pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4695 |
Genomic Coordinates | chr1: 18883202 - 18883275 |
Description | Homo sapiens miR-4695 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4695-3p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 51| UGAUCUCACCGCUGCCUCCUUC |72 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ZNF652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | zinc finger protein 652 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001145365 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_014897 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ZNF652 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ZNF652 (miRNA target sites are highlighted) |
>ZNF652|NM_001145365|3'UTR 1 CATCCGTCTCCTTAGTGTGTTCTCCAGGAGACACGTCCCCATGTGTGAGCGTGCACAGAGGGAGTCGGTGAGCATTTCCT 81 TAGTTCTCAGACTCTCCTCCGCCTCTACCAAGAGCTTCGCCAGTGTCACTGAATCAACAGATCCAAGGGAATGAACAAGA 161 AGACTACCTTGAGCTCACAGAGGGACTGTCATCTAAACCAGGGGAACCACTGAACTAAAGCCCAATTTGCTTGCATTTTC 241 TGATGACTTTTATAAGTTTCAAATACTCAGACTTGTGGAATTTTATAATTTCATATCAGCTGATGAGGTATGCTTGCTTT 321 TATATCCCAGACTTCTCCTCAAAGAGGGGATAGGCCTGGTTTCCTTTGTACTAATCGGGAAGGCTGTGAGATTAATCCAG 401 AGCATTAATTGTATCACTGTGTATGGTAAGGAATTCTTTTCAGCTTTTGGTGCCAGCTACAGAGTTGAGCTGGCCATGTT 481 TCACAGTATATCAAGCATTATAGAGAAAGACAGAAATTTTCTTCTTTGTGTAGCTCTCCTAACGCACTCTTTATTTTACT 561 ACAGAAATTATTTTAGAGTTTTTGTATAGACTTCTTTGGTAGTCTGTTTCTAAAATGAAATGTATTTCAATAAGCAGTGT 641 AATTTTTTCAGTGTAGCTGAACCTATGTTGTAAAATAGAAAAAAATTTTTATAATCATCAAAATGTGATTCTTAAAGATG 721 CATATAACTTCTATAATTCAAAGCTATTCTTACATCCGTACAACTCAAAAGGTGCTTCAGAGACTAGATGTATCTGAGAG 801 GGTCTCCAGACCAGGTTACTGCAAAAATGAGGTTTTGCTTTCAGGATTTGGCGTAAATACTTGGTAGTTTTGACATCTCT 881 GCTTAACACTCAAGAGAGGCTCCCTAATGTGCTCCTGTCCTCCATGTTCTGCTTGGCTTCGTTAGTGCATTACATGAAAT 961 GATTTGCAGGGGATGGGGCCTTTTCCAGGGAAGTCACCTAAAGCTTGCATGTTTTGAAAATTTGAATAAGGCTGTTTGCT 1041 GACAGGAGGAGGAAGTAGTGGAGATCATTTCATCTCAGTCACGTCTGTTTCTCACTTCCCTTAGGAATTGTGTTGATGTT 1121 TAACTTTTATGGGATGACAAATTGAAATCGCTCATTTTGAGGTTGCTTTATTTTTCTAGAATTGTTATAAGAAGCTAAAA 1201 TAGTAAACTTAAAATCACAAACATGACATTGCTGATAGTGGCTGAGAAATTCAGATGAGAAGACAAATTGGTTATGAATT 1281 TTGAAATATCTATTATATGTAAAATGTGGATATGTTCACAACCTTGAGCTATTTTAACACAGTTTAAATATAGTGAGGGA 1361 AAACTCCTAAGTTTTACTGCCCTGTCCTCTGCAAATTATGTAATACCAGCATTCTTAGGCGATAAAGAGAGCAGCACCTC 1441 TAGTACCTTTAGGCAGATTACTTTTTCAAGTTTGGGGAACTTCAAAAGACCATAATCAACCAGGAGCTTATTATAGGAAA 1521 GGCTGAACAGAAGGGCTAGTGTATTGATTACACTTAACAGATCATATTTATCCAGACTCAGTATAGCTTAAAATTTTGTA 1601 TTTCTTTATCTGAGAGAACTGAGTTCCCAGGCTAAATCACTTACCTCCCACCCCCTCTCCAATTTTTTTTTTAAGAGACA 1681 AGGTCTTGCTATGTTGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGCTATTCACAGGTGCAGTTATAGCACACTACAGCCTCCAACTCTT 1761 GGGTTCAAGCAACCCTGCCTCAGCTAACCAAGTAGCTGGGACTACAGGTGCATGCTACCATGCCCAGTCCATTTTTTAAT 1841 CTTGAAATTTCTTCATTTTTCTTTCTTCGGTTTCTTAAAATCTTTGCCTGAATCAGAACGCTGGCTTTTATTTATTTTTT 1921 TATTTTTAATATTAAATGTGCAGATATGCTTCGAGCACTTTTCTAACTAATGAGCTCTGTGGTAAGAAAAAATGAACTCT 2001 TTCAATTGAGATTAAGTCCATATTTTTCAAACATCACGTTCTCTATTGGCTTTTTGGTTTAGTGTTTCTAAATTTTCTCC 2081 TTCTGATTTTGCCTGTCTTATATAATGAGCATAGGAAAATTTTGGAATGAGGCAGAAAAGTATATCAAGACATACTTCCT 2161 GGTTTTGGATGTAAGTTTTAAAGAATGGTATTTTTAATATTTGTACACATTCTTTGAGCACCCAGGTACCCAAGCCAATA 2241 AGGAAAGTTAATTCCTTGCATATGACTGTTATATCTTTAGTGGTTGTCTCCCTCTCCCTCCACAGTCTCCTTGGCATTCC 2321 ATGACAAGTTTGTCAACCTACACTTTTATATAGACATATCATTATTTCATGGTCAAGCCTGTAGTATTAAAATGATTTTT 2401 TTAAAAGATGTAAACTGTGCTTAGTTAATTGGTTATATTTTGTTCTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGGC 2481 AGAGTCTTGTTCTGTTGCCTGGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCTTGGCTCACTGCAACCCCCGCCCCCCGGGTTCAAGT 2561 GATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGAATTACAGGCATGCGCCAGCACGCCCGGCTAAGTTTTGTATTTTTGGC 2641 AGAGATGGGGTTTCACCATATTGGCCAGGCTGGTCTCAAACTCCTGACCTTGTGATCCGCCCACCTCAGCCTCCGAAAGT 2721 GCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCACGTCCAACTGCCTTATTTTGTTCTGAATAAATTTACAGTATTGGGCAGCAATTC 2801 TGGATTCTAGACTTGAGACCACAGAATCAACCATTTCATGAGGTTGTACTGTAATTATACACTGGAATATTCAGGTAGTC 2881 ATCTTTGATTTTTCATTCAAGTAAATATAGCCATAAGAAAATATCTGCTATACAGGAAAACCAGTATTAAGCAAATACCA 2961 CCATCCTTAACAGAAACAAAAATATATATATATATTATTTTTAAAAATTAGCATTGTCATACAGTACAATTCTTAGTGAA 3041 GTGTATTGTGGAACAATTTAGAAACTTCCTTTTTTTCCCCTAGATTAAGGATACTTTCCTTGACTTGAGACTTGTGGTCT 3121 TCAGGAAAACTACTCAGAATATAATGACTCCTCATCAGTATCATATTGTATATAAATAATGAAATGCATTAAGAATATTC 3201 ACAACATTGAACCCAGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGATTGCGCCACTGCGCTCCAGCCTGGGCAACAGAGCGAGA 3281 CTCCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATATTCACAACATTAATGCTTCTGAATAGAAGAACTGCAGGATTAAGCCTTA 3361 AACATATATGTGCAACACGTTTAACATGCTTAAGACTCAAACTCAGGGTTGAAAATTTGGTTGGGGTCCTCTTTGTAAGA 3441 TAAAAGTTGCATTATGTGGTATGTTCTCTTCCATATATGCTACAGCACCCCATGAATTCTTCAAAACTTTTTACCTACTT 3521 GTTATCTGTTTATGAAAAAAAGAATTATGGAGAAGTTTGAGTTCTCAGCCCTTATCTGTACATGTCTGTTAAAGACAACA 3601 AAGGCTGCATTTAAGCATTATATAGATAACAAATTGAGGCTGTCTCTCGTTACTTAGTTTTACTGTCTTCAAAGGCTTGT 3681 ATCATTGCTAGGGTTAAGACTTATTTGAGGATGAGTTGGCATTGTATTTTTTGTGTGTGTGGGTTGGTTTGTATTTGTTT 3761 CGTTTTTATTTTTCTATTTTCTCTCATAGATTTATCAGTAAAATATAAACTCTTCCTTAGCCTTAATAAAGGCTGCTGCT 3841 TTCTCAAATTGAGTCAGATAGGCTCATTCGGAGTTAGATTTTTAAATTTGAATGAAGAAAAGACAACAATTTAAAGGCAT 3921 GTGGCTTCATTTCCACATATATTTGTGACTGGATTCTTATTTTTAGCAAGAGGGGAGATCGCCACAAAAAAAACTTTAGT 4001 TCAAAGAAGACTGTGCAAATCAGTTACCTGTACTTTCATAGTCTACCATTTACATTAACTGTTCTAGATTAATGACTAAG 4081 CATGGCCATTACCATAATTACATCATTTTTTTAAAACCACATTTGTTCGAAGTATCCTTTTCTAGTGGTTAGAACTGTCC 4161 CTATAATTTGATTGTCCCTCATATACTAACCGAAAGCAAAATGCTCTGATGAGATGCTTATAAACTATGAATTTTTTAAT 4241 TCTTGAAATTTTTTTCAGTTTTTATGATTGTTGAATAGATATGTATGTTTAGTTCCATTATTATTTCACTGGAAGTTTTA 4321 AATTTTGAGAAGATGAAGCAGAGATAGAAATCCATTGCAGATATATGTATATTTACCCCATCTTGCAGGTTTCAGTTAGT 4401 AAAACACAGAATGATAGGTCGGTTTTAATGTTTTAAAAAAAAACTAAAAAACTAAAGTTAGAGAAACCTTTCTGTTTGAG 4481 CTACTGTATAGAAAAGACAACTTTTATTGCATTGCTGGTCCACATGATAAATATTTCAATGCTGTTCTAGACTGTATGAG 4561 AAGTACTTAATGAAAAAAGGGATACATTACATTTAAGAATTGTATCAGCTAATTACTGTTTTAAAAAAATCAACTCATTT 4641 GGAATTCTTCGGACTATAAAATTGAGCAAGTAAAGTTTGGGTTTTAATTTTCCTTTGCCTGAACCAAGATAGGAAATTAC 4721 TTAAGAGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGGAATGAAAGGTCATAAGCCATTAGAAATAGTGGCATTATTA 4801 TGCAATAACAACACCCTAGCTAACCTGCTTTTGTCATCTGTAGCACTTACAATAAAGAATGATGACCTTCCAACCCTGGA 4881 CACTACCTCGATAAAGCAAACCAGAGATCCTCTCTACACTTTCTATGGAAGCCATAAAAGTTGCCATCAATATATCCACT 4961 TTCATAGTTCTATACTTTTATACTTTCTAGACTTTTTTATAGACTTTATGATCAGATCTTTTTGTCTCAGAGGATAGGTT 5041 TTGCAAGATTCAAAGGAAAATCAAACTCCTTGGTTGTTCCAGCTTTGAAGCTTTTGCTTCAGTAAATTTGTTTAAAGAAC 5121 CAGATCACATACCATTTATCAAATTCTTTACTTAAGTCAGAATACTTTGCAGACATACATATTTGGAAAACAAACTGTTT 5201 CTTGTTCACTAGATAGAATCTGTATTGTAGTAAGAAACTACTTACAAGGTGGCTTTCTTTCTGCTTTGTTACTCTATGTA 5281 TTACTCAATAATATATGTATGGTCACAGGTTCCTGGAGTTGTTTTATTTCTTTATGACAGACACATGAGTATGCACCTCT 5361 CTCTAATCCTCTGATGTCACTGCAGCTTCAGTCTCTCTCACTCTGTTTTTGAGTGCCTTCAAAATGCCAGCATCCTGGAA 5441 CATTCTTTTCCTGATCTAAATCCTACCTCTGACTATTTCATTATCCATGAATATTGGAATTCACCCATATTCCAATGGGC 5521 TTAACTCTACAAACTAGCTAAAACCTTGGACAAGAATTTTGACCGTATTTCTGTTTTGTTCCTCCATGTCATTTTTAGGT 5601 TATATTTTTAACTTTTATTTATATCTTATTTCTTCACATATTTCGTCTCTCTGTTGAAAGATTTTATCCTTATTTGACTC 5681 TTCACTTTTTTTACTTTCACCAGAAATTTGACGTTCCTTTAAAATTAAAGGTCATTGAATGTCTTTTGAACACCTTTTTC 5761 TCAACTGAAGTCTTCCTGAATGCCTCCCCTTTCTGATGAAAGGATCCTGAGTGCTGCTGTTGCTCTGCCCTGTTCCCATG 5841 TGCCCACTCCCTTCCGTACACATTTTGCAAGACTATACTCTTTATTTTAGTCAAATTAATTTAAAATTGCTCCCTGGGTT 5921 TCTGCTCTCTCATGGCCCTGTCCCTCAAAAACTTCTGTTTACTTTTTCTAGCTGTTTTCATCTAATTTGTTTAAAATGTA 6001 TGATGGATCCATAATATATGAAGGATGTAATGAAAAGGAGGTTGCAGTGTTTTATATAATATGATCGAGCACCTCCGTGA 6081 TGAAACATTTAGCAATTGGCTAGTCCTTCACAGCCAGAGTGGAAGTTTGTGCTGTGGACAGGTCTTTTTACTCCCTTCCA 6161 GTTCTCCTCCAAAACTGGAGAAAAAGGAAAAAAAAAAAGAACTCTTTCAAATGAGGAGATTTGATTGCATTTTTTTAGGT 6241 GAATGAAAGCTTGGAGTTGAGCATTTGGGCCTTAGTCAGCATTTTTCCTTTCTGACTTAAAATCTCATGTCCTTTTCCTT 6321 AAAGTTAATAGTACTCAGGTTTTTAAGACTAATAACCACACAAGGTGGGTATCTAAGAAGGCAGCTGTTAATACATTCTC 6401 CATCTTTCCTGTCTGGCAACAGGAAAGATATTATTGGTGAGATAGTGCAAAATTGTGAGAATTGGTTATGTTTGATGATG 6481 AATAAATTCAAGATTTTTGAAGGCTTCACTGCTATTTGGGATGGGAAGGTGAGTTTACAAAATGAAAAAGGTAGATTTTT 6561 ATGTTACAGAAATCAGTAACGGGTTTCTTGTTGTGTTAATTACCTTTCACTTGATTTGCCATGATGTTTCTTCCTCATTA 6641 TTGATCTAGAAGTTTGCCTCTTGGATAGTAACTAGTAACTTAGTATCTACTTTAAAATTTGTGGCTTTTCTCTTCAGGGT 6721 CCCAGGCCATAAAACAACGGAGAGCTGTACTTGCTTGTCACTTGGAGGAACCACATCCTTGAGACAGCCTGCTGTCTTGT 6801 ATGTCTTCAGTAGGAAACTTCTGACACACACATTCAAGGGAGTTCCTGCCCCTGAGAAGTGTTCCCATAGCTTTCCAGTC 6881 GCAGGTTACTTTCACACTACGTCAGCTTCTCTGGTGAGATCAGGGATGTTACATATTACTTGAAAATGATTTCATAGGAA 6961 GTGAGGATGGGGCAAGAAAGGAGGTAGAAGCTGAATTTTGCTTAACTTCAGAAGGAAATCTGATACTTGCCTTGGCTAGT 7041 TCTGATCAACTAAAGAGCCTGTGTCTGTACTGGATGTGCCAAAGAGTCAAGTTGTTTCTGGAATATCCAGCTCCTCTGAA 7121 TGAACACAGCTTCCTCCCTACCTGTCTTTTATGGGTGAAAAGGGACCGTCTGATGAGCATGATAGACATCCTGTACAGGA 7201 CTCAAGACTGTTTCATTGCATTTGAAAGTTGGTGGGAAGTATTTTATTCTGCTAGAGCTCCTAACCCTCCTAGAAATATC 7281 TTTTCATGCTCTATTAATTCAATTCATTAGTTTAAAAAGAAACAGTGTGACATAATTTTGGTGTTTACTTCTTAAGTTGT 7361 CTCCCCAAGGGCATATATGTAGCCTCTGAAAATGGGATGATTTCTTCTCAATCTTCCATAAATTTGAATATGCATTTTAT 7441 TCATTTCTTGACATGGGCTGTGTGACTGTTTTCCATCAGCAGTTCTGGCTTTGTCCACAAGGGAGCAATAAAGTACGTTA 7521 GCTTTATTCTCAACCTTCTAAAGAAAGATCCCACTTTTAAATCTCTTCTGGAATAGCCTCTTAGCTCAAAGCTTATTCAT 7601 GTATTTTGATTATTTAAGAAATTTTCCCTTATTACAAAGTCCAGTCGTCGTTCATCCCTCATGATGCCAAGCAATGATTG 7681 ATGTGTGGGTGTGGAGTCCTTGTGGGTCAGGCATCTTAATTAATTAGACTTTTTACATATTGATGATCCCCAGATTGAAA 7761 GCCAGGACCTTCCCATAGGGGCGCCTTTGTGTGCTAAAGGCAGAGCAGGCAGGCTTCTCCACTCCTATCTCCTCCGCAGG 7841 CCACCACCATCACATCTATAGGAGGAACAAGAGCACTGGGGGAACTCTGGAGTATGAGTAAGGAAATGCTTCTCACCTTC 7921 TCTGCTCCAAAGAGATATCTGTTACATCAGGGAACAAGTCCTCTAGGTCAGGCACTTCCTCCTGACCAGTGCAACGGGCA 8001 CTCCAGGTTAGAAACTGTGTGTGCTCCCTCTCTGTCAGTTACTTGTCTAAGGGCTCCTATCCGTGGTCATCAGCTCTCTG 8081 GCCATGAGTTCTGTTTGTGCTTATTGCAGCAGCATCTTCACAACAAACAGGTCAGTAATCAACCTGGGAAGGGAAAAGAC 8161 GACAGTAAATATTACCCCCTGTAGAGCCGGGAGGCATTTACACCTGGAATGGCCTTCTTAACTGATTTCTGCCTGGCCAC 8241 CTCACCCCCAGCCAAGTCTGAACCTGAGCAATACCAGGCACAGAGAGGTGTCTACTTGTAACTCCAACACTTGACAAAAA 8321 ACAAAACTGAAGCTGTGATTGGTTTAGGCAGCAAGTGGCCAGGTGCAACTTGTTTGTTTTTATTTTTGTTTTCCCCAACA 8401 GTACTGAGATCACTTGCACTTTTCCTCATTTCTTAAGAAAATCCAGTTTGCTTGCCATGACTTGTTTAGCGTTAGGTTTA 8481 CAAAGCTTGTTGTTGAATGTTGAATATTTGTCCAAAGGAGTTTGACAAAATAGAAGCTGCTTGGTCCCTGTTCTGCCTGC 8561 TAGGTCATAAGGATGAAGGCCATGTGGCTGGGGTACTTATGTCAAGTCCAGAATGGGGCAGTGTCCCTCTCCTACCTCTC 8641 TGCGGAGACGCAATTGAAGGTCAAGTAGACTCAGTGTAGGGCAGGCAGCTGTCATGCTGCAAAGAAGTTTAGAGGAGTCT 8721 TTGGGTTGGGGAGGTGACAGGTAGGTAGGACAGGATCTCTTAAGATGGGAAAGATACTGGGGAGAGGAGGGCTGCTTGGC 8801 CCCAGGGAACTGCAGTGAGGTGGAACTGAGCTCCGCTCCTGAATCTCCAAAGGAGCCCATGCTGCCCGGCTTCCCTGAGT 8881 CATTTTTTCCAGCATCCTGTCAGATCCCTCAATGTACTGATTTCCCCCTTGTGTTAACTATACCGATATTATTTTTTTAG 8961 CAATTGAAATGCACTTTTTTATTTCAACTCAATCATGATTTTAAGTATAAAAAATTTATAGATTGTTAAAACTACTTTTT 9041 TGTGTATTTTTAACCACTCAATGTAGCATTGTATATTTTATTCTTGTGAGACTCTGGTACAGGTGTGCCGCCTAATGATT 9121 TTTCTGAGATGCTGGGCCTTTGGATGTGTACGGTAACCAACTTAATGCTAATGTTCAAAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAGC 9201 AGCCATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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HITS-CLIP data was present in GSM1084065. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_emetine_AbnovaAb
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084065 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_emetine_AbnovaAb |
Location of target site | ENST00000362063.2 | 3UTR | GACAGGAGGAGGAAGUAGUGGAGAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |
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