pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3133 |
Genomic Coordinates | chr2: 241477905 - 241477982 |
Description | Homo sapiens miR-3133 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3133 | |||||||||
Sequence | 10| UAAAGAACUCUUAAAACCCAAU |31 | |||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ABHD2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | HS1-2, LABH2, PHPS1-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | abhydrolase domain containing 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_007011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_152924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ABHD2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ABHD2 (miRNA target sites are highlighted) |
>ABHD2|NM_007011|3'UTR 1 GGCCTCCGGACTCTGGCACGCTCCAGCAGCCCTCCTCTGGAAGCTGCGTCCCCTCACCCCCTGTTTCAGGTCTCCCATCT 81 CCCTCAGTGACCTGGATCTGACCTCACACCATCAGCAGGGGGCACCCACCATGCACACCTGTCTCGGAGTAGGCAGCTCT 161 TCCTGGGAGCTCCAGGCTATTTTTGTGCTTAGTTACTGGTTTTCTCCATTGCATTGTTAGGCATGGTGACAAGTGACAGA 241 GTTCTTGCCCTCTGTCCAGTTTCAGCATCTGGTTGCTTTTAAGCCAAGTACATCTAGTTTCCCTATTAAAAATGTGTCTG 321 AATAGCGATTTTGCTTTGCCACCAAAAGGCTTTTCCCTGAGAACAGTGAAGGATGTATGTCATTTTGTGGTGGTTGTATG 401 TGTCCTTACATAGACCTTAAAAAGAGCTCACCCTTCCAGGCCAATGCTGAAGACACAGCTCCGCTTGGGAGCCTGAGAAC 481 CCAGGCTTCCCAGGCCAGAGTGTGGCTTCTTAAACGGCAAAGGAAATTCCTTTGAGTCACAAGCCAAGTTTTCGCCCTGT 561 CTCCTGAGACCATTTCCCTACGCTTTGCTGCTGCTGAGAGTTACGTGAGGCACTTGTTAAAAATTCAGCCTCCCAGGTCC 641 CTCCCCTCGGAGAGGCTGATTCACTGGGTCTGGGAAGGAGCCTGGGGATTTTAATTTTTCACAAGTGCCCCAGATGATTC 721 TCATCACCAAGCAAATTTTGGAAATGCTGTTCAACAGCGCCCTTAAATTGGAAACATCTTTGCAGCTCGTTTTATTGAAA 801 TTCATAATCAGGGGTGTCCTCTAGCTCCCACGGTCTCCAGAGCAGCAAGGCCGGCTATGGAGCTGCCGTCGTGTGACCAC 881 AGTGTGATGTCTCAGAAGGGCTCTGGGTGGGCTGAGCATCTGGGCTGTGCCCTGGCTCTGCTTTTCACCCTGGACAAAGT 961 CGCTGTGGACTTCAATTTCTTCACCTCTAAAATGGGGGACTTGGACCAGGTAGATTGCTGAGCTCACTACCAGGTTCAAA 1041 GTTCAATGACAAACTCAGTTTACTGAGGTTTGAGAGAACATCCCTCCAGGGGAGCCTGGGAGCTGCTCTCCCAGTCTAAG 1121 CATGTAGATATCATCGTTTGCCTTTTGTGTGTGTGTGTCCCTTATTTGATAAAAAGATGTTTTGAGTTGTTTTTTTTTTA 1201 AGCACTCACTTGTAATTTTAGTTTTTAAACCCAAGTCCCTCTAACTTTGCCTTTGATACCAAACAATTCAAAAGTTGGAT 1281 CTGAGTTTGGAGAAAGATATTTCCAACCTAAGTGGGTATTATTTTGAAACCAGATTTTTAATTTAATAGCCTATATTTGT 1361 AGTCTGTTGGATAGGTGTTTCCAAAGTGTGTCTTCTCAAGTGAAAACGCAACTCTAGGTTTCAAGTACTCCTTTTCTCCG 1441 ATCCTGTGGTACTTGAATATCCAAAAACCCTGCACTTTGAACAATCAGCTGTTGCTATCTGGAACTAAACAGAACTATGA 1521 GTAAAATTGCCTGGATACTTTAAAAAGATATTTTTCCTCCTTCATCTCCTTTGACTCCAGGACAGACTGGAATATAAGTA 1601 GTGGGTCTGCATGGATGTTTCAGGGATCAAAGGAGCCACCTGGGCGCCTGAGTGCCAACCCTCAGGGCCACAGGTGGGTG 1681 TGGTTTGGGCACGGGTCCAAGTGACTGTGACGGGACCCGTGGGCATGGGTCCAGGTCTGTAACCTGAAGAAGTTGTTTTC 1761 TGACAATCACCAAATCATCCGAATGACATCAAAAGCAGCCCTTATCTCAGAGACTGAGATTTCTGTGGTCTCAACTTCGC 1841 TTTGGTATAATTTCTGGCACTCACCAGCCTCTATCATTATGACTTTCCCCCCAGTGTATTATTTCTCTAATAGGTTTCCT 1921 TTTCACGTTCTTTTAGCACAGACTGGCACTTTACCCTCTCAGTTTGGAAGTTAGCCCCTCTCCTCTGTTACTTTTCCCTT 2001 CACCCAACTACAGCTGTGATCTAGAACATTCATAGTCATATTTCTGCTACTACTACCTTCATTTATCAAGACTTTTTATG 2081 AGAATAGGTAAACCAAGCAATAACTTCCTAGGACTGAATCACCACCCCAGAAGAGCGAGAGGCTCCTTTCATATGCCTGA 2161 GGCCACACCCCTTAACCTGTTCTGACAAAATAGTGGCTGGCCCATGTACCAGCTCCATTCAGAAATTCAGGAAGAGAAAA 2241 GACAGCCCTGTTGTCACACAAACCGGTGTGGGGGAGGGTGGAGCCTGGTCTGCACGGCAGTCCTGGTGGCCCCTGTGGAG 2321 GACAGGCAGGGCTGGCAGCATAGCCTTTGTTGCCACACAACCGGAATTTGCTCCCCCAGGACTGTGGGAGCCAGTGTCCC 2401 AGCTGAAATCTTTTTAGTGTGTGGCTCTGAATGGCACTCACATTCCATTTTGGCTCACATGAAACTAACTGAAGCCCTTT 2481 GTTCAAGCTTCAGGCTCTTAGGCATGGAAATGAGAATGTGACTGTGGCTGTCTTACAGGAAAATTCTTGTTTGTCCCTGA 2561 ATGAGAGCACAGAGGCATTGAATTCACAGAGCTGCAAACTTGCCTGATAAATGAGGGAGTGGCAGTTTATAGATAGGTCA 2641 TCTTTTTTCCTTCCTCCAGGTGTCCTTGCCTTTCTTCCCAAAGTCATTCATTTCTGATGAGTATATGAATCCCCCTCTTG 2721 CTAGTAAGGTTCTATTTGGGCTAAAACAAGGCTGAATTTTTAAAGAGTATTTGAATATATTTTAGAATCAAATTGAGGCT 2801 ATAAATTGCATCAATCTGGACAATTCCATTGCAGGAATAATATGTTAAAAACCAATGGGGAGAAGCACCCACATCTCTCC 2881 TGTAGCACTCCGTGTCTCATAAGCAATTTGAAGACACTTACAAGTAACTGATTCCAGTCAAATTAGGATTAACTGACTCA 2961 AAAAATGGTGTCAAGTTTCTTTAATGTTTTTATGTTAGAAGTGAGTTTAACAGACTTGAAGAAAACTGTTATCTTTTCCT 3041 GCTGTGAGTTTACACAAATGATTCCAGAGCAGAATGAAAGCAGAAAGCTGTTGGTTACAATATTCTTTTAACCTCTCTGC 3121 AGCATTTTACACTTACTGGGAACCTTATGATTCACCGTAAGAGTGGAAATATACCTGAGTTCGTGTCCTAATGGTCTCTA 3201 ATTCACATTGGATCGTGGGCAAATCACCTCACCTCTCTGAGCCTGTTCCCTCCTCTTAGACCATCTCTAAGACCACTTCA 3281 TCTATTTACACATCATTTGCTTGAACATTGCTGAACATCTGCGTGAACTTGGCCTCTCCAGCCCTTGCAGGTGGAAACAG 3361 CTGTGTCAAGGCTCAAGGCTCACGCTGAGGGGACTTGGAGGGAGGGGGCTTCTGCATTAAGCTTTCCTGGTGAAGACCCT 3441 TGATCTTGTCCAAAGCCCTGTGTCTTTGACTGGCTTCTCTTCAGAGTCCCCGTTGTCATCGTAAGACCCTTGCTGTTTGG 3521 AGGGTGGTCTTGTGACTGTGGCAGCTGCTGGCCGCTGGAATGAGGAGCCTATCTCCATCCTCCAGTGTGACTCAGGCAGA 3601 GCATTGAGAATTCCCAGGGCAGAAATCCTTCCTGCTCAGGCTTTCATTCTAAAACTACAGTCTTCATTAAAGCTGAACTT 3681 TCTGGGTAGCTGAGCTTATATGCCCGGCATCTGAATGAGAGCTCTCTTTGTAACTGTGTGACTTGAGATCTAGTTTGCCA 3761 GCTCCTGGGAAACAATACATGTGTTCTTGTTTGTGTTTGCTCAGCAAGCAGATGTCTGAGATGTAAGAAGCTTTTCTTTT 3841 CCTGTGGCATTGATTCTGACTTAGAGCTGAAGTAAAAGATCACTGAAACATCACGTCAAGTTGAAGTCACTCATAGGTCT 3921 TTGTCCTTTAGGCAGGACAGGAGAGTCATTAAGAAGCATTTCACTGTAGCATTCTATCACAATATCATCTGGAATTGTTT 4001 TCTTTGCCCAGAAAGCCTTAACTTGCCTCTAGAGAATCCCTGGTATTACAACGATATTGCGGCATTAGAATTCCAACTCT 4081 TCTGCTGTGGAAGTTTGAAGCGAAGCTGCAGCAAAACCAGAGAATTTCCTCAAGTGGCCTGTAGGCTCCTTGTTATCTTA 4161 TGCCCCCACCCCTCCCTCAACAATATGAGTGATCCAGAACTGGCCCAAACACCTCAGCTCTGGTCCCTTTTTGCCCTTCT 4241 TGGCCTTACTCTGTTGTTCAAAGCCACTTTGGATTGCTTGGATGCTTCGAACAGCCATGAAAAGTAGCCTGCCTGTGGCA 4321 TTTAGAGGCCAAGCAATTGACAGAAAGGGTTTCTTCTACCTCTGTTATCTAAGCAGAGGGAAGTAAACCTCTCACCGCCC 4401 CCCACCCCTCACTGCCCCCGATTACCCTAGAATTGCTTTCGCCAAATTGTAGTTGAAGCTAAGGAAGGGGAATCTGGCCC 4481 CTGCTGGGAGAGGGAACTGGAATGCCACACAAGGCAAGGCCTGCTTCCTTCCTTCCCCTCTGCTGCTGCTGCCTCGGAAC 4561 GCTGCAGCCCAGGCTTCCTCCCACAGTGGCCCTTGGAAGCAGGCCGCAGAGTAGACAGCTGCTCCTTTTGGAAGAGTCAG 4641 TCCCCTGTGTTTTCTGAACTGTTTTTCCTAGCATGTATGTGGGTAGAGCTTTCATGCATCTCTAGTAATAATAAGCTGAA 4721 ATTAGTTTTTTTTTTAATTCTCCAATTTAAAACTTTTAATTAAAAAGTAAATTTTAATGTCGAAAATGCAAACTTGGGGA 4801 GGGCAGAAAGATCACACACAAGGCTGTCACTTCATACTTGCAGGATTGCACAGCAGCCGGGCAGAGGCGCTCCTCACTTC 4881 CCAGATGGGGCGGCGGGCAGCAGAGACGCACCTCACTTCCTAGACAGTGCGGCAGCCAGGCACAGGCACACCTCACTTCC 4961 CAGACAGTTGGGCGGCCAGGCAAGCGCTCCTCACTTCCCAGATGGGGCGGCTCCCGGGAAGCGGGGCTCCTCACTTCCCA 5041 GACAGGGTGGCCAGGCAGAGGTGCTCCTCACTTCCCAGAACAATTCTTTATGAATTTGATAAAGGACTGAAGTGCAACTG 5121 AAAGCTGCTAGTGATGATCTGGTAATATACAATTTGTCCAGTAGCCAGTTTGTTTTTATTGTGTTTTCTAACCATAAGAG 5201 ATCATTAAAGGCAAAGCCTGTATGACGCTGTACACACACAAAAAAATGGTCACCGCAGGCCATACTACCAATGAAATGGT 5281 AGGTAAACAAATCTTCTGGTCAAGAGAAAAAAAAAAGAAATAGCACTCTGCATGCTTTGCTCTACAAGACGAATTTCCCT 5361 AGAAAGAATCCAATGAAGGCCGGGCATAGTGGCTCACTCCTGTAATCCCAGCACTTTGGAGGCCGAGGCGGGTAGATCAC 5441 CTGAGGTTAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCTTCTCTACTAAAAATGCAAAAATTAGCTGGGTG 5521 TGGTGGCGGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGGGAGAATTGCTTGAACCCAGGAGACGGAGGTTGCA 5601 GTGAGCCGAGATCACGCCTCTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGTGAGACTCCGTCTCCAAAAAAAGAAAAGGAATCCA 5681 GTGAAAATGGCTGCAATTACAACAAGAAGTGAAGGAAGAAGACTGGTGACATCTCTGAAGGATGCAGTTGAGGTTGATCC 5761 AGGTTTATCCGAATATGCTACCTTTCTGAGCCTTAAACCTTCATCTCTCAGGTGTTGATTTGCTTCTGATAGCTTCATCA 5841 TTTCTCCCTGAAGTCTTTTACACTCTTCTGTTAGTTTCCTTGTTTCAGTATCATGAAGTGAAGCACTGTGTGGTTGTGGC 5921 GTGGGCCCGTCTTGCTTAGATGCATTCAGTGGGACAGCTTTGCTGGGTTCCATGTCATTCAATTTATCATTTTCATTGGG 6001 GATCTCCATTTGGAATCCATTAATTCATGAGGTTTTGCCTCATTCCACACAGCTTCCATATCTGAAGTGTTTAGTGGAGC 6081 AAAAATTGTACCATAAACTTGTGTTTACTCTTTTCATTCGGATCATAGTCAAAGGGCTGTAGCATTACTGAAACAGTCAC 6161 AGTTGACCCTGGGTCAATAATTCCACTGTTGGGCCTCACACAGTACCGGTGAGGCACGGTAGTCTTCACTTTGAAACACA 6241 CTTTTCTATCCGATGGATTTCGCAATTTAAGATTTGTAGTGACTACATCTGTGAAGGGGCCTTTGAATTTGAGGTCTATG 6321 GGCGGGTCGAGGACCAGGATCTGCTCGTGCTTCGCCGTGGCCCCGGAGGCAGACGCCATTGGAGAGACAGCGCAGAGCAG 6401 GGGGCGGCTTGCTCGCTGGGGGCGGGGGACGATGGCGAGAGGGGAGGGGGAGCGAGTTCGCATCTCTCCTTTTCCTGGTT 6481 AGACTCTGTTCAACCACATTCTTATGTTGGCAGATCTGCTTCCAGATTGATTTTTAGAGCACCATCACTTTCACATTCCT 6561 GATTCTGATTTTGTTTTGTTTTGTTTGGGTTTTCTGAAACTTAAAATGCTGCCCCGAAAATACTATATTTTTGAGTTTGT 6641 GTTCTGAAAGCCTCCGTGCTGCTGGATCTTTGGGGGGAAATACAGGATCCTTCAGCACTGAGGTGTTTAAGATTTGCAAC 6721 TAGCAATGCAATTTTTTCTAAATATGGGGATATTTACCTTTATTAAGAAATTATACTAAACATTGATGTCCTTGATCATT 6801 TTATGTTCTCATATTACTTTTGATTCTACTATGATTGTGTGGTGGTGAACAAAGATCATTACAAACAAAAACTGTAATTT 6881 TGTTATATTTGATTCAATGGAATTTACCTAAAAAATAAAGACTAAAAATGTGGTGTGAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 6961 AAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | BC-1 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796038. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796038 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-1 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000352732.5 | 3UTR | UCAAGUUUCUUUAAUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
174 hsa-miR-3133 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT057804 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT075401 | ZFHX3 | zinc finger homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT088350 | MAPRE3 | microtubule associated protein RP/EB family member 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT107288 | FAM73B | mitoguardin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT141571 | ABHD2 | abhydrolase domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT161036 | CDV3 | CDV3 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT167732 | RNF146 | ring finger protein 146 | 8 | 3 | ||||||||
MIRT209559 | PAK2 | p21 (RAC1) activated kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT214631 | SMAD5 | SMAD family member 5 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT258393 | KIAA0895 | KIAA0895 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT272744 | ALG10B | ALG10B, alpha-1,2-glucosyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT309347 | SMARCA5 | SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily a, member 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT329705 | SCD | stearoyl-CoA desaturase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT336556 | SDE2 | SDE2 telomere maintenance homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT363351 | AGO2 | argonaute 2, RISC catalytic component | 2 | 4 | ||||||||
MIRT386753 | TAOK1 | TAO kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441580 | EXOC5 | exocyst complex component 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441735 | SEPT8 | septin 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441817 | LRRC40 | leucine rich repeat containing 40 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442180 | TRIM59 | tripartite motif containing 59 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442277 | TLX3 | T-cell leukemia homeobox 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442489 | TBC1D19 | TBC1 domain family member 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443242 | ANKRD26 | ankyrin repeat domain 26 |