pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4703 |
Genomic Coordinates | chr13: 51552589 - 51552667 |
Description | Homo sapiens miR-4703 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4703-3p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 49| UGUAGUUGUAUUGUAUUGCCAC |70 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | EIF5AL1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | EIF5AP1, bA342M3.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001099692 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on EIF5AL1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of EIF5AL1 (miRNA target sites are highlighted) |
>EIF5AL1|NM_001099692|3'UTR 1 CTGGCTCCCAAGGTGGCAGTGGTGGCAGCAGTGATCCTCCGAACCTGCAGAGGCCCCCTCCCCCAGCCTGGCCTGGCTCT 81 GGCCTGGTCCTAGGTTGGACTCCTCCTACACAATTTATTTGACGTTTTATTTTGGTTTTCCCCACCCCCTCAATCTGTCA 161 GGGAGCCCCTGCCCTTCACCTAGCTCCCTTGGCCAGGAGCGAGCGAAGCCATGGCCTTGGTGAAGCTGCCCTCCTCTTCT 241 CCCCTCACACTACAGCCCTGGTGGGGGAGAAGGGGGTGGGTGCTGCTTGTGGTTTAGTCTTTTTTTTTTTTTTAAATTCA 321 ATCTGGAATCAGAAAGCGGTGGATTCTGGCAAATGGTCCTTGTGCCCTCCCCACTCATCCTTGGTCTGGTCCCCTGTTGC 401 CCATAGCCCTTTACCCTGAGCACCACCCAACAGACTGGGGACCAGCCCCCTCGCCTGCCTGTGTCTCTCCCCAAACCCCT 481 TTAGATGGGGAGGGAAGAAGAGGAGAGGGGAGGGGACCTGCCCCCTCCTCAGGCATCTGGGAAGGGCCTGCCCCCATGGG 561 CTTTACCCTTCCCTGCGGGCTCTCTCCCCGACACATTTGTTAAAATCAAACCTGAATAAAACTACAAGTTTAATATGAAA 641 AAAAAAAAAAAAGAAAGAAAGACGTGTAAAATGCCAAGAACTCTAGGAAACAGGGACAAAAACACTTCAAAGAGAAAGTT 721 CATGCACTTGTTTCTGACCACCCAGGGCACCCTTCAGCACACGCTGTCTGGAGTGGCCTGAAGCAAGGAGTGTCTTGTGA 801 GGTGCAGAGGATGCAATGGGAGCAGGGTCCTGTCCCCACCCTAAAGGAGTTCACAGTTTAACGCAAATGAGAAGCCAGTG 881 AGGACATCACTACTCCTGCTGTGAACTTGGGAACTAGAAACACAAAACCTGAGTCTGGAGGGAAGCTAAGGAAGCATTCT 961 GCTCTGGAGTAGACATGAGTGCGTGTGAAGCTTCTGATCTCCCATGAGAGCAATGGGGACATGGGGCAGAATCTAAAACC 1041 CATGACTGAAAGCACCAAATTGCTAAAATGGCAATAAAGAGACATGAGGCCAAGATGGAGAAGAAGGAACCCAGGACGAG 1121 GGTCAGCCTCACATTTGGGGCTCATTTCCCTCAGTTTCCTCACTGAATTTCAGAAGGGACTAACTGAGATGCAAAGAAGC 1201 AGAGCAGCTTTTGCACCATGTGGAGGACTAGATGGAAAACAAGTAGACTGAGGGTCTGCTAGTGAAGGTGACCCCTACTG 1281 AAGTCCACTGGCTTTGGTTGGGACCCAGAAGAGTCACACGCCAGGAATAGAGGTGGACAGGAAACACCCTGACTTTTGTA 1361 GGGACTGAACCTCACTGATAACCTCAATTGCGGATGGTATGGAGGGTGTCTAGGTGTGCTAGGACCCCTGCCCATTCCCC 1441 AGAAATAGACTCCCATCTTTTCTACAGCAAGATAACGTGCTAGTAGGCCTCAATTCATTGCTAAATATTTTTAACGAGTG 1521 TCTTACATTTAGCCAAAAAGACTAGTCATGTGGCAGGAAAAATACAATGTCATATGACCAAAAGCTAAAAGACTGTGAAA 1601 ATGAATCCAGAGGTGACCCAAGCATTGAATTTAACAATGCCAGTACCTGGACCTCCGCTTGCCCCTAAAACATTACAATC 1681 AAGAATGTAGGAAGGGAAAGGAAACACGAAGATTAATCAAGCAGGAAGGACAAGCTCAGTTTTGCACCCACTGAATTTGC 1761 CACAAATATTGTGGAAAATATTCTCGGGGACATTGCAGTTGTCTACTTTGGTTGGCACATGGTTCATACAACAGTGTTTG 1841 TGTCAGTGAACATCTTACTCTTCCTCGGCAGTCTTTCTTTGCCCAGAGATTTCGCAATGACTGTTGACCTTCATCATCAC 1921 CTTTTGGACTTTGGCTTGCACTTTAGCTTCTGTAGATCTCCATGATGTAAAGAAGTATTTTAGGTCCATTTTAATTCCTG 2001 CAAAGGATAAAATCCTTCTATTTGTGTGCATATAAGTGGACCTGAGCCCTTGGTTAGGGTGTAGAGAGGAGAAGGGGAGA 2081 AACCTGAGGGCCAGAAGCTGTTCTTTCCCTTAAAAGGGCAAACTCATTTCCACACTATGGGGACTCTGACAGATAGCATA 2161 CCTTCCTGTCTATGGCTATTGGACCTGCAGGCTTTCCCCTGTAAATCCGTGTTCTGTCATTGACATTTTGTGACTGTAAG 2241 ACAGACTTGAGATAAGACATCTAGAAAACAATAATTGAACAATGATGTGAATATATTTCACACAACTGAACTGTACATTT 2321 CAACAAGGTTAAGATGGTAATTATCACGTTATACATTTTTTACCGCAGGTTAAAATGTTTCACAGGTTGAAAGGAAAGCA 2401 ACTACCTTCAGTTCTCTGAGTTCAAGAATTTGTAACATTTCACCCCCTGCTCCTTCCTGATCTTCTGTGGAGCATCTTTT 2481 TTCCATCCATGCTCTACTCAGAGCCCACTTTCCCTTCCCTGACACCAGCTTCACTGAGGCTGGTTGGAACCTAACACAAA 2561 ACATTCTCAGTAATGACTGAATTCCCACAAAGAATTCCATATAGACTGCATATGAGTTGAATCTTCTAAGACATGAAATA 2641 TTTGTTCTCTTCTTGGCTAATATGCAATGCAAATCCTGTTGCAGATGTACGTCATATACCTCTGAAATTCCTGATGTATT 2721 CAATGAAATAACATCTTTAAAGTTCTGTGTAGAATGTTTTTTTTCTGATTTCTTCACATACGATAGAAAAAAAAACCCAA 2801 AAAAACATGTACTAGGATTTCAATAGAAGCAATGGGTGATCTAAAAAGATGAAAGAGCAACCGCATGCGCCCTACAGCTA 2881 CCGCTAGATTTTATGGGGAAAGCAGCTGGCCCAGTTTGCAGCTAGGAGAAATGTCAAACACATGAAGAAATGAGAAGCAA 2961 AGAAAAACCATGAGGCATGAACATTTCATGGCAATCACGATGTCCTGGTTTGTGAGATAATGGGATAGAGGAGTAGAAAA 3041 CAAGGAGAAAGATGAGAAGGTACAAAGTGGTTCAAGTCAAACAGCTCAACTGAACTTTTCTTAATGGAATATTTAAAAAG 3121 TGGTACATTAAAAAACTTCCCCCAGTTCACATCAAAAATTCTCTCTTCAGGACTAAGTTGGGTAGAGACTGTTCAATGTG 3201 CCTAGATATCTTCAGAACTTATATATTTTCTGTTTTCTACGTATGTTGAAGGGCAGTGCCAAATGATGTGTAATTATCTA 3281 GGTTGTAAAAATAAAACATACTCCCCCTTCCCTTGAGGATAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545217. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-7 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545217 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-7 transfection |
Location of target site | ENST00000520547.2 | 3UTR | CAAACCUGAAUAAAACUACAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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42 hsa-miR-4703-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT072026 | SCP2 | sterol carrier protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT079071 | BIRC5 | baculoviral IAP repeat containing 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT106648 | PLEKHF2 | pleckstrin homology and FYVE domain containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT178174 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT190328 | HSP90AA1 | heat shock protein 90 alpha family class A member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT230081 | SH3BGRL | SH3 domain binding glutamate rich protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT238900 | PEX3 | peroxisomal biogenesis factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473705 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT481891 | ANKRD46 | ankyrin repeat domain 46 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT483743 | ALDH9A1 | aldehyde dehydrogenase 9 family member A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488823 | MRRF | mitochondrial ribosome recycling factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488990 | SLC28A1 | solute carrier family 28 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504173 | FAM127B | retrotransposon Gag like 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524461 | CMPK1 | cytidine/uridine monophosphate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529787 | AP4S1 | adaptor related protein complex 4 sigma 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT546449 | SLC9A7 | solute carrier family 9 member A7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547827 | IGF2BP3 | insulin like growth factor 2 mRNA binding protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT561462 | TCERG1 | transcription elongation regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562315 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563644 | ZNF675 | zinc finger protein 675 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563741 | ZNF107 | zinc finger protein 107 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT568318 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571528 | ZNF367 | zinc finger protein 367 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574840 | CADM1 | cell adhesion molecule 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612262 | MNT | MAX network transcriptional repressor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT622234 | SLC25A45 | solute carrier family 25 member 45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625372 | IRGQ | immunity related GTPase Q | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628260 | EFCAB14 | EF-hand calcium binding domain 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT631738 | NKX2-1 | NK2 homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646103 | GORAB | golgin, RAB6 interacting | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647768 | AMOTL1 | angiomotin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654309 | RBMS3 | RNA binding motif single stranded interacting protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654988 | PLCG2 | phospholipase C gamma 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659715 | CCDC93 | coiled-coil domain containing 93 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666976 | PHAX | phosphorylated adaptor for RNA export | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683247 | WFDC6 | WAP four-disulfide core domain 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688424 | DNAL1 | dynein axonemal light chain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691896 | FBXL18 | F-box and leucine rich repeat protein 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701616 | MYO1B | myosin IB | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702141 | MAP3K1 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704403 | CTPS1 | CTP synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719515 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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