pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-518a-1 |
Genomic Coordinates | chr19: 53731006 - 53731090 |
Synonyms | MIRN518A-1, MIRN518A1, MIR518A1 |
Description | Homo sapiens miR-518a-1 stem-loop |
Comment | The 5' mature product was previously named miR-527 in has a 1 nt 3' extension (A), which is incompatible with the genome sequence. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-518a-2 |
Genomic Coordinates | chr19: 53739333 - 53739419 |
Synonyms | MIRN518A-2, MIRN518A2, MIR518A2 |
Description | Homo sapiens miR-518a-2 stem-loop |
Comment | The 5' mature product was previously named miR-527 in has a 1 nt 3' extension (A), which is incompatible with the genome sequence. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-518a-5p | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 14| CUGCAAAGGGAAGCCCUUUC |33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Array-cloned | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | G3BP1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | G3BP, HDH-VIII | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | G3BP stress granule assembly factor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_005754 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_198395 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on G3BP1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of G3BP1 (miRNA target sites are highlighted) |
>G3BP1|NM_005754|3'UTR 1 ATCTTCATGGATCTTCATGCAGCCATACAAACCCTGGTTCCAACAGAATGGTGAATTTTCGACAGCCTTTGGTATCTTGG 81 AGTATGACCCCAGTCTGTTATAAACTGCTTAAGTTTGTATAATTTTACTTTTTTTGTGTGTTAATGGTGTGTGCTCCCTC 161 TCCCTCTCTTCCCTTTCCTGACCTTTAGTCTTTCACTTCCAATTTTGTGGAATGATATTTTAGGAATAACGGACTTTTAA 241 AGAAGCAAAAAAAAAGACTGAATTTCCTTGCTTACTTTGCATATACAGACTGGATTTTTTTTTTTTTTTTACAGCCATTT 321 CCCCAAAGGAATGTCTTGCATATTACTGACATTTGGTATGTTTCATTCATTGGAATATTTCTTATTTTCTACGTGTTTGA 401 AAAGCCTGTAAGAAATACAGGATTTGATAATATTTTGAAGGCAGGAAAAACCCAAATTGTTTCTTCTTTGAGAGTCATGA 481 CTACCTTCTGGTGTGGAGAAATTGCCATTGGAAAATTTGACAATTTTGATTCTCACTGGTATGTTTAAAAACTGAATAAA 561 AGGAATAGAATTTTTTTTTGATAAAGGATCACAAAACAATTCTAAAACCTAACTGTTTTTACCATTGAAATTTAAATTGT 641 GATAATAGGTTTTAAATGTCTAGAATGCAACTGATAGGCTTTTCTTGAACTGTTAGTTTTTTTGAAGTAGTTTTTTCATG 721 TTTAATTTGTATTTGTAAAAAAACAAAAAGCAAAAAAATTCCCAAAACCCAGATAACAACCAGAGCAAAACTGTTGTGCC 801 TTCTATTTATCTTTGATTTCAGTCTTGGCAATTGTTTAAAAAAAAAATCTAGATTTGTTTTATTAGGTTCAGAGTATGTG 881 GGGAATTATAGAATCCCTCTTTCATCACTTTGTGTATGTCTTTTGTTAACATATTTGTTATGCCTTATTCTAAAATTGAG 961 TCTCAAACTGGAATGCCTTTGAAGACAGATGCTTCTATAGAGGTTCTTTGACCTAAATAGTTCAGCATTTGTATTTTTAT 1041 TCTGGTATCTAATCAGATTCCTAATCATAGCCCGTAAGAAGGAATGTTACTTTAATATTGGACTTTGCTCATGTGCTCGT 1121 GTCCGCATTTTTTTTTTTCTTAAAATCATAGCCATATGGTAAATTTTCTATTTTGTTATGGTTCTCTTTTATTGATGGGC 1201 ATGCAGTGGGTGTTACTTGGAAATGGCCAATTTTTATTAAAATATTTCTGGAAGAAAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 1281 AAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM545212. RNA binding protein: AGO1. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Disease | 10146.0 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_198395 | 3UTR | UACUUUGCAUAUACAGACUGGAUUUUUUUUUUUUUUUUACAGCCAUUUCCCCAAAGGAAUGUCUUGCAUAUUACUGACAUUUGGUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM545212 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000394123.3 | 3UTR | AAUUUCCUUGCUUACUUUGCAUAUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000394123.3 | 3UTR | AAUUUCCUUGCUUACUUUGCAUAUACAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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152 hsa-miR-518a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT004667 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | 3 | 1 | ||||||||
MIRT060823 | CEP350 | centrosomal protein 350 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT072482 | RAB8B | RAB8B, member RAS oncogene family | 2 | 2 | ||||||||
MIRT076138 | WDR81 | WD repeat domain 81 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT076233 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT082391 | HNRNPUL1 | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein U like 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT090336 | SEC61A1 | Sec61 translocon alpha 1 subunit | 2 | 8 | ||||||||
MIRT091943 | ZBTB47 | zinc finger and BTB domain containing 47 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT092025 | ABHD5 | abhydrolase domain containing 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT095381 | UBE2D2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT142423 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | 2 | 6 | ||||||||
MIRT149875 | LDLR | low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT168656 | MAPK14 | mitogen-activated protein kinase 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT178931 | C11ORF57 | chromosome 11 open reading frame 57 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT179070 | PAFAH1B2 | platelet activating factor acetylhydrolase 1b catalytic subunit 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT193027 | TMOD3 | tropomodulin 3 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT195757 | ATMIN | ATM interactor | 2 | 6 | ||||||||
MIRT210001 | LIMD1 | LIM domains containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT211285 | ANKRD50 | ankyrin repeat domain 50 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT217608 | NUS1 | NUS1 dehydrodolichyl diphosphate synthase subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT230978 | PRRG4 | proline rich and Gla domain 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT248250 | SP1 | Sp1 transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT249362 | BCL2L2-PABPN1 | BCL2L2-PABPN1 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT257798 | CDC5L | cell division cycle 5 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT267984 | UCK2 | uridine-cytidine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT301220 | SH3BP4 | SH3 domain binding protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT312573 | G3BP1 | G3BP stress granule assembly factor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT315532 | MARCKS | myristoylated alanine rich protein kinase C substrate | 2 | 2 | ||||||||
MIRT343048 | ABHD2 | abhydrolase domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442635 | TBC1D12 | TBC1 domain family member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443425 | MA |