pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-5692a-1 |
Genomic Coordinates | chr7: 97963658 - 97963726 |
Description | Homo sapiens miR-5692a-1 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
pre-miRNA | hsa-mir-5692a-2 |
Genomic Coordinates | chr8: 12719132 - 12719190 |
Description | Homo sapiens miR-5692a-2 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-5692a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 8| CAAAUAAUACCACAGUGGGUGU |29 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | XIAP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | API3, BIRC4, IAP-3, ILP1, MIHA, XLP2, hIAP-3, hIAP3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | X-linked inhibitor of apoptosis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on XIAP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of XIAP (miRNA target sites are highlighted) |
>XIAP|NM_001167|3'UTR 1 TCTAACTCTATAGTAGGCATGTTATGTTGTTCTTATTACCCTGATTGAATGTGTGATGTGAACTGACTTTAAGTAATCAG 81 GATTGAATTCCATTAGCATTTGCTACCAAGTAGGAAAAAAAATGTACATGGCAGTGTTTTAGTTGGCAATATAATCTTTG 161 AATTTCTTGATTTTTCAGGGTATTAGCTGTATTATCCATTTTTTTTACTGTTATTTAATTGAAACCATAGACTAAGAATA 241 AGAAGCATCATACTATAACTGAACACAATGTGTATTCATAGTATACTGATTTAATTTCTAAGTGTAAGTGAATTAATCAT 321 CTGGATTTTTTATTCTTTTCAGATAGGCTTAACAAATGGAGCTTTCTGTATATAAATGTGGAGATTAGAGTTAATCTCCC 401 CAATCACATAATTTGTTTTGTGTGAAAAAGGAATAAATTGTTCCATGCTGGTGGAAAGATAGAGATTGTTTTTAGAGGTT 481 GGTTGTTGTGTTTTAGGATTCTGTCCATTTTCTTTTAAAGTTATAAACACGTACTTGTGCGAATTATTTTTTTAAAGTGA 561 TTTGCCATTTTTGAAAGCGTATTTAATGATAGAATACTATCGAGCCAACATGTACTGACATGGAAAGATGTCAAAGATAT 641 GTTAAGTGTAAAATGCAAGTGGCAAAACACTATGTATAGTCTGAGCCAGATCAAAGTATGTATGTTTTTAATATGCATAG 721 AACAAAAGATTTGGAAAGATATACACCAAACTGTTAAATGTGGTTTCTCTTCGGGGAGGGGGGGATTGGGGGAGGGGCCC 801 CAGAGGGGTTTTATAGGGGCCTTTTCACTTTCTACTTTTTTCATTTTGTTCTGTTCGAATTTTTTATAAGTATGTATTAC 881 TTTTGTAATCAGAATTTTTAGAAAGTATTTTGCTGATTTAAAGGCTTAGGCATGTTCAAACGCCTGCAAAACTACTTATC 961 ACTCAGCTTTAGTTTTTCTAATCCAAGAAGGCAGGGCAGTTAACCTTTTTGGTGCCAATGTGAAATGTAAATGATTTTAT 1041 GTTTTTCCTGCTTTGTGGATGAAAAATATTTCTGAGTGGTAGTTTTTTGACAGGTAGACCATGTCTTATCTTGTTTCAAA 1121 ATAAGTATTTCTGATTTTGTAAAATGAAATATAAAATATGTCTCAGATCTTCCAATTAATTAGTAAGGATTCATCCTTAA 1201 TCCTTGCTAGTTTAAGCCTGCCTAAGTCACTTTACTAAAAGATCTTTGTTAACTCAGTATTTTAAACATCTGTCAGCTTA 1281 TGTAGGTAAAAGTAGAAGCATGTTTGTACACTGCTTGTAGTTATAGTGACAGCTTTCCATGTTGAGATTCTCATATCATC 1361 TTGTATCTTAAAGTTTCATGTGAGTTTTTACCGTTAGGATGATTAAGATGTATATAGGACAAAATGTTAAGTCTTTCCTC 1441 TACCTACATTTGTTTTCTTGGCTAGTAATAGTAGTAGATACTTCTGAAATAAATGTTCTCTCAAGATCCTTAAAACCTCT 1521 TGGAAATTATAAAAATATTGGCAAGAAAAGAAGAATAGTTGTTTAAATATTTTTTAAAAAACACTTGAATAAGAATCAGT 1601 AGGGTATAAACTAGAAGTTTAAAAATGCTTCATAGAACGTCCAGGGTTTACATTACAAGATTCTCACAACAAACCTATTG 1681 TAGAGGTGAGTAAGGCATGTTACTACAGAGGAAAGTTTGAGAGTAAAACTGTAAAAAATTATATTTTTGTTGTACTTTCT 1761 AAGAGAAAGAGTATTGTTATGTTCTCCTAACTTCTGTTGATTACTACTTTAAGTGATATTCATTTAAAACATTGCAAATT 1841 TATTTTATTTATTTAATTTTCTTTTTGAGATGGAGTCTTGCTTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGAGTGATCTCTGCT 1921 CACTGCAACCTCCGCCTTCTGGGTTCAAGCGATTCTCGTGCCTCAGCTTCCTGAGTAGCTGGAATTACAGGCAGGTGCCA 2001 CCATGCCCGACTAATTTTTTTTTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTATCAAACTCCTGAC 2081 CTCAAGAGATCCACTCGCCTTGCCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCTTGAGCCACCACGCCCGGCTAAAACATTGCA 2161 AATTTAAATGAGAGTTTTAAAAATTAAATAATGACTGCCCTGTTTCTGTTTTAGTATGTAAATCCTCAGTTCTTCACCTT 2241 TGCACTGTCTGCCACTTAGTTTGGTTATATAGTCATTAACTTGAATTTGGTCTGTATAGTCTAGACTTTAAATTTAAAGT 2321 TTTCTACAAGGGGAGAAAAGTGTTAAAATTTTTAAAATATGTTTTCCAGGACACTTCACTTCCAAGTCAGGTAGGTAGTT 2401 CAATCTAGTTGTTAGCCAAGGACTCAAGGACTGAATTGTTTTAACATAAGGCTTTTCCTGTTCTGGGAGCCGCACTTCAT 2481 TAAAATTCTTCTAAAACTTGTATGTTTAGAGTTAAGCAAGACTTTTTTTCTTCCTCTCCATGAGTTGTGAAATTTAATGC 2561 ACAACGCTGATGTGGCTAACAAGTTTATTTTAAGAATTGTTTAGAAATGCTGTTGCTTCAGGTTCTTAAAATCACTCAGC 2641 ACTCCAACTTCTAATCAAATTTTTGGAGACTTAACAGCATTTGTCTGTGTTTGAACTATAAAAAGCACCGGATCTTTTCC 2721 ATCTAATTCCGCAAAAATTGATCATTTGCAAAGTCAAAACTATAGCCATATCCAAATCTTTTCCCCCTCCCAAGAGTTCT 2801 CAGTGTCTACATGTAGACTATTCCTTTTCTGTATAAAGTTCACTCTAGGATTTCAAGTCACCACTTATTTTACATTTTAG 2881 TCATGCAAAGATTCAAGTAGTTTTGCAATAAGTACTTATCTTTATTTGTAATAATTTAGTCTGCTGATCAAAAGCATTGT 2961 CTTAATTTTTGAGAACTGGTTTTAGCATTTACAAACTAAATTCCAGTTAATTAATTAATAGCTTTATATTGCCTTTCCTG 3041 CTACATTTGGTTTTTTCCCCTGTCCCTTTGATTACGGGCTAAGGTAGGGTAGAGTGGGTGTAGTGAGTGTATATAATGTG 3121 ATTTGGCCCTGTGTATTATGATATTTTGTTATTTTTGTTGTTATATTATTTACATTTCAGTAGTTGTTTTTTGTGTTTCC 3201 ATTTTAGTGGATAAAATTTGTATTTTGAACTATGAATGGAGACTACCGCCCCAGCATTAGTTTCACATGATATACCCTTT 3281 AAACCCGAATCATTGTTTTATTTCCTGATTACACAGGTGTTGAATGGGGAAAGGGGCTAGTATATCAGTAGGATATACTA 3361 TGGGATGTATATATATCATTGCTGTTAGAGAAATGAAATAAAATGGGGCTGGGCTCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAG 3441 CACTTTGGGAGGCTGAGGCAGGTGGATCACGAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACACGGTGAAACCCCGTCTC 3521 TACTAAAAAACAGAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 3601 GGTGTGAACCCGGGAGGCAGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATCTCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGCAAGACTC 3681 TGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAGAAAATGGGAAGCAATATTTGACATAGTTCTTTTTAGTCAAATCTACTTGT 3761 TAAAAAAAGGGTAGCAGTTTATTCATCTGTGAAAGGAAAATAATACTTATCTTACAAGGTTGCAAGAGCTCAAGGAGACC 3841 ATGTATGTAAAGTTCCTGCTGTAAATATGAACTCCCATCCTAATACCCTTTTACCTCTCTGTGGGTTTGTCTTGACCTGG 3921 AAATTTGGGCTAAAACTTAGAAAAAATTCTTACATGATAACTCAGTGATGCTTACTCATAGTTTTTGGTGTTTCTCATAG 4001 ATAAGATATAAATCAGCTGGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACCT 4081 GAGGTCGGGAGGTCGAGACCAGCCTGACCAACATGGAGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAATTAGCTGGGCGTGG 4161 TGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCAGGAGGCGGAGGTTGTGGTG 4241 AGCGAAGATCGTGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAGATATAAATCA 4321 CAATAAATAAATAGGTCAATACAAATGTTAGCCAGGCGTGGTGGCACATGCCCATAGTCGCAGCTACTCTGGAGGCAGAG 4401 GCAGGAGGATCACTTGAGCCCATGAATTTGAGGCAGCAGTGAGCTATGATTGTGCCACTGTACTCCAGTCTGGGTGACAG 4481 AGTGAGACCCCATCTCTAAATAAATAGGTCAAACCCTTAAAAATATTTAAATTCTTAAAAAATTGAAAAGATTATTCTTC 4561 TCAAATTTAGTTGAGCTTTCTAAGAGAAGCAATTGGCTTTTTCCCACTTCAATAATCATTTTCAGTTTGACTCATACAGT 4641 TAACACAATGTGAATTTCTTCCTCAGCATAACAGAGTTATAGAATGACAGGGCTGGAAGTGACCTTAGAGAGTATCCAGT 4721 TCTTTCATTTTACAGGTGAGGCAACTGAGACTCAAAGGTGATGTAATTTGTGCAAAGATTATAGCTAATTAGTAGCAGAG 4801 CCCTGACTGGGACATAGTTTGAAGGTGAAAAACTTCACCAAGCTACCTTTCTTGAAAGGTCCAAATGTTTATGTTTTCAA 4881 CTACTCTTTCCACTGTACCATAACTTTCACTACATATTAAATGACACTTTATAACTAATATAATAGGACAATCATCAATG 4961 CATATATAGCCAGCCCTTCATATCTGTGGGTTTTGCATCCATGGATTCAACCAAGGAGGAATTGAAAACACTGAGAAAAA 5041 AAAAAAAGACCACACAATAAAAAAAAAAAATACAAAATAATACAAAGAAAAAGCCAAAATTGTCATACTGTTGTTAAGCA 5121 ACAGTATAACAACTATTTACATAGCATTAAGGTTGGTGCAAAAATGCAAAAAAAAAAAAAGCAATTATTTTTAAACCAAC 5201 CTAATATATTGTATTAGGTATTAAAGTCATCTGGACATGAATTAAAGTATATGATGCCAGCCTGGACAAAAGGCAAAACC 5281 CTGTCTCTACAAAAAATACAAAAATTAGCTGGGCATGGTGGTGTGTGCCTGTAGTCCTGGCTACTCCGGAGCCTGAGGTG 5361 GGAGGATCGCTTGAGTCTGGGAGGCAGAGGCTGCATTGAGCTATGATCATGGCACTGCATTCCAGCCTGGGTGACAGTGC 5441 AAGACCTTGTCTCAGAATAAATAAAGTATGTGATGAAGATGTGCATACATTATATGCAAATACTGTTTTTTTTTTTTTTA 5521 ATTTAAACAGTCTCACTGTGTTGCCCAGGATGGAGTGCAATGGCACAATCTTGGCTCATGGCAAACTCTGCCTCGCAAGC 5601 AGCTGGGACTACAGGCATGCTCCACGGTGCCCAGTTAATTTTTTTTGTATTCTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG 5681 GCCAGGCTAGTCTTGAATTTCTGACCTCAAGTGATTCATCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGGCC 5761 GGCTAATTTTTGTATTTTTTAGTAGTGACTGGTTTCGCGGTGTTGACCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGATCTCAGGTGAT 5841 CTGCCTGCCTCGGCCTCACAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAACCACTGCTCCCGGCCTTGTGTGATTTTATCTAAGGG 5921 ACTTAAGCGTCCTCAGGTCCTAGGGGGTCGTGAAACCAAAACCCCAGGGATAGCAAGGGACAATTGTATCTTCAAAGTAG 6001 ACAAATGGCGCCGGGCACGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCAGTTTCCGAGGCTGAGGCAGGCGGCTCACCTGAGGTC 6081 AGGAGTTGGAGACCAGCCTGGCCAACATGCTGAAACCCTGTCTGTACAAAAATACAAAAATAGCTGGGCATGGTGGCGCA 6161 TGCCTGTAGTCCCAGCTACTAGAGCGACTGAGGCAGGAGAATTGCTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGGGAGCCAAG 6241 ATGGCGCCACCGCACTCCAGCCTAGGTGATAGAGTGAGACTCCCTCTCAAAAACAAAACAAAACAAAAAAATTAGACAAA 6321 TGCTACATTAATGTTTGGGTGGTCAGATTCTACTTTGAATCTGAAGTTTGCAGATATGCCTATAGATTTTTGGAGTTTAC 6401 CACTTTCTTATTCTGTATCATTAATGTAATATTTTAAATTACTATATATGTTACCATTTTTCTGGATTTAGTAAGAAATT 6481 TGCAGTTTTGGTTTGATGTAACAAGGGTTTTAATGTAATTTATGTTAGATTTTGCATTTTTTTCATTACTGTTATATTTT 6561 AACCTGACTGACTGATCTAATTGTATTAGTATTGTGAATAATCATGTGAAATGTTTTGAGACAGAGTACTATATTTGTGA 6641 ATATAATTTTATGGTTTTTTTCACTTAGAACCTTTCTGTGTGGAAAACTAAGAAAATTGCTTTCTGCTGTATAATCTGGC 6721 ATTCATTGTAGATTAAAGCTTATTTTTCTGTGAATAAAACGTATTCAATAAAATACTATTCTTTAAAATTATATCATAAA 6801 AAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084068. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noemetine_SigmaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084068 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noemetine_SigmaAb |
Location of target site | ENST00000371199.3 | 3UTR | AUGCAAAAAAAAAAAAAGCAAUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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274 hsa-miR-5692a Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT075065 | CBFB | core-binding factor beta subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT080899 | PKN2 | protein kinase N2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT082787 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT083849 | PARD6B | par-6 family cell polarity regulator beta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT085676 | EPC2 | enhancer of polycomb homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT090928 | TIPARP | TCDD inducible poly(ADP-ribose) polymerase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT091614 | UBE2E1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 E1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT096454 | SUB1 | SUB1 homolog, transcriptional regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT103102 | MAFK | MAF bZIP transcription factor K | 2 | 4 | ||||||||
MIRT103808 | PURB | purine rich element binding protein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT105849 | DDHD2 | DDHD domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT106130 | AGPAT5 | 1-acylglycerol-3-phosphate O-acyltransferase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT110647 | ARID5B | AT-rich interaction domain 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT113097 | CCND2 | cyclin D2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT115493 | RBBP6 | RB binding protein 6, ubiquitin ligase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT116027 | DEPDC1 | DEP domain containing 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT117361 | TGIF1 | TGFB induced factor homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT162248 | PAK2 | p21 (RAC1) activated kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT170943 | FOXK1 | forkhead box K1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT179020 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT182504 | KLHL20 | kelch like family member 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT183026 | CDC73 | cell division cycle 73 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT195017 | ATXN2L | ataxin 2 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT198385 | VAMP3 | vesicle associated membrane protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT201474 | SNRPB2 | small nuclear ribonucleoprotein polypeptide B2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT203321 | CCNT2 | cyclin T2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT206710 | FOXN2 | forkhead box N2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT208191 | ZNF148 | zinc finger protein 148 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT213827 | SMARCAD1 | SWI/SNF-related, matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin, subfamily a, containing DEAD/H box 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT229216 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | 2 | 2 | ||||||||
MIRT232836 | NUPL1 | nucleoporin 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT243089 | CENPA | centromere protein A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT245302 | BAMBI | BMP and activin membrane bound inhibitor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT264690 | C11ORF57 | chromosome 11 open reading frame 57 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT293811 | FEM1A | fem-1 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT295213 | ZNF559 | zinc finger protein 559 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT300032 | WDR35 | WD repeat domain 35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT305179 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT310571 | DCK | deoxycytidine kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT316074 | ABRACL | ABRA C-terminal like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT318914 | MMS22L | MMS22 like, DNA repair protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT325184 | PSAT1 | phosphoserine aminotransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT326934 | SH3KBP1 | SH3 domain containing kinase binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT327064 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT328168 | ZNF711 | zinc finger protein 711 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT329328 | FAM53C | family with sequence similarity 53 member C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT334666 | NEK7 | NIMA related kinase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT349436 | STK35 | serine/threonine kinase 35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT355141 | ATP13A3 | ATPase 13A3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT356979 | TMED7 | transmembrane p24 trafficking protein 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT359335 | TMEM167A | transmembrane protein 167A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT363671 | DCTN6 | dynactin subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT363682 | GSR | glutathione-disulfide reductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT365339 | GAS1 | growth arrest specific 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT368653 | ZIC5 | Zic family member 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT383128 | TRAF6 | TNF receptor associated factor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT398180 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442500 | SLC5A7 | solute carrier family 5 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443174 | UBL3 | ubiquitin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443221 | TRDMT1 | tRNA aspartic acid methyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443268 | ZWINT | ZW10 interacting kinetochore protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443523 | NETO1 | neuropilin and tolloid like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443770 | HLF | HLF, PAR bZIP transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443799 | SREBF2 | sterol regulatory element binding transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444580 | NCOA4 | nuclear receptor coactivator 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446459 | ARID1B | AT-rich interaction domain 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447067 | MCC | mutated in colorectal cancers | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448422 | TNFAIP3 | TNF alpha induced protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448872 | FAM117B | family with sequence similarity 117 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449378 | ANTXR2 | anthrax toxin receptor 2 |