pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-561 |
Genomic Coordinates | chr2: 188297492 - 188297588 |
Synonyms | MIRN561, hsa-mir-561, MIR561 |
Description | Homo sapiens miR-561 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-561-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 61| CAAAGUUUAAGAUCCUUGAAGU |82 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | SAGE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | FXR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | FXR1P | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | FMR1 autosomal homolog 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001013438 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001013439 , NM_005087 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on FXR1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of FXR1 (miRNA target sites are highlighted) |
>FXR1|NM_001013438|3'UTR 1 AGAGCATGGTCCTTCAGAAAAGGCAATAAACGGCCCAACTAGTGCTTCTGGCGATGACATTTCTAAGCTACAGCGTACTC 81 CAGGAGAAGAAAAGATTAATACCTTAAAAGAAGAAAACACTCAAGAAGCAGCAGTCCTGAATGGTGTTTCATAAACTGAA 161 GAAGTTCCTAGTTTACAGTTCTTTTACATTACATTTACAATAGTGCTTGTACAAGCTTGCCAAAGATAGAATATGGATCG 241 CCAGTCTTTACATCGCACTTTCAGTTCCTCCATTTGGAATTCAAAAAGGGGAGGGATCCTGAAGAAATCATATGTTAAAC 321 ATACTTTGACACCTACTGTGTTATAAAATATATCATCAGATGTGCCTTGAGAATAGTATATGTAACATTAAAAAAAAGTT 401 GCTGGCTATAGGAAATGTTATTTTGTTTTCAAAATATGGCAGAGATGGGGGGTGGTGGGTGGGGTGGGATCCCTAACGTA 481 ATATTCTTTATGAAAGCATTAGCTGCTTTTGTTACATTTTTAATATGCAACCACTTCTTCACCTGAGGAAAACTAGAATG 561 AAATGCAGTCTAAAATATTTTGCACTGAATTGTAATTTCTTCATTAGTTTAGTCTGGAAACTGGTCTGTTTTAATGTGTT 641 TTTTAAATGCTGTATGTAGAGGAAAATCTGCAGACCACTGGAATACATTTGTTAAACTCTCATCTGCAGGGACACTGGGC 721 GATACTTGGCAGTGACTGTTCTACCTTGAGGCTTTGTTTGGTTTATTTATTAAAGTGTACAGTATTTAAAAATCAAACAT 801 AGCTTTAGTTAAAACACTAAGCTGAATTAGTCATGTCCATTCAGACATAACCTGAACTACTGAAAAGATCAATTTCCAGA 881 AGGTTTATTCTGTATAAACTACATGTTAGTCTTCAGTAGAGTATCTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTTTTTATTTCGGTT 961 GTTTGATGTGCAATATGTTTTTGTATGCAGGTAGTAAATAAACTTTGATCTTCCATTTGCTGAATTTTTTTAACTTTCTA 1041 CTTTTTACACCAATTGTTGCAAAATAGTTGGAGCTATTAATAGGCTTAGGATAGTATACTTTGCTTTTTAAAAAGCATTT 1121 ATACTTGCTCATAAATAGCATTAAAATGTCAGTTGGCCATTTAATCATTTTGTAATGAATCATCTGAAATCTTTACACAA 1201 GTTTAGGCTGTTAGATGCATAGGTAATTAATAATACATGTGATAATTAGCAAAAAAACCTAACAAAATTCTAATCAAAGG 1281 CAACTTTGGAAGACAATGGGGGATAGAAGGGATGACAAGCAATTTTTAAATAATAGGCCAATGATTTGCTTTATTCATTC 1361 TCAACTTATTTTGAAGGCTCTCATATCAGTGACCAAAAATCAGTTATTAAACTTTATGTATATATTTTAGCCAGAGCTTA 1441 ATTTTTATGAAGATAAAGACATGAAGTTTAACAATGGACAACAGTTAGTACAGCTAATTGTGAGGTCAAGTAATTGTTAG 1521 ACATAGGGGAAGGCTTTGTTCCACAATATTATATGGACCACTGAACAAGAATGACAGCCCTTTGTTATCACTTGGCATAT 1601 GAAAAGTGTTGTGTGCATAGTTTGTGTTAATTTTTTATGTGCATAAAAATGTGATTTTAATTTATATGCTCTGAAGGATA 1681 ATTCAGGGTATAGTTAAAAATGTACAATGTGCCAGTTCAGTATATATAACCCTAGCCCTCAAATTATTCTGATTAAGGTT 1761 AAAATGTGCTGGTATTACGTGCTTTTTCCTGAGGCCTTCTGATTGGTTCTTGGTAACAGAATTTTAAAGTAAGGTGTGAG 1841 TAGTGCAACTCCTGTCCTTTATATATAAAGATATCAAGTAATTTCATGTCCTGATATTTAAAAAAATTACCCACAAATGT 1921 GTTTTTTTAAATCGATCAAAGCTAGCAACAGGTTAAATTGTCTCAGTTCTCTTACATAATTGGGTTAAAAATTATAAGGT 2001 ATTAGAAGAATTTTAATTAATGCCAAATTGGTAAATATGGTGTAAAAAAAAAAAAAAAGACTTTTCATTTTCTCCCACAT 2081 AGAATAGTCAGATATATTAAACATCCCTTTTCCATAAAGATGGTTTCAATGGGAATGGAAGAAACAAAATCTTAAAAGAG 2161 TGAGTATAGCTGAACCAATTCTTCATTCTAGCAATAACCACACTAAGTTCATTACTTTACAAATGACTAAACCCAATGTC 2241 TTGTCCTTTAAAAAATATAGGTAGTGCAGAATTGTGATAAATACGCATTTGTTTTTTTAGAGAGCCCCACTCCCCAAAGG 2321 GTAGCCATTAATTCAGGTAGCCTTTTAAATGTATTTGAGAGGGTTCCGTCTTTTTGGCTGCTATCCTAGTTAGGTGAGAT 2401 GTTGCTATGGGAAGAACTTGCCACTATACACTAAACAGACACTTAAGCAAAAGATGTATTCTGGAGCCTGGCACAGTAGC 2481 TTATGTCTTTGGTTCTAGCTACTCAGGAGCCTGAGGTGGGAGCATCATTTGAACTCAGTTCTGGGCCACTGAGACCCTCT 2561 TTAAAGAGAAGGAAAAAAAGGTATTCTGGAAGATCTTGTGCAGTTGCAACAATGTTTCAGCATATATATGTGAATTCATA 2641 TATGACACCTGAACGGAATCATGAAGTAACAGCTGAGATTATATGGTGGCAAAAATGACCTGCTTTTCCTGAAGCTTTGG 2721 GAGGCCTAGGATTCTTGCTTTAGGCATCACCTTTGTTAAGCCTTAAAGGGGGCTACAACTTGTGCAAAATGGTGTCTCTG 2801 GTAACACTTCAGAAATAATTGGCAAAAGTGTAATAGGAATACACAAATCTTTATTTTGAAATAATCTTGTATTTTAATGT 2881 GGAATTAGAAGCAGCACATCAAACTGGTGAGTTCACAGAAACTTACCTGAGATGATGCTGGGTTCCATTGCTGTTGTGCT 2961 AAGTCACGTATTTTTGTAGCTGCTGTTAGCTGTGTCTAGCGTTTTGTAACCTAAGGAGGGTCTTATAGAAGTTGGTATGT 3041 TAACTAAATCTTGGACTGGGAAACAGCACCATTTGTATCCTCTGCAAACAGATTTACGCTTTTGAGGCTCAAACCAACTA 3121 GTGTTCTCATGGGCTGTTGCCTAAGGACAGATAAACATGGAAAACAGGCTATGTCCAGGGACAGATGATTGGTGGTTAAG 3201 AATTACAGTAAAGGAAAATTACACCTGGATTTTCTTCTGTAAAGTTTCAAGGAACTTGGATTTGAACTGTGAATCTACTG 3281 TTTTGGCAAAAAATCTCAAAGAAAAGGATGTTTGTTACTGTCTCAGTCTTCCTGTCTTTGCTACACGATTTGGATCCCTT 3361 ACGCTTTTTCGTTAAGAATATCTGTCTGCTATAGTGAATTTGCTAGCCCCTTATTTTTTTTTTTAATTTTAGTTCTTTAT 3441 TAGAACGTGTACTTGAATGGACTGTAGTTGCTCATAACCCATGTTAATCTCTGATAGTATTTGGGTTTTATTTCAGGAGC 3521 TTTTGCAATAAAGCAGTAACTGCAATCTGCTAAAGTCAGACTGTTAGCAAGTGGTGTTAAAACTGATTTAAGTCCATTAC 3601 ACTGAACAGTAGGAAATTACCACTTTTGTAAGGCTCAAAAATGATCAACTATTAACAGTTTCTTATGGTTCAGTCTAATT 3681 ACAAATTTTTAAAAAGTTTATCAGTGTATCATTTCAGATTCATCTGTATCTTCTGTAATATTATTTCCAGTACTGAGGTA 3761 AGGTACACAAAAATTCCCCTGGAAAAACTATATTCTAGTTTTGTAAGATGATTTCCCACAGTCCATTTGCTTATTTCTTC 3841 CTTTGATAATTCAAAAAGATGCTTTAGGTAATGGTACAGAATTAGAAGCTGCTATTTTAGCTCTATTAACTTTTTCTCTA 3921 TGGTTTCAATTTTATCCAACCAGAGAGGGCTGGCCTAGTTGGTATCTTTAAGGCCCTTCCAGTAGTAATTTGAGTCTAGT 4001 CACATGTCAGACCCTGAGCAACACCTAACCAAATGCCCAAGTATTCTCATAAGGAGTATGCTGAATTTAAGTGGTGTTTG 4081 TTTTACATATGTATCCATCCCAGACATTTTCAACTATGCTGAATGCAATCTATAAGATATTCCAAACAAGGACAAAGTAA 4161 TTTTTCACAAGTCTTACAGCCCCACTATTAAGTATGCTACTAATTAGCTTCTTGAATTTCTTTGTATTTCAGTGATTGGG 4241 ATGTTCTTTTTTTTTGGGAAAGTTTTTTTACCCCTTTGTACCCTCTTAATTGGATTAACTGTAAAATGTACATATTAATT 4321 TTCTAGTTTTAGAGACCATTTTCATTAAAAATATTTTCCAATAGTTTTTCTAGATAAACAATTTATACTTAATTGTTGCT 4401 TGGTTGCTTACATTTCAACCTCTAGGCTTCCTTTTTCAGCTAACTTGGCTGTCTTCAGGTTGTAAAGAAAAATGTAAACA 4481 TATATTTGAAATTTCATTAACTGAAACTGCTGTAAGGTGTTAGCAAATGTTAACCATAACAGATTATCCCATATCATTGG 4561 ACTGTTCTATTATTGGGTCAGGAATAATAGGTGACACAGGATAGAAGCTCTTCCTATATATATCTTGTTGCTAAGGCAGT 4641 AGTTGGCTCTAAGCTGATAAACAGCACACTGTACAGCAGTCCAAAAACTAAAACCAGAGCTTAGGTCATTCAAGTTAACT 4721 GGTACTCAAGGTTACTCATTCCAGGATACTTTACATAACCAAAAACCTAGGAGAGCATTCTACATTGTAATTTTTTTTTT 4801 ACTTTGTTTACATAAAATTTACAGGGTTTTGTTTTTTTAAGCTTAGTCTGTTCTTTGACATTGTTGATTCATGTTCTAAA 4881 TTTTCATCAGATTTAACATGTTTGGAGGTTCTTGTGCACTCAATGTGAACCTACTACAAGCTTCTGAACTGCAAAACCTT 4961 TTTTTTAGGTCACTGTCAACAGAAAGATGCCTTATAGAATTTCTCATGATTGAAACAGAACTCTGCATTCTAACCTAAAA 5041 CCCCTCTAACCCTTTAAATGAAGCATTATGCCTGCGTGAAATTTTATTTTTAGACATTTCTGATACTAGGTTTTCTTTAC 5121 GGGGGGGCATACATATTCAGTATACTGAATTTATACAGCTTTCAGTGTGGCAATATATTAAGAAGCTAGTTCCCTAATTT 5201 TTCTCAGTTCTCATTGGTTTTCCATTTAAATGTTTCCGTAAGTACTCTCATCATTTGGAAAATACTTGATGGCAGGAGAA 5281 CTTGCTTAAAACTAAAGGTGGAGAAAGAGTTAACTTCCAGGACAACCCATTATAGCTCACTTCTTACCAACAAAGCAGTT 5361 TTTATACAGCACCTTAGGACTCATTTCTAATGTCAACCCAGATGGCCAGTAAAGGCAAGGGAAGAGGCTAAGTGACTCAC 5441 AAAAATCTCTGATATTGAGGTCTAATGTGAAGGCTATAGATAGGAATTCCCCACAAACTTCTAATGAGGACTAATATGAA 5521 CAGCAAATTGGAGAAGACACCAAGGACCTAATTTTAGTTTCACTAGCCGTGGGACCTTAGAAAAAAGACCATTTGCTCTG 5601 GACTTTTGTTTCCCAAGCCATAAAATGTGGAAGAATCTTCACAATTTCAAGTTGGTCATGTATATTTCCCTTTTACAGAG 5681 AAAGCTGAAGCCTCGAGGCTCAGATTTACCTGGCTTCTGTTTACCTGGCTTCTGCAGAAGTTTAACTTGTAACCTACCTC 5761 TCATTCCCAAAGTGTGTTTAATCATGCCGCCTTCTTTAAAATATATCTGGAAGCACCAATGAGTAAAGACAAAGGCCCCA 5841 AGCTAGATCTGTAGAGATAAGTACTAGACTCACATCTCAGTACTATCAAGGAAAACATGCTTAGGTTATCAGAATTGTGA 5921 AGGCCATAGTACAAAAAGTTAAGAGAACGGAACTCAGGATCTGAGAAAGATCAGCCATTCTCAGCATGTTGCCTTGGCTG 6001 CTTAACCTTACTAAACTTCCATTTCCTCACATGTAAAATGTACATCATAATAACTAGTCTACTGAGATAAGGGAAGAATA 6081 CTTAGCACAGTGCTAGTACACTGTAAGTACTCAAATGTTACAGATCCAAGTATTTTGTAAGAAAATACCAGCAAAAGATA 6161 AAAGTTTTTTTATGGATCGTATTTGTATCAATCACCTACATGATCTAGAGCCCTCACATGGATAACATTTAAATGTTCAG 6241 TTTGCCTAATAGCCTTCAATGAAACACGGATTCTTCTACTTAAAAAAGGTAAGCCTGGAGAAAATAAAACTGATTACTAT 6321 GCAAGAAAAAAATGTGCTCTGCTGTGCTCCTTGGTATTTTTAAGTGGTTTCCATTGTCTTAACACCTGTCTTAAAACGGG 6401 TATGTTGTTTGCACTGAACCCTCAAAAGTATTTATACCTATTAAGTTAAATTTCCCTTTTTAGAGTTAATGCTTCATTGC 6481 CTGTCGGCATATTATCACTATCTGTCTTTGAAAAATTTTCTTTTAAGTCTCAACTATTTCTTCATAAAGCTCTTGTTCAG 6561 AGAAACATTTTTTGATTTGTCCAATGGACTGAAATAAAAGGTTAGTAAACCAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000357559.4 | 3UTR | UAAAUAAACUUUGAUCUUCCAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
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133 hsa-miR-561-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT072097 | CHAC1 | ChaC glutathione specific gamma-glutamylcyclotransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT080799 | SH3GLB1 | SH3 domain containing GRB2 like, endophilin B1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT088833 | MSH6 | mutS homolog 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT093446 | MSMO1 | methylsterol monooxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT099908 | SOX4 | SRY-box 4 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT107568 | VLDLR | very low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT130135 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT136944 | FNDC3A | fibronectin type III domain containing 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT158447 | TNRC6B | trinucleotide repeat containing 6B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT161901 | FXR1 | FMR1 autosomal homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT166271 | C5ORF51 | chromosome 5 open reading frame 51 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT187291 | CLIC4 | chloride intracellular channel 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT202308 | CEBPB | CCAAT/enhancer binding protein beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT210742 | PPP4R2 | protein phosphatase 4 regulatory subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT249020 | PABPC3 | poly(A) binding protein cytoplasmic 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT268845 | C1ORF21 | chromosome 1 open reading frame 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT304688 | GTF2E1 | general transcription factor IIE subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT316774 | FOXC1 | forkhead box C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT325708 | CSTF2 | cleavage stimulation factor subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT327970 | CHIC1 | cysteine rich hydrophobic domain 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT328758 | DHODH | dihydroorotate dehydrogenase (quinone) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT356391 | RBPJ | recombination signal binding protein for immunoglobulin kappa J region | 2 | 2 | ||||||||
MIRT437448 | NR0B1 | nuclear receptor subfamily 0 group B member 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT441383 | FRS2 | fibroblast growth factor receptor substrate 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442496 | PCDH10 | protocadherin 10 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT444054 | PROX2 | prospero homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446062 | RABIF | RAB interacting factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446714 | FUT10 | fucosyltransferase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456384 | CRB1 | crumbs 1, cell polarity complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457022 | ACADSB | acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457056 | NEGR1 | neuronal growth regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457353 | RAD51AP1 | RAD51 associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466850 | STX6 | syntaxin 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471347 | PELO | pelota mRNA surveillance and ribosome rescue factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474051 | LONRF1 | LON peptidase N-terminal domain and ring finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479058 | CNOT6L | CCR4-NOT transcription complex subunit 6 like | 2 | 8 | ||||||||
MIRT479398 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | 2 | 8 | ||||||||
MIRT492072 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492810 | PCBP1 | poly(rC) binding protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT494861 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496888 | TMTC2 | transmembrane and tetratricopeptide repeat containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498041 | TAOK1 | TAO kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT500856 | SYPL1 | synaptophysin like 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT501323 | RNFT1 | ring finger protein, transmembrane 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502795 | CELSR3 | cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503684 | SLC46A1 | solute carrier family 46 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506383 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507320 | FAM60A | SIN3-HDAC complex associated factor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507671 | CPEB4 | cytoplasmic polyadenylation element binding protein 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT510809 | SENP3 | SUMO1/sentrin/SMT3 specific peptidase 3 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT512260 | ARPP19 | cAMP regulated phosphoprotein 19 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT514215 | LRRC63 | leucine rich repeat containing 63 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517729 | NT5DC1 | 5'-nucleotidase domain containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520570 | TMF1 | TATA element modulatory factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523456 | GPBP1L1 | GC-rich promoter binding protein 1 like 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT524538 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525478 | SPIC | Spi-C transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532321 | GHSR | growth hormone secretagogue receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534716 | RFX7 | regulatory factor X7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535042 | PRKAA1 | protein kinase AMP-activated catalytic subunit alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535111 | PMEPA1 | prostate transmembrane protein, androgen induced 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536665 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537636 | ERGIC2 | ERGIC and golgi 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537701 | ELOVL6 | ELOVL fatty acid elongase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538060 | DMD | dystrophin | 2 | 4 | ||||||||
MIRT538811 | C21orf91 | chromosome 21 open reading frame 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539270 | ANKRD28 | ankyrin repeat domain 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541158 | PABPC1 | poly(A) binding protein cytoplasmic 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543500 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT545101 | TRIM66 | tripartite motif containing 66 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545328 | SLC7A5P2 | solute carrier family 7 member 5 pseudogene 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545838 | ZNF275 | zinc finger protein 275 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546109 | USP48 | ubiquitin specific peptidase 48 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT548100 | GFPT1 | glutamine--fructose-6-phosphate transaminase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT549216 | BCLAF1 | BCL2 associated transcription factor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT549705 | RBM23 | RNA binding motif protein 23 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT550139 | ZNF138 | zinc finger protein 138 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551104 | TTC8 | tetratricopeptide repeat domain 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551212 | MRPL35 | mitochondrial ribosomal protein L35 |