pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-4662a |
Genomic Coordinates | chr8: 124821985 - 124822051 |
Description | Homo sapiens miR-4662a stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-4662a-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 6| UUAGCCAAUUGUCCAUCUUUAG |27 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | HCN1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | BCNG-1, BCNG1, EIEE24, HAC-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_021072 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on HCN1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of HCN1 (miRNA target sites are highlighted) |
>HCN1|NM_021072|3'UTR 1 TCCCTGCTGATTGTCAAAGCAGAAAGAAATACTCTCATAAACTGAGACTATACTCAGATCTTATTTTATTCTATCTCCTG 81 ATAGATCCCTCTAGCCTACTATGAAGAGATATTTTAGACAGCTGTGGCCTACACGTGAAATGTAAAAATATATATACATA 161 TACTATAAAATATATATCTAAATTCCCAAGAGAGGGTCAAAAGACCTGTTTAGCATTCAGTGTTATATGTCTTCCTTTCT 241 TTAAATCATTAAAGGATTTAAAATGTCGTTGTAAGATTATTTATTTCTAACCTACTTTTACTTAAGTCCTTTGATATGTA 321 TATTTCTCTATTTTATGAAGAGTTCTTGGATTCAATGGAAACAAAACTGATTTTAAAAAGGCAACTCAAATGAACTAGTA 401 AATAGCACCAATCAAAACTTTCTTTCATTAGCTGTGTCTCTGCATCTAAATTGTTAATCATTAATGGTGGAGAATTAAAT 481 AACAAATCCCATTTTATAGATCTAAATTGTATTTCGGTGCTTTCAATTTCAAATTAGGTTAAAGAATGCACTACTTGCTT 561 GGCCACCGTAGGAGACTAGCATTGCCACTGTTTGTTAAGAATATCACTAACCTCAAACATGTTCATTGATCTTTCAGAAA 641 GCTGAGGGAAAATTAATATTTGTCTTCATGTGTTATCGGACTTTTACCAAGACTCGATCAATGTTAGTTGTAAATAACTT 721 TTTCAACCCAAATAAAAATAGCTATTCTGTGTTGTATGAAGGTAAAAGTCATTGTTTAAGAATTTAGTTTTATTGCTTCA 801 CTTCAAAACTTAGAGTTTTAAATTTTACAAAACCTGATTGTGAGAATTATTCAATTGTAATGCAATGGCTTGAAACCTAC 881 AATATTATTTTAACCTGCAATGTTTTATGCAAAATTGTATGCTCGAATCTACAAATTGCTTGTATTACACCAAAAATCGT 961 TACTTTTCTTTCTTCTTGCCATAATCAAGCATCTGAAAATAGTCCCTGCATGCTTCTGGGGAAAAAAAAATAGGTTCAAA 1041 TCAGTCATTGTAGAGAAAGGCTTACAGTATTTCTCGTTTCTAGAAAAGCATAACAATTCATTAATTGCCTATCTTATAAT 1121 TCCTATAAGGCTGACTTGGATCTCTGACTTAAGTCTAGAAGTGAGGTTTTCACTTTTATTTAATATTATTGCTATTATTA 1201 TTTAAATAATTATTTGTAAACCACAGCTTGATTTGGAGTTAAGTGTTGTCTGTGTCTTCACTGTAGCTGGTAATTTACTA 1281 TGGTATTAATTTAAAGAAATAAATTCAATACAGCATCACGTCTGTTTGGGAACACACATTTTGCTCTATGTATATTGTAA 1361 CTAAATGGTTAGTAAACTTTAAGGCATGTGGTGACTAACGTAGCCCTTAGATAGGAGGTTTGTCATTTTTAATGTGTTGA 1441 AAATAGTACAGACATGGTGACAGAAAGCAGGGGTAAAGTTGAACGTCTATGAGCATTGTCTGTCTGTTTTCTTAACTCTT 1521 TACATGATCTGTGAGCACCTGCTTCTTCTCAAAGAACTCCCTTAGTAATCATTTGTGCCTAATGCATCCCACACATGTGG 1601 AGTATGACTGGAACACAATTGAAAGATTCCTAACAACTGGCTGCGGTAAATAACCCAAGTTAAGAGCATGACTTAAAGTG 1681 GAGGTCTTCAGTATCTCTGGCACTGGCAATACATTTAAGAACATACAGAGATCACACATTATGTGGGACAGGGCCTGCAG 1761 ATAGACTTGAGGACAGAAAACAAAAACAAAAGCAGAAACTCTAAAGTGGATCCTTGCTGCCTGTTATGCCTTTTGTGGAT 1841 ATAATACCTATAATACCAAAATGAGTTGTTATGTTTAATTTCAAACAAATCCCAACTGGTGTGGAAGTAATTAACTGCTA 1921 GTCGATGTAATGTAATCATCAATATGCTGGTGACATATGATGGCATGTCAGGAATACTGTTGTAAGAAAGGGATTGTTCA 2001 GTCTACCTAGAACCTATGGGAAAGCTGCAAGACCATTTACATATCAGTACAAAACTCCTTTATTTTATTAAAATATGAGA 2081 ATTAACTTCAATTTATTAAGATTACGTATTGGTCCTTTAAATTATTAAAGGTTTACATTTGATAGGATTAATGGATTTGG 2161 TAGTGAAATATTTTTATATATATAAATTTTTGGTTTTTTATTTTGAGCACTATTGGGAAACATAAGCAAAATTGAAATGC 2241 ATGGTCTTTCAGTGCAACCATACAATTTTTATTCACTTTGTAATAGAATGGACAAAAAAACTAAGGTTTATATATTAAAC 2321 TAATAAAAAGGTACAGGGTAAATTATATACATATATGTATGAATGTATATATACTTAGATTAAGAAAAAAAAATGACTCA 2401 CATTCCTGTAATATAAAGGTCCATTGCTAGTTGAAAAGTGACCTCTTTTCTCTGTACATAGTGAAGCCCGTATGTATGGA 2481 GTTTTAATCTGTACAGAAAGAAATGTATTATTCATTGGTCTTTCTGCTGCTGGAAAGATAATAGAATAGCTGATTCTTAC 2561 AACAACTGTATGATCAGGGATGAGTTAGAGTATTTCTTTTGTCTTTGCTCAAAGCCATACATATATAAATATATATAAAG 2641 ATTATTAATAAATTCAACAAAAAATAAACTACAATCATGAATATTTTATTTTATCAATATATGCTAATCAAATGTTTTAT 2721 TTTATTAATGAGTACAGCTTTGCCTCTATTTTTACATCATAAAATTTCCAAGAGCTTATACTTGATAATCACATAAAATC 2801 AATTATATTCTATAATTCTGGAATGAGAGGACTTTAAATAGAACATGGATTTTTCAACCACTTCTTTGTTTACCTTTTTC 2881 GTATAGTAAAATATGAGCTTATTTTCTTTTTTGCTCTGTGCCTTTTTAGAATGTGGTTGTTCTCCAACTTCAAAACACAA 2961 CCATTTTGTGTAATTATTGGATATACAGATGAGAAATAATTTTCCTGTAATAATGGTAAATAATTGTCCTGTAATATATT 3041 TATACAAACCTATTTTGTTATAATAGTTCTATGACATACCTATTTTGTTATAATAGTTTTATAACATACCTATTTTGTTA 3121 TAATAGGGCCTTGGGCTCTATTATAACAAAACAGGTTTATATAAATACATTCATATTTATAGCCTTAAACAAAATAGGTT 3201 TGTATAGTAGGCCCAAGGCCCTATTATAACAAAATAGGTTTGTATAAATATATTCATATTTATAGCCTTGGGCCCTGCAA 3281 AGTTATTTGGAGAGTGATAGAACCTCCCCACACAAGTGGGTTTTAAATGATACCTAAAAGCCTGAGATAGAGTTTATCAT 3361 AATGAGAATAAGTAGTGAAGCATTCCTGAAAACAAGGAGGATAAATAGTAGCAATGGCAATATATTCTATTCACCAAAAA 3441 AGTAGCTTGTCTCCAGGTCTGGATGACCTCTTCATAAGTGAACAATTCCCTGATGAATGCTGTTCCACTTTAAAGAGATG 3521 GTTATTTTGCAATTTATAAACTTAACTGAGCATACTATTTTCAGGACACTACAAAGTACATAGTCAAGTTATTACCGTCA 3601 TTCCTATAGGACAGAGAATGATTTAAACAATATGACATGTTTAAAATTTTAGATGATTTATTTCAAATCCTGAATTATGT 3681 CTACTTCAAATTATGAGCAATCTCTATTATCTTTCAGGACTATTTAAAAAATCTCCATACCTCCTCTTTCAGCTTAGGTT 3761 TTTATATTTGTTAATTTTACTATGTTACTTTGCTTCTATGGCCCTCACTTGCACTGTTTATAATGTTAACCTGTTTGAAT 3841 GAGATATCTCTCCATTATATCTTTATCTTTTTAGAACATGTGCCATAAAACCCATGTGGTTATTTTGTTCATATGCACTA 3921 CAACTAGCAAACTTTTATTTTATGTTCACCTACTTTAAAAAGTACTCATACTGTACCATGGGAAAGAAACATGGGCCTTA 4001 TAGAATGGAATGCTGAGCTATTTTGAGTCCTGAAAACAATGGCCAAAAATTTAAGGAACTGTGGTTGCTGCATGCACCAA 4081 ATTGTAGCACATACAAATAAATAAAATACAGTTCTATAACTGTATTCAATATGGTTATTTTCAAGGAAAAATAGGATAGA 4161 AATTTTCTTTGAAAGATTTGCTATTGTACTTAGGGAAGTACACCTGCTATTACCCCTCAAAAGCAATGACTTTCTTAAGC 4241 AATTTCAATTTTTTTCCTTTTTAACAACCCTGCACTTGCACAACCCTGCATCTCTTGTCTCACCCTAATGCTGACCCTGC 4321 TTCCAATTCAGGCTTTGACAGGGACAAATGGAGATTTTAAGGTTTTTTAATGAGAGAAGCCTTGCTGACACTCCCCGCAT 4401 CCCACCTTGAAAATTATTTAAAGATGATCTTAAAAGAACCTACAGATAATGCTCTGAATTTGTTTACAAGGTCCTTGATG 4481 TGGAGAGAATGAGTAATACATTAAATGCTGGGGAAATAATTATCATTTAGTGAAAAATTAAGCATGCTTTTCTAAAATGT 4561 GGATGTTTAACAGAGCACAGCTGATTGGGAACACTGGCAGTTCAATGCAGCTGGAGTGTCTCACAGGGTGAAGAGGAACC 4641 CAGATCAAGTGGGAAATAGGGATTTCAAAAACCTTCTGAAAGGCTTTTAACATCAGGGCAAAGGTTTTACAGTGTTGTAC 4721 TTTATATTCTTAATTTAAGCTTATCAACGGGGAGGATTCACATTGAAATGTCTGTTTTGCTAATGTAACAAGGAATAAAA 4801 TAATTTATGACACAGCAAAAACTGGGGGCTATTTACAACCCCACCCTGCCTTGTGAGGATGCTGGGTCCTAAGGAAGGTC 4881 CTAGGTTTGCTAAATAGAGTAATGGGAATAGGAAACTGAAAGTTTACTTGCTTTGCGTAAGATAATATATTGCGGCAGGG 4961 AAGGGGTACAAGAAGATAAGAGCTAGAACCTGTGAGAAGGGAAAGAAGTGATAAAATAATTTTGGCTAAAATAAAGCAAG 5041 TTCTCAGGCCAGGCGTGGTGGCTCATGCCTGTAATCCTAGCACTTTGGGAGGCCAAAGTGGGAGGAATGCTTGAGGCCAG 5121 GAATTGGAGACCAACCAGGGCAGCATGTCAAGACCTGGTCTCTACAAGGAAAAAAAATTTTTTTAATTGACCAGTATATA 5201 CTTACATACCTGCAGTGTTTAGAAAACCCGACTATAGGTGGTGTATTCCTGTAGTCCTAGTTACTCAGAAAGTTAAGGCA 5281 GGAGGATCGCTTGAACTTAGGAGGTCAAGGCTGCAGTGAGCCCTGTTCGTTCCACTGCACTCCAGCTTGGGGGACAGAGC 5361 AAAACCCTTTCTCAAGAAAAACCCAAACAAACAAAAAAGTGAAGCCAGTTCTTTAATTTCTATTGGAGATATCACACACG 5441 CTCCAAAGAGTGGCAAAGGTGAACATTCTTTGGAGCTATTATATTTCTAATGTAACATCAATGGCCATTTACTCCCAAAG 5521 GGAAACATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATGGAGTCTGGCTCTGTCACCCAGGTGGGAGTGCAATGGCAGGATCTTG 5601 GCCCACTGCAACATCAGCCTCCCAGGTTTAAGCAATTCTCCTGCATCAGCCTCCAGAGTAGCTGGGATTACAGGTGCCCG 5681 CCACCATGGCTAGCTAAATTTTTGTAATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTTACCATGTTGGCCAGGCCGGTCTCGAACCCCT 5761 AACCTCAAGTGATCCGCCCGCCTCACCCTCCAGAAGTGCTAGGATTACAGGCCTGAGCCACCGCACCCGGCCCTGCTATT 5841 TTTTTCTATGTAGTTGTTTCAGTAATACCATATGAGCAGAGAATACTATTGATTCATTCAATTGAAGAAATCTGAATAAA 5921 TTAGTAAATATAATAATTCTTCAAAAGAGGACCACTTTATGTTTCCAATAGATTATATAATTGAATTCAGGTAACGTAGA 6001 GTTATTCAGACTTTTTTTTTTAAATAACGGAATTTTGCAAAAAAACAGGTTGCATCGTTTTCTACAGAGAATATTCAGAT 6081 GTGTAGAGGCAAAGAGACTTTCTTGAAAGGTTTTTATTTCCTGTTAAATTTGTGAGGAAAACTCCTGAGAAAGGAAAGAT 6161 TTACTTTTGAAGGAAGAAAGAACATAACCCAAAGAAATTTGAAAGATTCAAAAAGAGTTTTCCAAATGTATTCTCATTTC 6241 TTTCTCATATTTGTTCAAGGTCTTAGTTTCCAAGCATTCAAAATTAAATCTTGTTTGCCTAACTCTTCTAACATCTATTA 6321 CCAACCTAACATATTACAATTCTGTTTAAAATGTGCAGTTCTAAATGTTCTTGCGTGCCTCACTGTGGAAAGTGTGGTGC 6401 ATGGAACTGCAGCGTCAGTATCACCCAGAAGTATAATTACAAGAAGTGCAGAGTCCTTGGCCTTACCCTGTACCTACAGA 6481 AGTCCGCTTTTGGGCAAGATCCCCAGATGATTCATATGTGTATTAATATTGAAAAAATTGGAACTAGTAAGTCCTAGAGG 6561 AGGTAAATTTTAAGGGCTTTTTAAGGGAACTTCCAAGTGTGAAGACATTTCTGGAGATGACAAGTCAACATAGCATGGGA 6641 TCTTGGCTAGACAAGGAAAGCGAGAGAACATTAAATAAACACAAGCAACGACAAACCACCTATGTTATAATTTTATCCTG 6721 GACCATCCAAAGTTTACTCTTGGTCACGCTGTCTAACCCAGCCTGCCTCCTGGCACTTGCTAGTTAGAACCAGGGAAGAG 6801 AAAACTAATATGTGTTAGGTATTATAATTTCCTTATGTCACATAAATTTTGGTGCCATAGCTAGCAATGTTTCTTAATAT 6881 CACATCAGTACAATGTGTCCATTGCCTTCTGTAACATTTTTAATGCTATCAATAATACATTGACATTATAAAAATAAATG 6961 AATGTGGTCAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-3 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796040. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796040 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000303230.4 | 3UTR | UUGGCUAAAAUAAAG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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137 hsa-miR-4662a-5p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT106793 | TMEM245 | transmembrane protein 245 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT148293 | RNF138 | ring finger protein 138 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT231332 | KLHL20 | kelch like family member 20 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT301381 | PDXP | pyridoxal phosphatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441375 | PAPOLA | poly(A) polymerase alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441444 | MTX3 | metaxin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441500 | SPG20 | spartin | 2 | 6 | ||||||||
MIRT441517 | ZBTB10 | zinc finger and BTB domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441562 | LMOD3 | leiomodin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441619 | ROCK1 | Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT441633 | KDM5A | lysine demethylase 5A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441705 | ZIC4 | Zic family member 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441713 | FGF9 | fibroblast growth factor 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441779 | TXN | thioredoxin | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441917 | ACADSB | acyl-CoA dehydrogenase, short/branched chain | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441963 | BACE2 | beta-site APP-cleaving enzyme 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441974 | KPNA1 | karyopherin subunit alpha 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441977 | ZNF70 | zinc finger protein 70 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442043 | SEC62 | SEC62 homolog, preprotein translocation factor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442050 | KLHDC10 | kelch domain containing 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442150 | INTS6 | integrator complex subunit 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442186 | HOOK3 | hook microtubule tethering protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442255 | SPRED1 | sprouty related EVH1 domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442280 | CCDC108 | cilia and flagella associated protein 65 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442353 | OLA1 | Obg like ATPase 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442644 | NAMPT | nicotinamide phosphoribosyltransferase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442662 | GLRA2 | glycine receptor alpha 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442782 | HCN1 | hyperpolarization activated cyclic nucleotide gated potassium channel 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442861 | SCARF1 | scavenger receptor class F member 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT442900 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442922 | TFDP2 | transcription factor Dp-2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442930 | RWDD1 | RWD domain containing 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442939 | CA5B | carbonic anhydrase 5B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443014 | C21orf91 | chromosome 21 open reading frame 91 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443139 | ZDHHC21 | zinc finger DHHC-type containing 21 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443576 | PPIC | peptidylprolyl isomerase C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443584 | FAM84B | family with sequence similarity 84 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443596 | VAT1L | vesicle amine transport 1 like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443771 | STS | steroid sulfatase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443870 | DDTL | D-dopachrome tautomerase like | 2 | 2 | ||||||||
MIRT452489 | BANK1 | B-cell scaffold protein with ankyrin repeats 1 | 2 | 16 | ||||||||
MIRT461187 | TRIP4 | thyroid hormone receptor interactor 4 | 2 | 16 | ||||||||
MIRT464093 | VPS36 | vacuolar protein sorting 36 homolog | 2 | 2 | ||||||||
MIRT466637 | TAOK1 | TAO kinase 1 | 2 | 17 | ||||||||
MIRT466642 | TAGLN2 | transgelin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT469936 | PTPRF | protein tyrosine phosphatase, receptor type F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT489810 | LSP1 | lymphocyte-specific protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT490549 | TEX261 | testis expressed 261 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495069 | PAQR7 | progestin and adipoQ receptor family member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496723 | SRGAP2 | SLIT-ROBO Rho GTPase activating protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496881 | PLA2G16 | phospholipase A2 group XVI | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497017 | INO80B | INO80 complex subunit B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498347 | CISD1 | CDGSH iron sulfur domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498353 | ABHD17B | abhydrolase domain containing 17B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT503294 | GTF2A1 | general transcription factor IIA subunit 1 | 2 | 6 | ||||||||