pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3915 |
Genomic Coordinates | chrX: 32583656 - 32583752 |
Description | Homo sapiens miR-3915 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3915 | |||||||||||||||
Sequence | 21| UUGAGGAAAAGAUGGUCUUAUU |42 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | KREMEN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ECTD13, KREMEN, KRM1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | kringle containing transmembrane protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001039570 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_032045 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KREMEN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KREMEN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>KREMEN1|NM_001039570|3'UTR 1 AAACCCCACTGTGCCTAGGACTTGAGGTCCCTCTTTGAGCTCAAGGCTGCCGTGGTCAACCTCTCCTGTGGTTCTTCTCT 81 GACAGACTCTTCCCCTCCTCTCCCTCTGCCTCGGCCTCTTCGGGGAAACCCTCCTCCTACAGACTAGGAAGAGGCACCCT 161 GCTGCCAGGGCAGGCAGAGCCTGGATTCCTCCTGCTTCATCGATTGCACTTAGGAGAGAGACTCAAAGCCCTGGGGCCCG 241 GCCCTCTCTGCATCTCTCTCTGATCTAGCTAGCAGTGGGGGTGTCAGGACAGTGAGGCTGAGATGACAGAGGTGGTCATG 321 GCTGGCACAGGGCTCAGGTACATTCTAGATGGCTGTCAGGTGGTGGGTAGCTTTAGTTACATTGAATTTTTCTTGCTTCT 401 CTATTTTTGTCCACACACAAATCAGTTTCTCCTGATCTTTATGTCTTGGAACAGGGCCAGACAGGGAGAACTCTCAGGTA 481 CTCTTGGGAGTTGGTCCCATACAAGTGCGGACTCCTGGACATTAGCGAGGTGTAAAGAGGGCAGTGTCTGTGCTGCCCCG 561 GCAGCTTTGCTCTCCAGATGCTGGACTAGGGTGGGCCTCCTTCAGCCTGGGAGGGTCTGAGAATAAGATCTAGTGACCCC 641 CATTTATATCAAACCTGATACCTTACACATGGGCTTCTTTCTAGATTCTTCTTTCCATAGCTCATGGAGCTGCAGGGAAA 721 GCTTTAAGAGCTTTGGTCATATAAAACATCCATTCAGCTGGGCGCGATGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTGTGGGAG 801 GCTGAGGCGGGCAGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAA 881 TATAAAAATTAGTCAGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCAGAAGGCTGAGACAGAAGAACAGCTTGAAC 961 CCAGGAGGCTGAGATTGCAGTGAGCCGAGATCGCACCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAAGAGTGAGACTCTGTCTCAA 1041 AAAAACAAAACACAAATAAACAAAAAAAATCCATTCATTTACTCATGCAATAAATTCTCCTGCAAGCTTTTATGGGCACT 1121 CAGTAAGTACTCAGGATTGGCTTTATCAGCCTTGCCACTGAGCAGCTCATGGTCCTATGGAACCTGAGCCAGGCCTCAGT 1201 CTCTCCATGATTGGCTCAGCTAACTCTCAGTTCAGAGTGGAGAGTATCAATCTTGTGTTTTTGCCCTTAGGCAGCACTAT 1281 ATGAGACATGGGGCCTGTGGTCCTTCCTTCTGGTGTCCCCCGTGTTAAAAGATAAAAAACACCCCAAGGGCCGGGCGCGG 1361 TGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCTGAGGCGGGTGGATCACGAGGTCAGGTGATCGAAACCATCCTGGC 1441 TAAGATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGGGCGCCTGTAGTCCCAGCTGC 1521 TCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCAGAGATCACGCCACTGCACTCCA 1601 GCCTGGGTGACAGTGCAAGACTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAACACTCCAAGGGCCATCCGTGCTCTCTGCCCCTCCTGT 1681 GGGGACCAAGTGGGGTTAGGAATGGCTCAGTGGGGAAGGAGAGCACTCTTGTCCCCAGTCCCTTGCCACCCTGTCCCTTA 1761 GATAGGGAGGTGGGCTGCAGAGATTGGTGCCAGAAGAGGGTGGGTTTGGGAATTGGAGCTCCTCCAAGGAGCTCCTCCTA 1841 AGATTGAGTGCTGCAGCTGTAGTGGCTGCTGGTTGGGAGAGTAAGTGCCATCACTAATTTAAAAGTCCTTGCCATCTGGA 1921 ATCAGGCTTTGTCAACAGCAGCTGAGAAAAGCAGCCTGTGCCTCTGCTGGCCAGGCCTAGGCCCTCGTCAGAGCGTGCCT 2001 CTCCACAAGGCACTTGGGCCTGGGTGATTGTTGCGCCTCTGGCTTTGGCGTTTCCTCTTTGCAGCACTTTGCCTACCTCC 2081 CCCAAGCCCTGAGCCACTGCCTGCTGGGGCTCCTACTGAGGTTCTGGAAACACCTCTGCACCTGCCGCCCCTGGGAGGAA 2161 AGAGGGCCACACAGGAAGTGTCTGCAGGGAGAGGTGGCACTCGGCAGCCTGAGTTCAGGAGAGGTGCTTGGAGCTTCAGG 2241 CAGAGGGGCCTTCAGAGGAGGGAAACGGAGCAATGTGTCACAGGCAGGCAGGGGCAGGACTGCCACCCCAGGCCCCGTGG 2321 GAGGCCTGCTGAGGGCACAGAGCTGCTCGGTGCAGCCTTCATGCTTTGATCTGGAAAGAGCAGCTGTCCGCAGGCCTCTG 2401 TCTCCAAGAGGCCTGTCACACAGGAGGACCGCTGGAAACATACCAACACGTGCAGTCTCCCCTCCAAGCTATTCATGCTG 2481 TTTGTGGAATCTCTCTCAAACATAAGTGTCAGGTGTGTGTCGTCCCAACGGGTCCTGTGCTGTGAATAGATCCATGTGCA 2561 GCACAAAGGGAATGTGGCACGTGGCCCCAGGAAGAGTTCACCCGGCCAGGGGGCAGTTGTTCAGTTGCCTGGGGCTGACA 2641 CTGACCACTGGCCTCTGGGGTGTCCTGCAGCCCAAATGCCCACCTTGCCCTCCTCACATCTCAGTCAGGGGAGGCCATGC 2721 CCAAGCCAATGTGCTGTCACAGCCTGCAGCGGGGGCAGCACTTCCTCGGAGGGCCTGGGAGGTGCTGGGGATGCCCCAGC 2801 GCTTCTCTTCCTGCCTCGCCCTGGCATGGCCCAGCGCCTCTAGGATCAACTTACGATCCGTGGAGCAGCCCCGGGAAACC 2881 CAAATCTGGCTCAGGACAGCGTACGGGCAGGAGGGCTGTAAATCATCCCAGGCTAAGCCTCCGTGGGCACTGGCTCCTGC 2961 CGCAGCCTGGCTATGGACTCAGTTAGAACCAGGTAGAAAGTCAGCGACACCCCACAGAAGGCCACTGCGGCTAGGTAAAC 3041 ACCTGAGAAAGAAACTGCTCCAGAAGAGATGACGTGGGCTTCCAGGAGCATGGAGGAGGTGGCACTTGAACTTTTAGGAA 3121 ACTCCTTAGATGAGATAAAGTGGGGGTTGGAGGTGGCGAAAAGAGGGTAACCCTGGGAAAGTCAGTCAGAACCCATGGCA 3201 GAAGACTGCAGGAGAGGCAGGGGAGGGGCTTCGGGGACCACTGTGGACAGAGCTCTGAAAGCACCCTGGCCAAAGCCCCT 3281 CCTGAGGTGACAGAGCGTGGGAGGAGGCTGCACTGGGCCTGCGTGCCATCCTCACCCCTGTTCCCCGCTGGCGCCAGGCC 3361 CTGCCTTCTTGGTACCTGTGCCAACAGGAGAGCCCTCACCAGCCGATCTTGTCACTCTCCGTGGTGACAGTGTCTTGGCC 3441 AGCTGTGGCCCCTAGTTTCTAGCAGCGTTTCTCAGTGTCCTTGGCCCTTCTGAGAAGGCAGGCGGGAGGCACACGGTGCC 3521 CTGTTCTTCCCCGTTTGTCCAGTTGCTTGCAAAGCAGAGAATGAGTAGGAGTGAACCCGAGTGACTTCACCCGCCCTGTC 3601 CCCCACGTCAGGACAGGCTTGAGGCCTCTCTGGGCGTGAGCGAGGAAACCAGGCTGCTCTAACTTCTGAAGAGTGGGCTC 3681 TGGCTCAAGACTCCAATCGGCCAGAAGCCCACAGAGATCAAAGCACTAGCAAGTTCAGCTGTCCTGGCCCTCGGGTAGAA 3761 CCCACGGGCGTGCCTGGGTGCGGCTCCACCCACATGCCCCACTGTCAGCCCAGGCAGGAGCCTTCCTGGCCGGGCTCAGG 3841 ATCTGCCTGCAGCCCAGCCAGGCCATCACCCAGCCCCGATGCATCCTGGCACTGCACGCTTACTCTTCACAAGCACTTAT 3921 ACGCGGATGGCCTCCGAGACCCTGCCTCCCTGGTCTGCTGAGGTCAGGCCAGGTCTCCCACGGAGCCGGGCAGCTCCACA 4001 CCCCACCACCTGGCACCGTTAGGTTTCAGATCTCCCGTGTGGTGTTTGATGTCGGCTTTTGTTCCTACCTTGGGAGTTTG 4081 GATTGTTTCCTCTGGTGTCTTTGTTTACCTTCCTCACTGTTCTACCTCCTGGCCAGGTCTCAGCTTAGCTTCCCTGGTGT 4161 GGGGTGTTTTTCAAGCCTTCCAGCCACAGCTGTCTCCCCTCAGGCTGGACGGCTCCGGGGTGACAGGGCTTCACCCTCTG 4241 CCTGCAGACCCCTGGTGGGCACATCTCACAGGCTTCCGTCTTGCTGAGTTGGGTACGGAGGCAGAAGTGGGGTGTGGAGG 4321 AAAGTCAGAGGGAAATCTGCTTCAGAAAGGAAGGGTCTTTAGACACAAAGACTGGAGGCCCTTCCCCGCCCGCACGGGAG 4401 CTGCCATCGTGGGTCTCATGCACGTCAAGACCTTCCCACATCCAAACTCAGCTTCCAGCAGGGATTTTGACTTTGGATGA 4481 CAAGGCTTTATTTGTAAATATGCTCTTAATATGCAACTTTGAGAATAAAATAGAAACATCATGTATTTTAAAATATAAGA 4561 TGAAGTGTGACGCACTGTATACAATTTAATATATATTTTTAGGGTTTTGTTATTTAAGAAAATGGAATGTAATGGTACTT 4641 TTACAAAAGAGAAAAAATGTTATTTTTACTTTCTGGAAAAAATAAATATTCTCATTGTTGTAGAAAGAAAAAAAAAAAAA 4721 AA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | TZM-bl | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM1462574. RNA binding protein: AGO2. Condition:TZM-bl ami BaL
... - Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al., 2013, mBio. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Whisnant AW; Bogerd HP; Flores O; Ho P; et al. - mBio, 2013
UNLABELLED: The question of how HIV-1 interfaces with cellular microRNA (miRNA) biogenesis and effector mechanisms has been highly controversial. Here, we first used deep sequencing of small RNAs present in two different infected cell lines (TZM-bl and C8166) and two types of primary human cells (CD4(+) peripheral blood mononuclear cells [PBMCs] and macrophages) to unequivocally demonstrate that HIV-1 does not encode any viral miRNAs. Perhaps surprisingly, we also observed that infection of T cells by HIV-1 has only a modest effect on the expression of cellular miRNAs at early times after infection. Comprehensive analysis of miRNA binding to the HIV-1 genome using the photoactivatable ribonucleoside-induced cross-linking and immunoprecipitation (PAR-CLIP) technique revealed several binding sites for cellular miRNAs, a subset of which were shown to be capable of mediating miRNA-mediated repression of gene expression. However, the main finding from this analysis is that HIV-1 transcripts are largely refractory to miRNA binding, most probably due to extensive viral RNA secondary structure. Together, these data demonstrate that HIV-1 neither encodes viral miRNAs nor strongly influences cellular miRNA expression, at least early after infection, and imply that HIV-1 transcripts have evolved to avoid inhibition by preexisting cellular miRNAs by adopting extensive RNA secondary structures that occlude most potential miRNA binding sites. IMPORTANCE: MicroRNAs (miRNAs) are a ubiquitous class of small regulatory RNAs that serve as posttranscriptional regulators of gene expression. Previous work has suggested that HIV-1 might subvert the function of the cellular miRNA machinery by expressing viral miRNAs or by dramatically altering the level of cellular miRNA expression. Using very sensitive approaches, we now demonstrate that neither of these ideas is in fact correct. Moreover, HIV-1 transcripts appear to largely avoid regulation by cellular miRNAs by adopting an extensive RNA secondary structure that occludes the ability of cellular miRNAs to interact with viral mRNAs. Together, these data suggest that HIV-1, rather than seeking to control miRNA function in infected cells, has instead evolved a mechanism to become largely invisible to cellular miRNA effector mechanisms.
LinkOut: [PMID: 23592263]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in ERX177608. RNA binding protein: AGO2. Condition:p53_V_AGO_CLIP_2_10
PAR-CLIP data was present in ERX177617. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_3_7
PAR-CLIP data was present in ERX177629. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_4_7
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903825 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / PID14_NS |
Location of target site | NM_001039570 | 3UTR | ACCUUCCUCACUGUUCUACCUCCUGGCCAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161237 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM1462574 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | TZM-bl / TZM-bl ami BaL |
Location of target site | ENST00000400335.4 | 3UTR | UUUACCUUCCUCACUGUUCUACCUCCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23592263 / GSE59944 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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111 hsa-miR-3915 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT059544 | PIP5K1A | phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase type 1 alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT081703 | ZNF507 | zinc finger protein 507 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT083311 | ZCCHC3 | zinc finger CCHC-type containing 3 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT119046 | SFT2D3 | SFT2 domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT189381 | TXLNA | taxilin alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT195895 | C16ORF72 | chromosome 16 open reading frame 72 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT223807 | OXR1 | oxidation resistance 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT292954 | ZNF146 | zinc finger protein 146 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT293949 | RPL13A | ribosomal protein L13a | 2 | 6 | ||||||||
MIRT300900 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT339332 | SESN2 | sestrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT349304 | ZNF317 | zinc finger protein 317 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT364736 | TOR1B | torsin family 1 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT366233 | VMA21 | VMA21, vacuolar ATPase assembly factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT384605 | CLIC4 | chloride intracellular channel 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT401745 | HLA-DRA | major histocompatibility complex, class II, DR alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443169 | UBL3 | ubiquitin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444215 | METTL12 | methyltransferase like 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444375 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445340 | TCEANC | transcription elongation factor A N-terminal and central domain containing | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445474 | KDM6A | lysine demethylase 6A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445598 | CAMK2N1 | calcium/calmodulin dependent protein kinase II inhibitor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445630 | TMEM50A | transmembrane protein 50A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446012 | VNN1 | vanin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446115 | ASTN1 | astrotactin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446248 | ELP2 | elongator acetyltransferase complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446382 | SYNCRIP | synaptotagmin binding cytoplasmic RNA interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446940 | ZMAT3 | zinc finger matrin-type 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446967 | SLCO4C1 | solute carrier organic anion transporter family member 4C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447178 | PGRMC2 | progesterone receptor membrane component 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447209 | APBB2 | amyloid beta precursor protein binding family B member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447237 | IHH | indian hedgehog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447807 | EMX1 | empty spiracles homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447853 | RRP8 | ribosomal RNA processing 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT448054 | MMP15 | matrix metallopeptidase 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448094 | RASD2 | RASD family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448704 | KLHL11 | kelch like family member 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT448851 | FEM1C | fem-1 homolog C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449488 | ZBTB4 | zinc finger and BTB domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449785 | C1orf109 | chromosome 1 open reading frame 109 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450774 | PDE3A | phosphodiesterase 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451124 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452676 | GPR156 | G protein-coupled receptor 156 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452888 | PSD4 | pleckstrin and Sec7 domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453188 | ACSF2 | acyl-CoA synthetase family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453353 | ZNF3 | zinc finger protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454502 | ZFYVE27 | zinc finger FYVE-type containing 27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454629 | FAM83H | family with sequence similarity 83 member H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455183 | AGTRAP | angiotensin II receptor associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458204 | FOXL2 | forkhead box L2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458723 | CES2 | carboxylesterase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458942 | SAMD4B | sterile alpha motif domain containing 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460304 | FLCN | folliculin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460989 | SYT7 | synaptotagmin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461697 | ZNF426 | zinc finger protein 426 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461903 | NECAB3 | N-terminal EF-hand calcium binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462193 | NDUFS1 | NADH:ubiquinone oxidoreductase core subunit S1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462290 | PPM1H | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463795 | XPOT | exportin for tRNA | 2 | 2 | ||||||||
MIRT464649 | UBE2V1 | ubiquitin conjugating enzyme E2 V1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT465911 | TMEM189-UBE2V1 | TMEM189-UBE2V1 readthrough | 2 | 4 | ||||||||
MIRT465992 | TMEM189 | transmembrane protein 189 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT466302 | TIMM22 | translocase of inner mitochondrial membrane 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466575 | TBC1D2B | TBC1 domain family member 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT470558 | POU2F1 | POU class 2 homeobox 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471333 | PERP | PERP, TP53 apoptosis effector | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471659 | PALM2 | paralemmin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472363 | TSPAN1 | tetraspanin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473468 | MCFD2 | multiple coagulation factor deficiency 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474702 | KIF3A | kinesin family member 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476067 | GRIN2A | glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476077 | GRB2 | growth factor receptor bound protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476423 | GBA2 | glucosylceramidase beta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT476463 | GATAD2B | GATA zinc finger domain containing 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT477877 | DYNLL2 | dynein light chain LC8-type 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478240 | DDX3X | DEAD-box helicase 3, X-linked | 2 | 4 | ||||||||
MIRT479460 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481030 | BAZ2A | bromodomain adjacent to zinc finger domain 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491496 | HLA-DOA | major histocompatibility complex, class II, DO alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497585 | SLC23A1 | solute carrier family 23 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498542 | TMEM30B | transmembrane protein 30B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499263 | NBPF11 | NBPF member 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504698 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT511288 | KLHL15 | kelch like family member 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT523121 | HSP90B1 | heat shock protein 90 beta family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT529601 | H1F0 | H1 histone family member 0 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533481 | TRIM71 | tripartite motif containing 71 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535571 | NUP37 | nucleoporin 37 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT537869 | EDA2R | ectodysplasin A2 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538010 | DNAJC10 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT552681 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT554986 | RAB39B | RAB39B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556659 | KMT2D | lysine methyltransferase 2D | 2 | 4 | ||||||||
MIRT557437 | GTPBP2 | GTP binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560813 | CRTAP | cartilage associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562115 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563103 | IFRD2 | interferon related developmental regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574199 | LMNB1 | lamin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623920 | FMNL3 | formin like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626551 | NMNAT2 | nicotinamide nucleotide adenylyltransferase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645458 | ANKS6 | ankyrin repeat and sterile alpha motif domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649082 | CACNA1B | calcium voltage-gated channel subunit alpha1 B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659477 | CLDN1 | claudin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT667950 | HMGCS1 | 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701981 | MIER3 | MIER family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708694 | TFDP2 | transcription factor Dp-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709649 | DFFB | DNA fragmentation factor subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710090 | FAM229B | family with sequence similarity 229 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718396 | ALDH1A3 | aldehyde dehydrogenase 1 family member A3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724972 | TNS1 | tensin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT756050 | HRH4 | histamine receptor H4 | 2 | 1 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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