pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-2681 |
Genomic Coordinates | chr13: 101967642 - 101967746 |
Description | Homo sapiens miR-2681 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-2681-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 22| GUUUUACCACCUCCAGGAGACU |43 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CLEC2D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CLAX, LLT1, OCIL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | C-type lectin domain family 2 member D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001004419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_013269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CLEC2D | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CLEC2D (miRNA target sites are highlighted) |
>CLEC2D|NM_001004419|3'UTR 1 CAAAGGTGCCAGTAGTGCCAGGCACTACACAGAGAGGAAGTGGATTTGTTCCAAATCAGATATACATGTCTAGATGTTAC 81 AGCAAAGCCCCAACTAATCTTTAGAAGCATATTGGAACTGATAACTCCATTTTAAAATGAGCAAAGAATTTATTTCTTAT 161 ACCAACAGGTATATGAAAATATGCTCAATATCACTAATAACTGGGAAAATACAAATCAAAATCATAGTAAAATATTACCT 241 GTTTTCATGGTGCTAATATTACCTGTTCTCCCACTGCTAATGACATACCCGAGACTGAGTAATTTATAAATAAAAGAGAT 321 TTAATTGACTCATAGTTCCACATGGCTGGGGAGGTCTTGCAATCATGACAGAAGGCAAATGGGAAGCAAAGTCATGTCTT 401 ATGTGGTGGCAGGCAGGGGGACTTGTGCACAGGAACTCCTATTTATACAACCATCAGATATCTTGAGACAAGAACAGTAT 481 GGGGCTCCCTGGTGTGATTCCGTCCTGCGCGGCTGTTCTCTGGAGCAGCATTCATTTATCTTCGTCTGCCTTGTCTCCTA 561 CCTAAGTGTGTGTCGCCACCCGATGGAAGATTCGATGGACATGGACATGAGCCCCCTGAGGCCCCAGAACTATCTTTTCA 641 GTTGTGAACTAAAGGCCGACAAAGATGATCACTTTAAGGTGGATAATGATGAAAATGAGACCAGTTATCTTTAAGAACGG 721 TCAGCTCAGGGGCTGGTGCAAAGGATGAACTGCACATTGTTGAAGCAGAGGCCATGAATGACGAAGGCAGTCCAATTAAA 801 GTAACACTGGCAACTTTGAAAATGTCTGTACAGCCAACGGTTTCTCTTGGGGGCTTTGAAATAACACCACCAGTGGACTT 881 AAGGTTGAAGTGTGGTTCAGGGCCAGTGCATATTAGTGGACAGCACTTAGTAGCTGTGAAGGAAGGTGCAGAGTCAGAAG 961 ATGAAGAAGAGGAGGATGTGAAACTCTTAAGTATATCTGGAAAGCAGTCTGCCCCTGGAGGTGGGCAGAAAAAAGTAAAA 1041 CTTGCTGCTGCTGCTGATGATGATGATGATGAAGATGATGATGATGATGATGACGAGGAAGCTGAAGAAAAAGCGCCAGT 1121 GAAGAAATCTATACGAGATACTCCAGCCAAAAATGCACAAAAGTCAAATCAGAATGGAAAAGACTCAAAACCATCATCAA 1201 CACCAAGATCAAAAGGACAAGAATCCTTCAAAAAACAGGAAAAATCTCCTAAAACACCAAAAGGATCTAGTTCTGTAGAA 1281 GACATTAAAGCAAAAATGCAAGCAAGTATAGAAAAACGTGGTTCTCTTCCCAAAGTGGAAACCAAGTTCATCAATTATGT 1361 GAAGAATTTCTTCTGGATGACTGACCAAGAGGCTATTCAAGATCTCTGGCAGTGGAGGAAGTCTCTTTAAGAAAATAGTT 1441 TAAACAATTTGTTAAAAATTTTCCATCTTATTTCATTTCTGTAACAGTTGATATCTGGCTGTCCTTTTTATAGTGCAGAG 1521 TGAGAACTTTCCCTACCATGTTTGATAAATGTTGTCCAGGTTCTATTGCCAAGAATGTGTTGTCCAAAATGCCTGTTTAG 1601 TTTTTAAAGATGGAACTCCACCCTTTGCTTGGTTTTAAGTATGTATGGGATGCTATGATAGGACATAGTAGTAGCAGTGG 1681 TCAGACATGGAAATGGTGGGGAGACAAAAGTATACACGTGAAATAAAACTCAGTATTTTAATAAAGTAAAAAAAAAAAAA 1761 AAGGTATGGGGAAAACTGCCCCCATAAAGCAATTGTCTCCACCTGGCCCTGCCCTTTGCATGTGGAGATTATTACAATTC 1841 AAGGTGAAATTTGGGTGGAGACACAACCAAACCATATCAGATGGCTATATCAAAAAGACAAGAAATAACAAGCATTGGTG 1921 AGAGTGTGGAGAAGACGGAACCCTTGTACACAGTTGGTGGGAACACAGTTTGGTGCAGCCATTATAGAAAACGTCATGGA 2001 GGTTCCTAAAGAAATTAAAAAGAGAACTACCATATGAGCCAGCAATCCCTTTTCCAGATATACACCCAAAGGAAATGAAA 2081 TCACCACCTCATAAAGATATCTGCTTTCCTGTTTATTATAACACATCTTTATTCATAATAGCCAAGATACGGAACTAACT 2161 GAAGTGACCATTAACAGATGAATGGATAAAGAAATTGTCATATATATAAAACACACACATTATATACATACATACATATA 2241 TATATATATATAAAAAATAGAATATTATTCAGCCTTGTAAAAAGAAATCCTGTTATGTTGGGAACAAGCCCCCCAAAATC 2321 TGGCCATAAACTCACCCCAAAACTGGCCATAAACAAAATCTCTGCAGCACTGTGACATGTTAGTGATGGCCATAACACCC 2401 ACGCTGGAAGGTTGTGGGTTTATGGGAATGAGGGCAAGGAACACCTGGCCTGCCCAGGGTGGAAAACCACTTAAAGGCGT 2481 TCTTAAGCTACAAACAATAGCATGAGCGATCTGTGCCTTAAGGACATGTTCCTGCTGCAGTTAACTAGCCCAATCTATTC 2561 CTTTAATTCGGCCCATCCCTTCATTTCCCATAAGGGATACTTTTAGTTAATTTAATATCTATAGAAACAATGCTAATGAC 2641 TGGCTTGCTGTTAATAAATACATGGGTAAATCTCTGTTCTGGGCTCTCAGCTCTGAAGGCTGTGAGACCCCTGATTTCCC 2721 ACTTCACACCTCTATATTTCTGTGTGTGTGTCTTTAGTTCCTCTGGCGCTGCTGGGTTAGGATCTACCCGACTGAGCTGG 2801 TCTCAGCACTGTTATTTGAAACAATGTAAATAAACCTATAGGGTTTATTATATATACTAAGTGAAATAAGCCAGACACAG 2881 AAAAAAAATGTTGCATGATCTCACTTATAGTGAAACTTAAAAAAAAAACCCAAATACATAGAAATAGAGTAGAATGGTGG 2961 TTACCAGAGATGAGGAAAATACAGAGACACAGGTCAAAAGATACAGAGTTGCAGTTACAAAGGGTGAGTATGTCTAGATA 3041 TCTAACATACAGTATGAGGACTATAATAGTATTGCACTGTGTACTGAAAACTTGATGACAGATTTTAGATATTCTTACCA 3121 CACAGACAAAAAGAAATGTAAGTATGTGAGATGAAGCTTATGTTAATTAGATTAAGTGTATGTACATAAAAACATCACAT 3201 TATACACATCAAATATATACAATAAAAAAGCACATTGGGAGATACATGATAAATTTCTATCTGCAGTTGCTATTTGCATT 3281 TTTAAAGGATATTTTTATTTTTTAAATTTTTAGCTGACAACTGTATAATTATGGAATACAATGTGATGTTCTGATATATG 3361 TGTACACTATGGAATGATTAAATCAAACTAACATTTCATCATCTCACATACTTATCATTTTCTGTGGTGAGAACATTTGA 3441 AATTTATTCTCTTGACAATTTTGAAAGATCCAATACACTATTATTAACTATAGTCACTATGCTGTGCAATAGATCTCAAA 3521 AGCTTATTCCTCTTAACTGAAACCTACTACCCTGTGACATGTGGGGAACATCTCTCTATTCCCCAGCCCCAGTCCCTAAA 3601 TGTTGAATACACAATGGGGAAAAAATAGTCTTCAATGAATGGTGGTGGGAAAATTGTATATCCACATGCAGAAGAATAAA 3681 ATTGGACCCTTACCTCCTACCATATATAAAAACCAACTGAAAATCGATTAAAGACTTAAACTGTAAAACTACTAAAAGAA 3761 AATATAGGGAGAAAGCTTCACAACGTTGGTCTGGGCAATAATTTTTGGATTTGACCTCAAAAGTAGATGCAACCACAGTG 3841 AAAATAAACAAATGAAATTGCATAAAATAAAAAATGTTTCTGCACAGCAAAGGAAATAATTAATGGAGTAAAGAGACAAC 3921 TTACAGATTGGGAGAATATATTTCCAAACTATTGTTGGGGCTCAGAAACGGATACCCTAACATATAGTGATTTGACAGGT 4001 GGAACTAAAGAAGACTCGAGGTCTCTCTGACCTCCTCCTCAACCTCTGTTTCTTAATCCTCTGTTTTCCCAGAGCACAGG 4081 AGGAAGTTCTCTGAAGTTCCTTTATCTGCTTTAAGTTCAGACTCACCAAATAAGAAAACAGTTAATTCTGGTGCCTTCCA 4161 TGGGTTTTCATTAACTGAAGTCATATTGTAGGAAAAAGAATGAAGTCTCTTAACCCACCTGGATAGATTTTTCTCACAAA 4241 CCATTGTCTTCTCTGCAAGCCCAGTAGACTTTGTCCCAGGCCATTTATGTGATCTTCACCCCATTAAGTTCTCCCCAAAT 4321 TATTTACTCTTCCCCCAAAATCACCCACACTTCCCCATCTCCCTCTCCCCTAAGGACAAGGGTATATCACCATCTATACC 4401 CCATTGCTTGGTGGGGTGATCACTCTGATTCTCTGCATGCATTTTTATAGATTTGTTTGCCATTTATCCTATTAATCTGC 4481 ATTCTGTCAATTGTGGCAAGTTATCAGCATATTTTTTAACTTTTAATTATTCTTAATGGAAAGACACTTCTGTATACACT 4561 GGAAATCTCAGGAAATTTCTTTTTTCCTTAAGCTTAATTGAAATGTTTACTTTTCAGTAAAATTTCAAGCTTGAGTAATG 4641 TTCATGCCTGCTTTTCATTGAAATAGAATGAAAAGGTTGCACAATATTATTTTCATGAAATTACTTCTAGTATAATTCTG 4721 AATAAACACTTTGAAAGGCAGTGAACTGTAAATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 29121.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 3 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 29121.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM1065667. RNA binding protein: AGO1. Condition:4-thiouridine
... - Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al., 2013, Nature. |
Article |
- Memczak S; Jens M; Elefsinioti A; Torti F; et al. - Nature, 2013
Circular RNAs (circRNAs) in animals are an enigmatic class of RNA with unknown function. To explore circRNAs systematically, we sequenced and computationally analysed human, mouse and nematode RNA. We detected thousands of well-expressed, stable circRNAs, often showing tissue/developmental-stage-specific expression. Sequence analysis indicated important regulatory functions for circRNAs. We found that a human circRNA, antisense to the cerebellar degeneration-related protein 1 transcript (CDR1as), is densely bound by microRNA (miRNA) effector complexes and harbours 63 conserved binding sites for the ancient miRNA miR-7. Further analyses indicated that CDR1as functions to bind miR-7 in neuronal tissues. Human CDR1as expression in zebrafish impaired midbrain development, similar to knocking down miR-7, suggesting that CDR1as is a miRNA antagonist with a miRNA-binding capacity ten times higher than any other known transcript. Together, our data provide evidence that circRNAs form a large class of post-transcriptional regulators. Numerous circRNAs form by head-to-tail splicing of exons, suggesting previously unrecognized regulatory potential of coding sequences.
LinkOut: [PMID: 23446348]
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Experimental Support 4 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | MCF7 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in SRR1045082. RNA binding protein: AGO2. Condition:Untreated
... - Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al., 2014, Genome biology. |
Article |
- Farazi TA; Ten Hoeve JJ; Brown M; et al. - Genome biology, 2014
BACKGROUND: Various microRNAs (miRNAs) are up- or downregulated in tumors. However, the repression of cognate miRNA targets responsible for the phenotypic effects of this dysregulation in patients remains largely unexplored. To define miRNA targets and associated pathways, together with their relationship to outcome in breast cancer, we integrated patient-paired miRNA-mRNA expression data with a set of validated miRNA targets and pathway inference. RESULTS: To generate a biochemically-validated set of miRNA-binding sites, we performed argonaute-2 photoactivatable-ribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation (AGO2-PAR-CLIP) in MCF7 cells. We then defined putative miRNA-target interactions using a computational model, which ranked and selected additional TargetScan-predicted interactions based on features of our AGO2-PAR-CLIP binding-site data. We subselected modeled interactions according to the abundance of their constituent miRNA and mRNA transcripts in tumors, and we took advantage of the variability of miRNA expression within molecular subtypes to detect miRNA repression. Interestingly, our data suggest that miRNA families control subtype-specific pathways; for example, miR-17, miR-19a, miR-25, and miR-200b show high miRNA regulatory activity in the triple-negative, basal-like subtype, whereas miR-22 and miR-24 do so in the HER2 subtype. An independent dataset validated our findings for miR-17 and miR-25, and showed a correlation between the expression levels of miR-182 targets and overall patient survival. Pathway analysis associated miR-17, miR-19a, and miR-200b with leukocyte transendothelial migration. CONCLUSIONS: We combined PAR-CLIP data with patient expression data to predict regulatory miRNAs, revealing potential therapeutic targets and prognostic markers in breast cancer.
LinkOut: [PMID: 24398324]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000261340.7 | 3UTR | UGAAAUAAAACUCAGUAUUUUAAUAAAGUAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000261340.7 | 3UTR | AAAUAAAACUCAGUAUUUUAAUAAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM1065667 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / 4-thiouridine, ML_MM_6 |
Location of target site | ENST00000261340.7 | 3UTR | UACACGUGAAAUAAAACUCAGUAUUUUAAUAAAGUAAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23446348 / GSE43573 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset SRR1045082 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | MCF7 / Untreated |
Location of target site | ENST00000261340.7 | 3UTR | AAAUAAAACUCAGUAUUUUAAUAAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 24398324 / SRX388831 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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115 hsa-miR-2681-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT058831 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT076301 | ULK2 | unc-51 like autophagy activating kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT095503 | PURA | purine rich element binding protein A | 2 | 12 | ||||||||
MIRT097763 | ARSK | arylsulfatase family member K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT170870 | TAX1BP1 | Tax1 binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT179045 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT189057 | CLEC2D | C-type lectin domain family 2 member D | 2 | 8 | ||||||||
MIRT241949 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT261860 | ZRANB1 | zinc finger RANBP2-type containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT309357 | OTUD4 | OTU deubiquitinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT340568 | SMIM12 | small integral membrane protein 12 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT351983 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | 2 | 8 | ||||||||
MIRT351986 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | 2 | 8 | ||||||||
MIRT353140 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT387104 | VEZF1 | vascular endothelial zinc finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441833 | SLC30A7 | solute carrier family 30 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443778 | MTHFD1 | methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, cyclohydrolase and formyltetrahydrofolate synthetase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT448135 | CMTM6 | CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450638 | ZMYM2 | zinc finger MYM-type containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494763 | AP1G1 | adaptor related protein complex 1 gamma 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498299 | DCAF8 | DDB1 and CUL4 associated factor 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT505104 | YTHDC1 | YTH domain containing 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507179 | G3BP2 | G3BP stress granule assembly factor 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT516638 | ZNF318 | zinc finger protein 318 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520011 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT526877 | GJD3 | gap junction protein delta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529374 | SKP1 | S-phase kinase associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530090 | SHISA2 | shisa family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536514 | KCTD10 | potassium channel tetramerization domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536559 | JMJD1C | jumonji domain containing 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536624 | IPO7 | importin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544378 | ZNF266 | zinc finger protein 266 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547590 | LIN28B | lin-28 homolog B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548736 | CREBBP | CREB binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551485 | TMEM192 | transmembrane protein 192 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT552322 | ZNF791 | zinc finger protein 791 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT553193 | UBE2A | ubiquitin conjugating enzyme E2 A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553719 | TBX18 | T-box 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554573 | RRAS2 | RAS related 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT557038 | HOXB3 | homeobox B3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559566 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560134 | INO80D | INO80 complex subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560406 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561712 | PTMA | prothymosin, alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562688 | ABI2 | abl interactor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563214 | FXN | frataxin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566288 | PROX1 | prospero homeobox 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT567369 | GTPBP3 | GTP binding protein 3, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571380 | JKAMP | JNK1/MAPK8-associated membrane protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574743 | GOLGA4 | golgin A4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576816 | Tgfbr3 | transforming growth factor, beta receptor III | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609984 | ZHX1 | zinc fingers and homeoboxes 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT610518 | HIAT1 | major facilitator superfamily domain containing 14A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612203 | NKTR | natural killer cell triggering receptor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612224 | DHX33 | DEAH-box helicase 33 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT612889 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613639 | DUSP18 | dual specificity phosphatase 18 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT614161 | PHF8 | PHD finger protein 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614630 | WDR13 | WD repeat domain 13 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615001 | FXR1 | FMR1 autosomal homolog 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT615665 | TSC22D2 | TSC22 domain family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615976 | KAT6A | lysine acetyltransferase 6A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616328 | ADARB2 | adenosine deaminase, RNA specific B2 (inactive) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616495 | AIPL1 | aryl hydrocarbon receptor interacting protein like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616585 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616870 | ARPC1B | actin related protein 2/3 complex subunit 1B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT617631 | RXRA | retinoid X receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620339 | TLN1 | talin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621658 | UBE4B | ubiquitination factor E4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621824 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622134 | SOX4 | SRY-box 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622154 | SNTG1 | syntrophin gamma 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622298 | SGK3 | serum/glucocorticoid regulated kinase family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622531 | RAB9B | RAB9B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622596 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623328 | MAK16 | MAK16 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624499 | C8orf44-SGK3 | C8orf44-SGK3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624720 | AP1S2 | adaptor related protein complex 1 sigma 2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625990 | IBA57 | IBA57 homolog, iron-sulfur cluster assembly | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626143 | MPRIP | myosin phosphatase Rho interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626499 | ARHGAP9 | Rho GTPase activating protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627023 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635710 | HFM1 | HFM1, ATP dependent DNA helicase homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635725 | CCDC58 | coiled-coil domain containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637121 | MKX | mohawk homeobox | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639969 | POU5F1B | POU class 5 homeobox 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640962 | GPRASP1 | G protein-coupled receptor associated sorting protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641067 | HHIPL1 | HHIP like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644800 | NKX3-2 | NK3 homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644958 | STEAP4 | STEAP4 metalloreductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649152 | LRTM1 | leucine rich repeats and transmembrane domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651887 | UFD1L | ubiquitin recognition factor in ER associated degradation 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652165 | TRIM66 | tripartite motif containing 66 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652565 | TLR6 | toll like receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653127 | SRPX2 | sushi repeat containing protein, X-linked 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655622 | ONECUT1 | one cut homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656245 | MEX3A | mex-3 RNA binding family member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656837 | KLF7 | Kruppel like factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656990 | KCNN3 | potassium calcium-activated channel subfamily N member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660337 | BCL10 | B-cell CLL/lymphoma 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660393 | B3GALT5 | beta-1,3-galactosyltransferase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660940 | ACER3 | alkaline ceramidase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661509 | C8orf82 | chromosome 8 open reading frame 82 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665000 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665106 | TNFSF8 | TNF superfamily member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665547 | UCHL5 | ubiquitin C-terminal hydrolase L5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687376 | NT5DC3 | 5'-nucleotidase domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711828 | SIGLEC9 | sialic acid binding Ig like lectin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713313 | VLDLR | very low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715654 | PPM1K | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715735 | CD226 | CD226 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717255 | SLC44A1 | solute carrier family 44 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717950 | MIA3 | MIA family member 3, ER export factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719709 | CD101 | CD101 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723893 | NUDT21 | nudix hydrolase 21 | 2 | 2 |