pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-660 |
Genomic Coordinates | chrX: 50013241 - 50013337 |
Synonyms | MIRN660, hsa-mir-660, MIR660 |
Description | Homo sapiens miR-660 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-660-3p | |||||||||||||||
Sequence | 52| ACCUCCUGUGUGCAUGGAUUA |72 | |||||||||||||||
Evidence | Not_experimental | |||||||||||||||
Experiments | ||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | MACC1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | 7A5, SH3BP4L | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | MACC1, MET transcriptional regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_182762 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MACC1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MACC1 (miRNA target sites are highlighted) |
>MACC1|NM_182762|3'UTR 1 AAACAAAGCGTGTGTTTTTGATGGGAGGGAAAATGAGGTAATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTGTGTG 81 TCTCTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGAAAGAAAGAATCTC 161 AGAAAAGCATTATATTAATTTTCTTCATGCTCAAAACCAGTTTTTTTTTCCTGATGAAAGCACAGCCTAACTGATAACCA 241 AGATGGGTTTTATCCTCAAATATGTATTTTTGTGTATGTTTCAAATACAAGTATTAGGCTGCTTTGTTCTTAGAAAGGAA 321 AGAAAAAAGAAAAGTGCCCTCTCTCTCTTTCAGTGTTATTTTAAATTTACTAAGTCAAAGCTGTTTGAATAATTACATCA 401 CACAGATATCTGGGTAAACTAGAGACTATCAACATGATCAAGGCAGTGTTCCCAGGAGGCAGCTAGAAAGAGGGGAAGCA 481 AGCACACACCCTGTGGCCAGTCACGGCTGCCCGCTTTCCACACCTGACCTCTTCAGTTCATCAGTGGGGTTCACCAGCAT 561 CACCCCCATTTTTCATGGGGAGAAACTCAGAAGTGGAGAGAACGTCTGAGGCTACATAGCCAGTACAAAGTAGGTTTTCT 641 GCTTGAAAAACCTGTTTCTATTTCTTTTTAAAAAATCATACTGCATAACAGAATAGTAAAAACAAAATGCGTGTTAAGAC 721 TTACAGGGAAACAGTTGCCGTTTCATTTTAAGTGAGACTTGCTACTCTTTTTCATCGTCTCTTGAAAGACTGACAGAAGG 801 AAAATATGACTTATCAGAAATCTGTTGTCTGCATGCATGGACCTAGTGTTTTCATCAGCTCCCTTCAGCATCTTGGGACC 881 TCTCTAATCCTGCCTAATTTGGGACTTTTTCTGCAGGATTGTAATGTAAAATAGTTCTTTAGCTCTTGGAGATTTTTAAT 961 AATACGAGTTATTAAAAACCACCACCACCAGAAACTTGATTAACTTGATTACCCTGTTGAGTAGAGAGGTCTTAACCACC 1041 GAAAACACTGATATCTTTATGTTGGCATGCTCATGCAAACACATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT 1121 ACCACAGTGTTTTATAAAGCACAGCCTAATTGATTATATAGGACAAAAATTGTATAGGACCCTGGGTCAGTATAAATGCT 1201 AATGGCTGACAAAGTTCACAAAGAGATGTATTTTGCTTACTCCTCTGTTCAATCCTCTGGTTGCCTGCCAGTGTTTATGT 1281 GTGTATTTGGACAGACATTCATTTATTGTCATTCAGTCAATAGGTAGAGTATATGTGTCTATTTTTTGGCAGGCATATAG 1361 ATGCTTGAGGCTAATGGGAAAAAACCAGCATGAACTCTGACTTTAGTAGTGCTAAGTAATAGATAATTTTAAAAAATGAC 1441 ACCGTTAAATAGAAAATGGCATGCATACTAACAGTTGCAATGGAGAGGCTGTGATGCTACGAGATATAAACGTAGAGATG 1521 CCATCATGTGAAACTGGAAGTGGGGGTGGGTCAGGGAAATTTGTTCTTGGAAAGAAATAATGAACCTCAAGGAAGAGTAG 1601 GCATTGTCCTGGTGTGGTGGGGTGTAAGCGGTGATCCCACAAAGCACTGAAGCTCTTAGATGGGTGGGAGCTGAATAGGT 1681 GCAGATAGCAGGGGTGAAGGAGTGAAAGGATAAAAGATTCAAGGTTGAGATGAGGATGGAGCAAGAAGAAGCCACATTAG 1761 GGCCATTAAGGCTGCTAGAATTTAGAAAGAAAACACACAGCCTCAAAGAAATGTGGGTAAGCCAAAGAAGGATTTTGTTT 1841 TGGGAACCTGAATAAAAGATGTCCATTTGGCTAAAAAGTAAAAGCAGAATCTTTTTAGGGCTTTTAATATACCCACCCTG 1921 GGATATTTGGTATGCTGGCAATGGTAATTCAAATTGGCGTTTAAGAATAATCTTGGCCGGGCGCGATGGCTCATGCCTGA 2001 AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCAGATCACTAGGTCAGGAGATCGAGACCATCCTGGCTAACGCGGTGAAAC 2081 CCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTGAGG 2161 CAGGAGAATGGCGTGAACCCGGGAGGCGGAGCTTGCAGTGAGCCGAGTTCATGCCACTGCACTCCAGCCTGGGTGACAGG 2241 CTGTCTCAAAAAAAAAAAAAGGAATAATCTGTACGGCTTTCAGTATTTATATTTGATTATAAGGGAACACAGCCTGACCA 2321 AATAATTATGTATACACATTCAAGGACAGAATTTATTTTAATTAAAAATAAATTATGAGAGAAGGAAAAAAAAGCACAGT 2401 TTTTACTTTCAGAACACAGTCCTTTTTTGTGGTGATTTTGCTTTCTTTAGAACATTCTTGGAATCTTATTAACATGTCAG 2481 CTAACCAGAGAATTTTGGGAAGGGATAGTGGGGATTAATAACTGGGTTTTTCCAGGCTCCAAGATCTAAGAAGACAGAGA 2561 TCTTGTTAGCTGATTAGTGTAGTAAGATTAAATAAATAATTTAAGGTTTACATTGCATCATGTATTATGATTGTGATTGA 2641 GAATAATAAGAGTTTAAAAAAATGAAAAACAAGATCTCTGTAATTTGAGGATGAAACAATGGTTCTAATATTAATACACA 2721 CAAATATATTTTATAATCTTGTAACAAATCCTTCCAGGGGAAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGCCAG 2801 AGTCTGGCTCTGTTGCCCAGACTGGAGTGCGGTGTTTCAATCTTGACTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTCAAAAGA 2881 TCCTTCTGCCTCCGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCACCTTGTCCGGGTAATTTTTGTATTTTTAGTGG 2961 AGACAAGGTTTTACCATTTTGGCCAGACTGGTCTGGAACTCCTGACCTCAGGTCATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAGAGT 3041 GCTAGGATTACAGGCATGAGCCACTGCTCCCAGCCTTCCAGAGGAATTTTAAGCCCATGTCCAAACATTCTGTTTGTATA 3121 AATATATTCTAATTTTTAAATAAATAGTTTCTACTTTTCTGAACTTTATATTTTTTCTTGCTATAATGGATTTTCATAAT 3201 CAGAAAAGATTAAATTAGTAATCATGAATTGCCTTCAATATTTGGCAGTAAGTCAATGAAATAATAAGGCACTTATATAC 3281 CATCTTTGACATCATTAAAAGTATCAAATCCCATTAATCTAAAACTTCTTTAAGCATTTTGAAAGCAGAAAATGTTTACA 3361 TGGTTCTTTCAGTTCCTCAGGCTTTTTGTCTAATGATGCGTGACTTAGGATAAGATTTGAATTAAGTGCCCAGCTTGAAA 3441 CATAATAATTTTTCTGTATAAGCCACAGATCCTCTACCTCCTTTGTGTTAAAGCCTTTATATGAAACAATTAAGTAGAAG 3521 CATTCAATAGTGTGTCATTAACTGTTCATACTAATAAATGGATACAGCACATTTTCATGGCCTGTAATGTAGAACATACT 3601 ATATAAAGTTCTCAGTTTGGGGATGACTAGGTTTCTGGAAGGAATAGAATGCTAAATCAATGGATGGCATTGGGCTGAGA 3681 AACACTGCTGCTACTAATCAGCCTTGAATGTGTAATGTGAACATGCAAAAGAGAACATGCATACACTCAAATTTGTACAA 3761 TGCTATAACTGGAAGTTGAAGGACTTGAATTTTTATATTGTGCTATTGTTATGTTTTCTGTAATTGTTTATATCTAAGGA 3841 ATTTTTGAGGTAATATAAAAGAAAAAGAGAATAATGAACAATGATGTCACTGGAGGGTTTTTACATTAAATTAGATCATT 3921 TTTCTTCTTATTCACAATAATAATCTTAATCTTTAAGAATTAATTATAATTTAATATTATAATTCATAATCTTTAAGAAT 4001 TAATAATTATAATTTAATATTATAATTAATAATCTTTAAGAATTAATAATATAATTTAATATTATAATTAATAATCTTTA 4081 AGAATTAATAATTACAATTAATAATTAATAATAATCTTAATCTTTAAGAATTAATAATAATCCTTAATCGCAATAATAAT 4161 CGCAAGGAGGAGAAGTAAGTCCCTCCTCCTTCTGTATGAACTTTTCTCCCACATGCTGCTGTATGGTTTAGTGAGAGTGA 4241 AGTTCTAAAGAACATCAATATGATTGGTGGGATAATCCAAAGACATTTTTTCAGAATCAAATGGCATGTCGAAGGTTTGT 4321 TTCTTGCATATGTATTTACTGGTCCACAGCACAAAATAAAGTGACCACATATACATAGGAAAGTTGAATTTGTACACATA 4401 CAGCATCTGAAATGTATCTGATGTTCAGCATCAAGATTTCACTGAACATTGTAGAAATGTGTATCTTTTGCATGTATATT 4481 TTACATTGATTTTCTATTTATGTACATCTAGAAAGTTTTAACCCTAATAAATAGTTTTGTAATTTTGAATAATAGTGTCA 4561 GTTTATATGTGAGGGAGTAGAGACAGAGAGGTTAGCACTGGATAATAATTAGTAAGGCCAAAGGAGAAAATTTCATAGAA 4641 AATATTGTTGTTGTCATAATGAGTACAGCATGAAAGGCTTCCTCTACAAGACACTAGTCAAAGAGTTGAGAGCTGCGGTT 4721 TCTAATCTTTGTCCATTACTCCCTTACTCCCTATGAGACTGTGGACCTGTCACTTGGCCTCTCTGGTCTTCAGTTTTCTC 4801 ACCAGTAAAACAAGGAACTTGAACCAAATGACCTCTAGTGTTCCCCTTGGGTTTAAATGTCTATAAATGTTCAATGACTA 4881 GAATGTATTGCGTTTTTCTTTATTCTTTTTGCTTTGAGAAAAGAGAATGTGATTTAAGAGTAATAATTTGAATACCAATT 4961 ATCCACATTAAAATTGTGTCCTCTATGTGTAAGGCATAGCACATTTAGCACACATACATAAGCACACTAAGCACCTTACA 5041 AATATCCTCATTTATTCTTTACATAATCTTTTGAAATTGATTATGTAATACACACTGTTTTTGAACAATTGGTGACTTCC 5121 AGCTGTTTAAAACAAACTACAGTATGGTGCTTGAGTACTGACTTAGGAGGTCAGCATTGGTTTCACTAGGAGCTTCTCAA 5201 AGCACGCTGCCAAACATGCTCCAGTCTCATTGTCAAGGCCTTAGACCAGGCAATCATTACGGCAGTGGTTCTTCAACTTC 5281 AGCAGCAGCAAAACGATCTGGCGGGGGCTTGGTGAAACAGACTGCTGGGCTCGACCACCAGAATTTCTCATTCAGAGGGT 5361 CTGGCCTGATCACTTGCATTTCTAATCACTTCCCAGGTGATGCAGATGTTTCTGGTCCAGGGACCCCAGTTTGAGAACCA 5441 CTGTATTAAAATTTCCTTCATCTCTATAGAAATGGAAAGATTTTTTATAAGTCCTCTAATTTGCTTTAAGATAAATGAGA 5521 TTTCACTTAATTCTGTTGGAGAAATTGTTTTAAAAATTGTGCTAAAGAACCGAAAATCACTTTATGTTAAGGCTCTATTT 5601 ATAGCAAGTGAACTTTTCATGAGTTAATAAAGGCCTACAAAAATAATTTTGACTGTGAAACTAATTAAAATCTCTGTGTT 5681 TCATTTAAAGCATAAACATATTTGAATAAAAATAGGTTAACAATAATTTGGGACATGTATTCAGTATAATTTTAAGATAA 5761 TTTTACAAAATATATGTAACATTGCATTTGTTTCTGTAAAATATCTTCGGAAAAAGCCTTGTTTTCCCTAGTGTGTTATT 5841 TGTTGAATTTCTTGTTAAATGTATTTTTTCCCATTGAAAAAAATGTTTTTAATCAATGTGATCAATACAGCTATCTATAT 5921 GCCCTGCTTTCACTGTAGAATTAGAAAGTGTTAATAAGGTGATCGGATGTTCTTTCTAAGGATCATATTCCACATTTAAA 6001 GAGATGGTGACTGAGAAGAGGTGGCAAGCTGAACCATCTCACTTTGAGATTGACGTATCACGTTTTATCCTCTGCCATCA 6081 TTTCCTTGTTAATTGTTTTTCTTTGGGTGATTGGAAGAATCTATGGCTTCCTTTTCTCTGTTCTTAAAGATATCAAGACT 6161 CTGCCCTTTTGTGACTGGAAGTAGATTTTAAATGTCCCTAATGTTTATATGCTCACTTAAACTCAATACATGGAATTTAC 6241 TGGGGCATTTAACTTGTTCATGAAAATAGAGTGAGTCATTGAAAAATCAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293S | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in GSM1084042. RNA binding protein: AGO2. Condition:CLIP_noarsenite_rep2
... - Karginov FV; Hannon GJ, 2013, Genes & development. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Karginov FV; Hannon GJ - Genes & development, 2013
When adapting to environmental stress, cells attenuate and reprogram their translational output. In part, these altered translation profiles are established through changes in the interactions between RNA-binding proteins and mRNAs. The Argonaute 2 (Ago2)/microRNA (miRNA) machinery has been shown to participate in stress-induced translational up-regulation of a particular mRNA, CAT-1; however, a detailed, transcriptome-wide understanding of the involvement of Ago2 in the process has been lacking. Here, we profiled the overall changes in Ago2-mRNA interactions upon arsenite stress by cross-linking immunoprecipitation (CLIP) followed by high-throughput sequencing (CLIP-seq). Ago2 displayed a significant remodeling of its transcript occupancy, with the majority of 3' untranslated region (UTR) and coding sequence (CDS) sites exhibiting stronger interaction. Interestingly, target sites that were destined for release from Ago2 upon stress were depleted in miRNA complementarity signatures, suggesting an alternative mode of interaction. To compare the changes in Ago2-binding patterns across transcripts with changes in their translational states, we measured mRNA profiles on ribosome/polysome gradients by RNA sequencing (RNA-seq). Increased Ago2 occupancy correlated with stronger repression of translation for those mRNAs, as evidenced by a shift toward lighter gradient fractions upon stress, while release of Ago2 was associated with the limited number of transcripts that remained translated. Taken together, these data point to a role for Ago2 and the mammalian miRNAs in mediating the translational component of the stress response.
LinkOut: [PMID: 23824327]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM1084042 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293S / CLIP_noarsenite_rep2 |
Location of target site | ENST00000400331.5 | 3UTR | GGCAGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGGCUGAGG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 23824327 / GSE44404 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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348 hsa-miR-660-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT059151 | TXNIP | thioredoxin interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT294324 | ZNF264 | zinc finger protein 264 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT306043 | SKIL | SKI like proto-oncogene | 2 | 4 | ||||||||
MIRT392841 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444084 | C12orf73 | chromosome 12 open reading frame 73 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT458774 | CES2 | carboxylesterase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460273 | SLC26A2 | solute carrier family 26 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT462675 | HMOX1 | heme oxygenase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT473711 | MAPK1 | mitogen-activated protein kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT478539 | CTNS | cystinosin, lysosomal cystine transporter | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483234 | FAM13C | family with sequence similarity 13 member C | 2 | 4 | ||||||||
MIRT486255 | BCORL1 | BCL6 corepressor like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT501951 | MAT2A | methionine adenosyltransferase 2A | 2 | 10 | ||||||||
MIRT513043 | BRIX1 | BRX1, biogenesis of ribosomes | 2 | 2 | ||||||||
MIRT513249 | FBXO17 | F-box protein 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526940 | CMSS1 | cms1 ribosomal small subunit homolog (yeast) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528176 | C6orf47 | chromosome 6 open reading frame 47 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531525 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532746 | CMTM6 | CKLF like MARVEL transmembrane domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534241 | SLC23A1 | solute carrier family 23 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538198 | DBN1 | drebrin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539305 | AMOTL1 | angiomotin like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT539567 | CNKSR3 | CNKSR family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT540043 | DNAJC28 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C28 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT540232 | SAMD5 | sterile alpha motif domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540251 | RGS17 | regulator of G protein signaling 17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540878 | ZBTB24 | zinc finger and BTB domain containing 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543484 | RXRA | retinoid X receptor alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551435 | F2 | coagulation factor II, thrombin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT553925 | STK11IP | serine/threonine kinase 11 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556312 | MAP2K4 | mitogen-activated protein kinase kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556943 | ING1 | inhibitor of growth family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569883 | EFEMP2 | EGF containing fibulin like extracellular matrix protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT571849 | NRBF2 | nuclear receptor binding factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572420 | VWA5A | von Willebrand factor A domain containing 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572495 | BTN2A2 | butyrophilin subfamily 2 member A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572564 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT572883 | CHST15 | carbohydrate sulfotransferase 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574988 | Slc38a5 | solute carrier family 38, member 5 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT575264 | Timp3 | tissue inhibitor of metalloproteinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608476 | RRP36 | ribosomal RNA processing 36 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT608529 | TMOD3 | tropomodulin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608578 | RNF149 | ring finger protein 149 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608615 | DARS2 | aspartyl-tRNA synthetase 2, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608679 | STPG1 | sperm tail PG-rich repeat containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608727 | ZKSCAN1 | zinc finger with KRAB and SCAN domains 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609575 | CATSPER4 | cation channel sperm associated 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609710 | TMEM132C | transmembrane protein 132C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609858 | DAZAP2 | DAZ associated protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610262 | LRRC47 | leucine rich repeat containing 47 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610349 | AGTRAP | angiotensin II receptor associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610729 | PEA15 | phosphoprotein enriched in astrocytes 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT610803 | KLK2 | kallikrein related peptidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT610968 | MAFK | MAF bZIP transcription factor K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611117 | NIPA1 | non imprinted in Prader-Willi/Angelman syndrome 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT611600 | JAKMIP3 | Janus kinase and microtubule interacting protein 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT612211 | TMEM109 | transmembrane protein 109 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612248 | MICALL1 | MICAL like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613252 | CAV1 | caveolin 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT613323 | ARID3A | AT-rich interaction domain 3A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT613514 | CDKN2AIPNL | CDKN2A interacting protein N-terminal like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613605 | TP53 | tumor protein p53 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613632 | ARHGAP35 | Rho GTPase activating protein 35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT613809 | ATP6AP1L | ATPase H+ transporting accessory protein 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614835 | PRKCA | protein kinase C alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614985 | GIPC1 | GIPC PDZ domain containing family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615320 | MLXIPL | MLX interacting protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615504 | CNNM3 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615529 | SPANXN5 | SPANX family member N5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615610 | SPANXN1 | SPANX family member N1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615755 | C6 | complement C6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT615952 | SORD | sorbitol dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616284 | HMGB1 | high mobility group box 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616626 | KCNJ11 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 11 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT616882 | DGCR14 | ess-2 splicing factor homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT616994 | COL19A1 | collagen type XIX alpha 1 chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617080 | SPIB | Spi-B transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617345 | ZSCAN2 | zinc finger and SCAN domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617712 | RUSC2 | RUN and SH3 domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618102 | PPP5D1 | PPP5 tetratricopeptide repeat domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618493 | DENND5B | DENN domain containing 5B | 2 | 4 | ||||||||
MIRT618756 | SLC38A5 | solute carrier family 38 member 5 | 2 | 5 | ||||||||
MIRT619928 | NLRP9 | NLR family pyrin domain containing 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620028 | NFAM1 | NFAT activating protein with ITAM motif 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620087 | TNFAIP8L1 | TNF alpha induced protein 8 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620209 | VN1R1 | vomeronasal 1 receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620557 | C10orf10 | chromosome 10 open reading frame 10 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT620770 | CCR5 | C-C motif chemokine receptor 5 (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620784 | IL10RB | interleukin 10 receptor subunit beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620895 | ANO7 | anoctamin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621284 | PIWIL1 | piwi like RNA-mediated gene silencing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622594 | PRRG4 | proline rich and Gla domain 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623273 | MED28 | mediator complex subunit 28 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624247 | VSIG2 | V-set and immunoglobulin domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624298 | COMMD2 | COMM domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624526 | C3orf62 | chromosome 3 open reading frame 62 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624567 | BDP1 | B double prime 1, subunit of RNA polymerase III transcription initiation factor IIIB | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624692 | AR | androgen receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624767 | AKR1D1 | aldo-keto reductase family 1 member D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624829 | ACO1 | aconitase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625159 | ZCCHC8 | zinc finger CCHC-type containing 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT625261 | ZNF566 | zinc finger protein 566 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625388 | ZNF716 | zinc finger protein 716 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625827 | FBXO42 | F-box protein 42 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625837 | NXPE2 | neurexophilin and PC-esterase domain family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626021 | XRCC2 | X-ray repair cross complementing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626052 | PDE4C | phosphodiesterase 4C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626354 | PACS1 | phosphofurin acidic cluster sorting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626778 | PI4K2B | phosphatidylinositol 4-kinase type 2 beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT627050 | HOXA13 | homeobox A13 | 2 |