pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-3911 |
Genomic Coordinates | chr9: 127690687 - 127690795 |
Description | Homo sapiens miR-3911 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-3911 | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 12| UGUGUGGAUCCUGGAGGAGGCA |33 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
|
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PVR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CD155, HVED, NECL5, Necl-5, PVS, TAGE4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | poliovirus receptor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001135768 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001135769 , NM_001135770 , NM_006505 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PVR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PVR (miRNA target sites are highlighted) |
>PVR|NM_001135768|3'UTR 1 CAGCGTCGGGACTGAGAGGGGAGAGAGACTGGAGCTGGCAAGGACGTGGGCCTCCAGAGTTGGACCCGACCCCAATGGAT 81 GAAGACCCCCTCCAAAGAGACCAGCCTCCCTCCCTGTGCCAGACCTCAAAACGACGGGGGCAGGTGCAAGTTCATAGGTC 161 TCCAAGACCACCCTCCTTTCATTTGCTAGAAGGACTCACTAGACTCAGGAAAGCTGTTAGGCTCACAGTTACAGTTTATT 241 ACAGTAAAAGGACAGAGATTAAGATCAGCAAAGGGAGGAGGTGCACAGCACACGTTCCACGACAGATGAGGCGACGGCTT 321 CCATCTGCCCTCTCCCAGTGGAGCCATATAGGCAGCACCTGATTCTCACAGCAACATGTGACAACATGCAAGAAGTACTG 401 CCAATACTGCCAACCAGAGCAGCTCACTCGAGATCTTTGTGTCCAGAGTTTTTTGTTTGTCTTGAGACAGGGTCTGGCTC 481 TGTTGGCAGACTAGAGTACAGTGGTGAGATCACAGTTCATTGCAGCCTTGACTTCTCAACGCCAAGTCATCCTCCCACCT 561 CAGCCTCCTGAGTAGCTATGACTACAGGTATGTGCCACCACGTCTGGCTAATCTTTTTATTATTTGTAAAGTCGAGGTTT 641 CCCTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCTTGGCTCCAAGTGATACTTCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGAATTAAG 721 CAGCTCACCATCCACACGGCTGACCTCATACATCAAGCCAATACCGTGTGGCCCAAGACCCCCACCATAAATCACATCAT 801 TAGCATGAACCACCCAGAGTGGCCCAAGACTCCAAGATCAGCTACCAGGCAGGATATTCCAAGGGCTTAGAGATGAATGC 881 CCAGGAGCTGAGGATAAAGGGCCCGATCTTTCTTTGGGCAAGGTTAAGCCTTTACTGCATAGCAGACCACACAGAAGGGT 961 GTGGGCCACCAGAGAATTTTGGTAAAAATTTGGCCTCTGGCCTTGAGCTTCTAAATCTCTGTATCCGTCAGATCTCTGTG 1041 GTTACAAGAAACAGCCACTGACCCTGGTCACCAGAGGCTGCAATTCAGGCCGCAAGCAGCTGCCTGGGGGGTGTCCAAGG 1121 AGCAGAGAAAACTACTAGATGTGAACTTGAAGAAGGTTGTCAGCTGCAGCCACTTTCTGCCAGCATCTGCAGCCACTTTC 1201 TGCCAGCATCTGCAGCCAGCAAGCTGGGACTGGCAGGAAATAACCCACAAAAGAAGCAAATGCAATTTCCAACACAAGGG 1281 GGAAGGGATGCAGGGGGAGGCAGCGCTGCAGTTGCTCAGGACACGCTCCTATAGGACCAAGATGGATGCGACCCAAGACC 1361 CAGGAGGCCCAGCTGCTCAGTGCAACTGACAAGTTAAAAAGGTCTATGATCTTGAGGGCAGACAGCAGAATTCCTCTTAT 1441 AAAGAAAACTGTTTGGGAAAATACGTTGAGGGAGAGAAGACCTTGGGCCAAGATGCTAAATGGGAATGCAAAGCTTGAGC 1521 TGCTCTGCAAGAGAAAATAAGCAGGACAGAGGATTTGCTCTGGACAGAGATGGAAGAGCCGGGAACAGAGAAGTGTGGGG 1601 AAGAGATAGGAACCAGCAGGATGGCAGGGGCAAAGGGCTCAAGGGTGAGGAGGCCAGTGGGACCCCACAGAGTTGGGGAG 1681 ATAAAGGAACATTGGTTGCTTTGGTGGCACGTAAGCTCCTTGTCTGTCTCCAGCACCCAGAATCTCATTAAAGCTTATTT 1761 ATTGTACCTCCAGCGGCTGTGTGCAATGGGGTCTTTTGTGGAAATCAAGGAGCAGACAGGTTTCATGTGTACTGTCACCA 1841 CGTGGGATGGAACCAGAGGCATGGAAGCAAGACGCTAAATGAAGAGGGCCATAAGGGCTGGGATTCCCAGGCACCTTAGG 1921 AACAGCTTGTCTTTTTTTTTTTCCTCTCCAAAAAAAATGTTTAAGGGACGGTGTCTCCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAA 2001 TGGCACGATCATAGCTCATTGCAGCCTCTAACTCCGGGGCTCAAGCAATCCTCCCACCTCAGCCTACCAAGTAGCTGTGA 2081 CCACAGCTGCCCCTCACCATGCTAAGCTAATTTTTTTAATTAGATAGTACATAAACGTCCCAAAATTAGAAGATAAAAAG 2161 ACATGAGGGATCCATTCTAATTTGTGTTTGGAGTGTAATGGTCCAGCTCCATTCTTCTGCACATGGATATCCAGTTTTAC 2241 ACAACACTGTGAATGTAATGAATGCCACTGAATCATACACTCAAAAATAGCTAAAATGGCAAATTGTCTGTTATCTCTTT 2321 TTAACCACCATTTTTGAAAATTAATTATACCAAAAAACCATTGAATAGTGCACTTTATTTATTTATTTATTTGTTTATTT 2401 ATTTATTTATTTTAGAAATAAGAGTCTCACTTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGTGATCATGGCTCATTGCAGCC 2481 TCGACCTGCTGGGCTCGGGCTATCCTTCCATCTCAGCCTCCCGAGTAGCTGGGACTATAGGTGGGCGCCACCCCACCTGG 2561 CTAAATCTCTTTTTAACTTTTGTAGAGATAGGCATCTCGCTATGTTGCCTAGGCTGGGCTGGAACTCCTGGGCTCAAGTG 2641 CTCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGCGCTAGGATTACAGATGTGAGCCACCGCGCCCACCCTGAACCTTACTTTTTTTGC 2721 TCAGTTTCTGGTAATTCAGAGAATGCCTCCTGAGTTGTTCTACACCCACCTCATATTCCATGGGAGGGCTGTACAGGGCT 2801 TTTTTAACGAGGCCTCTAAGGACAGGCATTTGTATCCTTTCCAGCCTTTCACTATTACAATGTTGTAGTGAATAACTTTA 2881 CACACTGTCATTTATTTTACTTTTTTTTTTTTTTATTTTAGAGAAAGGAATCTTGCCATCTTGCCCAGGCTGGTCTCAAA 2961 TTCCTGGGCCCAAACAATCCTCCCGCCTTGGCCTCCTAAAGTACTGGGATTTATAGGCATAAGCCACCGTGCCTGGCCAA 3041 TGCACACTGTCATTTAGCTCATGTTAACACCTGAGTGTAGGACACACTCCTGGAGGTGGAATTGCTGGGCCAAAGAGTAT 3121 GTTTCTTGTCATTGTGATAGATATTGACAAATGAACCCTCACAGAAGTTGTGCTGAGTTCTGTTCCCACCAGCGACGTAG 3201 GCGATGACCTTTTTCTGGAGGGAGGGGGCATCCTTGGAGTCCACAGAGCCAGGAATGGAGAGTGGGCCCAGAATTTTGGT 3281 ATAGGTGTTGTATAAACTTATAGTAAGGTTAAGAAAACCGCAACTATCCTTATCAGAGACTTGGCGGGGGGCAGGGTATG 3361 ATGGAGATCATAAGGAGGCTAAAACACTCCACACCCTCCCTCTGCATTGCTCCTGCACGGGAGTCGGGAATCTTTTCAGG 3441 TTGATACGATCTCACCTTGAGGAGCTGTGAGGTCCCAGAAGCCTCTGGGTTGCAGATTGCTTGGGGTGAAAATGTCTGTG 3521 CTACTGAAATCTAACTTTTTACAAAAAATTACGGGCTGGGCGCAGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGC 3601 TGCAGCGGGTGGATCACTTGAGGTAAGGAGTTCAAGACCAGACCATAGTGAAACCGTGTCTCTACAAAAAAAATTAGCCA 3681 GGTGTGGTGGTGCATGCTTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGGTGGGAGAATCCCTTGAACCCGGGAAGTGGAGGC 3761 TGGAGTAAACCATGATCGAGTTACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCCAAAAAAAAAAAAAAAA 3841 AAAAAAAAACTGGATTGCCTGGCTCTACTCCGGGCACAGCATGCAGGCCCAGTTCTGCTGCTCTGCTGTTTGTTCTGCTT 3921 TCCTCCACATATTGGCATCACCCTCTGGTGCCAAGATGGCTGCTGCATTCCAGGCATCACATCCAGACTCAGACCCAGAG 4001 AAGCTGCCCATCCCTACCTGGGTGAGCCTTTGTAGGAACGAGAAACCGCATCCAGCAGCAGAAACCTCACCCAGCAGCGT 4081 CTTTTCCGGTCTCATTCACCAGCGCCGCCCACCGCTCAACCAATCCCTGGCCAAAAGAATGGGACCGCCTGGAAGGCTGG 4161 ACCAAACAGGACCTGCCCTCTGGGGCTGGGGAGAGGCCCAGATGAAGGCTGCAGGACAGGATGGACTCCTAGACCTCTGT 4241 TACCAGCAGTGACTACCTCTGTCTGGGTGGTTGGAACATGTTTGAATTTTATTCTAAGTACTGTCTACAAGTTCTGCAAT 4321 AAACCTTGACTCTTCTTTTAATAATGCAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 5817.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903835 | |
---|---|
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_006505 | 3UTR | UACUGCAUAGCAGACCACACAGAAGGGUGUGGGCCACCAGAGAAUUUUGGUAAAAAUUUGGCCUCUGGCCUUGAGCUUCUAAAUCUCU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714644 | |
---|---|
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000425690.3 | 3UTR | CUCACCAUCCACACGGCUGACCUCAUACAUCAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
70 hsa-miR-3911 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT207399 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | 2 | 6 | ||||||||
MIRT284537 | PDP2 | pyruvate dehyrogenase phosphatase catalytic subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT291946 | TPM4 | tropomyosin 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT293609 | PVR | poliovirus receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT357688 | PAIP2 | poly(A) binding protein interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451607 | MEIS3P1 | Meis homeobox 3 pseudogene 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452110 | IFITM1 | interferon induced transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457804 | KLHL25 | kelch like family member 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462730 | EFNB1 | ephrin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463219 | ZNF131 | zinc finger protein 131 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464141 | VPS28 | VPS28, ESCRT-I subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467582 | SLC7A5 | solute carrier family 7 member 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT470824 | PLXND1 | plexin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474230 | LCLAT1 | lysocardiolipin acyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478989 | COLGALT1 | collagen beta(1-O)galactosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479462 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483558 | SYT2 | synaptotagmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT484483 | SLC9A1 | solute carrier family 9 member A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485224 | PRICKLE1 | prickle planar cell polarity protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT490356 | DPYSL5 | dihydropyrimidinase like 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT493177 | MKNK2 | MAP kinase interacting serine/threonine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509802 | CHAF1B | chromatin assembly factor 1 subunit B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511815 | HDGF | heparin binding growth factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512254 | ARPP19 | cAMP regulated phosphoprotein 19 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513025 | GPT2 | glutamic--pyruvic transaminase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519640 | ZNF772 | zinc finger protein 772 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT531178 | SIGLEC12 | sialic acid binding Ig like lectin 12 (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537870 | EDA2R | ectodysplasin A2 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551914 | IGLON5 | IgLON family member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558359 | DMTF1 | cyclin D binding myb like transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT559771 | URGCP-MRPS24 | URGCP-MRPS24 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559813 | ZNF83 | zinc finger protein 83 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561999 | LPP | LIM domain containing preferred translocation partner in lipoma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565754 | SERTAD2 | SERTA domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569423 | DCAF8 | DDB1 and CUL4 associated factor 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569845 | RGS5 | regulator of G protein signaling 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT606928 | CDK15 | cyclin dependent kinase 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607616 | TMEM130 | transmembrane protein 130 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT607629 | TRIOBP | TRIO and F-actin binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607885 | SATB1 | SATB homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607942 | SSX2 | SSX family member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT608017 | CARNS1 | carnosine synthase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT608036 | UBLCP1 | ubiquitin like domain containing CTD phosphatase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608063 | SSX2B | SSX family member 2B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT608558 | SBK1 | SH3 domain binding kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT608915 | NCDN | neurochondrin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT615876 | HIF1AN | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit inhibitor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT618023 | ELFN1 | extracellular leucine rich repeat and fibronectin type III domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620505 | SNRPD1 | small nuclear ribonucleoprotein D1 polypeptide | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628101 | IL1RAPL1 | interleukin 1 receptor accessory protein like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628700 | ZNF548 | zinc finger protein 548 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630658 | POU2F1 | POU class 2 homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643508 | ZNF28 | zinc finger protein 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646379 | SLC22A6 | solute carrier family 22 member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660041 | C15orf61 | chromosome 15 open reading frame 61 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687700 | KRR1 | KRR1, small subunit processome component homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688858 | CAMKK2 | calcium/calmodulin dependent protein kinase kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690443 | REPIN1 | replication initiator 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690456 | ZNF33A | zinc finger protein 33A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693796 | RHOG | ras homolog family member G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694274 | ZNF529 | zinc finger protein 529 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT697697 | WAC | WW domain containing adaptor with coiled-coil | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700242 | RCC2 | regulator of chromosome condensation 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701836 | MRPL37 | mitochondrial ribosomal protein L37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704255 | DHCR24 | 24-dehydrocholesterol reductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707203 | SDK2 | sidekick cell adhesion molecule 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710365 | CREB5 | cAMP responsive element binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT711943 | WDFY1 | WD repeat and FYVE domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715496 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719250 | MS4A1 | membrane spanning 4-domains A1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|