pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1199 |
Genomic Coordinates | chr19: 14073361 - 14073479 |
Description | Homo sapiens miR-1199 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1199-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 21| CCUGAGCCCGGGCCGCGCAG |40 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | GATAD2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MRD18, P66beta, p68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | GATA zinc finger domain containing 2B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on GATAD2B | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of GATAD2B (miRNA target sites are highlighted) |
>GATAD2B|NM_020699|3'UTR 1 CGCCTGTTCCACTTGTACTGCCCCATCCTTGAATCCTTTATCCCTTTCCTCTTTCATTCCCCCAACTTCTGTCGCATGCA 81 GTGCCTGTACTGGTGCCTACCATACACGGAAAGCAAAACAGAAAAACAGAAGACAAAAAATAGAGATCAGCAAGAAAACA 161 CACGCCCTGCCCTGCCACCTCCCCTTTATTTCACACTGCTGCGATCTGTTCTTCTGCCGCTCTGTCTTCTCTCTTCAGTT 241 TTCTTTAACAGTGAGGTGGATCTTTACCTCTGATAGAGGTCAGAATGAGGTCCTGGGGAGAATCTAAGCCCTCCGATGTG 321 TGTTTCTAAAGTTGTTTTATGCTATAATTATTACCATTTTTAATGATGTTGTGTGTCCTCCCTTTGTTCAGTGGACGGTT 401 AAACCTTCCCCCACTCAACCAATCTTTTTCTTTTTCCTTTTCTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAACACAAATGACA 481 TTCAGTTCAATGATACGAGCATTGCAGATTGCAGTAGGGGTCCCAGCTGCCAAGTAGGACATGACTAGGAGTGTTAGGGG 561 CAGAAGTTTTGAATGCACTTAACCGGAGGAGGGCGCAGGGTGGGGGGTATCAAAGAAGGACGAATAGCACCCTACCTGTG 641 GGTGTTTGGGGGCTGGACAATTTGGGTGGCAGTGTTTGGTACTGAAGTTGGGCTCTAAGAATGAGGGGAAAGAGCCTGGG 721 GAGGAGCTTAAAACTCAACCACTCTGGAATTTACCCATAGAAGACGGGAAGAAAGAGGTATGAAGATGGGCTCAATTATG 801 AGCCAGGGAGGATTGAAACTAGGTCCTGCCTTTCTGTATCTTGGGGAAATAAGACCGATCTCCTGACCCCATTGGGAACA 881 CGGAAGTCTATTCCAGGCCAACCAGCCCAAAATTATTTCATCTTGTATTCTTTGTAAAATTCTCCCTCACCCCACCCTGC 961 TTTTAAAAATTCTAATCTATCCCCTCTAACCATAGCCCCATCTATAATACAGAGGAACGGCTGTTCCAAGGCTGTTTGCT 1041 GGGTGTCCCACAAGTTGGGTGGACATAAATGAGTCAAGTGACAACAGGAGGAAATAGACTTAGACGAAAGAAAGGATTTC 1121 TCTTCCAACAGTTGAGATTCGCATATTTGCCTATTCTTTCACCCTCTGAGTGCCAGGAGATGAGAGGCTGGGGGTACACA 1201 ATCAGGTTGGAGTCCTGTCCTTACTCTGCTGCACCAGCTGCAGAACCAACTGCTCAAAGCCAAACAGCTCATGGCAAAAC 1281 CAGCTTAGGACCTCTGCTGTACAAATAGTTGCTTCCCACTGCCCCCCGCCCGCCCCCAGAATGATATTAATTTTGCCTTT 1361 TTTTTTTTTTTTTTTTTAAGCGCTACTAATGTAGAGAATGAATTGAATTGTGCAATGTTGCTGTTCTGGGGACTGGGGAG 1441 ATTAGCATCCCATTTGCCCACACTGTGGGAAGACGGAGTGGACCAGGCTGTTTTTGAAGTAAGGGAAGCCCCTTAAAGGT 1521 ACGGGTTTCTGCTCTTCTCATAGTGTACACCCACCTGCCTCTCTGGCTCCAGAAGCTGCCAGAGTGCACTGGGGGGAATG 1601 TTCTCAGCAGAGAAGAATGAGGAGAAGTTTAATATTTTGCCCTTGAAAGTCACCTGAGGAAGTTTCCCCACTTTTATTTT 1681 TTAAAATTAAGTAATTTTTTAAAGAAGGCACTTTTAAAATTAACACACACATGAACTGCACACCTTCCCCATAAAATTTG 1761 GAGGTGGGGTGGGAGAAAGAGCTAAAATCAGGCTCAGTTCCCCTACTCTGGCCTCTACTCCCCACACCCCAGTGCCACTG 1841 TGGGTGACTATACTGGCCCTACGGGCCTTCCTGGCTTTTTTCTTTCCTCCCTTACCCCAAATTCATTGAGCACTTAAAGG 1921 AGCAGAGATGCAGCCAGTGTCTGGGCTCCCCCAGTGGTGAAATGATCTGGAAGCTAGATGCTAGTAACAGGTAGTGATTG 2001 GGTTTTTTGAGTATTTTTCCGGGGAATGTGGTACCCCTGACTGTAAGTGGTGGGAGAGGGAGGGGGGTTAATGGAACTGG 2081 GTCTGGGATTATTTTAAAATTATATATATATATATAAAGATATATTCTTACATCTTTTCTTTGCCCTCTGTGCTTTGAAA 2161 GCACTGGATAAATTGTTTGGTTTTGCTTTTCTCTCTTCCACAAAATTGGAAGCTTTTTTTAAAAATGTTTTCCCCACAAG 2241 TCATCTTGCCTTGTGGCATGTCTGTCTAGCCTCTTCCTCCCTCCCTCATGATGAAGTGCCATTTCTGTTACGTCTCCCTC 2321 TCCCCAAGCTCAGAGGTGCTCAGAGGTACGAGATGCCCAAGTTTGTCAGTTGAGATTAAAAGTAAGGAACAGAGAATGTG 2401 CAATACCGTCTGGCTGGGGGCTGTCCCTGCCCTGCCCTGAGCTGAGTCCTTTCCCTGGGAGCCAGGCCACCTTAGAATGG 2481 GGTTTGGAAGTAAGATGTATAGAGTTGGGGAATCATGGAGAAGGAAAGCCTATAGTCGAGTGCCTGCTTAGGTGCTGAGG 2561 TCACAGGGGAGATGGTGGAATCTTCCCTGTTTTTATCCCCTCAGGGTCAGTTACATAGAAGCTGCTTCTTGACTAGTATA 2641 GCTCGGTGACCCTTTGTTCAACCGCTGAGGTTTGATTTCTTACCCTTTCTTCTCCCCATTTTCATACTCTTCCCAGGGAT 2721 TAGTGATGGAGGTGAGGTCTCCCTAATCATGGTAAAGTGTTAACCTTCCACCTCCTCCCTTCCCTCCTCCTTCCTCATCC 2801 TTCTGTCTTCCTCAATTCTCCGTCTCTTTTTTTTCATCACTGATTGCCTTGTGTCCCTCCAAGTCTACTTGTTACTATCC 2881 ATCTCCAGGCTCTGGGCCGTGTAGACACTAAACCTCATGCCCTAAGGACAGGAGGAAAGACCCTCTGTTTGGAGCATTAT 2961 TAGTAGAGTGAGGATCCCACCAGTTCTGCCTGGCTTCCTCCATCCCCAGAGGCACTAAAAGCAGTATTTTAAGGTTGGTG 3041 TCTTACTCCCTGGAAGCCTGAAATGGGTGGAATAGCGGTAAGGCTTGAGTAAAACTAGGGGACAGAGGTTCTTATTTGTC 3121 GATTTTATTTTATAATTTGACCACAGCATCTGAACTCCCTCTCTCCCTGGAATAAGTATTTTTCCCACATTTTTGGATAT 3201 ATGTATGGTAGACAATTTTTTTTTAAGACACAGAGATAAATGTTTTCCTGCTTTGGTTACCTTTCCTTTCCCCTTTAAAA 3281 GGAATTAGCTATAGAACTGCTTTGTAAAGATGCTTCTTGATATTTTACTTTTGTTCCTTTTCCCTAATCATTCCCTTTTC 3361 TCCCCACTCCTCCAGAAGGCATAACCCTTCTCTCCACACCCCCTACCCCCACCCCCGTCCTAGGCTCCCATCCTTTCCAT 3441 CAAGACCTTCATTAGCTTATGATATTTGCTGCCGAGATGTTATAACAAGGACTCGTTCATGTATATAAGCTATTTCTTGA 3521 TCCATTTAAAAGGAATTGTACATTGTGTAGAAAAAAAAAAAAACCTGAAAAAGAGAAAAAAAAGCCCTAGCCATGGATAT 3601 TGTGAAACTGTGTTATGTCATTTTGTAATGTGCCCGTTTGTGTATGATCCGTGCAAAAGGGTTTCTGGGGAAGGGGAGGG 3681 GGTAGGGAGGCAGGGCTGTGGAGGGTGGGTAGGGGAGTGGGCCGGGCCCAGCACACTGAGACTGGCAGCTGCTCCAACCC 3761 CATCCCTCCTTAGAGATGCCACCTCCCCCACCACCCACCCCTAATTTGTGCCTTGCCTCCCCACCCTGGAGTAGTCCCTC 3841 CGGGTCACCAGCACTGCCTTGGCAGAGCCCACTCCCTACCCTAACCTGCCCACCCTCCCTATCCCCCAGCATTAGGTTGA 3921 TACTGTGGGGAAGTGCTGGGGGCTGGGAGGTAGCCGAGGAATGGGGCAGTTCCCGGGGGCATCGAAACCAAGTATTATTA 4001 TGAATTGTAATTGTATTTGCACTGTTTTTTTCCTCTGATTGCATCAGCATATATACAATATACCTATATAACAAAATTCA 4081 GTGTCAAGCTTTCTTATGCAAGGGATTTCCCCCACCCCACCTCCTCAAAAAAGAAAGAACCTAGTCTTATGGGCCTTTGA 4161 GGGTGGATTGTCAGGGGATGATAGAAAGGATTTTAATAAGTCATCCTGAGGAAATTTCACCTAGTGAGAGCCACATCCAT 4241 CTGCACAGCCTTAGGCTGCGTGAACCGAGGTGAGGCTGAGCTCCTGTGAAAGCCAAGACCTCCTGGTCCAGGACTTTGTA 4321 GAGTAAAAAGAACCACCAACACAAAAGGGGTTGAGGGGGCTACAATCTGGAGACCTGGGGTCTCCTACTAACTTGCTATA 4401 TGATCTTTGGTAGAGTTAATTTTCTGAGTATCAATTTTCTTATCTGTGAAGTGAAGAGGGGGATCATCTGGCCACCAAGT 4481 TTAAAATTCTATACTTCTCACCTGCCAAAACCAAAAAACAACTTGAGGTGAGGAAAGTGTTGGGCCCAGAAACCAGGGAG 4561 GAACTGAAAGTGACTCGCGTTGAAGTGGTTATGTGTATGACAATGCTCTTGGAGAACTGCCAGTCCTCTATGGTTACCCT 4641 TGATTTGGGAGAGGCAGCAGAGTCATGTCCAGGGCATCAGACCAGTGACATCTTTGCCTTTATGCCTCTAGTCATCTGAG 4721 GGCGGGGACTAGGCCTCAAGCCCCATCTCACAGCCAACCACAGAGCCCTTAAGGGTGGTTGACAATTGAATGCCCCAGGT 4801 TGGTGCTTTAGTTATTTACTCCCTTTGTGAGCTACAGGATGTGTAACTTTTCCCCCATCTTGGTGATAAAATAGGAGAGC 4881 GCAGACACAGCCCACATTTTGTCTCCTTTCCTCAGATTTCATCTGAACCCCGCTAAAGGCAGCTGTTTCACAGTCTGTCT 4961 CCTTCAGGGGCCCAATTTCCCCACAGCCTGGGCTGAGTACTCCTACTCTCTTCTTTAGGTTCTGGGCTGATAAAGCCTGG 5041 AGAGGGTACAGGGTGATGGGTGAAGCCCTGGTGAAGGTGAAAGGATAGATTGGGGTTGGGGGGTGGGGAGCAGGGAGGTG 5121 GGATGGGGAATGGCCTTCCCTGAATAGGGTGGGTGGGAGGGGAACAAGACCCTTTTGCACAACTCTCTTTAAGTTTCCTT 5201 TATTTCTTTTTTAACTCATTCTGATTTTCTGCATTGTGTTTGGGAAATAAAATGAAAAAACTAAGACCAAAAAAAAAAAA 5281 AAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 57459.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 57459.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM1065670. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000368655.4 | 3UTR | UCAGGCUCAGUUCCCCUAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000368655.4 | 3UTR | UCAGGCUCAGUUCCCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1065670 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, 3_ML_LG |
Location of target site | ENST00000368655.4 | 3UTR | UCAGGCUCAGUUCCCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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75 hsa-miR-1199-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT130735 | GATAD2B | GATA zinc finger domain containing 2B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT134908 | CCND2 | cyclin D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT273033 | ZBTB18 | zinc finger and BTB domain containing 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT276644 | KPNA3 | karyopherin subunit alpha 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT446532 | OAS2 | 2'-5'-oligoadenylate synthetase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456270 | TDRKH | tudor and KH domain containing | 2 | 12 | ||||||||
MIRT494455 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494966 | USP46 | ubiquitin specific peptidase 46 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496690 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496698 | RGS11 | regulator of G protein signaling 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504377 | IRF4 | interferon regulatory factor 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT510981 | PFN2 | profilin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512549 | MFN2 | mitofusin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513640 | TP53INP2 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT514017 | CAMSAP1 | calmodulin regulated spectrin associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514075 | MTRNR2L6 | MT-RNR2-like 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515302 | C15orf38-AP3S2 | C15orf38-AP3S2 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517286 | AP3S2 | adaptor related protein complex 3 sigma 2 subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT519076 | KCNK6 | potassium two pore domain channel subfamily K member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520780 | TCF23 | transcription factor 23 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522487 | MFSD9 | major facilitator superfamily domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528857 | PKP1 | plakophilin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529080 | PATE2 | prostate and testis expressed 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531210 | PLA2G4D | phospholipase A2 group IVD | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533989 | TAB3 | TGF-beta activated kinase 1 and MAP3K7 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537025 | GRIN2B | glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537499 | FAM168B | family with sequence similarity 168 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553127 | UBE2Z | ubiquitin conjugating enzyme E2 Z | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555592 | PIP5K1C | phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type 1 gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556371 | LUZP1 | leucine zipper protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569746 | C2orf71 | chromosome 2 open reading frame 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570150 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571244 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573066 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575534 | Map4 | microtubule-associated protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575778 | Tnfrsf10b | tumor necrosis factor receptor superfamily, member 10b | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616559 | ZNF512B | zinc finger protein 512B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630079 | GRWD1 | glutamate rich WD repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631480 | KLHL21 | kelch like family member 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632174 | CCL22 | C-C motif chemokine ligand 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638398 | QSOX2 | quiescin sulfhydryl oxidase 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641193 | ISG20L2 | interferon stimulated exonuclease gene 20 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642563 | TEX9 | testis expressed 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642938 | KRTAP5-9 | keratin associated protein 5-9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649704 | ZNF175 | zinc finger protein 175 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652114 | TRUB2 | TruB pseudouridine synthase family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652274 | TOMM20 | translocase of outer mitochondrial membrane 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655216 | PFKM | phosphofructokinase, muscle | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682779 | ZNF852 | zinc finger protein 852 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683002 | MUC20 | mucin 20, cell surface associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684321 | GTF3C4 | general transcription factor IIIC subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT689436 | CYB561 | cytochrome b561 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693848 | ZNF107 | zinc finger protein 107 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696716 | TAX1BP3 | Tax1 binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698598 | TEX261 | testis expressed 261 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699974 | RREB1 | ras responsive element binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT703311 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706797 | RAI1 | retinoic acid induced 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709005 | CD109 | CD109 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709182 | TBC1D10B | TBC1 domain family member 10B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709836 | PAQR7 | progestin and adipoQ receptor family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711628 | CORO1C | coronin 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712635 | RNF103-CHMP3 | RNF103-CHMP3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713695 | CYB5R4 | cytochrome b5 reductase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713753 | SLC9A8 | solute carrier family 9 member A8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714909 | CHMP3 | charged multivesicular body protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716372 | CBLL1 | Cbl proto-oncogene like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718304 | XPOT | exportin for tRNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718714 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718741 | ATP9A | ATPase phospholipid transporting 9A (putative) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719442 | NPTX2 | neuronal pentraxin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720897 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722450 | RXFP4 | relaxin/insulin like family peptide receptor 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723883 | VKORC1 | vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724587 | SYNJ2BP | synaptojanin 2 binding protein | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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