pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-124-1 |
Genomic Coordinates | chr8: 9903388 - 9903472 |
Description | Homo sapiens miR-124-1 stem-loop |
Comment | miR-124 was first identified by cloning studies in mouse . The 5' end of the miRNA may be offset with respect to previous annotations. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-124-2 |
Genomic Coordinates | chr8: 64379149 - 64379257 |
Description | Homo sapiens miR-124-2 stem-loop |
Comment | miR-124 was first identified by cloning studies in mouse . The 5' end of the miRNA may be offset with respect to previous annotations. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases | |
pre-miRNA | hsa-mir-124-3 |
Genomic Coordinates | chr20: 63178500 - 63178586 |
Description | Homo sapiens miR-124-3 stem-loop |
Comment | miR-124 was first identified by cloning studies in mouse . The 5' end of the miRNA may be offset with respect to previous annotations. |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-124-5p | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 14| CGUGUUCACAGCGGACCUUGAU |35 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | ASB1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | ASB-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001040445 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on ASB1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of ASB1 (miRNA target sites are highlighted) |
>ASB1|NM_001040445|3'UTR 1 ACTCCAAGTGCTGCGGTTGATTCCAGTGAGGGAGAAAGTGATCTGCAGGGAGGTGGACACCGAGCCCTGAGTGCTGTGCT 81 GCTGCTGGTCTCCTGATGGCTGTTGCTGCAGAAGATGTCCTCGTAGACTGTCATTGCTCCTCAGGTGCCTGGGCCGCTGA 161 ACAGTCCTTGGGTCATTGTCAGCTGAGAGGCTTATACTAAAGTTATTATTGTTTTTCCCAAGTTCTCTGTTCTGGATTTT 241 CAGTTGCATATTAATGTAACGGGCCATGGGGTATGTACATGTAGGGGCTGAGGTTGGAGGCCTACTAATTTCCCTGTAGG 321 GAAGACTCCCAGCACTTCTGGAACTGTGCTTCTCTTTATTTTTCTACTTCTCAATTTGATGGTTCGATTAAAGCCTTCTA 401 GTATCTCAATGAAAAGGGAGTTTCGTAAGCAAAATAGAGGACAGAAATGCAGTTCATGAACTTGCTGGTTGGTTTTTCCT 481 GCTCCTGGGGTAACACATGCGCTTGTCATACACGCCCCTTCCTTGCCCCTTCAGTATTCTCTCTTTGCGATGGAGGTCTC 561 ATAGTGAGTGTCTTCACTCAAGGGTGGTTTCCTGGCTGCACGGCACCTGTTCCAACACCTACTGTGCCTCTCATCAGGTG 641 TCACGATTTTTCTGCCACTTCACCTTAGGGAGCTTCCAGTGATTGATTTTAGGAGGCCCACACCAAACTCCCCAGGAAAT 721 GACTGCCTTCCTTGGGACCAAGGACCGTTCCAACAGCATTCACTGCCAGTTCTAATAGGCGAGGAAAATGCCCGAGGCGC 801 TGTCTTCTGTCCCCCACACGTACCAGAAAGTGAAAAATGCAGCGAGTCCTCTGGGTGGTTATGAGCCTCCAGGCGCATGC 881 TGTCCAGTGGACAGAACATCTGGCGGTTGGTTGATTGCTCTCTTTTGTCTTGGTCGCTGCTTCTAGAATCTATGCAGGGG 961 ATAGCAGTGAGGTCAGAAGTCTTTCCCGGGAGAGAGATGGCCTGGGTTATCATTGCTGATAGCTTTGGCTGCATGAGTTG 1041 GGCTTCCCCTTACCCAGGGCTGCACAGCCAGGTGTGAGGGTCACCGGCAGGTGGGCTGGTGGCTGCAGCCTCAGAGCCCT 1121 CCCAGGTTGCTGCTGTTTCCAGTGAATCACATTTCGTCATTTGAAGCCCATGAGGACCATTGTGTGGATCCATGGTGATT 1201 CTAGACTTCAGATATATTTAGGAAGGCGCAGATTTCAAATCTGTGTTTGATTTTCTGTAATAAGAGAAATCCAATTTGTA 1281 AAACTTGAACAATGATACCGTTTTATTTACTTAGTAGCATCACTGTGTGTCTTAGCAGGCAGGCAGTGTCTGGCCATTAT 1361 TGCGTTCTACAGCCAGAGGATAGAATTCTATACCCCCAACCCCTTGTGTCACAAATGGGCTCTGTGTGGGTCACCCCAGC 1441 TGACCCGTGTATGTGCAGATGCAGTTCCGAAGGGAAGAACAGTCCTCGGGTGATTCAGAGGGGAAAATGCAATCCGGGAG 1521 GTGTTTCCTCAGCTGAGGTGACACTGTTAGAAGCTGTGATGGTTGTGTAAATGTGGGCTGTGTGCTGTTCCCGAGGGGAG 1601 CTTGGGATTGGGTCCTGCTGAAGCCAGGAGGGTCTTCCCAAGATAGGAGAGGAACCGCAGGTGGTGAGCGGCTGGGGAGG 1681 GCCAGGACAGCCGGGGCTGGGTGCTGCAGGGGCTTCAGCCCGGGAGAGGGGGTGGGCGTGTTCTTTGTGGTACCAAAGTG 1761 GGACTAGGACAAAAATTGGGCTGTGGCTGGGGCAGGAGCTATAGGGAGTTAAGGAATGATGATACGGAAGTTGGAGCCAC 1841 CACCGTGGACTGGGCCTTGTCACTGGAGGTCGTAGGCAGTGGCTCATCACCCTGGTAGGGCTGATAGGGGCTTTCAGGGA 1921 GGCTGGTTAGCTCCCTGCACTCTGGCTCTTTACTGGCTTACTGTTTAGCTCCTCCCACCTCGAGGCTCTTCTTCCTGCCA 2001 CCCTTTGGGCTCAGAGGAGGGTGGCTTTTTTCGAGGTGAGCCATGTTGTAGACACATGATACGCTCTGCGTCTGCTCTAC 2081 TGAGTACTTTCTGCAGGGGCCTGTTAAGGACGAGGCCTCCCCAGCCCTGCCCGGTGCAGGAGGTGGCTCAGTTATTGAAC 2161 CTTTTGGGAAGCAGCACCTGGGAATGCTGCCTCGTGGGAGTCCCATGCGTGAGTGTGGTGGTGTGACCTTCAGGCTGCAC 2241 AGAGGCAAGGACCCAGATGTGGCAGCATGGGCGTCATGCTCCTTTGCACAGCCCAGGGCCTGTTTTGGAGGGACCAGGTC 2321 ACTGCCCCTGGTCTCTCTAGGAGGAGTGGACTGAATGGATCGTTGCAGAGAAGACTCACCCAGACCTGGCCAGGGAATGA 2401 TGTATCTGGGGAGAGAATGAGCTGGAGGAGGGGGCCTCTCATGGCCCTTCCCTGGCCTGTGGCCCAGCCTGGCTGGCCTG 2481 CAGGTGTCTAGGGTCTCAGCTTTTCATTTGCAGAGGACATGTTCAACTTCCTCTCTGTTCAAGCCAGCCTTTGCCAATTT 2561 TTTCAGAATCCAAACAATTTGGAGGTTTGGTATCTTGTTTCATAGCTGCCAAATATGAATCTGAAAACAGGGTGGGTAGC 2641 TAAGGTCATTCCTCCTGGGTTTTAGTGGCATTGCCTTCCTTCACTAAAGCTCCCTTTTTTTTCTGTTGGCAAGGACAGGT 2721 TACAGAATAGGAAGAGTAGCACTTTCCGCCTAAGCACTTTAGGAAATCACCTTTCTAAGCCCTGGGGCGCCCAAGTCCCA 2801 TGGGACAGGGAAACGTGGTCCTCAGTGAGGCTGCTGCCTGGCTGGCCCGGAGTCCTCCCTAGGAGAGGGGCTCGATGGGC 2881 TGGGGGAAGGAGCCTGAAGGTTGCCCCTGGTTGCATCCCAGAAGCATCTGACTGTCACCACTGCCAGTGGCTGTGGAACA 2961 GTCCTGGGCCCTGGGCCTTGGCTGCTGTCAACAGATGGGCTGGGCTGGGCTGTGGTGGGGTGGGGGACAACGTTGGTAAC 3041 TCTGAGAATTCAGCTTTGGAGTCCCGGGTGAGGGGTTTTAGATAAACCCATCAATATCACCCACATTCTGTGACTCTTTG 3121 CATCACTCGTGTTATTTATTTATTTATTTATATTCTGCCTTGTTCCAGAAAAGTGTTTAAGGCAACAATGCTTGTTTTTT 3201 GGTGTTTTCTTTTGACATTTGAAAATTTAGTACATTGTTAAAATGTACTTGTTAAACAGGTAATTTTAAAGAGAAGGAAC 3281 AATTGTTTTTAGTAAGTTTTCTTTTTCCTTTTTCAATGAATTGATTCTTCAAATTAAAAGTTCTTGAGAGAAGGAGAGGA 3361 AGATACAGCAGACATAGGACTGAGCCAAGGAAGAGTCTGCCTGAGAGAGACGCTTGGCCTGTGCTTTGCTGCCATCCGTG 3441 CGGCCTTGGCCACATCCCTATTAACAGAGGCAGCTCCACTTCAGACAGGGACAAGGCTTCCTGCTGTGCCTTTCTGGCAG 3521 GGTTTTGTGGGGTCACATGGGAAGCAATGTGTTACGCAAGCAGTCTCCATGTGTGTGTAAACTGCTGTCCTGGTGACTTG 3601 TCCCTCTTCTTAGTGGAAATGCATTTGAGATGGTGACAGGGCTGGATGAACGTGTGACCCTGGGAGATCCGGGCTGGACT 3681 GTGGACCCCGATGGGCCAGAGTCCTTGTGGCCCACAGCATAGCACTGGGGACAGAGCGCTCTATGCAGGTGAGGCGTATG 3761 AGAACAGCATGGTAAATAATTGATGAAGTCACATTTGTTCAACTTAAAGGATTGTTCTTTATTCTGAAGTTATTTTCTTC 3841 CTTATTTGGATGATAAAATTTCCTTTTATGTAATGAAGGTAAAAGTAGAGGGCAATATTTTTGCTTTTTGAAATGCTCTT 3921 GGTTGCAAAACAAAATGTTGGTTGCTGTTTGTCAGCCCCAGAATTTCTTCTTAAGTTCGCCTGTCTCTGAAATCCCAAAG 4001 TCACGGAACCGCAGTCTAGCTGTGGTGCATGTTTACGTATTGGTGAGAAATTCCTCTTGGGTTCTTGAACAGCCTGTACG 4081 CTGGCAGGCAGCACTGCAGCATTTCTGCTGCTCATGGCCAAGAACGAGTCTGGAGATCGCTGCGTGCGGTTTTAGGAAGT 4161 GCCAACACCCGTGGTGATGGGCCTCTGGCCACCCCTGGATCCATGGGACACACTCACAGGAAGCTGATGTGGCCTTCTCG 4241 GTGAGGACTGCACCTTAACCTGGGCACTGGGAGCCTGTGGCCCCCCTGTATGTTGGTGATGACACTAGTGTGGGTCTTCT 4321 GGCTCTGGGGCTACAGCTTCTGCCTCCTCACCTGGCCGTCGGTACTCGGCAAGCAGGCCTGGCCTCCCGGGGCCTGGATC 4401 CCTACCGGCTGGGATTGGCCTCCTGGAAGTACCTGTTTGGGCCATGTGACCTCCTTTCTCACTTATGCCTCACTCCCCTC 4481 CTCCCGCTCCAAACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAACGCTCCAAACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAACGCTCCAA 4561 ACCCGAACCTCTCAGTGTGGAATGAAACAGTTTAGATGTGTACATGATGCACGTGGGTGGGATTCACATCCCAGGAGAAT 4641 TCCACGGAGAGGAATGTGCAGATTTTGAAGTGTACAGTGATGTGTGGAATAAATACTAGAAATTCTCAGCAGACAGTGGG 4721 ATGGAGAAGTGAGTGGGGGCAGGAGGGGGATTTCTGTTGCCTTGACATGTCGTTGCTCAGTGCCTGGATTGCAGGCGAGT 4801 CTCTCTTTTTTATGTTGCTTTGATTTCAAGATCTCTTAGATATACTAGGTAGTGTATGAATGTGCATAAATCCAGTTTGA 4881 GAATGGTGTTTATGAAGAAGCTGTTTCGTGTGTACAGTTGCTGCTGTAATTTAGCCAGCAGTGCCCTGCCCTGCCCTGCA 4961 GTGTCTGCTCAGCTCCCACTGCTTCTCTTTGCTGTTGGGCATGTGAGGCATGACTTGGAGGGGGGCCTGGTGCCTGGGGA 5041 CCTGCTGAAGAGAATGCTCACCACCAGCTCTCTGTTTCCCTTTCTGCTTTGGTAATCAACACGTGTTTGCCTGCAGTGGC 5121 CGGGACCGTGACTGTTTCTGCCCTTGTGCCTAGTTAAGAGCCTTCAAAAGCATAATGAACACTTTTGATATGATATTGTA 5201 ACTTTAGTAAATGCTTTACTTCCCTCTAATTGCCCCCAAATGCCTTAATTTTGTGGACTGTTTATTTCAACAGGTGGAAG 5281 TGTTGGTCGTGCGAAATCTTGGTATTCGCATTTCAAGAAGGGAGTTCTTTTTTCTTTCTTCTTTCTATGGAACGTTTCAA 5361 GTGATTGGATAGAAAGAAGGGCTCTGAAGCAGGAGTTTTCACCTGCTCTGAGGGAACTTGGGGCTCCAGGGACGTACCCC 5441 AAATGTTGCCCAGGTTGAAACTCCCTGACAGCCTGTTCTACGTAGTGGCTCGTGGTTTCCAGTTTGAAGAGAGTTGTGCC 5521 CCTAAAAGTGTTTGAAACCTGTGGCTTTCAAGCAAGGTACCGTTGTCCCCACAGTGTTCCGTGGGGTAGGGGGTGATGGA 5601 GACTGTGGGCAAGCCTGTTGTTTTTGGCCCCCTGTTGTTACATGGGACCTGTTTTGACGGTGGGAGGGTGAGATGTGAAG 5681 ATGTGGGATGAACCTGGAATGAACGAATTAAATAAAGACATGCATCCATCTGTCAGCGA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000264607.4 | 3UTR | CCUUCAAAAGCAUAAUGAACACUUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||
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65 hsa-miR-124-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT064177 | KIAA1804 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT069736 | FOXG1 | forkhead box G1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT086429 | NABP1 | nucleic acid binding protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT105334 | SLC7A2 | solute carrier family 7 member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT110455 | PLEKHA1 | pleckstrin homology domain containing A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT172998 | YTHDF3 | YTH N6-methyladenosine RNA binding protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT196428 | TAOK1 | TAO kinase 1 | 2 | 14 | ||||||||
MIRT325704 | CSTF2 | cleavage stimulation factor subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT365670 | TSC22D3 | TSC22 domain family member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT365873 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | 2 | 2 | ||||||||
MIRT404126 | ASB1 | ankyrin repeat and SOCS box containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT404626 | LCOR | ligand dependent nuclear receptor corepressor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT405284 | ARF1 | ADP ribosylation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT406099 | PAGR1 | PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446627 | SDC3 | syndecan 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT446906 | RGS5 | regulator of G protein signaling 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT461790 | FXR2 | FMR1 autosomal homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463982 | WEE1 | WEE1 G2 checkpoint kinase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT464204 | VGLL4 | vestigial like family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472790 | MTMR4 | myotubularin related protein 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT473485 | MCFD2 | multiple coagulation factor deficiency 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481124 | AZIN1 | antizyme inhibitor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT485060 | SUCO | SUN domain containing ossification factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT487343 | HLA-DRA | major histocompatibility complex, class II, DR alpha | 2 | 2 | ||||||||
MIRT491948 | VPS52 | VPS52, GARP complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497208 | CDH7 | cadherin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497476 | TOR1AIP2 | torsin 1A interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528203 | NELFE | negative elongation factor complex member E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529255 | TRIM4 | tripartite motif containing 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT530096 | PSAPL1 | prosaposin like 1 (gene/pseudogene) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530597 | C7orf33 | chromosome 7 open reading frame 33 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT534980 | PSAT1 | phosphoserine aminotransferase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT538326 | CSGALNACT1 | chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT561237 | ZNF652 | zinc finger protein 652 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562035 | KRAS | KRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563120 | THAP5 | THAP domain containing 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563538 | RBM41 | RNA binding motif protein 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566037 | REV3L | REV3 like, DNA directed polymerase zeta catalytic subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566505 | PAWR | pro-apoptotic WT1 regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566745 | MRPL35 | mitochondrial ribosomal protein L35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566850 | LRRC58 | leucine rich repeat containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568077 | CELF2 | CUGBP Elav-like family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576826 | Tgfbr3 | transforming growth factor, beta receptor III | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608870 | NR2E1 | nuclear receptor subfamily 2 group E member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT611997 | VAC14 | Vac14, PIKFYVE complex component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614054 | FAM89A | family with sequence similarity 89 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618800 | SPATA21 | spermatogenesis associated 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619389 | RSPH3 | radial spoke head 3 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622282 | SH3TC2 | SH3 domain and tetratricopeptide repeats 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624026 | EN2 | engrailed homeobox 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626000 | MPEG1 | macrophage expressed 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641792 | USP32 | ubiquitin specific peptidase 32 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651599 | WDFY2 | WD repeat and FYVE domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT659662 | CDC73 | cell division cycle 73 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663010 | KIAA1586 | KIAA1586 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663561 | ASTN2 | astrotactin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669312 | C16orf72 | chromosome 16 open reading frame 72 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT685216 | POTED | POTE ankyrin domain family member D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695757 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697909 | TXNRD1 | thioredoxin reductase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707181 | RPH3A | rabphilin 3A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707214 | TRIM13 | tripartite motif containing 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707478 | SLCO4C1 | solute carrier organic anion transporter family member 4C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT719507 | LMAN2L | lectin, mannose binding 2 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT755814 | PARP1 | poly(ADP-ribose) polymerase 1 | 2 | 1 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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