pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3135b |
Genomic Coordinates | chr6: 32749912 - 32749979 |
Description | Homo sapiens miR-3135b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3135b | |||||||||||||||
Sequence | 7| GGCUGGAGCGAGUGCAGUGGUG |28 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SNTB2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | D16S2531E, EST25263, SNT2B2, SNT3, SNTL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | syntrophin beta 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_006750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SNTB2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SNTB2 (miRNA target sites are highlighted) |
>SNTB2|NM_006750|3'UTR 1 GCAACAAAAAATCAGAAAAGAGCCTTGACTGTCACAAGAAATATTTCCACCTCAAAAAAAAAAAAGCACAAAAAGAAACT 81 CTTTGCTCTCCTTCAGCACAGTGCCTTCCCAAGGACCTGCAAATAACTGCTGAACCATAACCGTGTTTAAAGAAGAGCCT 161 ACCTTTCACAGTCTACCTTGGCCAGATATTCTAGCACTCTAAAAGGCTCCAAAATGAAGCTGTTGATTTATTCTCATTTC 241 AAAATATGGTTTATGAGTAATTAGGTTTATTTCTACTGCTAAAAAGAATGGCTCATTGTTTTCTTTTTTTTTCATTGTTT 321 TCATTTTTAGACATAATCAAATACCCAAGCATTGTTTTCTTTTTCTTCTCCCTGTAGGATTTGTGTTGTGCTTAGCCTTG 401 ATCTCTTGTTCAGAACAATTGTCCCTTCCCAGGTGCTAGCTTGCAGCAGCCTGTTGCTTCCTGAGCATTCCAGATAGGTC 481 GTATGTCTTGGAATTTACTGTCCTCACTAGCTCCTTCCACCATAGGAAGTCCTTGAATTGTATCACCAAAGGGTTGTTCC 561 ATTTGCCCTGGATCTCCCTCTATCTCAGCCTGGCCATCACTTCCCACCTTATCCCAAGCTTTGCCACTGTCTCTAGGACT 641 TAGAACTTGTAAATTTGATTTGCCTTGCCTTCTACTTCCTTTCTAGTGGTGACTGAGTTGAAAAGCAAGTTGGAAGCCAC 721 TGCTTTTAAAGAAAAGTTTTGCTTGGTTTAGGTTTTTCCAATTTTATTTTTGTTAGGAGCCAGGGGATAAGATTTATTTT 801 AAATGAAAATCCTCTTCCTAGGTTAAGCCATTTTTTTTATTGCTTACCAAATGTGCCTTTGGTTAGGGTTAGTGGAGCTT 881 TATTAGTCACTATTTGAATAACTGGAAATCACTGCCATTTCCAGGAGATCACCTATCCTAGTTTTGAGGAATAGTCATTG 961 AGGTGGGTTTCCTTAATGGCATCTCTTCTAGTAGGCAGATCTGTTTGAACAAGATAAATCCTAAAGAGCCAGCCTGCTTG 1041 AGGAGTAGACTTGGTGGGTGAAGCCAGCAATTCCGCACAAACGTCATGTTGAATTGTTTTGGGCTGCCCAAAAACAACAG 1121 GATGCAGCATCCTGGCTGTGGCCTGGCCCTTTGTGGCAGCAGTGGCATGGACAAGCAACTGCTAATTCGAGACTTACTAT 1201 TGGCTTCACAGCACACCCTACAGTGAGCAGGGTGATGAGACCGTGGAACAGCTACCTGCTTTTGGTTAAGATTGCCAGAT 1281 ATCATTAGGACACAGTAGCAGCAAGAATGCTGATTTTGTAGTGTTAGAAAATGAACTCAGCTTGTTTTTCCTAATTTTGA 1361 AGGTGGTATATATCTGCAAACATTTAAAATGGTATAATATCATATAAAATGTCAAAATTAGCACAGTCCCTGGATCTCAA 1441 AGAATAGGTAATATTGACTTGGATGTTCTTTATGCTCTCTGAAGAAAGGTCTAGGGAAAGTTCTTGTTTGCTTGATTGAT 1521 CAAGAGTGCCACGGAAGAATGTGAGCGCTGTGGAGGGTGGAGGAGGGTGTCACTTCAGATGGGGCAGGCACAGGGGGAGA 1601 AAAGAAGAGAAAAACACACCTGTGTGCAAAATGAGCTATTTGGTTTCAGTGCGGCCTGACCGATGGGGAGGACCCATGAG 1681 CAGAGAGAGTTCTAGGTCAACATTGTAACTCCATTGTCCTCCTTCACCCATAAGTCAGTCCTCCTTCCTCATTACAGTGA 1761 AACCAACAATATGCAGAGGTTGGGGAGAGATGCCTGTTCTTCCCCCAGCTTCATATAATTGTCAAAGTTCCAAAAATGAA 1841 TTATCTGAACTGCTTAAAACTGGAAATTAAAATCTAGACAAGAATATGTCTTTCAAGAGCTTTTTATGTTTTGAAAGTTC 1921 ATAAACCTAAGATTGGCTCCATCTGAGATAAATTTTCTTTTCTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCGTTCTGTCTCCCAG 2001 GCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTAGGTTCAAGTGATTCTCCTGAGTAGCTGGGGT 2081 TATAGCTACCCACCACCACACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCAGGTTTTCACCATGTTGGCTAGGCTGGTC 2161 TTGAACTCCCGACCTCAAGTGATCCACCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTATAGGTGTGAGCCCCCGTGCCTGG 2241 CCCACAATAAATTTTCATTTCAGAGAAGGAAAAAAATCTCTTGAACGTCCAGAAATGATTTCTGGAATCAGAATTTCAAT 2321 ATGTAATACCCTCAGGTAGGCAATCTTGAACCCTCTATGCAGTGAGAGCATTATTAATATGAGATGTTGAATGATGCCTT 2401 TACAGACTTCAGCAGCAAAGCCATTTGGTTGAGGTTTTCTGTGTTAATGTGAAAAGCTAAGCCACTGAGATTTGCAGGGG 2481 AGCTTCTGAGCCACCCTGCTTGTTGGTTATATGAGGATGTAAAATAGGTGGAATTAAAATGTGAGCAGGAAAGGCAAGGC 2561 ATGTGTGCATTTTCACTCATTTTGGTCAAGGTTAAACTGACATGTATAGCACTGAGGTCTGTAGGGTTCTTAATATCTTT 2641 TGAGTCTTGCTGTGAAATGAAAGTGTGGGAGGTTTCCTTTGTCCATTAGCAGCCCCAAGAACCAGAACCCTTTTGCTGCT 2721 TTTCTTACATACCTAACAGCTCTCCAGTCATGATGACCAAGGTTGTTCTTCAATCAAATGTGTTTGTGGGATTTTCAGTC 2801 CGCAAATGAAGTGCTCTCTAATGAATGGGACACCATGATAAATATGTATTTATATTTAGATGCCAAAGTATGGCAAATTA 2881 TTTCCAAATGATAACTACAAATGGGAATTTTCGATATTCTACCTTTTTTATAGAACCAGCTCACTTTTCATTTCTTTTTC 2961 ATTTTGAATTAAGAAAATTGTTGAGGATGTGGTGGGTTCCAGTGTGTGGAATGGAAAGGAAACTGCAGAATAGTGTCTGC 3041 TCCCCATTCAGAGGGACTGCTTCCTGTGCCCCCCAGACCCGGGGCTTCGACAGCTTCTCCACATTCCACACAGATGCCTA 3121 GGAGCAGCGAGTTGGTATATGAAAAGTCTCCCACCTTTTCTCCTAAAACTTCTCTCCTTTCTCTCCATAAAAAGAAAAGG 3201 AAAGGAACAAAAGAAAAACATTCAGTTTTTCTTTTTCTGAAAAAGGTAAGTCCTTTCCTGAAGTCATCAAATGAAACATT 3281 ATCTGGAAATTAGTTTCTAATGTTGTATATGAAGAAATACTTAAATATAAGTTCCTGCAGTATTTATTAGATAGTTGTAA 3361 CTGTAAACTCACCTCCCTAGTAGATAAGAGTTTCAGGTTAAATACTGGAACATATATAGGCAGTCAAAAATACTACTTTA 3441 AATGTCATTCACCTATTTTAAAGCCATGTTTTAGCACTTTTTAGGCCAAAGAAGGTCTGATAGTGCCTGTTTTTATGTTC 3521 TGTACTCTCACAAACTTTGTTACTCAAAATTATTGCATGGCAGGAGAGATTGGATTATTTATTTCTTATATTTTTATAAG 3601 TAAAAAAATCTTTCTAAACAACAAATACCTAACATTATTACTGATTGTTTTCCTAATTTATCCTCCTAAGTTGAATGGTA 3681 ACAAAGCTTTTCCAGCTGAATGAATGCACTTAGCTGATAAACCAGAATTTGTTCTTTTTTTTCCTTCTTTTTTTTTTGAG 3761 ACAGGTTCTCACTCTGTCACCGAGGTTGGAGTGCAGTGGTATGATCATAGCTGACTGCAGCCTCAACCTTCTGGGCTCAA 3841 ATGATCCTTTCACCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGACCACAGGTGTGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTATGGATTTT 3921 TTTTTCTTTTTTTTTTTTCGCCATGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGGCACTCAAGCAGTCCTTCTGCCTCAGCCT 4001 CCCAAAGTGCTGGGATTACAGATGTGAGCCACTGCACCTGGCCCCAGAAATTATGCTTAAAAAAAAAATTAAGCTGTGTG 4081 GAATCTGGACAAGGCTATGTTTCTCCTAGAAACAGGTTTTGCTGTAAATGGTTTTGATGGGCGAAAGTGTGAGAAAAGGT 4161 TATAATAGATTCTTTTTTTTAATTTTGTGAGAAATTCCAGGTCTTCTTGCTTAACTTATATGCATGTGGATATATTTGTT 4241 TTCAAAGCCATGGAAGAATCTCTGTTCATATATTTTAATGCAAATTACCTTGTATGCTGCTATGCAAATTCTATTAAAAG 4321 GCCTACCTGCTTAAGAATTAAACATTTTTGAAACTTTCAGGGAAGACCTGTAGACTCAAGCACTTTCTCTGCTTTTTTGT 4401 ATCTTATCTTGGACACTTATGCTGAATTATGTTCTTATTATTTTCACTGGTTATAAGCTATTCCTTGTACATAATATTTA 4481 AACTATCCAAATATCCAGCATACATTTCCATGTGGCTGCCATCGGCTGTTGATGCCATGAATGAAATGGCTGGTTAGAAA 4561 GCCAAAGGTCTTCTTTTTTCAATTCCTAATGAATAAGTAAAATGCCAGATCTCTTTGGTCTCAAAGCAAATTGCTCTGAT 4641 CAGATCAAATATCTATGTAATGAAAAGAGACTTACTTAAATTTGGGATTCTGCTTAAACTTTAAGTTGAATTTGACTGTA 4721 GTCATTCATTCTTTTTATATATCTCTGTCAGGTATGACATTAATTACCAGGTGGTATTATACTCTACTTTGAGTTTGGAC 4801 ATCACTTTCAGTTAAATTTCTGTTGTTATTGTGGCTTTTTTTTTTTTTTAACCCCACTGAAGATGGAAGTAGAGCAGTCT 4881 GCCATCTCCTGCTGTTCTTTCTCTGTGCCCCCTAATTGCTTGGTAATCTAAAATTATTCTGACTTTCCACATACTGTCTT 4961 TAAAAACCAATTGTAGCAATCTGCCCGCCTCCACCCTTTAAGCTAAATCTTTCACTGTGCTGGATACATAGACACTCGAT 5041 AAATGTGTGATGATAGTTCTAAAATAATTATGCTATATATCAGGGTTCTGTATTTTTGAGCAATATCATTATTCCTATGC 5121 TGTGATGTTAAATGGAATTTATTTTACACTAGTAATAGACTGCTTAAGTGGCTGATTTGAAACCTTTCTCTAAAAAAACA 5201 AAAACATCTGGCAGATGAGTGACACAAATTCATTCTCTTAAAGGATAGAATTTCAAGTTAAGGATAAGGCACAATAAATA 5281 GGCACATAGAGGACATCTGTTTTTGTTTTTGGTTTTGGTTTTGTTTTTTTTTGTCTCTCTGACTAGCTAAACTGCCAACT 5361 AGAAGAATGGTTGTTATGTAGTAACTCAGAAGAATCTTTTAATAAGTTTCTTCTTTTGTTTCAAAACAAACTTGAGCTTC 5441 ATTTCTTGCCACCTCTATTCTTTCTTCCCACGTTGGGTGACTGAACTGATGCTTATTCTAGTTTTAGAAGAGGATCCACA 5521 TTTAATGTAAGGCATAAATATGCCTTTTGCAAATTATTGCTTGTTCTCCAGTGAACATTTGATCATATTCAACAGAAATC 5601 CACCATATAAACCATAATCCTTGAATTGCCCCTTTTAAAATAGATTGGTTAAAACCAAAAACCTATAAGAGAGAAATGAT 5681 ATTTCATTGTATTGTAGGTTTGGGAATCCTGGTTAGATTTATAATTTCTGGCCGGGTGCGGTGGCTCATGCCTGTATTCC 5761 CAGTACTTTGGGAGCCCAAGGTGGGTGGATCACCTGAGGTAAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCC 5841 ATCTCTACTAAAAATACAAAAAGTTAGCTGGGCATGGTGGTGCGCGCCTGTGGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGG 5921 GAGAATCCCTTGAACCCAGGAGGCAGAAGTTGCAGTGAGCTGAGATCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCG 6001 AGACTTCATCTCCAAAAAAAGAAAAAGAAGAAAAAGATTTATAATTTCTGAGTCCCCTAAGTCCCTTTCTCAGTTTGCAA 6081 TAATCTTACGTCCATGCTATTGACACTAATTTTGAAACTGGAAAGCTAATTAATGACATATTCATGTGTTCTTTCATCTA 6161 ATAAACATTTATTAATGTATAGTTCTACACCAGGCATTCTGAAGGGTCCAAAAGAAAGTTCCTGCCCTCTAGTAGCACAT 6241 AATCCGTTATTTCTCAGCACACCATGCCATCTGTTTATCATTCAGCAGTTAAGTAATTCATCACTTCATATTTTTACCAA 6321 AGTATATTTACAAGTCTGTTTATCTGGATCTGGCAAACTGGAAAATGTTTGAAGGGATACTCAGGCTTTGATCCATGCCA 6401 ACATGAAAGGACTCCAAGCACATTTAAGTAGGCTGGTCTTTTCATCATGCATGATTTTTTTTTTAGTGCAAATTTAGACT 6481 TTAGTTTGGGAAAGAGAACAGTATACAGTATCCTTTGTAAGATAAATCACAACAACAAAAATTAAGTTTTATTGCACAAA 6561 GTAGATAAATGAGAAAGTCTTTCTTAAAAAATGCTTCTTTAACTGTAACAGCAAAACTAAATGCATATTTTATCAACCCC 6641 TTATTTCTAATTGCTGTATTCATTTCCACCCTTAAACTATTTAAGCATTTCATCTGCTGAAAGTCCTTATATACATGGTA 6721 GACGGAATATTTCTCCATTAATGATAGATCAAAATGAAGATATTTAAAAATTAACAAAATCAGGCCAAGGCAGGAGGATC 6801 ACTTTAGCCCAGGAGGTCCAGACCAGCCTGGGCAACACAGCGGGACCCCGACTCCATTTAAAAAATTAAAAAAAAAAAAA 6881 AAACTTTTAACATTTAAAAAATAAAAATTAACAAAATTTCACTTATTCCAGGACACGCTGGCATTTGGACTCAATGAAAA 6961 GGGCACCTAAAGAAAATAAGGCTGACTGAATGTTTTCCATAATTTTCACACAATAACAGTCCCTTTCTATCCAGCTTGCC 7041 TTCCATTTATCTCTAGGGTTAGCTTTTCAGGCAACATCCTTGGTCATTGCCCAGAAAGTACCTGAGCTATCAGTGATTGG 7121 AATGGCACAGGAAACCGAATCACATGGGTGCCCTCCCCTTGGTTTTCAAGTATCTTGGAGTTGTGCACAAAAATTAGGTC 7201 ATGCCTTCAGTGTCTTGTTCTTTAAACCTACCCTTTGACAATCAGGTGCTAATGATTGTATACTATTAAAACCAGCACAT 7281 AAGTATTGTAAATGTGTGTTCCTCCTAGGTTGGAAGAAATGTCTTTCCTTCTATCTGGGTCCTGTTAAAGCGGGTGTCAG 7361 TTGTGTCTTTTCACCTCGATTTGTGAATTAATAGAATTGGGGGGAGAGGAAATGATGATGTCAATTAAGTTTCAGGTTTG 7441 GCATGATCATCATTCTCGATGATATTCTCACTTTGTCGCAAATCTGCCCTTATCGTAAGAACAAGTTTCAGAATTTTCCC 7521 TCCACTATACGACTCCAGTATTATGTTTACAATCCATTGGATGAGTGCAGCATTATAAGACCTTGGTGCCCAGAAAAATC 7601 TGTCCTTTTTGGTACCAAACCTGAGGTCTTTTGGAAGATAATGTAGAAAACCACTACCTATTGAAGGCCTGTTTTGGCTA 7681 ATCTGTGCAAACTCTGATGATACCTGCTTATGTGGATTCTTTTCCACACTGCTTTCATTTTTAAGTATAAAGACTTAGAA 7761 AACTAGAATAATGCTTTTACAAATAATTAAAAGTATGTGATGTTCTGGGTTTTTTCCTTCTTTTTAGAACCCTGTATTTA 7841 AACAAGCCTTCTTTTTAAGTCTTGTTTGAAATTTAAGTCTCAGATCTTCTGGATACCAAATCAAAAACCCAACGCGTAAA 7921 ACAGGGCAGTATTTGTGTTCCTAATTTTAAAAAGCTTTATGTATACTCTATAAATATAGATGCATAAACAACACTTCCCC 8001 TTGAGTAGCACATCAACATACAGCATTGTACATTACAATGAAAATGTGTAACTTAAGGGTATTATATATATAAATACATA 8081 TATACCTTTGTAACCTTTATACTGTAAATAAAAAAGTTGCTTTAGTCA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084044. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep3
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903829 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_a |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | GCAGUGAGCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCGAGACUUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903830 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_b |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | GCAGUGAGCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCGAGACUUC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | GUGAGCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | GCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | UGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCGAGACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | UGAGCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGAGCGAGACU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | CUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 8 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_006750 | 3UTR | AGCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGCCUGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 9 for dataset GSM1084044 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep3 |
Location of target site | ENST00000336278.4 | 3UTR | UGAGCUGAGAUCAUGCCAUUGCACUCCAGC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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305 hsa-miR-3135b Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT079084 | BIRC5 | baculoviral IAP repeat containing 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT118055 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT195529 | SNTB2 | syntrophin beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT312491 | SLC26A2 | solute carrier family 26 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT366306 | GDI1 | GDP dissociation inhibitor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT448908 | CLCN6 | chloride voltage-gated channel 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT451874 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT454235 | OSBPL10 | oxysterol binding protein like 10 | 2 | 15 | ||||||||
MIRT454512 | ZFYVE27 | zinc finger FYVE-type containing 27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457728 | SMOX | spermine oxidase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459797 | POTED | POTE ankyrin domain family member D | 2 | 10 | ||||||||
MIRT459905 | PIGO | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class O | 2 | 12 | ||||||||
MIRT462667 | HMOX1 | heme oxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466798 | SUPT16H | SPT16 homolog, facilitates chromatin remodeling subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468954 | RPS14 | ribosomal protein S14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469458 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | 2 | 6 | ||||||||
MIRT470214 | PRRC2B | proline rich coiled-coil 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470503 | PPP1R11 | protein phosphatase 1 regulatory inhibitor subunit 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476142 | GPR137C | G protein-coupled receptor 137C | 2 | 8 | ||||||||
MIRT476864 | FHL2 | four and a half LIM domains 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT478052 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT480647 | BSCL2 | BSCL2, seipin lipid droplet biogenesis associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT488513 | CD3E | CD3e molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497664 | PRMT3 | protein arginine methyltransferase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498656 | AP3B2 | adaptor related protein complex 3 beta 2 subunit | 2 | 6 | ||||||||
MIRT499315 | ZNF485 | zinc finger protein 485 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT499761 | CIRH1A | UTP4, small subunit processome component | 2 | 8 | ||||||||
MIRT501131 | SLC2A1 | solute carrier family 2 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502292 | GNG12 | G protein subunit gamma 12 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503452 | PNMA2 | paraneoplastic Ma antigen 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507072 | H2AFX | H2A histone family member X | 2 | 4 | ||||||||
MIRT509947 | TOMM70A | translocase of outer mitochondrial membrane 70 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT514508 | SHISA9 | shisa family member 9 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT515507 | GTF2F1 | general transcription factor IIF subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515912 | MFAP2 | microfibril associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516412 | COPA | coatomer protein complex subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516477 | RAB32 | RAB32, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517863 | NCAPD2 | non-SMC condensin I complex subunit D2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518785 | MED16 | mediator complex subunit 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518952 | GRK7 | G protein-coupled receptor kinase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519227 | PYCARD | PYD and CARD domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522561 | MCAM | melanoma cell adhesion molecule | 2 | 4 | ||||||||
MIRT523767 | FBXO27 | F-box protein 27 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528364 | ZMYM1 | zinc finger MYM-type containing 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT529369 | YWHAB | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein beta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT529978 | TNFAIP8L1 | TNF alpha induced protein 8 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530454 | SULT1B1 | sulfotransferase family 1B member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531643 | C19orf52 | translocase of inner mitochondrial membrane 29 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT531751 | TXK | TXK tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531915 | SLC4A1 | solute carrier family 4 member 1 (Diego blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532024 | FHDC1 | FH2 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533117 | YIPF4 | Yip1 domain family member 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534713 | RFX7 | regulatory factor X7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535473 | PARVB | parvin beta | 2 | 6 | ||||||||
MIRT535769 | MYCN | MYCN proto-oncogene, bHLH transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536744 | HSPA4L | heat shock protein family A (Hsp70) member 4 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537943 | DSN1 | DSN1 homolog, MIS12 kinetochore complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539525 | ABCF1 | ATP binding cassette subfamily F member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT540255 | FAM89A | family with sequence similarity 89 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540440 | RBM43 | RNA binding motif protein 43 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542984 | ERC1 | ELKS/RAB6-interacting/CAST family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543426 | LAMTOR3 | late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544676 | AP1S1 | adaptor related protein complex 1 sigma 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544727 | NDRG1 | N-myc downstream regulated 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545196 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553254 | TVP23C | trans-golgi network vesicle protein 23 homolog C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553277 | TVP23B | trans-golgi network vesicle protein 23 homolog B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565018 | VIM | vimentin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565931 | SAMD4B | sterile alpha motif domain containing 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569796 | CSF1 | colony stimulating factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570259 | PRSS16 | protease, serine 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570785 | ORC6 | origin recognition complex subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571144 | HM13 | histocompatibility minor 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572818 | MYO1C | myosin IC | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575204 | Entpd4 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT575284 | Mapk8ip2 | mitogen-activated protein kinase 8 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575304 | Osbpl10 | oxysterol binding protein-like 10 | 2 | 9 | ||||||||
MIRT575325 | Fbxo6 | F-box protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575381 | Ang | angiogenin, ribonuclease, RNase A family, 5 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT575675 | Map1b | microtubule-associated protein 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576902 | Poteg | POTE ankyrin domain family, member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607049 | IDS | iduronate 2-sulfatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607067 | POM121L7 | POM121 transmembrane nucleoporin like 7 pseudogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607492 | HEBP2 | heme binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607524 | ABL2 | ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607657 | BTN3A2 | butyrophilin subfamily 3 member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607797 | RHBDL2 | rhomboid like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607844 | PHLDA3 | pleckstrin homology like domain family A member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607931 | ANG | angiogenin | 2 | 3 | ||||||||
MIRT607968 | SNX22 | sorting nexin 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608076 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608100 | CRISPLD2 | cysteine rich secretory protein LCCL domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608143 | SYAP1 | synapse associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608905 | ZNF790 | zinc finger protein 790 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612930 | GPRIN3 | GPRIN family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616768 | LONP2 | lon peptidase 2, peroxisomal | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617446 | CCS | copper chaperone for superoxide dismutase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617554 | MTO1 | mitochondrial tRNA translation optimization 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618774 | HLA-E | major histocompatibility complex, class I, E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618928 | MEAF6 | MYST/Esa1 associated factor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619248 | TIAL1 | TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620572 | WBSCR27 | methyltransferase like 27 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT622655 | POU2F3 | POU class 2 homeobox 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT623175 | NAA50 | N(alpha)-acetyltransferase 50, NatE catalytic subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624167 | DGKE | diacylglycerol kinase epsilon | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625270 | AGAP9 | ArfGAP with GTPase domain, ankyrin repeat and PH domain 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625398 | AKR7L | aldo-keto reductase family 7 like (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625696 | OPTN | optineurin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626095 | MKLN1 | muskelin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626433 | CHDH | choline dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627015 | FIG4 | FIG4 phosphoinositide 5-phosphatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627079 | SF3A1 | splicing factor 3a subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627142 | HS3ST1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627349 | TSHZ2 | teashirt zinc finger homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627422 | THAP2 | THAP domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627443 | TAS2R5 | taste 2 receptor member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627882 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628080 | KAT7 | lysine acetyltransferase 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT628278 | CYB5D1 | cytochrome b5 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629096 | F2RL1 | F2R like trypsin receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629238 | CINP | cyclin dependent kinase 2 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629288 | UNC13A | unc-13 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629409 | ADM2 | adrenomedullin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629586 | RFC2 | replication factor C subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629637 | WDR31 | WD repeat domain 31 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629876 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629986 | NARS | asparaginyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630045 | TERF2 | telomeric repeat binding factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630063 | NIP7 | NIP7, nucleolar pre-rRNA processing protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630129 | ARHGEF5 | Rho guanine nucleotide exchange factor 5 | 2 | 2 | ||||||||