pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4464 |
Genomic Coordinates | chr6: 90312742 - 90312833 |
Description | Homo sapiens miR-4464 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4464 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence | 12| AAGGUUUGGAUAGAUGCAAUA |32 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TEAD1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | AA, NTEF-1, REF1, TCF-13, TCF13, TEAD-1, TEF-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | TEA domain transcription factor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_021961 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TEAD1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TEAD1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TEAD1|NM_021961|3'UTR 1 ACATGGTTATTTATATATATAGATATCTGTATATACACACACACATATGTGCACACACACACTCTCTCTCCATTATCGAA 81 CGACTGACTGTAAACCTCACCACACAGGGTGGTGCCCTGGCCCCGAGGTCACCCCGACTTTTCTAAATCTTGTTTGAGTG 161 AAGTCATTTTTTCATGTGTTCATACTATCATTGTAGCTGTGAAGTTCTGGTACAGTTGTAAAAAGAGAAATTGAGTTGTT 241 TCTCTATGTTCTTCAGATGTGCAGCCCACAATTCCTCGGGAAAGGTGAACCTGAACAACCCAAGTCTCTCTCTGCAGAGC 321 CCTGTTTCTAATTGTGGTAGAAAATATTGAGACAGAGCATTTGCCATGGGACATTTACAGCCTTTATACAAATGTATTTA 401 GTTCTCTTTTTTCCAACATAAAATTCTTGTTTTAAGATACAAGTAAAATTAATCTTTAAATATAAATGTAAATTAGTACA 481 CAAAACTAAGAATCTTTAGACTTATCTTTGTAACTAATTAGGGTGGAAGTTATGAAAGAATGTAATTCACTAAATTATTT 561 TTTAAATGAAACCTTTTTTTTTCTTTTTGAAACCAAATGTTAAACTATAGCCTTAAGAAATGCTTGGTAGAAGTGTCCTA 641 ATGAGACAAATTTGTACTTTTATCCTCAAGGTTAACACTAATCTCCTAATCCATTAAACTCTTGAACAGGTATTACAAAG 721 GAAGAAAACTTCACCCCTTATCCTTAACATATATAGTATATTTAAAAAATATAAAATTGTATTGTACTAATGTGATGATG 801 GATTATTTAATGAAAAAGAAAAAATGGCTCTTTTTGCAATAAGTAGATACATACTGAAAAAATCTAAACTTACAATGTTT 881 ATAGTCTTGTGTGTGCAGTTATATTTTATATGGACGACCAAATTTTTTATTAAGATGAGTAAATATTTGAACCACTGAAT 961 TTTAATAACAAAATTTTAAAATTGGCATGAATACGGAATACTGCACTGTGAGATGCAAAGTATACAGAATCTGTGGCTGG 1041 GAGAAAATTTCATCAAATAGACAAGTAAAAGGCTCATCAGTTTTAGCATCTCTGCTCCCCAGAAAATTGTAAGCATCCTC 1121 ACCAGCCTGTGGATACATTCTTTATTTCTAGTGACCCAATATGCATATTAACCTGCTATAACTAGGGCTATATGTGTAGG 1201 TATGTGTATACATATACACAAATGCACATATAGAGTTAACACATTTAGTGAACACTTGTTTAGTGTCACTCAGTTTGCTA 1281 GGTGCTGATATGTACGTATATCTCAATGTGTCTGTAGACTTAGATACATCCTCTTGAAGCACATCCATTTCTTTAGCGTC 1361 TCTCAGTAAGTTACAGTACTTGTTTGACTTAGGTTTAAGAGGCCCAGCTACCTATCTCTGACCTTTTCAAATAGGCTCAT 1441 TTGGGAGATTCTTTTGCCAGGAGAGATTCAACTTTCCAATCTAAGTATTCCAGAGCATTGCCCAGGCAGAGTTGGTTTGA 1521 TGTGGCCAGATGTTTTGAGTTATTTCCCTTAAGTGTTTCACTGGGGAGAGAACAGGGAGTGCTCCTCCAGCTTCCCAAAG 1601 AAATATGTTTTTGTAAGTGGTAGGAACATGTGCACACAATAGAACATGAAATAAGTTTTTTAACTTGTAAAACATGTCAA 1681 GATTTTTCCACCAAGCTAGAAAATAAAAAACTTAGTTCTACCACATCCAATTAACTTACACACCCCCTTCCCTGTCTCAA 1761 CACCTGCTTTGACCCTGCTTTTCTATTATTACATCAGTCAGCATCTTGTGGTCCCTAACATGAGGATGTGGCTGGCTCGT 1841 GGGAAACAGCAAAACACTAAGCCTGACCTCTCCCAAATTGGGAAGACCAGAGGAGAAAGTGCAAAACTGTCCCCATTTGG 1921 AATGCCCATTCCTTCTAGAAACCAGTTGGACAGTGCTCCTCTGCCCTTCATAAACAGACTACTGTTGGGTCCCTGATTCC 2001 AGGCTGGCCTGTGAAGGATTGCCCCAGGTGTCCCCTTTCACGGTTGTCACATTTACAGTGACTTCTGTTGAACACCCCTC 2081 TTAGGGATGTTTCTTTTGCTCTTATTTCCTGCATCTTTCCTTAAGGGAAGCCCCATCCTCTCCCAGGACCAGGAGTTTAT 2161 GACCAGGCGAGCACAAATGGCTAAAAGCCAAGCTGTCCTAGAACTTCAGTGGGAGAGCTGTCTGGTTCATATTCTACCCA 2241 GGAATGGTACTTTTCAGTGCAGCCAGGAGGGCTCTTGGGATTTCCTTTCCAAAGCACAAAAATACTGGGACCCAAGAAGA 2321 ACAGCTAGAGGACAACTCTGTTGGCACAGAGACGGGGACAGCCCAGTCTGCTGACCTCACAGGGTCAGCTGGGCCCCCCT 2401 GGTGCTTCACCACCTGCATCCTCTTGCTCAGAATGCCTTTGCAGTTGAGTTTTCTGGGTTTCTATGATTGACCTTGAGGT 2481 TTACTCCTTGCTCTTACAACATTTCTAAGGATTTTTAAAAGTTTACTTCTTGTCTTGTTCTTCTAAAGCTTTCTCCAGGA 2561 CAGATATTTTCCCTGTCTTAACCACTGGTCCAGTCATCCCAGTGGGCTTCTCTTTGTCTCTCCCAGATTAGACCTTTGGG 2641 TGAGATTGGCATCACAACATCTAATCTGAGTCTGTCTTTTGTCCTTCATTCTGTATGGCAGTCTCCCTTTGTTATAAAAG 2721 CTTTCTAAAGCATACTAAAGAAGCCTTCCCAGAGCCCCGTCTTGCTTCTCTTCCAGGTGCTCTATCCCCTCGAGACCCTC 2801 TGGTGCCAGGCTTGCTTCACGGCCATCTTGTGTTGTCACTGCAGAGTTTGGAGGCCAGTTTTCCACAGCCTAAACAGGGA 2881 GGAGCTGCAGAATGGGGCTCTGGTCTCTGGGCATTCATTTCCCTCATAGAGGCTGAGAATAAAACAAGGACTTATTCACA 2961 CATGTTCTAGAACCCCAGAATGGCCCAAGTTACCTGAGACCAGGGTTTCTCAACCTTGACACCATTGACATTTTGGACTG 3041 GGTAATTCTTTGTTCTGCAGAGCTGTCCTTTGCACTGTAGGAGATTTACTAATATCCCTGGCCTCTACCCAGTAGTACCA 3121 CTAGCACCTATTCCCCACCCAGCGTGTCTCCAGATATTGTCAAATATCCCATCGGGTGCAAAATGATCCCTGGTCAAGAT 3201 CTGTTGCCCAAGATGTTACAGGTCACAATGACCACATTTGAAATTGTTTTCCCTTTCATTTTACCCTGTGAAAGCATCTC 3281 TCCTAGAGCCTTGCAAGAGGCAGGTGACATTGTGTCCATATTTCTTCCTGTTTCAGAACTTCTGTTTCACAACAATTTCT 3361 CTCTCGCTACAAGTATTCTTTCACTCAGCACTGGGGAAGTTGGGAACAGCTGGTCACCATCATCCCTTTAATCAACTCAC 3441 ACCTGTTTAAAGAGTGTTTCTGATTTGACCTTCATCCCTTAGTTTACTGGCGTTAAAAAAAGTCTCAGCAATTTTCATTA 3521 TTTCTCGTGGGTCTCATTATCAAACCTTTACTTATTTCGGCATATTTCCTCTGGGCTTCTTCTAGTTTCTGCCTTACAAG 3601 CAATGCTGTTCTGTAAATTTATTGAAACCTCTGGAACATTTCACCTTTAGAGATGGAGGATGGAAGGATTGGTACCAGAA 3681 GAGGGCTAAGATACGTTTTCTGTCTTGAGCTGAAAGCACAGTCTACTCTCCTTCGTTTTGTCGATGAGAAAGTTGAGGCC 3761 AGAGGGGAGGTGACATGTTTAGAGTCACCCAGCTGGTTAGTGACAGAAAAAGCGTGAGAGTTGTCTAGGATTCCTGCCAC 3841 TTTGGTCCCTGGCCTCTCCTGGGGGAGGCTGCTGTTCTTAGGTGCTCTAAGCTTAATCCCTCAGAATGTGTGGACAGGTC 3921 AGCTTAGAAGAGATGGGGAGATTCAGGATCCCCCTGTGCCAGAGCACAGCCTCACCGGATGCTGCTTCCCACACTGAAGT 4001 GTCCTGTCCGACCATTGCTATCTGAGGCATCCACAAGCAGGTAGGAAAGCTGGCGAGCCATTTTACTTCCTGAGGACAAT 4081 TCCCCAGCCACAGGCTCTGAGTCAAATTTCTATTTGGTAAGCATCCTAGCAGCAAAGTCCTGCACTCAGACCAGCCAAAA 4161 AACAGCCCCCATTCCAAGTACTTGGTGTCAAAAGTCCCCGAACGACTTTTAAACCCAAGTCTTCTTAAGGTTTCAGTACT 4241 GTGGTGGCTTTAGCAGTTGTTTTTGTGCAACTATAAATTATTTAAATCATCTGAGATGACAGTCAATTTTACAAACCAGG 4321 TACATATTAATTTGTATAATTTTGTATATGCTCTGGTACACTACCTGAACTAACGAAGGGTAGAACTAATTCTGTTTGTC 4401 AGTGTTCACACCTGTAACATTAGGAGGATATGTCTGCATTGCTTATTTCTTTATGTTGGTGTTTCTGTGGCAAAGCCCTG 4481 CACATGGCATTTCTGAAAAGCCTTAAATCTTTAAGATGTTGCATGTAGGGTATGCAGTGCAAAAGGCTGCCTCAGAACTG 4561 TGAGCCCTTTTGTAAGCTGGAAGCATTTCTCTTACTACTGTTACTTTTGTAGGAAGTTTTCAATTCAGAGCTGCCAAAGT 4641 GTTCCCGTAAGCAGTGCCTTAGTAATACCTTAGTCATGCCGCCAGCCTTTTCTTACACCAATTCCTAATGTTCATTTACG 4721 AATTGGCCCAATATTGGAAACAAAACAAGCAAAAATTGTCTTCATTTTTGTTTTGTAAGCCCATTTTTTCTCCAGTTCTA 4801 TAGGAAACTGACTGCTTGGTGTAAAATCCGAAACTGGACACAAGTCAGTTCTTTCACCACACTCAAATGTATATACCAAA 4881 ACAAAAGGTTGCAACTTCATAGTTTACTATGAAAAGCAAATTGTACTTTTTAATGTTGCCTTTTAAATTCATGACCAAAT 4961 ACTTAGCTATTTGTGAATCTTCTGCACTCTAGCATGAAAGTGCCTTTGGTTTGAGATTCCAGCTTAGAAAAGTGCTGCCA 5041 TAATAACGATAATTTGTAGAGAGACCAAAAATATTTTGAGATCACCGTAATGCCTTTGGTTTACCGGGATGAGTAACCAA 5121 CCACAGGCCTCTGTTCACAAGAGCACGACGTGGTCCCCGCCTGCTGCTAGTCTGTCTGCCACTGGGGGCCTCCCAACATC 5201 CATAGCACACTTCAGCGGAAGGACCCCAGAAACTGTTGTGTTTGTGTGTGCTGATGACCTAGTGTGTCATTTCACCTCGT 5281 CACCCAGCCCTGCGTCCGGATGAGGGGACTTCTGCACAAATGACAGAATCTCGGCTGGTGGACAGATACTACAGCTTTCT 5361 CCTCCTCCTTGTGTTCGTGTTCAGTCTCTGTGGAGACTTTCTTTTCCATTCAAATGACAGTGCGCACTTATCTGGTTTAC 5441 ACAATGATACCATTTTGAAAGTTGGAAGCCTCAAACTGAGACGACAGTGCAGAACAAAACAAAAGTGAGTTAGGGTCGTT 5521 AAAATTGAAGTGTTCTTCTTAGGGCAAACATGTTGACTCCGAGTATTGTGTATGAATGTGCTACGAGAAACTTCCAAAGA 5601 GCACCATTCACAATTTGGCATTTTCAAAGAATGTTCCAGCCCTCAAAGGGGCAACTCTTTAAAGTCCTTGTTGGCTTTTA 5681 TCCAAACCTTGTAGAAATTGGGAAAGCTGATAGAGGTAAGGAAGACGAGTGAAAAGGACAAGAAGGCCAAACACCAGCCA 5761 AAAAGAAACTAGGAAAAAAAGATTTTCTTTGCTAATATAGATGTAAAAATAACATCAGACATCTTTGAAAATTAGCCTCT 5841 AAACTCTTAATACATACGTTCTGTGTGTCTCTACCTGGCGTCTTTAAGAATATCCTCTCTGGGCTCTGAAATTTTAGGAG 5921 TGATTCTTATCCACTCCAAGTTGTAAGTATTTGTAGAAATTTGTGCAAACAAACAAAAACTATCAAATGAAAAGAAAATG 6001 TACTCAACCTAACTTATAGTTAGCAGCTGGAATTCTCAACTCTTCCCTGCCAGCACTATACCACAGTGTGGAAGAAATTA 6081 GTCAAATGCTTGTTTTCCTGCTTCTCTTTTCAACTGTTACTGTGCTTTGTTTGAAAGTAGTTTTCTCTCTCAAAGCCGTT 6161 GCTTATATCGTTAAGAATGAAGGTTTGTGTTTAAAATTTATTGCATTGCAAAGGGTAGTTTCACTGAAGTCATGCACCAT 6241 TAAATAAGATGAAATATTTGTATTTATTGTCCTACTTCCTAAGCCGTAACTTCTTTTCCTCTGTGAATTTGCATTGAGTC 6321 ACTCATGCTACACTACATCGCTTTAGTATTTGAGATGGCATTTATGTTTCCTCTCGTTTATCATGAAATGGGGTCAGATT 6401 CCATCAGATTCCACCTCTGTCAGGTGGACTCTTGTCTGCCTTCCATGATGAGATTTTTTTTCTCCTTCCCCTTTCTTTAA 6481 GAGAGGCTGACAGATCTAGGTGTCAATCAATTGGAAACCAGTCTCTGATTTTTTTTCATTAGTTATTTTCTATCATTAGT 6561 TTCACTGTGTAAATTAGATATCAACTGCACTTCTTTAAAAAAAAATACATCTCCCTATTACCTCCTTGAAAGATTTACTT 6641 CTGTAGGCCTTTTTCAATAGGCTCATGACTGCAGACAAGGAAAAAAAAAGTAAAAACAAAAACAGTATGTGCCTGAAAAT 6721 GACAAAAAAAAAATTTGTAACATTTAAAAAAGAAACCTGAATAGCCTTTAATTCTTTAATAATACACTTAAATTTTATGT 6801 AAATCGGTTTTCGCCACGTGTGTTTGTTCACATTCTAAATGACTTAATGGGATTCTCACGGTCTGTGTCTTTGTGTCACG 6881 TGTATAAAATGGGCTTGTGATGTAAGCGTTTCATCTGGTCAGTGGTTCCTTTGATATTGTACTGCTGCTGGGAGTGGGCT 6961 GTGGAACCTGCCTTCGGGTAACTGGGTTCCTCTTGGGTAGATTGGAGAGATGGGGGTGGGCGTGGGCAAATTCTCACACA 7041 TGTTTTCTTAACCTATTTGCAGAAACTTTCAAAAGGCATTTGATTAAACCTCTTGGCAGTACAGTATTCTTGTATTTGTT 7121 AACGTCTGTGTTTAGGTACTGGTACCTTTTTGTTTTAAAATGTTCTAAGTGTTGGCTTTAAAGTGAATTTATCTTTAGTA 7201 TGATAGTTATATGAAAATTATAGGATTTGTGTGCAGAGAATTTTTTTATAAAGTGCTTTGTAAAAAAAAAAAAATGTATT 7281 CTAGCTTTTGCGGTACATATGTGTGATAACTTTAATACCCATGACAGTTAAGTGCAATTATTTCATCACTCTAAAAATGC 7361 TATTTTTGTGTCAGTTCCTGCAGGTGTTTTCATGTCTTTGCAAAGTGACACATTTTGATGCCTTCTTGATAAAGTGGTAG 7441 ACATTTTGTAGCTTTCTAGAAACTTTGTATTCATACGGTATCAATGAAAAATAAAGAAAATGAAAGTGTGGGTCAAAAAA 7521 AAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-3 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796040. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796040 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000361905.4 | 3UTR | UUGGCUUUUAUCCAAA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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81 hsa-miR-4464 Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT056004 | ARL5B | ADP ribosylation factor like GTPase 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT061568 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT078651 | ICT1 | mitochondrial ribosomal protein L58 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT087551 | YWHAH | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein eta | 2 | 4 | ||||||||
MIRT088139 | SEPT2 | septin 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT095089 | SEC24A | SEC24 homolog A, COPII coat complex component | 2 | 4 | ||||||||
MIRT099065 | FOXC1 | forkhead box C1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT150194 | MIDN | midnolin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT178173 | EIF5AL1 | eukaryotic translation initiation factor 5A-like 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT178942 | C11ORF57 | chromosome 11 open reading frame 57 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT188776 | SESN2 | sestrin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT267026 | EFHD2 | EF-hand domain family member D2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT307213 | ACVR2B | activin A receptor type 2B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT324750 | ACER2 | alkaline ceramidase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442732 | TEAD1 | TEA domain transcription factor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT444087 | C12orf73 | chromosome 12 open reading frame 73 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT445527 | KLF9 | Kruppel like factor 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT449604 | INIP | INTS3 and NABP interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT451129 | ZNF99 | zinc finger protein 99 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452271 | RPL30 | ribosomal protein L30 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452486 | DDX4 | DEAD-box helicase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT454868 | DNAJC15 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C15 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT455773 | TSPAN6 | tetraspanin 6 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT463844 | WRN | Werner syndrome RecQ like helicase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465036 | TTC39C | tetratricopeptide repeat domain 39C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT465176 | TRPV2 | transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT465294 | TRIB3 | tribbles pseudokinase 3 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT467931 | SLC16A7 | solute carrier family 16 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT471906 | NUAK2 | NUAK family kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472724 | MTUS1 | microtubule associated scaffold protein 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT479785 | CCND1 | cyclin D1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT482446 | ADM | adrenomedullin | 2 | 10 | ||||||||
MIRT485365 | MYLIP | myosin regulatory light chain interacting protein | 2 | 12 | ||||||||
MIRT498399 | KIF6 | kinesin family member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT503202 | ACTB | actin beta | 2 | 6 | ||||||||
MIRT503819 | TMEM242 | transmembrane protein 242 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT504706 | ZNF117 | zinc finger protein 117 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT507802 | CDKN1B | cyclin dependent kinase inhibitor 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT509968 | KANSL1L | KAT8 regulatory NSL complex subunit 1 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT517306 | ELF4 | E74 like ETS transcription factor 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT523900 | ENPP6 | ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 6 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT532018 | NOX5 | NADPH oxidase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535334 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT536944 | HCN4 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 4 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT539322 | AHSA2 | activator of HSP90 ATPase homolog 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT540189 | GSTM4 | glutathione S-transferase mu 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545015 | ZNF439 | zinc finger protein 439 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT545265 | TRIM36 | tripartite motif containing 36 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT547230 | PAG1 | phosphoprotein membrane anchor with glycosphingolipid microdomains 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT548425 | ELOVL5 | ELOVL fatty acid elongase 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT549910 | ADH4 | alcohol dehydrogenase 4 (class II), pi polypeptide | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550185 | TMEM106C | transmembrane protein 106C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT550775 | ENOX2 | ecto-NOX disulfide-thiol exchanger 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT552401 | ZNF487P | zinc finger protein 487 | 1 | 1 | ||||||||
MIRT554782 | RHEBP1 | RHEB pseudogene 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT557311 | HIF1A | hypoxia inducible factor 1 alpha subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT558635 | CNNM2 | cyclin and CBS domain divalent metal cation transport mediator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT563168 | RPS14 | ribosomal protein S14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT564886 | YWHAE | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein epsilon | 2 | 2 | ||||||||
MIRT565778 | SEPHS1 | selenophosphate synthetase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT566480 | PDCD4 | programmed cell death 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT567206 | IGFBP5 | insulin like growth factor binding protein 5 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT568931 | SMCR8 | Smith-Magenis syndrome chromosome region, candidate 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT570698 | FBXO41 | F-box protein 41 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT573474 | MTRNR2L9 | MT-RNR2-like 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576170 | Hmox1 | heme oxygenase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT607555 | GLI2 | GLI family zinc finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT608203 | ERBB2 | erb-b2 receptor tyrosine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT609779 | VWC2L | von Willebrand factor C domain containing protein 2 like | 2 | 4 | ||||||||
MIRT616312 | CELF2 | CUGBP Elav-like family member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT617190 | CDH13 | cadherin 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT626842 | RPLP1 | ribosomal protein lateral stalk subunit P1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT636438 | MARCH1 | membrane associated ring-CH-type finger 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT639101 | GLIPR1L2 | GLI pathogenesis related 1 like 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT691018 | CRTC3 | CREB regulated transcription coactivator 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700008 | RPS21 | ribosomal protein S21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT701144 | PANK1 | pantothenate kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712691 | NUDT7 | nudix hydrolase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715505 | MAZ | MYC associated zinc finger protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT722509 | PTPRC | protein tyrosine phosphatase, receptor type C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT724982 | TNS1 | tensin 1 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Associations | |||||||||||||||||||||||||||
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miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||
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