pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-548c |
Genomic Coordinates | chr12: 64622509 - 64622605 |
Description | Homo sapiens miR-548c stem-loop |
Comment | Extensive cloning studies suggest that the 5' miRNA may be the predominant one . |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-548c-3p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 61| CAAAAAUCUCAAUUACUUUUGC |82 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | SAGE | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | NFIB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CTF, HMGIC/NFIB, NF-I/B, NF1-B, NFI-B, NFI-RED, NFIB2, NFIB3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | nuclear factor I B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001190737 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001190738 , NM_005596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on NFIB | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of NFIB (miRNA target sites are highlighted) |
>NFIB|NM_001190737|3'UTR 1 CTTGGTTCCTTTCCAAGTGTCAAATAGGACACCCATCTTACCGGCCAATGTCCAAAATTACGGTTTGAACATAATTGGAG 81 AACCTTTCCTTCAAGCAGAAACAAGCAACTGAGGGAAAAAGAAACACAACAATAGTTTAAGAAATTTTTTTTTTAAATAA 161 AAAAAAAGGAAAAGAGGAAGACTGGACAAAACAACACAAAGGCAGAAAGGAAAGAAACTGAAGAAAGAAGATAATAGACC 241 AGCAATTGCAGCACTTACAATCACTAATTCCCTTAAGGTTGAAACTGTAATGACATAAAAAGGGTCGATGATATTTCACT 321 GATGGTAGATCGCAGCCCCTGCAACGTAGCCTTTGTTACATGAAGTCCGCTGGGAAATAGATGTTCTGTCTCTATGACAA 401 TATATTTTAACTGACTTTCTAGATGCCTTAATATTTGCATGATAAGCTAGTTTTATTGGTTTAGTATTCTTGTTGTTTAC 481 GCATGGAATCACTATTCCTGGTTATCTCACCAACGAAGGCTAGGAGGCGGCGTCAGAGGTGCTGGGTGACAGAGCCATGA 561 GCCAGCCATTTTATAAGCACTCTGATTTCTAAAAGTTAAAAAAAATATATGAAATCTCTGTAGCCTTTAGTTATCAGTAC 641 AGATTTATTAAATTTCGGCCCTTAACCCAGCCTTTTCCAGTGTGTAACCCAGTTTGAAATCTTAAAAAAAGAAAAAATGA 721 AAAAAAAAGGAAAAAAAGAAAAAAGGAAAAAAACAGTTTGAACACAAAGGCTCTATGGAAGAAATGCCTCTATGTAGGTG 801 AAGTGTTCTCTCTGCATGCAACAGTAAAAATTAATATAATATTTTCCCCACAAAAGAAACACTTAACAGAGGCAAGTGCA 881 ATTTATAAATTTATATCTAAAGGGGAATCATGATTATAAGTCCTTCAGCCCTTGGACTCTAAATTGAGGGGATTAAAAAG 961 AATTTAAAATAATTTTGAACGAATTTATTTTCCCCTCAGTTTTTGAGGGCATTAAAAAGGCATTAAATCAAGACAAATCA 1041 TGTGCTTGAGAAAAATAAAATTAATGAAAACACAGCACTTATGTTGGTTTAGCTGCAGCCTCCTTGGAGGTAGAATTTAT 1121 TTATTTAAAATTACTGGTTGCATCAAGAACCCATAGGGTGTACAAAAGGTTCTATAAAATCTGCATTATAGAGACAAAGA 1201 GGCAGGCAAATCCATGTCACAAGGGTAAAGCTTACAGTTTACAAACTGGGAACGCCAGGGTGTAGGATATAAAAACGCAC 1281 TCTTGAGAAAACAAATGTAATCAGGGTGCTGAAAACTTGCATGGTGCTTTCAGACATTAGCCTTGTTCAACAAATTTCTT 1361 GTATTGACAGATCCATAGTGTGCATGGGCAGACACATTTTGCCTCTATGTCTCTTAAAATTTTAATTAAAAATACTCTTT 1441 CCAGTAATCCTAATTTGCACGAAGATATAATGTCCACATTACGTGCCTTGCCTTGAAATCTAAAAAACAAAAAACAAAAA 1521 AAAAAAAACAAAAAAATACAACAAAGTGACATCACTACACTTGTTTTGCTGCATTTATTATCATTTTAAATCTTTACCAT 1601 TTTTATGACAAAATATTTTGTACTCCAGACGAAGAAAAATGTGTGACATCATGGATTTTTTAGACAGTTATACCTTTATC 1681 TCACATTTATAAAGCATATCATGGCTGTGTATAGTTGCCGCTTAAAAATTGTAATCGACCAGCAATATTTTCAGTATTTT 1761 GGTGTTTTTTTCTATTAACCTTTCATGTTTTTCATCTTCCAATTAATATTTGGGGGGGAGGGGTTTCAAATTTATACGAA 1841 TTATGCAATACCAAGTTTTGCCTATGTAGGTAGTGCTTTTAGCTGTATTGGTTATTATAGGTAAGTACACAGATTTAAAA 1921 AAAAAATAATGTATGCTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTAATTGACCAAAGTGGGTACTGCTATTTTTGCAGTGTGATGA 2001 GGTCCTTTTGTGTACTGAGAGATGGACAGGGGATTTTTTTTAATATACATATATATATATTCTGGGGTGGGTGGGAGGAT 2081 TTTTAACACTTTGCAGTGTAGCTGTGAAGCAGTGCACCCTGAGATGGGCCTGGGCTGCAAAGCGACTGTTCTGCCTACTG 2161 TGACAAACTTCAACTTACACAGGTTCCCCTCTCTAACTTCCCACCTGGGTTGCAAGCTGAACTCATTACTGGTTTTCATA 2241 ACAACACAATAGTAAGAACAAGCAAACACAACAAATTCTCCTGGAGGCAGACTTGGCTTAAAAAGGCAGACTTGGCTTGG 2321 TGATAGTTTTTCTTGAAAGTTCCAGATCCACAGTGGAGAGTGAGCCTGTCTCATATTTGGCAAAAATATTTGTTGAAATG 2401 TCCACATAGGGGATGTTGGATGTTTAACACTTTTGAGAGTTTAACACATGAATATTCTTTCTCCTAGAAAACACATTAGA 2481 CCTGTTGGAGGGAGTCTCCCGTATTCCTTTTCTGCCACTTTTCGTCCCCATTTCATTTCATTAATGATAGGATATGATTT 2561 ACCTGTGACTTACTACTTCAAATGGATGGCAGTGCACTTGGATTTTTTTTTAATATCCAGAAGATTGAACAGAGGGTTGC 2641 TATTGTTGAATGTATTTGGACTGATAGATTAAAATCAAAGTTCAATTTTTAAGGAACAAAAAAGTAAATCCTGTTTTCAT 2721 TTTATCTCCCCTTTTAAAACTGAGAACCAGAGCAGAAGGGAAATATAGAATTTTAAGCAATTAATCTTCCTGTGGATGAA 2801 TTAAACCCATTAGATGCTGATGGGATTTTTTTAAGGAATGGTACCTTAACTATATATTTGATTTCGTTTCCCCTGAGGGC 2881 TAGAGGCTGAATGGAGGCTGGTTTTATTTTGCCTTTCCCTCACCGCCCAGTCCCATTGAGTGTATTCATTACTAGAAGGA 2961 AAATCTTTCAGAATTGGTGACACATGGTAGGCTGTCTTAAGGAGTCCCCTGGCCCCCTTCCCCTAGGCCATGGCCTAATA 3041 AAATAAACTGTCAATTGTTCTCACAGCATATCATTTAATAATGAATACTTTAGAACAATGCTTATGGGCTGGAGAATTGT 3121 ATTTGATTAGCCCATTCAGTTTGATAGCCCAAATGCTGAACAGCACAGCGGGATCCTAGCAGTGCAAGTTCAAAAGTAAG 3201 TCCAATCATTTCTGTGATACTCGCCCTGGTAGCAAACAGATCATCTCAGCCAAGCTCTTCATGTATCTTTGACCTATTAG 3281 GTGAACAAATGAACCTCACAGGACACACAGTATTTTTTAAAGGCAGACTCGCTCTCTTTTTTGCCAGTGAGCAGTTCTAG 3361 CTAACCAAGTTACACACTGTGGGTATTCCTGCCTGCCTCTTGAATACAAAGGCCTAGTTCAAGTGTTGCTTTTTTTATTT 3441 CAAATCAATTTTTTCTTCTTTCCTTTTTGAGATAAAACTATTAAAAGTACTACTATATATATAAAATCTCAAATCAACTT 3521 TTCGGCCTCCTCCTCGTGTACCAGGAAGTATATTCTGACGAAGGGCCCCACTTTTGCAGGTCTTGCACGCCCCTCCCTTA 3601 CCCAGAACTGCAGAGCTTCAGGATGGCGAAGGTCACCCAAGGGCATGAGTAGGGAGTGGTGTCTCCAACCATCAGTTCCG 3681 TGGCACTGTTCAGCCTTTGTGTGCTGCCCTGCCACCCACCACTCACAGTGCCTCTGAAGCGTGTTACCCCTGGAGTGACG 3761 TGAGCATTTGAGGCTTGTCTAAGGAAAAAAATAAAAGGCAGTGAAGGAGACTGTACATAAAGACATGGCAAAAATCTTAA 3841 TTATAGCAATATAGTTATCGGGTAATGTTCGGGTGGGCAGCTCCATTAAAAAATATGTGAATGAATCTGTGAAGCTGCAA 3921 GTAGCGAGAAGAGCGAAAGGTCTTCTTAATGAACCGCCTACCTTGTAGACAGTAATTTGTACACTGTATAGTTTTGTTAA 4001 GAATTTTTTTTAAATTAAAATTCCCATGTTTGTAAAGCTAACTTTTTAACAATTATAATGGAACTATATGTTGTTTCCAT 4081 TTTTAAAGTAAACAAGAATATTCCTTGTTTAGAGACTGGACTTGAGTTAAAACTCTCCAGTCTCTTAAGTTATGTATTAA 4161 AAAGAAAATCTGTCCATGTTAGGAGTTATTTCACAGATTCCTGTGCTTGAAAAGCATAGGATACTAATCCTTTAAAAAAG 4241 TGTAAATGGAGAAAAGTTATATTTTATGAAGGTTATTTTGTTGTATTTAGTATTGGAAAAGTTGGTTTCCAGAGCATTTC 4321 AGAATGTCGAAGCACCACTGTCTTTTTATTAGTATATACGGCCTTTAGCAAAAGTTTTTGTGATTGTTACGTGATGGTAT 4401 TTAAGGTTAAGTTTCACAGAGCATTCAGGATAGGCAGAAAACTAAAACAGTGCTATGTCTCACATAACGTGTCCTCAGGG 4481 AGCAGAATCTTGGATTTGTGACTTGTAGCTTCATAAGGACTCAACGAAAGAGATTGCACAGGGACATCTTCAGCGGTGTG 4561 ACAGCAGGACATGTTCTTTACCTAGATTCAAATTCTATGTACTGTGTGAAATGATGAAGGCTGCAGAAAGTTATCCCATA 4641 TTCAGTGTACAGTATTCATTTTTAATGAAACAACTCTACAATATTGCTGGCAGATAGGCCCCAAGCATGACATTCAATAT 4721 AGTTTACATGTTCCTGTCAAGGTCTTTTGTTAACATTAACCAGCTGCATGCTTTCTGGACTTTAAGAAATTGGGTTTCTA 4801 TAGAAAACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGTGCAGGCTATTCAAGTTCAATAGTAAAAGCTCAAAAATGAATGTTCT 4881 ACTCCATGCTGAAGGAGCTGAAAGCTGCCTTCTTCATATTTTGCACTTTCTGGTAGTTCCCCTGTTTTTTCTAATTCCCT 4961 AAAATTGTGTGGGTGGAGTGGAGCCCTGCAGTTGGGGGGTAACATGGACCACTGATTTTGCCCTTTGACCCTGCACAATG 5041 ACCTTTGCATCAGCCAAACTCATTGCCATGACAACTCTTTGTACTGTGTCCGTGCCACAGATCTGTTGGTCACATTGTTA 5121 ATAGTAAAGGGGACAAGTTGGAGACGGTCAATTTTTACATTTTTTGTTGCAATTTTTTCTTCAATGGTTGTAAGTAGTTT 5201 TTTTTTTTTTTTAATAATAAAAGGGTTCACTAGTTAATACTCTAGAAATATCTGTGTGTTGCAATTCAAATGTATGTTGA 5281 GATTGTGAAAAGCGCTTCAGTGCCACTAGCTTACCGGTACACTAGACTAAGCCCTTGATGACTTATTGCATGATACAGTA 5361 CCAGGAACAACAGGTGGCCTAAATACATGAAAAGCAGTGTAAGCTAGTGACACTAAAGCCAGTCTTGTATTACTGTATTT 5441 TTGACAGAATGGTTTTGAAAACTGTGCTACAGGGACTGATGTGGCAAATATATCTCTTTATGCAGAAGGAAGTCTTTTTT 5521 TTTCTTTTTTTTTTTTTTAAGAAGTATGGCTTTTTATGCATCCTTCATCGAGGGCATTGAAGTTGCATGGACTGATAAAA 5601 GTTGATGCAAAACAAGAAAGAAACAAACAAAAAAAAAAAACCAGCAAAATGTTTACCAAAAAACTCAAACAAATGAGCAG 5681 TGCCTGTTCAATTTCACAGTCTCTGTTGAGTTCAGTTGTAAATATGTTTCAAATGACATTTTCTTGGGAAAAAAAATCTC 5761 TACAACATTGTAGAATGTGAGGGGTAACTACATCCCAGGCATAGGTTTCTCAAAGCTGCAGTAGATTATGTCTTCATCAA 5841 GCTGTTAATTTGTGCTTATATCATATAGAACTTTTAGCATCCTGGGAAGAGCTGCCCCCACCTCAATGATATTTCTCTGA 5921 GAACAACTTTTGTAGGACTGTGTGTTTCTTTAGATACATTTAGTACAACTGTAGGTGACGAGTAGTCAGTTATTGCTTGC 6001 TAGCTACACACCAGGGTTGATCCATTTTAAAACTTTTGGCATTTTGTCCTCATGGGCCATAAATACAGAACCTTGTATTT 6081 TAATTAAATTTTTTTACAAAAGGAGGCACATGCACAATCTCCATGTAACAAACCTTTAGCAGTAGGATGTATTATACGAC 6161 AGTTACTTAATTTCTAGAGTTCAGGCCTCTGGGATCAACCCCAGACTGGGCCAGAATGTTAGTGAAGGTTTTATTGTGCC 6241 CGGTTGGAGGATAACGTTCTTTGGGTACTTTTTGTGGGTTGCAAATGAACTCAATTGCCACAAGTTTTAAACTGGTGTAA 6321 ATCAAGCTTGACTTAATGTGATTGTTACTGTTATATCCAGCCTATACTGCTAGCAGCTGCTCATACTGCAGTCAATTACT 6401 GGAAGCGGATATATTTCCTATGCAAAAACTGTTTAAACAATAAAATGAGCTATGCTACAGACTCTGAAAAAAAAAAAAAA 6481 AAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000397575.3 | 3UTR | AUUUUUUUUAAUAUACAUAUAUAUAUAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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459 hsa-miR-548c-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT055126 | SCD | stearoyl-CoA desaturase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT055360 | PDCD4 | programmed cell death 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT057340 | PANK1 | pantothenate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT058532 | PRDM10 | PR/SET domain 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT064700 | CCND2 | cyclin D2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT068070 | SPATA13 | spermatogenesis associated 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT069438 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT070546 | EXOC5 | exocyst complex component 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT070866 | EIF2S1 | eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT071492 | CALM1 | calmodulin 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT077694 | ZNF652 | zinc finger protein 652 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT078290 | RPS6KB1 | ribosomal protein S6 kinase B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT080233 | SMAD4 | SMAD family member 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT080612 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT081130 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT083622 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT088674 | EML4 | echinoderm microtubule associated protein like 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT089617 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT091138 | TBL1XR1 | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT091699 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT093590 | SPCS3 | signal peptidase complex subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT096243 | CANX | calnexin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT099747 | SOX4 | SRY-box 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT101977 | EPHA7 | EPH receptor A7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT102959 | EN2 | engrailed homeobox 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT107464 | NFIB | nuclear factor I B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT107876 | FXN | frataxin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT110174 | ZNF711 | zinc finger protein 711 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT115410 | UNKL | unkempt family like zinc finger | 2 | 4 | ||||||||
MIRT121611 | LMNB1 | lamin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT130394 | PTPRJ | protein tyrosine phosphatase, receptor type J | 2 | 2 | ||||||||
MIRT134673 | PNRC2 | proline rich nuclear receptor coactivator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT142311 | RBBP6 | RB binding protein 6, ubiquitin ligase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT165349 | AFF4 | AF4/FMR2 family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT165649 | DCTN4 | dynactin subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT166971 | FCHO2 | FCH domain only 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT176163 | PGK1 | phosphoglycerate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT181740 | UHMK1 | U2AF homology motif kinase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT186876 | CCNT1 | cyclin T1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT187285 | DAZAP2 | DAZ associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188824 | TMTC3 | transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT196761 | CRLF3 | cytokine receptor like factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT200994 | ZNF805 | zinc finger protein 805 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT203681 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT206304 | PPP1CB | protein phosphatase 1 catalytic subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT208377 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT211083 | C4ORF32 | family with sequence similarity 241 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT211231 | FGF2 | fibroblast growth factor 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT212651 | SH3BP2 | SH3 domain binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT217310 | FOXO3 | forkhead box O3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT218910 | GLO1 | glyoxalase I | 2 | 4 | ||||||||
MIRT223962 | TRPS1 | transcriptional repressor GATA binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT242382 | TMC5 | transmembrane channel like 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT262836 | CCDC6 | coiled-coil domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT264533 | TARDBP | TAR DNA binding protein | 2 | 6 | ||||||||
MIRT273412 | SLC11A2 | solute carrier family 11 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT274711 | CPSF6 | cleavage and polyadenylation specific factor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT275277 | NUDT4 | nudix hydrolase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT298516 | SPOPL | speckle type BTB/POZ protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT298567 | BRWD1 | bromodomain and WD repeat domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT302422 | CLIP4 | CAP-Gly domain containing linker protein family member 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT320613 | ZNRF2 | zinc and ring finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT320791 | PURB | purine rich element binding protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT322922 | LYN | LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT340714 | MZT1 | mitotic spindle organizing protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT347234 | GATAD2A | GATA zinc finger domain containing 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT348559 | KDELR1 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT354233 | STARD7 | StAR related lipid transfer domain containing 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT354310 | PCNP | PEST proteolytic signal containing nuclear protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT358523 | HNRNPAB | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A/B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT362352 | HNRNPA2B1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2/B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT363825 | GOLGA7 | golgin A7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT367234 | RPL5 | ribosomal protein L5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT368206 | ADIPOR2 | adiponectin receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT372013 | IGF2BP3 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT374304 | ZBTB39 | zinc finger and BTB domain containing 39 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT377387 | TMCC1 | transmembrane and coiled-coil domain family 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT379837 | USP6NL | USP6 N-terminal like | 2 | 8 | ||||||||
MIRT392413 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT395591 | BMPR2 | bone morphogenetic protein receptor type 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT400810 | CPEB2 | cytoplasmic polyadenylation element binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT401743 | HLA-DRA | major histocompatibility complex, class II, DR alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT408462 | MTX3 | metaxin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441521 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442173 | AZF1 | azoospermia factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443086 | ABLIM1 | actin binding LIM protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443391 | CHML | CHM like, Rab escort protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443459 | ANP32B | acidic nuclear phosphoprotein 32 family member B | 2 | 6 | ||||||||
MIRT443653 | MRAS | muscle RAS oncogene homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443718 | LLPH | LLP homolog, long-term synaptic facilitation | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443963 | S1PR2 | sphingosine-1-phosphate receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444249 | CTNND1 | catenin delta 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444795 | TMEM251 | transmembrane protein 251 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444943 | HLA-DQB2 | major histocompatibility complex, class II, DQ beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445180 | ORMDL1 | ORMDL sphingolipid biosynthesis regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445334 | CWC27 | CWC27 spliceosome associated protein homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445707 | OGT | O-linked N-acetylglucosamine (GlcNAc) transferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446048 | TPR | translocated promoter region, nuclear basket protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446091 | ENAH | ENAH, actin regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446236 | FZD6 | frizzled class receptor 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT446543 | GOLGA8B | golgin A8 family member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446592 | FBXO40 | F-box protein 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446741 | MYEF2 | myelin expression factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446775 | ATAD5 | ATPase family, AAA domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447451 | ADM | adrenomedullin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447801 | EPC2 | enhancer of polycomb homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448179 | IL1RAP | interleukin 1 receptor accessory protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT448773 | GOLGA8A | golgin A8 family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449473 | HAT1 | histone acetyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449635 | ELAVL4 | ELAV like RNA binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450237 | CDKN2AIP | CDKN2A interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450379 | TMPRSS15 | transmembrane protease, serine 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450506 | ALPK3 | alpha kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451500 | FOPNL | FGFR1OP N-terminal like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452105 | NUCB2 | nucleobindin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456851 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463263 | ZIC5 | Zic family member 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT463348 | ZFHX3 | zinc finger homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464778 | UBE2G1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 G1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467594 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT468223 | SGK1 | serum/glucocorticoid regulated kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468469 | SET | SET nuclear proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT469368 | REST | RE1 silencing transcription factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT470526 | PPP1CC | protein phosphatase 1 catalytic subunit gamma | 2 | 4 | ||||||||
MIRT472908 | MT1E | metallothionein 1E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473336 | METTL21A | methyltransferase like 21A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476666 | FXR1 | FMR1 autosomal homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477145 | FAM102B | family with sequence similarity 102 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478928 | CPNE3 | copine 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479047 | COIL | coilin | 2 | 8 | ||||||||
MIRT481917 | ANKRD40 | ankyrin repeat domain 40 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT483700 | BICD2 | BICD cargo adaptor 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT483889 | TGIF1 | TGFB induced factor homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484733 | SF3A1 | splicing factor 3a subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485053 | THBS1 | thrombospondin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485497 | HMGN2 | high mobility group nucleosomal binding domain 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485747 | CALCR | calcitonin receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT486125 | MT2A | metallothionein 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494099 | DPY19L1 | dpy-19 like C-mannosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494103 | DNAJB9 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B9 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT499091 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT501109 | SLC5A6 | solute carrier family 5 member 6 |