pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-6127 |
Genomic Coordinates | chr1: 22633258 - 22633366 |
Description | Homo sapiens miR-6127 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-6127 | ||||||||||||||||||||||||
Sequence | 21| UGAGGGAGUGGGUGGGAGG |39 | ||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ATXN7L3B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | lnc-SCA7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ataxin 7 like 3B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001136262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ATXN7L3B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ATXN7L3B (miRNA target sites are highlighted) |
>ATXN7L3B|NM_001136262|3'UTR 1 CTGCAAAATGAGAGTCTGAAAGTGGCCAGGACAATAACATAGACTGGTCCTGTGGCTTCGAGGAGTAAGCTAAGTAGAAA 81 AAAGTAGAAAAATCAGACAAAAGTTTTAATTCCCCCTTGAAGATCCTAGCATTTAAAAACCCAAAGTGGATAATTTAGGA 161 ATCCTTTTTTTAAAGTGTATTACCTGGAGCAAGCTCTGAAGCCCTGGGCAGGAGGAGCTGCACAGCCTGCGGGCCATGCA 241 GTGCCTGTTGATCTCTAAACACACCAGGATGTGCGCAAGATCCTGTAGTGCCCCCAGTGCACAGGTGAGCAGTTGTGTGC 321 CCAGCATATAAAATTTTTGGTTCCTCAGCCTTTCTGTCTGCCTGATGTCAAGGGCTTCCTGGACAGTTTGGACGTTACAG 401 TTCGTCAGGCCGTGATCAGTGGCCTGCAGTGGGACTGCTCCTTTGATATCTGAACCTCTGTTATGGGCTTCTCTGAGACA 481 AGTAAATGTCAGGTGCAAGATCTGGATACTAACAGTTTCAGTTTGGGAAATCCAAGAAAAAGAATTATCAAGTTTGATAG 561 GGAAGCTCTGTAGCCTTGACTCCAGCAAGAAGAAAAGGTCAAAACCACGTGTTTCCCAAAAGTCCAGACTACAATGATTC 641 AGCTGACTTGAGGACAAGGCCTAGCATTTGGCTGAGCAGAGCCCTCTTCCTTGCCCTCCAACCTGGTGGCATAGGCTTGG 721 CAAATGGACAACTTGGTTGTCCAGACAGGTTGAGGATTCGGTTATGATCCCCTGGGGAGGTAGCAGGGACCTCTGCAACT 801 ATGCATGATTTCTCAAACTTCAAGATTCATGTCTGGATGTATTATGCTGTGGATATAAGTTTAGTAGGGCGGTCATTTCC 881 TACTCTGAGTTACTGGTTACCTAGCCAGTCCATGGGTGTGACTTGGTCCTTAAGTCAGGTCACTATCTGCCTCCCACCCT 961 GGGGGCAGGACTGAAGTATAGAAGAGCATCATGGCTGTGCAGGAGGCTGTGGTTTGAAAACTGAGCCCAGAGGGCACTTT 1041 CAGCTGCCCTCAATAATGTGAATGGATTAGTGCTAGGAGCCAAGGAGCAGGACTGGATTATCTCATCTGACTGTGTGCAG 1121 AATCCTGTTGAATGTCCCTGTTTTCTTTGGTTGGGCAGTCAGAGCTCTGCTATGGTGAACATCCAGACTGTCACCACTTT 1201 CTGTCTGCCGCTCGAAAGGGATAGTCCTTTCCACTCGGTCCCCTTTGGATCTTCTTGACAACAGGAGCAGTCCTTTTATT 1281 GTTAGAAGTCAGAGAAAGACCTCCAGAATCTCCTGACTTTAGGGAATGGTATAGGGGAAGATGGGAAGTAAGAGTCACAT 1361 ATCAAAACTACCCTCCACTTTATTCCCTGAGCGAGGGTTTATGAAGTATAAAGGGGTGGGAGCCCCGAGGTGAGCGGGAA 1441 CGGTGCTGCTTTATTTGAAATGTTTTCTTACCTCATTCTGTGCCCCAGTAGGGGGTCCAGCCTCATCTGTCTGGCTTGGC 1521 CCTGTGTTCCTCCTGTCCCCTGCTCCACTGCCTATCTGGTGCCCCAGGTGCTGCTTGCCACTCCAGCTGTCACATTGAAC 1601 AGTTTCAATTCAGCTCTTAATGCTCCTGCTTCCGAAGCCTGCCCAATTTCTTTTTTCTTGGCCTCTGTTTTTTTTTTTTC 1681 TTTCTTTTTCCCTTGTTTTTGTAGAAGACTCAGAGGAGAATCTTTCTTATGGCTCCCTCTGTTGAGATTGGAATTGGAAG 1761 AGAACTTAATTTTTTGTATTTAAAATGCAGTGTCATGCCTATAAGCATTTCTCCTATATAGGACTGCTTTGCTAGTGTGC 1841 CCTCTTGCTGTGTCTTACTTCATAAGGAGTTGTATCTTCCCACCTCCATTTCAATACTGCCGGTTAGGACCTAAGTAGAA 1921 GAGCAGTAAAGGCTGATTGACACACAGGGGGATGGAGTTGGTCCTTGTCCATTCTCTCACCCTTGCTGTGCATGTATCAA 2001 TCCTTATCCCAGAAGGTACTATTTAGACTGTATAGACTGATTTAGATTACATACTTTAGAGGATTAAGGAAACCATAGAG 2081 TTTGGGCCTTGGAACTGTTACTGCCTTGTCCTAGAGTTGTCCTGATCAGGCTTGGGGCCTAGTTACAGATTAGTCTTAAA 2161 GAATTGCATTAACTTAAAAAAAATCAAACCTTGGCAAGAGCTAAAATAATTTGGAGATATCTTTGCCCTTGACTTGTAGA 2241 CGACATCTAAGAGGATGAAGAAAGGAGAGTCTAAGTGAGACTCTGGCCTACTTCCTAACAATGTCTTGGAAGTGGGATGA 2321 TGGTAAAGGAGAAAGGCCACAGTCCAATCCCTCTGCCTTCAGATAGGGAACTCAAATCCTGAAATTACTGTTTTCTTTCT 2401 GGCCTTTTCTCCTGGTTAGAGGAGGAAGCGGAAAGTAGTTTTGAGTAATACTTTGTTCATATTACCCCCCTTTTGTTTTT 2481 TGTTTCTGGCCCCTCTACCAATAGGGCAGTAGCCTCCTGCCCTGGATGGGTATAAGGTGGGCTTGGTCCAACAGGTGCCC 2561 AGAGGGTACATACTCCTTTCTGGGGAGAGAATGCTCCCTACCATATAGTTGACAGTGGTTAGGAACTCTCCCTTTCCCTA 2641 CCTACCTTCCTTTTAATAGCAGAATTCCTATTTTTCCCTTGATTATGTGTATTGATCACCCTGCAATCCTATTATGTATC 2721 TGAGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTTATGGGGGAAGGGGGGGGTTCTTTAAAATTTCTGTGGTTTGTGGCTTTTTC 2801 TTCCATACATTAGTTCCCACCATCGCATGCCCAGGGACCACTGCCTGGCATTATCGCATGCTGGGATCATCGGGGGAGGG 2881 TAGTGAAGCTCACCACTGTCCTTTGTTTTGGAGATTTTTATTTTTGCATAAGTAGTCCATCCTATACAGATAGCTGATTA 2961 ACTGTATTCCCCTTTCCCCTATGGCTGCTGGTGTAAATAAACTGCATCTCCCCATTGGTAAACAGTAATAAAATTTTAAA 3041 AAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | Hela | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1048188. RNA binding protein: AGO2. Condition:Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown
... - Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al., 2013, Cell. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Xue Y; Ouyang K; Huang J; Zhou Y; Ouyang H; et al. - Cell, 2013
The induction of pluripotency or trans-differentiation of one cell type to another can be accomplished with cell-lineage-specific transcription factors. Here, we report that repression of a single RNA binding polypyrimidine-tract-binding (PTB) protein, which occurs during normal brain development via the action of miR-124, is sufficient to induce trans-differentiation of fibroblasts into functional neurons. Besides its traditional role in regulated splicing, we show that PTB has a previously undocumented function in the regulation of microRNA functions, suppressing or enhancing microRNA targeting by competitive binding on target mRNA or altering local RNA secondary structure. A key event during neuronal induction is the relief of PTB-mediated blockage of microRNA action on multiple components of the REST complex, thereby derepressing a large array of neuronal genes, including miR-124 and multiple neuronal-specific transcription factors, in nonneuronal cells. This converts a negative feedback loop to a positive one to elicit cellular reprogramming to the neuronal lineage.
LinkOut: [PMID: 23313552]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1048188 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | Hela / Hela_AGO2_CLIP_ptb_knockdown |
Location of target site | ENST00000519948.2 | 3UTR | AGAAGACUCAGAGGAGAAUCUUUCUUAUGGCUCCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23313552 / GSE42701 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
224 hsa-miR-6127 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT083286 | ZCCHC3 | zinc finger CCHC-type containing 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT113617 | ATXN7L3B | ataxin 7 like 3B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT134910 | CCND2 | cyclin D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT177172 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT179548 | CAPZA1 | capping actin protein of muscle Z-line alpha subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT180881 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT197052 | NKIRAS2 | NFKB inhibitor interacting Ras like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT197845 | DCAF7 | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT267391 | TMEM138 | transmembrane protein 138 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT312620 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT350379 | CSTF1 | cleavage stimulation factor subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT366859 | ZXDB | zinc finger, X-linked, duplicated B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT374545 | AK2 | adenylate kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT402072 | ATP6V1F | ATPase H+ transporting V1 subunit F | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442348 | RAB6B | RAB6B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442506 | OSBP | oxysterol binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443823 | SH3BP5L | SH3 binding domain protein 5 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444970 | CDH7 | cadherin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445064 | C16orf87 | chromosome 16 open reading frame 87 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445323 | SMOC1 | SPARC related modular calcium binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446216 | SLC25A44 | solute carrier family 25 member 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448107 | TCN2 | transcobalamin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448289 | ZDHHC3 | zinc finger DHHC-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450258 | MED30 | mediator complex subunit 30 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451022 | MYH14 | myosin heavy chain 14 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT451425 | TJP3 | tight junction protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT451930 | TMPRSS5 | transmembrane protease, serine 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452000 | FKBP5 | FK506 binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452359 | DLX6 | distal-less homeobox 6 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT452462 | SORCS2 | sortilin related VPS10 domain containing receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453119 | HOXC4 | homeobox C4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453342 | PLEKHG2 | pleckstrin homology and RhoGEF domain containing G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453485 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453520 | C14orf144 | chromosome 14 open reading frame 144 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453553 | PRR12 | proline rich 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454220 | HLA-A | major histocompatibility complex, class I, A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454302 | ZNF134 | zinc finger protein 134 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454394 | NRG4 | neuregulin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454486 | SLC29A1 | solute carrier family 29 member 1 (Augustine blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454695 | KIAA1644 | KIAA1644 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454955 | TPM2 | tropomyosin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455021 | UBA1 | ubiquitin like modifier activating enzyme 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455137 | TBC1D25 | TBC1 domain family member 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455294 | BCL2L1 | BCL2 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456535 | TMEM63A | transmembrane protein 63A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457109 | DCX | doublecortin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457438 | NOL10 | nucleolar protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457774 | ZC3H12B | zinc finger CCCH-type containing 12B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT458605 | KCTD2 | potassium channel tetramerization domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459452 | TMEM37 | transmembrane protein 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459580 | NLGN2 | neuroligin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459929 | HHIP | hedgehog interacting protein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT460150 | ASB16 | ankyrin repeat and SOCS box containing 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460659 | IGFBP4 | insulin like growth factor binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460693 | RNF157 | ring finger protein 157 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460892 | UBE2S | ubiquitin conjugating enzyme E2 S | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461550 | ACTR3B | ARP3 actin related protein 3 homolog B | 2 | 6 | ||||||||
MIRT462035 | FAAH | fatty acid amide hydrolase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462460 | GCDH | glutaryl-CoA dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462806 | NTN1 | netrin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463002 | ZNF740 | zinc finger protein 740 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463920 | WNT3 | Wnt family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464597 | UBN2 | ubinuclein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464656 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT464999 | TUBB2A | tubulin beta 2A class IIa | 2 | 10 | ||||||||
MIRT465022 | LINC00598 | long intergenic non-protein coding RNA 598 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465368 | TPM3 | tropomyosin 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT465426 | TP53 | tumor protein p53 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465919 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT465999 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT467355 | SP2 | Sp2 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467775 | SLC2A4 | solute carrier family 2 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467883 | SLC22A23 | solute carrier family 22 member 23 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468303 | SFT2D2 | SFT2 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469153 | RNF121 | ring finger protein 121 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469170 | RNF111 | ring finger protein 111 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469568 | RARA | retinoic acid receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469677 | RAB5B | RAB5B, member RAS oncogene family | 2 | 4 | ||||||||
MIRT470152 | PSME3 | proteasome activator subunit 3 |