pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-758 |
Genomic Coordinates | chr14: 101026020 - 101026107 |
Synonyms | MIRN758, hsa-mir-758, MIR758 |
Description | Homo sapiens miR-758 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-758-5p | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 15| GAUGGUUGACCAGAGAGCACAC |36 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | CREBRF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C5orf41, LRF | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | CREB3 regulatory factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_153607 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001168394 , NM_001168393 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CREBRF | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CREBRF (miRNA target sites are highlighted) |
>CREBRF|NM_153607|3'UTR 1 TCAGCCTCATTGGACCACTGGTCAGAAATGTCTGCGTTTTGTCACGTTATCCATTGTAAATTTTCATTCTGTTTTGCATG 81 TCAGTTAGCATTATGTAAACATTTACAATTAGGTTACATTGTTTTAAGAACTAAGTAGCATAAGTGAAGCATGATCCAAA 161 ATACTTGATTATTGCATTTTCAGAGCATAAACCATGATTAAAACTGCTACTGGCATCAGAATTGAAAATCATATGTTTAA 241 GTAAATGTTAGGTACAGATTACAAAAATCTGTTAAAGCAAAACATTTTGGAGGAGTGAAATAGTAAAATGCCAAGTATTG 321 TGGCAGATTTATGCTCTGAACCACACAAAAAAATTGAGGAAGCATTTTTTTAAACAGTCGGTTTAAATTGTTTTTAGAAT 401 TATTGCTTTTTGTTCTAATTTTCCACAACCATTAATCTCACTTGTATATGGCACACCCAGCACTTGTGCCTGTGGGCCAT 481 ATTAGATGTTCATTGTCAGAGCTCAAGATGATATATATAAATATATATATATATATATATATATACACACACACACACAA 561 ATGTCTGTGCAAGTAAGAAAAAAAAAGCATATTCTTTGTGCCTTGTATTTTGGGGAAACTCTAAAACTGGTAATATTTTG 641 TATGATGAAAACCCTAATGAGAAAAAACAAGATATATAGATGGAAAAATTATGGGGTTTAAATGTTTTTTTGTTCCAACT 721 CTTTTTCAGATTTTTTGAATGTATATAGGACTATGTTGAAATGTAGATATATGCCACAGAGTCTGTGTATTGTATAAAAA 801 ACAAAACAAAAAACAACAAAAAAAAGATGGCTCTAGAAAACTCATATTTCGGTACTTGACCGGAAGAAGACAAATACTTG 881 CACATTATTGCGATTGTTTTATTTTTTGTACCAAAGACAAATGCAACTGATATGGCAAACTGCCAGTCTAAGTAAAGTTT 961 TGCACAGCTTACATGATACTGTATGAATGTATGAAAAAAAAGGAGAAAAAAAAGAAAAAAAAAGGTCAGGGTTAGGGATC 1041 TTACTGAACTGTGAATTTTATTTCTGTTTGGGTCCAATTATCTACAGAAGGAGCATCCATACATACAAATATTATTTTGC 1121 TGTTCCTCTAGTTCGCTTCCATAGTAGATAAGTTGGTGGCCATTTAGATGTCTTTTATTTCTGCACTTATTGTAGGAAAT 1201 TTTAATATATTTCATTTTAGTAAGCTATTGATAAAATAGTTTTTGACTTTGAAAATTAAAATGTTTATTTAGCTTATTGT 1281 AGTATACTTCCACCAGACAACAAAATAGATTATTTTTATTGTATTATGTATATATATATATGTAAAGAAAGAAAAAAGCT 1361 AAAAATATCTAATTCTTTAGTTGCCACTTTTCCGATTGATGTATTATTGTGCATGTAATATTTTCAAAGATCAACACAGG 1441 CTAAAACAAAAACAATTTATAGATTTTTATATTTTTGTACAGGTATTTTCAAACTAGCTTCTTCAAACTTAACATGTGAC 1521 TTATTCTTCTATAGTTTCTAGAATTGAGAAACATTAACACATTTAGTTTTTAGGTGCTCTTTTTTGCTCATATAAAACAG 1601 CTTCATTAGTCAGTGTTTTAACTGTGTTCAAGCTTTACCTCTTGATGAGAAATTTCTTATGTCAAGGCAGCATTATAAAC 1681 CTTCCCCCACAGATTTTTCCATCCTGTCTCTCTTACTGTTTTATTCTCAAATCTTGTGCTTTGAACTCTGAAAACTGGTG 1761 GCTTAAAAACTAAAAAAAGAAAAAAAGCATATTTAGCAAGGAAAAAAATACCAAAAATTTCAGGCATAGCTGCTGGAAAA 1841 ATTATCTATTTCTCCATTACCCACTGTAGGATTTCTTTTTTAATTATACTTTGACTATAAAGTGTCAAAGTATAATTTGT 1921 TCTTTTCTTTTACTTTGTTACCCCATTTGTAAGCTATAGCATATGAAGCTATATATATAGCTTGTGAAGGTTTGATCTAG 2001 AACACCCAGTAACAAATGAACAATGTTGCTTACCTGCTTCTTTGACATCTTAAAAAAGAAATCCAAGGAGGATTGTAAGG 2081 ATTGTCTTACCACCTTAGCTGAACTGTGATGCACAAGATTTTTCTATGTGTTTGGTGGAAATGTACCTGGTTTGTACATT 2161 CACGCTAAACAGATGATAAGCTCAAGTCTGATGGTTTAATAGAATGTAAGTTCATCGTTTAAAGCTTTTCCTTTTTAGGT 2241 TGGAGAAGGCAAAACACAGGCTTGCAAGTTGGAAGTATATGAAGTCTTGACAGAGTGTGTCTGGTAAATTGAAAAGTGTT 2321 TCAAACTATGGCAGTTTTGCAATCAGGTGAAAATCACCTCATGATATTCAGCTGATAAGGTTTATAAAATTGCCCCTTTC 2401 TAGCTGCTCTGTTAGGAATTCTGGTTTTTGATACTTTTTTCCTGTCTGCAAACCAGAATTTGATTTTTTGGTCTTGCATT 2481 TCAAAAAAAAAAAGACTTTGAATCTGTTTAGTAGATTCCATATCTTTGAGTTTCAGTGTTTTATATGTACTACTTAAGTT 2561 AAATAGTTAAAAGCTTTTAAATAGTTGAGCTTTTTAATGTTGACACTTTATTTTGTACCTATTTATATATGTATGTATAT 2641 CTTAGAAAAGCACTTTGTTAAAAAAAAATTGCATTTTATATGATTCCTGCCATTTGCTGCTAAATCTGGGCTGGTCAGAA 2721 TGCTGCAGCGATACTTGATCTATATAAAAACCTGGCAGTAAAATGTAGAGTGAAAGTTAAATCCTCTTGCTGTTTTAACT 2801 TTATCATAAAGATGACATAGGCAAGCTGTGCAGCTTTACATTTTAACCAGGGGACTCTGTGGCATTTAAAACCGTCTAGA 2881 AATGGTTGTACTTTAATGCCAGTAATAATCTGCTTCCTCTATTGTCATTAAAATATATACGTTTAGTGTATCACACAAAC 2961 CAATCTTATAAGGGTAATGTAAAAACCCCAACAATTGTACATGTTCTGTTTTTGAAAATTGTGGCATGTATTTTTGGGTG 3041 AAGATCATTAGAGAAGAGTTCTCTAAAGGTTTTCTGTGTTCATACATGGTATACAGATAGCTCATAATGAAGTCCAGAAT 3121 CTTACTTTTAAGTGAAGGCATTGTGAATTCACCTCAAGTAAACCCATTGTTCCAAAGCAATTATAAACTTTGACTCTAGT 3201 ACTACTATGATTTAAAAAAAAAAAAAACCAACAAAAACCTTTTTTCCTAGTTTCAGATACACTGGATTCTTTATAGAGTT 3281 TGTCTCCATATGAAAGCATGCTGTCCAGTCGCTCTTGTTAAGATCTTGTCTGAGTTTTGAATTGGGTGCCACACTTTTCC 3361 AGTCAATATAATTGCTTGTTCTACTGTACCATGTATGATTCTTGTCCTTTCCTATATCCTTCATGACAGATTATGATGTG 3441 GCTTTATATTGTGCCTTACTTGTACATTTAAAACTAAACGTCTTCATTCCCTTCCACTTCCTACATCTTTAACTTTGACC 3521 TTTTTGGTAAGAGAATCAGAACTATTACAAAAGCATCATGAAGGATTTCAGATGGGTATGGTTTCAAATTCCCTCTCTTT 3601 ATAGTTATTTTATATTTGTATGAAAGACCAGTTTTGGATGGTCTTTGAATATAGGGGGGAAAGATTAGCAGTAATTTCAC 3681 TACATCCCTTTTCTCTGACTTTCATGCATTTCTCATACATCTTCTTTCTGATGCTTGACTTTATTTGCTTCCTAGCAATA 3761 GTCTGCATTTAAAGAAAGGTGTGTTCAATTCATCAGCTTGAAATTGACTATTTCATTTTTCCAGGATTTTTTAGGAGAAG 3841 AGTACCCATTTTGTTTTATAAAAACAGATGACAAGTCTCTTTAAAAGAAACAGAAGTACAGTACTTTTGAAATACAATGC 3921 TGTTAGTTTGGATTTCTTTTTATATATATATATAATATTCATACAATGATCTGATGTTTGCCTTCATTAATAAAGCTGTT 4001 AGTTTATTCACCAAAATGTCAAGAATGGATGTGCTTTTCTTTATTCCACACATTTAAAAAAATTTAGCTGCTAAGATTTA 4081 ATGTTATAAGAAATGAATTCAAGTTGCCTTCAGCAAGAATTAACAAAAACTTATGTTCCCTTTCTTTATATAGTTTCCTA 4161 AAATTCTGTTCAAGTATTTTCTAGTTAATTATGTAACAGAATGTTAGCATCTCTCCATATCTTGAAACTTGAATTTTGAG 4241 AATGCATTGAATTATGCTTTCAGTGTTAAAGTAAAAGGTTTCAATTATCCTTCTAGTGAAGTCTGTTGTGGAATACCATT 4321 TCCCATGGAACTGAGGCCATTTCCACAACTTTGCACAGAACTGCAGTCTTGTTCTTCCCTTGGATCATGACAAATAAGTC 4401 TCACACAGTGCCGTAATACTTGTGGATTCTTTTGTAATCTTTGTAATCTTAATAAGGGCATTATGAGAAGACGACTCCAT 4481 GTTTTTTTAATACTTCAAACACATTGGGATGTAACAATGAATGTCAACTGTAGGAATGGTGGTTTCGTTTTAAGGAATAA 4561 GCATGTTGGGGAAAGATGATGAAAATGTACTACTGAAAGTTATACACTTCCATAGGCAAATGGGATTATGTGTTGAAGCA 4641 TAGTCCTCATGCTTAATAAACTGACTGAAATCGTAGAAATTACACCTAGGAACTGAGCTAGGCCAAATTGCCATTTTTGT 4721 TTAGAGAGTTTTGGAGGTAGTAGTGAGGGGACAGAGCCTTAAAACTACTTCCAAACAGTATTTTGGAATTGAAGACTTGG 4801 TAACTAGTGAAGAACATCAAAGTTGGGTATTTCAATGTGCCAAGTTTGGGTGAACTAGGTTCGGTTTGCCTCTTTCATAA 4881 CAATGTAAACACAATGGTGTAGTTAATTAAATTCTGGGTGGATAGGAGCAGGACTGATTACTATGTCTTGCCCTTCGCCC 4961 TTTGTTTTTTTCAGAACCAAATAACAGAAATGTGTATGTGTGTACTGTATCTGCCTTTCCACCACATTTTTATGACACTG 5041 TATTCCACTGCCTGCTTTTTTACCTTCTTTCCCTAGGATTTGTCCTACAGCTTAGTATTGTGGTTGACAGCGATACTAGG 5121 GCTGACAGCACAGAAGTCACAAGAGAAGAGTGGAAGGGCAAGAATTCAAAGCATTTGTTCATACAATGTGGCAACCTCTT 5201 TTGCATAGTTGCGTAGGATCCTGTTTGTAATGCTATCATAAATATTCTGTAGTTTTTTTTTTTTCTCTCCCAACTGGAGC 5281 TATGACACTTTTTATTGGATTCAGTCTTGTCTCTTGTCTAGAAAGAACTTTATCTTGTTGACGCATGAGCTGTTTAAAAA 5361 TTATCCTATTAAATGTTGGTTAATAGTTGTGCAGTTTTTCATTTCAGATGGAAAGGCAATGCAAATTTTGCCTTTGTTTT 5441 CTGTCACCTTCCAACCCCTGAGCACTTCTAGTCAGATACAGATTCATCAGTGTATGCAACATCCTTTGTAATTTAAAATA 5521 AAAAAAGATGAAAAGAAAACGTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1462574 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000540014.1 | 3UTR | UUCUAAUUUUCCACAACCAUUAAUCUCACUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
62 hsa-miR-758-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT085323 | MORC3 | MORC family CW-type zinc finger 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT089441 | STAMBP | STAM binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT089456 | TET3 | tet methylcytosine dioxygenase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT111856 | CCND1 | cyclin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT184933 | ZNF268 | zinc finger protein 268 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT215288 | CREBRF | CREB3 regulatory factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT237300 | LPP | LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT238446 | MYO10 | myosin X | 2 | 4 | ||||||||
MIRT273827 | RPL41 | ribosomal protein L41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT282703 | HOOK1 | hook microtubule tethering protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT347970 | ZNF850 | zinc finger protein 850 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT371076 | KLF3 | Kruppel like factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464339 | USP6NL | USP6 N-terminal like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470034 | PTP4A1 | protein tyrosine phosphatase type IVA, member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477506 | ELL2 | elongation factor for RNA polymerase II 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482886 | CACNA2D3 | calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492606 | POLR3E | RNA polymerase III subunit E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT502294 | GNG12 | G protein subunit gamma 12 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507600 | DCTN4 | dynactin subunit 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT510728 | SON | SON DNA binding protein | 2 | 6 | ||||||||
MIRT514065 | KCNJ6 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 6 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT519718 | ZNF512B | zinc finger protein 512B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520890 | STRN | striatin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521760 | PPIL1 | peptidylprolyl isomerase like 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT526874 | ERCC8 | ERCC excision repair 8, CSA ubiquitin ligase complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530232 | WSB2 | WD repeat and SOCS box containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532003 | ACTR2 | ARP2 actin related protein 2 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533371 | UBE2D4 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D4 (putative) | 2 | 4 | ||||||||
MIRT547106 | PIGW | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class W | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548189 | FOXA1 | forkhead box A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552935 | VKORC1L1 | vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560085 | ZNF195 | zinc finger protein 195 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561726 | PPP2CA | protein phosphatase 2 catalytic subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562713 | ZNF415 | zinc finger protein 415 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562761 | ZNF846 | zinc finger protein 846 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564159 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565673 | SETD5 | SET domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565718 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566026 | RFX1 | regulatory factor X1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569048 | ZNF655 | zinc finger protein 655 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570367 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570410 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570443 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571738 | RNF11 | ring finger protein 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575042 | Tpgs2 | tubulin polyglutamylase complex subunit 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT614330 | ZDHHC22 | zinc finger DHHC-type containing 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617629 | RAB3IP | RAB3A interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621667 | UBE4B | ubiquitination factor E4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639906 | SRGAP2 | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651436 | XRCC5 | X-ray repair cross complementing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683853 | ZNF208 | zinc finger protein 208 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT684841 | TPGS2 | tubulin polyglutamylase complex subunit 2 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT689347 | ZNF83 | zinc finger protein 83 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692492 | SPIN4 | spindlin family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695711 | OLA1 | Obg like ATPase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698219 | TMEM248 | transmembrane protein 248 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711560 | FAM20B | FAM20B, glycosaminoglycan xylosylkinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712867 | TMEM67 | transmembrane protein 67 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722956 | TSPAN1 | tetraspanin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723622 | SOBP | sine oculis binding protein homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724176 | ABCF2 | ATP binding cassette subfamily F member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT755363 | LMBR1 | limb development membrane protein 1 | 3 | 1 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|