pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4662a |
Genomic Coordinates | chr8: 124821985 - 124822051 |
Description | Homo sapiens miR-4662a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4662a-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUAGCCAAUUGUCCAUCUUUAG |27 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | SEC62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | Dtrp1, HTP1, TLOC1, TP-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | SEC62 homolog, preprotein translocation factor | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_003262 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on SEC62 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of SEC62 (miRNA target sites are highlighted) |
>SEC62|NM_003262|3'UTR 1 TCTGACTAATTTTGGGACTGAATGAATAAGTACAAGAGGTTGGATTTTCTATGTTGGCTGATTACCATATTGAACACATG 81 GCATTTGTAGCATTCTTTAAATCTATCTACTGAAATGTATTTGACATTCAAGCAGTTATATTCGGTCCTTCATTTTATAG 161 AATATTGGCACTATTATTGGTACAGTTTAAAGCCATTAATATGTTTTATCCATTTGATAATTTTACAGTAAGTAGGTCTC 241 ATTCATTTTGACAGTTATCAAAGATGTACTTTCCACAGTTAAATTTACATTAATGGCAATTTTTGATAGTTTTATGGCTT 321 TTTACTGTTAGACTAATCAAAAATAACTTTAAAAGGAACAAAGAAACTCCAACATTTCACATTATGCATAGTTATGTAGC 401 CATTTCACAGTTTCTTTAAGATGTGTAAACTCATTGTCCTTGATAGTTTTTATTTTTCATTATAAAATTATACCAGGAGA 481 TTTCTTTTAAGATTCTGAGTTAGCAGAGTTCAAAACTATTTTGTGGAAACAAGCCAACTAGTAACAATGCAGCAACACTT 561 CTGGTTTAGCTAAATTATTTTTCCAATGTAGGAAATCCACACTGATTTGTACGTCTGACTGAGAGAAAGATGGTCGTCTC 641 CAGCAGAGAAAGTGAACAGCATTTGTTGGAAGGTGATGGCTCTCCCTCCTCCCTCCCCATTTCATTGGCGTAACGTAAAG 721 TGTATTCTGTACATAATTTACAAATAAAACATTTTATTTTAATTGTTACTTATTATTTAGATATTTCTCAACACTTAAAT 801 TCATAAAATTAAGACCATGTAAGGGTATGTTTTTAGAGAAATGGAAGTTTGAGTAACCCACAGAACATCTGTGATCTTTC 881 TACAGCAGCTTCAGTTTTGTGCCAACATTCCATGTATTTTGAATATGAGCAAAAACTGATCTTAAGAGCAGACTTAAAGT 961 AGCTTTGTACGCCTTAATGTTCATTTTGATTTATTTTAAATCTTTACATTCAGAAATGAGATACTGTATTATCAGACCAG 1041 GAGGCATTGCTGTGAAAGATAATTTCCTATTCTAAAATATCAAATTTAAAATAAAGATAATGAAAGAAAACATAAGAGAA 1121 CTATTGGACTCTAATTGCTTTGAACTAGTTTTGCAGTTTGACTTTACGTCTTATACATCTTAGTTACAAGTCTTTGGAAA 1201 CTCTTGTTTACTTATGAGCATAATCATTCCTTGGAGTTATACTAACTAATAATGAATATTAAATGATTTTTCTTCAGTCA 1281 CAGTGAGAGCATCTTGCTTTGTGGTTGAAATAGGTAGTGTATGTCAGTCTTTGCTTTAGGCTGTTTCTCATCTAAGTGTT 1361 TGAATTAAAGATGTTAAATTTTTCTAATTGTGAAAAATATGTTTTCTGTATCGACACATTTTATTAAACTTGGCTTGATT 1441 GCTTCTTTATAGTAGTCCCTGTAAGTGGACATAAATGTGGCTATTTGATGTTAATGCAACTATGTCAAGGCTGCAATCAC 1521 TTTAATAGTTTCTTTTTAGCAAATAAATGTTCATTGATGAAGTGCCTGGGTATTTTCCCGTCCCATTTGCAGAGCTCTAC 1601 TACTTCATTTCCACAGTAAGCATATATATAATGATCACTTCTGAGTTTATCACCAGTAACATTGATACCTATTTTGGGGT 1681 ATAAACATGGTGTTTTTCAGAAATAAAAATTATTTCATTAACCTTTACTATTACTGTGATAATACCCAGGCACTCAATAT 1761 TCATCCTGAAATTTTTTATAATATATGTAATTTGTCTAGTCTTAAAGACATTTGGAGCATGGCCAACAGGAAGGTCAGCT 1841 TCTTACTGATGTGTGTGGATTCTTACAGAATGTTAGTACAAATTTTTATAAATATTTGGTGATCCCTGGGGGGAAATATC 1921 ATTCTTACTATGGTTAGAAAGTGAATTAGAAATTTCAGCTCAGTTTCTATTTTACTATTCAAGTTGTGTACTTTAAACAA 2001 ATATAAAAATCAAAAGGCTGCCTCTATTACAATCCTCAGTGGAATAGATGGCTATCTTTCTTGGCTAACATTAAATATTC 2081 TTGTACCAGAGCATGGAAAATCGTTTATAATTGTTAATAGAATGGCGATTTTTTTTTAAGAACTTCAGATTTGCTATGCT 2161 GCTGTAAGTAGAAAGCATGAAGCTTTTTGATCATGTAGGGCTTATTGTAGAGGGTATCAATTGGCCTAACTAAGCAGGAT 2241 TGAATTTACCAGAGGCTAAGTTCAGATAGTAAGAATAATGCATATGTGATTGTTCTTAAAGTCAATGTATTAAATAAGGT 2321 ATTTTTCCTTTTCCCTCTTACTGGATTTTTCAATTTTCAAACCATATGGCCTAGGTAACTTTAATTGAAATAATATAGAT 2401 TTAGTTGAATACTATTCAGGAAGTAATAAATTTTAATATATCACATTGAAATTATGCAGTGGTGATGAATTTTGGTGTTT 2481 CCCCCCTCTTTCTGGTTTTACATCATGAGGATCAGTTAGCTGCTGACAAGAAAAGTCATCTTGTGTCTTTTGTAAATTGA 2561 ATTTTTTTTTTAAATCTATTAGGAACTGGAAAACAGCAAGTATGGTTGATTCTCATTATTCAAGGTAGTTACGTTCTATA 2641 AAGTCACTGCGAACACTGAATTAGCAAATATAGAACCTAGGGGAAATACAAGGCTAGATTTCTGCAAGCCACTGGTCACA 2721 TTTTCATCAAGCAGTCAACATGTAAATTTCTGTTGTAAAGACACCTTATTTAATATAATCGATTCATTAACATTGAAGTC 2801 ATGACCAACAACACTGTAACTCATGCCTGAATGAAGCTTATCTGACACATAAGCTTCATAAGGCACACAACAGCCTTTTT 2881 ACCCTTAGGAACAGCTTTTTGCCCTTAGCACTATGCTTGGGGGCCATTTTAAACAGTGAAATCAAAAAAAGAACAGAAAT 2961 GCAAAAACCATGGCATTAGCGTAAAAAGGACACGTTTATAGTATGAAAGCTGGAACATGGCCTTGTTCAACCTCAGCTCA 3041 GAATATGTGTACAGCAAGTTTTTTGCTGTACCACAAAATTTTAGGTTAGGCAAATTCACAAATACGGAATCCATGAATAA 3121 CGAGGATCAACTGTACTTAACTATATTTTAAAGCTGTGACATTTATCTACCTGGTTTATGGAATAGAATTTATTGCTGAA 3201 TCATGCTCCAGTATTTGAGTGATGTTTTAAATATCCTATGTCTGAAAATAATTCCTCCTAATTGTGTGGTAATTTGCTTT 3281 TACTGTTTCCACAGTATTTCAGGTCTTTGCTCATTCACTCAGTAATACTGAGCACTTACCATGTACCAGAATTTTACTAG 3361 GCACAACCATGAATAAAAATACAATTCTCTTGCACCATTAAATAGTGTGTTAAGTGCTACGGCAGCAAATTGCTACATGT 3441 GCTGGATATCTCTTGTTTTCCCCTCCAGCTCCACTCTGCTCTTGCCCACAAAGCTGACCCGAATGGACCACAGCAGTGGG 3521 CTCCTATGCCTCCTGGCTTCTGAGTGGGTTTGGCCAAGGAGTGTCCTGGCCAGAGATCAGAGGATGGTAGGGTGCCTATT 3601 CTCGGCTCTTCTCCTGGGGTTGGGGGGCTGCCTTAGCAGCCAAAGGTCACTTCTCCCAAACTCCTTCCCTGCTTTCCAGG 3681 TTGCCAGTCCCTGCACTCTTCCTTTCTGGCCAAGGATGATGTCAGTTCTGCTGCTACTAGCCTGGAGTTGCAGAAGCTAC 3761 TGTGCTTCCTCTTTGGGTAGCCTATACCTATACTTATCTCCTCATAATATCTTCATGTAAAGAACCATCTGTTTCTTATT 3841 GGAATCAAGACCAATACCAAGGAGAAATTCCTAGGGAACAAAAATTCCAATGAGGAATTGACCTCTTTGTCAGATCCTTA 3921 TCACCAAACATTAGAAAAGATCTCATAACTTTATACAGCATGTTGTAAGCATTTTGATAACTAAAATCCTGTTCTAGTGA 4001 ATGTCATGCAGATAACTACACAAGGAGATTAATTTAAATTTGCCTTCTTTGGCAAGCCCTTAAACCAATGGCTAAAGCAG 4081 TTAGTTGTGAGTTTCTGAGTAGGTCCCAATGCGTTTATTTCATTTGTCCAACCTAGCACAGAGATCCTTTGATACTTTAA 4161 TTGCATGGCTTTTCCAATCAGACGAAATTTCAGTCTGAGAGAGGACATATTTTCTGAGGTTTATAGTTTTAGGATTGTCC 4241 AAAAGGCCTATGATCTCTTCTTAGCATGACAGAAAGAGGGAAAGATAAGTTAAATTTCAAGGGGGTCATATCATCACACT 4321 TTGGTCTTATTTCATTTTCAATGATTTCCTAGATCACTTTAACTTTTTTGTGTCATGGACTCCTCAGAATAATGGGTTTT 4401 TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGAGATGGAGTCTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCGAAATCTCAGCTCACTG 4481 CAACCTCCGCCTCCTGAGGTTCAAGTGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGCCACCAC 4561 ACCCAGCTAATTTTTGTATTTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCGTGTTGGCGAGACTGATCTTGAACTCCTGACATCAG 4641 GTGATCCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCATGCCTGGCCAGAATAATGTTTTTAA 4721 ATGCAGAAAAGGAAATGCATGGGGTTACAAGGGAAACGAATTACACTGAAGTGTAAGCTACCAAATAATTTATGATGTGG 4801 TAGTTATAGGTGTGCATTTAATAGCCAGATCTACGAGTGGATGTAATAACTGCTATGATGTTGAAGTAGCATAAAACATA 4881 TATTAGATATCTGCAACAACTGTGATGTAACATGAAAATACCTGATTTCTGTTGACAAAGTTACTGCTAGTACAACTGTG 4961 GATTGTTGTCTGCACTCGTCATTGAAGGAAATACTAAATTTTAGTTTTAGGCTAGTGAAATTAAAGTTAATTTTTCCCAT 5041 CCAAGTTCATGTATCTTCTGAATTCTATCCGTGAATCCCTTAGAGGTCTGTGAATTGTAGGTTAAGAACCCCTGCCCTAG 5121 CTAATCAGATCCACCAATGTTTCAAATAGGACTATAACTTATTCAAAGGCCAATGATACTTCGCATAATTCAATTTTAAT 5201 ATTATTCACATTTCATGTCACAAATTTAGTAAGTTACATGTGTTATGTGATGTTTTGTTTTGATAGATTATATCTTACTC 5281 CTAAATAAAAAGTCAAGATTTTTGTAGCAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-3 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796040. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM4903835 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / CTL_TD_21_c |
Location of target site | NM_003262 | 3UTR | UAACAUUAAAUAUUCUUGUACCAGAGCAUGGAAAAUCGUUUAUAAUUGUUAAUAGAAUGGCGAUUUUUUUUUAAGAACUUCAGAUUUGCUAUGCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 2 for dataset GSM4903838 | |
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Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
Cell line / Condition | Dermal fibroblasts / 124_TD_21_c |
Location of target site | NM_003262 | 3UTR | GGCUAACAUUAAAUAUUCUUGUACCAGAGCAUGGAAAAUCGUUUAUAAUUGUUAAUAGAAUGGCGAUUUUUUUUUAAGAACUUCAGAUUUGCUAUGCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Accession Series | GSE161239 |
CLIP-seq Viewer | Link |
CLIP-seq Support 3 for dataset GSM796040 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000337002.4 | 3UTR | UUGGCUAACAUUAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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137 hsa-miR-4662a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT106793 | TMEM245 | transmembrane protein 245 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT148293 | RNF138 | ring finger protein 138 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT231332 | KLHL20 | kelch like family member 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT301381 | PDXP | pyridoxal phosphatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441375 | PAPOLA | poly(A) polymerase alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441444 | MTX3 | metaxin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441500 | SPG20 | spartin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT441517 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441562 | LMOD3 | leiomodin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441619 | ROCK1 | Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT441633 | KDM5A | lysine demethylase 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441705 | ZIC4 | Zic family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441713 | FGF9 | fibroblast growth factor 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441779 | TXN | thioredoxin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441917 | ACADSB | acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441963 | BACE2 | beta-site APP-cleaving enzyme 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441974 | KPNA1 | karyopherin subunit alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441977 | ZNF70 | zinc finger protein 70 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442043 | SEC62 | SEC62 homolog, preprotein translocation factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442050 | KLHDC10 | kelch domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442150 | INTS6 | integrator complex subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442186 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442255 | SPRED1 | sprouty related EVH1 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442280 | CCDC108 | cilia and flagella associated protein 65 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442353 | OLA1 | Obg like ATPase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442644 | NAMPT | nicotinamide phosphoribosyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442662 | GLRA2 | glycine receptor alpha 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442782 | HCN1 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442861 | SCARF1 | scavenger receptor class F member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442900 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442922 | TFDP2 | transcription factor Dp-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442930 | RWDD1 | RWD domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442939 | CA5B | carbonic anhydrase 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443014 | C21orf91 | chromosome 21 open reading frame 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443139 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443576 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443584 | FAM84B | family with sequence similarity 84 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443596 | VAT1L | vesicle amine transport 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443771 | STS | steroid sulfatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443870 | DDTL | D-dopachrome tautomerase like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452489 | BANK1 | B-cell scaffold protein with ankyrin repeats 1 | 2 | 16 | ||||||||
MIRT461187 | TRIP4 | thyroid hormone receptor interactor 4 | 2 | 16 | ||||||||
MIRT464093 | VPS36 | vacuolar protein sorting 36 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466637 | TAOK1 | TAO kinase 1 | 2 | 17 | ||||||||
MIRT466642 | TAGLN2 | transgelin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469936 | PTPRF | protein tyrosine phosphatase, receptor type F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489810 | LSP1 | lymphocyte-specific protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT490549 | TEX261 | testis expressed 261 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495069 | PAQR7 | progestin and adipoQ receptor family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496723 | SRGAP2 | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496881 | PLA2G16 | phospholipase A2 group XVI | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497017 | INO80B | INO80 complex subunit B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498347 | CISD1 | CDGSH iron sulfur domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498353 | ABHD17B | abhydrolase domain containing 17B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT503294 | GTF2A1 | general transcription factor IIA subunit 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT504529 | ZNF620 | zinc finger protein 620 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT507283 | FEM1B | fem-1 homolog B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507540 | DHX33 | DEAH-box helicase 33 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509090 | SYNPO2L | synaptopodin 2 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT510083 | PPWD1 | peptidylprolyl isomerase domain and WD repeat containing 1 | 2 | 8 | ||||||||
MIRT510702 | SREK1IP1 | SREK1 interacting protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT511355 | ITPRIPL2 | inositol 1,4,5-trisphosphate receptor interacting protein like 2 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT513119 | OSBPL3 | oxysterol binding protein like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT515209 | CRCP | CGRP receptor component | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516376 | TRAF3IP2 | TRAF3 interacting protein 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT520307 | UBXN2A | UBX domain protein 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521124 | SHROOM4 | shroom family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522049 | ORAI2 | ORAI calcium release-activated calcium modulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522947 | IPO9 | importin 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524418 | CNKSR3 | CNKSR family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525073 | FRK | fyn related Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT525150 | ZNF329 | zinc finger protein 329 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528538 | TTC22 | tetratricopeptide repeat domain 22 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530560 | AKNA | AT-hook transcription factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530653 | TRIM56 | tripartite motif containing 56 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT530823 | TMED3 | transmembrane p24 trafficking protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535689 | NEURL1B | neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536881 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT538295 | CSNK2A1 | casein kinase 2 alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538783 | C6orf89 | chromosome 6 open reading frame 89 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540735 | FN3KRP | fructosamine 3 kinase related protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540828 | GNAT1 | G protein subunit alpha transducin 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT549086 | C5orf51 | chromosome 5 open reading frame 51 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549547 | CLPP | caseinolytic mitochondrial matrix peptidase proteolytic subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550203 | MAVS | mitochondrial antiviral signaling protein | 2 | 4 | ||||||||
MIRT555299 | PPP4R2 | protein phosphatase 4 regulatory subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563173 | ZRANB3 | zinc finger RANBP2-type containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563973 | HCFC1 | host cell factor C1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564610 | ZNF703 | zinc finger protein 703 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565345 | TMED4 | transmembrane p24 trafficking protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566437 | PHF16 | jade family PHD finger 3 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT573087 | APLN | apelin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617053 | ZNF677 | zinc finger protein 677 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617404 | API5 | apoptosis inhibitor 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617459 | CCS | copper chaperone for superoxide dismutase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618191 | MACC1 | MACC1, MET transcriptional regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619003 | NTMT1 | N-terminal Xaa-Pro-Lys N-methyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619853 | KIR3DX1 | killer cell immunoglobulin like receptor, three Ig domains X1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622214 | SLC39A11 | solute carrier family 39 member 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622455 | RNF19B | ring finger protein 19B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT622495 | RBMS1 | RNA binding motif single stranded interacting protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623408 | KREMEN1 | kringle containing transmembrane protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626501 | ZNF25 | zinc finger protein 25 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636142 | WDR37 | WD repeat domain 37 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640645 | IGF2 | insulin like growth factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644638 | ICA1L | islet cell autoantigen 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646673 | CCDC69 | coiled-coil domain containing 69 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650041 | VHL | von Hippel-Lindau tumor suppressor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT651907 | UEVLD | UEV and lactate/malate dehyrogenase domains | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655712 | MLF2 | myeloid leukemia factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655965 | NDNF | neuron derived neurotrophic factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT656110 | MSRB3 | methionine sulfoxide reductase B3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658154 | FCHSD2 | FCH and double SH3 domains 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661945 | FAHD1 | fumarylacetoacetate hydrolase domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664457 | WDR92 | WD repeat domain 92 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT671622 | C20orf144 | chromosome 20 open reading frame 144 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT677168 | ZNF786 | zinc finger protein 786 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679004 | UBN2 | ubinuclein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679181 | XIAP | X-linked inhibitor of apoptosis | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679343 | PPP1R3B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 3B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679439 | C19orf52 | translocase of inner mitochondrial membrane 29 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682503 | GLP2R | glucagon like peptide 2 receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683558 | SMIM12 | small integral membrane protein 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687136 | QPCTL | glutaminyl-peptide cyclotransferase like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687722 | KIAA1467 | family with sequence similarity 234 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT688411 | DUSP2 | dual specificity phosphatase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694684 | CD300LG | CD300 molecule like family member g | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695390 | WDR41 | WD repeat domain 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT696136 | ALG1 | ALG1, chitobiosyldiphosphodolichol beta-mannosyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT699113 | SMU1 | DNA replication regulator and spliceosomal factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702771 | IFNLR1 | interferon lambda receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704096 | DST | dystonin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704279 | DENND5B | DENN domain containing 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT707692 | FAM118A | family with sequence similarity 118 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708060 | LIX1L | limb and CNS expressed 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710078 | BEND3 | BEN domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725480 | GPR26 | G protein-coupled receptor 26 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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