pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-500b |
Genomic Coordinates | chrX: 50010672 - 50010750 |
Description | Homo sapiens miR-500b stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure | |
Associated Diseases |
Mature miRNA Information | |||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-500b-3p | ||||||
Sequence | 51| GCACCCAGGCAAGGAUUCUG |70 | ||||||
Evidence | Experimental | ||||||
Experiments | Illumina | ||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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miRNAs in Extracellular Vesicles |
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Circulating MicroRNA Expression Profiling |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PYGO1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pygopus family PHD finger 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PYGO1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PYGO1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PYGO1|NM_015617|3'UTR 1 TCAAAGGCATTAACTAAAGTGGGTTTATTTTCCTGTGCATTGCAGAAGTTCATTGACACAGGATTTTAATGTTTTACATT 81 ATTTTTTTAAATGCATACACAAAAACATTATTTACTTAGTTTTTATTAATCACTTCATCACTAGAGCAAATTTTTTATTG 161 TCTTTGCTTGCTGTCTTAAATGAGAATAATGTATATGGGGGTGCTTTAGAAACATAAATAAATGTTAGTTGTTGTTATTT 241 ATCACAAACATAAAAGCCTCTTGAAACTTCAAAATAATATATAACAAATGTAGGCAAGTTTTAACTTTTAAAAGTTAGAA 321 TCATTGAAAAACGTGTATTTCAGTGCTGAACTTTGGTTGTACCATATTAAAGATTTAGTTCAAAAAGTTTATCAAGGATC 401 CACTTAACACGTCTTCACAACATAATATATGTAACTGTAACATGGGGGAAAGCATACATTTTTATGGATTAAAAAAATAA 481 TAGTATGACACCAGATTCCTCCTCCACTAGGGTCTTTGGAATCAATGAATTTCATATTTCAAGTGAGTTTTCAGGATATC 561 TGTTTGTACAGATACGAGACAGATCTTAGCATATAGTAAATTCTCAGTAAGTATTGTTGATTAACTTGTGGATGGTACCA 641 CATGAAATTGCTAATATTAGATCAGTTGAAAATTGACTGCAATTAGTAAAGTTGGTATAACGTACGTTCCCAGTTGTGCT 721 ATTTAGAATTATGATAGTATTATGCTCCTACTTTTCTTTGATATTGAGTTGTCTTGTTATTGTTTATTGTTTTCCAGAGA 801 AATACTATAGTATCCACAGAAGAATTGTGAATACTTTTTTATAATTTTGAACTGGGACATATTGCAGATGAGGAAGGTAG 881 AAACATCCATTTGGCCTTAGAGGGCTCTGCTAGTAAAAGAACTACTCAGTGGTGGTTTGAAAAATCTTGTTCTGGGGATC 961 TGAATTTCAAAAATGAACCCTAGGGGAGATCAAAATCCATTTTAAACAAAGATCAATTAAGAGCCAAAGTGAAATCTAAC 1041 TTGCAAACAACAATTTGAAGCCTTGCAGCAGACTTAAGGAATTCCCGCTCTGACTGGGGAAAAGTATAAAAATGGACCTG 1121 AGAGTACCCTCTTGAGGGATGATCAAGAATGGAGACAGTTGGAGTTGTGCTCATTAAGATTCAAAACAGCAGAAATCCAT 1201 TTTTGGAGCAGATTATAACCTGTGGCCAAAAAAAAAAAATGTGTGCTGTTTGACAGCTAATGGCAATTTATACAATCATT 1281 GGAGGCTGGTAAAGCTCCCTAATATGTTGCCACCATTATCATTGCAACCAAAAAAATTCTGAAGATTGTGTGGTGATCTA 1361 CGAAAGAGATAAATAATTACTGTTATTTAAACCCAAGTGAAACAATGACGGCAGCAGCATATTATCAAGAAATTTAAATT 1441 ATGCATGAAAATGTGATTTAAAAACAATGTCCTTTGGGTAACACACAAGAACCTACACTTTCACAGACAAGGACTCGACC 1521 TCACATGTCACAAGCTACTAAAGCAAAGTTAAGTGACTTGGGCTATGAAATTTTGTCATGTCCATTTTAGTCACTGGACC 1601 TTTATTCCATGGACTACTGTCTATCATTTGGAGCTTTTTCTAAGAAACAATGCATTCCCCAATCGAGATGAAGTAACTGG 1681 AAGATGTTAACAATTTATACAGCCTAACAAATGATGAATTTTATAAAAGTTAGACCTTTAATATTCTGTTGGAAGAAAAC 1761 TATTCATGCTCCTGATGCATATTTTGATTGAATAAAACTTATTTTTTTAAATACATTGTTTTAATTTTGACCTACAAAAA 1841 CAGCAATTTCATATGGTACAAGGTAATACAAGGTTTTCTCCATTTACCCTTGACTAGTTAGAGGTGAGTACAAAATATTT 1921 TCAGTAGTTGTAAAATATTTATCTTTACAATTTTAGGAAACAAAATGATATAAACTATACTTCTAGGTACTCCTTTGTGT 2001 GAAAACTTTACCAGTTGAAGCAGGTTAAAATGCAGTATTTTGGGCTGACAGGCATTTGATGGTGTTCAGTAGTGTACTTG 2081 AAGATCTCATTTTACTTGGATTTTTTATTATACATATTTCTCTAAATGTTTAAGGACCTAGTTATGTTGCTCCTGAAAGT 2161 TTAATGAGTGCTGATTTTTAATAAATGATGCACTGTATGCTGTATGCCTAGTTGTAGCATCAGATCATGATTTATTATTA 2241 CCCTGAATAGAGCTAGATGATAGATATTTTGAGTAGAACTTTCCAGTGTTCTCAGGAGTTAACACTTTACATGGTAGTAC 2321 TTGAGTTGTGATCATTACTAAAATCAATTATGCAGTTTCTTAAACCCTTTATCTCTTTAAGTTTCAGTAGTTAGCTGTTT 2401 TTGTGAAAATGAAATAACTTCTCCCAAGCTAGTCTAAAGGTATGTGTTATGCAATATAATTCATTTTCTATTTCCACATA 2481 GTTGTTTTTAAAAACCTACAAACAGGTGAATTTTTATTCAGGTGTTTAGGTCTTCAAAGCACCTTACTTAAATAAGAATC 2561 TGTAAATATTCAAAAGAAAAACTCACGGTTCATTCTGATAGTGAATCATAGCCAAACTGTAATCATAGCTGATGAATAGC 2641 GTTCATGTGTTTGAATTAATTTTCCTGCTAGTTCTACATTTGTCTCTACATAATGCTAAGTCAAAAGTTATATAGATGCT 2721 TTTGGATGGAATAAGTGATGAACTGTAAGAATAGCCAGATGATAATTTGTCTGAAGAAGGCTATTATACAAACTGAAATG 2801 GCTTCTTAGGATAAATGATAAGCTGCCTTCAACTTTAAAAATATGCAGTGATGGAAAAAAACACAGGTGGAATTGTACCT 2881 TTTTTGGTATAATCCCTTTCCTTCACTGAAAGTCCTCATCTTACACACACACACACACACACACACCCCCCACAGTTTCT 2961 CCAACATCCTTGAGTTTTGCTTAAATTCAACCTGGCTAACTATGAGCATCTAGGTTTACTCACCAAAGCTAGGTTATTGA 3041 CAGAAAGGTGGGTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTTGCCAGTCTTGCTCTGTTGCCCA 3121 GGCTGGAGTGCAGTGATGAGATCTCGGCTCACTGCAACGTCTGCCTTCCTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCC 3201 TGAGTAGCTGGGATTACAGTCGCCCACCATCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTCACCATGTTG 3281 GCCAGGCTGGTGTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTAAGC 3361 CACCACGCCTGGCCAGACAGAAAATTTTAAAAAGCATCAGTTCCTTTCTCAGAACTTGACTTGCTCATGCACTAGAGAAT 3441 TTGTGGTCCACATGCTTCTAGGTGTTACTCGATTCACTAATACTGAAACAGCTCAGCTTGTGAAAGATAAATTGTTCTTC 3521 AGACAGAGTGCTTAGAATTAGATTTGTGATCAGTGTTTTCCTTTTGTGTGAAATACTTTAGAGTACTGCTATAATTGTTA 3601 TTCAAATTAGAAGGTTATATACATAAAACTAAAGATTTTCTTGTACTAGTGCTTATTCTTCATAAACACAGTGTAAAGAA 3681 ATCTACTTTTTTGGTGGTTTGTTTTAGACTCCCAACTCTGCCTAGTGGCAGAAAAACCTCTTAATAGTGTGGGTCATCAT 3761 AAAATCTGCCAACTTTAATCCAAATAAGTATCAAGAGTCTTCATTCAATATTCTTTCAAACTTGTTTGTCTCGAACAAAT 3841 TAGAGTTTTAGCACTTATTGTTCAATGTACTATAGTAATTGTATTTAATAGTAAGAAAATATATAAGCAATGATTTTTTA 3921 AAAGGGAGTTCTCAAGAGTTTTGGATTTCTTTCTGCCGTGTATAGAGGTTTCTTATGCATGGACATTTGTGCTGTTTTAT 4001 ATCTTTTTCAATTAAAAAAAAATTTAAAGGCATCAGGCTCCCTAAGTTCATTTGTAAATAGTGGCTTGGAACTCTACACA 4081 ATAGGGAAGCTCCTAAAGGCTCATTTAGACCATAATCTAGTTAATAGTATCATGCTGAACTCTCAGTTTTCTTTAGGAAA 4161 CCAATCAATCAGTGTAGGAGGGAGAAAGAAGCAGAGGTCTTGTCTTTTTCCTGATGTGATTAGGAGGTTAAGTTCTTTGG 4241 TGTGGGTTTCTTTGCATTTGCCCCCTTACCATGCTAAACTCTGGTGAAATGTATAAGCAGCCTTGGCTTTTCCTCTCCTG 4321 GGTGCTCTGTGCTTCAACATTTTATATCTTTCCTCCCATCAGAAATCCTGTGTCTTTGTGTGGCAGTAGTAGTTGGCTAG 4401 ACTTTAAGAGAAAAGCATTTTCTACTAAGGTATGAATGAAGATAGTGGGAAAAGTGTCATTAAATTTCTTTTTTAAAAAA 4481 GTATGTTTATTAAGAATGAATCTTTAATATCTAACATTTCAGACAATATGACCGCATTTCAGATACCATGGGAAGCAGTA 4561 CATTTAGTGAATTAGCTGGTACTGTCTGAGGGTACTTCCAGTTTCCTTTAGGCTGTTGTGACTTTTCACAGCTTCCTCTC 4641 CTCTAATTCTGAACTTAGAGATTTTCTTCTCATTTCTAATTTTTAGTAGCTTATTGTTCCATCCAGTAGAGCATTATAAA 4721 AGTCACATCTGCATCTTCCAACTTATGGTACAGTGATGGGAATTTGGAAGCACCCCTGGAGCAAAGAGGCTAGGGATAGC 4801 ATTAACATCTCCCAAGACAAGTGGTATAGGGGAAATGAAGGAAAGACTGTGGCCATGTATATGCCAGGCGTTAATACATC 4881 AGAGCTGCCTGTATTTAATTTAAAACTTTTGATGAAACTCAGTGGATAAGCATCTTTGTCATATTTTGTCAATAATACAT 4961 TACTTGCAATTATATTAAAACTTATTCTAAATACCTGTACCTTTCTTGTTCTGTAGATGTGTAGATGATGTTGCTTGTTT 5041 GTCAAAATATTATCTTTTATAAAAGAAAGTCCTGCTTCTTATCATGATGTATGTGACTTAAATGATTGTTTCATATTAAA 5121 ACTATTTCTTCCTTATGTACTGTTTACATATACCTCTTTTTGGGATATTAGTTCAGTACTTTTATACAAATCTGAGTGTG 5201 TTCCACATTGGTGACATGTATTTTTGCAGTAACTTTTTGTTTTGTTCTTAGAACATGTCTAAAGTAACACATGCACTAGT 5281 GCTGTGGTCTGTGGCAAAATTACTGTAATTCAAATTGGAAAAAAAAATGTTTCCAGACTTTGTCCAACATTTATTCCTAT 5361 GGCAAAGGAAATTACTATGTAATACTAATTATTTCTTATGCTGGTATGTTTTAAGCTACTCTATGAAGTATGTGAAACAT 5441 CAATATTTATGGATTAATAGATGGCCTGATGTCTTTCAAATGGGAGAGGAGTAAATTTTAGTGTTACCAACTCATGACAC 5521 TTGTAATACAATAAATCTTAAAATTTTTATTTTCCACTTACAGGTATACTTTACTAAATAATTACCTTAAATGGCAGTGC 5601 ATATTAGGATTTTTTAGCACATACTACTAAAATTATATAGTAACTTTTAACTTGTGCTGATATTTCCCAACCAAAAAAGA 5681 CATCATTCACTTCATCATAACCAAAATAAGTAGTACTGTAATATTTATCTTCATTTATTTAGACATGATTAAGATACCGT 5761 AAGACTCCTCTAATTTACCTGGAATTTTTAGCCATTGATTCAAGGACTTGAATGCTGTTTACTTGGTACTACCTAATGAA 5841 AGGATTTGGTAATAAAGGTTATAATCACGATTTTAAAGAAAAATGTTTCATCTTGAAGGCAAATTTTTAAGCTTTTTATT 5921 TAGAGGTGTTTACTTAAGAATAGTAATTTAAAAGCATTCTTATTTTGTCATTAAGACAAGTACCCAAAAGAATTGTAATA 6001 AGTAATACTTGGCCAATGCAAATTTGTACATTTGAAATCATACACTTGAAAGAAAAAAATGAAGGCTTGTGAGTGCTTAA 6081 ACTGCATATCTTTTTAAAAATTCAAATTTTAGACATATCAGTTTAAATTATCCTTAATAAGGTTTTACTATGTCAGTGAT 6161 GTATATTACAAAATGTCTACCTATGTTATGTTAATGATATCTCTATACTGCATCATATTCGGCATGGTTATGGTATATTT 6241 TGTACTTTTGATTGTGGACTATTGATAGGATTGATATAGCAATAAATCTGATTCAGACTTAATATTTTTTAAAACGCTAG 6321 ATACCATACTGTATCATAATCCTATTATATTTGACTTGAATGCCCAAAATTTTCATAGTTCTATATTTTATGTTAAAAAT 6401 TTAGTATTACATGTTAGGGATTTATTTTTGTCTGCTATTTTCACATACATTCTTTTAGAACTGAGTCTGTTTCTATTTAG 6481 ATCATAGACGTCTAAAGAAGTATTATTAATTCATGAACTGCTTTGTGGAAAAATTTAAATAAAGTATGAAATGACTAGAT 6561 TACCCCAAATTGTTTATTTTTTTTTTTGGTTAATGACCAGGTTACAATTCTCAGACAAATGAAATTGGCTTGATAACTGA 6641 TTGAATATAGTAGATAATGGAAAGTTTGACTCTTTAAGGGCTTCCAAGTGTTAAATACATTCTCAATTCTGAATTACTTC 6721 ATAGTAACTACTTAAATAATGGTAAGCCAATTCTCCTTTTTCTTTTTGAGATATTTAACACAATTTGCGTCTTCTGATCC 6801 CATTCCCTTCTTCCCCAAAAACCATGCTAGAATTTAAAATTGGAAGAGTTTAATTTGTCATCTACATTTTAGTTTTTTTA 6881 TTCTATAGATAAGTAAGAAGACAAGTAGACGTTCTGCTGTCAAGACAGTCCATGTTATTGTTGGCCATTCTTTTCAGGGA 6961 TAATGCTTAATGTTATTTGTGCGTTGTATAAGGAATGTTGTTTATCAGTATATAGACCTACCATTAGTAGAAATGATGTA 7041 TGGCAGGCTTTCTTGAATAATATGTATTGTAAGTTTGTTTCCTATAGTGTTATTATGGTTCAGATTCTTTTAAATAAAGC 7121 TAGTTTTTAAAGAGAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | BC-3 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM796040. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796040 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000302000.6 | 3UTR | UUGGCUUUUCCUCUCC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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172 hsa-miR-500b-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT059905 | HDGF | heparin binding growth factor | 2 | 4 | ||||||||
MIRT235394 | KDELR1 | KDEL endoplasmic reticulum protein retention receptor 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442246 | PYGO1 | pygopus family PHD finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443591 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT453280 | EFTUD2 | elongation factor Tu GTP binding domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT463540 | ZBTB7A | zinc finger and BTB domain containing 7A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465589 | TNRC6B | trinucleotide repeat containing 6B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469462 | REL | REL proto-oncogene, NF-kB subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT485449 | KCTD15 | potassium channel tetramerization domain containing 15 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT486682 | WDR81 | WD repeat domain 81 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489078 | POLM | DNA polymerase mu | 2 | 2 | ||||||||
MIRT493734 | GREM2 | gremlin 2, DAN family BMP antagonist | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494872 | DYNLL2 | dynein light chain LC8-type 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496130 | RNF103-CHMP3 | RNF103-CHMP3 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496489 | CHMP3 | charged multivesicular body protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496924 | CLMN | calmin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497297 | TMEM119 | transmembrane protein 119 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499103 | AGRN | agrin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT508979 | CXorf38 | chromosome X open reading frame 38 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509911 | NIPAL1 | NIPA like domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT512820 | ARRDC2 | arrestin domain containing 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT512827 | KBTBD6 | kelch repeat and BTB domain containing 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT515360 | MRPL52 | mitochondrial ribosomal protein L52 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT516610 | TRIM58 | tripartite motif containing 58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517053 | TLDC1 | TBC/LysM-associated domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT517637 | ZNF491 | zinc finger protein 491 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518270 | LEAP2 | liver enriched antimicrobial peptide 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518625 | STAR | steroidogenic acute regulatory protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT518887 | N4BP2L2 | NEDD4 binding protein 2 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT519026 | PAICS | phosphoribosylaminoimidazole carboxylase and phosphoribosylaminoimidazolesuccinocarboxamide synthase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT520365 | UBE2G2 | ubiquitin conjugating enzyme E2 G2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521106 | SLC1A5 | solute carrier family 1 member 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT521943 | PHC3 | polyhomeotic homolog 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522253 | NPEPPS | aminopeptidase puromycin sensitive | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522853 | KIAA1551 | KIAA1551 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT522868 | KIAA1549 | KIAA1549 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT524207 | DDX19B | DEAD-box helicase 19B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT526004 | ARHGAP27 | Rho GTPase activating protein 27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527769 | RRAD | RRAD, Ras related glycolysis inhibitor and calcium channel regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527827 | TMEM74B | transmembrane protein 74B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT527861 | SMOC1 | SPARC related modular calcium binding 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528040 | WT1 | Wilms tumor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT529802 | ZDHHC8 | zinc finger DHHC-type containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531723 | TARS | threonyl-tRNA synthetase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT531996 | BARD1 | BRCA1 associated RING domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533338 | UNC119B | unc-119 lipid binding chaperone B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533621 | TNFRSF13C | TNF receptor superfamily member 13C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533652 | TMOD2 | tropomodulin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT534397 | SENP3 | SUMO1/sentrin/SMT3 specific peptidase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT538686 | CCDC80 | coiled-coil domain containing 80 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540444 | RBM43 | RNA binding motif protein 43 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT542586 | ZC3H12C | zinc finger CCCH-type containing 12C | 2 | 8 | ||||||||
MIRT542796 | PLEKHA3 | pleckstrin homology domain containing A3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT542991 | ERC1 | ELKS/RAB6-interacting/CAST family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT544424 | ZNF460 | zinc finger protein 460 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT545740 | ESF1 | ESF1 nucleolar pre-rRNA processing protein homolog | 2 | 4 | ||||||||
MIRT552618 | ZBTB8A | zinc finger and BTB domain containing 8A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT554456 | SAMD8 | sterile alpha motif domain containing 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569663 | PRIM1 | DNA primase subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT569924 | PCSK9 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570140 | IL1RL2 | interleukin 1 receptor like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573558 | TMEM120B | transmembrane protein 120B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574282 | OPRD1 | opioid receptor delta 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT575335 | Fbxo6 | F-box protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607057 | IDS | iduronate 2-sulfatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607078 | POM121L7 | POM121 transmembrane nucleoporin like 7 pseudogene | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607500 | HEBP2 | heme binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607530 | ABL2 | ABL proto-oncogene 2, non-receptor tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607808 | RHBDL2 | rhomboid like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608079 | ZFP14 | ZFP14 zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609119 | NUDT3 | nudix hydrolase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609745 | PTCH1 | patched 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT612904 | HIF1AN | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit inhibitor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618720 | PCSK2 | proprotein convertase subtilisin/kexin type 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618778 | HLA-E | major histocompatibility complex, class I, E | 2 | 2 | ||||||||
MIRT619015 | SLC2A6 | solute carrier family 2 member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623223 | MSANTD4 | Myb/SANT DNA binding domain containing 4 with coiled-coils | 2 | 2 | ||||||||
MIRT623819 | GEMIN6 | gem nuclear organelle associated protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT625704 | OPTN | optineurin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626437 | CHDH | choline dehydrogenase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628087 | KAT7 | lysine acetyltransferase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT628936 | APOB | apolipoprotein B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT633543 | PGBD5 | piggyBac transposable element derived 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634348 | SGOL1 | shugoshin 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT634611 | KIAA1919 | major facilitator superfamily domain containing 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT635243 | QPRT | quinolinate phosphoribosyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636681 | BTLA | B and T lymphocyte associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636923 | ZNF845 | zinc finger protein 845 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT637606 | ZNF554 | zinc finger protein 554 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639242 | RANGAP1 | Ran GTPase activating protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640835 | POLR3A | RNA polymerase III subunit A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642098 | FBXL2 | F-box and leucine rich repeat protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT643087 | PTPLAD2 | 3-hydroxyacyl-CoA dehydratase 4 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT643934 | C17orf104 | meiosis specific with coiled-coil domain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT644353 | FXN | frataxin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645628 | SF3A3 | splicing factor 3a subunit 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645754 | FAM213A | family with sequence similarity 213 member A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646329 | MVB12B | multivesicular body subunit 12B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646817 | COX19 | COX19, cytochrome c oxidase assembly factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647019 | ADCY2 | adenylate cyclase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT647621 | IGSF9B | immunoglobulin superfamily member 9B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648517 | PIGG | phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class G | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648871 | ABCA6 | ATP binding cassette subfamily A member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649620 | ITPKC | inositol-trisphosphate 3-kinase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650062 | CCDC134 | coiled-coil domain containing 134 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT650734 | TNFSF8 | TNF superfamily member 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT652389 | TMEM55A | phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 4-phosphatase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT654352 | RBM27 | RNA binding motif protein 27 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT655796 | NOVA2 | NOVA alternative splicing regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657329 | HNRNPK | heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657734 | GOSR1 | golgi SNAP receptor complex member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT660613 | ANO6 | anoctamin 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT661243 | ARL17B | ADP ribosylation factor like GTPase 17B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662245 | PGBD4 | piggyBac transposable element derived 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662921 | MED18 | mediator complex subunit 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662963 | JPH2 | junctophilin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663347 | ZNF74 | zinc finger protein 74 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663528 | MASTL | microtubule associated serine/threonine kinase like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663547 | CCR6 | C-C motif chemokine receptor 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663977 | ZNF786 | zinc finger protein 786 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664084 | METTL2B | methyltransferase like 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664358 | C16orf45 | chromosome 16 open reading frame 45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664421 | TIGD6 | tigger transposable element derived 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664476 | ZYG11B | zyg-11 family member B, cell cycle regulator | 2 | 2 | ||||||||
MIRT664979 | TDRD1 | tudor domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT665128 | PYCRL | pyrroline-5-carboxylate reductase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666259 | SLC31A1 | solute carrier family 31 member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666321 | SLC16A10 | solute carrier family 16 member 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT666881 | POLQ | DNA polymerase theta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT668469 | FADS6 | fatty acid desaturase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669554 | ALG14 | ALG14, UDP-N-acetylglucosaminyltransferase subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669835 | ISCA2 | iron-sulfur cluster assembly 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT670185 | CCDC142 | coiled-coil domain containing 142 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672020 | PXMP4 | peroxisomal membrane protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672070 | KIAA0930 | KIAA0930 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672475 | RTTN | rotatin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT672851 | ICOSLG | inducible T-cell costimulator ligand | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673090 | AK1 | adenylate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT673581 | KDELC2 | KDEL motif containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT674586 | SLC35B4 | solute carrier family 35 member B4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT675001 | STRN3 | striatin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679018 | MTMR10 | myotubularin related protein 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT679680 | STAT3 | signal transducer and activator of transcription 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682833 | FLG2 | filaggrin family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT682886 | SAR1A | secretion associated Ras related GTPase 1A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT683442 | AP3B2 | adaptor related protein complex 3 beta 2 subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687040 | RNF115 | ring finger protein 115 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691957 | RHOH | ras homolog family member H | 2 | 2 | ||||||||
MIRT694625 | ZFPM1 | zinc finger protein, FOG family member 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT695637 | SLC26A2 | solute carrier family 26 member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT697640 | WRN | Werner syndrome RecQ like helicase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702009 | MIDN | midnolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT702034 | MOGAT1 | monoacylglycerol O-acyltransferase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704789 | CDK6 | cyclin dependent kinase 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705728 | AMMECR1L | AMMECR1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT705879 | ADM | adrenomedullin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT706220 | ACOT9 | acyl-CoA thioesterase 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT708418 | CERS4 | ceramide synthase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709114 | C3orf18 | chromosome 3 open reading frame 18 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT709595 | ITPA | inosine triphosphatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710945 | MRPL45 | mitochondrial ribosomal protein L45 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712345 | NLN | neurolysin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712530 | CYTH2 | cytohesin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714019 | ASCC1 | activating signal cointegrator 1 complex subunit 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717287 | ARMC12 | armadillo repeat containing 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT717733 | FGF1 | fibroblast growth factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718083 | CLIC5 | chloride intracellular channel 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718562 | MUC20 | mucin 20, cell surface associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT721639 | MYLK3 | myosin light chain kinase 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722632 | C8A | complement C8 alpha chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723177 | CDCA4 | cell division cycle associated 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT725523 | FAM229B | family with sequence similarity 229 member B | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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