pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3973 |
Genomic Coordinates | chr11: 36010098 - 36010204 |
Description | Homo sapiens miR-3973 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3973 | ||||||||||||||||||
Sequence | 84| ACAAAGUACAGCAUUAGCCUUAG |106 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | LCOR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C10orf12, MLR2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | ligand dependent nuclear receptor corepressor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001170765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001170766 , NM_032440 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on LCOR | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of LCOR (miRNA target sites are highlighted) |
>LCOR|NM_001170765|3'UTR 1 GAATACTGTAGAGTGCCAATTACTGTACAAACTGGGTGAGCACTACTGCATCATTGTTCAGCTATCATTGCTTGCACGTA 81 ATTTCATTTACTGTGACACTTGCTTCTTTGCAGATTTTGCATTGACTTGTGTGTACAGAGATGAAATGTGCATTCTGAAT 161 GTTGCATATTTTAAATTTTTCATGTGCAGTATGGCTCGGAATATGTTTGGCCTTTTGCATGTTTCTCTACAAAAGAGAAT 241 TGAGTTACCTCACAGAGAACAGATACATGGAAGTGGACTCCTTGCCTGTAGAGCCTGCATGCTTTTTTGTTTTTTTTTGT 321 TGTTGTTGTTTTTTCTTAAGTTATATTTGTTTTTACTTTTTAAAAAAGAAGAGGAAACAAAGCCCCCTTTTAGAAACTAC 401 GTCTGTCATACTGGGAGCTTTATCACTGCAAATTGGAAAGCCATCTTATACAAAATTATTCACATTTTTCATCTACGATT 481 CAACTAATCGAAGGATTAAACTAAAGAAAAAACTAAGAAGAACAATGAACCTTTGACTTTGAGAAATTTGGTTATTCACT 561 GACATAATTATTGGGTCATTTATAGTTACATTTTATAATTTTCTTCTCACTATTAAATTTATTTAAATTAGCAAGCTATT 641 AGTGCTCACCCAGAGGGGAAGGTGGTGGAAAATGTGCACACACTACCTTCAGAAATGCTTCAGTTAATTACTTTGAACAC 721 TACCTTTGCTGTAATTTCATTTGAGATTTTCTAAGGGTAGAATTTGGTCTCACCAACAAGTGAGGATATAGCCTTATCTC 801 ATGGAGGACGAGCTCCGTATTTACTCAGGAGCAGTCAGGGTACATTACATAAAACAATGGAGGATGCCTCATTTTAGCAA 881 ACTAGGTTTCTTTGTATTCTTCAGTCCTTTTACAGAATTGATGTGCTAACTGAATATCATTGCAGCAACTAGACTAAGAT 961 ATTCAAGATCTCTTTATTGGGGATGGGAGAAATAGGGAAAGAAATGTGTATAAGTAATTATGATATTGCAAAAGTGATAC 1041 TTAGATTTTACAGCCTCAGTAGTCTGCCCAGTGTCCACATTAATGAAGGATCCATGTTTGTAGTGAGAGAAAAAAACCCC 1121 AAGGTAACCCGATATGATTTAGGATGCATATCAGTTCTAACAATTCAATCAGAAGTCAAGCTCATTGGAATTCCTTTTTT 1201 AACTGATCCAAATACTAGTAGAAGGGGGAGGGAGAGGTGTTGGGTTTTTTTTTTAAGTTTTTATTTAATTTTGTTGGTTA 1281 GAATTTTTTTCTGTTTTTGGCATCCTACATAATACCCCCCTTCTTGACTTTTTCTGATAATTAGCTGATATTCATGGTTG 1361 TTTAGCACACAGTTCAGGACCTTTGAGATCATGTTTGTATAAGCACTCCTTGAAGAATATCTAAGCTTTTTCTGAGATGG 1441 GCTTTTAAAATTATAATAAGGGAAGTTTATTTTCTGCGGTTTTTGCAAGAATAAGCAAAGCCCATGGAATTTAATTTTTC 1521 ATTGTGATCAGATTAAAATTACTATTTGTGCAAAACAAATTCCACACCACATGTACTGTATATTCTAATCTGCTGAGAAA 1601 GGTGGTCAGGCCCTTCTAAATGCTTAACCAAAAACAAACATTATTGGAGTTTCAGTGTAAAATAAAATTAAAATTGGAGG 1681 GTTGGTTAGATTGATTTCAGATGGATACTAACAGTTTGAGGGGAGGTCCAGATATTTCCAAGGCATAAATTCTTGCCTGG 1761 AAACTTTGGAGCAATTAATTAAATTAGGTTAAGTTTTCCCTCAGCAACCTGTGTGTTCAAAGGTTAGGCACACCATTGCT 1841 GTTACTAAAATACATGCACTGCTCATTCTTGACATAGCTTGGGTGTGGGTTCCTCTTGTTTTGGTTATTTTGTGTAGCAG 1921 TTTAATCAGTGGATAACTGAGCCTGTTTCCTCTTAGCTTTCTAGACTTCTTAACAGAAAAAACAGTTTGGGTTCAATAGC 2001 ATTTTATGATTCTACAATATTTTGTCACCTAGCTGGAAGTTGCAATAAAAATTCCTTATGAAATATATGGTTTTCATCTG 2081 TAATTGAAGGAAATCATAGAAAGTTTGCTGAAAGCAAAGGGCTAAGCTTATGAAGGAATGCCTCCTTTGTTACACACTCA 2161 AGAATTTGTCAGCACACAATTAATTGCAGCCATAGTACCTTTTTGCGTAATGTTTGGGATATTCAGTAGCCCAGGATTGC 2241 TACAAAAAGGTCCTTTGAGAAAATTAATTTGTGCTTGCTTTTATCCCCTCTCAGAAAGACATCACTAAAGGCCCATTAAA 2321 AATCTGGCCCTAAAAGTTCAACTTTTGTAGAGTTTATTGTTCAGAGAGGTTTAATCCTATGTGGTAGTCTATATAAGTGA 2401 TGTATGAGTTGAGTTATGTAAATTTTGTCATTGTAGTGTACATGGAGTGATCATTTTACTAACATAAATATTTTCTATGT 2481 GTGTTTCAGTGGATGACAATCGAGCAGCAGAAGAATGGTGTGCCTACCCTTTAATGCTGCAGTTTAAGAGAACTTGTATT 2561 GTGTCATTTCAGATTGTAGGCTGAGAGTTGTAAATAGTGAAAATTTGAGTACTTCTATTATTTGTTTTGGTTAGAAAGTG 2641 AATTTAAAAAACAAACCAAACTCTAAACTTTCTCAGATTAAAAGTCCTGAGACCTGAAGATTGTAATATTCATGTCTGTG 2721 AAGCTTTTAAACATTACACTTGAGATCAGTCATGACTTGATATTCAGGTAAATTTTCTTTTCCAAGAAGCTTTTGAATAA 2801 GCATATTTCCTCCAAAGGTCTCTCTCTTTCTCTCTCTTTTTTTGAGTGTAGATTATTTTAAAGCACTAATTGCATTACAT 2881 TGGTAACTGCAATATAAAATAGCCATTATTGTTTTGTGAAGCATGGTTGAAATTAGCTAGTGGTCCCTTTTGAATTTCAT 2961 GAGCCTCTCAAAAAAGAAAAACTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAGCTGCTGGAATATTTCAAAAGATATATAT 3041 TTTACCTTATTATAGGTTTTGTAAAGTTAGTTTGTAATATTCAGGTGCACTTTTAATGTTAAATTTTGTGTTCAGAGTTC 3121 CATTATACCATGTATTTCTCGGAGGTGGCTCATCACACGGCTGGTGGCAGTCTTGGTGCCGCAGTGATTCCTTAATATTT 3201 GATTTCTCTCTTGATTTGCCACTATTCTGTATTGGCACTTTCAGTGTAGATATTCTAGTTTGGGGATGTCCTCACAATGT 3281 GTAATAGAGATTGGTCTATTAGCATGCTTAATTTCTGCTAATCAGAGTTTTGCATGGCCCAAACAACAGTTGACCATTTT 3361 TATGGTATGGGAAAGTGTAGTTCACAACTGTCTTTGTCACGAAAGCCGTTTTTCCTCACATTTTCCAGTAGGCAGATAAC 3441 ATTACTTAAATTATTAATATATAACACTCTTGGAACTATTGATAGGAAATAATGTATTTAAAATAATTTTTTGCATTTTC 3521 AGAGACCTTGATGTTATAGGGTAGATAAGCTATGGCACTATAAAATCAAAAACACTAATTCTGTGGAAGGATATCTAGTT 3601 GGTATTTTTATCTTTAGCTTTCTCATTTCTGAGACAGCATAGTCATCCAGCTTGATGGTAATGTAGTATATTACTTTGTT 3681 CAGTGGGCTTATAAGTGACTCTGAATTATGTTTGTGATGAGCTATACACTTTTTTTCTGTTCCCCAAATACCATGAAGGA 3761 CAAGGTCACTCTTTCAGGAAAAATAATTTATATTTGTGTATAATACTTTTTAATATTAAGTTTGTTGTTCTGAAGTTTAG 3841 ATGTTGCTTGATAAACCTTTGCTGCAGCAGATCATGAATATGAGTAAGGCTTTGTGTGATAATAGGGGTCCTTATGTGAA 3921 GTTAATTACTGTTCAGTTCTGGTGAGCAAGCTCAACAAGTGTGAAGTGTGTATTAGCTTTATTTGGTACACTTTTACTTT 4001 ACAATATCGAAGTGCTTTTAGAACTCTGGTTATCTTATATAAACCATTACCTCAACCAATTGGCATTTCTTTTCCCCAAC 4081 ATTTACCTTAGCTATAATATGAGCTATGTGGGATCAGATGGTAAAACTATAAAAGGCACAATGAGAAGTTTAGTTCCCAA 4161 GTTTTGGAGAGAACTCTAAATTAGACTAAAAACAACTACCTGTTAACACCAATATCATAACTACCTTCTGTCGTTAGGCA 4241 GTACATAGCAACCTTTGAGCTGCTAGTGAGCTATCTGTTCTCCCCCTACCCCCAAGTAAGCACACAGTGCCAGGCCTGGT 4321 TCTAAGCCTTTGTGATTCTCTTACATCTCATTGACCCATAATAGTGAAGCATGGATTCATTTATTTTCATAAGACAAATT 4401 GAGTCAGCTCGATGTCAGAAGTTGAAAATATTTTGAGTAGTTTAACAGTTATATGAGAGATTGGCATCATTTTCTTTAAC 4481 AGCTTTTATCTTTGTAGATTTCCTTTTGAGACATGTATTTTTGCTTTTATAATCCTTTCATTAAATGCCAGAGGTTGTTT 4561 TCATATTAATCACTCTTTTCTGTATATTCAGGTTGCTGTCATTGGTGATAGAATATGGCAATAGACAGAATTGTGCTCCA 4641 CTTTATGTTTTTTAGGAGATATTGAAAGTTATAGGTTAAATTTTGGCCTTCTTGAAGATATCAAAGATTGTTTTCCTTGT 4721 TACCTTTAATTAGAATTTGGTCTTCATTAATGCTTTGGTCAGGCTAGCATTACTAAAAACTTGATGGCTTCAGCAGAACA 4801 GCCCGTTTAGGAGACTATTAAGCTATCTAGGGATTTTTTTTCAAATTAATTGCTTTCAAAATCTGAAAAGGAAAAAAGTA 4881 TAATTGTGGTACAAAGAAGACAGATCTCCAGGCTCTTTCTTCTCAGTTTATTTTGGTTTAATTCTGTACTGGAGACTTGA 4961 ATAGGATTTGTGAACATGGTGATGGAAAGAAAAATAGAGGACATTATTTGTGTACCCTCATTCCTGAATAATCTTGCAGT 5041 CACCTTTTAAAGAAGCAGACATTAGCCCTGTAACACAACACTGTAGCTATAAACTCTAAGTGTTAGGAAGGAGATTGGGG 5121 TGGGGAGGGTGGAGTAGGATGGAAAAAGCATGTAGACTTCTGAGAAGAGGCTAAAAATTCTGCCCTATAATACTAAAAAT 5201 GAGTCACAAGATAATGTGGTGAAGTTAGGCCATCTTGATTTGATAGAAAAATCTTTTACATTGTTTAAAAATGAGAATCG 5281 AGGCTAATTAATGTTGATTTGACAATAGAACATGAGCTAATTCTGCAACCGTTTGGGGGGTAATTTTATGGTTTCCAGTT 5361 CATTTAGAGCTGTATCAAGAAAAGCTAAAAAGCAAGCACTTTTAGTTAATCATAGATTTATTGGATATAGCAAATATTAT 5441 TATAATATTTAATCTCTATTATTTGAATGTGGAAATGAACTCTTTTACCCCATCTTGAACTGTCATTGAACATGCTCAAG 5521 ATGATCAACACTGGAAATGACCCTACACACATACCAAAAAAATCTAAAGCAGTAAGACATATTTGAAGATCCATACCTCT 5601 TAAACTTTTTAGATTTGTCTTGGGAAAGAATTTATGAACCTGTAACCAGTATTAGTGCAGTCTTGGGTTCCTTGTTCTGC 5681 ATAATTGCACCCTTTCTCAGGTATGTCCTGACAACATAAATTTTAAAATAATCTCATTAGAGATTAGATTCTCAGTGGAT 5761 AGTGTGTAAGGGGACTAGGGGTGGGGGGTTGGGGGTAGTTGGACACAGGACACTGACACAGTAGAGCAGGGATTTTTAAC 5841 AGTCAATAGCCAAATAGAATTTCAATCTAGAATATTTTTACCCCCTCAGAATGAGTGAAACAACTTCTATTATTTGGTGT 5921 ACCCGGTGCTACACTCCTAAAAGTCTTTTTTTTTTTTCATCCAGGTGACGTTTTTTATTTTTCCTGCTTGGTGGTGGAAG 6001 GTTATATAGTAAACTTCACTGTCATTAAGAAAGCGCTTGTCCAAAATGTTTAAAGTACTAGAAAAGGGATAATTCAGCAC 6081 TTTTTCTGTTACAACACTAAAGTCTTAATTTATCTTCAGAGTCTTAGGTACTGTAAGTTTTTGGATGATTATTTAAAAAT 6161 ATAAAACATACTACATAATATGGGGTCAGATCACATTTATATAAATAATTCTTATTTTAAAAAAGACAATAACATTTTGT 6241 ACCTTTCTAGCAATTCCAAGTGATTGCCTCATTTTCTCTTGTTAAGCATTTCAAGCTTAAGAATTTGGAATTTGAGAGAA 6321 GGTGAGGGGGAAAATTCCCTAAAATAAAAATTTGTTTCAAACCATTTTAGAAAAATAAATCACTAGGAAAATAGGTAGGG 6401 ATTCTCTCCCCCTTTAAGTCTTCAGGGAATGAGCAGTATTTAGAATCTTTGGCTGAAATTCAAGCCTTTTTACTTTGTAA 6481 ATTTTTAATATTAATTCACTGACATGCTTTTTACACCAGAGGACTGAAAATGGATCTTAATGTTTTTAAGTTGTGGAAGG 6561 GTATATTTCTAAAATGAGGGGGGATGATTAACTAGGTTAGTATTACCAGCATTAGTAAGTTTAAGGAATTTTAGTATGTA 6641 ATAGCAAAGTGTTTGATTAAAAGTCTAATCCTATATTACTAGTCAAAATTAGTTACATTCTGATCTAGGAAAGATAATAG 6721 TCATTGGATATTGATATGCTGTGCTGTCAGAAAACCAGACTAAGATAGAAACCTTTATCTGACTCCCACATGTTGCTTGT 6801 TGTGATGGGATGTATACTTTACAGCAGCTTATTGCTGCTTTGAAAAAAAATGTATAAACTATACATTTGGAGTGTTTGCA 6881 TATAATTCTTTATAACCTCCACTTAAAGCTGTCAGACATTGGTATTTTATCAGTCCACATTGTTGAATAAAACTAATGTT 6961 CTTAGGAATCCAGCTTGTACACACTGTTTAAAAACCCTCAGGGACAGTTTACACACTCTTCTCACTCAATTCAGGTACTT 7041 TGATGCTATTCTTAAACCTAACAGTGACTTGTATTTTTCTGTTTTGCTTTTATTTCAACGTGCTGGTAGCACATCTGATG 7121 AATGTCAACTTAAAAAACTCAGTTCAGGTATCCAGGTATAACTCAGCCAAACAGATTTTAAAGCTGCATATAACTCTCCA 7201 GCACATGGTGCCTCACACTCTTATAGTGGCATTCTATATATTCAGTTATTACTACTGAGCAGATAATATGGGGGTTCCTG 7281 TTAACAGTGTATTTTTTAAAAAAAGCGCATAAATGTATAGCCAGCACACTACACACACACACACAAACATGCACAGTTAA 7361 ACTATATATTTTTAAATGCCACTAATAGCCAGCACAACTAAAACAAAAGACATTCCTAACTGCTCTGTAAGCTGTTAACA 7441 GATGCAGTTCCTTCTTGATGTGGCTCTTGCTTCTTCACGATAACTACTACTAAATTCAAGCACTGGTCCTTGGGTGTCTG 7521 ACCTCTACATTCTAGTTTATGCAATGTCTTTAGAGAATTTTGTGCACTGGCCACTGTGATGGAACCATTGGGCCAGGAGT 7601 GCTTTGAGTTTATCAGTAGTGATTCTGCCAAAGTTGGTGTTGTAACATGAGTATGTAAAATGTCAAAAAAATTAGCAGAG 7681 GTCTAGGTCTGCATATCAGCAGACAGTTTTGTCCGTGTATTTTGTAGCCTTGAAGTTCTCAGTGACAAGTTTTTTCTGAT 7761 GCGAAGTTCTAATTCCAGTGTTTTAGTCCTTTGCATCTTTAATGTTAAGACTTGCCTCTTTAAAATTGCTTTTGTTTTCT 7841 GCAGTACTATCTGTGGTTAACAAAATAGATTATTTCTCTGCTTTAATATTTGATATCTTACATCTAAAATAAATTCTCTC 7921 CACATATAAAACCCATAGCCTTTGGAGATATGGAAAATGGTATCTTTCAGATTTCTAGAAGTTCAAGTGTCATACAACAA 8001 AACAGGAACCCCCTTTACTCTTATGGACCTCATTTCAATATACTGTTTACAGTTTGATGGAATTGTATAATTTAATATTT 8081 CTCTTGTACTGTAGTTTATATTTATTTACAGATTTTTTTGTACTGTGTGATTTGAACTTTTTGTTCCTTGCTATGATCAA 8161 TGTTTATGTAGTAGAGCACTTATGATCACAAATTAAGTTTTTTGGTTTGATTGCACTACATTAAATTTTTTAATGCAGTT 8241 CTGATTTTTGACTGGACTAAAACTGTGTCTTAATGTATGTGATGAGTACTTAAAATTTTAATCCATGTGGTCCCCCCCCT 8321 TTTTTTTTTTTTTGCATTGTATGTCAAAAGCGCTTGTTCTTTCGTGCATGTGTAAGATTTAATGGTTCCATTGTATTATT 8401 TGACCATGACATTTTGGAGAAACATTCCCAGCTGTAATGTTGTGTATGGTAGTTCTCACTGGATGCTAGAGTTTTCAAAA 8481 CCACTATTCTTCTAATAAATTTTGTTGTGAAAAACTGTTAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HEK293 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903833 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_a |
Location of target site | NM_001170766 | 3UTR | AUGUAGUAUAUUACUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903834 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_b |
Location of target site | NM_001170766 | 3UTR | UGUAGUAUAUUACUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_001170766 | 3UTR | AAUGUAGUAUAUUACUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 4 for dataset GSM4903836 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_a |
Location of target site | NM_032440 | 3UTR | AAUGUAGUAUAUUAC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 5 for dataset GSM4903837 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_b |
Location of target site | NM_001170766 | 3UTR | UGUAGUAUAUUACUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 6 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_001170766 | 3UTR | UGUAGUAUAUUACUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 7 for dataset GSM545216 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000371103.3 | 3UTR | UUAAUUACUUUGAACACUACCUU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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