pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-4722 |
Genomic Coordinates | chr16: 88716278 - 88716337 |
Description | Homo sapiens miR-4722 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-4722-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 1| GGCAGGAGGGCUGUGCCAGGUUG |23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | ZNF805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger protein 805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001023563 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001145078 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZNF805 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZNF805 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZNF805|NM_001023563|3'UTR 1 GAAAACCTTCTGTTGCCAAATGTCATTTGTCACCTAAGGAGTCATATTAGAAAATCACGCAGCTTAGAGCCTTATTCTCC 81 ATCCGAATTCATCCTGGAAAAACACCCAGTGGTTATTACGCACTTGGGAAAACCTTTAGCTCCATCTTTCTCATTAGTTT 161 ACAGTGCAATGTTATCTCAGGAATTTTTATAAACAGAAAGAGGTGACATAGAAAAGAAAATGAAATGCAGACACTGCTTT 241 TATACTGTTGTCTTGTATGTACATTTCTGTCCTGTGTCAGGAAAGTTAGTAAGGGAAGGTCTGGAAACTTACTCAATGTC 321 TTTGTTCTACAACATTGTCTCTTCTTAAGAAGCATTGTTTTTATGAGAAATAATGAAGCCTTGAGTTATGAAATACTTTT 401 ATATTTAAGGATTAAAAGAAACATGAATGCGCACATTTTATTGTACCACTTAATACTGTTTAGGTCTTTGATTTTTTAAA 481 AAAATTCTTTTTTAATGGGTTTTAAACACTAACACTGAGAATTTTTCTTGATTCCCATCTGTTGGTTTACTTGATTGCTA 561 TAGCTGTATGGTAAATCTCAAAATTAGGTAATGTGATTTCTTTTTTCTTACTATTTTTATTTAAAATTCATTTAGCATTC 641 CTAGTTTGACTTTCCATATACACTTTAGGATTGGTTTTTCTGTTTTTCAAATATTCTTGCTTGGATTTTGATAGAAATTG 721 AGTTAAATCTATAGATCAATGTGTTGGAAATTGGCATCTTAGTCTTCCAATTCATGAACATAGCCTATCTTTTCATTATT 801 TAAATTTTCTTTGATATATTTCATTACTGTTTTATAGTTTACACAGTATAACTCCTGCACATTTAAAATAAGAATTATAG 881 CTGCATAGTTTTTTGAGTGATTGTAAATGGCATTGATATTTAAAGTTTCAATATTCACATGATGTTGGCTAGTATACAGA 961 AACATTATTTTTTCAATCTTATTTTGCTGTCTTGCAACCTTCCTAAACTCATTATTTCTTGCCATTTCTTTTGGGAGAAT 1041 CCTTAGGATTTTAAATATAGAAATGTCATTTGCAATTTGGGACAGTTTTATTTCTTGCTTCCCATCTGTATACCTTTTAT 1121 TTGCTTTTCTCATGTTATTGTACTAGGTAGGATTTCCAGTGTGATGTTGAATACGAATAGTGACAAGTTATCCATGCCTT 1201 GTTCCTGATATTAGGGGGAAATGTTCAGTTTCTCATTATTATGATGTTGAAAGTTGCTTCCAAAGAGTTTCTCTATCGAG 1281 TTTAGAAAGTTTCCCTCTATTCCTAATTTGCTGGGATTTTTTTGGTTATTATTAATAAGTGTTGAATTTTGTCATATGCT 1361 TTTTCTCCACCAATTGATTTAATTATGTGATGTTACTTCTATAGTCAGTTGATATGATGTGTTACCTTGATTGAGTTTCA 1441 AGTATTGAACCAGCCTCACATCTTTGTGATAAGCCCTACTTGATCATGGAGTATAATTTTGTTTGTGTACTATGCTACAG 1521 TATTTCATTTGCTAGTATTTTGTTGAGGAAGCTTTCCTCTGATTTCATGAGTGATAATCTGTAGTTTTCTTTCTTCAACT 1601 GTTACTGTTTGGTTTTGATGTCTAGATGATAACTAACCTCCTAACATGAATTGGAAGGAATTCTCTTCTGTTTTTTTGGA 1681 AGATCATGTGTAGAATTGGTGTTATTTGTTCCTTTAATGTTTGGTAGCTTTCTCCAGTGAAGAAGTGGGACCTGGAGATT 1761 TTCCTTTTGAATGCTTTTTAATTATGTATTTATTTTATTTAATAGGTATAGAACTATTCAGAGTATTTCATATTGGATGA 1841 ATTTTTATAGATTTTCTTAAGGAAGTGTTCATTTTATGTAAATGTTCTAATTTGTAGCATTCTTTGAAATATTTCCTTTT 1921 ATCCTCTTGATGGCAGCAGGATCTGTACTTATGTTCCTTGTTGTATTCTTGATATTGGAAATGTATCACTTATTATTGTC 2001 AGTCTTTGTAGACATATGTCAATTTCATTGATCATTTCAAAGAAATAGCACTTTATATCACTGATTTTTCTCCAGTCTCT 2081 GTTCTTAATTTCACTGATATCTGCTCTGATGTGTATTGTATCCTTTCTCCTACTTGCTCTGGTTGTATTTGACTCAGTGG 2161 TTTCCTGACGTGGATGTTTAGGTTATTGATTTGAGGCTTTTTTTCTTTTTTAATATAAGCTTTAAGTTCTATACATTTTT 2241 CTTACACTGCTGTTAGTTTCATCCCACAAGTCTTAATATGCTTTTGATTATCTTACTCAGTTCTAAGATTGCCTGATTCC 2321 TTTTGAGACATCTTCTCTAACCCAGGAATTATTTAGAAGTATATTGTTTAATAGTGTTTGGAGTATTCCCTGCTATTTGT 2401 TATTGATTTCTAATTTGTTTTGCATTTGATGTTACTGTTGAAATTTGTTGACTTTTTTTCCTTATGACCCAGGATATAGG 2481 CTGTCTTGTTTTACATAGCTGCTTGAAAAGAATGTGTGTTCTCGGTCATTTGGTGGAGTTTCTGTAAAAGTTTGTATGAT 2561 CCTGTTAGTTGGTGGTGTTATTTAGGTCTCCTGTATCCTTGCTGATTTTCTGTCTAGTATTTCTATCAATTGCCAAGAGA 2641 AGGATGTTGAAGTCCTGAGCTATAATTGTGGAATTACCTATTCCTCCTTTAAGTTCTATCAGTTTTTGCTCCACATAATT 2721 TAAAGCTCTGTTGTTTGGTATATACACATGTAGGTTTGCTTAGTATTCTTGGTGTATTGACCCTTTTATAATTAAGTAAT 2801 GTCCCTTTTTGTTCCTGTTAATACTCTTATCAATTTTTATCTGATATTTGTGTGGTCAGTCTTACGTTTTGGTTAATGCT 2881 TGCATGATTTACACTTCATCATTTTTTTAAACCTTATCTATATCACTATATTGGGAGTAAGTTTCTTGTGAATGGCGTAT 2961 ATTTGGGCTGTGGTTTTATATCCAGTTTGCGTATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTTTTGTTCTTG 3041 TTGCCCAGGCTGGAGTGGAGTGGTGCGATCTCCGCTCACTGCAACCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTC 3121 AGGCTCTTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATCCGCCACCATGCCTGACTGATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGAGTTT 3201 CACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTCAGGTGATCCACCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTAGGATTAC 3281 TGGTATGAGCAACCACGCACAGCATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTTGCTCTGTCGCCCTGGCTGGAG 3361 TGCAGTGGCGCAGTCTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGCCATTCTCTTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTAC 3441 AGGTGCCTGCCACCACACCTAGCTAATTTTTATATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCATCATGTTGGTCAGGCTGGTCTCA 3521 AACTCCTGACCTCAGGTGATCTGCCCACCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTATGTGTCACTGTGTCTGGCCC 3601 CAGTTTGCATATTTCTGTCTTTTATTGGTGTATTTAGACCATTTAAAGTTTACAATAATTATGTTAGTGCTATGTCTGCT 3681 ATTTTATGATTAGTTTTTTGTGTTTCCTGTTGCTTCTTTCTTGGTTTGTTTGGGTTTTTTTTTTTTTGTCTTTAACATTT 3761 TTTAGAATTCCATTTGATATATTTGTAGTGTTTTTTAAATATATTTCTTTGTATTTTTGTATTAATTTTTTAGTGGTTGC 3841 TTTAAGTAGTATAATGTACATATGTAACATAATTACAGTTAATGGTATGAAAAATTTAGCACTTTGATGTATAGAAACCT 3921 TACTTGGTCCCTTCACCTTGCCTGTTAATATAATTGTCTAAAGTAATTCCTCTTCAAAATTGAGCACCATGTTGGAAAAT 4001 GTAATTTTTGCTTCCACTGTCAAATATATTTTACAAAAGTCACAGGAAGTATTGCTTGTTGATCTCTTTACCCATTCCAC 4081 TATTCTTTCTTGAAATTCTAAGCCACCTTCTATTAACATTTTCTTTCTGTTTGGCGAACTTGTGTAACCTTTTTTCTAGG 4161 GTCAGTCTGCTGGTGTCTCTAAAAGTGTCTTTATGTTCCCTTCATTCCTGAGGGATATTTTTGTGGGATAATAGGATTTA 4241 GGGTCTGCAGTTCTTTTAGTACTTGAGAAACATGTTTGTTCCTTCTGTCCGCTATGGTTTCAGATGAGAAATCTGTTGCC 4321 ATTTGAACCATTGTTCCCTAGTTCATAATGTGCCATTTTTATCAACCTGCGTTCAAAGTGTTTTGTTTTTTTTGTAGTGT 4401 TCAGAAGTTTGGTTATGAGGTGTGTGACATGGAATTTTTTTGAGTGTATCATGTTTGGTTTTTGTTTAGCTTTTTGATTT 4481 GTCGGTTTATGCCCTTTGCCAAATTTGGGAATTTTTAACCATTATTTCTTGAAATATTTTTTCATCCCTACTCTTTCTCC 4561 TCTCTGTGATATGAATGGTAGAGCTTTTGTTACTGTCTCAGAGGTCTCTTGTGCTTTCATGTTTACCCCCTTTTTCTGGT 4641 CTATTTTTCCCTTTTTTTCATATTGGTTAATTTCTGTTGACTTTTTTTCAGCTCACTGATTCTTTTTTTCTGCCATATGC 4721 AGTCTACTGTTGAGCTTGTCCAATGAGTTTTCGTTTTGGTTTTTGTATTTTTCAGTTGTTTAATTTCCATTTGTTTTGTT 4801 TTGTTTTGTTTTGTTTTTTTGAGACAGACTCTTTGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCTGCTCACT 4881 GCAAGCTCTGCCTCCCGGGTTCATGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTACAGGTGCCCGCCACCAT 4961 GCCCGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACTGTGTTAGCCAGGATGGTCTCGATTTCCTGATCTGGT 5041 GATCCACCTGCCTCGGCCTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGCCTCCATTTGGTTCTTTTGT 5121 ACATCTTTGATTTCTTTGCTTAGTTTATAATACTAAAGGGCTCAGAAAACAGAAAAAACTAAATTCCAGAGTCATGGTTT 5201 TCTGGTGGTTTGTCTCAATATTTGAATAGAAATCCTAAATTATCTGGAGGAGTAGAAGTCCTGTAATCTTTTATATTGGG 5281 CTTCTTAAATATTTCTGTCAACAGATCTTATATCAGGGTGATCTGCATATCATTCAGAGTTACGTACTCCACGGGAAGGT 5361 TGTATGTAAAATCCTCCAGCTCTGTAAGCCTTGTTATATCCTCAATGGAGAAGGGGTCATTCCTTTTCTAAGATCACTCT 5441 TACACTTTTTTATTAGACACACACACACCCTTCCCCAACCAAACTTGTCTAAGTCCTCTGTCTTTCATACTCTTGTTTAG 5521 TCTTTAACTTCTCCTTATTAACCAGCTTCTTTCCCATAATGTATAGCTTTAGTCGGATCTCAAGCCTCGTTTCCAACCTA 5601 TTTCACCCTTCCTTGCCTATCAAGCTCTGGTTATTCTTTCTTCCACACACATGCCCTGAGTAACTATTCTGTGCACTGTC 5681 GCCACCCCTTTACATTTCCTTTTACTCCCCAGATACTACTAAATGGCTTCCACCACCGTTGCCTGACTTAAGCACGTCTC 5761 AGAAAGGTCCCTTTTGACCCCCTCACTCTCTTTTTGGACCTCCATACTGCTAAATCTCTGACTTGAAGGTCCTTTCCTGG 5841 CTTCTGTGAATTCCTGGCTTTTTTCCTTTTTAGGGTCTGTGTCTTTCTTCCATCTGTAAAACAGCTTTACTTCCCAGCAT 5921 CCATCATGATCATTGCTGTTTTCTAACTTGTCCTTCACCCCATGACTGAGTTAATTTGCGCTGAAGACACTTTACTCTCA 6001 ATTATCTACAGTGTTTCCCTAAATCTGTGTCTCCAGGTTGGATGTTTCTCATGTCGTTAACCACTGGTCATCCTTCCACA 6081 CCTTTTCTGTATTTGCACTCACTGAGCCTATATGCATGTATCATGTGGCCATGACCTTGGCCGTGGGGATGCACCCATAA 6161 TCATCATAAGAGAACACAAATTATTACTGTGTATCAGACATTGTTTCGAATGTTTTACATGCGTCAGCTCTTTTAACCTT 6241 TATGACAACTCCATAATGTTATTTCCCCCCTTTAACTGATTAGAAAACTGAGGTACAGAAAGATTAAGGAATTTGTCAAA 6321 GATTTCACAATTATGAAATTTGGGTTTGGGGACTGGAAGCCACTGCACTGGCTTCAGAATCCATGTCCTTAACCACTTTA 6401 TTGCTTCTCATAAGGTGGGTCTTTGTTTCCTGGTCATCACTTGTTTTTACTAAAATGGGTCAAACTGTGCTCATTTATTT 6481 ATAATCTACTATTCTTATTTGACAGTACATCTTGGCCATTCCTTCAAGCAAATGAGATAAACCAGACTCACTCTTTAATG 6561 CCTGCATAAGCTATTGTGACTGTAGAAAAGACGGAGAATGTCTGGGTTTGAGGATATGTGGGAGGGGTGGGGAGAAGGAG 6641 TAGAGAAGGGCTAAGGCATGCATGTTGTTTTAGGTGTGTTTGAGATGCCTGAAGAACATCAGTGTATCCCCCTAATTTCT 6721 GTCATGTTACTCAAACCAGACACATTGTGGCCATTTCTTTTTCCTTTATCATTCCCACGTCCGGCCACTGCCCCATTCCT 6801 TTTTGTTCCGTAGTAGACCCTCAATATATATGTGTGTGTTGGTAAATGGCCATACACAGCAGGGTATTTTTTATTATTAT 6881 TTTCAGTTCCCTCAGCGCGTTTACCACAAAGCTGTGCATATAGGTGGCACCATATATGGCGTACCTTGACCTCGAAGAGA 6961 ATCTACATGGACTTTTATGGACCTACGTACACAATTTTAGAAATCATAATAAATGAATGCTGGAGTCCTCAAGACCCCTT 7041 CCAGATTTGATTTGCTAGGAAGACTCACAGGACTCAGCATTTTGTCATACTCAATGGCTATGATTTACCACACCGAAAGA 7121 ATCCAGAGCAAACTCAGCAAAAGGCTCAAACCCAAGTCCAGAGGAAACCAGGCACAATCTTTGAGAATCTTAATGAAATC 7201 ACACAGGATGTGCTTCATTGAAGCTCCATCTGGGACTTAAAACAACACACGTGAGATGTGTTCCAGGAAGTCGTCTTGAG 7281 CACCCATTGCTCAGAGTTTATATTGGACTTGCTTTCTAGCACATACCACAATTGTAGACCTCCAGAAGAACAGGAGGTGT 7361 TCAGCGTAAGACAATTTAGGCACACGGAGCTACTTCTCATTACTGGGAACAATGGGAAACTTCCCAAAACCTAAAGTACA 7441 GACTCCAGCCAAGGATGAACCTTGCAAGATCAAAGAATAGCAGTCTCTGGCCTGCTCTGTTCTCTTTTTCACAGTAACTT 7521 AAATGGAAAAATGCTGAGTTAGCTTAAGTTTCTGTAACAAACATTAAGCAAATAAAATTTTCTATAACAGAAATAAGCCA 7601 TAGCTTTGAGATGAAGGCTTATATACGTGTAAACCATTGTAACCAAGAAAAAAAAAAAAAGTCAGAGTCACAGTGAAAAT 7681 ACTTAACAAACTAGCCAGGATTTAATTCAGTGATGACAGGGAACAGAGGAAGTCTTGTGAGAAAGGATCTTGCCTCTGCC 7761 TAGTATCTTTCACAGATAGGCTTCAAGTGGTTTGATTTGCAGATACACCCTTTCTTGGCCTTTATTTCGGCAAAGATGTG 7841 ATGGGTAGGTAAATGCCGTGTTCTTTCCCTAGCACGTATGTCAGTTTCTCATCCACTCTTTGTTCTTGCTATTGAAAGTT 7921 GTAGCTTCTGGCTACAACAGAGATAGTTGAAGAATATGGAGTTCGCCATAATTTATCATTAAATGTGGATAATTTGAGAT 8001 TAAAGAATATGTTGTTGCAGGCTTAGTCACTTTGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 390980.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | Prostate Tissue |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in SRX1760638. RNA binding protein: AGO2. Condition:AGO-CLIP-PC3-miR148
... - Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al., 2016, Neoplasia (New York, N.Y.). |
Article |
- Hamilton MP; Rajapakshe KI; Bader DA; Cerne et al. - Neoplasia (New York, N.Y.), 2016
MicroRNA (miRNA) deregulation in prostate cancer (PCa) contributes to PCa initiation and metastatic progression. To comprehensively define the cancer-associated changes in miRNA targeting and function in commonly studied models of PCa, we performed photoactivatable ribonucleoside-enhanced cross-linking immunoprecipitation of the Argonaute protein in a panel of PCa cell lines modeling different stages of PCa progression. Using this comprehensive catalogue of miRNA targets, we analyzed miRNA targeting on known drivers of PCa and examined tissue-specific and stage-specific pathway targeting by miRNAs. We found that androgen receptor is the most frequently targeted PCa oncogene and that miR-148a targets the largest number of known PCa drivers. Globally, tissue-specific and stage-specific changes in miRNA targeting are driven by homeostatic response to active oncogenic pathways. Our findings indicate that, even in advanced PCa, the miRNA pool adapts to regulate continuing alterations in the cancer genome to balance oncogenic molecular changes. These findings are important because they are the first to globally characterize miRNA changes in PCa and demonstrate how the miRNA target spectrum responds to staged tumorigenesis.
LinkOut: [PMID: 27292025]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903830 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / CTLTD_shCTL_b |
Location of target site | NM_001145078 | 3UTR | CUCUGCCUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903831 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_a |
Location of target site | NM_001145078 | 3UTR | CUCUGCCUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903832 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Human neurons / 124TD_shELAVL3_b |
Location of target site | NM_001145078 | 3UTR | CUGCCUCCCGGGUUCAUGCCAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161238 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset |
---|