pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-5691 |
Genomic Coordinates | chr11: 9090312 - 9090379 |
Description | Homo sapiens miR-5691 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-5691 | |||||||||||||||
Sequence | 9| UUGCUCUGAGCUCCGAGAAAGC |30 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | DCAF7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AN11, HAN11, SWAN-1, WDR68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_005828 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on DCAF7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of DCAF7 (miRNA target sites are highlighted) |
>DCAF7|NM_005828|3'UTR 1 TGTTGGTGGCGCTGTGCCCACGAGGCAGGGGCTTTTGTATTTCCTGCCTCTGCCCCACCCCCAAAGTAAGAAGAAACATG 81 TTTCCAGTGGCCAGTATGTCTTTCATTGCTTTGCACCCACTGTTACCAGAAGCTGCTCTAGGAGTTCCTGGCCAGTCACC 161 CCATCGCCCTCTGTGGCAGACTCAGTGCTGTGTGGCGCCTCCTCAGCCCAGGGCTGAGTTTTAAGATTTTCTCTCCTTTC 241 CTCTTCTCCTTTGGTTCCTCAATTAAAAAATGTGTGTATATTTGTTTGTCAGGCGTTGTGTTGAGGAGCAGTTCACGCAC 321 TGGCTGTGTCTATTCCTCTGCCCAGGTGTCTCTGTTTGCTGCCCAAGGCAGCAGTTCATGTCTCGTCCATGTCCATGTTC 401 GTGTTAGCACTTACGTGGGAACAAATACCAATTTGTCTTTTCTCCTAGTATCAGTGTGTTTAACAAATTTTAACTTTGTA 481 TATTTGTTATCTATCAGGCTAATTTTTTTATGAAAAGAATTTTACTCTCCTGCTTCATTTCTTTGTCTTATAGTCCTCCC 561 TCTTTGCACCTTCTTCTCTTCCCTCAGTGCCTGGAGCTGGTACTGGGCCCCTGGCCCCATGAGCAGTTTGCCTTCTTGAG 641 TCACTGCCTGTGTAGTACATACCTGACCGGGAGTCCAAACCACCTTGGTGCTCTGAAGTCCACTGACTCATCACACCTTT 721 CTTAGCCTGGCTCCTCTCAAGGGCATTCTGGGCTTGTAAACAGACATAGGAAGCCTCTGTTTACCCTGAAGCACCACTGT 801 CCAGCCCATTGGTTCCCACTGGCAGCATGGTAGAGCTGAGAGAAACAGGCTCTCAGGGTACCTGACTTGAGGGGAATCGT 881 TTCATGAAGCTGAACTTCAAGCATATTTCCAGTACATTCTTTCAGAGTCTGTTTTTCCATCCAAATATAAGCCCCAGGCC 961 ATTCCACTTAGTGTCTTTTCAATGATAGGCAAGAATGATATCTGAGTTGAACTTCGGTGCTTCTGTTGTTTGAGTTTACT 1041 GTGCCTGGTGGTATATTGGGCATTCTTTGGATTGAGTGTTCTGAGGTGAGAGAGTCTTCCCGAGGCATCCTGTCTGTGCT 1121 TCCAACCCTGAACAAGACCTTACATGAGAGATGGACTGATGGACTGCGGCAATCCTGGGCTGTCAAGTGGATAGATAGTT 1201 AAAAAGCATTATACTGTGGGTAATGAAAAGGGAGGAAAAAAAAAGAAGGAAAAGGAATTATAGACCCCCAGGGTCAGCCA 1281 GTTAAGAGCTCTACCCACACCTGTCAACCCCTCTCTCCCCCAGTTTAGGTTCTGAGCAGTATTGGACTTGTAGCCTGCAG 1361 TTGTCTTTTGACTTGCAGGCCGCAGGTGTCTTTCTGTTATGTGAATGAGTTCCATGGAGGGGCATATGTGTGATTCCACC 1441 GTTAGATGAGCCCTTGGGGCAGGCAGTTTGGGATGTGCTCTTGGGGGAAAGTTGGCTGTTTCCTTGCGCTCTGCTCCTAC 1521 CCGAAGGTTTTTAAGTCCCTCTGAATTGCTCATCTGAGATTAGTAGAGTAGCAGGCCTGAAGGATGATGGTTTTGTCCTC 1601 TTTGGTTCTCACCTGCTTGAGAAGTAAAACAGTAACTTTGTTCTTCTGGGCCCTTAAGCTTTTTTGGTTAAGTCTTCCTT 1681 TTCAGAAGTAGATGTCATTATATGCCAAAAGTCTAGCTCTTTGCTTTACCATACAGGGACCTGTCCCAAAGAAAAAGGCT 1761 CTTTTTTTAGCCAGCATATTTCCCCTTCTACCCTTTTACTTTGTTGTTCTGATTTTAGGACTCTGGCTGGCCATGTGCTT 1841 GTGGTTGCCTCTCCTGCATTTGCCACTGGATTTGCACTGCATCGTTTGGAGATACAAAGCGAGCAGTTCTTGGTCAGAAC 1921 CCTCCTCTGCTTTTCATTGTGTTTGATAATGGTTACTGGGTCCTTCTCTCAAGGGTAGCAAGGCCAAGCTGATGGCTGCT 2001 TGTTTAGGAGGCCATCAGTTCCTTCCTGTGGAGAAGGGTCTGAAATGGAAGTCAGTGGTAGAAGGGGCTGGTCTGCTGGG 2081 CAGGGCTTACATCCACTGAGTTCTAAGATTCCTTTCCTGATCTGCACCTACGCCTGGTCTGTATGGTGGAATTTGTCAGC 2161 TGGAACTCAGAAACAACAACTTGAAAAAAAAATAATAATTAGAACATATTTGCATAAGATAGCTATTTACTCTGGAAACC 2241 AACAACTTTTGAGATTTCCCTTGCCCTGTGGACGCCCAGCTCCTGTCATCCTTCCTTAGGTCCTGCAGTACAGTCTTCCC 2321 CTGAATGCCACCGGGGACCCAGGGGGACTCCACCCCCCTAAGCAAGCACACACATACTCACAGTTGATGAGTTGCTGGTC 2401 TTTGAGTCCCAGCTCTCTTACCCTCCCTTTACTCCACCAGCCCGACGACCCATGACTGAGGAGGGGATTTCTACAGTCTC 2481 AGGATTTAGAAAGTCTGTAAGCCATCCATGCTCCAGAAAGCACCGATCTGTTGTAGTTGCAAAAACAACTCTGTAATTTG 2561 TTGAGGTTCTCAAACTGACAGCCAGCGAGACTGGGTGGGAGGCCCTGGATCTGTTCTCCCTGACTGCGGGAGGAGCAGCC 2641 ACTAGGACTTTAGCAGGAAGCCCACATGGAGGCTCCGCCAGGCTGTGGCCCAGCTGGTGATGGCCCTTTTGCTCCTGGCA 2721 GCCTGAGGCACAGCTGCCTGTATTGTCCTCATCTGTTCTGACTGAAGGATGGAGGTGCTGAATAAATTAGGCCTCAGGCC 2801 TCTACCACCAGAGAGCTGGAGAATGGGTCCACGTCATTCAAGGACCTGAATTTTTTATGCTCAGGAGCATTGGAATCCTC 2881 TTCTTCCAGGGAGGAATTAGCCTGCAAGGTTAGGACTTGAAGAGGGAAGGTATTTAATAACTGGGCGAGGATGGGTGTGG 2961 TGGCTCACACCTGTAATCCCAGCATTTTGGGAGGCTGAGGTGGCCAGATCCCAAGGTCAGAAGATCGAGACCATCCTGGC 3041 TAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAAAAATTAGCCGGGGGTGGTGGCGGGTACCTGTAGTCCTAGC 3121 TACTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCAAGATCGTGCCACTGCACT 3201 CCAGCCTGGGCGACAGAGCAAGACTCCGTCTCAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAATAGGTGAAAATTCCTTATAAATCCA 3281 GGATTGGCTCTGAGAGAACTGGCTAAGATTCAGGAAGAAACAAAAAATTCAGAATCCTACAAGGTTTTGATGACAATTAG 3361 GGCCAAAATTTTAGGAGGAGATGTAGGATGCAGGAGAAAATTAAAGTGTTTTCTTTATATCAGAGGAGGAAATAGTAGAG 3441 GTCAGTGAAGGTCTGGGGTAGGGAAACATTCAGACTGTCCATTGCATGGCTGTGGAGTGAGACTGCCCTTAGCCTGGGTC 3521 AGCCTTCCTGGGCCATAAATTGGGCATCCGTGATGCTAGGTAACTGTGGGAACAAAATGACAGCTTAGAGCAGCCATGGG 3601 TGATGTTTGGTGGTAAAAAACCTACAGGCGTTTGGGGTCCCATGATTGTTCCAGACCATGACTCTTCCTGGTTGTGGGTT 3681 TGTTACAGAGCAGGAGAAGCAGAGGTTATGACAGTTATGCAGACTTTCCCCCTCCTTTTTCTCTTTTCTCTTCCCCTTGC 3761 TTTTCCACTGTTTCTTCCTGCTGCCACCTGGGCCTTGAATTCCTGGGCTGTGAAGACATGTAGCAGCTGCAGGGTTTACC 3841 ACACGTGGGAGGGCAGCCCAGTACTGTCCCTCTGCCTTCCCCACTTTGAGAATATGGCAGCCCCTTTCATTCCTGGCTTG 3921 GGGTAGGGGAGACCATTGAAGTAGAAGCCTCAAAGCAGACTTTTCCCTTTACTGTGTGTACTCCAGGACGAAGAAGGAAG 4001 ATCATGCTTGATACTTAGATTGGTTTTCCCAGGGAAGAGGGCGGAGCAGAGCAAAGTCACTGTGAACCCTGGGCCAGGCC 4081 CTGGCTGGGCCAGCTCCTGAGAGCGTCTCGTGTTGCAGACCCTTGCCCACTTCACCCACCTGCACCTTCTCCCCCTCTCA 4161 CAGTGTCACTGCTGCTAATGGTCAAAGTCAAATGTGTGGCCACATGGGATGGGCCAGGTCCTCTCAGGCTACTTTCTGGA 4241 TGTCATTTTTAAAATATGGAAACATGCAGGTGCCTTCCCAAAGAGGCTTGGACTGGTATATCCAACGAGAAACAAATAAG 4321 CTAAAGAAAGTTTAAACTCAAGAAGAAAGATGTTGACAGTCTATGTAACAGCTGGAAAGTTTATAGGCACCCACCTTTGG 4401 GACAACCCAGTGATTATGAACATGTGATATCTACTATTTAAAAGAAATGTTCTCACCTTGGGTTGATTGTGGTATACCAT 4481 GTGTTATGAAAATTGTTGAGCTGAAGCTTTGAATCGATTTAGTTGAGTCTGACTCACTTGCTTTGGTTCCTGTGTATTTT 4561 ACTACCCCTCTTGTCAGTGACCTTCCTTCCCCACCCCACCCAGAGTGAATTTGTAGCATGATTGTATAAACCTCTATGTA 4641 GAAAATGGAGATTTCTTGCTCTGAAATGTTAAGCTCTAACTGATCCATTTCTGTGTCCTTTAGCCTAGTATGTCTGAACT 4721 TCCATTCTTGTTATATATTTAAACTTTCCCTCTATATTATAGGTTTTGTGGCATCCACGGTCAGGTGTAGAGGAAGCTGC 4801 CCCTTGCAGAACTGTACTGTAATATTTTTCTTTTATAAATATTTTCACAGGACTGATTGTACACAGGGCTTGTAATAAAA 4881 TTTTAACACTGTGCTGTGAAACAACTATGGGGAATCTCCATTGAAGGCTACTTCATGGGCACCTGAAAGTGGAGTGTTAT 4961 AGCTATGACTTTCTATTTCTTGTTTCCTAAGTAAATTAAACCTAATTTTCACCCTTTCATTCTGTTTCAGCCTCCTGTAT 5041 AAGAAGTACCGTATTTTCTGCCCATCATACTTTGTAATAAAACTTGAACATGTATAGATTGACTGAAAAAAAAAAAAAAA 5121 AA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 10238.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000310827.4 | 3UTR | CGGAGCAGAGCAAAGUCACUGUGAACCCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000310827.4 | 3UTR | CGGAGCAGAGCAAAGUCACUGUGAACCCUGGGCCAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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91 hsa-miR-5691 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT091162 | TBL1XR1 | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT242227 | TTC9 | tetratricopeptide repeat domain 9 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT246192 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT251553 | DCAF7 | DDB1 and CUL4 associated factor 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT387267 | SOX9 | SRY-box 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463486 | ZC3H11A | zinc finger CCCH-type containing 11A | 2 | 12 | ||||||||
MIRT494446 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496478 | ADAMTS17 | ADAM metallopeptidase with thrombospondin type 1 motif 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501825 | NCOA3 | nuclear receptor coactivator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT503072 | C6orf120 | chromosome 6 open reading frame 120 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504755 | TEP1 | telomerase associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT505971 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511868 | GOLGA7 | golgin A7 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT512900 | UBL4A | ubiquitin like 4A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513048 | LYPD6 | LY6/PLAUR domain containing 6 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT523772 | FAM83D | family with sequence similarity 83 member D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525126 | RPS11 | ribosomal protein S11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525816 | VIMP | selenoprotein S | 2 | 10 | ||||||||
MIRT531222 | HIST1H2BD | histone cluster 1 H2B family member d | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531729 | SLC2A9 | solute carrier family 2 member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536282 | LIMA1 | LIM domain and actin binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537291 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537724 | ELAVL2 | ELAV like RNA binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547940 | HNRNPA0 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554177 | SLC35E2B | solute carrier family 35 member E2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT555015 | RAB2B | RAB2B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576717 | Wars | tryptophanyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607484 | HEBP2 | heme binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610786 | KLK2 | kallikrein related peptidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611491 | ZNF440 | zinc finger protein 440 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613986 | DBT | dihydrolipoamide branched chain transacylase E2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615782 | KIAA0319L | KIAA0319 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620563 | WBSCR27 | methyltransferase like 27 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT624157 | DGKE | diacylglycerol kinase epsilon | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626088 | MKLN1 | muskelin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629481 | GSN | gelsolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636645 | CDK4 | cyclin dependent kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638074 | HS3ST1 | heparan sulfate-glucosamine 3-sulfotransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT638442 | PLXDC2 | plexin domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641025 | KLHL7 | kelch like family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641539 | MOCOS | molybdenum cofactor sulfurase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643004 | ZNF829 | zinc finger protein 829 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643092 | NDUFB5 | NADH:ubiquinone oxidoreductase subunit B5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644979 | IL2RA | interleukin 2 receptor subunit alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645912 | PLXNA3 | plexin A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646605 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648033 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657491 | HBEGF | heparin binding EGF like growth factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658381 | FAM26E | calcium homeostasis modulator family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659695 | CD200 | CD200 molecule | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661276 | TEX9 | testis expressed 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661348 | DYRK4 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662948 | JPH2 | junctophilin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663225 | PPY | pancreatic polypeptide | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663280 | SPN | sialophorin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663335 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664344 | C16orf45 | chromosome 16 open reading frame 45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664855 | TBRG4 | transforming growth factor beta regulator 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665484 | VPS53 | VPS53, GARP complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666428 | SH2B3 | SH2B adaptor protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668162 | GDE1 | glycerophosphodiester phosphodiesterase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670170 | CCDC142 | coiled-coil domain containing 142 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671277 | MTO1 | mitochondrial tRNA translation optimization 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672284 | GP2 | glycoprotein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672435 | RAB10 | RAB10, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672646 | SLC25A16 | solute carrier family 25 member 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT672760 | UBE2V2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672834 | AKR7L | aldo-keto reductase family 7 like (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672841 | ICOSLG | inducible T-cell costimulator ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673080 | AK1 | adenylate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673148 | C1orf50 | chromosome 1 open reading frame 50 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673323 | THAP1 | THAP domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673893 | DCTN6 | dynactin subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674182 | PLEKHM3 | pleckstrin homology domain containing M3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674607 | RBBP4 | RB binding protein 4, chromatin remodeling factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674740 | SLC16A1 | solute carrier family 16 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675140 | MOGAT1 | monoacylglycerol O-acyltransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT675194 | NKPD1 | NTPase KAP family P-loop domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675886 | SNAP29 | synaptosome associated protein 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679163 | PSMB2 | proteasome subunit beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT680337 | ZNF281 | zinc finger protein 281 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706699 | GPR155 | G protein-coupled receptor 155 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706911 | THAP6 | THAP domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707880 | SLC45A4 | solute carrier family 45 member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709097 | SEPT4 | septin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709408 | FBXL20 | F-box and leucine rich repeat protein 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710845 | FAM210A | family with sequence similarity 210 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711358 | VPS8 | VPS8, CORVET complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718590 | SCD5 | stearoyl-CoA desaturase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723649 | RPTN | repetin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724208 | NUP205 | nucleoporin 205 | 2 | 2 |