier family 2 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536282 | LIMA1 | LIM domain and actin binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537291 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537724 | ELAVL2 | ELAV like RNA binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547940 | HNRNPA0 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554177 | SLC35E2B | solute carrier family 35 member E2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555015 | RAB2B | RAB2B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576717 | Wars | tryptophanyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607484 | HEBP2 | heme binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610786 | KLK2 | kallikrein related peptidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611491 | ZNF440 | zinc finger protein 440 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613986 | DBT | dihydrolipoamide branched chain transacylase E2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615782 | KIAA0319L | KIAA0319 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620563 | WBSCR27 | methyltransferase like 27 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT624157 | DGKE | diacylglycerol kinase epsilon | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626088 | MKLN1 | muskelin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629481 | GSN | gelsolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636645 | CDK4 | cyclin dependent kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638074 | HS3ST1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638442 | PLXDC2 | plexin domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641025 | KLHL7 | kelch like family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641539 | MOCOS | molybdenum cofactor sulfurase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643004 | ZNF829 | zinc finger protein 829 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643092 | NDUFB5 | NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644979 | IL2RA | interleukin 2 receptor subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645912 | PLXNA3 | plexin A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646605 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648033 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657491 | HBEGF | heparin binding EGF like growth factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658381 | FAM26E | calcium homeostasis modulator family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659695 | CD200 | CD200 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661276 | TEX9 | testis expressed 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661348 | DYRK4 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662948 | JPH2 | junctophilin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663225 | PPY | pancreatic polypeptide | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663280 | SPN | sialophorin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663335 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664344 | C16orf45 | chromosome 16 open reading frame 45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664855 | TBRG4 | transforming growth factor beta regulator 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665484 | VPS53 | VPS53, GARP complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666428 | SH2B3 | SH2B adaptor protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668162 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670170 | CCDC142 | coiled-coil domain containing 142 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671277 | MTO1 | mitochondrial tRNA translation optimization 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672284 | GP2 | glycoprotein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672435 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672646 | SLC25A16 | solute carrier family 25 member 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT672760 | UBE2V2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672834 | AKR7L | aldo-keto reductase family 7 like (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672841 | ICOSLG | inducible T-cell costimulator ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673080 | AK1 | adenylate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673148 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673323 | THAP1 | THAP domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673893 | DCTN6 | dynactin subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674182 | PLEKHM3 | pleckstrin homology domain containing M3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674607 | RBBP4 | RB binding protein 4, chromatin remodeling factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674740 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675140 | MOGAT1 | monoacylglycerol O-acyltransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT675194 | NKPD1 | NTPase KAP family P-loop domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675886 | SNAP29 | synaptosome associated protein 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679163 | PSMB2 | proteasome subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT680337 | ZNF281 | zinc finger protein 281 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706699 | GPR155 | G protein-coupled receptor 155 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706911 | THAP6 | THAP domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707880 | SLC45A4 | solute carrier family 45 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709097 | SEPT4 | septin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709408 | FBXL20 | F-box and leucine rich repeat protein 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710845 | FAM210A | family with sequence similarity 210 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711358 | VPS8 | VPS8, CORVET complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718590 | SCD5 | stearoyl-CoA desaturase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723649 | RPTN | repetin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724208 | NUP205 | nucleoporin 205 | 2 | 2 |