pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-511 |
Genomic Coordinates | chr10: 17845107 - 17845193 |
Description | Homo sapiens miR-511 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-511-3p | |||||||||||||||
Sequence | 54| AAUGUGUAGCAAAAGACAGA |73 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PCGF3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DONG1, RNF3, RNF3A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | polycomb group ring finger 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_006315 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PCGF3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PCGF3 (miRNA target sites are highlighted) |
>PCGF3|NM_006315|3'UTR 1 ATGGTGCCACACAGCGCCCACAGACTGGGCCCTCGCACCCTTGGGTGCTCCCGGCCGCCGCGCTTAAGAACATTGCCTCT 81 GGGTGTCATGTGGACCAGACTTCTGAATAGAGAATATTTATAACTTTTGTATGAGAGAGAATTCACACTCAACAAGACAC 161 TACCAGCACCACGTTTACAGAGGATGAAAACACTTCACAGTCTCCCAGAGCCGATCGTCCTCTCCCCCGCCCCACCCCGT 241 GCTTCAGCCTTGCAGGGAGAGTGATGCTCCAGGCAACACGGTTCTGAGTCACCTTCTGACACGAGCTCCCTCTGCTTGCT 321 TTCCAGGTCTTGAAAATCTGAATTCACTTCAGTTTAGTTTATGAATTTTAGGTTTCATGATAAGCCTCAAGTGTAGTTGG 401 ACTTTTATTGAATCCTTCCTAAGTTATTGAAAAAATGTCTTTTCATGGTGAATGACAATATTTATGTTGCCTTTAGCTTC 481 TTGAAGATTTAGAAGTTATATAAAAAATTAATTTAAAAGCAAACCAAAAGAGGTTTCCATTAACATTATGATTTAACCAT 561 TGTATTTAATTTCCCACCTTATGAAACACAACAGCAGCTCCCTGACTGGTTCGCCTTTCATTGTGTGAGGTCGGCACTTG 641 GACTCACTCAGAACTGTCGCTCACCTGTGGCTGACACACCCAGCCCTGGAAACGGGGCCCCAGACGCCACGTCGGGATTT 721 CTGACATGCTCAGCAGGTAGACCAGAGGCCGTGTGACCAGCTCAGTGCTGGTTTACGGAACAACTCTTACTTTTAAAAAT 801 TACTTGTTCCCCCAAATTGTTGAGTGCCGCCGTTTGGTTTCCTATGTTTTCTTTCCCTGTTTTGATTTTGCTGAAGGGAG 881 AGGTGGTGGTGGTTAGGATCAGAGCTCTCCTGGCATCCGTGGGGAGGATTTGCTGGTGGTGGCTTCGGGCTCATGCCCAG 961 ACACACTCACTGCCCCGTCTGTCCAAGGCCTCCCCTTCCCCTTTGCTGGTGGGAGGAGCTCGTGTGCTCCTTGGCCGCTT 1041 ACTGGAAGGGCGTTTTTCAGAGCTGCAGGGACAGGGTGAGCAGCTGAAGGGCTAGGAGGGAAGCCGGCCCCCGCTCTGCA 1121 GAAGCTGCATTTCAGCTGAATCTGTGTTTCAGCCTCAGTTGGTTGCACCGTTAGCCCCTCTCCTCCCGGATGGTCATGTT 1201 TTTGTCACATTAGAGAATAAACAGCCACACACACATTTTTTTTTTTCCTTTAAAACAGTAACTTGGAAATATGAAAAGGC 1281 CAGAAGGAGGAGCAAGGGCTGTTTTCTGGAGTGGTTGAGGTGTTGTCCTGCAGTTGTCATTGTCTTCTCCACCGGGCTGT 1361 TCCCATTTATTTCCTGTGGAACTGAATCCCTCCTCCCTCCACTCCTTGGGAGCCCAGGTGGTCCTTGGCCACCATTCAGG 1441 CTTTCCAAGAAGCCAACCACCTTGGAGATTTTTTTTCTTGAATTTCGCTGTTTTCTTCTGCTTCCTTTAGATAAAAAGCA 1521 GCTCAAGAGACCTTATCTTAGGGATGAGAAAAACATGCATATTAATTCCATCTGAGTGATTGTCAGTGTAAGGCCTTTTA 1601 AAACAAAAGCAAGTTCTTTGTTAGGAATTGGTCAAAATTCATCTCTTTCTTTAAGCCCATCAACTCCCAGGACGGTTTGA 1681 GTTACTCAGTTACCTAAGCTTGCTATTCATCCAAATCATTTTCTAGAGTCACTGTATAAGGGTCTATGAGTAGCTGTGTA 1761 TGAATAAATATTACCTGTCTACCTCAAAATACACATACTGCTGAAGCATTCTGTACAACCGTGTGTTATCACAGTGCAGT 1841 TTTAAGTGTAACGTTAGAACTTAGGCATTTTCCTGTGTGGCGGAATAAGAAAGGATTAAACAGTTACAAGCCTCCAAATT 1921 CAAATAAAATTAAATCACAGTTCAGATGAAACTGAATATCATTGTAATAATCTCATAATATATATTTGTAACTTTGTAGC 2001 TATCTTTGAAATCACTTGACTTTGCAATGGTGCTAAGCTGATAGATTTAAATACACAGACGGGCGAGTGGCGCCCGTGTC 2081 GATGTCTTCAGCCAGTGGTGACCCTGCTTTTGTAACCGCGTTAACCTGACAAAACCTCAGCAGCAGAAGTCCCTATTTTT 2161 CTAGGAGTTCATCGTGCAGACAGTCTTCACTACAGGACTCGGCCCTGGGGCCTCTGCCTCTCGTCTGACCTTGCAGCCTT 2241 AGTCGTTGGAGGCTGGAGCGCAATGGCCCTGCCGTCTGTGGAGCCTCTGGGCGGCCTTCTTTCCTTTCTGTCAACCTCTC 2321 ATTTCACAGAAAAAGGCTGAATTTCATTTTTTCCAGCATGAAAGCCAGGATCGGTTAGTGGTTGGATTCTATTGGTTTTT 2401 TTTTTTTAAACAGATGGAGTTACTGTGAAGAAGTTTTCACAACTATTTATGCTGGTAAAACAAATGCTGTTAAATCACCT 2481 TATGCGTCGTTTTCAACAGCAGTGGGGCTAATTACCCGGAATACGGTCTCACCGATGCAGTTTTCATGGACATAGAAAAT 2561 TCAAATAGAATATATAATATTGAATTTAAGATTTGGGGGGTTAAAAAAGAAAACTTAACTTTATAAAATTATTTATTCTA 2641 TTTTAAGCCTTCTATCATATTTTCCCATCCAATTGTTTGGTTTCAGTGGTCCAGCTTTATTTACAGGCATATAAAATGAA 2721 ATTGTGAGATGTTTTGCAAGCTTCTTTTTACTTTGAGTAGCTTTTAATTTGTATGTTTTTATGTGGATGAAGAGCATTTT 2801 TTATGCTTTTGTGCAATAGGTTCCAATATGCATTTATTAGACATCTGTTTAAATGGTAATGTAGCATTTATTTTGCTAAA 2881 TTGAAAGGGAACATAGATGGAATTCCAAAATATGTACATTCAGCTGTTTGGTTTTTCGTTTTTCATTGTTATTATTGTGA 2961 GAATGCTGTTATTGGGGTTGTGTGTGAGTGCCCGTCAGCCAGTGATGCCTCGGGCCACGCTGTGGGGCCACCTCAGTCCT 3041 GCCTGGGTCCTGGTGCCTTGGACCCCACGTGCTTGTGGCCAGGCTGCCCCTGGGCAGGGCCATGTGGCCTCAGACCACAA 3121 GAGCGGAGCTGCCCTGGCCCAAGCACTGCAGCTGCCTGCACCCCCGGGCTTCGCAGCCTTGCTTGTTTTCTCTGAACAGC 3201 AACAGAACAGTGTTCACAGCGATTCAAAGGGTGGCATTGGGTTGGACGTTCTGGGTACAAGCCAACCTAGTCCCACGTTG 3281 TACGTGAATGTTTAATGTGCTCTCAAAACATGGAAAATAAGTTTAGTGCACATAGCTAAATCACAAAACATCCAATTTCT 3361 CTGTTTCCTCAGGAAGTCATTACTGCGCCACCACATCACATGACCTTAACATGATCAATGTATTTCTCTGCCTTGACATT 3441 TAAATACATAAATTGAGATAAGTAGATTAGAAAATCATTCAAATGATACCATAATTTGTACGGGACAGGGTGCGGGCAAT 3521 GGCCACGTGGCCAAGGCCCTGCAGGAACGCGCCGAGGTCTCCCTCACCCTCCAGGTGTCCTTCGCACCCAACAGTGCGTC 3601 TGAGGAACGAGCTGCAGTTTGAGCGTTCCCCTGAGATGTGCGTAGCCTCCGTGTAAATGTCCACTCCCATGGCTTAATTG 3681 CCTATCAGACGCATTTTCCCAGACGAAAGCAATGTTGGGTTGGGGAAGACAGTGCAGCCACCCAGCCTTTACCAGCAGCG 3761 TACGGCAGACGAAGGCAGTCGAGGTGTGGAGGTGATCACGAAGATACATGTGTTTGACTGTTTAATTTGAAAGTTTACAT 3841 TTTTTATGCTTTGTGTTGGTGTGTAATTTTTGTACTCTTGGTGGCTAGTTTTTGTCAAATCTTTTTTGGAATATTGCTTA 3921 AATGTTTTGATTTTATGATAGTGAAGCTTGTATTCAGTGTTTTGCCAATTAATATTATATGCTTGTAATAAAAGCAAAAG 4001 AAAAGCTTAAGTGAAAGTGTTTCTGGCTGGAAATGTATTACATAAATCATTTGTATGAGCATGAGAGATGACTTGCTCAT 4081 GGGATGAGCAATGCTGTGGGTATTGGATGGACCACTCAGGCAGCCTGGCCGCACACACACACATGCATGCTACATATGTG 4161 TACGCTCAGACCACATGCCTGCACATATGTCCACACACCAGCCCACGGCTCCCTTCCTCACCCCAGCCCTCCCCACTCCC 4241 AGGTTAACCAATGTCTCGATTTGCTTCAGGCGGCATTTGTAAACTGTCACCCTGCTTGCAAACCCTCATTTAAATTGGTC 4321 CAGCATTTGCTACCAGAGTTTAGGCCACAAACTTTGTAAAGCTCAGTTTGTCTCCTTGCAGAAAGAGGTTGCTGCAGTTT 4401 GGAGCTGGTTATGCCAAGGAAAATACGGCTAAAAAAGAACTTACTGATTCCCATAGGTGTGTCAACTGACAAATGAATGT 4481 TCCATCTCCCTACGACAATTTGCTGCCCCTCCCCAAAAAAAGCACTATGGCCAAAATTTCAGTTTTTAAAGGTTAAGTAA 4561 AATACAACAATTCTGAAACTCTTAAGAGAACCAGAATTGGAAGGAAAGGAGAATGGCCAAAATTATATTCTCACAACCTA 4641 AAGCAGTAAACTTTAAAAATAGGTTCAGTCTTAGACTTGACTTAATTGACTTAGGCTGGGCATAGTGGCTCACACCTGTA 4721 ATTCCAGCACCGTAGGAGGCCAAGGCAGGCTGATCATCTGAAGTCGGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCTAACATGGTGAAA 4801 TCCCGTCTCTACTAAAAAATATAAAAATTAGCCGGGTGTGGTGGCAGGGGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAA 4881 GCAGGCGAATCGCTGGAACAC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000362003.5 | 3UTR | AAUAAAUAUUACCUGUCUACCUCAAAAUACAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000362003.5 | 3UTR | AAUAAAUAUUACCUGUCUACCUCAAAAUACACAUACUGCUGAAGCAUUCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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239 hsa-miR-511-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT068303 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT072025 | SCP2 | sterol carrier protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT073626 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT080574 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT094167 | PCGF3 | polycomb group ring finger 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT096536 | LIFR | LIF receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT156224 |