pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-511 |
Genomic Coordinates | chr10: 17845107 - 17845193 |
Description | Homo sapiens miR-511 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-511-3p | |||||||||||||||
Sequence | 54| AAUGUGUAGCAAAAGACAGA |73 | |||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TAOK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | KFC-B, MAP3K16, MARKK, PSK-2, PSK2, TAO1, hKFC-B, hTAOK1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | TAO kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020791 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TAOK1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TAOK1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TAOK1|NM_020791|3'UTR 1 CTTAATAATTGAGAGTGGCAATTCCGCTGGAGCTGTCTGCCAAAAGAAACTGCCTACAGACATCATCACAGCAGCCTCCT 81 CACTTGGGTACTACAGTGTGGAAGCTGAGTGCATATGGTATATTTTATTCATTTTTGTAAAGCGTTCTGTTTTGTGTTTA 161 CTAATTGGGATGTCATAGTACTTGGCTGCCGGGTTTGTTTGTTTTTGGGGAAATTTTGAAAAGTGGAGTTGATATTAAAA 241 ATAAATGTGTATGTGTGTACATATATATACACACACATACACATATATTATGCATGTGGTGAAAAGAATTGGCTAGATAG 321 GGGATTTTTCTGAACACTGCAAAAATAGAACGTAGCAAAATGGCTTCAGTTATCACTTTTGGGTGTCTGTATCCTAAGAA 401 GTTTCTGAAAAGATCTAAAGCCTTTTTATCCCATATCCCAAATTCTTATGAGCCACTCACAGCAGGCAGCATATGTTGAA 481 ATAAGTTATTACTGGTACACACCTGCATTGCCTCACCAGTGTATTTATTTGTTATTAAATTGATCTGACTTCTCAGCCTC 561 ATTTGGACTAAAAAAAGAAAGCAGAAATCCATGAACACATTGCTTCTCGGCCTTTTGGCTAAGATCAAGTGTAGAAATCC 641 ATGAACACTAAAGGACTTCATTGATTTTTTCAGAGAGTAGAAAACAACTTAGTTTTTCTTTTTTCCTGAATGCGTCATAG 721 GCTTGTGAGTGATTTTTGTCCATTCAATTGTGCCTTCTTTGTATTATGATAAGATGGGGGTACTTAAGGAGATCACAAGT 801 TGTGTGAGGATTGCATTAACAAACCTATGAGCCTTCAATGGGGAAGACCAGAAGGGTGAGAGGGGCCCTGAAAGTTCATA 881 TGGTGGGTATGTCCCGCAGCAGAGTGAGGAGATGAAGCTTACGTGTCCTGACGTTTTGTTGCTTATACTGTGATATCTCA 961 TCCTAGCTAAGCTCTATAATGCCCAAGACCCCAAACAGTACTTTTACTTTGTTTGTACAAAAACAAAGACATATAGCCAA 1041 TACAAATCAAATGCCGGAGGTGTTTGATGCCATATTTGCAAATTGCCATCTATTGAAATTCTCGTCACACTACATAGACA 1121 TAATTGTTATCTCCTTTTGGCTTATGTGATTTTCTGTTTACAAGTAGAATAGCCAATTATTTAAATGTTTAGTTGCCACA 1201 GTGAACCAGGAGTCACTGAGCCAATGACTTTACCAGCTGCTGACTAATCTTCATCACCACTGTAGATTTTGCTGCATGTG 1281 CAGGTCCTCTATTTTTAATTGCTGTTTTCGTTGCTGCAGTACTTTACAAACTTCTAGTTCGTTGAGACTTAGTGACCATT 1361 TGGCATCAAGTTAACATCACACAATAGGAAACACCACTTCCACAAGTCTCAAGCCTCAGTGCTAAAGTACTACTGAAAAG 1441 GAACTAGGAAGTTTGGCCAATTAAAAAAAAAAAGTAAAATAAGTTATAGTGGTCAGGGAATCTCTTGACGAAAGCTAACT 1521 CTTATTTTTCAGGGGGCACATGTTTTGTTTTGTTATGTTTTGTTGTACAATGAAGGATGAACCCAATGCTAAAAAGTCAG 1601 TTATTTTCTTGGTTTTCCATTTCTTGTATATAAATTGTGTTGGAGGTGGGTAGGAAGCTGTGAGTATGACTTGAAGAAAA 1681 ATATCCTTTTCAGTGACAAATCAGAGTTTCTTACAAGTTATTGTCCTGCTCCCTTCCAAGTTGTCTTGAAGAATCCTTGC 1761 TGCTAACTCTGGATCCTGCTTTTCCTATAGTCAGAGGGCTCCAAGGTAGAACTCTCTAAGTCCCTCTCAATGGCACTCTT 1841 TGCCTAGACCAAACTAATGACCAAACAGTAATCAATCTATCACTGTTGAAGTCCTGGTTTTCTCAACCAAATTTTAAGTC 1921 TTTCCCAGGTATGTCAGTCGAGTTGCCATGAATCCTCACCTGTAGGAGTTTCTGGGATTCATTTTAAGGAAACTGGAAGA 2001 AAATTAATGTTTTAATGTAAATGTTTTTAAAACCAAGATCACCATAGAGTTCACACAAAATTTTAGGCAGTGTTTCAAGA 2081 AGCACTCTTATGTGTTGTTCTTTCAGCCCATGCTCCAGGTCACCGGTTTTTAGGTAAACATGACATGACATGTACTTGTA 2161 ATATCAGTGAAAGGGGCTTTTAGTCGTCTCAGTATCTTTTTTGCATTCAGGTATTATAGCGTTTCCAACAAATTGAGAAA 2241 TTACTTATTTGGTGTAAAATGACGAGAGAGCTTTAGAATTTAATAAAATGTCAAAAATACAATTTGATACCCTTAAAAAT 2321 TATTCATAGATCTGGCTGCTCTGTACTACTGGATGGGTGGAATAGGGAAGCAGATCACTTTTGCATACAAAAACTCTTTC 2401 AAACCCAAAATATTATTGGTGGTACATTTTAAAGTCCAATTGTGGACTTAAATTAGTCAAATTGAGAGTTACTGAGTCCA 2481 TTCAGATCTCCAGTAGGGTTTTGTATCTAATGTATTTGGCCACCAGTTTTACATGTAGGTCATGACTATACCTGGATTTT 2561 ATCATTAAGTTAACTTTAAAGTATATACAGTTTGCAAAAAATGATTCAAATTAATTGGTTTGTATATGTTTGTGAGATCT 2641 AGCTTCTGAGGAATCTCATACATAGTAGGAACCATCATAGAGTAAAGCTTGTAGCAGAAAAATTGGAAGGGTTTTGAGAT 2721 ATCCTAGAGAAAGAGCAAGCACTTTCTGAATCAGTGGGGAAATATCAATATTTGATCAAATTAACACTACCTCCTTCCCA 2801 GTGTTGGTGTTCACTCACTATATGTCTTTAAGAAAATTAAAACTATGGAAAATTTGTCTAGCATATCAGAAGTTGTAAAT 2881 GCTATATCTGGTATCCAGAGGCTGGCTGTAAAAAGTTCCTTGGGGTCACTCTATCTCACATTTTTTTTGGTTAGCATTTT 2961 AAAAATGCAAAGCCACATACTTTGAAATATATTATTCCAAATTGAGCTCCCTTCCCTTTGCACATATTTTTTCCTCCCCT 3041 TATTGAAGTCAGCTCTAACCCCAAATTCTAGTATCCAAAAGTATTTTTATTTGTATAATGCTATCTGAAAAATGTGTTTA 3121 TATTATATTTTCAGAGCTGCAATTCTTATTCGCCATTTCAATACCTAGAGATAGAGAGTCTTGTATTTGAAGCCACACAC 3201 ACTGGTGTAATATGCTTAGTACTCTAGGTCAAGGATTTGTTGGTAAATGGAACATTTTAGCATAGTCATGATTTTTGGTT 3281 GCCTAGACATCAGGTAAACATTCAGTACACTAAAGAAACTATCCTGGACACTCCCTCCTGCTTCCACCAATTTTTTTCTC 3361 ACCCCCTTTTCAAAAATTGAAAACTCTATGAGTGTCTTTTTGAGACCATAAAGCAGACTTTAGTAACTTTCTATTTCTGT 3441 AAGTACTAAATGTCTGGCATTTTAAACTTTTGTAGAATACATTATGTTGGACACTGGAATAATACTATTTATTTTCACCT 3521 GTGAAAAATGACTTCATTGTACTTGAAACACCTCCTTTGCATTTCTCCATTTGTGCCATTCACTAGTGGAAATAAATTGT 3601 ATTATACCATGATCTACTGGCTTTTTAAAACTGTATTAAATATGCACATTTTTGGTATAGCTATTATCATTTGTATGTAT 3681 ATATTGTATATACATATGAGTGTCTGTATGTGTGTATAGATGGATGGATGTAACTCATACTGTACATTTCCATCAGGGCA 3761 CTTAAAAGTTCTGTTATTTTTGTTTGGTTTTGTTATTTCAGTCCTCAGTTAAGGCAAGAATGCATGTGTTTCTTAAGAAT 3841 GAGTACTCTGCGTTGATGTTTATGAGAAGGTGGTCATTAGATGCAGTCTTTTCCTTTTTAATCCCCTCTTAGCACTTCTG 3921 TGAGTGGAGAGGACATTAAGTAAAATTTGGAATCATAAGTTGCAATGCAGTAAAATGGTGCTGGGGAAGGAGCCAGTTAG 4001 TGTTTCTGTGAGTTTGTGTTGTGATGCAATAAGAGATAAGTAATGCAGAGAGAAATGAACCATGGAAAGTAAGAACACTG 4081 ATGGTGATTCCTCTGCAAAGATGATAAGAAAAAGAACCAATAAATCACACAATCTTTATGTGCTTTCTATATGTATTTCT 4161 TAGTAGTGATACCATTGATCCTCTTACTTTTTTTACTCCATTAATACTAATAATTATATACTTTGCTGAGGATCAAAACA 4241 GCCAAGAAAGGAATTACTGCTAAAGCATCTAAGATTCTCCTGAACTGTAAAATCAACAGGAAATGGCCACTGGGAGAGAA 4321 GGATTTGGTATTGGGTGAGGGGCTTTCTCCCTTTACCTGCCTCTTCTTGCTTGCTAATAGTAAGTTCTTTGTGCACCTTC 4401 CACCACTTCTGAGCCACTACTATTCAAGTAGAGATTTGCCCCAACACATTAACTTTTTCCTTGGAGATTTATATGGTCCT 4481 GCATTTTGTCCTGTGCTCACAATGTGAAGTGTCTTCTGTATTCAAATCAAAAAATAATATATTTAAGGTATATAAGTGTG 4561 AATCTCCTATAATGATGGAAGAAGAGGTTCTCTTGTCTTAGATAGAAAAGAGCCTTCTCCAAGAGCAATGTCAAAACTTG 4641 GGCTGTCATCTTTGAGCTGTTTACCAAAATACAGACCATTATTGAAGAAAAACAAATTATCTATTTTGTTTTCCCCCATC 4721 TAACATGATAGTGCCCCCAACCAGGTTGTAGCATTGCCTTTTAAAAGAGACTCACTCACTCTTAGTTTTTAAGAACTGGA 4801 AATTTCCCATCCTCAGATCCCTTAAAGGATGAAGAGTTGGCTGTACACTTAGCGGACTTGCCTCTTGTATGCAAGGACTA 4881 CTGATTGAAGTCTGTTTTGCTGTGTCTGGTTATGTTGTCTGCACTTTTATGAAATCACTACAATAGGTCTGCATTGGAAA 4961 TGACTATTAATTTGTAAAGAAGTAAGTTTTATTAAACACTGTCTAGAAAAAGAAAGTGAAGCTGAGAACTCTTCCTTTAT 5041 TGTGCATTTATATTTTCTGCTGAATTCCGGTAGTTCCCTTTAAAGTCATGTTGACTAATGTTTTCCTCCTTGTTTGTATT 5121 CAGATTTCCAAAATTTCACTCATACAAGGGAAGAGACTCCATTTAGCTTAACGGTAGTCTTTAGATCATAAGAAATATAT 5201 AAATTAGTATGCACCTTATCTGCCTGTTGTGGGTTTCTTAAACTTGCACTTCCTACCCACCCAAAGATAGATATCCTTTA 5281 AAGAAAATAAAGGCAGAGAATTAAAACTGGGGAGCCATTTACTATGTCACCATCACTGTTAACTGTTTCCCAGCAATCTA 5361 AACTTTTTGAAGTTTCAGAGGTGTATTTTTTTTTTGTATATATGTCTGTGTGATTGTATTGTTTTGTTTCTAAATATACA 5441 AGGAATTCTTTAAATAGAGAAAAAGGTTAATCCTCACTGAAACACCAGGATGCCCACTGGATATACTAATCTGAACATCT 5521 GTAGGTAGTTTGTCATGAAAAAGTGGAGAGAAGATGAGACTTTTGAATGAATGAAAAAGGGTATCTTGATACCCAGAATT 5601 CCCCCCAAAGTACGGGTAATTCAACCTGCACAGTTTTCTTTCACTCAAAGTGTTCAGCACTTGTGAGTGAAAAATCATGT 5681 AATTATCTGTAAATATGTAGCTAACAAATTGACCTAGTTTCTGTATTTTTTTGTTTTTGTACTAAAGTTTATAGGTCTGT 5761 GCCAGCTAGAGAGAAGTTGCTGTCATTACCAGTTGTGGTCCTAGCATCTAACCCTGAAACCATCCTAGGTGACATTTTTA 5841 GAATTAATACTTAAATGTTAAACAGGGGGAAATGAAGCTTAATCATGGTCAGGTTTGAGATCTTTTGCAGTGAAATAATT 5921 TTATTTAATATAAATGATCACATGTCCTCAATCATGAATGAGGTAGGGAGCCTCTCTCCCCCAGTGGCCATGTTTACAAA 6001 AGTGTGTTTTGTCTATAAAGTGCAAGTGTTTTAATGTTTATGTAAATTATGCAGGTGATAACATGGTTTGGAACTGTTTA 6081 TTGGGCTCTTTAACTGAATTTTCAAATGAAATGAACTATGCTTATTGCTGGCACATTGATCCCATTTCTGGAACATTTTT 6161 CCTATTTCCAGAGTTACATATGTTCTTTTGTCATTACCCAATTTAACCTCCCTTTCTCTGATATGCCTTGTAGCCAAAGT 6241 ATTAAAGGCTGATGAACATAGACAAGGGAAATGCATTTCTTAGAAATCCGTGAACCCTCAGTTGTATGCTTTCAGTACTC 6321 GTGTTAATATGTTTCTATGGCAACTCTGAGGTCAGTGGTTTAGAAATGAGATACCAGTGTTAATGAAAAGTGTGTGCTCT 6401 TTGCTTTTGCATGGCTTGGCTTAGTATCCAAGGTATATTAGGGCCACTTGAAAGCATGAAGACCAGTTATATAGGGAACA 6481 GGTTTCTCTCAGTGGCACATTTTGCTTTTTCTGAGCCCCAAATACATTGCCTGGGCATGAACATTGTTACCGTAAATTGC 6561 ACATGGTCATGGACTGAATTATGTGACTTTAAAGGATGTAACTGCCCAACATTTGCAGATTCTGGGTGGTCTATGTGACC 6641 ATTTGTCTCGTATCCAAAAACCCCGGGGCTATTGGAACCCTTCCAACACTTTTTCCTTTGTCATAGACAAGTTTATATAT 6721 AACTTACCAAGATGTTGGCTGTCCTGGTGTATTGCCAGACAGCTCTCTTTTGGTTCCCATTCCAAATGTGCTGCTGTCCT 6801 TCTTTGCATTTCACAATATCAAAGAAACCACCACCCTTCTTCCTAACAGCATTTTATGCCTTTTATTCCACATTAAATGG 6881 GAATTGTGCCTACTTAGGAGTGCCCCTCCAATTAATTACATGTGTCCAAGAATAATCCAAGCTAGAGACACAAGGTGGGA 6961 AAACATTTCAAAAAAAAAAAGTCCTCTTAAGGCCAGTAATTTATCTGAAAAGGTATTTTATCACACCTTGACACCTTATA 7041 TATGAGCCTATTAGGAGCTGCAGGTGGTTTCATAGGGTAAAATCCAAGAAAAGAGAAGGATGTGTGGGGTTTCTATTAGA 7121 AGATAATTTTGTTCTCATTTTACCTTTTCTTTTATGATCCTTCTCTGCTAGAACAGGTTAATTCTCCAAATTTGTTTTGT 7201 TTTGTTTTGTTATTTTTTAGGGAACTCTTTTGCAAAAGCAATGGTCGGATGTAAATAACATTTAAAGTATAGTGCACATA 7281 ACTTCCCCGGACTGTTCCAATCTGATAATTTGTAAATGCTTTAGAGTTTTTTTAATTAACACTTGTGTTGCTAAATTCTA 7361 TTTATGTAAGTCTGCTAAAGTTTTTTAGCCCACTTAAAACTTAAGACAACCATTTAAAATAATGGATGGGTTACTATGAG 7441 CAATTTCGCTTTCAGAACCCCCTTGTTTTAGTATATGAAAAAGCCTAATGCGCATTAATGAGGTTGAAGAGACTATGAGA 7521 AATATGTATAGTGTATATTTTAAAACAGCTTTGCTTGTATTGTGAAGATTTAAAAACAAACTTGAGATTTTTAACGTAAC 7601 TATTAACACAGTTTTAACATAAGTTATCCCACTGGGTTTAAGAGCATCTTGAATGTATAATCCTTTTTGTAACCCAGGTT 7681 GGTTTCTACTTTTACCAGTCACCCAAACATATTTATGTTTTTAGTTTTATGTACTCATTTCCCTTTGTTTTCCTCAAACA 7761 GCATGATTTTTTTGCACATGTAGAAATTTTTTAAAAGAAAGAAATTAGTACATCATTTTCTCTGGATTTTCTTCACTTCC 7841 CTCTTCCTTTCTACTAACTCCTTCCTTAAAGGCCATATCACTCCATTTGCATTATTTGTGCAAATGCCAGGGTTGGTTTT 7921 TATTTTTATTTTTGCTATTTACCTAAAAAAAGAAAATGCTTCAGTCAATTGCTTTTTTATTTAAAAAAAAAAAGAAAAAA 8001 AGCTGTAACCTTATCATTTCTGAGTAGACCATTGAGCGATGAATGCACACCTGTAGTAGCCCAGGACCAGCTGTGGTGGC 8081 TAAAGGGAATATGTTAATTAAGCAAGAGGTTCTTTTCTAAAAGTGGTATCTGTTATCCACAATGTATTTTAGTTATTCCC 8161 ACAAGTCAGGGGTCCAGATAAAATGAGGGTTATCAGCTAACTGATATGCTATCATTGAGGTTCATCAATGAATTTGTACA 8241 TTTCTAGTTCCCTTTGGTGAAGGGAAAAATGATGATTTTGCAAGACCTAGATTTTGGCTTGGTTTCTTGCCTCCTTTTTT 8321 GGCAGCCTTCATCTTCTCATCTCCCAAACCCCCTGAGCCCGTAGGGTTTTCATAGTGGACAAAGAACTTGTGGTCTTTTA 8401 AAACTGGGACTGATACTTTTTTGAGAGAGTATCGTGTCGAAAGTGTGATGTTCTACCACTTTACCAATAACTAATTTTAA 8481 ATACACATTGTCCTCTCGATTTTTGGACCAAACAGACGCTCACAGTGGAGGCTTATCAAGGGTTGCATTGGGGAAGAAGC 8561 CTCTCCCTCTCTGTCAGCACCAGCTGGTAAAGGTGACTGTACAGATGTGCATTTTCCTTTTGGTATAAATGGTCCACAGC 8641 ACTAACTGGTAAGGCTTATTGTACAGTATATTGTCAGTATTCTTCTGGTTCAGCATACCTTATAGTTCATATATAACCTG 8721 TATTAATTGTATAGATTGTGCATTAAAAGCTGTTACCAAGTTGTCAGAACATAAGAGCGAAAACAAGGTCATATGTAATA 8801 TTTTGTTTGTAAGTATCCTTTGTATCATAGCAAAGGAAATGTTTAAAAAAATCAACTGTAATAAAGTAATTTTAGTACAC 8881 AAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Disease | 57551.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"HITS-CLIP data was present in GSM714642. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714644. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714645. RNA binding protein: AGO2. Condition:completeT1
"PAR-CLIP data was present in GSM714646. RNA binding protein: AGO2. Condition:mildMNase
... - Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al., 2011, Nature methods. |
Article |
- Kishore S; Jaskiewicz L; Burger L; Hausser et al. - Nature methods, 2011
Cross-linking and immunoprecipitation (CLIP) is increasingly used to map transcriptome-wide binding sites of RNA-binding proteins. We developed a method for CLIP data analysis, and applied it to compare CLIP with photoactivatable ribonucleoside-enhanced CLIP (PAR-CLIP) and to uncover how differences in cross-linking and ribonuclease digestion affect the identified sites. We found only small differences in accuracies of these methods in identifying binding sites of HuR, which binds low-complexity sequences, and Argonaute 2, which has a complex binding specificity. We found that cross-link-induced mutations led to single-nucleotide resolution for both PAR-CLIP and CLIP. Our results confirm the expectation from original CLIP publications that RNA-binding proteins do not protect their binding sites sufficiently under the denaturing conditions used during the CLIP procedure, and we show that extensive digestion with sequence-specific RNases strongly biases the recovered binding sites. This bias can be substantially reduced by milder nuclease digestion conditions.
LinkOut: [PMID: 21572407]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM714642 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | UGUGUGUACAUAUAUAUACACACACAUACACAUAUAUUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM714644 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repA |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | UAUGUGUGUACAUAUAUAUACACACACAUACACAUAUAUUA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 21572407 / GSE28865 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM714645 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / completeT1, repB |
Location of target site | ENST00000261716.3 | 3UTR | ACAUAUAUAUACACACACAUACAC |
Tools used |