pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-1343 |
Genomic Coordinates | chr11: 34941837 - 34941920 |
Description | Homo sapiens miR-1343 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-1343-3p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 52| CUCCUGGGGCCCGCACUCUCGC |73 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PANK3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pantothenate kinase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_024594 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PANK3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PANK3 (miRNA target sites are highlighted) |
>PANK3|NM_024594|3'UTR 1 AGCATCAGGTCTCTCTCTCTGCTAATAAATGTCATCCAAGAGGAACTAAAACCAGAGGCATTATTACTGCATTGTTTGTC 81 ACTGGGAACCAAAGGATAAAAGAGTAGCATAAGCTGCTGAATGTTGCCATATTAAAGGAGAGAACTTGGTAACGTGAAGT 161 ATTTCTCATTGAAATGCTTTCCCTTTTGTATATAGCCAGTGTTAAATCCTTAAATGCAATACAGCCTCTGATTATTGAGC 241 TTCCTCTTAAAAAGATTTTTTTATTTTATGTAGCCAACATTGCAGTACTGTATGCTCAAACACAAATCTTAAAGTATCGG 321 AACTGTTTAGCTTATGAAAATAATCGACTCTGAATATTTGTTACAAGTCTGTTTTATGTGTTTTGATTACTAGTGAGCAG 401 AAAATAACATACCCTGTATTCAAAATTACTGAAATGGCAATCAAAGATGATCATTTTTATGTGATTTTAGAAATGTTAAG 481 GCAATACTACTAATTATTGTAGGTTTTTTTAACGTATCACCCAAAGCATGTATGTGATCTTTCCCCATTAGTATCTTTTT 561 CTCAAATGCCATAATTAACTGAAATACTATTATTAAATTTTCATGAGAATTCTAAAATGAATCCTGGGAAATGCACGTTT 641 GGTGATGTTGCACTTTCTGTATTTTACAGGAATTAGTCAATACATGTTGAAATGTTTAACATTTTAAGATTGGAGGCTTA 721 ATTACTGGGAGTCTGTCTAATGAAGTCCTGGGACTATTGTAATGGAATATGATTTGAGTTCACTGTGCTCTTTTTGTTTG 801 TTTGTTTTGGTCATATATACATTCAGAACTTTTATTTTAAAACAACCACAATAACATTAATAATAGAAAATTCATCTGTA 881 AATATTCACAGTCTAGTCACTGAAAAATGGGAAAACCTCTACCATGCCTTATTATTACCCTTTGCTGTTTGAGGAGCCAG 961 AAATAGAGGTGCAGTTAGAGGACGGTCACTTTTTCCAACAAAACCCACTCCATAGCCATGTGGATTTTTATCCAAAGGCT 1041 CAACAACCAGAGGGAATGGTGAGACCTGATAACTAAAATACTGTTATTGGCAAGGGTTTGAAATGTGTAAGAACCTAGGA 1121 GGGAAAGGAAGATTGAGCAACATAGGAAAAGGGGAAGAGAGGCTGAGTGTCACCAAGGTCCAAACTCCATTTATAAAAAT 1201 ACTGCAAAACCAGGAGTTGATGGTAGAAATGCATATGATCCATGGCAGGAGTAAATCTCTCCACCTCCTCTAACTCTCTG 1281 AAAACTCTAGAGTTGGAGCAAGTCTTCCATTTGCTTCTTATCCCCTTAAAAGAATGCCTTCCACTTCCCAACAGCCCCCA 1361 TCAAGGGACCCCAAGAGGCCACCATGCTCTTATCTCGCACTTTCTTTCCTATTCCCCTTGCCTGAATCTGGAGTGGGGTT 1441 GAGCCCTCTGCCTTCAACCTTAAGATTTAGGAAGTTCTTTCCCCAACTGTCTAACTTGGAAAGGTAGATGAGTCTGAATT 1521 TTGAAGTAACGAATGCAAATTCCACTCAGCAGAGGCAATGTTATTTATGTACATAGGGATAGTGGAATGAGTTTTAATAG 1601 ATTCTGTCCAAAAGGGGTTTGTTCCTCTTATTTCCTCTATGTAGGAAGTTGTGTCTTAGGCAACTTTATCAGTATCAATG 1681 GAAAAATGATAGGCACTACAATGAAATGGCAGGATGCCAATATGAGATATTTCAGGAATAATAAGAAATACAGTTTGTTT 1761 GTATAAAATAAACTATCTCAAGAAAGTTTTCAACGACAGTGATAGTGTTCATTTGTAAGAGAGAGTTCTAGAACTTCGAT 1841 GTCCAGTGCAGTAGCCACTACCCATATGTAGCTGTTGAGCATTTGAAATATGGTTAGTCCAAATTGAGATGTGCTCTAAA 1921 GGACAATAAAAGGTTAAATATCTCCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084068. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084068 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000239231.6 | 3UTR | AGGAGGAGGCUGCAGUGAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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190 hsa-miR-1343-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT106691 | TGFBR1 | transforming growth factor beta receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT139902 | BTF3L4 | basic transcription factor 3 like 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT165720 | PANK3 | pantothenate kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT248351 | CBX5 | chromobox 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT286658 | ZNF207 | zinc finger protein 207 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT382505 | SAR1A | secretion associated Ras related GTPase 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444443 | PLCXD2 | phosphatidylinositol specific phospholipase C X domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446605 | HIP1 | huntingtin interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447106 | CLPX | caseinolytic mitochondrial matrix peptidase chaperone subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465216 | TRIP10 | thyroid hormone receptor interactor 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465244 | TRIM44 | tripartite motif containing 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467950 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473956 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478522 | CTNS | cystinosin, lysosomal cystine transporter | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479275 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT480078 | CALR | calreticulin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481221 | ATXN7L3 | ataxin 7 like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481967 | AMOTL2 | angiomotin like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483021 | KHSRP | KH-type splicing regulatory protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT485625 | EEPD1 | endonuclease/exonuclease/phosphatase family domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487102 | SCARF2 | scavenger receptor class F member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492517 | RAB15 | RAB15, member RAS oncogene family | 2 | 4 | ||||||||
MIRT492543 | PRX | periaxin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT504979 | ZNF704 | zinc finger protein 704 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT506171 | PIK3R1 | phosphoinositide-3-kinase regulatory subunit 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT507280 | FEM1B | fem-1 homolog B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520171 | WBP2 | WW domain binding protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT521288 | RRAGD | Ras related GTP binding D | 2 | 4 | ||||||||
MIRT522080 | NUP50 | nucleoporin 50 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525769 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526403 | TFAM | transcription factor A, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528554 | DNAAF3 | dynein axonemal assembly factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528709 | S100A2 | S100 calcium binding protein A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531516 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538023 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539555 | CNKSR3 | CNKSR family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT540032 | DNAJC28 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C28 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT540223 | SAMD5 | sterile alpha motif domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540240 | RGS17 | regulator of G protein signaling 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540864 | ZBTB24 | zinc finger and BTB domain containing 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540890 | SRSF9 | serine and arginine rich splicing factor 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541327 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541846 | PLIN5 | perilipin 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546218 | TNRC18P2 | trinucleotide repeat containing 18 pseudogene 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT550019 | BAG1 | BCL2 associated athanogene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551430 | F2 | coagulation factor II, thrombin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558608 | COX6B1 | cytochrome c oxidase subunit 6B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564309 | CCNT1 | cyclin T1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565287 | TMPPE | transmembrane protein with metallophosphoesterase domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571944 | LARP1 | La ribonucleoprotein domain family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572138 | DESI1 | desumoylating isopeptidase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572262 | AGO2 | argonaute 2, RISC catalytic component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573586 | CERS1 | ceramide synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574114 | CDCP1 | CUB domain containing protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610657 | SASH1 | SAM and SH3 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611150 | ZNF486 | zinc finger protein 486 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613491 | ZNF488 | zinc finger protein 488 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613997 | KPNA5 | karyopherin subunit alpha 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614805 | RIOK3 | RIO kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616094 | HOXB5 | homeobox B5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617334 | ZSCAN2 | zinc finger and SCAN domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617376 | FAM227A | family with sequence similarity 227 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620884 | ANO7 | anoctamin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620917 | LRRTM2 | leucine rich repeat transmembrane neuronal 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621216 | LILRA2 | leukocyte immunoglobulin like receptor A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622781 | PGK1 | phosphoglycerate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624559 | BDP1 | B double prime 1, subunit of RNA polymerase III transcription initiation factor IIIB | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626014 | XRCC2 | X-ray repair cross complementing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626359 | DIS3L | DIS3 like exosome 3'-5' exoribonuclease | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627476 | STRN | striatin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629250 | KDM2B | lysine demethylase 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630531 | AGO3 | argonaute 3, RISC catalytic component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630769 | MSANTD3 | Myb/SANT DNA binding domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631296 | CBS | cystathionine-beta-synthase |