pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4653 |
Genomic Coordinates | chr7: 101159473 - 101159555 |
Description | Homo sapiens miR-4653 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4653-5p | |||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 10| UCUCUGAGCAAGGCUUAACACC |31 | |||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Biomarker Information |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CLVS2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C6orf212, C6orf213, RLBP1L2, bA160A10.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | clavesin 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001010852 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CLVS2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CLVS2 (miRNA target sites are highlighted) |
>CLVS2|NM_001010852|3'UTR 1 TAACTTCTCTACATCCCCTTCATGGATTAGAAATGGAAAGTATTGGTTTTCAGCAACAGGGACAACACTGTAGAGGAATT 81 ACCAGCTGGAAACCGACTTATTCATGTTAATGTAGCATAATATATAACAAGGCATCAGGCTTTCCTTGGCCTGAACCATG 161 GGGGCCCTGGGCTGGATTTTTAAAATGTCAATAATTTATTCTGTAAGTGCCAAGTTGTTTGTAAATATAATGTAATCTTC 241 ATGTCAAGTTTGTAAATTTCAGTAGTAACTCAGTTTGGAAAAAGGTTGGCTCAAAAGTCCATGCCAGTGTTATGAACTAT 321 AACAAAAAGCAGAAAAGACACAGTCAAAGCTAATTAAATGTAGCCCTCTTTCCTATGAAGCCATATTTCAGCTCTCATAG 401 TGATTGTTTCATTGTTTTTCTCTGAAACTCTGTCAGTATTCAAACATACTCTTAACGGGCACACACAACTAAGTGATTCC 481 AGGAAATTTTATGATTAATGTATTTCCTGTCTAGTGATTTTCATTTCAGAGAAATGTGTCTTAGTAACTATCATTGGCCT 561 TGCATTTTGGAGGCAAGGAATGGCAGATGAGCTGGTAAACTGAACACTTGAACTCTTCTATGTTGTTTAATTCTTGGAAT 641 CTTGTGAAAAGATGTGTTTCCTCAATTAAGACGTAGAAATGTAAAAAAGAGTGGATTCTTTTTAAATTGCTGTCTTCACA 721 ATGTGCCCTTTATTCAAGACCCTATTATATTTCTTCCTAATGTACTCTAAGTACATTTCCCCTCCAAAACTCTTTGACTA 801 AGAGAATGAGAACTCATGTGAACAGTGTTCTGACAGCTAATTTTGAACATAAAATTTTCCACTTACAGATGAGGGGCTAA 881 TTTCTAATTGTTGTGCACTGGTTAAAAAGTATATATATATATATATTCACACATATATATTTTTACTGAGCTCTAATAAA 961 TCCTTAATGTGACAGGCTTATAAAATAAATCATAGATATTCAATGATCTTATGGATAATTACATGAGATAACTCTGGAAA 1041 ACTACTTCCACTGAAGTTAATGAAAAGGAGAAATAGTGAAACTGACTTTCAGTGTACCTATTTAAAGGAATTCCAAGTTA 1121 ATTTATAATGCAATCTTACATATGTGCCATCTTATTTGAACTATATTTTTCCTTCAAAGAAGCAATAGGTCTCAACATAG 1201 TGTAGGTAGCATCAGGTGACAGAAAGCCAATTTTATTTTCAAATTTAAGTTAATTATCTTCGTGATCCTATTTATCCACA 1281 ATTTCTTTCAGAAAAGACTGAAAAAACACATTATATTCAGGAGATATAATGAAATTATTGGAAGGCATCTATGACAACAT 1361 GTAATCATTTATACGTGGATTTAGAAATTTGCATATTTAACATTTTATTTCATAAAATTTATACAATTACAGCAAATCTT 1441 AATTTTTTAATTTTAAATTTCAATGTGAAAAAATGATTTTTATCACCCATAATAAATTTTGAGATTGAGAGTTTACCATT 1521 AAAGTATTCTTTTGGAAGAAAAATATCTCAGAAACTCTTGGAAACCAACAAAAATAAAGGCATGTGTCAGCCTTCATATT 1601 TTTTGGCCAAAAGCTCCCAAAATTTGTTATAATTCTGCAGCCAAAAATTGTAAAAGCAAGCTGAATACACCAATGTACAG 1681 TGTATCAATGGACTGCCTCATGTGTGTAAAAATACATTAATTAACACAAATGAAAGATACCTTAATAATGCCAACCTCCA 1761 GTCAAGTGCAGAAGAATAATGACTGTCAGGCACTCTGCTCTCCTTGTGACTTTTACAGAGATTGGAATGCACTGGGGACA 1841 ACATGTCTCAGCAGTTCTTACCTTTATAAGAATTCTAACCATTGATATTCTTACATTCTTGCCTACCTGACATACATTTT 1921 GTAGCCATGGGCTTTTTAGACTATATAAATCTTAGGCAGTATAATCCATTGGAATAAAATAGAAACATTGTAAGTGCAGA 2001 GGGCAGTCAACTTTTCATTCTCATGAGTTTCTCTTGATGTGTACCATTTATTGCCAGTTTTCAGAATTCTGCCAGTTTCA 2081 GATGTCAACCAGCATTGGCAGCTTCTTTCCCCTATCGTAAAGTTAGTGTCATATATAAAAATAACTAGAAAGGCATATTT 2161 TATATGTATGCCTATCTAATTATAAGTATCATTCACACTGTCTCCCAGACCCACATTTGGAAAGTTTGCATTGCATTACT 2241 GCTCATCTTTAGATGAGCAATTGAGAGTTGGCTAGATTGTGTAAAATATTTTAAAATGAATGAACAAATTACAATGATGA 2321 TGCCTTTTGAAATTACCATATCTAGTTCATTCTGTGAATAAACTCATTTTCTAGTAATGTTTGTGAACCTTAGTCAAGGG 2401 ATATTCATTCAACTTTATAAATTTACCCCTCAGCACCAGCTATCTAGCACTGTTTAGGAATTTTTCCCTTCATGATATTC 2481 TGTGTCACATCCTATGTCTATGAATAACCTATACACTATAGTTGTATGCCTATAAGCACTCCTATACTCTTGTATTTTAA 2561 TTGCAATAGTATACCTCCACTCTCTCTCTCTCTCTCATACACACACACACACACACTCTTACACACACACTAACACACTA 2641 GACTGTTTGCCCTAATGAATTTTCCTCTGTACTTCGAGAGCTATTTTAGTTGTCTTGTCACTTGAAATTTGCGGGCTTCA 2721 AAGAATTATCGCATTTGACTTGGAATGGTCCAGTAGTCCATTTACTTCTTTCACCCTGCCTGTTCCATCTTCTATTTCTG 2801 ATATTTTTTCTTTCTTCCAGTTATTTCAGGGGCAGGTGATTCCAAAGCTGGTTTAAAAATAAATAACTTCTCTTATGTTG 2881 TCAGTGATGTTTGCCTGCATTTTTGACTACTATTTAAGAGGGAAGAGATTATCATGAAAATATACTCTAAGAAATATGAA 2961 GAAGTGCCTCTTTGAAAATGGAATAAAGCAACGTTACTGGCATATGGATTTTATTTGTACTCTCTTCCAAAAAGTAAATA 3041 CGTAAATCTATATTATATAGGTGAAATATAGATATCATTTGAAGAAGGATATTTAAGGCCTTTATTTGAACATACTCATA 3121 CAGTATTAAGTCTCTGTTGTGTAAGTTAAATACAGTAACTTTAGTACATGTTAATGATAAACGTGGCACTAGGCTAAAAC 3201 GATATACGAGTATTAAACAGAGTTTTGCAAGCAAGTTTTTGAAGTGGGCATGCATGAATTCTTTCATTTCAGTAATGGTT 3281 TGCATAAGTGTAGACAGAGATATTTCCTAAGTTTTTTCATATAGAATACTTATTTACTTTATAGTACCAAAAATTCATAC 3361 ATTCATAAGCAGGAAAGCCAAAAATTCATACATTAATACTTAGCTTTTTTAATACTGTTAACTAGGTCATATTGTTAAAC 3441 ATGTGAAGCGTCTGTAATATTCCTGAGGGAAAAGAGGTCCCTCTATTGCATCAAGAAATTGGAGAGTTGTTTTAGACATT 3521 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CTCAAGTTTGTGATATTTGTATGTGTGGGGATCAAAGAGGAAAATATATAGTAATTTGTTTCATCAAAATGACGTATTCA 5361 ATATTCTATAACTTCTAGTCAAACTTTCAAATGAAAGTTTGAAAGAAGTAAACTAATGTTTTAATTACATATAGCAAAGG 5441 AATGATCAGTAAATAAAATAACTAGGGTTTTCACATTTGCAATAGAATGACTGGATTAGGCAAGAGATTAAATTTAGAAA 5521 TTTGAATTACAGAAAAGCATTGGTTTAAATAAATCCTCAAAAAAGTAATCCCAGGTCAAAATATGATGTGAAATTAAAAA 5601 AAAAATTCAGCCTGATTTGAGAAAGAATGCTTACTCAATAAATATGTATTTGTGTCTTCTGTGAGTTTCCCTCATTTATC 5681 CTATCTGTGGATGAAAAGTCATCTAATAAGGTATAAGAGACTCAATTACATTTACCTAGAACCATCTACAAGTAGACTTC 5761 ATGAATTTCTTTGGCTCAAACTCAGAGGATTTTCTTTACACAGGATTCTTGAGGTTATCAAGAATCGTTATTGCTGCTCC 5841 CTCCTAAAGGCAGGCCAGGAGAAGCCACATTTCCAGCAGTAGTATCCTCAGTGGGAATGAACCAGAAAACAAAGAAAAAG 5921 CCAGAGATATTGTCTCCACTCTCGTTACAAAAAAGTGCGTTCCTTCTTCAGGAGGATCGAGTAGAAAATATTTTCTACTC 6001 GAAGAGGCCATGGGGAAGTGATGGTCAAATCTCTGTTGTGAAGCAAGTTTCCACACAGAAACATCATCAAAAACACGTAC 6081 CTCTGAGCATCACTTCTTTCTCTAAAAATAAAAATAAATATGCTGTTTTCCTCCCTTTTTTCTAATTGGCATCATAAAAG 6161 TATAAGAAGCCACAAATGCATTGTTGCCACTTAAGAAAAAAATCCTATGTTATACATATATGAACATAATTCACTTAGTT 6241 GCATATGATTGAAATATTTGCATGCTGGTTTATAAATTATTACCTAAAAGTTTTATGAAATATAATTATTAAGTTTTAGT 6321 GCTAGAAAAATTGTTGTTTTTTGTGTTTTGTATTCATAGGGAAGACTAGTAATATCCCTTACTCCTCATTCATATAGCTA 6401 ACAATTTTAATTGGATGGCTAATGGATATGGCGGATTTAACATTTACAAAACCAAACTACTTTCACTCTGACCCTGCTTC 6481 CCCTTTAGCCTTCTCATCTCACTATGTGTCGACCCCAATCTTCCAGTTTCTAGGAATAAAAATTTTGGAGTCATCCTCTC 6561 TTTCCTTCCTCTTTTTCTTTCAAAACTACATCACATCAGCTAGCTCATGCTGTTGGGTCTTCAAAATATATCCACACTCT 6641 AACCACTTCTCCAATCTTCTTCACTGTATTGGACCAAGTCTTCAACATTTTCCATCTGGAATATTTTAATAATCTAAAAA 6721 CTAGTCTTCTTGCTTCCAGAGTCAATTTTCAACACATTAGCAAGAGTGAGTCTCTTAAAATGTAACTCAGACCATTTTGT 6801 TCTCCAAACCCTCTGAAAGAGTAAAAGCCGATGTCTTTATATCAGTGTATGAGAAGTCTTGATATGAAGGCAGTAAGCAC 6881 CAGTACAGCAACATAGCATGGTTTCTGATTGGGCTGGCATTTTTGCTGGTACTATGAAAAAATAGTTGTTAAATACTTTA 6961 ATTTCTTGCTTCTGAAGTTCTCTACCCCGTTCTTGCCTTTTCTTAGATAATCTCTTAAGAATCTCTCCTTTATTTACTGC 7041 TGCCAAACTGTCATCTTTGCTGTTCCAGGAACTTGCTAAGCATGCCTCTACCTCAGGACTTTCGCATTTCTGTTCCCTTT 7121 GCCTCTAATTTCAGATATCCACGTGGTTTATTCCCTCATCTTCTTCAGGTATTTGCTTAAATGTCATCTTCTTTGTGAGG 7201 ACTCTCTTTCCTAATTTTAGATGAAACAGCCCTGTGGTTCTTCATATTCTCCTTTCCTGCTGTATTTCCTCTCCATAGCA 7281 TTTATCACCTGATACACCATACAGATTATTTATTTACTTTGCATTTCCCCCCAATAGCAATGTGAACTCCACAAGGGCAG 7361 GAATTTTTGTCTGTTTACTACTGCATTACTGGTGCCTTGTACAGTCCCTGGAACTTAACAAATCCAAAATGATTTCATGA 7441 GGATCCTAATTTGTTTCAGCAAGTTATGTAACGGCCAATAGTATGAATTGAAAGAGTTTCTTGTTGTCTTAATTTAAAAA 7521 ATTTTGTTATTTATCTTCAAAGGGGAAATTTTACCCTCTCATGATAATAGAATCATGAATCAAAAATGATATCCTCTTCT 7601 CCCCAATTGTGATCTCTATCCCTGAGCCTAAGTTTTACATCAGTATTTCAGTTTTGTCTTTAGAAGTTACTCAACGATCA 7681 CTGGACCCTATATCTATCCACATGGCTTACTCTTGGAGAGACTACAAGATAGCTCAGGGGAAAAGTCATTTTGAGATTAA 7761 AACTACATGGAATTGTTCTTTATGGATTATCATGGTTAATTTCAATTTTTAAAAATATGCAGGAAGTTAAAAGACTATAA 7841 TTCCAGTATTGGAAGCCAGTTTAAGAGAATATGACTATGTAGTTACTTTTAATGGAAAGGGGAAGAAGAGGAAGAAAAAG 7921 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CCCTCTGTGATATCCTTTTTTGCCAACCTATATGAATGTGTTTAGCGTCACTTCAGATATAGAGTTCAAGCTCAAGTATA 8881 CACAGCACATGAAAGATCCTATAGTTCATGTTCTCTTAGGTTGAATTTTCTTTTCATAATTTTTTATGATTGAATTCTAA 8961 GGGTATGTTCCTTGGTAAATTGTGTTAATTATGTCCACTTTATAATGGATTTAACAATTTTACAAAGCAGATCATTGTTT 9041 ATTATATTCTGAAAACCATTATATTAATATTTTATTTCTTTTTTTGCAGAGAAACTATTGTCTTTTTTGATTTCTGAGGA 9121 TGAATGAAGTACTGTTAAATAAAATGTCACTAAATGAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | BC-3 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |