pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-1185-1 |
Genomic Coordinates | chr14: 101042977 - 101043062 |
Synonyms | MIRN1185-1, hsa-mir-1185-1, MIR1185-1 |
Description | Homo sapiens miR-1185-1 stem-loop |
Comment | This sequence was proposed as a miRNA candidate by Berezikov et al by RAKE analysis . |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-1185-1-3p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 53| AUAUACAGGGGGAGACUCUUAU |74 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | |||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | TP53INP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | SIP, TP53DINP1, TP53INP1A, TP53INP1B, Teap, p53DINP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001135733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_033285 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TP53INP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TP53INP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TP53INP1|NM_001135733|3'UTR 1 GACTCACGGGCACAGAAGTGGAAGCTCAAAATGAAATGGGGCAGCATATTCATTGTTATGTTGCAGCTCTTGCTGCTCAT 81 ACAACTTTTCTGGAACAACCCAAGAGCTTTCGCCCTTCCCAGTGGATAAAAGAACACAGTGAAAGACAGCCTCTTAACAG 161 AAATAGCCTTCGTCGCCAAAATCTTACCAGGGATTGCCACCCTCGGCAAGTCAAGCACAATGGCTGGGTTGTTCATCAGC 241 CCTGCCCGCGTCAGTACAATTACTAATAGTTTCAAGTTTTGTTGGTTGGTTTCTCTTGGTTTGTGCTTACATGTATGGAT 321 GTGTGTATATGTACAGTGAAAATGTTGTCTCTTTACAACCAATTGATAACCAATCACATAGTTTTATCAGTGTATTTAGA 401 CACTATCTTGAAAATCAGATTTATATGCTGTGTATCACATAATGCCTTGCCTTTAACATTTACTTTTTTTGTACACTTTT 481 TCAGATTATTTCTGGAAACATATCAATATAATTACAGTGTTTGGGGGTGTCTTTAAATATATTAGGTTATACATTAGTCA 561 GCATTTTAAAGACATTTCTTCCCAAGTACGAGAATAGGCATCTTTCATTTTCATTTTATTTTGTATTACTTAATCTTTTA 641 AGCAAGCAAAAATTTATTCTCAGGGTCAGCTGTACACTTTATTGACCAGTACTTGATAATCTCTCTGTATATGATGAATA 721 CATTTTTACACACTAACATTAGCATTAACAGGTGATAGTTGCCATGGATATAATGGAATTATGGCTGGACTTTCTTTTGA 801 AAGAAAACTTGATGTATTCTGTGTGTATGGTTTTTCCCCAGATTAGTCATACAGTTCATTTGGAATTCAGGTACATTAAG 881 CTTTAGTGAAGAGTGCATGCAGTAATTCCAATGTGACTGCATGACGTGGTACAGACATTACAGGTGTTGTAGACAGAGGC 961 ACTTGTCTCGTGCAGAGGGATTAAATTAGACCTGTGAGATTATATTTGGAAAAATTCATGTCTGTAACTAACCCATTAGT 1041 GCAGTATTTAATTTGTTACTATTCCTTCCCGCCAATTCTGTCCACTCCTCACCTCGCATCAGCTATAAATTTGGAAGTAC 1121 TTGTCCAGGCACTCAAGTGACTTCATATTTCTCTCTGCCCATGGGAAAAGAGATAGGCTTTATATTTCCACAGAGTGAAA 1201 AATCCTCTGTCATGGAGCCTGTCCTGCCAAGTGGCAAGAGTGTGGGGACTGTCTGGTGATGATGTCTTTCATGGCATCTG 1281 AGTGAAGAGTGACAGGTTGGCTCAACTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTAATTGCCTTGTATTGTAAGTATTCTTCCCTGCAG 1361 TCCAAGTGACTTTTCATTTTTTGTTTTAACTTCAGGCAAAATCTTTAACCACTCTGGCCTCTGTTTCCCCCACCAACGGG 1441 GAGCAGTGACATTTACCTCCCTCACAGAGTCACTGTGAGGATTCTATACTGATTTGAAGTGGAGCTGTTCAGAACTGAAC 1521 CTTGTAGGAAATTCCAAGGGCCTTTCTACTGAATCTGGTGATGGGGTGGGGCCGTGGCACTTTCTCTGCCACAGCTGTTC 1601 TTCACAGTGTTGGTGCTAATGAGGCCAGGGTGCAGGGTTCGATTCACACGTAGGCCAGTTAACTTAGAGAAAATCTATTT 1681 CCTTACCTCTAGCCAGTCACTTCCTTTTTCCGCAGTTGTGATGGGTTTTGCTGAGCCATCCACTCTGACTGATTTCCTCT 1761 GAAGTAAACATATTTACAATCCAAAGCAATTCTACTGACAGAAGTGTTGCCTTCATAATCAAACAGCTTGTTTTTCCATC 1841 TCCTCTGCAACCCTAATTAAATGAGTACAGGTCTACAAAATGTTTTCAAGGAGAAAAGCAGCATATCCTTAAGTGAAGTA 1921 TTATATTTTTCAATAACCCTGTAGTGGCTTGATGCAGGGAACCCTGGGGGACTTTCAGCGAAGAGCTGTGCTCTTTTCTG 2001 ACTAGATTAGAGCGTTTGGAGTGGAAGACGTCAAATGTGTAGTGAGATGGAGGTTTTACATTGTTCTTCTACTGGCTGTG 2081 ATGAAGTGCCAGAATGTCTCTTTAGAACAAGAGTTAGATTCCCCCTTTCTCCTTATTGCCCCTTCCGTTTTGACTTCCCC 2161 TTTATTTATTTGTTGTCTAATTAGGGGCCAAGTCTGTAAAGTTTTGTCAAAGTGAGTTAGAAGTTGTTTTCTCTTACTAT 2241 TTGTGTTTACCAGAGTTGGGAGATAAGATAGTTTCCATGAAGGTGTGTATGTTTTATACGATGTTTGTTATAGGGCCATG 2321 CATTGGTAACTTGAAAATAGACCAGCTTAATGTCTTCAGGATGTAAAACTCTGAATACACGGCGTCTCTTTTTCATACAT 2401 TGCATGTAAGTTGTTAGTACCTCACAAGCTACAGAAGTTCAGCCATGAGATTTTGTTTGGCAACATGAACAGATTTGTGT 2481 ATAACTGCAATGGCCTTTTTTTCCAGATTTCCTTATTGACTTTTTGTTTGCCTTACCTGGGGCTAGTTTTTTATGCTTTG 2561 TACCTAGAAAACAAAAAATTACATTCGTTGGGCTTTTTTTCAAGGTTGGGATTACCACACCACCTGGAATATCATACTGT 2641 GGTTTCTGCCTAAAATTGGCACATGTAAGTATTGAAGAAAATGGTTATATAATTCAGTTGAAACTCTTGGTTATTAGATG 2721 TTAGGCATCTCCTGTATGTAAGACACAAGGCCAACCACAACACAGAACGATGTTGACCTGTTAAGTATTCTCTGAAACAT 2801 GGCCAAAATGCATTTTATGAGCTTTTTTTTTTGCTATTGTAAATATTAGTGGTTTACAATGCGCTTTAGACATATTTCTT 2881 TAAAATGCAAGCAGTGAGAAATAAGACCTCTCTGAATTAGTAGCTCTAAACTGTTAACATAGAATGTTACTTGGAAAAAG 2961 TCTGGAATATGTGGTGTACACAAGCAGTGCTTCGTGAATGAGTTTCTTAGCTTTTATAGTGCGCCATGTTTCTCAAAGTT 3041 TGTTTTTGTTGACAAAACATTTTATAATATATATCTTATGTTTATTTTTTTTCTCAACTAATTGTGTACTGCACTGTAAG 3121 GTGAAAATTAGCCATCCATTATTTATCTTCTGTGGCAATGCATTTATATGGTTGATTGGGTGGGGAATTTTTTGCAGAAA 3201 GATGCAAAGTGATTGGGTTTTCGACTTCCTATCGCAGGGAGCTTTTAAGAAATATTAATTTCCTATACATTTTTCCAATC 3281 CCCATGCAAACTGTTCCTGTTTACATACCTTCTCTGTTGTATCAGTACTTTGAGTGAGAAGACAGTTTATTTAAAACTTG 3361 AGCAGGCTGTTCAGCATTGTTTCTGCTTCTGAAATCTGTATAGTACACTGGTTTGTAATCATTATGTCTTCATTGAAATC 3441 CTTGCTACTTCTCTTCCTCCTCAATGAAATACATTATATATTATCTTTATGTACTCTTAAGAAAAACGAGCAAGGAAGAG 3521 TATCTTCATTATTCTCATTTTCTCTGAGTTGGAAACAAAAACATGAAGGACTCCAACTAGAAGACAGATATTTACATTTA 3601 AATAGATTAGTGGGAAAACTTTAAGAGTTTCCACATATTAGTTTTCATTTTTTGAGTCAAGAGACTGCTCCTTGTACTGG 3681 GAGACACTAGTAGTATATGTTTGTAATGTTACTTTAAAATTATCTTTTTATTTTATAAGGCCCATAAATACTGGTTAAAC 3761 TCTGTTAAAAGTGGGCCTTCTATCTTGGATGGTTTCACTGCCATCAGCCATGCTGATATATTAGAAATGGCATCCCTATC 3841 TACTTACTTTAATGCTTAAAATTATACATAAAATGCTTTATTTAGAAAACCTACATGATACAGTGGTGTCAGCCTTGCCA 3921 TGTATCAGTTTCACTTGAAATTTGAGACCAATTAAATTTCAACTGTTTAGGGTGGAGAAAGAGGTACTGGAAAACATGCA 4001 GATGAGGATATCTTTTATGTGCAACAGTATCCTTTGCATGGGAGGAGAGTTACTCTTGAAAGGCAGGCAGCTTAAGTGGA 4081 CAATGTTTTGTATATAGTTGAGAATTTTACGACACTTTTAAAAATTGTGTAATTGTTAAATGTCCAGTTTTGCTCTGTTT 4161 TGCCTGAAGTTTTAGTATTTGTTTTCTAGGTGGACCTCTGAAAACCAAACCAGTACCTGGGGAGGTTAGATGTGTGTTTC 4241 AGGCTTGGAGTGTATGAGTGGTTTTGCTTGTATTTTCCTCCAGAGATTTTGAACTTTAATAATTGCGTGTGTTTTTTTTT 4321 TTTTTAAGTGGCTTTGTTTTTTTTTCTCAAGTAAAATTGTGAACATATTTCCTTTATAGGGGCAGGGCATGAGTTAGGGA 4401 GACTGAAGAGTATTGTAGACTGTACATGTGCCTTCTTAATGTGTTTCTCGACACATTTTTTTTCAGTAACTTGAAAATTC 4481 AAAAGGGACATTTGGTTAGGTTACTGTACATCAATCTATGCATAAATGGCAGCTTGTTTTCTTGAGCCACGGTCTAAATT 4561 TTGTTTTTATAGAAATTTTTTATACTGATTGGTTCATAGATGGTCAGTTTTGTACACAGACTGAACAATACAGCACTTTG 4641 CCAAAAATGAGTGTAGCATTGTTTAAACATTGTGTGTTAACACCTGTTCTTTGTAATTGGGTTGTGGTGCATTTTGCACT 4721 ACCTGGAGTTACAGTTTTCAATCTGTCAGTAAATAAAGTGTCCTTTAACTTCAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | hESCs (WA-09) | ||||||
Disease | 94241.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000448464.2 | 3UTR | CAUGAACAGAUUUGUGUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
114 hsa-miR-1185-1-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT066415 | TBK1 | TANK binding kinase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT073567 | NR2F2 | nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT074516 | USP1 | ubiquitin specific peptidase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT080576 | PMAIP1 | phorbol-12-myristate-13-acetate-induced protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT086539 | HSPE1-MOB4 | HSPE1-MOB4 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT086547 | MOB4 | MOB family member 4, phocein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT088684 | EML4 | echinoderm microtubule associated protein like 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT090811 | MBNL1 | muscleblind like splicing regulator 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT095500 | PURA | purine rich element binding protein A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT109530 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT109807 | ZFX | zinc finger protein, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT117888 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT120273 | GSK3B | glycogen synthase kinase 3 beta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT149892 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT178475 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT193445 | RORA | RAR related orphan receptor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT198527 | DSG2 | desmoglein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT226427 | TP53INP1 | tumor protein p53 inducible nuclear protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT227669 | SET | SET nuclear proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT320405 | HOXA9 | homeobox A9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT407774 | MRPL35 | mitochondrial ribosomal protein L35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT439228 | ZMIZ1 | zinc finger MIZ-type containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT439312 | VAT1L | vesicle amine transport 1 like | 1 | 1 | ||||||||
MIRT439421 | TMOD1 | tropomodulin 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT439446 | TMEM104 | transmembrane protein 104 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT439524 | STIM2 | stromal interaction molecule 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT439612 | SLC29A1 | solute carrier family 29 member 1 (Augustine blood group) | 1 | 1 | ||||||||
MIRT439997 | PFKFB2 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440017 | PCSK1 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440131 | NCOA4 | nuclear receptor coactivator 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440311 | LRRC1 | leucine rich repeat containing 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440475 | IAPP | islet amyloid polypeptide | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440511 | HERC2 | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440617 | FOXA2 | forkhead box A2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440666 | FBXL16 | F-box and leucine rich repeat protein 16 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT440705 | ERO1LB | endoplasmic reticulum oxidoreductase 1 beta | 1 | 1 | ||||||||
MIRT441007 | CAPZA2 | capping actin protein of muscle Z-line alpha subunit 2 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT441018 | CAND1 | cullin associated and neddylation dissociated 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT441062 | C1orf43 | chromosome 1 open reading frame 43 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT441209 | ARCN1 | archain 1 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT449461 | HAT1 | histone acetyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467104 | SRI | sorcin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468060 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | 2 | 10 | ||||||||
MIRT468476 | SESN3 | sestrin 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT473533 | MAX | MYC associated factor X | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473852 | MAP2K4 | mitogen-activated protein kinase kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474711 | KIF13A | kinesin family member 13A | 2 | 6 | ||||||||
MIRT481665 | ARAP2 | ArfGAP with RhoGAP domain, ankyrin repeat and PH domain 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485120 | SF3B3 | splicing factor 3b subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493055 | MTFR1 | mitochondrial fission regulator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504258 | C1orf147 | chromosome 1 open reading frame 147 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504361 | ARID1B | AT-rich interaction domain 1B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505748 | SENP1 | SUMO1/sentrin specific peptidase 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT506298 | PCMTD1 | protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase domain containing 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT508442 | ZNF608 | zinc finger protein 608 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512782 | COL4A3BP | collagen type IV alpha 3 binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520447 | TSPAN2 | tetraspanin 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT522133 | NRBF2 | nuclear receptor binding factor 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT522395 | MYADM | myeloid associated differentiation marker | 2 | 4 | ||||||||
MIRT523397 | GRIK3 | glutamate ionotropic receptor kainate type subunit 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT523938 | E2F8 | E2F transcription factor 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT524349 | CREB1 | cAMP responsive element binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524711 | BRMS1L | breast cancer metastasis-suppressor 1 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525134 | ZNF256 | zinc finger protein 256 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525710 | DCAF12L2 | DDB1 and CUL4 associated factor 12 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531264 | PPIL3 | peptidylprolyl isomerase like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538844 | BTG1 | BTG anti-proliferation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT541366 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542093 | KCNK10 | potassium two pore domain channel subfamily K member 10 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT543770 | RBM12B | RNA binding motif protein 12B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT543940 | NCOA7 | nuclear receptor coactivator 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545150 | GABRG1 | gamma-aminobutyric acid type A receptor gamma1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545842 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT548057 | GOLGA7 | golgin A7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549242 | ATXN1L | ataxin 1 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT551829 | AASDHPPT | aminoadipate-semialdehyde dehydrogenase-phosphopantetheinyl transferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552484 | ZNF136 | zinc finger protein 136 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553663 | TGFBR2 | transforming growth factor beta receptor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554988 | RAB39B | RAB39B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555760 | PCTP | phosphatidylcholine transfer protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556923 | IRF2BP2 | interferon regulatory factor 2 binding protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT564991 | WNK1 | WNK lysine deficient protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566458 | PGGT1B | protein geranylgeranyltransferase type I subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566538 | PANK3 | pantothenate kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567732 | DLX2 | distal-less homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570081 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571735 | RNF11 | ring finger protein 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573529 | MDM2 | MDM2 proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574459 | RPS16 | ribosomal protein S16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574992 | Phka1 | phosphorylase kinase alpha 1 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT576349 | Pxdn | peroxidasin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610196 | CD99 | CD99 molecule (Xg blood group) | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612920 | GPRIN3 | GPRIN family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615021 | DUSP6 | dual specificity phosphatase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623573 | IRS1 | insulin receptor substrate 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624437 | CASD1 | CAS1 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628714 | ZNF585A | zinc finger protein 585A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639565 | PCK1 | phosphoenolpyruvate carboxykinase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT641485 | POLA2 | DNA polymerase alpha 2, accessory subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641657 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642210 | RUVBL2 | RuvB like AAA ATPase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653010 | STX7 | syntaxin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656130 | MSH6 | mutS homolog 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656893 | KIAA2018 | upstream transcription factor family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660130 | BRPF3 | bromodomain and PHD finger containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660855 | AFAP1 | actin filament associated protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT676843 | PHKA1 | phosphorylase kinase regulatory subunit alpha 1 | 2 | 3 | ||||||||
MIRT681473 | DIP2A | disco interacting protein 2 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682253 | RS1 | retinoschisin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694296 | COPB2 | coatomer protein complex subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694401 | ALDH1A3 | aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705277 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720833 | C1orf52 | chromosome 1 open reading frame 52 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT735713 | SIRT1 | sirtuin 1 | 2 | 0 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|