pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4749 |
Genomic Coordinates | chr19: 49854591 - 49854651 |
Description | Homo sapiens miR-4749 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4749-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 42| CGCCCCUCCUGCCCCCACAG |61 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | OTUD3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | DUBA4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | OTU deubiquitinase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on OTUD3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of OTUD3 (miRNA target sites are highlighted) |
>OTUD3|NM_015207|3'UTR 1 CTCTTTGGCCTCTTGGGAGTTGTAAGAAGCGGCTGGAAAAGGATTGCTGTGTGCTAGACTTTCCAGTGAGGCCGTCCTTT 81 TATAAAACGCAACACAACCAACGAAGCCCACACATGAGCTCACACACTGAGTTAGTTTCGTTCAAGCTGCCTCTTTTTTT 161 GTTCGAAGTTTTATTAGTGATATGTTGGTGTTTTATGAAAATGCAGTGAGGCCATTCATATTCTGTAATACAAAATTAAA 241 ATACTGAGTTTTAGGGGCAGATAGTTAGGTCAGGAAAAACCTTTTAAGTGGTGGCTTTATTTGCCCTGAAAATCAGACTT 321 CAGTGACCCTAGGATCTTTCCTTAACATTTGGGGTGAGTTTTGCTGTAATTGTTCATGAGTAGTTTAGAATAATTGTTAG 401 AAATTCAGAATGACAAGTTTCCTTAGTTTCTCTTTCATTCTCAAACAGATATATAGGGTAGCTTATAAATGATCTCCAAC 481 TCAGGAATATGCTTTGATTTACTTCTAATCCAAGTTACTCAGAAAATAATTCAGGAATTGTTTTCCCAAAGTTACGTGAG 561 GGTTGTGGCCTGCAGTCAGGATGGAAATTAACCGCATTTCTCTCCTTCCTGATTCTGATGTTATTTCAGATGGGATGCAG 641 GTGCTGTTAGTTCATTTGCACTCAAGCCATATGATAAATGCAGCTGACTGTTAATTAGGCCTGGCCTTGTTGGGAAGTTG 721 ATAGTGGTGTTGGGTTTTTGGTATTTGTTTCCTGACAGTGGGGAGATGGCATGTTACTGCTTGTGATACAGTTCTGGAAT 801 TCTGATAGTGTGTAGAGCAGGGTCTATAGTTGTAACAGGAGACGAACTCCTGGGGTTTTGCCTAAGAGGAGTCTAAAGAA 881 TTATGTTTTTATAGGAGAAGCCTGGAAGAATAAGGTTTTTCATGTTCGCATTTTAAATAACGATTTTCTTCCCTTCTGTT 961 GTAGACTTAGATGCCTTCAGAGAGATACGTGGTAACTTGACCTTATAGGTCGCTAAACTTAGTATTGTGGAAATTAAATC 1041 TTATAAAATGCTACATTTATTTCTTTTTATTTAAGCCCTGTTTGGCATTTCAAAGTTGGGAAAACTCCAGCATCTGCTGG 1121 AAGTTGTTGGACCAGCAGGGTTGGTTGACTTAGGTTGGACCAGCAGAGAAGAGAACATACTTTGGTTGAGGCCTTCGAAT 1201 CACTCTTCAGTTCTGAAATAGACAGACTTGAGCAGTGGAGAGACGTCTTTCCTAAAACTGAGTTAGGTGGATGTGAACTT 1281 AAGAACTATAACGTATGAGGCAGCCCATCTTGGATCATCTTTGTCTTTTGGGACCTAATACTTGGGCAAATAATTGATGC 1361 TGAGTTGAAAGGTAAATTATTAGTTATCTTCCCCACCCCTCGCATTTCAGAATTATAAAAATTCGGAGGCAAATTGAAAA 1441 CTAAAATGTTTGGTAGGCCCTGGAGTCGCCAGATTGTCTTTATCACCAGGCCTTTGGCTTTCTTCAGTTTCACTGGTATC 1521 TTTTGGTTTTGTTTTTGACTTTGGTGGCTTTTTGTAGTTGGAGCATCAGTAGTCTCTTGGAATTGCTCCTAGGACATTGT 1601 GGTTTAGGTTTCTTCCTGGGTACAGTACATTGTAAAATTTAGCAGATTAAAAAAAGTACACAGCATTTTTTTTCTGTGCA 1681 CGTCGCAGAGTCCTGAGCTTGAGGCTGTGTTACTCTACTCATTCCAAACGAATGAAAGATCTCTGTTGCCTTACTCTAAG 1761 GAAGTGGGATCGAGTGCGTTAGGATCTATGGTTGTCTTGGTTTTCAACTCTGGGCAGATTCCTGACTGGCTGAGTGTTTC 1841 TGAATGAAGATGTTTTCCTGTCTGTTTTGTACTGCTTGAGTGCAGAGGCCAGATCCTCTCAGAAAGATAAGATTGTATGC 1921 CAGAAATTCAGATTAGCAGTCAGCTTAAGAGAGACTTATTGTCAGAAGTAGTAGAATTGCTTTATTTACTTGGTTAATGA 2001 AGGTGGCCTTGGGCCCTATTGGGTTTTAGAAGTTTTAGAAGCTGCTAAAAAGTTATTAAAGAATATTGGGAACATTTATT 2081 TTTTAAATTACCTAATTCTGGTAATAGGCTTCAGCATTTCTGGAGTATAATAATGGTGGTTTAAAAAACTAATCAAACGG 2161 CTTTAGTAATTTTACTACTGGTTTCACAGCTTTTCAGTTACAGTTGGTCTGTTTAGTGTGTTAATTATTAGGAATCGGGT 2241 ACATGCATCCAACTTCAGTGATACCTTCTAGCTAATGGTTTCAATTTAGACTTCACTGCCTCAGTCTCACTGGGTACATG 2321 AGAAGGTTGGAATCAACATGCTTAGTTGCCTCAGTGGGCACTTGAAAATTCCTTCACTGGCAGCCCGAGTGGAGGCCCAG 2401 TATGTCTAGTCCTGGGATGACTGTTGTCAGCAGCTGTTACTCTAGTACAGGTGCTCCTGTGAACTCTTTATTAGGAACTG 2481 AATGTGTCTTAACCTCTGTGTTACATCTTGGCTGGCAGAGATTTATGTTACATGAGATTGTCTTGGTAGCTTGTAGTGTG 2561 GTCAGGAGAAAGGGGATGGAGCAGTGGTGCATAGCTGCTTACTGCTCTTATAAACGGTATATAAAGGTTTTACGGATTTT 2641 GAAAATATTTTTTTTTAGAGGTCAAAATAAATACCATTTTAGTGGCAACAGCTTTGAACTAGAGAGGTAGATGTATTAAA 2721 GCAGCATAGAACCATAACTTCTAGATAATGTAGTTGCCACTAGGAGATATTAGAAAGTTAGAATGTATGTGTGTATTTAG 2801 TTTTTCAATAATAATGAACATACACTTTCAGGAGCAAAGTATGGTTGAGAAATTGTGGCAGAAAGAATTTTAAATGTTAG 2881 TCGAAGTTGTCTGTAGTTTCTTTATTAAGCTCTGAAAACACTTCCAATGCCAGTTTGATTCTGAGGGCTTGGGAAGTGGG 2961 ATCTCCCTTGTGGAGCAGCTGGAGCTGGCTGGGAGGGAGCCTCTCCATGGGTAATTTATTATGCCTGCCCTGCTTCCCCC 3041 AGGGAGCTGCTTCAGTGTGAAATGATGTGATTGTCGGGGGTGGGGTGGGAGGAGGGCCACCTTCAGTCGGGGAGTTGCTC 3121 ACATATTACACAGGTAGCATCAGGTGGACTTCAGCGCTGAACTGTACTAGTAGTGAGTCCCTGTAGTCAATGTGCAATTT 3201 CTCTAATTCTGAGAAACTCTGTAGACTCTGCCTGGGTTTTACTGGGTCAGCATAGAATGCTATCAGTTTACCTCTGTGAA 3281 ATATTCAGTCAGTTGAAGGAAACTTGGATTCCTAGTCAGAGGTGACTAAAAGTTACCCTGACCAAAAGGATCTCTGCGGG 3361 GGGAAGAGAATGGAGCTTCCTGATTTTAATGTGTTGCGTCAGTGGCCCTCTTCGACTCCCGTTTTGGGTAGATGCGTAGC 3441 TCTTCACTTTCTTACCTCAAGGCTCTGTCTAGCCATGTTAAATCTTTAGACTCAGTCTGATGCCGTTTTTCTGTTTTGCC 3521 ATTCTCATTATTCACAGCTTTCAGAACAAGTGTTGCTAAAACTCCGGGGCCTTTGACAGTTGTTCTGAGGTGATTTAATA 3601 ATGGACTTTTTATAAGTTATGTTTTCCTGGCTCTAAAGTAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTTTG 3681 TTGCCCAGGCTGGAGTGTGGTGGGGCAATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTC 3761 AGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGTGCCACCATGCTTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTC 3841 ACCATGTTAGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTACGGG 3921 TGTGAGCAACCCTGCCCGGCCAGTAAATTGTATTTTTTTAATGACATCATTGATTTGAAGATCTAGATGGCATAAATTAC 4001 GACGTCTGCCATCGCATATTAGAAAGGGGACAGTCATATTTGTAACGTGGAGAGAACACGGAGCACCAGTCACCACGTGC 4081 ACTTAGGATGCAGAGCTTACCGCACACCGCTGATGGGGACCTCCGGAAAGAGCGGTGCCTTGTGGTTGGCCTGGAAGTTC 4161 TCTCCCAAGGTGAAATTCCTTTAAAACCTCAGGCTCTGACCTATGTCTTTGAAGCAGCTGCTTTGTAGAGTCCCTCTCTT 4241 TACTGTCCTCGTTAGGACTGTTTTGTGGTTCCATGAAAATGTTTAGCATCCTTGCAGAATTACTTGAGAAGGGGCTGGTA 4321 CCAGTGTAAAGAATCTATTTCTGTAAAACTACGAACTTTTGCATAGGGAATTTATTCTAAGCAGGTCATAGCCGTGATCC 4401 AGAGCTGCTGCTGCTCACTGCCAGTCCTTGCGGCTGGCGGCGATTGCCGGACAGACTCTCTGTGGCCTGGCTCTCATCCT 4481 TGGCGTGTCAGCCTGCGGCAGGCTGCCAGCCATCCATGACAATCATGTGAGCTCAGCCACAGACCTCAGCTGGCGGTTTG 4561 ATCCCTGGCAGGTCCCTCGAGCAGTACTGGTAAGAGGCTTCACACATTTTCCCACTCTTACAGTTCATTTTTCATAGTAG 4641 GAAGGGCCCTTGGCCTCCCCAGTGCCTCTTCCAGAGCCTCCACCAGCACTAAGCTCAGAGGAAAGAAGAAAAGGGCCAGG 4721 AGTCAGACGTCACACCCGGGGGCTCCCCTTTCCCATGTAGAAGTGTTGGCATGCGTCAGTCTCCTTTACAGAGGGGTGGA 4801 TGTATCCGTGGAGGAGGGGCCTTCTCTCTTTCTAATTGCACTATACTTGTTCTAGCTTCAGTCTGGAGATACTTAAGACC 4881 TCCATGGGGTCGTGATCCATAGACTTAGCAAGTCTTGCCTTATCTATGGAGCTCGATGGTGAGAATTGTGACCATTGTCT 4961 GATGTCCATAGTTCCTTCCCCCTAGATTGTTTCTTTCCACGGATTGTGTTCATCTGAACCATTTTATTTTTTATTTACCA 5041 AAGTACTGTACTTGGCTATTTGCAGTGTTTTCAAAACCAAATGTTTCTTTTTTTGTGTTTTTAATCTTCGATACTTGGTG 5121 CAATAGAAGCTGCAAAGATGTGCCACTTTATCTATGAAATGGAGTTTTGTATACCAATAAATTCTAGTTTAAAAACAAAA 5201 AAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 23252.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_015207 | 3UTR | UGUAUCCGUGGAGGAGGGGCCUUCUCUCUUUCUAAUUGCACUAUACUUGUUCUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_015207 | 3UTR | CGUGGAGGAGGGGCCUUCUCUCUUUCUAAUUGCACUAUACUUGUUCUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000375120.3 | 3UTR | CCUUCUCUCUUUCUAAUUGCACUAUACUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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63 hsa-miR-4749-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT082256 | MED29 | mediator complex subunit 29 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT112161 | OTUD3 | OTU deubiquitinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT150036 | MIDN | midnolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246308 | HIST2H2AA3 | histone cluster 2 H2A family member a3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT246320 | HIST2H2AA4 | histone cluster 2 H2A family member a4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT248254 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT257944 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466973 | STARD7 | StAR related lipid transfer domain containing 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT492322 | SETD1B | SET domain containing 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496204 | EFCAB1 | EF-hand calcium binding domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497568 | CCR6 | C-C motif chemokine receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502990 | CCDC71L | coiled-coil domain containing 71 like | 2 | 8 | ||||||||
MIRT508300 | SIX5 | SIX homeobox 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT522472 | ZAK | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525825 | VIMP | selenoprotein S | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528154 | BCL2L1 | BCL2 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532606 | SPTLC2 | serine palmitoyltransferase long chain base subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551302 | RPRM | reprimo, TP53 dependent G2 arrest mediator homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568777 | FAM53C | family with sequence similarity 53 member C | 2 | 6 | ||||||||
MIRT570896 | METTL21A | methyltransferase like 21A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570963 | TMBIM4 | transmembrane BAX inhibitor motif containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571167 | ZNF85 | zinc finger protein 85 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576751 | Tmem127 | transmembrane protein 127 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609854 | DAZAP2 | DAZ associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627101 | PDRG1 | p53 and DNA damage regulated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637060 | PRKAG1 | protein kinase AMP-activated non-catalytic subunit gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639423 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643208 | TYW3 | tRNA-yW synthesizing protein 3 homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT646251 | PRSS38 | protease, serine 38 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647145 | CYP27C1 | cytochrome P450 family 27 subfamily C member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647429 | ZKSCAN2 | zinc finger with KRAB and SCAN domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650666 | GAPDHP44 | glyceraldehyde 3 phosphate dehydrogenase pseudogene 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651816 | USP49 | ubiquitin specific peptidase 49 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657376 | HMGA1 | high mobility group AT-hook 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658105 | FOXK1 | forkhead box K1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658161 | FCHSD1 | FCH and double SH3 domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662754 | LRRC3C | leucine rich repeat containing 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667209 | NIPAL1 | NIPA like domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687003 | RPL35 | ribosomal protein L35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707057 | NACC2 | NACC family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709048 | MRO | maestro | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709054 | MGAT5B | mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,6-N-acetyl-glucosaminyltransferase, isozyme B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709446 | VWA2 | von Willebrand factor A domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709847 | SNX12 | sorting nexin 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710790 | IFNLR1 | interferon lambda receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711696 | GMPR | guanosine monophosphate reductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712462 | KCNC3 | potassium voltage-gated channel subfamily C member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713884 | MOB3A | MOB kinase activator 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715329 | NTN1 | netrin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715927 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716533 | ATF5 | activating transcription factor 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716937 | CACNB1 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit beta 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717007 | MFSD6 | major facilitator superfamily domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719139 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720853 | MEF2D | myocyte enhancer factor 2D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721484 | LTB4R2 | leukotriene B4 receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721517 | DKK3 | dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722895 | LRRC20 | leucine rich repeat containing 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723066 | GGA1 | golgi associated, gamma adaptin ear containing, ARF binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723086 | INSIG1 | insulin induced gene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723353 | ASCL2 | achaete-scute family bHLH transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723483 | MINOS1 | mitochondrial inner membrane organizing system 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724576 | NOTCH2 | notch 2 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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