pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4480 |
Genomic Coordinates | chr10: 12578753 - 12578823 |
Description | Homo sapiens miR-4480 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4480 | |||||||||||||||||||||
Sequence | 44| AGCCAAGUGGAAGUUACUUUA |64 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | MAPK8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | JNK, JNK-46, JNK1, JNK1A2, JNK21B1/2, PRKM8, SAPK1, SAPK1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | mitogen-activated protein kinase 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_139046 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_139049 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MAPK8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MAPK8 (miRNA target sites are highlighted) |
>MAPK8|NM_139046|3'UTR 1 TCAATGGCTCTCAGCATCCATCATCATCGTCGTCTGTCAATGATGTGTCTTCAATGTCAACAGATCCGACTTTGGCCTCT 81 GATACAGACAGCAGTCTAGAAGCAGCAGCTGGGCCTCTGGGCTGCTGTAGATGACTACTTGGGCCATCGGGGGGTGGGAG 161 GGATGGGGAGTCGGTTAGTCATTGATAGAACTACTTTGAAAACAATTCAGTGGTCTTATTTTTGGGTGATTTTTCAAAAA 241 ATGTAGAATTCATTTTGTAGTAAAGTAGTTTATTTTTTTTAATTTCAAGTGATGTAATTTAAAACCTAAGTTGTGTTTCA 321 AAACAGCAACAAAACTGTATTGTATTTTTTTTGCTGTAATTAACTGTATAATGTAAACCTAATTATTTTATCATGGTTTA 401 AATTTTTTGCATATTTGCTTTATCTTATGCTGCTGATTTTTTTAACTGAATTTGTAAGATTTTGTTTATCAAAGCAACTA 481 TTATGTGGTGACTTGCCTATATCATGAATTATTTAAGATTTTTATAGTTTTTTTTAATTAGAATTTATTTCAGATGTTTT 561 GTTCATGATACTATCCTTCAGGGTTATGTGCTTATCAATGAAATAACCCCAGAGGAGTGAGGGAAAATAACTTGTAGCCA 641 GTTATATTCAGGAATAACTACTGTAAATGATGAACGTGTTAGGAGACCTCCAATATTTGCTACTTGCCAATCCTAATTTA 721 GTTACAAGAATTGGTAGGCAATCCTACTTAATTTTGGCAAAAGCCCCGTCATCTAAATGGCAGAATAACTCAGAGCATGT 801 CTTTGAAGATGCTGGGCGTCTACCACCACCTTATGTCCCCACCCTACCCAACAAAAATAAGTAAAAAGAATATGGTGTAT 881 TCTACAAATTTGTGGCATGCTCAAAGTTTATGATCACATAAAGGCAAGAGGATACTTCATGAATAATACATTTCAATGCA 961 AATAAACAGATGGTTCACTTCTACTAGCTATGAGCCTGTTTTTGTATACACTGAGTTAATCTACTCAGGCTGTAGGTCCC 1041 AGCAATGTTCTAGAGTCTGGTCTTTCCCTTTCCTGCAGCTTCGGGTCCTTGGACCTTTCCTGTTTCCTATTACTTGGAGT 1121 GTCTGTCAGTTGAGCACCAGTTGTTCTGGTGTTTCATTTGATTCTACTTGTAGCATAATCATTTATACGAGCTATTGGGA 1201 GGTTCCAAACCCTACCTAGATTTGTGTAGGTGATGTATCAAATGAGCAATATACCGTTCATCTGAAAATAGTAGCACACA 1281 GCCATATATAGGATATCATTTTCTAAGGACTGTTTCTTCACATTGAGCAGAGCAGGCATAAATGGTGGTTATTTAGTCTA 1361 AGTCTTTTATTTTTTTATACCTGATTTTCAACATAACACGCAATGTGGATGTCGAGTAGTGTTAAGAATGGTGCTGCTCC 1441 TGACAAGTGTATGTTAACTGTTTACATTTTCTATCTGTAGAATTATTTCTCTATTACTGAACTTTTCCTAAGTAAAATGT 1521 CTTTGAAGTCTCGTTATTTCTGAAATACGTTGTCTGTAATAGACCCAGGCACCTTTTAAATTATCTCTGGAACAAGAGGG 1601 ATTTCATGTAATGAACTAGGAAATGCATACTCACATAAGCAACAAGGTTCTAGGCAGAAAGCCCCTTGGAATTTGTGACC 1681 AACAGGAGCAAGAACAGGTGCGGCTCAACATGCAATGTCTGAAAATTTGCTTGGCATTTTATTCATATATTTAGTGCAAA 1761 ATTATTTTTGAGTGAGATATTTTACATCACTGTTAATGTGCAATATTTAAGATTAAAATACATTAGCTTTTTTATATACT 1841 TTGAAGTAGCAAGTTTGTTTTCGATGGCTTAGAGTCATGATTTCCAGCTTCCCAGCCTTTTTATCAGTCCCTTTTCTAAT 1921 ACAACAAGGTGCATTAATTTGATTAGGCAAATTAGAGTTCTAAGACACTTCTTGAATTGTAGACAGAAAATATTGGATTC 2001 ACAATTTCAGCAGAAATTTGAGAATGAGTGTGTTTATATTAATTTCACAATTAGCTGTATTTTCTGTAGCATAGATTATG 2081 TCACTGTTGCACTTTCACAGCAGACATGCTTTCAGAAGGTTCTCATATTTTATGTTTGATTGCTGATAAGCCATCTCTAT 2161 TGATACAGATTTTGGTTAAGTAAGGAAAACCAGGTGTGTGTCTGTATCATTTATTGTAAATGCCAGCTGCCACTTGCCAA 2241 CCATCATGTTCAGTTCAATTCAAAGAAAACAAACTCTCATTACTTAGTGTAAACTAAAATACTTAACAAATTATATCCTA 2321 AAAACAAGGTCTCTTTGTTAAATGTTGCATGCCCTAGGTTTTAAATTACTACATCCAAATACAGTTTTCGTCTTAAATTT 2401 GTTAAGCTAAATATATGTTGGTTCTTTTTATTTTGGAATCCTTTAAGCATCTTAAACATTTTTTTTTTGAAGAGAAGTTA 2481 CAAATAACATTTCTATCAGGTAGTACTTGTATGAAACCACCTTTCTTATTCTATAATTTTGATTTTTCAATTTTATATAC 2561 TTAATATACTCACTGTCTTACTATCAGAAAGTTATTTTGACCAAGATTTTTATTATCTTCATAGATTCAGAAAGAGATGC 2641 TAATTCTGTACCAATGTCTTCCTGGTTACTATTCTCTTCCCTCTAATATATACTGGCCATTTGTAAAACCATTGTGTTGT 2721 TGGGATCACTTAGTTATACTATACGCAGATAGAGCATCTCAACTCTGTCATAGTGTTTGCTGAACAGTTTTCAGTGTCAT 2801 GCACCTTTGGCTGCTAATTGTTCCTGACGTGCACTCTTCCGAGTTGGTAAAGGCACAGTGTGTTCATGCCAGACTTCTAA 2881 GAGAAACACCAGCCTCTTAAATCAGAAGCCTACACACAACCCCCTTAACAATCCAAAGAAGCTTGATGGTGTGCAAAGAA 2961 GCATCCTGCCAGCCTTGTCATTGTTCTGTTCTATGCTAATCCTGCTGTGTTGTCTAAAAGATGGAGGGAAGAGGACATCA 3041 GTGTCTGATAGTGAAATCATCAGCAGGAAAGTGAAGCTCTTTCCTTGGTTACAGATAAGACTTGGTTTACACTATTGGCC 3121 AGTATCTGCTAAACATATGAAGACTTAACTATTCAGTGTTGCCTAGGCATTCGCCTGCACAACATTTTGAGGTTAGAACA 3201 TAGAATATTTTCAGAAATACTGTTGTAGTTTGTGAGTGTTGTTCATTAGTTACACATTAGCTATAGAGTGGATGCATGAA 3281 GCCCCATGACACCAGTAAACTTCTCTTACCAGTAGGTAAACCAAACACCATTCTGTCATTAGCAGCCCTCTTAAATGTTG 3361 CCTCTCCGTATCCTGTTGCATTTTTGTGTGCATTGTGTTTCTACTGATCTCTCTTAGGTTTTTACGGAATCAAAGGAAAC 3441 TAATTTTTCCTTAATAGCAAGAAAGATGAAGAGGTAAAGGGCATTGAAGCAGAAATGTATAGTTTGGGGTACGATTAGAA 3521 AACTCGTAAGGAAAACAGAAGTCCTAATTTCAAACTGACTGCTCTTCGTTAAGTGCTCTTAAGGAGAGTCTAGTAACAGT 3601 AACACTTTCTGGCCATTTCTAGTTTAGATTCTCTTCGTTACTGAAACTTTTGAGAAATATTACCTGTGGATTAATTTTGC 3681 ACAATGTTCTATTCTCATAATGACTTACAAATTAAACTAGGTTTTTATTGAACTACCTCACACTAATTTTCTATGCTTTC 3761 CCAAGTAAGCTGTTGCCCTGTTAGATCTTTACTGAGTGAATTATAAATGTGTGTTAAATACTTTCTAGCCAATGTTGACA 3841 CAATACCAGTAAGTATGTAAAGTATATACCTTACATCAGTAAGAGACACGTGTAAAATCTTTGACTGTATGTCTTGCAAA 3921 ATTGTGCTCGTTGACATTATTACTGTTTTTGTAAGTAGAAACCTGCTCGTGATATCGGTCCATTTACATTTTACAAAAGG 4001 AGTAAATCTTAGTAAAAATTTTACGAAGAAATAAATTACTTTTGTAGGCCCAATATTTGGTATATTTTTGAGAAGCTGTT 4081 AATCTTTTAGCTGAATAATGAAGTTAGACTGAATTACGTGTCTCCCTGGACTGTGACATCTATTTTCTCATTACAGTTTA 4161 TCCTGGTCAGCAGGGTGTCACACCTGGAAACCTGAGTATGATAGCTGACATTTGCTTTTCTCCCTCTGCGATGTCATTCC 4241 TCCTCCATTCCTCTCCTTCCCTGTGTTCCGTTCCCTCTCCTTTCCTCTAGACAAAACAAAATGGGGCACTTTTTAGGGAA 4321 TGCTGAGATCATTATTGTGGTTTTTCATCATTCATGCCCTAGTCATTAAACATGCACCACTGGAATGTAAACAATGTTAT 4401 CTAGTATGTCAATTGGTTATAATATTTTAAATAAAAAAGAAAAAAGTGGTATGAAAATTATGAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | hESCs (WA-09) |
Disease | 5599.0 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
"PAR-CLIP data was present in SRR359787. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-thiouridine
... - Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al., 2011, Genes & development. |
Article |
- Lipchina I; Elkabetz Y; Hafner M; Sheridan et al. - Genes & development, 2011
MicroRNAs are important regulators in many cellular processes, including stem cell self-renewal. Recent studies demonstrated their function as pluripotency factors with the capacity for somatic cell reprogramming. However, their role in human embryonic stem (ES) cells (hESCs) remains poorly understood, partially due to the lack of genome-wide strategies to identify their targets. Here, we performed comprehensive microRNA profiling in hESCs and in purified neural and mesenchymal derivatives. Using a combination of AGO cross-linking and microRNA perturbation experiments, together with computational prediction, we identified the targets of the miR-302/367 cluster, the most abundant microRNAs in hESCs. Functional studies identified novel roles of miR-302/367 in maintaining pluripotency and regulating hESC differentiation. We show that in addition to its role in TGF-beta signaling, miR-302/367 promotes bone morphogenetic protein (BMP) signaling by targeting BMP inhibitors TOB2, DAZAP2, and SLAIN1. This study broadens our understanding of microRNA function in hESCs and is a valuable resource for future studies in this area.
LinkOut: [PMID: 22012620]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | BC-3 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796040. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset SRR359787 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | hESCs (WA-09) / 4-thiouridine, RNase T1 |
Location of target site | ENST00000374182.3 | 3UTR | CAUUUUAUUCAUAUAUUUAGUGCAAAAUUAUUUUUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22012620 / SRX103431 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM796040 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000374182.3 | 3UTR | UUGGCAUUUUAUUCAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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117 hsa-miR-4480 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT056040 | MLLT10 | MLLT10, histone lysine methyltransferase DOT1L cofactor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT091259 | FXR1 | FMR1 autosomal homolog 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT117347 | MAPRE2 | microtubule associated protein RP/EB family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT234960 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441356 | ZNF75A | zinc finger protein 75a | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441426 | STXBP2 | syntaxin binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441455 | ZNF488 | zinc finger protein 488 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441524 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441576 | EXOC5 | exocyst complex component 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441597 | ABCB5 | ATP binding cassette subfamily B member 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT441610 | ATP13A4 | ATPase 13A4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441698 | CIT | citron rho-interacting serine/threonine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441714 | FGF9 | fibroblast growth factor 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441784 | MAPK8 | mitogen-activated protein kinase 8 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441795 | EXOSC2 | exosome component 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441868 | RNASEL | ribonuclease L | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441900 | SLC9A8 | solute carrier family 9 member A8 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT441919 | FAM217B | family with sequence similarity 217 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441928 | C1orf109 | chromosome 1 open reading frame 109 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441938 | RIMKLB | ribosomal modification protein rimK like family member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442157 | DPY19L1 | dpy-19 like C-mannosyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442172 | AZF1 | azoospermia factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442208 | IRS1 | insulin receptor substrate 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442237 | DDX19A | DEAD-box helicase 19A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442366 | ZC3HAV1L | zinc finger CCCH-type containing, antiviral 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442572 | SDC1 | syndecan 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442604 | ZNF391 | zinc finger protein 391 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442609 | MRC1 | mannose receptor C-type 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442647 | POP4 | POP4 homolog, ribonuclease P/MRP subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442658 | OIP5 | Opa interacting protein 5 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT442686 | COX15 | COX15, cytochrome c oxidase assembly homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442773 | JAG1 | jagged 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442785 | CHD8 | chromodomain helicase DNA binding protein 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442895 | PLCB3 | phospholipase C beta 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442941 | C17orf105 | chromosome 17 open reading frame 105 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442959 | SGCD | sarcoglycan delta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442998 | EDAR | ectodysplasin A receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443017 | C21orf91 | chromosome 21 open reading frame 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443064 | CASP5 | caspase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443069 | ABLIM1 | actin binding LIM protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443208 | VPS36 | vacuolar protein sorting 36 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443237 | ANKRD26 | ankyrin repeat domain 26 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443253 | A1CF | APOBEC1 complementation factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443329 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443333 | NRAS | NRAS proto-oncogene, GTPase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443349 | STX7 | syntaxin 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443452 | CLIC5 | chloride intracellular channel 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443547 | GPR35 | G protein-coupled receptor 35 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443616 | AVPR1A | arginine vasopressin receptor 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443626 | CPSF2 | cleavage and polyadenylation specific factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443730 | ALPK3 | alpha kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443786 | ST13 | ST13, Hsp70 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443852 | RGS6 | regulator of G protein signaling 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445483 | KLF5 | Kruppel like factor 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471105 | PHLDA2 | pleckstrin homology like domain family A member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472329 | NETO2 | neuropilin and tolloid like 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT472391 | NDRG3 | NDRG family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473522 | MAX | MYC associated factor X | 2 | 2 | ||||||||
MIRT473874 | MAFK | MAF bZIP transcription factor K | 2 | 6 | ||||||||
MIRT476021 | GTF2A1 | general transcription factor IIA subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT478320 | DDN | dendrin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT492049 | TNFSF9 | TNF superfamily member 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494851 | ANKRD24 | ankyrin repeat domain 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494991 | TSSC1 | EARP complex and GARP complex interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495034 | RASSF2 | Ras association domain family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495111 | NOL10 | nucleolar protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495113 | TRADD | TNFRSF1A associated via death domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495131 | METTL24 | methyltransferase like 24 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495147 | STAC2 | SH3 and cysteine rich domain 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495297 | NUP54 | nucleoporin 54 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495341 | RTN2 | reticulon 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495347 | ATP5S | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit s (factor B) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496682 | DUSP18 | dual specificity phosphatase 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496743 | TGFBR1 | transforming growth factor beta receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496841 | KCNIP2 | potassium voltage-gated channel interacting protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496852 | GPAM | glycerol-3-phosphate acyltransferase, mitochondrial | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496889 | FOXP1 | forkhead box P1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496922 | CLMN | calmin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496990 | TMEM231 | transmembrane protein 231 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497002 | SNAP25 | synaptosome associated protein 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497058 | C6orf223 | chromosome 6 open reading frame 223 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT500529 | YWHAZ | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein zeta | 2 | 6 | ||||||||
MIRT506048 | PPP6C | protein phosphatase 6 catalytic subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512163 | CD164 | CD164 molecule | 2 | 6 | ||||||||
MIRT527051 | RDH13 | retinol dehydrogenase 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT532282 | TNFSF14 | TNF superfamily member 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534083 | SPRY4 | sprouty RTK signaling antagonist 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534605 | RNASEH1 | ribonuclease H1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT539509 | ACSS3 | acyl-CoA synthetase short chain family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT543069 | ARID4B | AT-rich interaction domain 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544233 | CCBL2 | kynurenine aminotransferase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544686 | ZNF224 | zinc finger protein 224 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT546269 | TMEM30A | transmembrane protein 30A | 2 | 4 | ||||||||
MIRT559069 | C19orf47 | chromosome 19 open reading frame 47 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT562768 | RMI2 | RecQ mediated genome instability 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563974 | HCFC1 | host cell factor C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564086 | NSA2 | NSA2, ribosome biogenesis homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564525 | PDXP | pyridoxal phosphatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564613 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566252 | PTBP1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT614420 | ZNF440 | zinc finger protein 440 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618789 | MTHFR | methylenetetrahydrofolate reductase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619160 | PPDPF | pancreatic progenitor cell differentiation and proliferation factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT641778 | ZDHHC7 | zinc finger DHHC-type containing 7 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT653680 | SLC25A36 | solute carrier family 25 member 36 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657861 | GJD2 | gap junction protein delta 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660879 | ADCYAP1R1 | ADCYAP receptor type I | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668781 | DAAM1 | dishevelled associated activator of morphogenesis 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT688559 | DCAF16 | DDB1 and CUL4 associated factor 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695393 | WDR41 | WD repeat domain 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT698680 | TCEA1 | transcription elongation factor A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700974 | PDIA6 | protein disulfide isomerase family A member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705055 | C5orf15 | chromosome 5 open reading frame 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705864 | AFF1 | AF4/FMR2 family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710586 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT713904 | IGF2R | insulin like growth factor 2 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717133 | SKI | SKI proto-oncogene | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | ||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||
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