pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4301 |
Genomic Coordinates | chr11: 113450023 - 113450088 |
Description | Homo sapiens miR-4301 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4301 | ||||||||||||||||||
Sequence | 11| UCCCACUACUUCACUUGUGA |30 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | SOLiD | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | MECP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AUTSX3, MRX16, MRX79, MRXS13, MRXSL, PPMX, RS, RTS, RTT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | methyl-CpG binding protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_004992 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001110792 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MECP2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MECP2 (miRNA target sites are highlighted) |
>MECP2|NM_004992|3'UTR 1 CTTTACACGGAGCGGATTGCAAAGCAAACCAACAAGAATAAAGGCAGCTGTTGTCTCTTCTCCTTATGGGTAGGGCTCTG 81 ACAAAGCTTCCCGATTAACTGAAATAAAAAATATTTTTTTTTCTTTCAGTAAACTTAGAGTTTCGTGGCTTCAGGGTGGG 161 AGTAGTTGGAGCATTGGGGATGTTTTTCTTACCGACAAGCACAGTCAGGTTGAAGACCTAACCAGGGCCAGAAGTAGCTT 241 TGCACTTTTCTAAACTAGGCTCCTTCAACAAGGCTTGCTGCAGATACTACTGACCAGACAAGCTGTTGACCAGGCACCTC 321 CCCTCCCGCCCAAACCTTTCCCCCATGTGGTCGTTAGAGACAGAGCGACAGAGCAGTTGAGAGGACACTCCCGTTTTCGG 401 TGCCATCAGTGCCCCGTCTACAGCTCCCCCAGCTCCCCCCACCTCCCCCACTCCCAACCACGTTGGGACAGGGAGGTGTG 481 AGGCAGGAGAGACAGTTGGATTCTTTAGAGAAGATGGATATGACCAGTGGCTATGGCCTGTGCGATCCCACCCGTGGTGG 561 CTCAAGTCTGGCCCCACACCAGCCCCAATCCAAAACTGGCAAGGACGCTTCACAGGACAGGAAAGTGGCACCTGTCTGCT 641 CCAGCTCTGGCATGGCTAGGAGGGGGGAGTCCCTTGAACTACTGGGTGTAGACTGGCCTGAACCACAGGAGAGGATGGCC 721 CAGGGTGAGGTGGCATGGTCCATTCTCAAGGGACGTCCTCCAACGGGTGGCGCTAGAGGCCATGGAGGCAGTAGGACAAG 801 GTGCAGGCAGGCTGGCCTGGGGTCAGGCCGGGCAGAGCACAGCGGGGTGAGAGGGATTCCTAATCACTCAGAGCAGTCTG 881 TGACTTAGTGGACAGGGGAGGGGGCAAAGGGGGAGGAGAAGAAAATGTTCTTCCAGTTACTTTCCAATTCTCCTTTAGGG 961 ACAGCTTAGAATTATTTGCACTATTGAGTCTTCATGTTCCCACTTCAAAACAAACAGATGCTCTGAGAGCAAACTGGCTT 1041 GAATTGGTGACATTTAGTCCCTCAAGCCACCAGATGTGACAGTGTTGAGAACTACCTGGATTTGTATATATACCTGCGCT 1121 TGTTTTAAAGTGGGCTCAGCACATAGGGTTCCCACGAAGCTCCGAAACTCTAAGTGTTTGCTGCAATTTTATAAGGACTT 1201 CCTGATTGGTTTCTCTTCTCCCCTTCCATTTCTGCCTTTTGTTCATTTCATCCTTTCACTTCTTTCCCTTCCTCCGTCCT 1281 CCTCCTTCCTAGTTCATCCCTTCTCTTCCAGGCAGCCGCGGTGCCCAACCACACTTGTCGGCTCCAGTCCCCAGAACTCT 1361 GCCTGCCCTTTGTCCTCCTGCTGCCAGTACCAGCCCCACCCTGTTTTGAGCCCTGAGGAGGCCTTGGGCTCTGCTGAGTC 1441 CGACCTGGCCTGTCTGTGAAGAGCAAGAGAGCAGCAAGGTCTTGCTCTCCTAGGTAGCCCCCTCTTCCCTGGTAAGAAAA 1521 AGCAAAAGGCATTTCCCACCCTGAACAACGAGCCTTTTCACCCTTCTACTCTAGAGAAGTGGACTGGAGGAGCTGGGCCC 1601 GATTTGGTAGTTGAGGAAAGCACAGAGGCCTCCTGTGGCCTGCCAGTCATCGAGTGGCCCAACAGGGGCTCCATGCCAGC 1681 CGACCTTGACCTCACTCAGAAGTCCAGAGTCTAGCGTAGTGCAGCAGGGCAGTAGCGGTACCAATGCAGAACTCCCAAGA 1761 CCCGAGCTGGGACCAGTACCTGGGTCCCCAGCCCTTCCTCTGCTCCCCCTTTTCCCTCGGAGTTCTTCTTGAATGGCAAT 1841 GTTTTGCTTTTGCTCGATGCAGACAGGGGGCCAGAACACCACACATTTCACTGTCTGTCTGGTCCATAGCTGTGGTGTAG 1921 GGGCTTAGAGGCATGGGCTTGCTGTGGGTTTTTAATTGATCAGTTTTCATGTGGGATCCCATCTTTTTAACCTCTGTTCA 2001 GGAAGTCCTTATCTAGCTGCATATCTTCATCATATTGGTATATCCTTTTCTGTGTTTACAGAGATGTCTCTTATATCTAA 2081 ATCTGTCCAACTGAGAAGTACCTTATCAAAGTAGCAAATGAGACAGCAGTCTTATGCTTCCAGAAACACCCACAGGCATG 2161 TCCCATGTGAGCTGCTGCCATGAACTGTCAAGTGTGTGTTGTCTTGTGTATTTCAGTTATTGTCCCTGGCTTCCTTACTA 2241 TGGTGTAATCATGAAGGAGTGAAACATCATAGAAACTGTCTAGCACTTCCTTGCCAGTCTTTAGTGATCAGGAACCATAG 2321 TTGACAGTTCCAATCAGTAGCTTAAGAAAAAACCGTGTTTGTCTCTTCTGGAATGGTTAGAAGTGAGGGAGTTTGCCCCG 2401 TTCTGTTTGTAGAGTCTCATAGTTGGACTTTCTAGCATATATGTGTCCATTTCCTTATGCTGTAAAAGCAAGTCCTGCAA 2481 CCAAACTCCCATCAGCCCAATCCCTGATCCCTGATCCCTTCCACCTGCTCTGCTGATGACCCCCCCAGCTTCACTTCTGA 2561 CTCTTCCCCAGGAAGGGAAGGGGGGTCAGAAGAGAGGGTGAGTCCTCCAGAACTCTTCCTCCAAGGACAGAAGGCTCCTG 2641 CCCCCATAGTGGCCTCGAACTCCTGGCACTACCAAAGGACACTTATCCACGAGAGCGCAGCATCCGACCAGGTTGTCACT 2721 GAGAAGATGTTTATTTTGGTCAGTTGGGTTTTTATGTATTATACTTAGTCAAATGTAATGTGGCTTCTGGAATCATTGTC 2801 CAGAGCTGCTTCCCCGTCACCTGGGCGTCATCTGGTCCTGGTAAGAGGAGTGCGTGGCCCACCAGGCCCCCCTGTCACCC 2881 ATGACAGTTCATTCAGGGCCGATGGGGCAGTCGTGGTTGGGAACACAGCATTTCAAGCGTCACTTTATTTCATTCGGGCC 2961 CCACCTGCAGCTCCCTCAAAGAGGCAGTTGCCCAGCCTCTTTCCCTTCCAGTTTATTCCAGAGCTGCCAGTGGGGCCTGA 3041 GGCTCCTTAGGGTTTTCTCTCTATTTCCCCCTTTCTTCCTCATTCCCTCGTCTTTCCCAAAGGCATCACGAGTCAGTCGC 3121 CTTTCAGCAGGCAGCCTTGGCGGTTTATCGCCCTGGCAGGCAGGGGCCCTGCAGCTCTCATGCTGCCCCTGCCTTGGGGT 3201 CAGGTTGACAGGAGGTTGGAGGGAAAGCCTTAAGCTGCAGGATTCTCACCAGCTGTGTCCGGCCCAGTTTTGGGGTGTGA 3281 CCTCAATTTCAATTTTGTCTGTACTTGAACATTATGAAGATGGGGGCCTCTTTCAGTGAATTTGTGAACAGCAGAATTGA 3361 CCGACAGCTTTCCAGTACCCATGGGGCTAGGTCATTAAGGCCACATCCACAGTCTCCCCCACCCTTGTTCCAGTTGTTAG 3441 TTACTACCTCCTCTCCTGACAATACTGTATGTCGTCGAGCTCCCCCCAGGTCTACCCCTCCCGGCCCTGCCTGCTGGTGG 3521 GCTTGTCATAGCCAGTGGGATTGCCGGTCTTGACAGCTCAGTGAGCTGGAGATACTTGGTCACAGCCAGGCGCTAGCACA 3601 GCTCCCTTCTGTTGATGCTGTATTCCCATATCAAAAGACACAGGGGACACCCAGAAACGCCACATCCCCCAATCCATCAG 3681 TGCCAAACTAGCCAACGGCCCCAGCTTCTCAGCTCGCTGGATGGCGGAAGCTGCTACTCGTGAGCGCCAGTGCGGGTGCA 3761 GACAATCTTCTGTTGGGTGGCATCATTCCAGGCCCGAAGCATGAACAGTGCACCTGGGACAGGGAGCAGCCCCAAATTGT 3841 CACCTGCTTCTCTGCCCAGCTTTTCATTGCTGTGACAGTGATGGCGAAAGAGGGTAATAACCAGACACAAACTGCCAAGT 3921 TGGGTGGAGAAAGGAGTTTCTTTAGCTGACAGAATCTCTGAATTTTAAATCACTTAGTAAGCGGCTCAAGCCCAGGAGGG 4001 AGCAGAGGGATACGAGCGGAGTCCCCTGCGCGGGACCATCTGGAATTGGTTTAGCCCAAGTGGAGCCTGACAGCCAGAAC 4081 TCTGTGTCCCCCGTCTAACCACAGCTCCTTTTCCAGAGCATTCCAGTCAGGCTCTCTGGGCTGACTGGGCCAGGGGAGGT 4161 TACAGGTACCAGTTCTTTAAGAAGATCTTTGGGCATATACATTTTTAGCCTGTGTCATTGCCCCAAATGGATTCCTGTTT 4241 CAAGTTCACACCTGCAGATTCTAGGACCTGTGTCCTAGACTTCAGGGAGTCAGCTGTTTCTAGAGTTCCTACCATGGAGT 4321 GGGTCTGGAGGACCTGCCCGGTGGGGGGGCAGAGCCCTGCTCCCTCCGGGTCTTCCTACTCTTCTCTCTGCTCTGACGGG 4401 ATTTGTTGATTCTCTCCATTTTGGTGTCTTTCTCTTTTAGATATTGTATCAATCTTTAGAAAAGGCATAGTCTACTTGTT 4481 ATAAATCGTTAGGATACTGCCTCCCCCAGGGTCTAAAATTACATATTAGAGGGGAAAAGCTGAACACTGAAGTCAGTTCT 4561 CAACAATTTAGAAGGAAAACCTAGAAAACATTTGGCAGAAAATTACATTTCGATGTTTTTGAATGAATACGAGCAAGCTT 4641 TTACAACAGTGCTGATCTAAAAATACTTAGCACTTGGCCTGAGATGCCTGGTGAGCATTACAGGCAAGGGGAATCTGGAG 4721 GTAGCCGACCTGAGGACATGGCTTCTGAACCTGTCTTTTGGGAGTGGTATGGAAGGTGGAGCGTTCACCAGTGACCTGGA 4801 AGGCCCAGCACCACCCTCCTTCCCACTCTTCTCATCTTGACAGAGCCTGCCCCAGCGCTGACGTGTCAGGAAAACACCCA 4881 GGGAACTAGGAAGGCACTTCTGCCTGAGGGGCAGCCTGCCTTGCCCACTCCTGCTCTGCTCGCCTCGGATCAGCTGAGCC 4961 TTCTGAGCTGGCCTCTCACTGCCTCCCCAAGGCCCCCTGCCTGCCCTGTCAGGAGGCAGAAGGAAGCAGGTGTGAGGGCA 5041 GTGCAAGGAGGGAGCACAACCCCCAGCTCCCGCTCCGGGCTCCGACTTGTGCACAGGCAGAGCCCAGACCCTGGAGGAAA 5121 TCCTACCTTTGAATTCAAGAACATTTGGGGAATTTGGAAATCTCTTTGCCCCCAAACCCCCATTCTGTCCTACCTTTAAT 5201 CAGGTCCTGCTCAGCAGTGAGAGCAGATGAGGTGAAAAGGCCAAGAGGTTTGGCTCCTGCCCACTGATAGCCCCTCTCCC 5281 CGCAGTGTTTGTGTGTCAAGTGGCAAAGCTGTTCTTCCTGGTGACCCTGATTATATCCAGTAACACATAGACTGTGCGCA 5361 TAGGCCTGCTTTGTCTCCTCTATCCTGGGCTTTTGTTTTGCTTTTTAGTTTTGCTTTTAGTTTTTCTGTCCCTTTTATTT 5441 AACGCACCGACTAGACACACAAAGCAGTTGAATTTTTATATATATATCTGTATATTGCACAATTATAAACTCATTTTGCT 5521 TGTGGCTCCACACACACAAAAAAAGACCTGTTAAAATTATACCTGTTGCTTAATTACAATATTTCTGATAACCATAGCAT 5601 AGGACAAGGGAAAATAAAAAAAGAAAAAAAAGAAAAAAAAACGACAAATCTGTCTGCTGGTCACTTCTTCTGTCCAAGCA 5681 GATTCGTGGTCTTTTCCTCGCTTCTTTCAAGGGCTTTCCTGTGCCAGGTGAAGGAGGCTCCAGGCAGCACCCAGGTTTTG 5761 CACTCTTGTTTCTCCCGTGCTTGTGAAAGAGGTCCCAAGGTTCTGGGTGCAGGAGCGCTCCCTTGACCTGCTGAAGTCCG 5841 GAACGTAGTCGGCACAGCCTGGTCGCCTTCCACCTCTGGGAGCTGGAGTCCACTGGGGTGGCCTGACTCCCCCAGTCCCC 5921 TTCCCGTGACCTGGTCAGGGTGAGCCCATGTGGAGTCAGCCTCGCAGGCCTCCCTGCCAGTAGGGTCCGAGTGTGTTTCA 6001 TCCTTCCCACTCTGTCGAGCCTGGGGGCTGGAGCGGAGACGGGAGGCCTGGCCTGTCTCGGAACCTGTGAGCTGCACCAG 6081 GTAGAACGCCAGGGACCCCAGAATCATGTGCGTCAGTCCAAGGGGTCCCCTCCAGGAGTAGTGAAGACTCCAGAAATGTC 6161 CCTTTCTTCTCCCCCATCCTACGAGTAATTGCATTTGCTTTTGTAATTCTTAATGAGCAATATCTGCTAGAGAGTTTAGC 6241 TGTAACAGTTCTTTTTGATCATCTTTTTTTAATAATTAGAAACACCAAAAAAATCCAGAAACTTGTTCTTCCAAAGCAGA 6321 GAGCATTATAATCACCAGGGCCAAAAGCTTCCCTCCCTGCTGTCATTGCTTCTTCTGAGGCCTGAATCCAAAAGAAAAAC 6401 AGCCATAGGCCCTTTCAGTGGCCGGGCTACCCGTGAGCCCTTCGGAGGACCAGGGCTGGGGCAGCCTCTGGGCCCACATC 6481 CGGGGCCAGCTCCGGCGTGTGTTCAGTGTTAGCAGTGGGTCATGATGCTCTTTCCCACCCAGCCTGGGATAGGGGCAGAG 6561 GAGGCGAGGAGGCCGTTGCCGCTGATGTTTGGCCGTGAACAGGTGGGTGTCTGCGTGCGTCCACGTGCGTGTTTTCTGAC 6641 TGACATGAAATCGACGCCCGAGTTAGCCTCACCCGGTGACCTCTAGCCCTGCCCGGATGGAGCGGGGCCCACCCGGTTCA 6721 GTGTTTCTGGGGAGCTGGACAGTGGAGTGCAAAAGGCTTGCAGAACTTGAAGCCTGCTCCTTCCCTTGCTACCACGGCCT 6801 CCTTTCCGTTTGATTTGTCACTGCTTCAATCAATAACAGCCGCTCCAGAGTCAGTAGTCAATGAATATATGACCAAATAT 6881 CACCAGGACTGTTACTCAATGTGTGCCGAGCCCTTGCCCATGCTGGGCTCCCGTGTATCTGGACACTGTAACGTGTGCTG 6961 TGTTTGCTCCCCTTCCCCTTCCTTCTTTGCCCTTTACTTGTCTTTCTGGGGTTTTTCTGTTTGGGTTTGGTTTGGTTTTT 7041 ATTTCTCCTTTTGTGTTCCAAACATGAGGTTCTCTCTACTGGTCCTCTTAACTGTGGTGTTGAGGCTTATATTTGTGTAA 7121 TTTTTGGTGGGTGAAAGGAATTTTGCTAAGTAAATCTCTTCTGTGTTTGAACTGAAGTCTGTATTGTAACTATGTTTAAA 7201 GTAATTGTTCCAGAGACAAATATTTCTAGACACTTTTTCTTTACAAACAAAAGCATTCGGAGGGAGGGGGATGGTGACTG 7281 AGATGAGAGGGGAGAGCTGAACAGATGACCCCTGCCCAGATCAGCCAGAAGCCACCCAAAGCAGTGGAGCCCAGGAGTCC 7361 CACTCCAAGCCAGCAAGCCGAATAGCTGATGTGTTGCCACTTTCCAAGTCACTGCAAAACCAGGTTTTGTTCCGCCCAGT 7441 GGATTCTTGTTTTGCTTCCCCTCCCCCCGAGATTATTACCACCATCCCGTGCTTTTAAGGAAAGGCAAGATTGATGTTTC 7521 CTTGAGGGGAGCCAGGAGGGGATGTGTGTGTGCAGAGCTGAAGAGCTGGGGAGAATGGGGCTGGGCCCACCCAAGCAGGA 7601 GGCTGGGACGCTCTGCTGTGGGCACAGGTCAGGCTAATGTTGGCAGATGCAGCTCTTCCTGGACAGGCCAGGTGGTGGGC 7681 ATTCTCTCTCCAAGGTGTGCCCCGTGGGCATTACTGTTTAAGACACTTCCGTCACATCCCACCCCATCCTCCAGGGCTCA 7761 ACACTGTGACATCTCTATTCCCCACCCTCCCCTTCCCAGGGCAATAAAATGACCATGGAGGGGGCTTGCACTCTCTTGGC 7841 TGTCACCCGATCGCCAGCAAAACTTAGATGTGAGAAAACCCCTTCCCATTCCATGGCGAAAACATCTCCTTAGAAAAGCC 7921 ATTACCCTCATTAGGCATGGTTTTGGGCTCCCAAAACACCTGACAGCCCCTCCCTCCTCTGAGAGGCGGAGAGTGCTGAC 8001 TGTAGTGACCATTGCATGCCGGGTGCAGCATCTGGAAGAGCTAGGCAGGGTGTCTGCCCCCTCCTGAGTTGAAGTCATGC 8081 TCCCCTGTGCCAGCCCAGAGGCCGAGAGCTATGGACAGCATTGCCAGTAACACAGGCCACCCTGTGCAGAAGGGAGCTGG 8161 CTCCAGCCTGGAAACCTGTCTGAGGTTGGGAGAGGTGCACTTGGGGCACAGGGAGAGGCCGGGACACACTTAGCTGGAGA 8241 TGTCTCTAAAAGCCCTGTATCGTATTCACCTTCAGTTTTTGTGTTTTGGGACAATTACTTTAGAAAATAAGTAGGTCGTT 8321 TTAAAAACAAAAATTATTGATTGCTTTTTTGTAGTGTTCAGAAAAAAGGTTCTTTGTGTATAGCCAAATGACTGAAAGCA 8401 CTGATATATTTAAAAACAAAAGGCAATTTATTAAGGAAATTTGTACCATTTCAGTAAACCTGTCTGAATGTACCTGTATA 8481 CGTTTCAAAAACACCCCCCCCCCACTGAATCCCTGTAACCTATTTATTATATAAAGAGTTTGCCTTATAAATTT Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) | ||||||
Disease | 4204.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000303391.6 | 3UTR | GCCAGUGGGAUUGCCGGU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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83 hsa-miR-4301 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT081134 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT090911 | ARHGEF26 | Rho guanine nucleotide exchange factor 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT229436 | MECP2 | methyl-CpG binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT274717 | CPSF6 | cleavage and polyadenylation specific factor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT350957 | BACH1 | BTB domain and CNC homolog 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT386722 | NUFIP2 | NUFIP2, FMR1 interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446022 | PEX3 | peroxisomal biogenesis factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481303 | ATP5G3 | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C3 (subunit 9) | 2 | 14 | ||||||||
MIRT483959 | ZNF354B | zinc finger protein 354B | 2 | 6 | ||||||||
MIRT495667 | TUBAL3 | tubulin alpha like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496554 | TBX15 | T-box 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497702 | ARL6IP6 | ADP ribosylation factor like GTPase 6 interacting protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498105 | RMND5A | required for meiotic nuclear division 5 homolog A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512535 | SEMA4D | semaphorin 4D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512556 | MFN2 | mitofusin 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT521465 | RABGAP1 | RAB GTPase activating protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT526236 | C2orf15 | chromosome 2 open reading frame 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526743 | HLA-DOB | major histocompatibility complex, class II, DO beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527578 | BRD7 | bromodomain containing 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528038 | WT1 | Wilms tumor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528267 | GPRIN2 | G protein regulated inducer of neurite outgrowth 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528505 | HTR7 | 5-hydroxytryptamine receptor 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT528758 | RPS27 | ribosomal protein S27 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT528999 | IPO9 | importin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529701 | MRPL30 | mitochondrial ribosomal protein L30 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529781 | C17orf82 | chromosome 17 open reading frame 82 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533797 | TMEM119 | transmembrane protein 119 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT535308 | PHF12 | PHD finger protein 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535917 | MKL2 | MKL1/myocardin like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544892 | OSBPL1A | oxysterol binding protein like 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555423 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562068 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565623 | SLC31A1 | solute carrier family 31 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565661 | SIX1 | SIX homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570138 | IL1RL2 | interleukin 1 receptor like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571045 | YRDC | yrdC N6-threonylcarbamoyltransferase domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621232 | LMAN1 | lectin, mannose binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622272 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623844 | GAN | gigaxonin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626158 | NFYA | nuclear transcription factor Y subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626464 | CMKLR1 | chemerin chemokine-like receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT632087 | ALDH1A2 | aldehyde dehydrogenase 1 family member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637243 | FAM26E | calcium homeostasis modulator family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642710 | FGFR1OP2 | FGFR1 oncogene partner 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643611 | KANSL3 | KAT8 regulatory NSL complex subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644270 | PAFAH1B1 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b regulatory subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645470 | SPIN3 | spindlin family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649193 | DNPEP | aspartyl aminopeptidase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650776 | POP4 | POP4 homolog, ribonuclease P/MRP subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651345 | ZC2HC1C | zinc finger C2HC-type containing 1C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652237 | TRAPPC3L | trafficking protein particle complex 3 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652587 | TIMM8A | translocase of inner mitochondrial membrane 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654591 | PURA | purine rich element binding protein A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654649 | PTAFR | platelet activating factor receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656842 | KLF7 | Kruppel like factor 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657209 | IKZF2 | IKAROS family zinc finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658513 | ETV3 | ETS variant 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659448 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668816 | CYLD | CYLD lysine 63 deubiquitinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669067 | CELSR3 | cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT677711 | ELOF1 | elongation factor 1 homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT687146 | PTPN12 | protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698498 | THOC2 | THO complex 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707930 | PPP1R3D | protein phosphatase 1 regulatory subunit 3D | 4 | 2 | ||||||||
MIRT708737 | FAM71F2 | family with sequence similarity 71 member F2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710031 | POLL | DNA polymerase lambda | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712175 | STK4 | serine/threonine kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715297 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT716892 | AGPAT6 | glycerol-3-phosphate acyltransferase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717378 | RBM41 | RNA binding motif protein 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718082 | CLIC5 | chloride intracellular channel 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718721 | ANKRD18A | ankyrin repeat domain 18A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719152 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719224 | CAMK4 | calcium/calmodulin dependent protein kinase IV | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719528 | SRCIN1 | SRC kinase signaling inhibitor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719861 | KLF2 | Kruppel like factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720326 | CAMK2G | calcium/calmodulin dependent protein kinase II gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721596 | SREBF1 | sterol regulatory element binding transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722020 | NEBL | nebulette | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722484 | QSOX1 | quiescin sulfhydryl oxidase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722614 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723664 | RPTN | repetin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723939 | SVOP | SV2 related protein | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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