pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3171 |
Genomic Coordinates | chr14: 27633205 - 27633278 |
Description | Homo sapiens miR-3171 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3171 | ||||||||||||||||||
Sequence | 10| AGAUGUAUGGAAUCUGUAUAUAUC |33 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PVR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CD155, HVED, NECL5, Necl-5, PVS, TAGE4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | poliovirus receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001135768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001135769 , NM_001135770 , NM_006505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PVR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PVR (miRNA target sites are highlighted) |
>PVR|NM_001135768|3'UTR 1 CAGCGTCGGGACTGAGAGGGGAGAGAGACTGGAGCTGGCAAGGACGTGGGCCTCCAGAGTTGGACCCGACCCCAATGGAT 81 GAAGACCCCCTCCAAAGAGACCAGCCTCCCTCCCTGTGCCAGACCTCAAAACGACGGGGGCAGGTGCAAGTTCATAGGTC 161 TCCAAGACCACCCTCCTTTCATTTGCTAGAAGGACTCACTAGACTCAGGAAAGCTGTTAGGCTCACAGTTACAGTTTATT 241 ACAGTAAAAGGACAGAGATTAAGATCAGCAAAGGGAGGAGGTGCACAGCACACGTTCCACGACAGATGAGGCGACGGCTT 321 CCATCTGCCCTCTCCCAGTGGAGCCATATAGGCAGCACCTGATTCTCACAGCAACATGTGACAACATGCAAGAAGTACTG 401 CCAATACTGCCAACCAGAGCAGCTCACTCGAGATCTTTGTGTCCAGAGTTTTTTGTTTGTCTTGAGACAGGGTCTGGCTC 481 TGTTGGCAGACTAGAGTACAGTGGTGAGATCACAGTTCATTGCAGCCTTGACTTCTCAACGCCAAGTCATCCTCCCACCT 561 CAGCCTCCTGAGTAGCTATGACTACAGGTATGTGCCACCACGTCTGGCTAATCTTTTTATTATTTGTAAAGTCGAGGTTT 641 CCCTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGGCTCCAAGTGATACTTCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAATTAAG 721 CAGCTCACCATCCACACGGCTGACCTCATACATCAAGCCAATACCGTGTGGCCCAAGACCCCCACCATAAATCACATCAT 801 TAGCATGAACCACCCAGAGTGGCCCAAGACTCCAAGATCAGCTACCAGGCAGGATATTCCAAGGGCTTAGAGATGAATGC 881 CCAGGAGCTGAGGATAAAGGGCCCGATCTTTCTTTGGGCAAGGTTAAGCCTTTACTGCATAGCAGACCACACAGAAGGGT 961 GTGGGCCACCAGAGAATTTTGGTAAAAATTTGGCCTCTGGCCTTGAGCTTCTAAATCTCTGTATCCGTCAGATCTCTGTG 1041 GTTACAAGAAACAGCCACTGACCCTGGTCACCAGAGGCTGCAATTCAGGCCGCAAGCAGCTGCCTGGGGGGTGTCCAAGG 1121 AGCAGAGAAAACTACTAGATGTGAACTTGAAGAAGGTTGTCAGCTGCAGCCACTTTCTGCCAGCATCTGCAGCCACTTTC 1201 TGCCAGCATCTGCAGCCAGCAAGCTGGGACTGGCAGGAAATAACCCACAAAAGAAGCAAATGCAATTTCCAACACAAGGG 1281 GGAAGGGATGCAGGGGGAGGCAGCGCTGCAGTTGCTCAGGACACGCTCCTATAGGACCAAGATGGATGCGACCCAAGACC 1361 CAGGAGGCCCAGCTGCTCAGTGCAACTGACAAGTTAAAAAGGTCTATGATCTTGAGGGCAGACAGCAGAATTCCTCTTAT 1441 AAAGAAAACTGTTTGGGAAAATACGTTGAGGGAGAGAAGACCTTGGGCCAAGATGCTAAATGGGAATGCAAAGCTTGAGC 1521 TGCTCTGCAAGAGAAAATAAGCAGGACAGAGGATTTGCTCTGGACAGAGATGGAAGAGCCGGGAACAGAGAAGTGTGGGG 1601 AAGAGATAGGAACCAGCAGGATGGCAGGGGCAAAGGGCTCAAGGGTGAGGAGGCCAGTGGGACCCCACAGAGTTGGGGAG 1681 ATAAAGGAACATTGGTTGCTTTGGTGGCACGTAAGCTCCTTGTCTGTCTCCAGCACCCAGAATCTCATTAAAGCTTATTT 1761 ATTGTACCTCCAGCGGCTGTGTGCAATGGGGTCTTTTGTGGAAATCAAGGAGCAGACAGGTTTCATGTGTACTGTCACCA 1841 CGTGGGATGGAACCAGAGGCATGGAAGCAAGACGCTAAATGAAGAGGGCCATAAGGGCTGGGATTCCCAGGCACCTTAGG 1921 AACAGCTTGTCTTTTTTTTTTTCCTCTCCAAAAAAAATGTTTAAGGGACGGTGTCTCCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAA 2001 TGGCACGATCATAGCTCATTGCAGCCTCTAACTCCGGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTACCAAGTAGCTGTGA 2081 CCACAGCTGCCCCTCACCATGCTAAGCTAATTTTTTTAATTAGATAGTACATAAACGTCCCAAAATTAGAAGATAAAAAG 2161 ACATGAGGGATCCATTCTAATTTGTGTTTGGAGTGTAATGGTCCAGCTCCATTCTTCTGCACATGGATATCCAGTTTTAC 2241 ACAACACTGTGAATGTAATGAATGCCACTGAATCATACACTCAAAAATAGCTAAAATGGCAAATTGTCTGTTATCTCTTT 2321 TTAACCACCATTTTTGAAAATTAATTATACCAAAAAACCATTGAATAGTGCACTTTATTTATTTATTTATTTGTTTATTT 2401 ATTTATTTATTTTAGAAATAAGAGTCTCACTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCATGGCTCATTGCAGCC 2481 TCGACCTGCTGGGCTCGGGCTATCCTTCCATCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTATAGGTGGGCGCCACCCCACCTGG 2561 CTAAATCTCTTTTTAACTTTTGTAGAGATAGGCATCTCGCTATGTTGCCTAGGCTGGGCTGGAACTCCTGGGCTCAAGTG 2641 CTCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGCGCTAGGATTACAGATGTGAGCCACCGCGCCCACCCTGAACCTTACTTTTTTTGC 2721 TCAGTTTCTGGTAATTCAGAGAATGCCTCCTGAGTTGTTCTACACCCACCTCATATTCCATGGGAGGGCTGTACAGGGCT 2801 TTTTTAACGAGGCCTCTAAGGACAGGCATTTGTATCCTTTCCAGCCTTTCACTATTACAATGTTGTAGTGAATAACTTTA 2881 CACACTGTCATTTATTTTACTTTTTTTTTTTTTTATTTTAGAGAAAGGAATCTTGCCATCTTGCCCAGGCTGGTCTCAAA 2961 TTCCTGGGCCCAAACAATCCTCCCGCCTTGGCCTCCTAAAGTACTGGGATTTATAGGCATAAGCCACCGTGCCTGGCCAA 3041 TGCACACTGTCATTTAGCTCATGTTAACACCTGAGTGTAGGACACACTCCTGGAGGTGGAATTGCTGGGCCAAAGAGTAT 3121 GTTTCTTGTCATTGTGATAGATATTGACAAATGAACCCTCACAGAAGTTGTGCTGAGTTCTGTTCCCACCAGCGACGTAG 3201 GCGATGACCTTTTTCTGGAGGGAGGGGGCATCCTTGGAGTCCACAGAGCCAGGAATGGAGAGTGGGCCCAGAATTTTGGT 3281 ATAGGTGTTGTATAAACTTATAGTAAGGTTAAGAAAACCGCAACTATCCTTATCAGAGACTTGGCGGGGGGCAGGGTATG 3361 ATGGAGATCATAAGGAGGCTAAAACACTCCACACCCTCCCTCTGCATTGCTCCTGCACGGGAGTCGGGAATCTTTTCAGG 3441 TTGATACGATCTCACCTTGAGGAGCTGTGAGGTCCCAGAAGCCTCTGGGTTGCAGATTGCTTGGGGTGAAAATGTCTGTG 3521 CTACTGAAATCTAACTTTTTACAAAAAATTACGGGCTGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 3601 TGCAGCGGGTGGATCACTTGAGGTAAGGAGTTCAAGACCAGACCATAGTGAAACCGTGTCTCTACAAAAAAAATTAGCCA 3681 GGTGTGGTGGTGCATGCTTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAACCCGGGAAGTGGAGGC 3761 TGGAGTAAACCATGATCGAGTTACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAA 3841 AAAAAAAAACTGGATTGCCTGGCTCTACTCCGGGCACAGCATGCAGGCCCAGTTCTGCTGCTCTGCTGTTTGTTCTGCTT 3921 TCCTCCACATATTGGCATCACCCTCTGGTGCCAAGATGGCTGCTGCATTCCAGGCATCACATCCAGACTCAGACCCAGAG 4001 AAGCTGCCCATCCCTACCTGGGTGAGCCTTTGTAGGAACGAGAAACCGCATCCAGCAGCAGAAACCTCACCCAGCAGCGT 4081 CTTTTCCGGTCTCATTCACCAGCGCCGCCCACCGCTCAACCAATCCCTGGCCAAAAGAATGGGACCGCCTGGAAGGCTGG 4161 ACCAAACAGGACCTGCCCTCTGGGGCTGGGGAGAGGCCCAGATGAAGGCTGCAGGACAGGATGGACTCCTAGACCTCTGT 4241 TACCAGCAGTGACTACCTCTGTCTGGGTGGTTGGAACATGTTTGAATTTTATTCTAAGTACTGTCTACAAGTTCTGCAAT 4321 AAACCTTGACTCTTCTTTTAATAATGCAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 5817.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714644 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000425690.3 | 3UTR | CUCACCAUCCACACGGCUGACCUCAUACAUCAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
37 hsa-miR-3171 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT117345 | MAPRE2 | microtubule associated protein RP/EB family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT152426 | ARID3A | AT-rich interaction domain 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT227670 | SET | SET nuclear proto-oncogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT293606 | PVR | poliovirus receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442923 | TFDP2 | transcription factor Dp-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447007 | RSF1 | remodeling and spacing factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450195 | ZHX3 | zinc fingers and homeoboxes 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450883 | COL4A5 | collagen type IV alpha 5 chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459707 | ZNF641 | zinc finger protein 641 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467111 | SRI | sorcin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT468271 | SFXN1 | sideroflexin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484168 | WDR82P1 | WD repeat domain 82 pseudogene 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT502274 | H3F3B | H3 histone family member 3B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT504190 | FAM127B | retrotransposon Gag like 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507718 | CMPK1 | cytidine/uridine monophosphate kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513852 | JARID2 | jumonji and AT-rich interaction domain containing 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT521900 | PIAS1 | protein inhibitor of activated STAT 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525975 | SPA17 | sperm autoantigenic protein 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534599 | RORA | RAR related orphan receptor A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537572 | ESYT2 | extended synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539261 | ANKRD44 | ankyrin repeat domain 44 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544214 | SRSF11 | serine and arginine rich splicing factor 11 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT553877 | SUPT7L | SPT7 like, STAGA complex gamma subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT564547 | CCDC80 | coiled-coil domain containing 80 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571228 | SYT9 | synaptotagmin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572016 | H3F3C | H3 histone family member 3C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613116 | EIF4EBP2 | eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT629028 | MMP16 | matrix metallopeptidase 16 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT635228 | CD59 | CD59 molecule (CD59 blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641493 | POLA2 | DNA polymerase alpha 2, accessory subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648008 | ZNF431 | zinc finger protein 431 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697344 | ZNF544 | zinc finger protein 544 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700991 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704714 | CHD9 | chromodomain helicase DNA binding protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705320 | ATP2A2 | ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705387 | ATP1B3 | ATPase Na+/K+ transporting subunit beta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715811 | NUDT7 | nudix hydrolase 7 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|