pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-3123 |
Genomic Coordinates | chr1: 241132272 - 241132346 |
Description | Homo sapiens miR-3123 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-3123 | ||||||||||||||
Sequence | 49| CAGAGAAUUGUUUAAUC |65 | ||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||
Experiments | Illumina | ||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | KDM5A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | RBBP-2, RBBP2, RBP2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | lysine demethylase 5A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001042603 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KDM5A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KDM5A (miRNA target sites are highlighted) |
>KDM5A|NM_001042603|3'UTR 1 CAGATGCTTGGTTAGTTTGGGACATGGGGGGACATGGACCACATTGAGACCTTAGTCATCAAGTAGAGTGGTTTATATCC 81 ACTTGGAATGTTGCTTCCAAAGATGAATGGCCTTCAGAGAAAGTCCCCTTAGTGCTGGCTTCCTCTTTGCATGGACTCTG 161 TGGGTTACATTCTCTATCAACATATCTATGCAGAGGGTGTCTTCTTTGGTACAACAGCCAATATTTCATGTCTCCTTTGA 241 GTGTGGTTTACTGCATTAAGGCCAGATGCTTAATTGAGCTCTAGGGTGGCTGGTTAGTATTAATACATTGGTGTGCTAAC 321 AGGGCATATAGGATGTGGCTTTTGTCCAGCTGATAGTAGTTAGAGGCTTACAACTTAGGAGCAGCACCAACTGAAGGTGC 401 TAATTGCTTGGATCTCCTTCATTGGGATAGTTGGAGAGGGATTGGAGTACCACTTTCCTTCCACTGTTACCTGGTACTTA 481 ATGCCCTAAAGATACAACTAGGAGTAACAGGGCCAAAGTTATTTCTGTTAGACGTCAAGGAATGGTATCACAGTCTATTG 561 ACCTCAGCGATTTGTGCTTGTTTGTGCTAGAAGAACATCCCAAATAGGAGAACCTCTCACAAGCTGGGGCAGGTCACCTT 641 ATCTTTGTAAGATGAGGATATCATCTAGATCAGAAATCTGACTAGATTGGATTCTGAGGAGAAGAACCTACTACAAGGCA 721 AGGAGCCGTTTTTTGGCTTTGAAAAGTCTTGCTGTCTTGGGTCTACATTTTAGGGAAGAGCAGGTACATGGATCCAGGCT 801 TCTGCCAAAAAAAAAAAGAGAAGAAGATGACGATGATGACCAGTCGTACTATCTTACTGAGCCACAGTGATGCATGCTTT 881 TCGGGGAAAACTTCATTCACAAGTATTCCAGACACCAGGCTTCAGGCATGGCCATGAGCAAGACCAGCAAATAACAGCTT 961 TTTGCCTTGCAGCCCTGACCCCAATGTCTGCTGTTTCCAACACTGGTGATTTCTAACTACGGCCCACAGCAGATGCTGTT 1041 GAATAACACCATGGCTTCATCAGAGGATGTGGGGTTGTAGTACCTCTGGGTGATGAAGTTGTTTTAGTAAATCCATTTTT 1121 AAAAAAAAAAAAGGACTTGTTTTTACTTTTTTCTAAATGTCTCTGACTACTGACTGTTCTATACATAGATTATTTTTCCT 1201 TTTTTAATATACATATATGAATATATAAATATATATATTTACTGTTACCAGCAGCATATGACAGAGTTTCAACATCAAAA 1281 ATCCATTTGGGGGCTTGCTTTTTCTTTTTTGCTTTAAAAAAAAAAATCCCATTCCTTCTTTGTAGTACAAGGAGTTAGCA 1361 CTCCCTCCTCCATCCCAGCCTGACCAGATCTTCCATTTTGCTTTTGTTCATATAGATAATTATATGTCCTTTGTGTGTTG 1441 GGACTTGTCCCTGTCTGTTGGGAAACTTGGTCTCACTCTAGTCTGTGCTGGCTCTTTTTTCTTTTGTGTGTGAATGTTTG 1521 AAACTATGGTGCTGTGTCCTCTTCCCTCCTGTTGTGTTCTCTGTTCTTCTTAAGGTATTAGGTAAGCTGTATGTAAACTC 1601 TTATTAGAAGGGGACTAATTTTTTTTTAAAGGACAAAAAAAAAAATGACTAAAAATAGTGTTTTGTCATCACTGTCTGGT 1681 GTCTTTATTTTGGTTTAAAAAAATCTGTGGTTTGACTTAAATTCATCAGTTTTCCTTTTAAAGGGGGGATTGGGGTGGAC 1761 CTAGCAACAGCTTATAGTTTCCTCTTCCCTTTTTGCCCCAGTCTCTTTTAAAGAACTGTCTTCTAGTAACTAGAAGTGAA 1841 ATGTACTGTCCAGTTACAGTTTGAGTGGGTATGAGATTTAACTCAAAAGGAATCTTACAAAAAAAAAGATGTTTTCTTAT 1921 AAAATCCAATTTCTGTAAATGTTTTCTCTGAAGTTCATACTACCTACTTTTTATTCATTCTTAATACTGTATAACATTTT 2001 GAGTGTTTTGACTTGTTCAGAGGTTTGTTAGTGTTGCTGTGCATATGTCTTGAGGTCTCATCTGAAGTAAGTTTGTGTAT 2081 GATCGAAGATTTCAATGGATATTGCAAGGTAACTAATTAACTGATTTCATAAGTTTTCGTTTTGCCAAGCTAACGATTAT 2161 CAATTAAGAATTTCCTCTGGTTGATGTTATACAAGAAAGCACAATATTTTTTGCCTGTTGATCTTCTTTGTAACAGTCTT 2241 CAGATATTTGTGGGTTAAAAATTGAATGTAATTTTAAGTGACAGATGCCTGGAATACATTTAAAATTTTTATTTTTCCTT 2321 CCTAATCATCCATTAACTATTCCACTATCAGTGGAGAGTCATGAGGATGCTGAGAAAGTATGAATAGCTTCCTGTCACCT 2401 TCTGACGTTTTGAAACTTAAATATGTCTTTTCGTTGATACTGTGGGATTTTCTGTATTTACTTGACAGTCATGGAGGATT 2481 TGGTATGACTTGACCACAGGTTTAGACCAAGGCTGAGAAGAACAGAAGGGAGAAATTAATGGCAAAACAAAAAATACACA 2561 AATCTGCGGTTTTGGAATTAATGAAACAAGATTCATCTATTTAAAGAAATGTTGGTGTTCTAATACAAAGCATTATTTTC 2641 ACTTAGAGAAAATTACTTACTTGCTCCCTTCTGTATTGTAATATTTTGTATTAAGACATGATTTAAAATGTCTTTCTACC 2721 CTTATCTCCTCTAAACTGCAACTGAAGTTGCAATTCTTCATCATTAGTATTTTAACTCTGGCAAAGGTTATAGAAAGAAA 2801 AATGGAAATATGGTAGGCCTGTGGTATTCTTAAAAGCTAAGTCATTAGAACTATGCAGATCCCCAAGTTTAAAAGTACAA 2881 ATACAGCACCAGTAGTTAGCTTTCTAGCTGGGGGAGAAGACAGGAGATTTTTCTTCCACAGATGTTTATTTTGCTTCCTG 2961 ATAGGTACTGCAGCAAAGCCATGTTGATGTGTAGATGCATGACTTCCTCACTAAGCTGCTGCACACCAGCTTTGCCTGCA 3041 TGATTCAAATTTGTGCCTCAGTAAAATTATAAATTATTGCATGTCATACCTTGAATAATGGAAACGGCAAACATTAAACC 3121 TGTGATTACCCATAATGTACTTTAATAATAAAAAACATGGCAGCCAGGTGCAGTAGAGTGCACCTGTGGTCAGGAGGCTG 3201 AAGTGGGAAGATTGCTTCAACCTGTGAGTTTGAGTCCCGCCTGGTCAACAGCGAGACCCCATGTGTCTGTCTGTCTCTCT 3281 CTTTTTTTAAAGGACAGAGGCTAAGCTGTAAGGTTAGCATGGTTCTGCCTGGGCTTTGCTTCTGTGCTTCTGTGCAGGCT 3361 GAGCTGTAAGGTTAGCATGGTTCTGCCTGGGCTTTGCTTCTGCGCTTCTGTGCAGGCTGAGCTGTAAGGTTAGCATGGTT 3441 CTGCCTGGGCTTTGCTTCTGCGCTTCTGTGCAGGCTGAGCTGTAAGGTTAGCATGGTTCTGCCTGGGCTTTGCTTCTGCG 3521 CTTCTGTGCTAGCAGGTGCCCACAAAATGTCTTTTTGAATTTCTTAATTTTTGGGTTCTGGATGCAATTCGTGCACGCCA 3601 AGAAACTACTTGCTTGTCAGTATTTTAATTCTGTAGTACATGTGTGTGAATATCAGCCAGTACTTACAGTAGGAGGATGA 3681 ACAGAAAAACTGAGAAGACCTGTCTTTCAAAAGATGGGTTTATCCACTTTTTAAGGGAAAAAGTGACAGTTTGGCATGGG 3761 ATTTGAAAAGTGGAAATTGTGGAAAAATTGAGCTGTTGAAGTCCCACATATAACCAGATTTAATAAAGCTTCACATGTGA 3841 ATTAGCTCCATATGTGTGTAGAAGGTTGCTTTTATAGCAGGTCCTTAAGTACTCCTTTTGAAATTCCTCCTTTTTTTTTA 3921 AGTCATACCATTACTTCTTTGGATATGAATGTCCCAAGTGGTATCTCCTACTGTAGTATGAGGAAGAATGGCTGTTAATG 4001 TATTTTTTGAATTTTGGTCTTGTCTTGGCCTGGATCATATCCAGTCACCACTATGCAACAAATGATGTGCACTGGGCAAG 4081 GATATGATGGGTTATGAAAGCTGTATCTTGTTTGTTTTTTCTTTTGCAGTACTCCAAGTGGTCTAAACAGGAATGTCTTG 4161 TAAAACCTCAAGACTCCCTATTGATTATTCCCTTACATATTTATTTACAATTTATCAGGGTAATTGGTGGTGCCTTATGA 4241 AAAGTATAACTCGATTTCTTGATCTTTGAGCATGTTTTGTGTTTCTTGTGTTTTCTAAAAGAATATTAGATATGGTTAAT 4321 TGCATTACATCTAAAAGATTTAAAAAATTGTGTGTATGCTCAGGTTCCCCACACCCATACCCACCCTAACCCCTGTCATT 4401 TACATTGGTGGCAACTTTAAATGGTAACCAAGCAAAAGTACATTTTGATAATGAGTATTGATAATCCTGAGGAAAACTAG 4481 TGAGTATATGGGAGCCACCTTTGACCTGTGCCAAAGCAGTTTCTAATTTCATTTGCTAACTATAAAATAAAGAACTGAGC 4561 CAAAATAATTTGATCAGTGGTGTGATTAGCCTATTATCATTGCTGAGAATAGTGTTTTTGGAGTGTGAAGTGATTCCTGA 4641 AGATTTCACCTGCCTTCTGTTTCCAGCAAGAATCCAGTGATGACCAACACATTTCCTCACTTTTGGTTCTTGAGAAGTTT 4721 ATCCCTTTGCAACAAACCATTAATAGGGAAAACAAGGAAATGCTTTCCCTTTCTCTTTGGCTTCTTAAAGCTCACAACCA 4801 ATTCAGACCCCAAGTTACTTCAGAGAAGCAAATGGCACCTTTTCCCCATTGCCAAGGATCCCAGCTTATGCAGATATGAA 4881 GGACGGATCATTTCTGAAAATGTTAAGACTCTGCTTGCAGTGGACTTGGCCTCAGTTTCATGAAATGTGTAACTCTGTAT 4961 GTGTATGTTAGGAGGAGGGTTGGTTGAAAGAGCGGGGGCAGGGAGGGGAATCTGATTACCTCTTGGGAAATAATTTTCTT 5041 GCCAACAAAAAGATACACTTGAAGTTTCTTAAGGTGGCAAGTCCATTAAAAAAAAAAATTGTGTTGGACCCTCCCAGTTT 5121 AGATCAAGTATTTCTTGGGGGTCTTGCTATTGTGGTTGATACCAATAAATGGAAGATCCAGAATATTTTCATTTAAAGCT 5201 CAACCATTAATTGGAACATGGTGAAACATTGTACACATTGTAAAAGTAGGGAACAGTACAAAAGAATGGAATCAAATACT 5281 ATATTATGTGAATAAACTAGAGTGATTTTGGAATTTCACTCTCTTCACCCCTTCTCACTTGTATGTTCTGTAAAGTGTAT 5361 TTCTACTTTGGTAGGAAGAAAGACTTGATTTAATATTTC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | BC-3 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796039. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
PAR-CLIP data was present in GSM796040. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796039 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000399788.2 | 3UTR | UUGGCUAUUUCUCUAGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM796040 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000399788.2 | 3UTR | UUGGCUAUUUCUCUAGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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113 hsa-miR-3123 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT058369 | TBCEL | tubulin folding cofactor E like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT059816 | EFNA1 | ephrin A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT066850 | TMEM19 | transmembrane protein 19 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT071503 | CALM1 | calmodulin 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT073758 | NUBP1 | nucleotide binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT074324 | TNRC6A | trinucleotide repeat containing 6A | 2 | 10 | ||||||||
MIRT094805 | LMNB1 | lamin B1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT099173 | MAP3K4 | mitogen-activated protein kinase kinase kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT099545 | ID4 | inhibitor of DNA binding 4, HLH protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT122643 | E2F3 | E2F transcription factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT180918 | RPRD2 | regulation of nuclear pre-mRNA domain containing 2 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT192844 | BLOC1S6 | biogenesis of lysosomal organelles complex 1 subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT224984 | BAG4 | BCL2 associated athanogene 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT246065 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT357085 | PRRC1 | proline rich coiled-coil 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT378170 | C5ORF51 | chromosome 5 open reading frame 51 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441636 | KDM5A | lysine demethylase 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441802 | BCAS1 | breast carcinoma amplified sequence 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443019 | C21orf91 | chromosome 21 open reading frame 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443445 | SERPINB4 | serpin family B member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443661 | SERPINB3 | serpin family B member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443776 | STS | steroid sulfatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444663 | TSPAN14 | tetraspanin 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444924 | KIAA1522 | KIAA1522 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445378 | FOXO1 | forkhead box O1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT447920 | PAIP2B | poly(A) binding protein interacting protein 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449202 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT449713 | TSPYL1 | TSPY like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450403 | TMEM47 | transmembrane protein 47 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT450787 | PAPOLG | poly(A) polymerase gamma | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451381 | C19orf43 | telomerase RNA component interacting RNase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452507 | WDR1 | WD repeat domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT453264 | PARP11 | poly(ADP-ribose) polymerase family member 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454642 | FAM83H | family with sequence similarity 83 member H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT455513 | C6orf106 | chromosome 6 open reading frame 106 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT456709 | LDB1 | LIM domain binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT457231 | AP3D1 | adaptor related protein complex 3 delta 1 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT459235 | MRPS21 | mitochondrial ribosomal protein S21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT460553 | IFNAR1 | interferon alpha and beta receptor subunit 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT461424 | CTSL2 | cathepsin V | 2 | 3 | ||||||||
MIRT462869 | CYP51A1 | cytochrome P450 family 51 subfamily A member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT467178 | SPTY2D1 | SPT2 chromatin protein domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469233 | RHOBTB3 | Rho related BTB domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT474125 | LIPC | lipase C, hepatic type | 2 | 2 | ||||||||
MIRT475509 | HSP90B1 | heat shock protein 90 beta family member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT478134 | DHX36 | DEAH-box helicase 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT481326 | ATP5A1 | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial F1 complex, alpha subunit 1, cardiac muscle | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482003 | AMOTL2 | angiomotin like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482230 | AHCYL2 | adenosylhomocysteinase like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483436 | RHOXF2B | Rhox homeobox family member 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT483824 | ZC3H12B | zinc finger CCCH-type containing 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492051 | TNFSF9 | TNF superfamily member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494114 | DLX6 | distal-less homeobox 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498882 | ZNF12 | zinc finger protein 12 | 2 | 10 | ||||||||
MIRT499674 | NPHP3 | nephrocystin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT506932 | IGDCC4 | immunoglobulin superfamily DCC subclass member 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT509461 | ZNF587 | zinc finger protein 587 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT510048 | AKR1B10 | aldo-keto reductase family 1 member B10 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT514807 | NWD1 | NACHT and WD repeat domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515217 | CRCP | CGRP receptor component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515486 | INCENP | inner centromere protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517765 | ZNF366 | zinc finger protein 366 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT518216 | TRMT10B | tRNA methyltransferase 10B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519602 | ZNF805 | zinc finger protein 805 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT523570 | GGCX | gamma-glutamyl carboxylase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525795 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533055 | ZBTB37 | zinc finger and BTB domain containing 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534218 | SLC37A3 | solute carrier family 37 member 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT535633 | NR2E1 | nuclear receptor subfamily 2 group E member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535863 | MRPL17 | mitochondrial ribosomal protein L17 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536344 | LEFTY1 | left-right determination factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT537923 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543114 | SKA2 | spindle and kinetochore associated complex subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544717 | ZNF529 | zinc finger protein 529 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544847 | BASP1 | brain abundant membrane attached signal protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT545536 | ARF3 | ADP ribosylation factor 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT547124 | PHLPP2 | PH domain and leucine rich repeat protein phosphatase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548070 | GIGYF1 | GRB10 interacting GYF protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548446 | EIF1AX | eukaryotic translation initiation factor 1A, X-linked | 2 | 2 | ||||||||
MIRT548626 | DAZAP1 | DAZ associated protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT550259 | FAM120AOS | family with sequence similarity 120A opposite strand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT551940 | AKAP8 | A-kinase anchoring protein 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT552511 | ZIK1 | zinc finger protein interacting with K protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT554015 | SPIRE1 | spire type actin nucleation factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT556647 | KPNA2 | karyopherin subunit alpha 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559744 | ACOX1 | acyl-CoA oxidase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT560393 | TMEM254 | transmembrane protein 254 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562234 | HMGB2 | high mobility group box 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563325 | ORC4 | origin recognition complex subunit 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563697 | RPS26 | ribosomal protein S26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565066 | USP25 | ubiquitin specific peptidase 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565349 | TMED2 | transmembrane p24 trafficking protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565624 | SLC31A1 | solute carrier family 31 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566379 | PNISR | PNN interacting serine and arginine rich protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567575 | FEM1C | fem-1 homolog C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569383 | DDX20 | DEAD-box helicase 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570037 | FAM228A | family with sequence similarity 228 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573269 | DCAF10 | DDB1 and CUL4 associated factor 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573912 | PARP1 | poly(ADP-ribose) polymerase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT620034 | ST6GALNAC3 | ST6 N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635606 | ZWILCH | zwilch kinetochore protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644413 | FRMD6 | FERM domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652528 | TM9SF4 | transmembrane 9 superfamily member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656238 | MFSD6 | major facilitator superfamily domain containing 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661373 | DYRK4 | dual specificity tyrosine phosphorylation regulated kinase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662530 | PNPLA4 | patatin like phospholipase domain containing 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675551 | MALL | mal, T-cell differentiation protein like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT693650 | ACBD7 | acyl-CoA binding domain containing 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696348 | SLC35D2 | solute carrier family 35 member D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705815 | AKNA | AT-hook transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707632 | TARDBP | TAR DNA binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717902 | COPS8 | COP9 signalosome subunit 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723626 | SOBP | sine oculis binding protein homolog | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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