pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-5189 |
Genomic Coordinates | chr16: 88468918 - 88469031 |
Description | Homo sapiens miR-5189 stem-loop |
Comment | None |
RNA Secondary Structure |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-5189-3p | ||||||||||||||||||
Sequence | 67| UGCCAACCGUCAGAGCCCAGA |87 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Illumina | DRVs in miRNA |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PHACTR2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C6orf56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | phosphatase and actin regulator 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001100164 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_001100165 , NM_001100166 , NM_014721 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PHACTR2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PHACTR2 (miRNA target sites are highlighted) |
>PHACTR2|NM_001100164|3'UTR 1 CGAAGAGTGAGACTATTTGGAAACAGAGACTGATCATCTTTGGGGGAAGCCCTGCTTCCTGAAAACCTGATATTGCACTG 81 GGATTTGAATGTGTGTGTTTCCGTTTAACTTGTGGTGAAGGAAGTGTGTGACTCAGCTTGGCTGGGAAGTGCTCCTCACC 161 TGTGTGGCCCAGATGGCTCCAACAAGCAAAAGGAAGGATGCAGTGACTCTTGCTGCCCAGAATGCACAGCGATGGTAAGA 241 GACACCGTGGATATTCTTCATCAGAAGCTTTAATCAAAGAAGATGAGCAGAAGACAATCACTGGCTCCCTGTTACCAGAA 321 AGCCAAATTTTATAATGCGGGTGAAAGAAAAATATAGATTAAAATTGCTGGGCACTGAAAAGGGGTGGGAGTTGGAAATC 401 AGAAAGAAAGAGAAATATTTCATTATGTTAATGAAGAAAAGAGAAAATTGAAGCATAAATGTATTTTTGAAGTAGTTATT 481 CGGTAGCTGAGAACTTATTAAGGGATTTAGGAATTTAACCTCCTGATGTGGATTCCTCAAAGACTTGATCGGAGAATACT 561 CTTGTTTCACCATTATGTTGGTACAGTATAGTACCATTATTTTATGTTGTGCCAGTGAATCCAGTTGCCAGAAATAAGTC 641 TGAATGTTTTCATGCATCTTTTTCTTAAATGCAAGAGCTTCTACTGACTCTTAACAAGCATGCTTACCCAAATTTTGTTG 721 CATGCTTTTAAGTAGCATTAGCTATGCACACTTGACATTTTTAAATATCCCTTTCCTAGTGTACCAGCCTTCACAGGATA 801 AGAGGACTGGGAATAAAGTCAGATGTAATGTGACCCTAGAAAACTGTAGCAAGCTTCAGAAATAAATCTTTTGATCTTTC 881 CCTATCTTGATTAGATCCAAAGTCAAAGCAACCATACTTCACCTAGAGAAGACAGTATTGGCAATCATGACACCTGTAAT 961 AAAAACTTGAATCCAAAGTCAAAACTTAAGCAAGATACAAATGTGCTGCCTGCAGTTAGTCCTGCATGGGAATAAGGACT 1041 AGTTATTTTTTTAGTGCTGCATTTTTTTAAAGTTGGATTGCTGCTATTTAAAAAAAAAAAAAGGACACAGATCAAAAAAA 1121 CACCCAAAGGCTTAACAGAACATGGAAAGTTCCCACTAAGTTGTGTGTGAGGAAATCCTCATCTTGTATTTTAAGAATCT 1201 GCAGATGGCATCCATAGATACAGTACAGTATTTACTGTCAATGCAAAAGAATCAGTGAGGTTAAAGTAGTGGAAGTTTTC 1281 CCTATGAGCCTACAGTCTGTATTGTTTACATTAAGAAACTCTCTATTATTGTGTTGCTATTTTCCATGGAGTCACAGGCA 1361 CACTATGACTTCTGCTCCCAAATACATATGACCATATGTAAATACCACCTTGCATTTCATTGTTCTTCACAAGTGCTTTG 1441 TGCCCCTTTAATTAAAAACACATGAAATGAATAACAAAACAAGACCCAAATAGAGTTTATTTTATTCTCAGAGTTTGGAC 1521 TACAATTTTCTAAGATGTTTCTGGTTCAAGACTGTCATTTTCTATTTCAACCGAAAAGTAAGCATTTAACCCGGTGAATA 1601 AATGTAGATCCTGCCATTCATTGGTATTTTAAAGAACCACTTGAAATCGGATCATTTTATTTAAAAATAAAAAATGTTAA 1681 TGCCAGTTGGCCTACTATAAAAAGCCAGGACCATGTTAGAATTAGGAAAAGTAACCAGCATTACTGCACCTCTTGTTAGA 1761 CTCTGTGCATTAATAAAACACACCTAGAGTCTGTTGTCATTTCACTAATAGGATAAGACAAATTTTTTGCTTTGAAAAAA 1841 TTTTTCTGCATGCCCAGGTGTCTGTCTCTGGCTGAGGTTTTGTCTATTTTACAGTGTTTCAATCCAGCCATAAAAATTAA 1921 CTTGTGATTTTTTTTTTCCCAAAGTCATGCTTTTCCTTAATTATATTTTTATTTTATTATTTTAGTGTCTTGAGAAAAAT 2001 ACCAAGAGATATAATGTTTCTTTTAATTGTCTATGCTTAATCATCTTTAAACACTTTTTAAATTTCTAACCACAAGACCT 2081 CTCTATAATGGTAAATGTAAGACATCACCATTTTATCACTCAAAGTATGTTATTGAAAGTTTCTATTTGGTTGATAAAAG 2161 GAACAATTTTTTCCCACTTTTGATGCCTGTGATGCAATTTTTTATTGCCTACAATGAGATACACTTAGTACAAAAAATGA 2241 AAATCTGGTATTTCAAAATTGCATTTCTTGTATAATAGGTCAGATTTATTAACTACTCATACTTTTTCTTTACACTAATC 2321 GATACATTTAGAAAAAATTTTCTAAGTTAGAGACAAGTTTAAAAGTAAAAAAAAAAAAAAATTAGCCACTGCTAGTCTAC 2401 TGTTTAGGTAATCGGAATCACCAATTATTTTATTAGAATGATGGCTTGAGTAAAAAGCTGTGGAAAGAATTAAAGGATTA 2481 TGAGCTAAGCTGTATTTTGCAGAATATGGTTCTATTTTAGTAGAGCAGAGATGAGACATATCCCCACCGGCCACCCAGCC 2561 AGAGGTCTCCTACCTGGGGGCCCTAAAGGGATGCAGAGGTCTGGCCCACCCTCCGTGCATAGGCACCTCTGTCCACCACC 2641 AGCGTTTCAGCAATCCAACCAGTAAGCATATGCTGTATAGGAAAAATAAAAGTGTGTGGGAATTGGATTTCTTTTGTTGT 2721 AACACAATTCCAGGTTTTTGGCTATTTAAAGTTTGACATTAGGCTGACATCGAGGAAGTAAGTGGGTTTTCCTGAGTTCC 2801 CAAGATATGATTAAGGAAGAAAACAAACCCATCTCCAGGAAGATCCCAGGCAGGAAAGAACTAGACAGATGTAGAAACCA 2881 AAGTGACCATTTTAGTTTTTTTATTGGAGAATAAAACATTAATATTAGGGTATTAAGAAGATGCTCAGCAAGCTTGATCA 2961 GAATCTTCATGGTCATTACCAATCAGTCTGACAAAATAGTTCTCTGGTAGTCAGCATTCATTTAAGGCAGCTTGCCTGAT 3041 AATTTCCTGTGTTATGTGAAGTGTCTTGCACTTTCACATGTTAGCTATAATTCCTTAAATTACTTAACTGAAATCTGTAA 3121 TAGAGAACCATTTTGGCATTTGAACAGCTATTTTACATGGAGAAAAAGCAAACACATCTGTTTGCTTTACCCAGAAAAAC 3201 TGACTTTCTGGTTTCATCTTCATATTGTTTAGTAGCATAATGAGAGTAGTCCTTTATCTTTCTCTAATGTTAGTAAATAT 3281 ATTCTGTTAGTAGGAAGTTCTGAAATTGAAGGGAAAATATATTTAAGGAAATAAAGGAATTCAATACACCCTTCAAAAGT 3361 CACCAAATACTGAAAATAAGAGATGAGTCCTTAAAACCTGAGTCAAAAAAGGTCCAGTTTTACAGCCTGCAATTAATTCA 3441 GGGCTGCGTTGGCATTAAAAAAGAAAATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGTATATTATA 3521 TATACAGTAGCTTACACTTAAAAGAGGAAAAATTTGCATTAACATTGCATATTCTGATATGTACCATATTAACACATAAC 3601 AGGCATTTTATTTATGCTTCATAGAATCAGACAGACACAACTTTCAAAAATCTTACTGTATTCACAATAGAAAAGGGTAG 3681 TCTTGTCTACCACAGAGGAGTATGTCCACACTTAATAATGAAAACTTTCTTCCTTTCCTGCCCAAAAATTTCTTCAGTCT 3761 GTTATTATTTTTAAGTGCCCCTTGCTGCAAATTTCAAACAGAGCAAGAAATCTTCCTCAGAGTAGGTGGTATGAAATTAA 3841 ACTAGTACAATATATATGAATTCATGTCATTTACCCCTGAGTATGGTAGAATTGTTAAAGCATTCTTAAATTCCAATTAT 3921 ATGAAGCCTATCATTACTAGGAAAAGTATATTCTTTGGGATAAGAATTAATTTCTTCACACTATTAGAGCATGTTGTGAG 4001 TAGTAAGGAACTACTTAGATGCAATTTATTTACAGAATTGTCCCTTGACCTCTTGAAATGGCTAGATCTTTCACTACTGT 4081 GTAGGTAGTCTCTACTTACTGGTAGGATAGATTACATTGCTTTACTGGACAAAGCAGAATGAACTTATATAACTAAAATA 4161 TGTCCTATATTGGCTGGGTGCGGTGGCTTACACCTGTAATACCAGCACTTTGGGAGGCCAAGGTGGGTGGATCAGTTGAG 4241 GTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCTGTCTCTACTGAAAATACAAAAAAAAAAAAGTATCTGGG 4321 CATGGTGGCTTGTGCCTGTAATCCCAGCTACTTGGGAGGCTGAGGCAGGGAAATCGCTTAAACCCGGGAGGTGGAGGTTG 4401 CAGTGGGCCCAGATCGTGCCACTCCACTCCAGCCTGGGAGACAGAGCAAGACTCCATCTCAAAATAATAATAATAGTAAT 4481 AATGAATAAAATAAAATAAAATATGTCCTCCAGGGAAAAGCAATGACAGAGTAATCACCAAATTAATAGGAACATCTTTC 4561 TAGAGAAAGTACATGCCCAGTTAGTTCAAACCCAGGTTTCAAAGAAGTAGCACTGGGCTCTACTGTAAAGGCAGGCAGTG 4641 ACCAAGAGGTGGTGGGGAGAGAGGTAGAGTACCCTCAAATCATTCCCATTTTCACTTCCAATTTCCCTTTTGTAATCATT 4721 AAGCTTAAGCTATGTATGGAAATGCAAAGCACCATTAGCATTTCTAGAAAGCAGCTGGAACCTTACCCACCAATGCTTTT 4801 TTGAAGACAGTATCATCCCAAATTTAAAAATCCTATTGTATATGTTGTAAAATTTCTGGCAAAGAAATGGAGGATCCTGT 4881 GGCAGCTATTCCCACCTAAAGCCAACCCTATAAGGATGGGTCATTTTTTAGCCATGCTAGGATTTACTGCACACACAAAA 4961 AATGTCATTTAGCTTGTCACATTGCTAGCACAGCTGCACATATGAGCAAAGCACTGTTGGTCTGTGTTTCTCAGTGGGGG 5041 TACTCTTGGCATTTGGAGCTGGATAGGTCTTTGCTGTACAGAATCATCCCATGCATTGCCAGATGTTTAATATCCCAGGC 5121 CCCTGCTGACTAAATGTCAGTAGCATTCTCAGTCATTGTAAACACCAAGAATAAAAAGCATTCCCCCAGGTTCAAATGCC 5201 CTCCCTGGGAGGTTGGTATCACCTCCCCTGAATGCCACTGTCTACTGCATTTTGAGGACACAGGGAGAAAAAGTGCCTAT 5281 CCTCAAACATTGTCTCTGCTGCCTTGCATTTCTTTGGGCCCTGAATGGTTTTTCTCCCTTCATTTTTCGAGCCTTTCTCT 5361 CAGTGCAGCTGTTCTTCAGGGAGGAGGTTACTGGGCAGCCTTGGCCATTCAGTGGGCATGGGGACTTGGCCTAGTCCCTA 5441 TATATATATACTTAAAGTCCCTATATATACTTAAAGGAGAGATCATACATGAAGAAAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT 5521 TGCCTTACAACTTTTCTTTAGAACCACATTATTGGTCATAATCCTTGTTACTGTCATGAGGATTGTTGCATGGGTTAAAC 5601 ACAAACACAGACTAGCAATGCACTTGAACAAACCTGGTGGTCTTTGGAAATAAATCACCATTAGATTTCACCTGGTTATG 5681 CTGCATCCCATAAGTTCCAAATGAATCACCTGCTTATCCTATTAACGAAGCATTTAATTCACACACAAATGCTTGAATTT 5761 CCCCTGTATAAATGTAGTCATGCGATTCAACTTTTCTAATAAGATTTGTGAATGCTGCATCATGATGAAAATGTGGATTA 5841 ACTGTGGGTTGCATGCCTGTTGTTCATACTTCAGTGATGGTCACACACAAAACAAGATGAGTTTTACTTAGGTGAAACAT 5921 TATTAAACTGTACTAACAATACAGAAACATATTCTCTTTGTCGCTTTTTATCACCAAAACTGAATGGCAAATATGTCTTG 6001 ACATTACTTGGATGAACTGTGGCTAGCAAAATGGAATTAACTTAGCCACTATAATTTTTTAAAACATTAAAGTTTCTAAA 6081 TTGTTTTTGGGGCCGAGTAACGCAGAGTCAATAAAGGTGGTTATATTGTAAGCTTTTAGATGGTGCTTAAGAATTCTTAT 6161 CTTTTTAAATAGCAGTATTTTTTTTTTAAGAATAAATTGTAAGGAGCAAATAAGGCAGAATGCCACTCTACCCTCAGGTC 6241 AATTTTATGGTATATGAAAATGCCAGTAATATTTGTGCCACTTGCCAACTCGGGGGAGGAGGGGCTTTTCCCTTACTGGA 6321 TACTTTTGTTATAGTTTGACTATGTCATTATGTTGTTTAGAGAGCCTCCACAATGAGAAGTTGCCACTGCAGGGCTAACT 6401 CGCCTTCAGAAATAATCAGAATGATTCAAGGGTCAAACCACTTTCATCCCTTAAAATATAGGGACTAATATTTCTTTTTC 6481 TTTTTTTTAAAAAAAACATTTCTTCTGTGGCTTAGAAATGTGCCAGTGTGTTCAAAACATTTACACCAATTTCACCAGAT 6561 TTAGGACCTATTAAAAATTCAAACAAGTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTGTGTAACAGGGATTTTTAAATAACGGACT 6641 ATATGCATTCTTTTGTTATTTCACACTTCAGTTAAAGTGATAACAATGGTAAACTGTGATCATTATCAGACTGACTGAAT 6721 GCTTTCTGATTTCCAGTGAGTGATCTAGTTCTACGTATTACACAGGTGTAATATCTGTGAGTGTAAATAACTGGAACTGT 6801 ACACTGATTAACATGACAGTTTCTCTTTTGTTGTTCTTATCTGTACTGTATTATAGTATGTGGGTATAAATATCTACAAG 6881 TATACACACATATGTACTTGTATTCCACTATTGTAACCTGAAAGAAAGACTATGTATTCCCTTTTTTAATTCCGTACTGG 6961 TATTTGTGTTATTTAAAAAGCAAAATTCTGCTCTATTTAGTTGTATAATATTAGAGGATACTTTGCTGTGCACAATTCCA 7041 AGTGCCTTAGAACATTGTTTAGCTTTCCTAAGTATATATAAATGCATATATGTATAAAATTGGGAAAAGTTACCTCAATA 7121 AAATCATTGGGAAATCCCCAGTTTTAGTTTGTTCCAGTTTCTCTTATATTTGGATAGTGCTCAGCCTTTTTAAATGAAAA 7201 AAGAAAAAAGAGTAAGACAACTTCCCTAATTGCCTGTTATTTCAGCTTCACCTAAGTTTTTAACACCTCTTTGTATGTAA 7281 GGTCTTGAGACATGTAAGGCCTGGTACTTTTTATTTAAAATGTCTGTCTAAAGAATTACTGCTCTTAAAAGAAACTTCCA 7361 GTATTTTTTTTAACTTGCTATCTTTTTATGTCTGAGGTATTTGATATTGATGTTTTTATTGCCATTATTATATGTAAACA 7441 TAAAAGATAGTCCATTTAGAGTTTATAATATAGAAAATAAACAGACTTCCTCATTAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | BC-3 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
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PAR-CLIP data was present in GSM796039. RNA binding protein: AGO2. Condition:4-Thiouridine
... - Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al., 2011, Cell host & microbe. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Gottwein E; Corcoran DL; Mukherjee N; et al. - Cell host & microbe, 2011
Primary effusion lymphoma (PEL) is caused by Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) and frequently also harbors Epstein-Barr virus (EBV). The expression of KSHV- and EBV-encoded microRNAs (miRNAs) in PELs suggests a role for these miRNAs in latency and lymphomagenesis. Using PAR-CLIP, a technology which allows the direct and transcriptome-wide identification of miRNA targets, we delineate the target sites for all viral and cellular miRNAs expressed in PEL cell lines. The resulting data set revealed that KSHV miRNAs directly target more than 2000 cellular mRNAs, including many involved in pathways relevant to KSHV pathogenesis. Moreover, 58% of these mRNAs are also targeted by EBV miRNAs, via distinct binding sites. In addition to a known viral analog of cellular miR-155, we show that KSHV encodes a viral miRNA that mimics cellular miR-142-3p function. In summary, this study identifies an extensive list of KSHV miRNA targets, which are likely to influence viral replication and pathogenesis.
LinkOut: [PMID: 22100165]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM796039 | |
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Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
Cell line / Condition | BC-3 / 4-Thiouridine |
Location of target site | ENST00000427704.2 | 3UTR | UUGGCAUUAAAAAAGA |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 22100165 / GSE32109 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||
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91 hsa-miR-5189-3p Target Genes:
Functional analysis:
ID | Target | Description | Validation methods | |||||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
MIRT159806 | PPP3R1 | protein phosphatase 3 regulatory subunit B, alpha | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441371 | KIAA0513 | KIAA0513 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT441381 | FRS2 | fibroblast growth factor receptor substrate 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441403 | FAM9C | family with sequence similarity 9 member C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441434 | KMT2A | lysine methyltransferase 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441539 | CHD7 | chromodomain helicase DNA binding protein 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441706 | RP1L1 | RP1 like 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441853 | KCNJ10 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT441964 | BACE2 | beta-site APP-cleaving enzyme 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442090 | ZNRF2 | zinc and ring finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442162 | ARL10 | ADP ribosylation factor like GTPase 10 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442194 | CCDC132 | VPS50, EARP/GARPII complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442334 | WNT9B | Wnt family member 9B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442481 | SLC10A7 | solute carrier family 10 member 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442665 | PNN | pinin, desmosome associated protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT442976 | PHACTR2 | phosphatase and actin regulator 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443044 | HPS4 | HPS4, biogenesis of lysosomal organelles complex 3 subunit 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443112 | VLDLR | very low density lipoprotein receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443138 | MTMR6 | myotubularin related protein 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443180 | DENND4C | DENN domain containing 4C | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443271 | TSPAN15 | tetraspanin 15 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443355 | XPR1 | xenotropic and polytropic retrovirus receptor 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443371 | PLXNA2 | plexin A2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443380 | CHML | CHM like, Rab escort protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443415 | HOXA1 | homeobox A1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443666 | FLT1 | fms related tyrosine kinase 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443720 | TAF1B | TATA-box binding protein associated factor, RNA polymerase I subunit B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443727 | USP14 | ubiquitin specific peptidase 14 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT443798 | SREBF2 | sterol regulatory element binding transcription factor 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT472529 | NACC1 | nucleus accumbens associated 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT479151 | CNBP | CCHC-type zinc finger nucleic acid binding protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT479280 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | 2 | 6 | ||||||||
MIRT485414 | MGAT5 | mannosyl (alpha-1,6-)-glycoprotein beta-1,6-N-acetyl-glucosaminyltransferase | 2 | 4 | ||||||||
MIRT491210 | MLLT1 | MLLT1, super elongation complex subunit | 2 | 4 | ||||||||
MIRT494879 | CERS4 | ceramide synthase 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT494917 | NDUFC2-KCTD14 | NDUFC2-KCTD14 readthrough | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495018 | C2CD4B | C2 calcium dependent domain containing 4B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495030 | FAM179A | TOG array regulator of axonemal microtubules 2 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT495301 | CHST12 | carbohydrate sulfotransferase 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT495406 | SPPL3 | signal peptide peptidase like 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496156 | GRIN2A | glutamate ionotropic receptor NMDA type subunit 2A | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496643 | MFAP3 | microfibril associated protein 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496654 | PITPNM3 | PITPNM family member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496707 | DNAJC30 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C30 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496907 | TRIM56 | tripartite motif containing 56 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT496918 | GUSB | glucuronidase beta | 2 | 2 | ||||||||
MIRT497451 | DDR2 | discoidin domain receptor tyrosine kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498336 | PRELID2 | PRELI domain containing 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498367 | PPIP5K2 | diphosphoinositol pentakisphosphate kinase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498382 | GPRC5B | G protein-coupled receptor class C group 5 member B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT498396 | KIF6 | kinesin family member 6 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT499062 | CTBP1 | C-terminal binding protein 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT525235 | KCNJ12 | potassium voltage-gated channel subfamily J member 12 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528266 | GPRIN2 | G protein regulated inducer of neurite outgrowth 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT528320 | GIGYF2 | GRB10 interacting GYF protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT533128 | YES1 | YES proto-oncogene 1, Src family tyrosine kinase | 2 | 2 | ||||||||
MIRT535654 | NLN | neurolysin | 2 | 4 | ||||||||
MIRT535691 | NEURL1B | neuralized E3 ubiquitin protein ligase 1B | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574157 | ATP5G3 | ATP synthase, H+ transporting, mitochondrial Fo complex subunit C3 (subunit 9) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT574560 | NR2F2 | nuclear receptor subfamily 2 group F member 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT576580 | Ptbp1 | polypyrimidine tract binding protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT618622 | GREB1 | growth regulation by estrogen in breast cancer 1 | 2 | 4 | ||||||||
MIRT619234 | FBXL4 | F-box and leucine rich repeat protein 4 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT621894 | TAF13 | TATA-box binding protein associated factor 13 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT624458 | CALCOCO2 | calcium binding and coiled-coil domain 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT630109 | PNPLA3 | patatin like phospholipase domain containing 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT640034 | NRXN3 | neurexin 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT642824 | SOD2 | superoxide dismutase 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT645010 | NGRN | neugrin, neurite outgrowth associated | 2 | 2 | ||||||||
MIRT646486 | APBB3 | amyloid beta precursor protein binding family B member 3 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT648793 | VPS8 | VPS8, CORVET complex subunit | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649091 | NOM1 | nucleolar protein with MIF4G domain 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT649956 | RCBTB1 | RCC1 and BTB domain containing protein 1 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT653049 | STON2 | stonin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT657770 | GLRX2 | glutaredoxin 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT658177 | FBXO9 | F-box protein 9 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT662988 | TMEM59 | transmembrane protein 59 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT663438 | FBXO2 | F-box protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT669209 | CBX8 | chromobox 8 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT687227 | PLAGL2 | PLAG1 like zinc finger 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT690849 | PVR | poliovirus receptor | 2 | 2 | ||||||||
MIRT692246 | POLR3F | RNA polymerase III subunit F | 2 | 2 | ||||||||
MIRT700688 | POLR3D | RNA polymerase III subunit D | 2 | 2 | ||||||||
MIRT704848 | CD55 | CD55 molecule (Cromer blood group) | 2 | 2 | ||||||||
MIRT710305 | NUDT16 | nudix hydrolase 16 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT712826 | TIGIT | T-cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains | 2 | 2 | ||||||||
MIRT714001 | SLC2A11 | solute carrier family 2 member 11 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT715671 | HEBP2 | heme binding protein 2 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT718025 | SSX2IP | SSX family member 2 interacting protein | 2 | 2 | ||||||||
MIRT720733 | ELOVL7 | ELOVL fatty acid elongase 7 | 2 | 2 | ||||||||
MIRT723280 | KRTAP21-2 | keratin associated protein 21-2 | 2 | 2 |
miRNA-Drug Resistance Associations | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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